jurnal farmasi udayana - unud repository
TRANSCRIPT
VOLUME VII, NOMOR 1, AGUSTUS 2018
JURNAL FARMASI UDAYANA
VOLUME VII
NOMOR 1
HALAMAN 1-39
EDISI AGUSTUS 2018
PENERBIT PROGRAM STUDI FARMASI FMIPA UNIVERSITAS UDAYANA
BUKIT JIMBARAN - BALI
INFORMASI UNTUK PENULIS AGUSTUS 2018 Vol 7 No 1
i
JURNAL FARMASI UDAYANA INFORMASI BAGI PENULIS
DAFTAR ISI
Deskripsi
Pembaca
Editor
Petunjuk Penulisan
DESKRIPSI
Jurnal Farmasi Udayana merupakan jurnal elektronik yang dikelola oleh PS
Farmasi FMIPA Udayana. Jurnal ini yang merupakan media publikasi penelitian
dan review article pada semua aspek ilmu farmasi yang bersifat inovatif, kreatif,
original dan didasarkan pada scientific. Artikel yang dimuat dalam jurnal ini
meliputi penemuan obat, sistem penghantaran obat serta pengembangan obat.
Jurnal ini memuat bidang khusus di farmasi seperti kimia medisinal, farmakologi,
farmakokinetika, farmakodinamika, analisis farmasi, sistem penghantaran obat,
teknologi farmasi, bioteknolofi farmasi, obat herbal dan komponen aktif tanaman
serta evaluasi klinik obat.
PEMBACA
Ilmuwan di bidang kimia medisinal, farmasetika dan biofarmasetika, farmakologi,
kimia analisis, farmakologi klinik, mikrobiologi, bioteknologi, kimia dan statistika
Pengarah : Drs. Ida Bagus Made Suaskara, M.Si
Penanggung jawab : Drs. I Made Satriya Wibawa, M.Si
Anak Agung Bawa Putra, S.Si., M.Si
Drs. I Wayan Santiyasa, M.Si
Dewa Ayu Swastini, S.Farm., M.Farm., Apt
Chief in Editor : Cokorda Istri Sri Arisanti, S.Farm., M.Si., Apt
Editor Board : Ni Kadek Warditiani, S.Farm., M.Sc., Apt
A A Gede Rai Yadnya Putra S.Farm., M.Si., Apt
Putu Sanna Yustiantara, S.Farm., M.Si., Apt
Made Ary Sarasmita, S.Farm., M.Farm.Klin., Apt
Reviewer Mitra Bestari : Prof. Dr. I Ketut Adnyana Apt (ITB)
Muhammad Aswad, PhD, Apt (UNHAS)
I G N Jemmy Anton P., S.Farm., M.Si., Apt (UNUD)
Ni Putu Eka Leliqia S.Farm., M.Si., Apt (UNUD)
Dr.rer.nat I Md Agus Gelgel W. M.Si., Apt (UNUD)
Ketut Widyani Astuti S.Farm., M.Biomed., Apt (UNUD)
INFORMASI UNTUK PENULIS AGUSTUS 2018 Vol 7 No 1
ii
PETUNJUK PENULISAN
PENDAHULUAN
Naskah yang diajukan ke jurnal harus memenuhi persyaratan sebagai berikut: (1)
topik artikel akan melewati proses review terlebih dahulu oleh editor, dan (2)
artikel belum dipublikasikan atau akan dipublikasikan seluruhnya atau sebagian di
jurnal lain atau media publikasi yang lain.
Tipe artikel
Artikel hasil penelitian
Review article
Naskah review article harus memuat: judul, abstrak dan kata kunci (3-6 kata),
pendahuluan, pembahasan khusus oleh penulis, kesimpulan, ucapan terima kasih,
daftar pustaka, gambar dan tabel. Tiap pokok bahasan dari pendahuluan sampai
kesimpulan harus diberi nomor. Sub pokok bahasan juga harus dinomori dengan
1.1., 1.2., 1.3., dan seterusnya. Setiap halaman harus diberi nomor dan judul harus
diberi halaman 1.
FAKTOR YANG HARUS DIPERHATIKAN
Conflict of interest
Semua penulis wajib menghindari terjadinya Conflict of interest yang meliputi
pembiayaan atau hubungan dengan orang lain atau badan paling lama tiga tahun
sebelum pengajuan artikel ke jurnal yang dapat mempengaruhi secara langsung
maupun tidak langsung penelitian yang bersangkutan
Contoh hal yang potensial menyebabkan Conflict of interest antara lain pekerja,
konsultan, kepemilikan bahan, honor, pengajuan registrasi/paten, hibah atau
sumber dana yang lain.
Verifikasi Artikel
Artikel yang diajukan ke Jurnal Farmasi Udayana belum pernah dipublikasikan
sebelumnya (kecuali dalam bentuk abstrak atau sebagai bagian dari skripsi), tidak
dalam posisi akan diterbitkan pada jurnal lain, artikel telah mendapat persetujuan
semua penulis yang tercantum di dalam artikel yang bersangkutan dan secara
eksplisit telah mendapat persetujuan dari tempat dimana penulis melakukan
penelitian dan jika diterima, artikel tidak dipublikasikan di tempat lain dalam
bentuk yang sama dalam bahasa Indonesia atau bahasa lainnya untuk menghindari
plagiarisme
Konstribusi
Semua penulis harus berpartisipasi di dalam penelitian dan atau penyipan naskah,
sehingga fungsi dari masing-masing penulis harus didefinisikan.
