chẨn ĐoÁn vi sinh trong thỰc hÀnh viÊm phỔi
TRANSCRIPT
PowerPoint PresentationPhm Hùng Vân
Qut MI SAU Phát hin virus
Bnh phm àm
Ly àm ngay khi có th Phi hng dn bnh nhân súc ming
bng nc sch Phi hng dn bnh nhân khc àm
sau mt hi hít tht sâu Tránh ly nc bt, dch nhy c hng
Dùng phng tin thích hp cho bnh nhân ly àm
D cho àm vào, ánh giá c mu àm, Tránh ngoi nhim,an toàn
Ly àm ngi không khc c àm
Khí dung NaCl 2-4%
NTA (Naso Tracheal Aspirate)
Chuyên ch và lu gi mu àm
àm ly xong phi chuyn ngay n phòng thí nghim
Ngay sau khi có mu àm, phi tin hành kho sát vi sinh ngay, không chm tr
Nu không kho sát ngay, gi trong t mát nhng không quá 2 gi k t khi ly mu
Kho sát vi th mu àm
ánh giá tin cy da trên pht Gram: quan sát quang trng x100 • Bch cu > 25, biu mô < 10: TIN CY • Bch cu > 25, biu mô > 10: TIN CY VA • Bch cu < 25, biu mô > 10: KHÔNG TIN CY
ánh giá tác nhân gây bnh: quan sát vùng bch cu
Mu không tin cy: Không thy TB bch cu T bào biu mô >10
Mu tin cy va: Nhiu TB bch cu Nhiu TB biu mô
Mu tin cy: Nhiu TB bch cu T bào biu mô <10
Mu tin cy: Nhiu TB bch cu Không có TB biu mô
Song cu Gram [+] ging S. pneumoniae
Song cu Gram [-] ging M. catarrhalis
Trc khun Gram [-] nh ging H. influenzae
Trc khun Gram [-] nh ging H. influenzae
Tröïc khuaån Gram [-] lôùn
Kt qu Gram phát hin > 1 loi vi khun Vd:
• Song cu Gram [+] • Trc khun Gram [-] • Trc khun Gram [+]
Quan sát nhm vùng t bào biu mô
Cy àm ti phòng thí nghim
T m thng T m CO2 các loi môi trng, vt liu 1. Phân lp vi khun khó mc
BA máu cu CA có bacitracin
2. Phân lp vi khun Gram [-] MC
3. Môi trng nh danh 4. Môi trng kháng sinh 5. a kháng sinh 6. Phng tin là MIC
Kính hin vi
Thách thc trong cy àm
Có nhiu loi là vi khun gây bnh là khó mc, do vy phi cy ngay và có các loi môi trng cn thit
Phi bt c vi khun gây bnh t mu tp nhim, do vy phi ly úng bnh phm và phi ánh giá chn úng vi khun gây bnh mc trên mt thch phân lp
Chn úng vi khun gây bnh
?
??
?
Nguyên tc chn VK gây bnh
u tiên 1: Chn vi khun phù hp vi hình nh vi khun thy trong vùng bch cu ca pht nhum Gram mu àm
u tiên 2: Chn vi khun u th (nh lng hay bán nh lng
Lu ý: Vi khun có s lng nhiu nhng cng có th không phi là vi khun gây bnh mà ch là VK qun c, vi khun thng trú hu hng (Streptococci tiêu huyt α)
Cy àm nh lng Mu àm c pha loãng trong dung
dch tan àm ri cy nh lng Xác nh tác nhân gây bnh da vào
nh lng • ≤ 104/ml Tp nhim • ≥ 105/ml Tác nhân gây bnh
Mu ly qua chi bo v • ≥ 103/ml Tác nhân gây bnh
Lu ý: Vi khun tp nhim vùng hu hng mu tin cy va hay không tin cy có th có s nh lng ≥ 105/ml. Do vy phi kho sát trc tip xem vi khun quanh vùng bch cu
Cy àm bán nh lng
Mu àm c cy phân lp 3 chiu trên môi trng phân lp
Chn khúm vi khun mc trên vùng th 4 hay vùng th 3
Lu ý: Vi khun tp nhim vùng hu hng mu tin cy va hay không tin cy có th mc n vùng th 4. Do vy phi kho sát trc tip xem vi khun quanh vùng bch cu
Tá nhân vi khun gây CAP và CAP/COPD Kt qu nuôi cy mu àm 271 bnh nhân
1,11
2,95
0,37
11,81
7,75
9,59
0,74
5,17
12,18
0,37
2,58
CAP, community-acquired pneumonia; COPD, chronic obstructive pulmonary disease; GAS, Streptococci Group A; GBS, Streptococci Group B; GNR, Gram-negative rod; MTB, M. tuberculosis; SAU, S. aureus; MRS, methicillin resistant S. aureus; SCN, S. epidermidis.
Van PH, et al. Vietnam Pulmonary Society. REAL STUDY 2016-2017.
Medical News – Practical Respiratory 2018;3:51–63.
Bui Le Huu Bích Van (2015)1
Lun vn thc s. i tng: 32 bnh nhi CAP không áp ng iu tr KS bc u nhp vin N1. Bnh phm: NTA tin cy 6 (18.75%) cy [+] (K. pneumoniae: 2, E. coli: 1, P. aeruginosa: 1, H. influenzae: 1, E. faecium: 1)
Trn Quang Khi (2016)2
Lun vn thc s. i tng: 66 bnh nhi viêm phi thùy. Bnh phm: NTA tin cy Tt c [−] vi nuôi cy
Ngô Chí Thnh (2017)3
Lun vn CKII. i tng: 48 bnh nhi viêm phi nng không áp ng KS iu tr. Bnh phm: NTA tin cy Tt c [−] vi nuôi cy
Tác nhân vi khun gây CAP tr em Results from culture
CAP, community-acquired pneumonia; NTA, naso-tracheal aspirate.
