ModeWebSIf  yousoftw

Ch

 

 

 

Qu

estR SoftwareSite: http://wwu use Modestware you must C.  Guisandhttp://www.ip

uick

e and documeww.ipez.es/MtR  software  acite it in your

de  et  al. pez.es/Modes

k st

entation © UnModestR   and  you publir work as: 

(2012) stR. 

art 

niversity of Vi

ish  any  result

ModestR  S

t tu

igo, Cástor Gu

ts or  images 

Software.  U

utor

uisande et al. 

obtained by 

University  o

rial

 

means of Mo

of  Vigo. 

 

odestR 

Spain. 

ModestR Software    Quick start tutorial 

2 

Contents 

1  Introduction .......................................................................................................................... 5 

2  First steps with MapMaker ................................................................................................... 5 

2.1  Opening MapMaker ...................................................................................................... 6 

2.2  Moving across the world map ....................................................................................... 6 

2.3  Making a range distribution map in MapMaker ........................................................... 7 

2.4  Making a samples distribution map in MapMaker ....................................................... 9 

2.5  Modifying samples in a map ....................................................................................... 12 

2.6  Importing data to a MapMaker map ........................................................................... 13 

2.7  Data cleaning using validation rules ............................................................................ 13 

2.8  Using convex hull tool ................................................................................................. 16 

2.8.1  Using convex hull with samples .......................................................................... 16 

2.8.2  Using convex hull with areas ............................................................................... 19 

2.9  Saving a MapMaker map ............................................................................................. 20 

2.10  Retrieving a map ......................................................................................................... 21 

2.11  Setting the default ModestR database and other preferences in MapMaker ............ 22 

2.12  Other useful features .................................................................................................. 22 

2.12.1  Querying a point in OpenstreetMaps or GoogleMaps ........................................ 22 

2.12.2  Encircling presence areas .................................................................................... 23 

2.12.3  Showing environmental data at mouse cursor ................................................... 23 

2.12.4  Adding visual templates ...................................................................................... 24 

3  First steps in DataManager ................................................................................................. 27 

3.1  DataManager user interface ....................................................................................... 27 

3.2  Default settings in DataManager ................................................................................ 27 

3.3  Creating a new database ............................................................................................. 28 

3.4  Adding and managing maps to a database ................................................................. 29 

3.5  Opening a map from DataManager ............................................................................ 30 

3.6  Processing maps .......................................................................................................... 30 

3.7  Exporting data ............................................................................................................. 33 

ModestR Software    Quick start tutorial 

3 

3.8  Applying convex hull transformation .......................................................................... 34 

3.9  Searching maps with no data ...................................................................................... 37 

3.10  Forcing maps updating to current map version .......................................................... 37 

4  First steps in MRFinder ........................................................................................................ 39 

4.1  Default settings in MRFinder ....................................................................................... 39 

4.2  Moving across the world map ..................................................................................... 40 

4.3  Searching for species in one or more areas ................................................................ 40 

4.4  Importing selections .................................................................................................... 40 

4.5  Using predefined selections ........................................................................................ 41 

4.6  Search options ............................................................................................................. 43 

4.7  Filtering species to be processed ................................................................................ 45 

4.8  Generating and exporting data ................................................................................... 48 

4.9  Managing predefined selections ................................................................................. 49 

4.10  Other tools .................................................................................................................. 53 

4.10.1  Simplifying/inflating selections ........................................................................... 54 

4.10.2  Merging selections .............................................................................................. 54 

5  DataManager import/export files format ........................................................................... 55 

5.1  Importing taxonomy from a CSV file ........................................................................... 55 

5.2  Importing taxonomy from another ModestR database .............................................. 55 

5.3  Importing taxonomy from phyloXML files .................................................................. 55 

5.4  Importing Map Files from Mapmaker map files ......................................................... 56 

5.5  Importing Map Files from another ModestR database............................................... 56 

5.6  Importing samples from GBIF online database ........................................................... 57 

5.7  Importing samples from CSV files ............................................................................... 58 

5.8  Importing samples from Darwin Core Archives .......................................................... 60 

5.9  Importing data from distribution models ................................................................... 61 

5.10  Exporting taxonomy to a CSV file ................................................................................ 62 

5.11  Exporting maps to map independent files .................................................................. 63 

5.12  Exporting presence data to CSV data files .................................................................. 63 

5.13  Exporting samples to Darwin Core Archive style ........................................................ 66 

5.14  Exporting metrics and environmental variables data ................................................. 66 

5.15  Exporting latitudinal gradients .................................................................................... 70 

5.16  Managing environmental variables ............................................................................. 73 

5.17  Exporting summary data ............................................................................................. 75 

ModestR Software    Quick start tutorial 

4 

5.18  Exporting JPEG images ................................................................................................ 76 

6  MapMaker import/export files format ............................................................................... 77 

6.1  Import sample data from a CSV file ............................................................................ 77 

6.2  Importing samples from GBIF online database ........................................................... 77 

6.3  Importing areas from ESRI ASCII probability distribution models .............................. 78 

6.4  Importing from ShapeFile files .................................................................................... 79 

6.5  Importing from KML files ............................................................................................ 80 

6.6  Export map view to an image file ................................................................................ 81 

6.7  Export user‐selected zones and samples .................................................................... 81 

6.8  Export exact zones and samples ................................................................................. 82 

6.9  Export only samples to CSV ......................................................................................... 83 

7  MRFinder import/export files format ................................................................................. 84 

7.1  Exporting metrics data ................................................................................................ 84 

7.2  Exporting latitudinal gradients .................................................................................... 85 

7.3  Exporting taxonomy to a CSV file or to clipboard ....................................................... 85 

7.4  Exporting maps ............................................................................................................ 85 

7.5  Exporting statistical data ............................................................................................. 85 

7.6  Exporting region coordinates ...................................................................................... 87 

8  Checking for updates ........................................................................................................... 87 

 

 

 

 

Mode

1 IMode

speci

In the

expo

sectio

2 FMapm

user 

You a

mous

briefl

elem

 

estR Softwar

IntroducestR softwar

es distributio

MapMak

selected 

occurren

DataMan

associate

richness m

MRFinde

species a

Then it ca

e next sectio

rtation optio

ons 0, 0 and 

Firststepmaker  is an 

interface is 

also have co

se  on  the m

ly  explains  t

ent. 

re 

ctionre is an easy

on informati

er:  aimed  t

the zones w

ces in the m

nager  allows

ed to a specie

matrices, tha

r allows to f

are present  i

an generate 

ons we intro

ons and form

0. 

pswithMeasy‐to‐use 

quite simple

ontextual me

map. Also,  qu

their  usage,

Left

Eme

plac

‐to‐use softw

ion. It is curr

o  allow  bui

where the sp

ap from CSV

s  creating  ta

es. It also pe

at can be pro

find in the di

n an area of

several stati

duce those t

mats support

MapMakesoftware ap

e, as the mos

enus that wi

uite  all men

  and  that  w

t tool panel

erging  too

cing the mou

5 

ware packag

rently compo

ilding  distrib

ecies  is foun

V files o GBIF 

axonomic  da

erforms calcu

ocessed with

istribution m

f the world, 

stical and su

tools. We al

ted by DataM

erpplication  to

st usual tool

ll appear wh

nus,  buttons 

will  be  show

oltip,  show

use on an ele

ge to help ac

osed of three

bution  maps

nd (range ma

database. 

atabases  wh

ulations and

h other softw

maps stored 

simply by s

ummary data

so describe 

Manager, Ma

o build distri

ls are always

hen you click

and  other 

wn  when  yo

wn  when 

ement 

Q

cademic com

e application

s  in  a  simpl

aps), or by a

here  maps  s

exports dat

ware tools. 

in a Modest

electing this

a output. 

the different

apMaker, and

bution maps

s visible at th

k with the ri

elements  ha

ou  place  the

Quick start tu

mmunity man

ns: 

le  way,  eith

adding samp

should  be  s

ta like presen

tR database 

s area  in the

t importatio

d MRFinder 

s. The MapM

he left tool p

ight button o

ave  a  tooltip

e  mouse  ov

utorial 

naging 

her  by 

ples or 

stored 

nce or 

which 

 map. 

on and 

in the 

Maker 

panel. 

of the 

p  that 

ver  an 

 

Mode

2.1 When

folde

the m

paint

probl

Then

map 

defau

autom

corre

2.2 The w

part 

zone 

Zoom

(click

depe

modi

To  dr

indica

the d

MapM

highe

level 

the h

displa

elem

fresh

check

estR Softwar

Openingn  you  open 

er configured

map data, it i

t the world m

lem. 

,  is you pres

data are  ins

ult  installatio

matically clo

ectly run and

Movingaworld map  is

of  the map 

in the world

m option on t

k  first  on  th

nding on  yo

fy the zoom 

rag  the map

ating where 

ragging ope

Maker have 

er or a lower

using the D

igher the lev

ay  the  curre

ents that wi

water habit

kboxes  to m

re 

gMapMakMapMaker,

d in the settin

is probable t

map. In this 

ss OK, you w

stalled. This 

on  settings, 

se. When yo

 display the 

acrossths  initially sho

selecting  th

d map. When

the contextu

he  map  to  s

our  compute

level. 

p,  you  can 

the location

ration. 

3 detail leve

r detail level

Detail Level t

vel, the slow

ent  level  of 

ll be shown 

ats. Freshwa

make  them v

ker,  it will  auto

ngs. If you ch

that MapMa

case, when 

will see a dia

folder  is usu

you have  to

ou restart it, 

world map.

eworldmown  in a full

e Zoom Sele

n the wished

ual menu. Yo

set  the  focu

er  capabilitie

use  the  Dra

n situated at 

els, from 0 (l

l regarding t

rackbar at th

er will be dis

detail  (0,  1 

on the map

ater habitats

isible will on

6 

omatically  se

hanged the d

ker don’t fin

starting  it, y

log box whe

ually C:\Mod

o  select  the 

if the data f

mapl view with a

ect  tool  in  th

d zone is sele

ou can also 

us  on  it),  bu

es.  Finally,  y

ag map  tool

the beginnin

lower) to 2 (

the deep of t

he top of th

splaying the 

or  2)  in  th

 in the Show

s are only v

nly be enabl

earch  the w

default instal

nd the expec

you will see 

ere you can s

destR\Data, 

appropriate

older is corr

a  lower deta

he  left  tool 

ected, press t

use the mou

ut  this  optio

ou  can use 

l. When  dra

ng of the arr

(higher). It w

the zoom. A

e  left tools 

map and mo

e  bottom  st

w groupbox l

isible  in  the

led when  th

Q

orld map  da

lation settin

ted data and

a message b

select the fo

but  if you h

e  folder. The

ectly selecte

il  level.   You

panel, and  t

the Zoom bu

use wheel to

on  can  perf

the  lateral  Z

gging,  an  a

row will appe

will automatic

nyway, you 

panel. Take 

oving across 

tatus  bar.  Yo

eft tool pan

higher  leve

e map  is dis

Quick start tu

ata  in  the  d

ngs when inst

d won’t be a

box  indicatin

 

older where 

have modifie

en MapMake

ed, MapMake

u can zoom  i

then selectin

utton or sele

o zoom  in an

form  very  s

Zoom  trackb

rrow will  ap

ear when yo

cally change

can force a 

into accoun

it. MapMak

ou  can  selec

el, like bord

el,  that  is wa

splayed usin

utorial 

efault 

talling 

ble to 

ng this 

wolrd 

ed  the 

er will 

er will 

in any 

ng  the 

ect the 

nd out 

lowly, 

bar  to 

ppear, 

ou end 

es to a 

detail 

nt that 

er will 

ct  the 

ers or 

ay  the 

ng  this 

Mode

detai

left to

 

2.3 You  c

(also 

zone 

map,

habit

or alt

map.

estR Softwar

l  level. You 

ool panel. 