INFORMASI UNTUK PENULIS AGUSTUS 2018 Vol 7 No 1
iii
Kepemilikan artikel
Semua penulis harus memiliki peran penting pada setiap tahap pengajuan artikel
yang meliputi: (1) konsep dan desain penelitian, pengolahan data atau
menganalisis atau menginterpretasi data, (2) memperbaiki naskah, (3) menyetujui
draf akhir yang akan dipublikasikan
Perubahan penulis
Pada jurnal ini dimungkingkan untuk menambahkan, pengurangi, mengubah
urutan penulis untuk naskah yang diterima. Hal-hal yang perlu dilakukan antara
lain: membuat permintaan untuk dapat menambahkan, mengurangi atau
mengubah urutan penulis kepada pengelola jurnal yang diajukan oleh
corresponding author yang dicantumkan di dalam naskah yang diajukan dan
meliputi: (a) alasan mengapa nama penulis harus ditambahkan, dikurangi atau
diubah susunannya (b) konfirmasi tertulis (e-mail, fax, surat) dari semua penulis
yang menyatakan persetujuan dengan perubahan tersebut di atas
Bahasa
Penulisan menggunakan bahasa Indonesia sesuai ejaan yang disempurnakan.
PERSIAPAN
Penggunaan program miscrosoft word. File dibuat dalam format asli
menggunakan program miscrosoft word. Teks harus dibuat dalam format satu
kolom, huruf font Times new roman 11, 1 spasi, ditulis dalam kertas ukuran A4.
Struktur Artikel
Sub pokok bahasan-penomoran
Artikel dibagi menjadi pokok bahasan dengan penomoran yang jelas. Sub pokok
bahasan harus diberi nomor 1.1 (kemudian 1.1.1, 1.1.2,...), 1.2 dan seterusnya.
Abstrak tidak dimasukkan dalam sistem penomoran.
Pendahuluan
Nyatakan tujuan dan landasan penelitian, hindari tinjauan pustaka yang terperinci
atau kesimpulan dari hasil penelitian
Bahan dan metode
Ungkapkan bahan dan metode secara terperinci untuk kemungkinan keterulangan
penelitian. Metode yang umum digunakan cukup menunjukkan sumber pustaka,
hanya modifikasi yang relevan yang harus dideskripsikan
Hasil
Pengungkapan hasil harus jelas dan ringkas
Pembahasan
Bagian ini harus merupakan kajian mendalam dari hasil penelitian, jangan
mengulang pengungkapan hasil. Hindari kutipan dan pembahasan yang
berlebihan dari penelitian sebelumnya
INFORMASI UNTUK PENULIS AGUSTUS 2018 Vol 7 No 1
iv
Kesimpulan
Kesimpulan utama dari penelitian sebaiknya ditampilkan dalam kalimat yang
singkat dan jelas, yang dapat menjadi bagian tersendiri di dalam pokok bahasan
kesimpulan atau menjadi bagian dari pembahasan atau hasil
Appendik
Jika apendik lebih dari satu maka harus dibuat sebagai A, B dan seterusnya.
Persamaan matematika harus diberi nomor terpisah: Pers. (A.1), Pers. (A.2) dan
seterusnya. Hal yang sama juga berlaku untuk tabel dan gambar: Tabel A.1;
Gambar. A.1
Informasi penting dalam struktur artikel
Judul
Ringkas, jelas dan informatif. Jika dimungkinkan hindari pencantuman persamaan
matematika dan singkatan
Nama penulis dan institusi
Ungkapkan institusi tempat bekerja (tempat dimana penelitian dilakukan) di
bawah nama penulis. Tunjukkan institusi penulis dengan supercript di belakang
nama penulis dan didepan nama institusi. Tuliskan alamat lengkap termasuk kode
pos dan nama kota, jika perlu disertakan alamat email masing-masing penulis
Alamat korespondensi
Tunjukkan dengan jelas siapa yang bertanggung jawab terhadap korespondensi
semua tahap dari pengajuan, revisi, publikasi maupun sampai pasca publikasi.
Cantumkan nomor telepon disamping alamat email, kode pos. Kontak terperinci
harus tetap diperbaharui oleh korespondensi penulis
Alamat penulis
Jika alamat penulis berbeda dibandingkan dengan tempat penelitian semula, maka
alamat terbaru atau tetap penulis sebagai catatan kaki dari nama penulis. Alamat
dimana penelitian semula dilakukan oleh penulis tetap digunakan sebagai alamat
utama. Penulisan catatan kaki untuk alamat terbaru maupun alamat tetap
menggunakan supercrip dengan penomoran Arabic
Abstrak
Dibutuhkan abstrak yang jelas, ringkas dan sesuai fakta penelitian. Abstrak harus
menunjukan tujuan penelitian secara tegas, hasil yang penting dan kesimpulan
umum. Untuk memenuhi persyaratan abstrak ini, disarankan untuk tidak
menyertakan tinjauan pustaka, tetapi jika sangat diperlukan wajib mengutip nama
penulis dan tahun. Disamping itu dihindari pencantuman singkatan yang tidak
umum tetapi jika sangat diperlukan maka harus dijelaskan pada awal abstrak itu
sendiri
INFORMASI UNTUK PENULIS AGUSTUS 2018 Vol 7 No 1
v
Gambar
Gambar harus dibuat untuk menyimpulkan isi dari artikel secara jelas untuk dapat
menarik perhatian pembaca yang berasal dari berbagai bidang yang berhubungan
dengan farmasi. Gambar harus dibuat dalam bagian terpisah dari artikel. Ukuran
gambar: sediakan gambar dengan minimal setara 531x1328 pixel atau lebih, tetapi
dapat tetap terbaca pada layar 200x500 pixel (pada 91 dpi yang sama dengan 5
x13 cm). Program yang digunakan dapat berupa pdfatau MS Word
Kata kunci
Kata kunci maksimal 6 kata diletakkan langsung di bawah abstrak, hindari
penggunaan frase dan penghubung (dan, dari dan sebagainya)
Singkatan
Deskripsikan singkatan yang tidak umum sebagai catatan kaki pada halaman
pertama artikel. Singkatan yang menjadi keharusan untuk diungkapkan pada
abstrak diwajibkan didefinisikan pada bagian sebelum singkatan tersebut ditulis.