1. Unpublished data based on thesis report by Bui Lê Hu Bích Vân, et al, 2015. 2. Unpublished data based on thesis report by Trn Quang Khi, et al, 2016. 3. Unpublished data based on thesis report by Ngô Chí Thnh, et al, 2017.
Tác nhân Cng ng Bnh vin ICU
Ti UK Finch R. Clin. Microbiol. Inf. 2001; 7(suppl3): 30-38 (n=336) (n=1137) (n=185)
S. pneumoniae 36.0 39.0 21.6
H. influenzae 10.2 5.2 3.8
M. pneumoniae 1.3 10.8 2.7
Virus 13.1 12.8 9.7
Ti B Ieven et al. ECCMID 2004 (n=44) (n=103)
S. pneumoniae 27.3 35.0
H. influenzae 2.3 4.8
M. pneumoniae 18.2 6.8
Virus 12.2 16.7
Tác nhân viêm phi mc phi cng ng D LIU T ANH & B
Reimer and Carroll. Clin Infect Dis. 1998;26:742-748. Marrie. Infect Dis Clin North Am. 1998;12:723-740. Bartlett et al. Clin Infect Dis. 1998;26:811-838.
S. pneumoniae và H. influenzae là vk hàng u gây nhim trùng hô hp
TÁC NHÂN VI SINH VIÊM PHI CNG NG
1%
16%
10%
Khác C. pneumoniae M. pneumoniae Legionella H. influenzae M. catarrhalis S. pneumoniae
Chart1
Khác
16
6
10
7
20
1
40
Sheet1
Sheet2
Sheet3
Các tác nhân vi khun cng ng nh PNE, HIN không phi là các nhân vi sinh ch yu gây bnh?
Nhim trùng hô hp di TÁC NHÂN VI SINH CH YU?
Ti sao nuôi cy vi sinh
tht bi?
LÝ DO NUÔI CY THT BI Lý do ch quan khó khc phc
Tác nhân thng gp li khó nuôi cy (S. pneumoniae, H. influenzae), òi hi các môi trng phân lp ít có sn
Mu không tin cy do ln nc bt (tp khun hu hng)
Bnh phm ít c cy ngay do chm gi n PTN, do không c cy ngay
Không bit cách ánh giá kt qu nuôi cy chn úng VK gây bnh
Expert opinion of speaker.
LÝ DO NUÔI CY THT BI Lý do khách quan không th khc phc
Bnh nhân dùng kháng sinh trc nên các vi khun này không còn sng trong mu àm (nhng vn còn trong các dch lót ph nang hay mô phi)[1]
Tác nhân không nuôi cy c ti các phòng thí nghim lâm sàng (vi khun không in hình, virus)[1]
Blood culture (only 14% positive)[2]
1. Expert opinion of speaker. 2. Luna HIR, et al. The Ochsner Journal 2001;3:85-93.
Phát hin kháng nguyên hòa tan VK gây bnh (nh S. pneumoniae, L. pneumophila) trong nc tiu: nhy thp[1]
Phát hin kháng nguyên trong mu àm, quyt mi sau bng ELISA, MDHQ: Phát hin tác nhân virus, VKKH: nhy thp[2]
Huyt thanh hc tìm kháng th c hiu phát hin tác nhân virus, VKKH: Nu là IgG thì phi huyt thanh kép cách 10 ngày; nu là IgM thì phi có giá tr ct và tùy cht lng kit[2]
K THUT MIN DCH VN NHIU HN CH
ELISA, enzyme-linked immunosorbent assay; IgG, immunoglobulin G; IgM, immunoglobulin M.
1. Horita N, et al. Respirology 2013;18:1177–1183. 2. Torres A, et al. Eur Respir J 2016;48:1764–1777.
Expert opinion of speaker.
Không phi tt c mi trng hp CAP u cu máu [+] (Ti a ch 14-16%)
Coi chng ngoi nhim. Kt qu [+] trong 24 gi, hay c 2 chai cy cùng [+] mt loi VK thng ít khi là ngoi nhim
Cy máu Thách thc trong cy máu
Nguyên tc PCR c s ca nhy và c hiu tuyt vi
ADN ích
1
2
3
4
n
hay trình t on gen
PCR
nh danh da vào kiu hình sinh vt hóa hc quyt nh
bi b gen
Nuôi cy
PCR t nhy phát hin mt mãnh NA ca VSV có trong mu nh
nguyên tc khuch i NA t mt thành hàng t ri mi phát hin
PCR chính là nuôi cy nhng là nuôi cy on gen ca VSV nên PCR
c hiu không khác nuôi cy
PCR, polymerase chain reaction; DNA, deoxyribonucleic acid; RNA, ribonucleic acid; RTPCR, reverse transcription polymerase chain reaction. Expert opinion of speaker.
CÁC BP KHÁC NHAU (Máu, mô, àm, m, dch c th)
TÁCH CHIT DNA/RNA NKDNARNAprep-MAGBEAD
Mt b thuc th cho DNA và RNA Ch 5 bc thc hin nhy gp 100 ln th công Tng thích cho KingFisher
REAL-TIME PCR/RTPCR NKReal-time PCR/RTPCR kit
Chn la tu tác nhân Chng ni kim soát cht ng Cùng mt chng trình real-time Tng thích nhiu máy real-time
“Streamline” Real-time PCR MÔ HÌNH DÀNH CHO PHÒNG THÍ NGHIM LÂM SÀNG
tách chit DNA/RNA Các thit b KingFisher
Real-time PCR Các thit b Real-time PCR
# 1
PCR, polymerase chain reaction; DNA, deoxyribonucleic acid; RNA, ribonucleic acid; RTPCR, reverse transcription polymerase chain reaction. Expert opinion of speaker.