Makingcan make  tw

called occur

occupied by

  the  Fill  Sele

tat of this zo

ternatively th

  

re 

can directly 

arangedwo main  kin

rrence) map

y a  species, 

ection  group

one is occupi

he contextua

come back 

distributiods of distrib

ps. To make 

typically us

pbox will  be

ed by a spec

al menu that

Bot

leve

7 

to the main

onmapinbution maps

a range map

sing  the  Free

e  displayed  a

cies, using th

t you can dis

ttom  status 

el and curren

 view using 

nMapMaks  in MapMak

p, you simpl

ehand  tool. 

at  the  left  t

he buttons o

splay clicking

bar  with  d

nt view boun

Q

the Full but

kerker:  range m

y have to dr

Once a  zone

ool  panel.  T

on the Fill Se

g with the rig

detail 

nds

Lateral zoom

Quick start tu

tton on the t

maps,  and  sa

raw on the m

e  selected o

Then  select 

election grou

ght button o

m trackbar 

utorial 

top of 

 

ample 

map a 

on  the 

which 

upbox, 

on the 

Mode

You  c

prese

Optio

You c

If you

Edit/U

estR Softwar

can  see  that

ence of  the 

ons/Preferen

can unfill par

u want to ful

/Undo option

re 

t only  the  c

species. Filli

nces menu. 

rt of a selecti

lly undo an o

n in the main

Filling  tthe  tooand  ocontext m

orrespondin

ng colors as

ion just selec

operation, yo

 menu. 

tools  on ol  panel on  the menu 

8 

ng parts of  t

s well as ma

cting the zon

ou’d rather u

ZwF

this  zone wi

ap element c

ne and using 

use the Undo

Zone  selectwith  tFreeHand tool

Q

ll be  filled  in

colors can b

Unfill button

o button of t

ed he 

Quick start tu

n,  to  indicat

e modified 

n. 

the toolbar, 

utorial 

 

te  the 

in  the 

 

or the 

Mode

2.4 To m

have 

1

2

estR Softwar

Makingake a distrib

to add the s

1. Manually

sample  a

settings g

position 

useful wh

 

2. Another 

File/Impo

is located

[S

o

[S

Data  can

explained

source fil

 

 

re 

asamplesbution map b

samples on t

y, selecting t

and  the  valid

groupbox th

in the map w

hen having to

option  is  to

ort/Samples 

d. Expected f

Species]; Lon

r 

Species] ;Lat

n  optionally 

d in 6.1. Any

e in the imp

sdistribubasing on sa

he map, usin

he Add samp

d  habitats  (t

at will be di

where the s

o add a few s

o  import  sa

data from CS

format is a lis

ngitude ;Latit

itude; Longit

contain  a 

yway, you ca

ortation dial

Sample  sgroupbox 

9 

utionmapamples or oc

ng one of thr

ple tool in th

this  is  expla

splayed  in th

ample has t

samples. 

amples  from

SV. You will 

st of samples

tude   ([Spec

tude([Specie

headers  ro

n select the 

log box. 

settings 

pinMapMcurrences of

ree options:

he left tool p

ined  later  in

he  left tool p

o be added.

m  a  CSV  file

have to sele

s in the form

cies] field is o

es] field is op

w.  Details 

right option

Q

Makerf a species, y

panel. Then 

n  the  section

panel. And f

 Obviously t

.  On  the  m

ct the file wh

m: 

optional) 

tional) 

of  the  expe

ns regarding 

Quick start tu

you should s

select the ty

n),  in  the  Sa

finally click o

this option  i

main  menu, 

here the CSV

ected  forma

the format 

 

utorial 

simply 

ype of 

ample 

on the 

s only 

 

select 

V data 

at  are 

of the 

Mode

3

estR Softwar

 

3. Importing

File/Impo

have to w

database

explained

synonym

you spec

records y

record ty

descriptio

 

If you sel

to  select 

used). Th

 

re 

g  samples 

ort/Samples 

write the des

e,  if  you  alr

d later on thi

s, inclusions

ified) and ve

you want to 

ype is, just p

on can be fo

lect this opti

which  ones

hen you can p

from  the  G

data from G

sired species

ready  have 

is tutorial). T

 (species tha

ernacular nam

download fr

lace the mo

und on GBIF

ion, MapMa

s  you want 

press Continu

10 

GBIF  online 

GBIF or the e

s name (alter

one  popula

Then you can

at are consid

mes in GBIF 

rom GBIF. To

use on it to 

F documenta

aker will first

to  use  to  s

ue MapMake

database. 

equivalent b

rnatively you

ated  with  t

n choice if yo

dered to be i

database. Y

o obtain a b

see a tooltip

tion. 

t find a  list o

earch  sampl

er will down

Q

On  the  ma

utton of the

u can select i

axonomic  d

ou want Map

ncluded or t

ou can also 

rief explanat

p. However, 

of synonyms,

les  in GBIF  (

load sample

Quick start tu

ain  menu, 

e toolbar. Yo

it from a Mo

data;  this  w

pMaker to lo

to include th

select the ty

tion of what

a more com

, and wait fo

(by  default 

e data. 

utorial 

select 

ou will 

odestR 

will  be 

ok for 

he one 

ype of 

t each 

mplete 

 

or you 

all  be 

 

Mode

When

addin

sever

(whe

in the

          1  Thisto Mo

estR Softwar

n  importing 

ng a sample,

ral options  t

n adding ma

e left tool pa

Sample p

map. This

Skip  sam

longitude

Skip sam

samples a

Consider 

when two

If  for  exa

samples  

Make the

habitat  a

determin

considere

colors  f

Options/

processin

contrary 

validated

invalid if 

Select va

samples y

adding sa

least one

habitats w

                     s requires instodestR map, s

re 

samples  fro

, you will ha

that will be d

anually a sam

anel): 

point size: se

s size has no

mples  in  0,0 

e and  0º latit

ples whose 

are usually e

duplicated s

o samples w

ample we  co

like (122.45

e sample ha

auto‐checke

ne  if  it  is  si

ed  valid  or 

for  valid 

Preferences 

ng and extra

you  don’t 

d/invalidated

needed. So w

lid habitats f

you are  imp

amples).  You

e habitat. If y

will be used 

                      talling the lastsamples check

om  a  CSV  fi

ave  to select

displayed  in 

mple only som

elect the size

importance

coordinates

tude, as thos

longitude an

erroneous da

samples  if th

will be consid

onfigure  this

67;9.4568) a

bitat auto‐ch

d  sample  w

ituated  in  a

invalid with 

an  invalid 

menu.  Mo

cting data fr

set  a  samp

d. By default

we strongly r

for the samp

orting (this 

u can select 

you selected

to validate/

       t software upking currently 

11 

ile  or  from 

t how MapM

a dialog bo

me options w

e of the visu

e when proce

s:  don’t  pro

se samples a

nd latitude c

ata. 

hey are equa

dered as dup

s  option  to 

and (122.459

hecked: this 

will  be  aut

a  valid  or  i

a  precision

samples 

oreover,  on

rom a map  (

ple  as  dyna

t  it will be  v

recommend

ples: you hav

option appe

one or more

d to make th

invalidate a 

pdates. Anywaonly distingu

GBIF  databa

Maker will  tr

ox when  imp

will be availa

al point that

essing map. I

ocess  sample

are usually er

oordinates h

al until the X

plicated, thus

take  into  ac

98;9.4560) w

option  is qu

omatically  c

nvalid  habit

  of  ±0.1 mi

to  easily 

nly  valid  sa

(like presenc

mic,  it  will 

valid,  and  yo

you to test t

ve to select w

ears on the  l

e samples, b

e samples a

sample. If yo

ay, as freshwaishes between

Q

ase,  and  also

eat  those sa

porting  from 

able and they

t will  indicat

t is only a vis

es  whose  co

rroneous dat

have the sam

Xth decimal: 

s avoiding to

ccount  until 

ill be conside

uite  innovati

checked  by 

tat,  and  the

nutes1.  You 

distinguish 

amples  will 

ce or richnes

be  conside

ou have  to m

the dynamic

which habitat

eft tool pane

ut it is mand

s habitat aut

ou don’t sele

ater habitats an land and sea

Quick start tu

o when ma

amples. Ther

 GBIF or CSV

y will be disp

te a sample 

sual parame

oordinates  a

ta. 

me value, as 

 this allows 

o add them t

the  2th  de

ered duplica

ive  in Mode

y  MapMake

erefore  it  w

can  set  diff

  them  in

be  used 

ss data).  If o

ered  as  ma

manually  set

c validation. 

ts are valid f

el when ma

datory to sel

to‐checked, 

ected to mak

are still being a habitats.  

utorial 

nually 

re are 

V  files 

played 

 

in the 

ter. 

are  0º 

those 

to set 

twice. 

cimal, 

ated. 

stR. A 

r    to 

will  be 

ferent 

  the 

when 

on the 

nually 

t  it  as 

or the 

nually 

lect at 

those 

ke the 

added 

Mode

2.5 Once

the fo

estR Softwar

samples 

manually

a sample 

Modifyine samples ad

ollowing pos

Delete  sa

using  the

Delete  sa

option Se

Take into

be delete

those sam

using Vie

panel). 