Penulisan singkatan harus konsisten pada seluruh artikel.
Ucapan terima kasih
Cantumkan ucapan terima kasih pada bagian terpisah di bagian akhir artikel
sebelum daftar pustaka, hindari penyertaan ucapan terima kasih pada judul,
sebagai catatan kaki judul atau bagian artikel lainnya. Buatlah rincian orang yang
berkontribusi di dalam penelitian (penerjemah, pengetik atau pembaca dan lain
sebagainya)
Unit
Gunakan satuan internasional (SI). Jika satuan diungkapkan dalam unit yang
berbeda, sebaikknya diungkapkan kesetaraan dengan SI
Tabel
Penomoran tabel diurut berdasarkan urutan munculnya di dalam artikel. Tabel
dibuat dengan tiga garis horisontal, hindari penggunaan garis vertikal dan data
yang diungkapkan di dalam tabel tidak diungkapkan berulang pada bagian lain
dari artikel
Daftar pustaka
Pastikan daftar pustaka tercantum di dalam artikel. Hasil yang belum
dipublikasikan dan personal communication tidak direkomendasikan dimasukkan
di dalam daftar pustaka. Pustaka yang ditandai dengan In Press menunjukan
bahwa artikel tersebut telah disetujui untuk dipublikasikan dan dapat digunakan
sebagai sumber pustaka. Penulisan pustaka mengikuti aturan penulisan pustakan
jurnal ini.
Aturan penulisan pustaka
Daftar pustaka harus diurut berdasarkan alfabetis dan kronologi. Jika terdapat
lebih dari satu sumber yang berasal dari penulis yang sama pada tahun yang sama,
maka harus ditambahkan a, b, c dan seterusnya di belakang tahun terbit.
Penulisan buku
INFORMASI UNTUK PENULIS AGUSTUS 2018 Vol 7 No 1
vi
Penulis, A.A., Penulis, B.B., & Penulis, C.C. (tahun terbit). judul buku: sub judul.
(Edisi [jika bukan edisi pertama}). tempat terbit: penerbit
Contoh:
Buku dengan satu penulis
Nama penulis (tanpa singkatan). (tahun terbit). judul buku. Tempat terbit: penerbit
Reynords Hadi. (2000). Black pioners. Ringwood,Vic: Penguin
Buku dengan banyak penulis
Dua-enam penulis
Dua penulis: kedua penulis. (tahun terbit). judul buku. Tempat terbit: penerbit
Gilbert, R., & Gilbert, P. (1998). Maculinity goes to school. St. Leonards,
N.S.W.: Allen & Unwin
Lebih dari 6 penulis
Setelah nama dan singkatan nama penulis ke-enam gunakan dkk
Buku yang memiliki editor
Broinowski, A. (Ed.) (1990). ASEAN into 1990s. London: Macmillan
Nugent, S.L., Shore, C. (Eds.). (1997). Anthropologyband cultural study. London:
Pluto Press
Buku yang memiliki penulis dan editor
Valery, P. (1957). Oeuvres (J. Hytier, Ed). Paris: Gallimard
Bab yang terdapat di dalam buku
Penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul bab:sub judul. editor. judul
buku. (hal. x-y). tempat terbit: penerbit
Artikel jurnal
Penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul artikel. singkatan jurnal,
volume (issue), halaman
Skipsi/Tesis/Disertasi
Nama penulis, singkatan nama penulis. (tahun terbit). judul. skrispi/tesis/disertasi.
Universitas, kota
Sumber penulisan singkatan jurnal
Index Medicus journal abbreviations: http//www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lji.html
List of titlle word abbreviations: http//www.issn.org/2-22661-LTWA-online.php
CAS (Chemical Abstract Service): http//www.cas.org/sent.html
Submission checklist
Daftar isian di bawah ini dapat digunakan untuk memudahkan pemeriksaan akhir
sebelum artikel dikaji oleh editor.
Satu orang penulis ditunjuk sebagai corresponding author:
alamat email
kode pos
nomor telepon atau fax
Semua file yang dibutuhkan telah diupload
INFORMASI UNTUK PENULIS AGUSTUS 2018 Vol 7 No 1
vii
Kata kunci
Gambar
Tabel (termasuk judul, deskrispi, catatan kaki)
Hal selanjutnya yang harus diperhatikan
Gunakan penomoran baris (tiap 5 baris) untuk memudahkan pengkajian
naskah
Naskah telah dicek tata bahasa dan pengucapannya
Pustaka telah ditulis sesuao format di dalam jurnal ini
Semua pustaka yang ditulis di dalam daftar pustaka disinggung di dalam
teks
Izin telah didapat dari untuk materi yang memiliki hak cipta yang berasal
dari sumber lain (termasuk web)
SETELAH ARTIKEL DITERIMA
Perbaikan
Naskah yang telah dikoreksi akan dikirimkan kembali dalam bentuk pdf kepada
corresponding author (melalui alamat email) sehingga penulis dapat mengunduh
untuk keperluan pribadi. Gunakan perbaikan ini untuk mengecek urutan
penulisan, mengedit, menyempurnakan dan memperbaiki tulisan, tabel dan
gambar. Pengiriman naskah yang telah diperbaiki menyertakan koreksi pertama
dari editor ini. Perubahan signifikan dari artikel yang disetujui untuk
dipublikasikan dalam jurnal ini harus mendapat persetujuan dari penerbit. Kami
akan berusaha untuk mempublikasikan artikel anda akurat dan cepat sehingga
diharapkan kami menerima hasil koreksi anda paling lambat 5 hari kerja. Sangat
penting koreksi artikel dilakukan dalam satu kali komunikasi sehingga cermati
hal-hal yang harus dikoreksi sebelum dikirimkan kembali ke editor jurnal.