Mu th ÀM
Tách chit NA
VK cng ng
S. pneumoniae H. influenzae M. catarrhalis S. pyogenes S. agalactiae S. suis H. influenzae b
VK không in hình
L. pneumophila M. pneumoniae C. pneumoniae B. pertussis B. parapertussis C. Trachomatis
VIRUS Influenzavirus A, B, C Parainfluenzavirus 1, 2, 3 Rhinovirus RSV, Measle Adenovirus
VK Bnh vin
S. aureus (MR, MS) S. epidermidis E. faecalis, E. faecium E. coli, K. pneumoniae P. aeruginosa A. baumannii E. cloacae
VI NM C. albican, C. tropicalis C. parapsilosis C. krusei, C. glabrate A. fumigatus, A. niger, A. terrus, A. flavus P. carinii P. jiroveciM. tuberculosis
Xác nh tác nhân da vào KQ nh lng Vi khun in hình ≥105/ml VK không in hình Có phát hin Virus Có phát hin M. tuberculosis Có phát hin Candida, Aspergillus Ghi nhn s lng P. carinii, P. jiroveci Ghi nhn s lng
PCR, polymerase chain reaction; RSV, respiratory syncytial virus; MR, methicillin resistant; MS, methicillin sensitive; CA, community-acquired; NA, nucleic acid.
34,32
20,3
1,11
2,95
Nghiên cu REAL 2016-2017 (N-271). Website HHH TP.HCM
CAP và CAP/COPD ngi ln nhp vin KT QU NUÔI CY VS REAL-TIME PCR ÀM
Culture [+] (loi b thng trú) 42.1% Predominant pathogens Gram-negative rods
Real-time PCR [+] 69% Predominant pathogens S. pneumoniae
H. influenzae
Van PH, et al. Vietnam Pulmonary Society. REAL STUDY 2016-2017.
Medical News – Practical Respiratory 2018;3:51–63.
Unpublished data based on thesis report by Bui Lê Hu Bích Vân, et al, 2015.
Pathogens % Pathogens %
B. pertussis 3.13 S. pneumoniae + M. pneumoniae 15.63
RSV 3.13 S. pneumoniae + virus 3.13
E. coli 3.13 S. pneumoniae + virus + HA 12.52
K. pneumoniae 3.13 H. influenzae 3.13
(-) 12.50 H. influenzae + HA 3.13
Multi-pathogens are predominant (N=32)
Tr em CAP tht bi KS ban u Real-time PCR results (culture [+] : 18.75%)
PCR, polymerase chain reaction; CAP, community-acquired pneumonia; HA, hospital bacteria; RSV, respiratory syncytial virus.
Pathogens % Pathogens %
MTB 1.52 SP + HI + MC + MP 1.52 MP 37.88 SP + HI 4.55 SP 13.64 SP + HI + MC 3.03 SP + MP 22.73 HI + MP 1.52 SP + MP + MTB 1.52 HI 1.52 SP + MC + MP 3.03 SP + HA 1.52
(-) 4.55
Multi-pathogens are predominant (N=66)
Unpublished data based on thesis report by Trn Quang Khi, et al, 2016.
Viêm phi thùy tr em Real-time PCR results (culture [+]: 0%)
HA, hospital bacteria; HI, H. influenzae; MC, M. catarrhalis; MP, M. pneumoniae; MTB, M. tuberculosis; SP, S. pneumoniae; PCR, polymerase chain reaction.
Ngô Chí Thnh. CK. II thesis 2017
Pathogens % Pathogens %
PNE+MP 16.67 PNE+HI 10.42
PNE+MP+ECO 2.08 PNE+HI+MP 2.08
PNE+MP+pINF1 2.08 PNE+HI+MC+MRSA 2.08
PNE+MP+pINF3 2.08 (-) 8.33
Multi-pathogens are predominant
Viêm phi nng tr em REAL-TIME PCR RESULTS (culture+: 0%)
65,95
58,62
7,33
PCR Cy
CAP ngi ln ngoi trú Real-time PCR vs. culture (cultured pathogens)
Eaero E. aerogenes Eclo E. cloacae Eco E. coli KLP K. pneumoniae Eagg E. agglomerans Pmira P. mirabilis PSA P. aeruginosa PS? Pseudomonas sp. AB A. baumannii Fungi
SP S. pneumoniae HI H. influenzae MC M. catarrhalis GAS Streptococci Group A GBS Streptococci Group B Hib H. influenzae type b SAU S. aureus SE S. epidermidis Efecl E. faecalis
N=232
Cultured
Vietnam Pulmonary Society (2018). Van PH. EACRI Study 2017-2018, unpublished data.
P at
h o
g en
)
Real-time PCR [+] 92.7% Nuôi cy [+] 82.8% Real-time PCR kt hp nuôi cy 94.0%
MY MP BP FluA FluB Para1 Para3 Rhino RSV hMPV Adeno
0,86
7,76
2,59
3,88
0,86 1,29
MY Mycoplasma MP M. pneumoniae BP B. pertussis FluA Influenza virus A FluB Influenza virus B Para1 Parainfluenza 1 Para3 Parainfluenza 3 Rhino Rhinovirus RSV Respiratory syncytial virus hMPV Human metapneumovirus Adeno Adenovirus
Case with virus [+] 27.2% Case with atypical bacteria [+] 10.8%
CAP ngi ln ngoi trú Real-time PCR results (tác nhân không nuôi cy c)
N=232
CAP, community-acquired pneumonia; PCR, polymerase chain reaction.
Vietnam Pulmonary Society 2018. Van PH. EACRI Study 2017-2018, unpublished data.