Modify sa

sample  in

modify u

use  the 

button  t

Samples/

no impor

Validate/

either dy

want to m

then use 

Pre

but

re 

as  dynamic

y validated/in

to make it a

ngsampledded to a Ma

ssibilities: 

amples:  simp

e  Freehand 

amples butto

elected samp

o account tha

ed. If for exa

mples will b

w/Map Show

amples mark

n  the map, 

sing  the Fre

context me

to  show  it)

/Modify sam

rtance when 

/unvalidate  s

ynamic samp

modify using

the context

Se

sa

ess Delete Sa

tton

c,  this  infor

nvalidated. B

as habitat aut

esinamaapMaker ma

ply  select an

or  the  Rect

on on  the Fi

ples/Delete s

at only samp

mple you se

e affected b

w Options/Sh

ker size: to m

you  can  sel

eehand or  th

nu  option  S

.  To  modif

mples marker

processing m

samples:  if y

ples or not, y

g the Freehan

t menu optio

elect  an  are

amples to be

amples 

12 

mation  will 

But it will be

to‐checked.

apap, you may

n area  that c

tangle  tools 

ill Selection

samples (pre

ples that are

et display sele

by a delete o

how Sample

modify the s

lect  an  area

he Rectangle

Selected  sam

fy  the  size 

r size  in the 

map. It is on

you want  to 

you can sele

nd or the Re

on Selected s

ea  that  con

e deleted 

NOT  be  us

 stored and 

want to mo

contains  the

from  the  le

groupbox. O

essing the rig

e currently v

ections to on

operation  (sa

es menu or in

size of the vi

a  that  conta

e  tools  from 

mples/Set  siz

of  all  sam

main menu.

ly a visual pa

manually v

ect an area t

ctangle tool

samples (pre

ntains 

Q

sed,  as  sam

used in case

odify them. M

e  samples yo

eft  tool  pan

Or also use  t

ght mouse b

isible in the 

nly show inv

amples can 

n Show optio

isual point th

ins  the  sam

the  left  too

ze  (pressing 

mples  of  th

 Remember 

arameter. 

alidate or  in

hat contains

s from the le

essing the rig

Quick start tu

mples  have 

e you later m

MapMaker a

ou want  to d

el,  and  pres

the context 

button to sho

selected are

valid samples

be shown/h

ons in the lef

hat will  indic

ples  you wa

ol panel, and

the  right m

e  map,  use

 that this siz

nvalidate  sam

s the sample

eft tool pane

ght mouse b

utorial 

to  be 

modify 

allows 

delete 

ss  the 

menu 

ow it). 

ea will 

s, only 

hidden 

ft tool 

 

cate a 

ant  to 

d  then 

mouse 

e  the 

ze has 

mples, 

es you 

el, and 

button 

ModestR Software    Quick start tutorial 

13 

to show  it). You will  find options  to validate/unvalidate all selected samples, or only 

those  that  are  valid/invalid.  To  validate/unvalidate  all  samples  of  the map,  use  the 

options  in  the  Samples menu  of  the main menu.  Remember  that  if  you manually 

validate  or  invalidate  samples,  this  has  two  side  effects:  (a)  samples  become  not 

habitat auto‐checked. So they will not be checked anymore, but keep the valid/invalid 

status you manually set. And (b) manually validated samples will be took into account 

when calculating data (presence or richness for example), while invalidated one will be 

stored with the map, but not took into account for any calculation. 

Set samples as habitat auto‐checked: if you added or modified samples setting them as 

manually validated/unvalidated, you may want to reset them as habitat auto‐checked, 

this way MapMaker will automatically check their validity regarding the valid habitats 

they have associated. To do that you can select an area that contains the samples you 

want to modify using the Freehand or the Rectangle tools from the left tool panel, and 

then use the context menu option Selected samples/Set as dynamic samples (pressing 

the right mouse button to show it). To make all samples of the map to be dynamic, use 

the option in the Samples menu of the main menu.  

2.6 ImportingdatatoaMapMakermapBesides  importing  samples  from GBIF  or CSV  files,  as  explained  below, MapMaker  can  also 

import  existing maps  or  data  from  other  sources,  like  distribution models  generated with 

Maxent2, ESRI shapefiles, or KML files. Those importation features are explained in section 0.  

2.7 DatacleaningusingvalidationrulesMapMaker  incorporates  the possibility of using  validation  rules  to determine  the  validity of 

samples  as well  as  areas  of  presence  according  to  environmental  variables.  This  allows  for 

example  to  invalidate  samples  located  in areas  that don’t  comply with  some environmental 

conditions such as temperature or altitude values within a certain range. Or to delete from an 

area  of  presence  the  parts  where  some  environmental  conditions  are  not  observed. 

Environmental data needed to use this features are not included in ModestR, so they have to 

be provided by  the user as data  files  in ESRI ASCII or CSV  format. There exist  free datasets 

available in the Net, such as Bi‐Oracle3 for example that are fully compatible with ModestR.  

Therefore,  the  first  step will be  to  integrate  those data  in ModestR,  to allow  it  to use  them 

when needed. To do  that, you  can use  the menu Options/Manage environmental  variables, 

either in MapMaker or in DataManager. Details about how to integrate environmental data in 

ModestR are explained in section 5.16. 

                                                            2 Futher information about Maxent software can be found in: Steven J. Phillips, Miroslav Dudík (2008) Modeling of species  distributions with Maxent:  new  extensions  and  a  comprehensive  evaluation.  Ecography  31(2):161‐175. DOI: 10.1111/j.0906‐7590.2008.5203.x 

 3 Tyberghein L., Verbruggen H., Pauly K., Troupin C., Minur F., de Clerck O. 2012. Bio‐ORACLE: a global 

environmental dataset for marine species distribution modelling—   Global Ecology and Biogeography, 21:  272–281. 

Mode

Once

Tools

appe

In thi

will b

the  r

steps

Alter

using

Valid

Varia

done

right 

optio

Once

ones,

valida

estR Softwar

e environmen

s/Apply  envir

ar. 

is dialog box

be used as va

ule, or  just 

s: 

Select the

Click on t

Select the

Select  it 

relevant w

Click on  t

validation

natively you

g the lower A

ation  expre

bles used in

  if you use t

mouse butt

ons and oper

e a valid rule 

,  only  alrea

ated/invalida

re 

ntal data ava

ronmental  c

x you can se

alidation rule

write  it  into

e environme

the Add butt

e adequate r

the  rule wil

when there 

the button  t

n rule textbo

u can directly

Add button to

ssion  have 

n the express

the Add butt

ton on  the v

ators. 

introduced,

dy  invalid  o

ated sample

ailable to Mo

checking  of 

lect any env

e. You can eit

o  the validat

ental variable

on aside the

relation oper

l be added  t

are more tha

to Add  this r

ox. 

y write or m

o add variab

to  be  logica

sion have to

tons to add 

validation  ru

 you have to

ones,  or  non

s to make ea

14 

odestR, valid

MapMaker. 

vironmental v

ther use the

tion  rule box

e in the tree

e Rule assista

ration (>, <, =

to  the valida

an one rule)

rule  to Valid

modify a valid

les from the

al  or  Boolea

o be written 

them. AND 

ule box a con

o select whic

ne).  You  ca

asier localizin

dation rules 

A  dialog  bo

variable and

 Rule assista

x. To use  the

ant 

=, …) and en

ation  rule as

. 

dation. The r

dation rule  i

 tree to the e

an  (that  is, 

inside brack

and OR ope

ntextual me

ch samples a

n  also  selec

ng them on t

RULE ASS

Validation

Q

can be adde

ox  like  the  s

 add it to th

nt that help

e Rule assist

ter a value to

s an AND or

rule part will

n the Valida

expression. 

evaluated  a

kets (this will

erators are a

nu will appe

apply to (all, 

ct  to  add  p

the map. 

SISTANT 

n rule textbo

Quick start tu

ed using the 

shown  below

he expressio

s you to con

tant,  follow 

o compare t

r an OR  rule

l be added  t

ation rule tex

as  true  or  f

l be automa

allowed. Usin

ear showing 

only already

placemarks  t

ox 

utorial 

menu 

w will 

 

n that 

struct 

those 

o. 

  (only 

to  the 

xtbox, 

false). 

tically 

ng the 

more 

y valid 

to 

Mode

You  c

zones

semit

The v

Once

elem

map 

modi

If you

the A

a  poi

Neve

of its 

result

If you

not t

the c

 

estR Softwar

can  also  sele

s  that  don’t

transparent 

visual templa

e  all  options 

ents (such a

to  show wh

fy presence 

u want to de

Apply button

int  where  t

ertheless, if a

 habitat, it w

ts before def

u selected to

rue will be d

omplexity of

re 

ect  to  valida

t  comply  w

showy color

ate doesn’t m

set,  you  ca

as placemark

hich data  is 

data, so it al

efinitively mo

. In this case

he  rule  is  t

a sample is d

will always re

finitively app

o apply valid

deleted. Area

f the area. 

ate  areas of

with  the  rule

r (see section

modify map p

an  select  the

ks for sample

valid/invalid

llows to show

odify presen

, if you selec

rue  will  be 

ynamic (as e

emain invalid

ply the clean

ation to are

as validation

15 

f presence u

e,  you  can 

n 2.12.4 for m

presence dat

e  Simulate  b

es or visual t

d according  t

w validation 

nce data acc

cted to apply

set  as  valid

explained in 

d.  Usually, y

ning. 

eas, the zone

n can require

Afte

plac

loca

with

indi

that

(colo

using  the  va

add  a  visu

more inform

ta, as it’s jus

button  to  ru

templates fo

to  the valida

results in a s

ording to th

y validation t

d.  Otherwise

previous sec

ou will make

 

es of the are

e a certain a

Origina

er  the  valid

cemark  indicat

ated  in points  t

h the validation

cate  samples 

t comply with t

ors are eligible 

Q

lidation  rule

al  template,

ation about 

t a visual hel

un  a  simulat

or areas) wil

ation  rule. S

safe way. 

e validation 

to samples, s

e  they  will  b

ction) and it 

e a simulatio

a where the

mount of tim

l area of presen

dation,  a  r

tes  the  samp

that don’t com

n rule. Green on

located  in  poi

the validation r

by the user). 

Quick start tu

e.  To  visualiz

,  usually  us

visual temp

lping elemen

tion, where 

ll be added t

imulation do

rule, you ca

samples loca

be  set  as  in

is invalid be

on to see pot

e validation r

me, dependi

 

nce in the map 

red 

ples 

mply 

nes 

ints 

rule 

utorial 

ze  the 

sing  a 

lates). 

nt. 

visual 

to the 

oesn’t 

an use 

ted in 

nvalid. 

ecause 

tential 

rule is 

ing on 

Mode

 

2.8 Conv

This f

used 

2.8.1As an

estR Softwar

Usingcoex hull tool 

feature is ma

on area data

1 Usingcon example, w

re 

onvexhulallows you t

ainly aimed t

a. 

onvexhullwe’ll assume 

ltoolto see/add t

to see/add c

lwithsamwe have a m

16 

he convex h

convex hull f

mplesmap with the 

ull area of t

from sample 

samples sho

After 

templa

indicat

area  w

false.