Naskah yang dipublikasikan
Artikel akan diberikan kepada corresponding author dalam bentuk pdf melalui
email. Penulis akan menerima artikel sesuai format yang terbit di dalam jurnal
dan disertai dengan cover jurnal.
INFORMASI UNTUK PENULIS AGUSTUS 2018 Vol 7 No 1
viii
DAFTAR ISI
hal
Halaman Judul …………………………………………………………………………...........
Petunjuk Penulisan ..............................................................................................................
Daftar Isi ………………………………………………………………………….....………........
i
ii
viii
1 Potensi Brazilein dari Kayu Secang (Caesalpinia sappan L.) Sebagai Agen Depigmentasi
Kulit Secara In Silico ...............................................................................................................
1
2 Pengembangan Kuisioner Kepuasan Pasien Untuk Pelayanan Farmasi Klinik ....................... 7
3 Penetapan Kadar Metanol Hasil Destilasi Penguap Vakum Putar Ekstrak Metanol Daun Ubi
Ungu Menggunakan Raman Spektrofotometer ........................................................................
13
4 Pengaruh Jenis dan Rasio Maltodekstrin DE 10 dan Gum Arab Terhadap Sifat Fisik, Kimia,
dan Stabilitas Mikroenkapsulasi Antosianin Ekstrak Etanol Umbi Ubi Jalar Ungu (Ipomoea
batatas L.) ...............................................................................................................................
19
5 Molecular Docking Sianidin dan Peonidin Sebagai Antiinflamasi pada Aterosklerosis
Secara In Silico ........................................................................................................................
28
6 Desain Primer untuk Amplifikasi Regio Promoter Gen inhA Isolat P016 Multidrug
Resistance Mycobacterium tuberculosis dengan Metode Polymerase Chain Reaction ...........
34
Susanti dkk.
Jurnal Farmasi Udayana, Vol 7, No.1, Tahun 2018, 28-33
28
pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607
Molecular Docking Sianidin dan Peonidin Sebagai Antiinflamasi pada Aterosklerosis Secara In Silico
Susanti, N. M. P.1*, D. P. D. Saputra1, P. L. Hendrayati1, I. P. D. N. Parahyangan1, I. A. D. G. Swandari1
1Program Studi Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Udayana, Bukit Jimbaran,
Badung, 80361 *Penulis korespondensi:: [email protected] Received June 27, 2018; Accepted July 5, 2018
ABSTRAK Aterosklerosis merupakan penyakit inflamasi kronis yang diawali oleh disfungsi endotel
sehingga terjadi pertumbuhan plak pada dinding dalam arteri. Disfungsi endotel menyebabkan endotel mengaktifkan NF-ĸB sehingga terjadi proses transkripsi gen proinflamasi yang mendukung pertumbuhan plak aterosklerosis. Antosianin ubi jalar ungu merupakan senyawa yang diketahui memiliki aktivitas menghambat proses inflamasi. Antosianin mayor yang terdapat dalam ubi jalar ungu adalah sianidin dan peonidin. Dilakukan uji aktivitas sianidin dan peonidin sebagai antiinflamasi pada aterosklerosis berdasarkan interaksinya pada protein NF-ĸB menggunakan metode molecular docking secara in silico. Tahapan penelitian yang dilakukan adalah penyiapan database struktur protein NF-ĸB, preparasi protein menggunakan aplikasi Chimera1.10.1, preparasi dan optimasi struktur 3D sianidin dan peonidin menggunakan aplikasi HyperChem8, serta validasi metode molecular docking dan docking sianidin dan peonidin pada protein NF-ĸB menggunakan aplikasi Autodock4.2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sianidin dan peonidin memiliki afinitas dan membentuk ikatan hidrogen dengan protein NF-ĸB. Energi ikatan antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB berturut-turut sebesar -7,92 kkal/mol dan -7,86 kkal/mol yang sama-sama membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino LEU472 pada binding site yang sama dengan native ligand. Sianidin dan peonidin memiliki potensi aktivitas sebagai antiaterosklerosis karena memiliki afinitas dengan protein NF-ĸB sehingga mempu mencegah proses inflamasi dalam pembentukan plak aterosklerosis. Kata Kunci : Antiaterosklerosis, sianidin, peonidin, molecular docking, in silico
ABSTRACT Atherosclerosis is a chronic inflammatory disease that begins with endothelial dysfunction
resulting in plaque growth in the inner walls of the arteries. Endothelial dysfunction causes endothelial activates NF-ĸB resulting in a transcription of proinflammatory gene supporting the growth of atherosclerotic plaque. The purple sweet potato anthocyanin is a compound known to have activity inhibiting the inflammatory process. The major anthocyanins contained in purple sweetpotato are cyanidine and peonidine. The cyanidine and peonidin activity test was performed as antiinflammatory at atherosclerosis based on their interaction on NF-ĸB protein using molecular docking method in silico. The stages of this research are preparation of protein structure database of NF-ĸB, protein preparation using Chimera1.10.1 application, preparation and optimization of cyanidin and peonidin 3D structure using HyperChem8 application, and validation of molecular docking and docking method of cyanidin and peonidin on NF-ĸB protein using application Autodock4.2. The results showed that cyanidine and peonidine had affinity and formed a hydrogen bond with the NF-ĸB protein. The bond energy between cyanidine and peonidine with the NF-ĸB protein is -7.92 kcal/mol and -7.86 kcal/mol which together form the hydrogen bond with the LEU472 amino acid on the binding site equal to the native ligand. Cyanidin and peonidine have the potential of activity as antiatherosklerosis because it has an affinity with the NF-ĸB protein so that it prevents the inflammatory process in the formation of atherosclerotic plaque. Keywords: Antiaterosklerosis, cyanidine, peonidine, molecular docking, in silico
Susanti dkk.