P at
h o
g en
Mono Bacteria 2.16 SP+CA 1.29 SP+HI+CA 5.17
Mono Virus 2.59 SP+Virus 3.45 SP+HI+Virus 8.19
Mono SP 5.17 SP+CA+Virus 2.16 SP+HI+CA+Virus 0.86
Mono HI 7.76 SP+Virus+Fungi 0.86 SP+HI+CA+HA 4.31
SP+HI 20.69SP+Fungi 0.43 SP+HI+CA+Virus+HA 1.72
HI+Virus 1.72 SP+CA+Virus+HA 0.43 SP+HI+Fungi 0.43
HI+CA 3.02 SP+HA 1.29 SP+HI+CA+Fungi 0.43
HI+CA+Virus 0.43 SP+HA+Fungi 0.43 SP+HI+HA 7.33
HI+CA+HA 0.43 SP+Virus+HA 1.29 SP+HI+HA+Fungi 0.43
HI+HA 1.72 SP+Virus+HA+Fungi 0.43 HA 0.86
HI+HA+Fungi 0.86 CA+Fungi 0.43 HA+Fungi 1.29
HI+Virus+HA 1.29 CA+HA 0.86 HA+Virus 0.43
Virus+Fungi 0.43 CA+Virus+HA 0.43 HA+Virus+Fungi 0.43
Negative 6.03
CAP, community-acquired pneumonia; PCR, polymerase chain reaction; HI, H. influenzae; SP, S. pneumoniae; CA, community bacteria (M. catarrhalis, M. pneumoniae); HA, hospital bacteria (Gram [-],Gram[+]).
CAP ngi ln ngoi trú Real-time PCR and culture
Multi-pathogens are predominant
Vietnam Pulmonary Society (2018). Van PH. EACRI Study 2017-2018, unpublished data.
% values
Phát hin tác nhân vi sinh gây CAP Vai trò xét nghim vi sinh
Các phng pháp vi sinh kinh in có nhng gii hn khó hay không th khc phc. Các phng pháp min dch có nhy và c hiu không cao1
Các phng tin nh nh danh/KS t ng, MALDI-TOF không giúp ci thin các hn ch này1
Real-time PCR là gii pháp tt nht vì làm tng cht lng và s lng phát hin tác nhân vi sinh gây bnh và phù hp vi iu kin ca nhiu phòng thí nghim vi sinh bnh vin hin nay1,2
ATB, antibiotic; CAP, community-acquired pneumonia; PCR, polymerase chain reaction; MALDI-TOF, matrix assisted laser desorption ionization-time of flight.
1. Expert opinion of speaker. 2. Templeton KE, et al. Clinical Infectious Diseases 2005;41:345–351.
Bnh phm o àm, NTA, dch ra ph qun o Gi lnh c trong 24 hrs o Gi lâu hn -18 n -20oC o D chuyên ch
Kt qu trong 1 ngày
Giúp lâm sàng iu chnh KS ban u nhanh chóng, nhiu khi giúp cho kháng sinh trúng ích ngay t u
CAP, community-acquired pneumonia; NTA, naso-tracheal aspirate. Expert opinion of speaker.
Phát hin tác nhân vi sinh gây CAP Vai trò xét nghim vi sinh
Kt qu có giúp chn KS iu tr? Nu [+] tác nhân vi khun cng ng
• HIN và M. catarrhalis thng tit β-lactamase • S. pneumoniae kháng macrolide, bactrim, cephalo 2rd
Nu [+] tác nhân atypical • Macrolide, fluoroquinolone
Nu [+ tác nhân bnh vin • S. aureus, SCN: tye l cao MRSA, MSSA • E. coli, K. pneumoniae: ESBL • A. baumannii: XDR • P. aeruginosa: MDR
Ngoài ra: GÍUP IU CHNH KHÁNG SINH IU TR
IU TR TRÚNG ÍCH NGAY T U
CHN OÁN VI SINHTRONG THC HÀNH VIÊM PHI
Slide Number 2
Bnh phm àm
Slide Number 4
Slide Number 5
Chuyên ch và lu gi mu àm
Kho sát vi th mu àm
Slide Number 9
Slide Number 10
Slide Number 11
Slide Number 12
Thách thc trong cy àm
Chn úng vi khun gây bnh
Nguyên tc chn VK gây bnh
Cy àm nh lng
Cy àm bán nh lng
Tá nhân vi khun gây CAP và CAP/COPDKt qu nuôi cy mu àm 271 bnh nhân
Tác nhân vi khun gây CAP tr em Results from culture
Slide Number 21
Slide Number 22
Các tác nhân vi khun cng ng nh PNE, HIN không phi là các nhân vi sinh ch yu gây bnh?
Slide Number 24
LÝ DO NUÔI CY THT BILý do ch quan khó khc phc
LÝ DO NUÔI CY THT BILý do khách quan không th khc phc
k thut min dch vn nhiu hn ch
Cy máuThách thc trong cy máu
Slide Number 29
Nguyên tc PCRc s ca nhy và c hiu tuyt vi
“Streamline” Real-time PCRMÔ HÌNH DÀNH CHO PHÒNG THÍ NGHIM LÂM SÀNG
Real-time PCRphát hin tác nhân gây viêm phi
CAP và CAP/COPD ngi ln nhp vin KT QU NUÔI CY VS REAL-TIME PCR ÀM
Slide Number 34
Viêm phi thùy tr emReal-time PCR results (culture [+]: 0%)
Viêm phi nng tr emREAL-TIME PCR RESULTS (culture+: 0%)
CAP ngi ln ngoi trúReal-time PCR vs. culture (cultured pathogens)
CAP ngi ln ngoi trú Real-time PCR results (tác nhân không nuôi cy c)
CAP ngi ln ngoi trú Real-time PCR and culture
Phát hin tác nhân vi sinh gây CAPVai trò xét nghim vi sinh
Phát hin tác nhân vi sinh gây CAPVai trò xét nghim vi sinh
Kt qu có giúp chn KS iu tr?