You  ca

templa

corres

to sho

If 

of

va

fro

Q

 

 

he presence

data, but it 

own below.  

the  validati

ate  (red  in 

tes the zones o

where  the  val

an  use  the  Vie

ates  menu  o

ponding button

w/hide a visual

we apply the v

f  the  presence

alidation  rule  i

om the initial p

Quick start tu

e data to the

can be even

ion,  a  visua

this  example

of the presence

lidation  rule  i

ew/Show  visua

option  or  the

n of the toolba

l template. 

validation, the z

e  area  where

is  false  are  e

presence area 

utorial 

e map. 

ntually 

al 

e) 

e 

s 

al 

e 

r 

zones 

e  the 

rased 

Mode

To ca

optio

estR Softwar

alculate conv

on. A dialog b

Include a

areas, wi

Include o

Areas wo

Include  o

Samples w

Visual sim

convex  h

using  the

toolbar. H

above, th

re 

vex hull area

box will be sh

ll presence d

ll be used to

only samples

on’t be took i

only  areas:  o

won’t be too

mulation: thi

hull. No mod

e Edit/Delete

However vis

his will be the

a for those s

hown where

data: all avai

 calculate co

: only sampl

into account

only  areas  f

ok into accou

s option will

dification  is 

e all visual  t

ual template

e result: 

17 

samples,  just

 you can sele

ilable presen

onvex hull. 

es from the 

t. 

from  the ma

unt. 

l just add a v

made  on  th

templates op

es are not sa

t go to Tools

ect the want

nce data from

map will be 

ap will  be  u

visual templa

he map. Visu

ption or  the 

aved with th

Q

 

s/Convex hu

ted feature: 

 

m the map, a

used to calc

sed  to  calcu

ate to the ma

ual  template

correspond

he map. For 

Quick start tu

ull/Calculate 

as well samp

culate conve

ulate  convex

ap that show

es  can be  de

ding button o

the example

utorial 

menu 

ples as 

x hull. 

x  hull. 

ws the 

eleted 

of  the 

e map 

Mode

estR Softwar

Add as p

to the co

to the m

already e

area  as  a

above, th

Substitut

(areas  an

correspo

be  inferr

example 

re 

resence area

nvex hull. Ex

ap. The hab

existing prese

any other  ar

his will be the

e current da

nd  samples)

nding to the

ed  from  the

map above, 

a: this optio

xisting data w

itats assigne

ence data (sa

rea, using U

e result: 

ata by conve

from  the m

e convex hul

e previously 

this will be t

18 

n will add a 

will not be d

ed as valid to

amples and 

Unfill  feature

ex hull:  this 

map,  and  su

l. The habita

existing pre

the result: 

presence ar

eleted, but t

o this new a

areas). Howe

  (see  sectio

option will 

ubstitute  the

ats assigned 

esence data 

Q

rea to the m

this adds a n

area will be 

ever, you ca

n 2.3).  For  t

 delete existi

em  by  a  ne

as valid to t

(samples an

Quick start tu

 

map correspo

new presence

inferred fro

n modify thi

the  example

ing presence

ew  presence

this new are

nd areas).  Fo

utorial 

onding 

e area 

m the 

s new 

e map 

e data 

e  area 

ea will 

or  the 

Mode

2.8.2As m

also b

calcu

selec

habit

the  r

DataM

to the

User  sarea barea, MapMselecte

Conse

safely

you h

estR Softwar

 

2 Usingcoentioned be

be used with

late  convex 

t  a  valid  ha

tat. But this i

resulting  are

Manager). C

e correspond

selection  usuabigger  than  thebecause  he/sh

Maker  will  lateed habitat. 

equently, yo

y used when

have situatio

re 

onvexhullefore, convex

h area data,

hull. Howev

abitat,  and M

is actually ju

ea  (this  req

Consequently

ding habitat 

ally  include  ane  real presencehe  knows  thatr  filter  by  the

ou have to be

n you  impor

ns like the fo

lwithareax hull  is mai

 as ModestR

ver, when  y

MapMaker  w

ust a visual p

quires  a  pos

y, calculating

will deliver e

 e t e 

Resulting  ahabitat. Mathe  correctreally  calcujust a visual

e very carefu

rt exact pres

ollowing: 

19 

asnly  intended

R  just uses t

you  add  a pr

will  visually 

presentation.

sterior  raste

g the convex

erroneous re

area  after  seleapmaker  visuat  result,  but  itlate  the  real  rl presentation.

ul using conv

sence areas 

d to be used

the points of

resence  area

show  the  t

. MapMaker

erization  pro

x hull of an a

esults. For ex

cting  sea lly  shows t  doesn’t result.  It’s 

Caerintse

vex hull on a

from existin

Q

d with sampl

f the vertexe

a  to MapMa

target  area 

doesn’t hav

ocess  that  w

area that do

xample: 

lculated  convroneous becauto  account  tlection.  

reas. This op

ng data  for e

Quick start tu

 

le data. But 

es of the are

aker,  you ha

according  t

ve the real d

will  be  mad

oesn’t adjust

 vex  hull  will use  it can only tthe  original 

ption can be

example, or 

utorial 

it can 

eas to 

ave  to 

o  this 

ata of 

de  by 

t  itself 

be take user 

 quite 

when 

Mode

Severto the

 

It sho

appe

DataM

There

2.9 A ma

estR Softwar

ral  presence  ae real presenc

ould be clear

ar  in MapM

Manager  th

efore in Data

Savingap can be ma

To an ind

with exte

on XML. 

will be sa

use  the m

button of

from a M

To a Mod

allows yo

database

will be as

like  the 

previousl

use an ex

re 

areas  that  exce area. 

r that this pro

aker when t

e  maps  are

aManager co

aMapMakainly saved in

dependent m

ension  .IPMM

In  this case,

aved if you p

menu  option

f the tool ba

ModestR data

destR datab

ou  to save  th

e.  In  this  cas

sked  to prov

explained  o

ly have to cr

xisting datab

xactly  fit 

oblem of pos

the user app

e  rasterized 

onvex hull ar

kermapn two ways:

map file: this 

MAC, which 

,  taxonomic 

provide it. To

n  Tools/Assi

ar. A dialog b

base (if you 

ase: using S

he map asso

e  taxonomic

vide  it befor

n  section  2

reate this da

ase, like the 

20 

Conve

ssible inaccu

plies this fea

and  only  re

ea will be ac

option allow

will only co

information

o enter this i

ign  taxonom

box will allo

have configu

Save/To Mod

ociated  to a 

c  informatio

re saving  the

.10.  To  be 

atabase and 

provided in 

x hull calculat

uracy of conv

ature manua

eal  presence

ccurately calc

ws you to sa

ntain this m

n about  the 

information 

my  for  curren

w entering t

ured it previ

destR maps 

species pre

on about  the

e map, even

able  to  sav

populate  it 

ModestR we

Q

tion will be co

vex hulling w

lly. When pr

e  area  is  to

culated (see 

ve a map in 

ap  in a spec

map  is not m

before savin

nt map  or  t

taxonomic d

ously). 

 

database   o

viously exist

e map  is ma

tually select

e  a map  in 

with taxono

ebsite for fis

Quick start tu

 orrect 

with areas wi

rocessing m

ook  into  acc

section 3.8)

a standalon

cific  format 

mandatory, 

ng a map, yo

the  correspo

data or selec

option menu

ting  in a Mo

andatory, an

ting  it  from a

  a  database

omy. You ca

h species. 

utorial 

ll only 

aps  in 

count. 

. 

ne file, 

based 

but  it 

ou can 

onding 

ting  it 

u,  that 

odestR 

d you 

a  tree 

e,  you 

n also 

Mode

Once

Save 

differ

Apart

softw

The e

2.10You  c

Mode

the s

datab

datab

You  c

ident

use t

are sp

You c

the  b

lookin

a ma

estR Softwar

e a map save

option, with

rent file. 

t  from  those

ware, you als

exportable fo

0 Retrievican  retrieve

estR databas

econd case, 

base  configu

base has bee

can  directly 

tified with a 

he filter opt

pecies with m

can also use

bottom‐left 

ng for, and c

p in the tree

re 

ed, either in 

hout having 

e options  th

o have seve

ormats are e

ingamape  a map  bot

se. In the fir

Mapmaker 

ured  in  the 

en selected a

expand  nod

little world i

ions that all

maps, for ex

 the search 

corner.  In  th

coinciding na

e, press Selec

a file or in a

to  reenter 

at allow sav

ral options f

xplained in t

th  from  a  s

rst case, you

will display t

Options/Pref

as default). 

des with  the

con at the ri

ow showing

amples. 

box, than ca

he  search  b

ames will be 

ct button to l

21 

a database, y

any data. Sa

ving a map  i

for exporting

the section 0

standalone  f

  just have to

the taxonom

eferences me

e mouse  an

ght of the sp

only species

an be displa

box  you  can 

shown in the

load it in Ma

you can save

ave As optio

n a  format d

g a map to ot

0 of this tuto

file,  with  ext

o select the 

my tree of th

enu,  or  the 

d  select  a  s

pecies. To he

s with maps

yed using th

write  some

e Results list

pMaker. 

Q

e it anew jus

ons allows yo

directly  read

ther formats

rial. 

tension  .IPM

file that con

he database 

database  yo

species with

elp you findin

, or only bra

he magnifyin

e  part  of  the

. Once select

The wo

that  th

map 

databas

Filter o

Button 

search 

Writin

a  list 

be  sh

select 

Quick start tu

st by selectin

ou  to  save  i

dable by Mo

s in the File m

MMAC.  or  fr

ntains the m

(either de d

ou  selected 

h  a map, wh

ng a map, yo

anches were 

ng glass butt

e  species  yo

cted a specie

orld icon indi

is  species h

saved  in 

se 

ptions 

to  show

box 

ng part of a s

of  coinciden

own  in  the

 on to find it

utorial 

ng the  

it  in a 

odestR 

menu. 

rom  a 

map.  In 

efault 

if  no 

hich  is 

ou can 

there 

on on 

ou  are 

s with 

icates 

ave  a 

the 

w/hide 

species nam

nt  names w

  Results.  Ju

t in the three

me, 

will 

ust 

e.