Jurnal Farmasi Udayana, Vol 7, No.1, Tahun 2018, 28-33
29
pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607
1. PENDAHULUAN Penyakit kardiovaskular merupakan
penyakit akibat gangguan fungsi jantung dan pembuluh darah yang menyebabkan 31% atau sekitar 17,5 juta jiwa dari jumlah kematian dunia pada tahun 2012. Dari jumlah kematian tersebut, 7,4 juta disebabkan oleh penyakit jantung koroner (PJK) dan 6,7 juta oleh stroke (Kemenkes RI, 2017). PJK terjadi akibat penyempitan arteri koroner sehingga tidak ada aliran darah ke otot jantung. Hal yang mendasari terjadinya PJK adalah aterosklerosis yang merupakan inflamasi kronis pada dinding dalam arteri sehingga terjadi penebalan dan penurunan elastisitas (Srividya, 2017).
Hiperkolesterolemia kronik merupakan salah satu hal utama penyebab disfungsi endotel. Hiperkolesterolemia kronik akan menyebabkan terjadinya penimbunan LDL di daerah intima. Adanya radikal bebas akan menyebabkan teroksidasinya LDL yang disebut ox-LDL yang mampu mengaktifkan sel endotel sehingga menghasilkan sitokin proinflamasi dan molekul adhesi yang merangsang infiltrasi monosit dan limfosit T ke daerah intima. (Lintong, 2009; Hansson, 2005). Sitokin akan memicu diferensiasi monosit menjadi makrofag yang akan memfagositosis ox-LDL sehingga membentuk sel busa yang berkontribusi dalam terjadinya plak aterosklerosis (Ingersoll et al., 2011; Francis and Pierce, 2011). Selain itu, sitokin proinflamasi mampu menyebabkan fosforilasi IĸB sehingga NF-ĸB terlepas dari kompleks NF-ĸB-IĸB menuju nukleus untuk mendukung proses transkripsi gen proinflamasi (Ayukarningsih, 2014). Berdasarkan mekanisme terbentuknya plak tersebut, maka dilakukan penelitian guna pengembangan obat aterosklerosis salah satunya melalui mekanisme pencegahan pembentukan plak dengan penghambatan proses terjadinya infllamasi.
Antosianin merupakan senyawa yang diketahui memiliki aktivtas farmakologi sebagai antiinflamasi serta memiliki aktivitas dalam proteksi penyakit kardiovaskular. Dalam usus halus, antosianin akan dihidrolisis menjadi bentuk aglikon (antosianidin) yang lebih hidrofobik. Bentuk ini akan lebih mudah diabsorpsi secara difusi pasif dan
bioavailabilitasnya akan lebih baik dibandingkan dengan antosianin sehingga potensi efek yang dihasilkan juga semakin besar (Pojer et al., 2013; Speciale et al., 2014).
Beberapa penelitian mengenai aktivitas antiinflamasi antosianin dari ubi jalar ungu dalam menghambat proses inflamasi telah dilaporkan, dimana antosianin mayor yang terdapat dalam ubi ungu adalah sianidin dan peonidin (Lim et al., 2013). Maka dari itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui aktivitas sianidin dan peonidin sebagai antiinflamasi pada aterosklerosis berdasarkan interaksinya pada protein NF-ĸB menggunakan metode molecular docking secara in silico. Dengan metode ini dapat diketahui afinitas ikatan ligand uji serta interaksi yang terjadi sehingga dapat diprediksi potensi sianidin dan peonidin sebagai antiinflamasi pada aterosklerosis.
2. BAHAN DAN METODE 2.1. Bahan
Bahan yang digunakan adalah protein NF-ĸB (pdb id: 4IDV) yang diunduh dari https://www.rcsb.org/ pdb/home/home.do dan struktur tiga dimensi sianidin dan peonidin dibuat dan dipreparasi menggunakan program HyperChem 8.
2.2. Alat Seperangkat komputer dengan
spesifikasi Windows 7 64 bit dan program Autodock 4.2 pada OS Windows, Chimera 1.10.1, dan HyperChem 8.
2.3. Metode Penelitian 2.3.1. Preparasi Protein NF-ĸB
Preparasi protein NF-ĸB diawali dengan memilih protein dalam bentuk aktif yang berikatan dengan native ligand. Selanjutnya protein NF-ĸB dan native ligand dipisahkan dengan program Chimera 1.10.1 untuk menyediakan ruang (pocket/cavity) sehingga diketahui bentuk pocket dan koordinat pocket sebagai bahan docking.
2.3.2. Validasi Metode Molecular Docking Validasi metode molecular docking
dilakukan dengan men-docking-kan kembali native ligand pada protein target yang sudah dihilangkan native ligand-nya menggunakan
Susanti dkk.