Slide Number 43
Qut MI SAU Phát hin virus
Bnh phm àm
Ly àm ngay khi có th Phi hng dn bnh nhân súc ming
bng nc sch Phi hng dn bnh nhân khc àm
sau mt hi hít tht sâu Tránh ly nc bt, dch nhy c hng
Dùng phng tin thích hp cho bnh nhân ly àm
D cho àm vào, ánh giá c mu àm, Tránh ngoi nhim,an toàn
Ly àm ngi không khc c àm
Khí dung NaCl 2-4%
NTA (Naso Tracheal Aspirate)
Chuyên ch và lu gi mu àm
àm ly xong phi chuyn ngay n phòng thí nghim
Ngay sau khi có mu àm, phi tin hành kho sát vi sinh ngay, không chm tr
Nu không kho sát ngay, gi trong t mát nhng không quá 2 gi k t khi ly mu
Kho sát vi th mu àm
ánh giá tin cy da trên pht Gram: quan sát quang trng x100 • Bch cu > 25, biu mô < 10: TIN CY • Bch cu > 25, biu mô > 10: TIN CY VA • Bch cu < 25, biu mô > 10: KHÔNG TIN CY
ánh giá tác nhân gây bnh: quan sát vùng bch cu
Mu không tin cy: Không thy TB bch cu T bào biu mô >10
Mu tin cy va: Nhiu TB bch cu Nhiu TB biu mô
Mu tin cy: Nhiu TB bch cu T bào biu mô <10
Mu tin cy: Nhiu TB bch cu Không có TB biu mô
Song cu Gram [+] ging S. pneumoniae
Song cu Gram [-] ging M. catarrhalis
Trc khun Gram [-] nh ging H. influenzae
Trc khun Gram [-] nh ging H. influenzae
Tröïc khuaån Gram [-] lôùn
Kt qu Gram phát hin > 1 loi vi khun Vd:
• Song cu Gram [+] • Trc khun Gram [-] • Trc khun Gram [+]
Quan sát nhm vùng t bào biu mô
Cy àm ti phòng thí nghim
T m thng T m CO2 các loi môi trng, vt liu 1. Phân lp vi khun khó mc
BA máu cu CA có bacitracin
2. Phân lp vi khun Gram [-] MC
3. Môi trng nh danh 4. Môi trng kháng sinh 5. a kháng sinh 6. Phng tin là MIC
Kính hin vi
Thách thc trong cy àm
Có nhiu loi là vi khun gây bnh là khó mc, do vy phi cy ngay và có các loi môi trng cn thit
Phi bt c vi khun gây bnh t mu tp nhim, do vy phi ly úng bnh phm và phi ánh giá chn úng vi khun gây bnh mc trên mt thch phân lp
Chn úng vi khun gây bnh
?
??
?
Nguyên tc chn VK gây bnh
u tiên 1: Chn vi khun phù hp vi hình nh vi khun thy trong vùng bch cu ca pht nhum Gram mu àm
u tiên 2: Chn vi khun u th (nh lng hay bán nh lng
Lu ý: Vi khun có s lng nhiu nhng cng có th không phi là vi khun gây bnh mà ch là VK qun c, vi khun thng trú hu hng (Streptococci tiêu huyt α)
Cy àm nh lng Mu àm c pha loãng trong dung
dch tan àm ri cy nh lng Xác nh tác nhân gây bnh da vào
nh lng • ≤ 104/ml Tp nhim • ≥ 105/ml Tác nhân gây bnh
Mu ly qua chi bo v • ≥ 103/ml Tác nhân gây bnh
Lu ý: Vi khun tp nhim vùng hu hng mu tin cy va hay không tin cy có th có s nh lng ≥ 105/ml. Do vy phi kho sát trc tip xem vi khun quanh vùng bch cu
Cy àm bán nh lng
Mu àm c cy phân lp 3 chiu trên môi trng phân lp
Chn khúm vi khun mc trên vùng th 4 hay vùng th 3
Lu ý: Vi khun tp nhim vùng hu hng mu tin cy va hay không tin cy có th mc n vùng th 4. Do vy phi kho sát trc tip xem vi khun quanh vùng bch cu
Tá nhân vi khun gây CAP và CAP/COPD Kt qu nuôi cy mu àm 271 bnh nhân
1,11
2,95
0,37
11,81
7,75
9,59
0,74
5,17
12,18
0,37
2,58
CAP, community-acquired pneumonia; COPD, chronic obstructive pulmonary disease; GAS, Streptococci Group A; GBS, Streptococci Group B; GNR, Gram-negative rod; MTB, M. tuberculosis; SAU, S. aureus; MRS, methicillin resistant S. aureus; SCN, S. epidermidis.
Van PH, et al. Vietnam Pulmonary Society. REAL STUDY 2016-2017.
Medical News – Practical Respiratory 2018;3:51–63.
Bui Le Huu Bích Van (2015)1
Lun vn thc s. i tng: 32 bnh nhi CAP không áp ng iu tr KS bc u nhp vin N1. Bnh phm: NTA tin cy 6 (18.75%) cy [+] (K. pneumoniae: 2, E. coli: 1, P. aeruginosa: 1, H. influenzae: 1, E. faecium: 1)
Trn Quang Khi (2016)2
Lun vn thc s. i tng: 66 bnh nhi viêm phi thùy. Bnh phm: NTA tin cy Tt c [−] vi nuôi cy
Ngô Chí Thnh (2017)3
Lun vn CKII. i tng: 48 bnh nhi viêm phi nng không áp ng KS iu tr. Bnh phm: NTA tin cy Tt c [−] vi nuôi cy
Tác nhân vi khun gây CAP tr em Results from culture
CAP, community-acquired pneumonia; NTA, naso-tracheal aspirate.