Mode

Once

can w

2.11

In  th

datab

will  b

datab

show

each 

valida

temp

for ex

MapM

You a

It  is  i

differ

2.12

2.12On hi

For th

estR Softwar

e loaded, you

work on a ma

1 SettingMapMak

he  previous

bases. MapM

be  the  datab

base can be 

wn selecting 

element of 

ated,  and  v

plates, sampl

xample you 

Maker havin

also have an 

mportant th

rent folder th

2 Otherus

2.1 Queryinigher zoom v

hat you can u

In  the  to

Open cur

re 

u can for exa

ap in differen

the defaukers  subsection

Maker will us

base  it will 

selected  in t

Options/Pref

the map, ea

valid/invalid),

es or selecti

don’t work 

g to load and

option to se

hat you don’

han the defa

sefulfeatu

ngapointview, you ca

use several o

oolbar you w

rrent view in

mple modify

nt sessions.

ultModes

ns  regarding

sually have o

use when  y

the File/Sele

ferences me

ach kind of s

,  and  transp

ons. Also the

with  freshw

d paint them

elect the data

’t modify th

ault one prop

ures

inOpenstn wish to ha

options: 

will  find a bu

 OpenStreet

22 

y a map in M

stR datab

g  MapMake

one ModestR

you    select  o

ect Database

enu.  In this d

selection, ea

parency  per

e elements t

water ecosys

m, thus makin

a folder whe

is paramete

posed in the 

treetMapsave some he

utton Open  c

tMaps. Those

MapMaker, a

base and

er,  we  freq

R database co

open  or  sav

e menu optio

dialog box yo

ach type of s

rcentages  fo

that will be v

stems, you c

ng it works fa

ere MapMake

er, unless yo

installation 

orGooglelp to situate

current  view

e options wi

Q

nd save it ag

other pr

quently  men

onfigured by

ve  a map  in 

on or  in the 

ou can also 

sample (dyna

or  some  ele

visible by def

can unselect

astly.  

er will search

u have mov

process.  

Maps, like geopol

w  in GoogleM

ll open a we

Defa

Map

Quick start tu

gain. This wa

reference

ntioned  Mo

y default, an

  a  database

dialog box t

set the colo

amically/ma

ements  like 

fault in the m

ed  them  to 

h world map

ved map dat

itical inform

Maps, or   an

eb browser w

fault  datab

pMaker 

utorial 

ay you 

es in

odestR 

d that 

e.  This 

that  is 

ors  for 

nually 

visual 

map. If 

avoid 

p data. 

a to a 

 

ation. 

nother 

with a 

base  for 

Mode

2.12Anoth

low z

map.

butto

MapM

to vis

 

2.12If you

add s

map.

the m

add  i

avoid

estR Softwar

view  qui

OpenStre

If you wa

right mou

Query  cu

open a w

exact coo

2.2 Encircliher useful fe

zoom level, it

 To help you

on  in  the  t

Maker will e

sually locate 

2.3 Showinu have enviro

some of  the

 To do that,

menu Option

in  the  tree  t

d reducing pe

re 

ite  approxim

eetMaps. 

ant to look u

use button, a

urrent  coordi

web browser 

ordinates wh

ingpreseneature is enc

t is not alwa

u doing this, 

oolbar,  or  t

ncircle all ar

all presence

ngenvironmonmental va

m  to be sho

 you can use

ns/show env

that will be 

erformance. 

mate  to  tha

up a precise 

and on the co

inates/in Op

and use Goo

here you click

nceareascircling prese

ays easy to v

you can ask 

the  option 

reas and sam

e areas. 

mentaldaariables integ

own with co

e the enviro

ironmental v

shown. We 

23 

at  you  hav

point, you c

ontextual m

penStreetMa

ogleMaps or 

ked on. 

ence areas. W

isually locali

MapMaker t

Options/Cir

mples of the 

ataatmousgrated in Mo

oordinates on

onmental var

variables at 

  recommend

e  in  MapM

an click on t

ap select the

ps or  in Goo

OpenStreet

When you se

ze small pre

to encircle p

cle  presence

map, as sho

secursorodestR (see s

n  the mouse

riables selec

mouse and 

d not  to  add

Q

Maker,  using

this point in 

e Query men

ogleMaps. T

Maps to sho

ee a map in f

sence areas 

resence area

e  zones  in 

wn in the fig

section 5.16 

e cursor whe

tion button 

just select w

d more  that

Quick start tu

g  GoogleMa

the map wit

nu, and next 

Those option

ow a marker 

full extent o

or samples 

as, using the

the  main  m

gure, making

and 2.6), yo

en moving o

on the toolb

which variab

t 2‐3  variabl

utorial 

ps  or 

th the 

select 

ns will 

in the 

r with 

in the 

e 

menu. 

g easy 

 

ou can 

on  the 

bar or 

bles  to 

es,  to 

Mode

Once

value

for  th

areas

 

2.12Visua

store

prese

MapM

purpo

MRFi

In  M

boun

estR Softwar

e selected th

e on the mou

he current c

s, for exampl

2.4 Addingal templates 

ed with  a ma

elections  use

Maker  can  b

ose, which  i

nder. 

MapMaker  vi

daries of som

re 

e wanted va

use cursor w

coordinates o

le), the value

visualtemare just help

ap,  but  just 

ed  in MRFin

be  used  as 

s merely  inf

isual  templa

me specific a

ariables, they

when moving

of  the map

e will be emp

mplatesping element

shown  duri

nder,  even  i

preselection

formative  in 

ates  will  be

area, such as

24 

y will be  loa

g it on the m

(as  it  is curr

pty. 

ts that don’t

ing  a works

f  they  are  s

n  in MRFind

MapMaker 

e  commonly

s an administ

aded and you

map. If the va

rent  that  so

 

t modify map

ession.  They

stored  toget

er  and  vicev

whereas  it 

y  used  to  h

trative regio

Q

 

u can see th

alue of one v

me variables

p presence d

y must  not 

ther,  so  a  v

versa.  The  d

will  indicate

help  the  us

n, a natural 

Quick start tu

heir correspo

variable is m

s are only  fo

data. They a

be  confused

visual  templa

difference  is

e a  search a

ser  to  locat

site, etc. The

utorial 

onding 

missing 

or  sea 

re not 

d with 

ate  in 

s  their 

rea  in 

e  the 

ey are 

Mode

also 

envir

To  a

corre

visua

the c

Visua

temp

shape

you c

in sec

estR Softwar

used  to  sh

onmental va

dd  visual  te

esponding bu

l  templates 

orrespondin

al  templates

plates option

efiles, you ca

can add new

ction ¡Error! 

re 

how  potent

ariables (see 

emplates  to

utton of  the

to add. You

g button of t

s  are  not  pr

n,  you will m

an go to Opt

w templates a

No se encue

tially  cleane

2.7). 

o  the  map, 

e  toolbar. A 

 can use  the

the toolbar t

rovided  with

meet an emp

tions/Manag

and organize

entra el orig

25 

ed  areas  du

you  can  go

dialog box 

e View/Show

to show/hide

h ModestR, 

pty  list. To  i

ge visual tem

e them in a t

en de la refe

uring  a  dat

o  to  View/A

will be  show

w active visu

e a visual tem

so  the  first

mport  your 

mplates. A di

tree. This wi

erencia.. 

Q

ta  cleaning 

Add  visual  t

wn where  yo

ual  templates

mplate. 

t  time  you 

own  templa

alog box wil

ill be explain

Quick start tu

operation 

templates  o

ou  can  selec

es menu opt

go  to  Add 

ates  from K

l be shown w

ned in more 

utorial 

using 

or  the 

ct  the 

ion or 

 

visual 

ML or 

where 

detail 

Mode

 

estR Softwarre 

26 

 

QQuick start tuutorial 

Mode

3 FDataM

mana

distri

the  I

expla

3.1 DataM

the la

a win

Quite

and t

3.2 You c

Some

You c

map,

provo

estR Softwar

FirststepManager  is 

age ModestR

bution maps

pez maps  d

ain the main 

DataManManager use

ast used data

ndow with a 

On  the  l

displayed

displayed

On  the  ri

Other pag

e all menus, 

that will be s

Defaultscan  set  som

e filter defau

can also mo

  but  unless

oke DataMan

Taxon

re 

psinDatanother ma

R databases,

s. You can cr

database  you

steps and fe

nageruseer interface 

abase, if one

main menu, 

left  half,  a 

d. Of course,

d here. 

ight half, a  t

ges can be d

buttons and

hown when 

settingsie default  se

ults, CSV form

dify  the data

  you  modif

nager not to

omy tree 

aManageain  applicatio

, which are 

reate a new d

u  can  find  in

eatures to wo

erinterfacis easy to us

e. Otherwise

and two ma

taxonomy  t

,  if you don’

tab panel wh

isplayed in t

d other elem

you place th

nDataMaettings of Da

mat options, 

a  folder whe

ied  the  def

run correctl

27 

eron  of Mode

databases c

database, or

n  the Mode

ork with Dat

cese. When you

e, it simply sh

ain parts: 

tree  where 

’t open a da

here  initially

this tab pane

ments have a

he mouse ov

anagerataManager 

and other o

ere DataMan

fault  installa

ly. 

estR  softwar

ontaining  ta

r just use exi

estR website

aManager.

u open Data

how an emp

the  taxono

tabase prev

y a search a

el, depending

a tooltip tha

er an eleme

in  the Optio

nes, can be c

nager will se

ation  options

Search

Q

re.  It  is  aim

xonomic dat

sting Modes

e.  In  this  sec

Manager, it 

pty tree. Any

mic  data,  in

iously, no  in

nd  filtering p

g on the feat

t briefly exp

nt. 

ons/Preferen

configured.  

earch  for  the

s,  it  is  unne

h and reports

Quick start tu

ed  to  creat

ta and assoc

stR database

ction we’ll  b

will try to re

yway , you w

n  a  tree  vie

nformation w

page  is disp

tures we use

plains their u

nces menu o

e  reference 

ecessary  an

s tab panel 

utorial 

e  and 

ciated 

es, like 

briefly 

eopen 

will see 

ew,  is 

will be 

layed. 

e. 

usage, 

 

ption. 

world 

d  can 

Mode

3.3 To cr

optio

creat

the  C

taking

To po

a

b

Node

Edit m

Once

collap

cours

speci

you  c

estR Softwar

Creatingreate a new 

on. Then sele

ted, with an 

Class  level,  t

g into accou

opulate the d

a) Manually

node)  an

menu  op

option (c

on the no

In  this  w

different 

course is 

 

b) Import ta

This optio

database

5.3. This 

es can also b

menu or in th

e populated, 

pse  the  diff

se, no one  in

es,  like  in M

can use  the 

re 

ganewdaModestR da

ect the name

empty taxon

then Order, 

nt the root n

database wit

y  create  eac

nd use  Edit/I

ption,  or  th

ontext menu

ode with the

way  you  can

levels  of  th

a quite tedio

axonomic da

on allows yo

es or catalogs

is the prefer

e cut and pa

he context m

you will see

ferent  levels

n a new dat

MapMaker da

search page

atabaseatabase, you 

e and folder 

nomic tree. T

Family, Gen

node). 