Jurnal Farmasi Udayana, Vol 7, No.1, Tahun 2018, 28-33
30
pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607
program Autodock 4.2. Metode dikatakan valid apabila nilai RMSD yang diperoleh ≤ 3Å sehingga dapat dilakukan docking senyawa uji dengan protein target (Jain and Nicholls., 2008). Untuk memperoleh metode yang valid, maka dilakukan pengaturan pada grid box sehingga diperoleh nilai RMSD ≤ 3Å.
2.3.3. Optimasi Struktur 3D Sianidin dan Peonidin Struktur tiga dimensi senyawa uji
sianidin dan peonidin dibuat dan dioptimasi menggunakan program HyperChem 8. Optimasi struktur dilakukan pada struktur tiga dimensi sianidin dan peonidin dengan metode komputasi semi-empiris AM1 dan dilakukan kalkulasi dengan single point serta optimasi geometri.
2.3.4. Docking Sianidin dan Peonidin pada Protein NF-ĸB Senyawa uji sianidin dan peonidin yang
telah dioptimasi di-docking-kan dengan protein NF-ĸB yang telah dihilangkan native ligand-nya menggunakan program Autodock 4.2 dengan grid box hasil validasi. Hasil analisis akan menunjukkan senyawa dengan konformasi dan energi ikatan terendah untuk berikatan dengan protein target.
2.3.5. Analisis Data Analisis data dilakukan berdasarkan hasil
energi ikatan yang dihasilkan dari hasil molecular docking. Nilai energi ikatan menunjukkan kekuatan ikatan antara senyawa uji dengan reseptor. Semakin rendah energi ikatan, maka semakin kuat ikatan antara senyawa dengan reseptor. Interaksi yang terjadi antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB dapat dilihat dari jenis ikatan yang terbentuk antara sianidin dan peonidin dengan protein target
3. HASIL 3.1. Preparasi Protein NF-ĸB
Protein NF-ĸB memiliki 4 rantai, yaitu A, B, C, dan D. Native ligand inhibitor dari protein NF-ĸB, yaitu 4-{3-[2- amino-5-(2-methoxyethoxy) pyrimidin-4- yl]-1H- indol-5-yl}-2- methylbut-3-yn-2-ol (13V) terletak pada semua rantai protein NF-ĸB dan preparasi protein NF-ĸB pada penelitian ini menggunakan rantai A. Struktur protein NF-ĸB dan native ligand
yang sudah terpisah dapat dilihat pada gambar 1.
3.2 Validasi Metode
Validasi metode molecular docking dilakukan dengan men-docking-kan kembali protein NF-ĸB tanpa ligand dengan native ligand yang telah dipisahkan sebelumnya menggunakan program Autodock 4.2. Hasil dan visualisasi interaksi validasi metode molecular docking dapat dilihat pada tabel 1 dan gambar 2.
Gambar 1. Struktur Protein NF-ĸB (A) dan
native ligand (B) yang telah terpisah dari proteinnya.
Tabel 1. Hasil Validasi Metode Molecular
Docking
Ligan Energi Ikatan
(Kkal/mol)
RMSD (Å)
Ikatan Hidrogen
Gugus
Native Ligand
-9,84 1,80 PHE535 HN1-
O1
Gambar 2. Visualisasi Interaksi antara Native
Ligand dengan Protein NF-ĸB. Interaksi berupa ikatan hidrogen ditandai dengan deretan bola berwarna hijau. Native ligand
digambarkan dengan struktur berwarna ungu. Kompleks protein digambarkan berupa
struktur di sekitar native ligand.
A B
Susanti dkk.
Jurnal Farmasi Udayana, Vol 7, No.1, Tahun 2018, 28-33
31
pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607
3.3 Optimasi Struktur 3D Sianidin dan Peonidin Struktur 3D sianidin dan peonidin
digambar dan dioptimasi menggunakan program HyperChem 8. Hasil dari optimasi struktur sianidin dan peonidin ditunjukkan pada gambar 3.
3.4 Dockinng Sianidin dan Peonidin
pada Protein NF-ĸB Docking sianidin dan peonidin dilakukan menggunakan program Autodock 4.2 dengan pengaturan koordinat tempat interaksi yang sama dengan koordinat tempat interaksi native ligand pada protein NF-ĸB. Hasil yang diperoleh dari proses docking antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB berupa energi ikatan dan ikatan hidrogen yang terbentuk. Hasil dan visualisasi interaksi docking yang terjadi antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB dapat dilihat pada tabel 2 dan gambar 4. 4. PEMBAHASAN
Preparasi protein NF-ĸB dilakukan dengan memisahkan protein dengan native ligand sehingga tersedia ruang (pocket/cavity) yang nantinya digunakan saat proses docking sianidin dan peonidin pada protein tersebut. Preparasi protein NF-ĸB menggunakan rantai A yang mengandung native ligand inhibitor 4-{3-[2-amino-5-(2-methoxyethoxy) pyrimidin-4-yl]-1H-indol-5-yl}-2-methylbut-3-yn-2-ol (13V). Hasil dari proses preparasi protein ini adalah struktur protein tanpa native ligand dan native ligand yang disimpan dalam bentuk file pdb.