1. Unpublished data based on thesis report by Bui Lê Hu Bích Vân, et al, 2015. 2. Unpublished data based on thesis report by Trn Quang Khi, et al, 2016. 3. Unpublished data based on thesis report by Ngô Chí Thnh, et al, 2017.
Tác nhân Cng ng Bnh vin ICU
Ti UK Finch R. Clin. Microbiol. Inf. 2001; 7(suppl3): 30-38 (n=336) (n=1137) (n=185)
S. pneumoniae 36.0 39.0 21.6
H. influenzae 10.2 5.2 3.8
M. pneumoniae 1.3 10.8 2.7
Virus 13.1 12.8 9.7
Ti B Ieven et al. ECCMID 2004 (n=44) (n=103)
S. pneumoniae 27.3 35.0
H. influenzae 2.3 4.8
M. pneumoniae 18.2 6.8
Virus 12.2 16.7
Tác nhân viêm phi mc phi cng ng D LIU T ANH & B
Reimer and Carroll. Clin Infect Dis. 1998;26:742-748. Marrie. Infect Dis Clin North Am. 1998;12:723-740. Bartlett et al. Clin Infect Dis. 1998;26:811-838.
S. pneumoniae và H. influenzae là vk hàng u gây nhim trùng hô hp
TÁC NHÂN VI SINH VIÊM PHI CNG NG
1%
16%
10%
Khác C. pneumoniae M. pneumoniae Legionella H. influenzae M. catarrhalis S. pneumoniae
Chart1
Khác
16
6
10
7
20
1
40
Sheet1
Sheet2
Sheet3
Các tác nhân vi khun cng ng nh PNE, HIN không phi là các nhân vi sinh ch yu gây bnh?
Nhim trùng hô hp di TÁC NHÂN VI SINH CH YU?
Ti sao nuôi cy vi sinh
tht bi?
LÝ DO NUÔI CY THT BI Lý do ch quan khó khc phc
Tác nhân thng gp li khó nuôi cy (S. pneumoniae, H. influenzae), òi hi các môi trng phân lp ít có sn
Mu không tin cy do ln nc bt (tp khun hu hng)
Bnh phm ít c cy ngay do chm gi n PTN, do không c cy ngay
Không bit cách ánh giá kt qu nuôi cy chn úng VK gây bnh
Expert opinion of speaker.
LÝ DO NUÔI CY THT BI Lý do khách quan không th khc phc
Bnh nhân dùng kháng sinh trc nên các vi khun này không còn sng trong mu àm (nhng vn còn trong các dch lót ph nang hay mô phi)[1]
Tác nhân không nuôi cy c ti các phòng thí nghim lâm sàng (vi khun không in hình, virus)[1]
Blood culture (only 14% positive)[2]
1. Expert opinion of speaker. 2. Luna HIR, et al. The Ochsner Journal 2001;3:85-93.
Phát hin kháng nguyên hòa tan VK gây bnh (nh S. pneumoniae, L. pneumophila) trong nc tiu: nhy thp[1]
Phát hin kháng nguyên trong mu àm, quyt mi sau bng ELISA, MDHQ: Phát hin tác nhân virus, VKKH: nhy thp[2]
Huyt thanh hc tìm kháng th c hiu phát hin tác nhân virus, VKKH: Nu là IgG thì phi huyt thanh kép cách 10 ngày; nu là IgM thì phi có giá tr ct và tùy cht lng kit[2]
K THUT MIN DCH VN NHIU HN CH
ELISA, enzyme-linked immunosorbent assay; IgG, immunoglobulin G; IgM, immunoglobulin M.
1. Horita N, et al. Respirology 2013;18:1177–1183. 2. Torres A, et al. Eur Respir J 2016;48:1764–1777.
Expert opinion of speaker.
Không phi tt c mi trng hp CAP u cu máu [+] (Ti a ch 14-16%)
Coi chng ngoi nhim. Kt qu [+] trong 24 gi, hay c 2 chai cy cùng [+] mt loi VK thng ít khi là ngoi nhim
Cy máu Thách thc trong cy máu
Nguyên tc PCR c s ca nhy và c hiu tuyt vi
ADN ích
1
2
3
4
n
hay trình t on gen
PCR
nh danh da vào kiu hình sinh vt hóa hc quyt nh
bi b gen
Nuôi cy
PCR t nhy phát hin mt mãnh NA ca VSV có trong mu nh
nguyên tc khuch i NA t mt thành hàng t ri mi phát hin
PCR chính là nuôi cy nhng là nuôi cy on gen ca VSV nên PCR
c hiu không khác nuôi cy
PCR, polymerase chain reaction; DNA, deoxyribonucleic acid; RNA, ribonucleic acid; RTPCR, reverse transcription polymerase chain reaction. Expert opinion of speaker.
CÁC BP KHÁC NHAU (Máu, mô, àm, m, dch c th)
TÁCH CHIT DNA/RNA NKDNARNAprep-MAGBEAD
Mt b thuc th cho DNA và RNA Ch 5 bc thc hin nhy gp 100 ln th công Tng thích cho KingFisher
REAL-TIME PCR/RTPCR NKReal-time PCR/RTPCR kit
Chn la tu tác nhân Chng ni kim soát cht ng Cùng mt chng trình real-time Tng thích nhiu máy real-time
“Streamline” Real-time PCR MÔ HÌNH DÀNH CHO PHÒNG THÍ NGHIM LÂM SÀNG
tách chit DNA/RNA Các thit b KingFisher
Real-time PCR Các thit b Real-time PCR
# 1
PCR, polymerase chain reaction; DNA, deoxyribonucleic acid; RNA, ribonucleic acid; RTPCR, reverse transcription polymerase chain reaction. Expert opinion of speaker.