th taxonomic

h  node.  To 

Insert node 

he  analog  c

u can be disp

right mouse

n  add  child 

he  taxonomi

ous option.

ta from a CS

ou to import 

s. The accep

red way to e

asted, delete

menu display

 the taxonom

s  clicking  on

tabase), are 

atabase view

e on  the  rig

28 

just have to

to create th

The taxonom

nus  and  Spe

c data, you h

do  that,  sel

in  this bran

context  men

played clicki

e button). 

nodes  at  t

ic  tree,  but 

SV file, a phy

existing dat

pted import f

easily popula

ed or rename

yed clicking o

mic data org

n  the  corres

identified w

w (see 2.10).

ght.  You  can

o use File/Ne

he database f

mic levels of 

ecies.  That  is

have two ma

lect  a node 

ch 

nu 

ng 

he 

of 

yloXML file o

ta, maybe pr

formats are 

ate a Modest

ed, using the

on a node wit

ganized in a t

sponding  no

with a  little w

 To help you

 write  some

Q

ew Taxonom

file. The new

a ModestR d

s,  there  are 

in options: 

in  the  tree 

or another M

reviously exp

explained in

tR database. 

e correspond

th the right m

tree where y

des.  Species

world  icon a

u finding a ta

e part of  the

Quick start tu

 

my database 

w database w

database be

5  levels  (w

(initially  the

ModestR data

ported from 

n sections 5.1

 

ding options 

mouse butto

you can expa

s  with  a ma

at  the  right o

axon of any 

e  species  yo

utorial 

menu 

will be 

egin at 

ithout 

e  root 

abase. 

other 

1, 5.2, 

in the 

on. 

and or 

ap  (of 

of  the 

level, 

ou  are 

Mode

lookin

result

When

optio

are/d

3.4 Once

is, of 

to do

Of  co

depe

those

datab

Writi

a  list

be  sh

select

estR Softwar

ng  for, and 

ts, it will be s

n  you will  h

ons  that  allo

don’t are spe

Addingae a ModestR 

course, to s

o that: 

You can s

To do tha

and  to  u

explained

You  can 

standalon

section 5

You  can 

database

files (see 

You  can 

generate

ourse  those 

nding on  th

e  options  fo

base. 

ng part of a 

  of  coincide

hown  in  the

t on to find i

re 

coinciding n

shown in the

have maps  in

ow  showing 

ecies with ma

andmanadatabase cre

store distribu

simply create

at, you have

use  the  Sav

d in sections 

also  import

ne  files  (see

.5) 

also  create

e  (Global Bio

section 5.6)

also  import

d with Maxe

options  can

e  importatio

or  adding  ne

species nam

ent  names w

e  Results.  Ju

t in the thre

names will b

e tree. 

n  the  datab

only  specie

aps, for exam

agingmapeated and po

ution maps a

e new maps 

to configure

ve/To  Modes

2.6 and 2.11

t  already  ex

e  section  5.4

e  new  maps

odiversity  Inf

.  

t  maps  from

ent software

n  be  also  u

on options y

ew  samples 

me, 

will 

ust 

e. 

29 

be  shown  in 

ase,  to  help

es with/with

mples. 

 

pstoadatopulated wit

associated t

in MapMake

e the databa

stR  maps  d

1. 

xisting maps

4)  or  from  a

s  by  downl

formation  Fa

m  ESRI  ASC 

.  

used  to  over

you use  in ea

or  presenc

the Results

p  you  finding

out maps,  o

tabaseth taxonomy

o species. Yo

er and direct

ase as the de

atabase  me

 made  with

another  exis

oading  sam

acility, http:

probability 

rwrite  existi

ach case. Yo

e  areas  to 

Q

list. Clicking

g  one,  you  c

or  only  bran

y, the purpos

ou will have

tly save them

efault databa

enu  option  i

h MapMaker

sting Modes

ple  records 

//www.gbif.

distribution

ng maps  wi

ou can option

already  exis

Filter opt

Quick start tu

g on one of 

can  use  the

nches were 

se of the dat

e different op

m in the data

ase in MapM

in  MapMak

r,  either  sav

stR  database

s  data  from

.org) or  from

n  models  lik

ith  new  ver

nally use so

sting maps  i

tions 

utorial 

those 

e  filter 

there 

 

tabase 

ptions 

abase. 

Maker, 

er,  as 

ved  in 

e  (see 

  GBIF 

m CSV 

ke  the 

rsions, 

me of 

in  the 

Mode

The d

is tha

from 

After

maps

Maps

Edit/E

if  you

indire

In a M

a diff

MapM

have 

finally

3.5 Once

that, 

MapM

Obvio

as ex

3.6 Mode

stand

areas

some

estR Softwar

difference be

at  in Datama

GBIF or CSV

r  importing m

s and eventu

s  can  also 

/Erase selecte

u  delete  a  n

ectly descen

ModestR dat

ferent specie

Maker, assig

a copy of th

y use DataM

Openinge a map store

you can just

Maker menu

ously, you ca

plained in 2.

ProcessiestR maps  a

dalone  file.  T

s,  samples a

e  results  like

re 

etween some

anager they 

V files), where

maps, usuall

ual errors wil

be  individua

ed map men

node  of  any

ding of this n

tabase a map

es B.  If even

gn it to anoth

he initial map

Manager to de

gamapfred in a  Mod

t select the s

u option, or O

an also indep

.10. 

ingmapsare  basically

This  XML  fil

nd other ele

e  presence 

e of those im

can be used

eas in MapM

y a report w

l be reported

ally  deleted

u option, or 

  level  (for  e

node will also

p created an

tually you w

her species B

p linked to A

elete the firs

romDataMestR databa

species in th

Open map in

pendently op

y  stored  in  a

e  contains  a

ements of  th

matrix,  or m

30 

mportation o

d to  import a

Maker they a

will be shown

d. 

,  simply  by

Erase map o

example  if  y

o be deleted

nd linked to a

want to do t

B (see 2.6), a

A, but now as

st map, whic

Managerse, you can 

he taxonomic

n MapMaker

pen MapMa

an  XML‐bas

a  declarative

he map, but

metrics  like

options and t

a collection o

re used to im

n on the righ

y  selecting  t

option in the

you  delete  a

d. 

a species A, 

hat, you sho

and save it t

ssociated to 

h was linked

open it and 

c tree and  u

option in th

ker and load

 

ed  format, 

e  description

t  it  is not us

richness.  Th

Q

the similar o

of maps at o

mport one sin

ht tab panel

them  in  the

e context me

  family),  all 

cannot be d

ould have to

o the databa

a different s

d to species A

modify it in 

use Edit/Ope

e context me

d the map fr

either  in  a 

n  of  the  tax

able  in  this 

hat  is  why  i

Quick start tu

ones in MapM

once (for exa

ngle map. 

l, where  imp

e  tree  and 

enu. Be awar

 maps  direc

directly relink

o open the m

ase. Then yo

species B. Yo

A. 

MapMaker. 

en selected m

enu. 

rom the data

database  o

xonomy,  pre

form  to calc

it  is  necessa

utorial 

Maker 

ample 

ported 

using 

e that 

ctly  or 

ked to 

map  in 

ou will 

ou can 

To do 

map in 

abase, 

r  in  a 

esence 

culate 

ary  to 

Mode

proce

prese

DataM

conve

doing

upda

webs

requi

To pe

impo

range

stron

and e

warn

To do

For m

512M

powe

also 

estR Softwar

ess those ma

ence.  

Manager  ca

erts each ma

g that each t

te  the  refer

site), you sho

ired. 

erform this p

rtant to poin

e  maps  (far 

ngly recomm

even better 

ed that you 

o that go to O

most modern

Mb without 

erful graphic

the  recomm

re 

aps to raster

n  only  proc

ap to a pres

time you nee

rence world 

ould reproce

processing, y

nt out that m

less  for  sa

ended to us

if  it has mo

first have to

Options/Pref

n  computers

experiencing

cs card, we r

mended  valu

rize them. Th

cess  maps  t

ence matrix

ed to calcula

map  (for ex

ess maps. In 

you should u

map processi

mple‐based 

se a compute

ore VRAM. T

configure th

ferences men

s with powe

g  problems. 

recommend 

e  in  32  bits

31 

hat is, to con

that  are  sto

x of 1’x1’ cel

ate some dat

xample whe

any case Dat

use Process/

ng can requ

maps). Mo

er with a gra

The  first  tim

he available V

nu and set th

erful  graphic

However,  if

you to selec

s  systems  to

nvert those d

ored  in  a  M

ls, and store

ta. Anyway, 

n  installing  s

taManager w

/Process pen

ire a large am

oreover,  for 

aphic card w

e you will u

VRAM Mode

his paramete

c  cards with 

f  you  are  no

ct 256Mb or

o  avoid  out 

Q

declarative d

odestR  data

es  it  in the d

if you modif

some updat

will warn you

nding maps m

mount of tim

range  maps

with at least 2

se  this optio

estR can use.

 

er. 

1Gb or mo

ot  sure,  or  y

even 128M

of memory 

Quick start tu

data to a ma

abase.  Proce

database, to 

fy a map, or 

tes  from Mo

u about this 

menu option

me, particula

s  processing

256 Mb of V

on you  shou

.  

 

ore  you  can 

you  don’t  h

Mb. This  last 

problems. 

utorial 

trix of 

essing 

avoid 

if you 

odestR 

when 

n.  It  is 

rly for 

g  it  is 

VRAM, 

uld be 

select 

have  a 

one  is 

If  you 

Mode

exper

prefe

Durin

box w

mess

witho

rema

Even 

those

maps

map 

that D

There

show

when

some

havin

estR Softwar

rience  prob

erences and r

ng map proc

will  be  visib

sage  box  tha

out  losing  t

aining maps l

if  usually D

e who need 

s menu optio

data or in th

DataManage

e  is also an 

wn clicking w

n you want t

e exporting o

ng to process

     Use this proc

re 

blems  proce

retry process

cessing a dia

le  by  defau

at  shows  pr

he  work  do

ater. 