Validasi metode molecular docking dilakukan dengan men-docking-kan kembali protein NF-ĸB tanpa ligand dengan native ligand yang telah dipisahkan sebelumnya menggunakan program Autodock 4.2. Parameter validasi metode yang digunakan adalah nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) yang merupakan pengukuran dua pose dengan membandingkan posisi atom antara struktur eksperimental dengan struktur yang di-docking-kan pada protein (Lestari, 2015). Metode dikatakan valid apabila diperoleh nilai RMSD ≤ 3 Å, sehingga dari hasil validasi yang didapatkan menunjukkan bahwa metode yang
Gambar 3. Struktur 3D Sianidin dan Peonidin dengan Kalkulasi Single Point (A) dan Optimasi
Geometri (B). Gugus yang mengalami pergeseran geometri ditunjukkan oleh
lingkaran berwarna merah.
Tabel 2. Hasil Docking antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB
Ligan Energi Ikatan
(Kkal/mol)
Ikatan Hidrogen
Gugus
Sianidin -7,92 LEU472 HN-O3
Peonidin -7,86 LEU472 HN-O3
digunakan telah valid (Jain and Nicholls., 2008). Semakin kecil nilai RMSD yang diperoleh menunjukkan bahwa pose ligand yang diprediksi semakin baik karena semakin mendekati konformasi native ligand (Agistia dkk., 2013).Optimasi struktur 3D sianidin dan peonidin diawali dengan menggambar struktur sianidin dan peonidin, kemudian dilanjutkan dengan kalkulasi single point untuk mengetahui energi awal dari struktur 3D sianidin dan peonidin. Energi yang diperoleh saat dilakukan kalkulasi single point sianidin sebesar -3611,698392 kkal/mol dan peonidin sebesar -3857,658802 kkal/mol. Selanjutnya dilakukan optimasi geometri yang bertujuan untuk meminimalisasi energi agar diperoleh struktur sianidin dan peonidin yang paling stabil ditandai dengan penurunan nilai energi total
Peonidin
Sianidin
Susanti dkk.
Jurnal Farmasi Udayana, Vol 7, No.1, Tahun 2018, 28-33
32
pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607
struktur 3D sianidin dan peonidin secara berturut-turut menjadi -3653,787721 kkal/mol dan -3920,027926 kkal/mol (Fitriasari, 2008). Docking sianidin dan peonidin pada active site dari protein NF-ĸB dilakukan menggunakan program Autodock 4.2 dengan pengaturan koordinat tempat interaksi yang sama dengan koordinat tempat interaksi native ligand pada protein tersebut. Hasil yang diperoleh dari proses docking antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB berupa data energi ikatan dan ikatan hidrogen pada 10 konformasi terbaik. Energi ikatan menunjukkan afinitas antara sianidin dan peonidin dengan protein tersebut, semakin kecil energi ikatan yang diperoleh maka semakin stabil ikatan yang terbentuk (Laksmiani et al., 2016). Energi ikatan antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB berturut-turut sebesar -7,92 kkal/mol dan -7,86 kkal/mol yang sama-sama membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino LEU472.
Berdasarkan nilai energi ikatan yang diperoleh menunjukkan bahwa senyawa sianidin dan peonidin memiliki potensi aktivitas sebagai antiaterosklerosis karena memiliki afinitas dan membentuk ikatan hidrogen dengan protein NF-ĸB. Ikatan yang terjadi antara sianidin dan peonidin dengan protein NF-ĸB mampu menghambat transkripsi gen proinflamasi dan migrasi otot polos sehingga terbentuknya plak aterosklerosis pada dinding pembuluh darah dapat dihambat.
5. KESIMPULAN
Sianidin dan peonidin memiliki potensi aktivitas sebagai antiaterosklerosis karena memiliki afinitas dan membentuk ikatan hidrogen dengan protein NF-ĸB sehingga mempu mencegah proses inflamasi dalam pembentukan plak aterosklerosis secara in silico.
6. UCAPAN TERIMAKASIH
Penulis mengucapkan terimakasih kepada semua pihak yang telah membantu penelitian ini.
Gambar 4. Visualisasi Interaksi antara protein NF-ĸB dengan sianidin (A) dan peonidin (B).
Interaksi berupa ikatan hidrogen ditandai dengan deretan bola berwarna hijau. Sianidin dan peonidin digambarkan dengan struktur
berwarna ungu. Kompleks protein digambarkan berupa struktur di sekitar sianidin
dan peonidin.
DAFTAR PUSTAKA Agistia, D. D., H. Purnomo, M. Tegar, A. E.
Nugroho. 2013. Interaksi Senyawa Aktif dari Aegle marmelos Correa sebagai Anti Inflamasi dengan Reseptor COX-1 dan COX-2. Traditional Medicine Journal. Vol.18:80-87
Ayukarningsih, Y. 2014. Efek α-Mangostin terhadap Aktivitas NF-ĸB, dan Kaspase-3 Enterosit pada Bayi Tikus Model Enterokolitis Nekrotikans. International Journal of Agriculture System. Vol.4:162-168
Fitriasari, A., N. K. Wijayanti, N. Ismiyati, D. Dewi. W. Kundarto, B. S. A. Sudarmanto, dan E. Meiyanto. 2008. Studi Potensi Kurkumin dan Analognya sebagai Selective Estrogen Receptor Modulator (SERMs): Docking pada Reseptor Estrogen β. Pharmacon. Vol.9:27-32
A
B
Susanti dkk.
Jurnal Farmasi Udayana, Vol 7, No.1, Tahun 2018, 28-33
33
pISSN: 2301-7716; eISSN: 2622-4607
Francis, A. A. and G. N. Pierce. 2011. An Integrated Approach dor The Mecanism Responsible for Atherosclerotic Plaque Regression. Experimental and Clinical Cardiology. Vol.16:77-86
Ingersoll, M. A., A. M. Platt, S. Potteaux, and G. J. Randolph. 2011. Monocyte Trafficking in Acute and Chronic Inflammation. Trends in Immunology. Vol.32:470-477
Jain, A. N. and A. Nicholls. 2008. Recommendation for Evaluation of Computational Methods. Journal of Computer-Aided Molecular Design. Vol.22:133-139.