Mu th ÀM
Tách chit NA
VK cng ng
S. pneumoniae H. influenzae M. catarrhalis S. pyogenes S. agalactiae S. suis H. influenzae b
VK không in hình
L. pneumophila M. pneumoniae C. pneumoniae B. pertussis B. parapertussis C. Trachomatis
VIRUS Influenzavirus A, B, C Parainfluenzavirus 1, 2, 3 Rhinovirus RSV, Measle Adenovirus
VK Bnh vin
S. aureus (MR, MS) S. epidermidis E. faecalis, E. faecium E. coli, K. pneumoniae P. aeruginosa A. baumannii E. cloacae
VI NM C. albican, C. tropicalis C. parapsilosis C. krusei, C. glabrate A. fumigatus, A. niger, A. terrus, A. flavus P. carinii P. jiroveciM. tuberculosis
Xác nh tác nhân da vào KQ nh lng Vi khun in hình ≥105/ml VK không in hình Có phát hin Virus Có phát hin M. tuberculosis Có phát hin Candida, Aspergillus Ghi nhn s lng P. carinii, P. jiroveci Ghi nhn s lng
PCR, polymerase chain reaction; RSV, respiratory syncytial virus; MR, methicillin resistant; MS, methicillin sensitive; CA, community-acquired; NA, nucleic acid.
34,32
20,3
1,11
2,95
Nghiên cu REAL 2016-2017 (N-271). Website HHH TP.HCM
CAP và CAP/COPD ngi ln nhp vin KT QU NUÔI CY VS REAL-TIME PCR ÀM
Culture [+] (loi b thng trú) 42.1% Predominant pathogens Gram-negative rods
Real-time PCR [+] 69% Predominant pathogens S. pneumoniae
H. influenzae
Van PH, et al. Vietnam Pulmonary Society. REAL STUDY 2016-2017.
Medical News – Practical Respiratory 2018;3:51–63.
Unpublished data based on thesis report by Bui Lê Hu Bích Vân, et al, 2015.
Pathogens % Pathogens %
B. pertussis 3.13 S. pneumoniae + M. pneumoniae 15.63
RSV 3.13 S. pneumoniae + virus 3.13
E. coli 3.13 S. pneumoniae + virus + HA 12.52
K. pneumoniae 3.13 H. influenzae 3.13
(-) 12.50 H. influenzae + HA 3.13
Multi-pathogens are predominant (N=32)
Tr em CAP tht bi KS ban u Real-time PCR results (culture [+] : 18.75%)
PCR, polymerase chain reaction; CAP, community-acquired pneumonia; HA, hospital bacteria; RSV, respiratory syncytial virus.
Pathogens % Pathogens %
MTB 1.52 SP + HI + MC + MP 1.52 MP 37.88 SP + HI 4.55 SP 13.64 SP + HI + MC 3.03 SP + MP 22.73 HI + MP 1.52 SP + MP + MTB 1.52 HI 1.52 SP + MC + MP 3.03 SP + HA 1.52
(-) 4.55
Multi-pathogens are predominant (N=66)
Unpublished data based on thesis report by Trn Quang Khi, et al, 2016.
Viêm phi thùy tr em Real-time PCR results (culture [+]: 0%)
HA, hospital bacteria; HI, H. influenzae; MC, M. catarrhalis; MP, M. pneumoniae; MTB, M. tuberculosis; SP, S. pneumoniae; PCR, polymerase chain reaction.
Ngô Chí Thnh. CK. II thesis 2017
Pathogens % Pathogens %
PNE+MP 16.67 PNE+HI 10.42
PNE+MP+ECO 2.08 PNE+HI+MP 2.08
PNE+MP+pINF1 2.08 PNE+HI+MC+MRSA 2.08
PNE+MP+pINF3 2.08 (-) 8.33
Multi-pathogens are predominant
Viêm phi nng tr em REAL-TIME PCR RESULTS (culture+: 0%)
65,95
58,62
7,33
PCR Cy
CAP ngi ln ngoi trú Real-time PCR vs. culture (cultured pathogens)
Eaero E. aerogenes Eclo E. cloacae Eco E. coli KLP K. pneumoniae Eagg E. agglomerans Pmira P. mirabilis PSA P. aeruginosa PS? Pseudomonas sp. AB A. baumannii Fungi
SP S. pneumoniae HI H. influenzae MC M. catarrhalis GAS Streptococci Group A GBS Streptococci Group B Hib H. influenzae type b SAU S. aureus SE S. epidermidis Efecl E. faecalis
N=232
Cultured
Vietnam Pulmonary Society (2018). Van PH. EACRI Study 2017-2018, unpublished data.
P at
h o
g en
)
Real-time PCR [+] 92.7% Nuôi cy [+] 82.8% Real-time PCR kt hp nuôi cy 94.0%
MY MP BP FluA FluB Para1 Para3 Rhino RSV hMPV Adeno
0,86
7,76
2,59
3,88
0,86 1,29
MY Mycoplasma MP M. pneumoniae BP B. pertussis FluA Influenza virus A FluB Influenza virus B Para1 Parainfluenza 1 Para3 Parainfluenza 3 Rhino Rhinovirus RSV Respiratory syncytial virus hMPV Human metapneumovirus Adeno Adenovirus
Case with virus [+] 27.2% Case with atypical bacteria [+] 10.8%
CAP ngi ln ngoi trú Real-time PCR results (tác nhân không nuôi cy c)
N=232
CAP, community-acquired pneumonia; PCR, polymerase chain reaction.
Vietnam Pulmonary Society 2018. Van PH. EACRI Study 2017-2018, unpublished data.
