PEPTDLER ve

PROTENLERN

ZELLKLER

PEPTDLER

Amino asitlerin -amino ve -karboksil

gruplarnn peptid balar ile birbirlerine balanmasyla oluurlar

Peptid Ba

O

- C N -H

Amid Ba

(kovalent ba)

Lineer amino asit polimerleri

R1

R2

R1

R2Karboksil

grup

Aminogrup

Peptid

Ba

Peptid Ba Oluumu

H3N+ CH COO-

H

GLSN (Gly) ALANN (Ala)H3N

+ CH COO-

CH3

H3N+ CH

H

CH COO-

CH3O

C_

N

H

H2Okondenzasyon

reaksiyonu

Peptid Ba

Peptid Ba Oluumu

Glisilalanin (Gly-Ala)

DPEPTD: GLSLALANN

Glisin Alanin

N-terminal

C-terminal

Peptidba

su

Amid grubu dzlemi

Glisilalanin

PEPTDLER, peptid ba saysna gre

deil, AA saysna gre snflandrlrlar

polipeptidn-1n

pentapeptid45

tetrapeptid 34

tripeptid 23

dipeptid12

PeptidBa saysAA says

Peptidlerin Snflandrlmas

OLGOPEPTD: Birka AA(AA says 10)

POLPEPTD:Birok AA(AA says 10 - 12)

PROTEN: AA says 40 (mol.A: ~5000)

Proteinler bir ya da daha ok polipeptidzincirinden oluabilirler

Peptidlerin Snflandrlmas

Peptidlerin zellikleriAmino-terminalN-terminal (sol)

O

C NH - CH -COO-

CH3

HCOHCH2 O

H3N+CH C NH CH -

(CH3)2

CH

CH2

Karboksi-terminalC-terminal (sa)

Tripeptid: Fenilalanil lsil - treonin (Phe-Leu-Thr)

Rezid (amino asit art): Peptid/protein yapsnakatlan amino asit

Adlandrma: N-terminal(1) C-terminal(n)

Tetrapeptid: Alanil-tirozil-Aspartil-Glisin

(Ala-Tyr-Asp-Gly)

Peptidlerin zellikleri

Amino-terminalN-terminal

Karboksi-terminal C-terminal

Fizyolojik pHda,

Peptid (amid) ba: yksz

Peptidler: ykl

Peptidlerin yonizasyon Davranlar

Peptid ban oluturan amino ve karboksil

gruplar, peptidlerin asit-baz zelliklerine

katkda bulunamazlar

Peptidlerin asit-baz zellii:

-Amino ve karboksi terminaller

-yonize yan zincirlerin says ve cinsi

N-terminal +NH3 gruplar, tredikleri

amino asidin amino grubuna gre, daha

gl asittir (pK )

Peptidlerde N- ve C-terminal gruplar,ayn -karbon atomu zerinde bulunmadklar iin:

C-terminal COO- gruplar, tredikleri amino asidin karboksil grubuna gre,

daha zayf asittir (pK )

Anyonik form

(-1) 10

zoelektrik form ( 0 )pI

Katyonik form

(+1) 3

yonizasyonAlanilalaninpH

H3N+ CH

CH3

- CH COOH

CH3OC _ N

H

H3N+ CH

CH3

- CH COO-

CH3OC _ N

H

HN2 CH

CH3

- CH COO-

CH3OC _ N

H

Noniyonize yan zincir tayan peptidlerin

yonizasyon ekilleri

yonize yan zincir tayan peptidlerin yonizasyonu

CH COOH

CH2SHO

C N H

CH3 O

H3N+CH C N CH

H

COOH

(CH2)2

+NH3

(CH2)4O

C N CHH

Alanil - glutamil - lizil - sistein

07.4

- 310

+2 3

Net ykpH

O

C

H

N

O

C

H

N

-

+

Rezonans yaplar

Peptid bann ift ba karakteri

Ksmi ift ba karakterine sahip olan peptid ba dzlemseldir

CC

NC

O

H

CC

NC

OH

H

Peptid ba ve -C atomlar ayn

dzlemde bulunur

CC

NC

O

H

Peptid bann dzlemsel

karakteri

Peptid balar nedeniyle, polipeptid

zincirin 2/3 sabit bir dzlem iinde

tutulur Yar-kat (sert) yap

Protein yapsnn dzenlenmesi

Peptid bann dzlemsel karakteri

Peptid bann ksmi

ift ba karakteri Ba alar ve uzunluklar

CC N

C O

H C

C NC

O H

Dzlemsel (hareketsiz) peptid

bann etrafndaki atom gruplar

cis/trans izomerizm gsterirler,

Trans(Tercih edilenkonfigrasyon)