DataManager

it, the optio

on. This can 

he world refe

er cannot be 

option  to pr

with the right

o process/re

options  (suc

s all maps fro

 checkbox to hess map wind

essing  maps

sing. 

log box can

lt,  but  you  c

ocessing  pro

one  until  th

r  checks  for

n exists of f

be useful if 

erence map d

aware of the

rocess only 

t mouse butt

eprocess only

ch as genera

om the datab

hide/show dow 

32 

s,  try  selec

appear show

can  hide  it 

ogress.  You 

is  moment. 

r  the  necess

forcing maps

for some re

data (which,

em.  

maps  from a

ton on the w

y maps from

ating and ex

base 

cting  the  lo

wing the pro

using  the  ch

can  cancel 

This  way  y

 

 

ity  of  proce

s reprocessin

ason you ma

, of course, is

a specific br

wanted bran

m some taxon

porting met

Q

ower  VRAM

ocess progre

heckbox  tha

the  process

you  can  con

ssing maps 

ng using Proc

anually made

s not recomm

ranch,  it  the 

nch. This opt

nomic group

rics)  from  th

Quick start tu

M  value  in 

ession. This 

at  appears  o

s  in  any mo

ntinue  proce

and  only  pr

cess/Reproce

e modificatio

mended), th

contextual 

tion can be 

p to be able t

his group w

utorial 

these 

dialog 

on  the 

oment 

essing 

rocess 

ess all 

ons in 

e way 

menu 

useful 

to use 

ithout 

Mode

It  sho

applic

anoth

perfo

Even 

proce

indep

3.7 The u

in  th

optio

right 

estR Softwar

ould  be  not

cation.  That

her  indepen

ormance and

if  this  is  a 

ess  will  app

pendent from

Exportinutility of Dat

e  calculatio

on, but are al

mouse butto

re 

ed  that  sinc

t  is, when  yo

ndent  proce

d minimize m

technical  de

pear  in  your

m the DataM

ngdatataManager, b

n  and  data 

lso accessible

on. 

ce ModestR 

ou  perform 

ss  to  proce

memory usag

etail,  you m

r  taskbar,  a

Manager wind

besides crea

exportation

e from the c

33 

version  1.3

a map  proc

ess  each  ma

e.  

must  be  awa

and  also  wh

dow (becaus

ating and ma

n  features,  w

ontext menu

3 map  proce

cessing, Data

ap.  This  is 

re  of  it  to  u

hy  the  proce

se it is, in fact

anaging taxo

which  are  g

u, when click

Q

essing  is  don

aManager  is

done  this  w

understand w

essing  wind

t). 

nomy and m

gathered  in 

king on any t

Quick start tu

 

ne  by  an  ex

s  actually  ru

way  to  max

why  this  ex

ow  seems 

maps databa

the  Export 

tree node wi

utorial 

ternal 

unning 

ximize 

ternal 

to  be 

ses,  is 

menu 

th the 

Mode

The m

3.8 As se

data 

corre

But if

DataM

Proce

optio

estR Softwar

main exporta

Taxonom

files, as e

Maps exp

or  to pre

also inclu

Darwin C

sections 5

Metrics  d

rasterized

index…) 

previousl

export da

output ar

Latitudina

gradients

Applyingeen  in sectio

in  a  speci

esponding co

f you want t

Manager. Yo

ess/Apply co

on in the con

re 

ation options

my data expo

explained in s

portation: yo

esence data 

uding environ

Core style file

5.11 and nex

data  and  en

d maps data

with  a  sele

ly processed

ata  coming 

re explained 

al  gradients

s for several 

gconvexn 2.8, MapM

es  distribut

onvex hull are

o apply this 

ou can just s

nvex hull to 

textual men

s of DataMan

ortation: you

section 5.10.

ou can expo

in different 

nmental vari

e, or genera

xt ones. 

nvironmenta

a  to calculate

ected  precis

d as  seen  in 

from enviro

in 5.14. 

s  exportatio

metrics. Opt

hulltransMaker  is able

tion  map,  a

ea. 

transformat

elect the tre

the branch

u of the tree

34 

nager are: 

u can export

. 

ort species d

formats  (po

iables. You c

te a summa

al  variables: 

e presence, 

sion.  Of  co

section 3.6

onmental  var

on:  this  op

tions and gen

sformatioe to calculat

and  even  a

tion to nume

ee branch fro

menu optio

e node. A dia

t all or part 

istribution m

olygons, pse

can also expo

ary report. T

this  option 

richness an

urse,  this  o

. Compleme

riables data 

ption  calcula

nerated outp

one the convex

add  or  subs

erous maps, 

om which yo

on, or the Ap

alog box will 

Q

of  the  taxon

maps to stan

eudosamples

ort maps as 

hose options

makes  Dat

d other met

option  requ

ntary  to  tho

files. Option

ates  and  ex

put are expla

x hull area f

stitute  curre

it may be ea

ou want to a

pply convex h

be shown: 

Quick start tu

nomy data  t

ndalone map

s,  valid  samp

JPEG images

s are explain

aManager  t

trics  (rarity, 

ires  maps  t

ose data,  yo

ns  and  gene

xports  latitu

ained in 5.15

from the pre

ent  data  b

asier to do it

pply it, and 

hull to the b

utorial 

 

o CSV 

p  files, 

ples…) 

s, to a 

ned  in 

o  use 

patch 

to  be 

ou  can 

erated 

udinal 

5. 

esence 

y  the 

t from 

select 

branch 

Mode

The a

Conv

curre

samp

valid 

It sho

can 

DataM

been 

As an

DataM

be se

as lan

estR Softwar

available opt

Include a

areas), or

If you sel

convex h

o In

o In

o In

Options  t

maps pro

How the 

o A

o S

u

c

ex hull area 

ently accepte

ples that hav

habitat. 

ould be stres

lead  to  err

Manager be

 constrained

n example, b

Manager, se

een, convex h

nd are exclud

re 

ions are: 

all maps, only

r only area m

lected to inc

ull will be ca

ncluding all p

nclude only s

nclude only p

that  involve 

ocessed, whic

map will be 

Add the calcu

Substitute th

used with  ca

calculated co

that will be a

ed  in  the ma

e sea as valid

ssed that unl

roneous  res

cause  it will

d to correct h

below we sho

lecting to su

hull area is a

ded) because

y sample ma

maps (maps t

clude all map

lculated: 

presence dat

sample data 

presence are

using prese

ch is not nec

updated: 

ulated conve

e exiting dat

are,  as  it  im

nvex hull are

added to the

ap. For exam

d habitat, th

ike in MapM

sults  (as  ex

 always use 

habitats for a

ow a map be

bstitute exis

added to the 

e the previou

35 

aps (maps th

that only con

ps in the con

ta, both sam

to calculate

eas to calcula

ence areas  to

cessary if you

ex hull as a p

ta by the calc

mplies  deletin

ea. 

e map will us

mple,  if you 

he correspon

Maker, where

xplained  in 

 rasterized d

a species) to 

efore and aft

sting data by

 map with th

usly existing 

hat only cont

ntain presenc

nvex hull pro

mples and pre

 convex hull,

ate convex h

o calculate c

u choose to o

resence area

culated conv

ng  existing  d

se as valid ha

apply conve

ding convex 

e calculating 

section  2.8

data  (so dat

calculate co

ter applying 

y the corresp

he sea as val

samples hav

Q

 

tain samples

ce areas but 

ocessing, you

esence areas

, but not pre

hull, but not s

convex hull 

only use sam

a to the map

vex hull. This

data  to  repl

abitats the sa

x hull  to a m

hull area wi

convex hull 

),  this  will 

a where pre

nvex hull.  

convex hull 

ponding conv

id habitat (s

ve sea as vali

Quick start tu

s, but no pre

 no samples

u can choose

s. 

esence areas

sample data

require havi

mples. 

p. 

s option shou

lace  them  b

ame ones th

map that co

ill also have s

of presence 

not  happe

esence areas

transformat

vex hull. Has 

o other ones

id habitat. 

utorial 

esence 

).  

e how 

. 

. 

ing all 

uld be 

by  the 

at are 

ntains 

sea as 

areas 

ens  in 

s have 

tion in 

it can 

s such 

Mode

After

the  c

upda

incor

(see 

exclu

maps

estR Softwar

r applying co

correctly  tra

ted. A brief 

rectly proce

section  3.6)

ded because

s will be liste

re 

onvex hull tra

ansformed m

message wi

ssed map. T

),  or  that  it

e  they  are n

ed as exclude

ansformation

maps  and  al

ill report the

The most usu

doesn’t  co

not of  the  s

ed if we selec

36 

n, a report w

so  the  inco

e encountere

ual problems

ontains  data 

elected  kind

cted to apply

Convex 

hulling

will be show

rrectly  proc

ed problem 

s are that th

enough  to 

d will  also b

y convex hul

Q

n in the righ

essed  ones,

that preven

e map was n

calculate  co

e  listed.  For

l only to area

Quick start tu

ht panel indi

,  which  wer

nt processing

not processe

onvex  hull. 

r example  sa

a‐based map

utorial 

 

 

cating 

re  not 

g each 

ed yet 

Maps 

ample 

ps. 

Mode

After

conve

3.6). 

3.9 Some

data.

CSV f

save 

don’t

them

After

click o

3.10As ex

is nec

with 

when

softw

estR Softwar

r  applying  c

ex hull  trans

Searchinetimes it is u

 This can ha

files, and non

an empty m

t produce an

m easily. To d

r a moment, 

on any speci

0 Forcingxplained in se

cessary  to  c

MRFinder. M

n you make m

ware  uses  is 

re 

onvex  hull 

sformation  i

ngmapswuseful to che

ppens for ex

ne of the sam

map  in  the d

ny problem t

do that, use 

a list of map

ies of this list

mapsupdection 3.6 ab

calculate me

Map processi

modification

updated.  T

transformat

nvolves a m

withnodaeck if there a

xample if we

mple records

database. Eve

to DataMana

Process/Sea

ps with no d

t to directly s

datingtobove, map pr

trics and ot

ing is necess

ns on a map, 

his  last  con

37 

tion  you  sho

ap modifica

ataare maps in 

e download m

s is classified

en  if an em

ager or Map

arh maps wit

data will be d

select it in th

currentmrocessing is n

her  summar

sary when yo

 or also whe

dition  occur

 

ould  proces

tion  that sh

our databas

maps from G

d as valid by 

pty map or 

Maker, it ca

th no data m

displayed in 

he tree. 

mapversinecessary to

ry data, as w

ou add a new

en the refere

rs  usually  be

Q

s  the  transf

ould be upd

e that don’t 

GBIF, or we i

ModestR. O

a map with 

n be useful 

menu option

the right pa

 

ono rasterize m

well as  to pe

w map to a M

ence world m

ecause  you 

Quick start tu

formed  map

dated  (see se

t contain any

import them

Or if by mista

 no valid  sa

to be able t

n  in DataMan

nel. You can

aps, which i

erform  searc

ModestR data

map that Mo

install  an  u

utorial 

ps,  as 

ection 

y valid 

m from 

ke we 

mples 

o find 

nager. 

n even 

n turn 

chings 

abase, 

odestR 

pdate 

ModestR Software    Quick start tutorial 

38 

distributed through the ModestR website. When DataManager detects that a new version of 

the reference world map has been installed, it will indicates that distribution maps have to be 

reprocessed to take into account changes in the new reference world map. 