Kemenkes RI. 2017. Penyakit Jantung Penyebab Kematian Tertinggi, Kemenkes Ingatkan Cerdik. Available at http://www.depkes. go.id/pdf.php?id=17073100005 (Diakses pada 25 Juni 2018).
Laksmiani, N. P. L., N. L. P. V. Paramita, and I. M. A. G. Wirasuta. 2016. In Vitro and In Silico Antioxidant Activity of Purified Fractions from Purple Sweet Potato Ethanolic Extract. International Journal of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences. Vol.8:177-181
Lestari, T. 2015. Studi Interaksi Senyawa Turunan 1,3-Dibenzoiltiourea sebagai
Ribonukleotida Reduktase Inhibitor. Jurnal Farmasi Indonesia. Vol.7:163-169
Lim, S., J. Xu, J. Kim, T. Chen, X. Su. J. Standard, E. Carey, J. Griffin, B. Herndon, B. Katz, J. Tomich, and W. Wang. 2013. Role of Anthocyanin-enriched Purple-fleshed Sweet Potato P40 in Colorectal Cancer Prevention. Molecular Nutrition and Food Research. Vol. 57:1908-1917.
Lintong, P. M. 2009. Perkembangan Konsep Patogenesis Aterosklerosis. Jurnal Biomedik. Vol.1:12-22
Pojer, E., F. Mattizi, D. Johnson, and C. S. Stockley. 2013. The Case for Anthocyanin Consumption to Promote Human Health: A Review. Comprehensive Reviews in Food Science and Food Safety. Vol.12:483-508
Speciale, A., F. Cimino, A. Saija, R. Canali, and F. Virgili. 2014. Bioavailability and Molecular Activities of Anthocyanins as Modulators of Endothelial Function. Genes and Nutrition. Vol.9:1-19
Srividya. 2017. Atherosclerosis-Coronary Heart Disease and The Recent Advancements in The Treatment of Aterosclerosis. Journal of Medical and Health Sciences. Vol. 6:1-9
MOLECULAR DOCKINGSIANIDIN DAN PEONIDINSEBAGAI ANTIINFLAMASIPADA ATEROSKLEROSIS
SECARA IN SILICOby Ni Made Pitri Susanti
Submission date: 27-Jun-2018 01:47PM (UTC+0700)Submission ID: 978875369File name: OJS_REVISI_27_JUNI._2018doc.doc (1.39M)Word count: 2407Character count: 15969
17%SIMILARITY INDEX
14%INTERNET SOURCES
9%PUBLICATIONS
10%STUDENT PAPERS
1 2%
2 1%
3 1%
4 1%
5 1%
6 1%
7
MOLECULAR DOCKING SIANIDIN DAN PEONIDIN SEBAGAIANTIINFLAMASI PADA ATEROSKLEROSIS SECARA IN SILICOORIGINALITY REPORT
PRIMARY SOURCES
www.biowebdb.orgInternet Source
eprints.ums.ac.idInternet Source
Singh, Ashutosh, and Valérie Orsat. "KeyConsiderations in the Selection of Ingredientsand Processing Technologies for FunctionalFoods and Nutraceutical Products",Nutraceutical and Functional Food ProcessingTechnology, 2015.Publicat ion
ilsi.orgInternet Source
Submitted to University of SheffieldStudent Paper
ueaeprints.uea.ac.ukInternet Source
link.springer.com
1%
8 1%
9 1%
10 1%
11 1%
12 1%
13 1%
14 1%
15 <1%
16 <1%
17 <1%
18 <1%
Internet Source
Submitted to Universitas Sebelas MaretStudent Paper
Submitted to Glasgow Caledonian UniversityStudent Paper
Submitted to Padjadjaran UniversityStudent Paper
Submitted to Udayana UniversityStudent Paper
Submitted to Universitas IndonesiaStudent Paper
shura.shu.ac.ukInternet Source
www.polines.ac.idInternet Source
portalgaruda.ilkom.unsri.ac.idInternet Source
www.citeulike.orgInternet Source
ejournal.unud.ac.idInternet Source
docslide.usInternet Source
19 <1%
20 <1%
21 <1%
22 <1%
23 <1%
24 <1%
N P L Laksmiani, K R Reynaldi, M I Widiastari, IP W Nugraha, I M K Suyadnya, R A I KMaharani. "Cytotoxic activity ofandrographolide in colon cancer throughinhibition cox-2 by in silico study", Journal ofPhysics: Conference Series, 2018Publicat ion
Zampieri, D.. "Synthesis, antifungal andantimycobacterial activities of new bis-imidazole derivatives, and prediction of theirbinding to P450"1"4"D"M by molecular dockingand MM/PBSA method", Bioorganic & MedicinalChemistry, 20071201Publicat ion
f f .unair.ac.idInternet Source
www.scribd.comInternet Source
booksreadr.orgInternet Source
Yaya Heryadi, Eka Miranda, Harco LeslieHendric Spits Warnars. "Learning decision rulesfrom incomplete biochemical risk factorindicators to predict cardiovascular risk levelfor adult patients", 2017 IEEE InternationalConference on Cybernetics and Computational
25 <1%
26 <1%
Exclude quotes Of f
Exclude bibliography Of f
Exclude matches Of f
Intelligence (CyberneticsCom), 2017Publicat ion
dokumen.tipsInternet Source
repository.unila.ac.idInternet Source