P at
h o
g en
Mono Bacteria 2.16 SP+CA 1.29 SP+HI+CA 5.17
Mono Virus 2.59 SP+Virus 3.45 SP+HI+Virus 8.19
Mono SP 5.17 SP+CA+Virus 2.16 SP+HI+CA+Virus 0.86
Mono HI 7.76 SP+Virus+Fungi 0.86 SP+HI+CA+HA 4.31
SP+HI 20.69SP+Fungi 0.43 SP+HI+CA+Virus+HA 1.72
HI+Virus 1.72 SP+CA+Virus+HA 0.43 SP+HI+Fungi 0.43
HI+CA 3.02 SP+HA 1.29 SP+HI+CA+Fungi 0.43
HI+CA+Virus 0.43 SP+HA+Fungi 0.43 SP+HI+HA 7.33
HI+CA+HA 0.43 SP+Virus+HA 1.29 SP+HI+HA+Fungi 0.43
HI+HA 1.72 SP+Virus+HA+Fungi 0.43 HA 0.86
HI+HA+Fungi 0.86 CA+Fungi 0.43 HA+Fungi 1.29
HI+Virus+HA 1.29 CA+HA 0.86 HA+Virus 0.43
Virus+Fungi 0.43 CA+Virus+HA 0.43 HA+Virus+Fungi 0.43
Negative 6.03
CAP, community-acquired pneumonia; PCR, polymerase chain reaction; HI, H. influenzae; SP, S. pneumoniae; CA, community bacteria (M. catarrhalis, M. pneumoniae); HA, hospital bacteria (Gram [-],Gram[+]).
CAP ngi ln ngoi trú Real-time PCR and culture
Multi-pathogens are predominant
Vietnam Pulmonary Society (2018). Van PH. EACRI Study 2017-2018, unpublished data.
% values
Phát hin tác nhân vi sinh gây CAP Vai trò xét nghim vi sinh
Các phng pháp vi sinh kinh in có nhng gii hn khó hay không th khc phc. Các phng pháp min dch có nhy và c hiu không cao1
Các phng tin nh nh danh/KS t ng, MALDI-TOF không giúp ci thin các hn ch này1
Real-time PCR là gii pháp tt nht vì làm tng cht lng và s lng phát hin tác nhân vi sinh gây bnh và phù hp vi iu kin ca nhiu phòng thí nghim vi sinh bnh vin hin nay1,2
ATB, antibiotic; CAP, community-acquired pneumonia; PCR, polymerase chain reaction; MALDI-TOF, matrix assisted laser desorption ionization-time of flight.
1. Expert opinion of speaker. 2. Templeton KE, et al. Clinical Infectious Diseases 2005;41:345–351.
Bnh phm o àm, NTA, dch ra ph qun o Gi lnh c trong 24 hrs o Gi lâu hn -18 n -20oC o D chuyên ch
Kt qu trong 1 ngày
Giúp lâm sàng iu chnh KS ban u nhanh chóng, nhiu khi giúp cho kháng sinh trúng ích ngay t u
CAP, community-acquired pneumonia; NTA, naso-tracheal aspirate. Expert opinion of speaker.
Phát hin tác nhân vi sinh gây CAP Vai trò xét nghim vi sinh
Kt qu có giúp chn KS iu tr? Nu [+] tác nhân vi khun cng ng
• HIN và M. catarrhalis thng tit β-lactamase • S. pneumoniae kháng macrolide, bactrim, cephalo 2rd
Nu [+] tác nhân atypical • Macrolide, fluoroquinolone
Nu [+ tác nhân bnh vin • S. aureus, SCN: tye l cao MRSA, MSSA • E. coli, K. pneumoniae: ESBL • A. baumannii: XDR • P. aeruginosa: MDR
Ngoài ra: GÍUP IU CHNH KHÁNG SINH IU TR
IU TR TRÚNG ÍCH NGAY T U
CHN OÁN VI SINHTRONG THC HÀNH VIÊM PHI
Slide Number 2
Bnh phm àm
Slide Number 4
Slide Number 5
Chuyên ch và lu gi mu àm
Kho sát vi th mu àm
Slide Number 9
Slide Number 10
Slide Number 11
Slide Number 12
Thách thc trong cy àm
Chn úng vi khun gây bnh
Nguyên tc chn VK gây bnh
Cy àm nh lng
Cy àm bán nh lng
Tá nhân vi khun gây CAP và CAP/COPDKt qu nuôi cy mu àm 271 bnh nhân
Tác nhân vi khun gây CAP tr em Results from culture
Slide Number 21
Slide Number 22
Các tác nhân vi khun cng ng nh PNE, HIN không phi là các nhân vi sinh ch yu gây bnh?
Slide Number 24
LÝ DO NUÔI CY THT BILý do ch quan khó khc phc
LÝ DO NUÔI CY THT BILý do khách quan không th khc phc
k thut min dch vn nhiu hn ch
Cy máuThách thc trong cy máu
Slide Number 29
Nguyên tc PCRc s ca nhy và c hiu tuyt vi
“Streamline” Real-time PCRMÔ HÌNH DÀNH CHO PHÒNG THÍ NGHIM LÂM SÀNG
Real-time PCRphát hin tác nhân gây viêm phi
CAP và CAP/COPD ngi ln nhp vin KT QU NUÔI CY VS REAL-TIME PCR ÀM
Slide Number 34
Viêm phi thùy tr emReal-time PCR results (culture [+]: 0%)
Viêm phi nng tr emREAL-TIME PCR RESULTS (culture+: 0%)
CAP ngi ln ngoi trúReal-time PCR vs. culture (cultured pathogens)
CAP ngi ln ngoi trú Real-time PCR results (tác nhân không nuôi cy c)
CAP ngi ln ngoi trú Real-time PCR and culture
Phát hin tác nhân vi sinh gây CAPVai trò xét nghim vi sinh
Phát hin tác nhân vi sinh gây CAPVai trò xét nghim vi sinh
Kt qu có giúp chn KS iu tr?
Slide Number 43