Cis(x-pro sralan)

Komu -C atomlar arasndakiuzaklk: 0.3 nm

Peptid ba dzlemi hareketsiz olmasna ramen, - karbon etrafndaki rotasyon polipeptid

zincirine esneklik kazandrr

-karbon Amid dzlemi

Amid dzlemi

Alfa - Karbon Etrafnda Rotasyon

Protein iskeleti boyuncarotastonu salayan balar

Peptid/Protein Serbest Amino Asitler6 M HCl

110C, 24 h

Peptidlerin Kimyasal Reaksiyonlar

Asit / Baz Hidrolizi

AA1 AA2

Peptid ba hidrolizi, proteinlerin AA

dizisinin belirlenmesi iin gerekli bir

basamaktr

Enzim Hidrolizi: Proteazlar

-Endoproteazlar

Tripsin, Kimotripsin, pepsin

-Ekzoproteazlar

Aminopeptidaz, Karboksipeptidaz

-Papain (in vitro artlar)

Peptidlerin Kimyasal Reaksiyonlar

Fizyolojik Olarak Aktif Peptidler

Peptid AA says AA DizisiKarnozin dipeptid Histidil--alaninAnserin dipeptid Metilhistidil--alanin

Glutatyon

(GSH)

tripeptid -Glutamil-sisteinil-glisin

Bradikinin nanopeptid

Kallidin(Lizil-bradikinin)

dekapeptid

Kasyaps

Plazma proteinlerininhidrolizi ile aa karlar

-Dz kaslar gevetir-Antienflamatuvar

GLUTATYON

-Glutamil sisteinil - glisin

GSH

PEPTD YAPILI HORMONLAR

HORMON PEPTD AA Says

TRH Tripeptid 3 AA

Enkefalinler Pentapeptid 5 AA

Glukagon Polipeptid 29 AA

ACTH Polipeptid 39 AA

nslin Polipeptid A zinciri: 21 AA

B zinciri: 30 AA

Dipeptid: Aspartam (Suni tatlandrc)

Aspartil-fenilalanin metil ester(Asp Phe - OCH3)

SENTETK PEPTDLER

H3N-CH-C-NH-CH-C-OCH3

O O

CH2

COO-

CH2-

+

Polipeptid: Farmakolojik preparatlar- Antibiyotikler- Antitmr ajanlar- Baz hormonlar(nslin)

(amino asitlerin D-enantiomeri)

PROTENLER

PROTENLEROrganizmada en yksek oranda bulunan

makromolekller% 70 su

% 15 protein% 15 dier

Total hcre arl

Amino asitlerin lineer polimerleri

Farkl

Cins

Saysralanma

(n tane)20 St AA PROTEN

Standart AAlerin peptid ba araclylalineer dizilii Birbirinden farkl cok

sayda peptid zincirleri

Dipeptid: AA1 AA220 x 20

Protein (100 AA)

400 farkl molekl

Tripeptid: AA1 AA2 AA320 x 20 x 20

Evrendeki total atom says

8000 farklmolekl

.

PROTENLER

Snrsz sayda farkl

protein yaplarAA sekans: 20n

AA says: n

H2N ( )nCOOHAmino asitler

lineer polimerler:

PROTENLER

3 boyutlu yap, lineer polimerlerin ok farkl ekillerde katlanmas ve kvrlmasyla oluur

Her proteinin spesifik birfonksiyonu vardr

Biyolojik fonksiyonlar,3 boyutlu yapya baldr

H2N ( )nCOOH (lineer polimer)

(polipeptid zincir)

KompleksMolekl arl bykBirden ok polipeptid zincirierebilir

Nitrojen miktar (amino asitlerinNH2 gruplar) sabit (Proteinin%17si)

3 boyutlu protein yaplar

ProteinMolekl A

AA

says

Zincir

says

nslin 5700 51 2

Miyoglobin 16 890 153 1

Albmin 66 000 550 1glutamat

dehidrojenaz (GDH) 1 000 000 8300 40

Baz Protein Yaplar

AAlerin ortalama mol a : 128

Peptid ba iin su k : 18

Protein - AA mol a: 110

Protein yapsna katlan AAlerin

Ortalama Molekl Arl

H2O mw:18

protein AA says = protein mol Arl110

-ekil

-Yap

-znrlk

-Biyolojik fonksiyon

Snflandrmada kullanlanzellikler

Proteinlerin Snflandrlmas

Proteinler,eksen oranlar(uzunluun genilie oran)nagre,2 grubu ayrlrlar:

Globuler proteinler:Eksen oran 10 ; genelde: 3-4

Fibrz Proteinler:Eksen oran 10

Proteinlerin ekli

Skca katlanm helezon eklinde polipeptid zincirlerden oluur

rnek: Albumin, Miyoglobin(Proteinlerin byk ksm, bu gruptadr)

Globler proteinler:

Spiral veya heliks eklinde kvrlm,(kovalent ve H balaryla

apraz balanm) zincirlerden oluurlar

Bitkilerde bulunmazlar.rnek: Ba dokusu proteinleri:

Kollajen, Elastin, KeratinMiyozin: Kas proteiniFibrinojen:phtlama proteini

Fibrz Proteinler:

Proteolitik

enzimlere

kar direnlidir

Kollajen:Birbirine sarlm 3 polipeptidzinciri (l heliks)nden oluur

Memelilerde total proteinin %30unu tekil eder

Gly,Ala,Pro,Lysdenzengindir

A

B

C

Proteinler yaplarna gre,3 grupta toplanrlar

Basit proteinler

Konjuge proteinler

Trev proteinler

Proteinlerin Yaps

Basit proteinlerHidroliz edildiklerinde sadece L--amino asitleri veren,saf proteinlerr: Albmin

Trev proteinlerIstma, hidroliz, asidifikasyon, vbilemlerle modifiye olan proteinlerr: baz pepton ve peptidler

Konjuge proteinlerL--amino asitlerin yan sra,baka kimyasal gruplar (prostetik grup)da

ierirler

Glikoproteinler: protein + COH grup

Karbohidrat(oligosakkarit) niteleriniierirler rnek: membran proteinleri

plazma proteinleri(globulinler),

Nkleoproteinler: protein+nkleik asit(histonlar) (DNA,RNA)

Lipoproteinler: protein + lipid

Protein:Apo(lipo)protein (Apo A,B,C...)

Lipid:Kolesterol,fosfolipid, gliserid

rnek:Plazma Lp.leri ( HDL,LDL,VLDL)

Fosfoproteinler: Fosfatlarla ester yapm AAleri ieren proteinler

rnek: Kazein-st

Vitellin-yumurta sars)

Konjuge proteinler

Hemoproteinler:protein+hem(ferroporfirin)

r:hemoglobin,miyoglobin,katalaz

Metalloproteinler: protein + metalCu- seruloplazminFe-transferrin, ferritinCa-kalmodulinZn-karbonik anhidraz

Konjuge proteinler

Proteinler znrlk

Fibrz

Globler

Albminler Su ve tuz zeltileri

Globulinler Su: snrl znrlkDile tuz zeltileri Doymu tuz zeltileri:

(Salting-out)

Histonlar Su ve tuz zeltileri

Proteinlerin znrl

Enzimler: Metabolizmay dzenleyen ve

etkileyen globuler proteinler( geni bir

protein snf)

Biyokimyasal reaksiyonlar katalizlerler

Substrat spesifiteleri vardr.

.... az eklinde adlandrlr

Eksiklikleri pek ok metabolik hastalkla

sonulanr

Proteinlerin Biyolojik Fonksiyonu

Proteinlerin Biyolojik Fonksiyonu

Dzenleyici proteinler: Fizyolojikaktivitenin dzenlenmesinden sorumludurlar

r:Hormonlar (inslin eksikllii diabet)

G-proteinler Hcre ii haberleme

Yapsal proteinler:Kas, ba dokusuproteinleri, membran proteinleri

r: Kollajen (tendon and ligamentlerde)

keratin (sa ve trnakta)

Proteinlerin Biyolojik Fonksiyonu

Transport proteinleri: Plazmada vemembranlarda spesifik maddelerin veyaiyonlarn taycsdrlar

r:Hb-O2, miyoglobin-O2Lipoprotein-lipid, Transferrin-FeSeruloplazmin-Cu, vb

Besin ve Depo proteinler: Ovalbumin,

laktalbumin, kazein, ferritin

Proteinlerin Biyolojik Fonksiyonu

Kontraktil proteinler: Kaslmay ve

hareketi salayan proteinler

r:Miyozin - kaln filament

Aktin - nce filament

Tbilin - membran iskeleti

Reseptrler:Hcre ii haberlemederol oynarlar

r:adrenalin iin-adrenerjik reseptor

Savunma proteinleri:

r:mmnogloblinler: Patojenlerekar organizmay korurlar

Fibrinojen: (Phtlama mekanizmas)

Proteinlerin Biyolojik Fonksiyonu