But sometimes you can be sure that some of the maps of your ModestR database don’t need 

to be reprocessed. For example, if the modifications in the reference world map only involved 

freshwater, the maps of marine species are supposed not to be concerned. As map processing 

can be a very time‐consuming task, particularly for expert‐drawn maps, in those cases you can 

avoid having to reprocess maps by selecting the branch you want to avoid having to reprocess, 

and using the menu option Tools/Force set maps from current branch as updated.  

This option only has  to be used very carefully, and only  if you clearly understand  its effects. 

Existing processed maps will be just marked as updated, even if they were not processed using 

the current world  reference map. This way DataManager will  then consider  them as already 

processed with the current reference world map.  

Anyway, if you incorrectly used this option, you can always reprocess all maps to come back to 

a correct and updated state, as explained in section 3.6 above. 

 

Mode

4 FMRFI

Mode

prese

abou

MapM

conte

map.

their 

 

 

4.1 MRFi

can b

if  the

defau

datab

you t

Also u

datab

estR Softwar

Firststepnder  is  an 

estR databas

ent in any ar

t  those  spe

Maker,  as  th

extual menu

 Also, quite 

usage, and t

Defaultsnder manda

be also direc

e  selected d

ult  one  for 

base  is not  f

ry to work w

using the Op

base  can  be

re 

psinMRFeasy‐to‐use 

ses, created 

ea of the wo

ecies.  The 

he most usu

s that will a

all menus, 

that will be s

settingsiatorily has to

tly opened u

atabase will

upcoming  s

found, the to

with data, allo

ptions/Prefer

e  selected.  O

Left

Eme

plac

Findersoftware  a

with DataMa

orld and to g

MRFinder  u

ual  tools  are

ppear when

buttons  and

shown when 

nMRFindo work using 

using the File

 only be use

sessions.  If 

ools panel w

owing you to

rences menu

Other  option

t tool panel

erging  too

cing the mou

39 

pplication  to

anager. MRF

generate and

user  interfac

e  always  visi

n you click w

d other elem

 you place th

dera ModestR 

e/Open data

ed during  th

no  databas

will be disabl

o select a dat

u, a dialog bo

ns  can  be  s

oltip,  show

use on an ele

o make  the

Finder allows

d export seve

ce  is  quite 

ble  at  the  le

with the right

ments have  a

he mouse ov

database as 

abase menu 

his work  ses

e  is  selecte

led and a di

tabase to be

 

ox will be sho

set  using  the

wn  when 

ement 

Q

most  of  th

s for finding 

eral data rep

simple  and

eft  tool pan

t button of t

a  tooltip  tha

ver an eleme

default data

option, and 

ssion or will 

d  as  defaul

alog box wil

e used during

own where a

e  Options/P

Quick start tu

he  data  stor

which speci

ports and sta

d  very  simi

nel.  You  also

the mouse o

at briefly ex

ent. 

abase. A dat

you will be 

be  stored  a

lt,  or  the  d

ll be shown 

g this session

a ModestR d

Preferences m

utorial 

red  in 

es are 

atistics 

lar  to 

o have 

on the 

xplains 

 

tabase 

asked 

as  the 

efault 

when 

n. 

efault 

menu, 

Mode

main

separ

4.2 MRFi

in and

4.3 To fin

zone 

tool a

being

for se

really

Anoth

this  c

enter

that w

you c

manu

Since

areas

4.4 Besid

existi

estR Softwar

ly  the  color

rator for CSV

Movingander offers 

d out. Please

Searchinnd which spe

typically usi

allows to sea

g more comp

earching in r

y needed. 

her option a

case, a dialo

red. When a

will be show

can make an 

ually enter a 

e  version 1.3

s to the map

Importindes manually

ing data as s

re 

rs  of  the  ele

V exportation

acrossththe same fe

e see subsec

ngforspeecies are pre

ing the Freeh

arch for spec

plex, it will ta

rectangular a

vailable in th

og box will b

accepting  it, 

wn  in this dia

approximat

region, and 

3  you  can  se

. To clear the

ngselectiy  selecting  s

selections. Fo

Clear al

ements  and 

n format can

eworldmatures availa

tion 2.2 for m

eciesinonesent in an a

hand or the 

cies in an irr

ake more tim

areas, and u

he left tool p

be  shown w

this rectang

alog box will

e selection in

just adjust t

elect  several

em, click on 

ionssearching  ar

or example, 

 ll button

40 

their  defau

n also be set 

mapable in MapM

more details

neormorrea, you sim

Rectangle to

regular area,

me to process

se Freehand

panel to selec

here  the  co

gle will be sh

l be took fro

n the map us

he desired re

l  areas  to pe

the Clear all

reas, MRFind

you can  imp

lt  visibility  s

here. 

Maker to mo

s. 

reareasmply have to 

ool. It must 

, which can 

s, so we reco

d only when 

ct an area is 

ordinates of

hown  in the 

om the curre

sing the Rect

egion with m

erform  a  se

l button on t

der  provides

port a shape

Q

status. Delim

ove across th

select on the

be pointed o

be a very fle

ommend you

searching in

to manually

f a  rectangu

map. The de

ent selection

tangle tool, a

more precisio

 

arch.  So  you

he left tool p

s  the  possib

efile or a KM

Quick start tu

miter  and  de

he map and 

e map the de

out that Free

exible featur

u to use Rect

n irregular ar

y enter a regi

ular  region  c

efault coord

n,  if any. This

and then sel

on. 

u  can  add  se

panel. 

 

bility  of  imp

ML file with o

utorial 

ecimal 

zoom 

esired 

ehand 

e, but 

tangle 

reas is 

ion. In 

an be 

inates 

s way, 

ect to 

everal 

orting 

one or 

Mode

more

impo

We s

(such

If you

data 

conta

criter

textb

4.5 To av

searc

The f

sever

map,

select

name

tree t

or sh

estR Softwar

e administrat

rting shapef

trongly reco

h as autointe

u are familia

will  be  imp

ained  in  the

ria that will b

box. The synt

Usingprvoid having 

ch, MRFinder

first way to s

ral areas. Th

 click on the

tion as pred

e and a desc

the selection

apefiles, and

C

re 

tive areas. To

files a dialog 

ommend to u

rsections) an

ar with shape

orted.  To  do

  shapefile.  T

be used as fi

tax of the co

redefinedto make or 

r can store p

store a selec

hen, when a

e Store selec

defined menu

cription for t

n will be stor

d organized i

Criteria textb

o do that use

box will be s

use the defa

nd it don’t in

efile format,

o  that,  use 

Then  you  ca

lter when im

nditions is si

dselectionto  import a 

redefined se

ction is to do

ll  the areas 

ction as pred

u option. A 

the selection

red. Predefin

n the tree, a

box 

41 

e File/Impor

shown wher

ault value, as

nvolves virtua

, you can als

the  See/hid

an  select  a  f

mporting. Yo

milar to the 

ns selection e

elections the

o it on the m

you want  to

defined   butt

dialog box w

n, and also s

ned selection

as explained 

See/hidefieldlistbutton

t selection o

e you can en

s  it avoids so

ally any prec

so add  impo

e  fieldlist  bu

field  to  see 

u can also di

syntax of a W

ach  time we

en you can ea

map and stor

o  store as a 

ton  in the to

will be show

select under 

ns can also b

in section 4.

e 

Q

ption from m

nter a simplif

ome problem

cision loss. 

rtation crite

utton  to  see

the  values 

rectly write 

WHERE claus

e want  to us

asily reuse th

re it. You can

selection ar

oolbar or go 

wn where you

which node

e directly im

9. 

Quick start tu

main menu. 

fication toler

ms with shap

eria to filter 

e  the  list  of 

it  takes,  an

a condition 

se in SQL. 

se  it  to perfo

hem.  

n select or im

re  selected 

to the File/ 

u have  to en

e of the sele

mported from

utorial 

When 

rance. 

pefiles 

which 

fields 

d  add 

in the 

orm a 

mport 

in  the 

/ Store 

nter a 

ctions 

m KML 

Mode

To ad

menu

dialog

the m

node

autom

autom

you o

estR Softwar

dd a previou

u  option  or 

g box will ap

map, you just

s  can be no

matically  in

matically add

organized the

re 

sly stored se

use  the Add

ppear where 

t have to che

ot  checkable

clude  other

d all the Eur

e tree (see se

Select  in    th

node below

want to sto

selection 

election to t

d  predefined

a tree with t

eck it on the 

e  as  they  are

r  nodes  wh

ropean coun

ection 4.9).

he  tree  the 

which you 

re the new 

42 

he map, you

d  selection  t

the stored s

tree. Depen

e  just here 

hen  checked

ntries as sele

u can go to  

to map  butt

elections are

nding on how

to  group  se

d.  For  exam

ections to th

Q

Edit/Add pre

on  of  the  to

e shown. To 

w you organiz

lections. An

mple  a  nod

e map. That

Quick start tu

 

edefined sele

oolbar. A  flo

add a select

zed the tree 

d  other one

de  “Europe”

t depends on

utorial 

ection 

oating 

ion to 

some 

es  can 

”  can 

n how 

Mode

4.6 Once

will b

from 

previ

will w

proce

into a

Befor

estR Softwar

Searchoe one or mor

be enabled a

the Modest

ously proces

warn  you  if 

essed, but al

account to d

re performin

re 

optionsre search are

at  the  left  to

tR database 

ssed using Da

you  try  to m

llows you to

o the search

ng the search

eas selected 

ool panel. M

to do  the  s

ataManager 

make  a  sear

 continue an

h. 

h MRFinder w

43 

 on the map

MRFinder wil

searching,  so

 to obtain ac

rch using  a 

nyway. In th

will display a

p, you can cl

l use  rasteri

o  it  is necess

ccurate resul

database wh

is case, only

 dialog to co

Q

ick on the Se

zed  (that  is, 

sary  that all

lts (see sectio

here not  all 

y processed m

nfigure sear

Quick start tu

Search butto

 processed) 

 maps have

on 3.6). MRF

maps have

maps will be

rch options. 

utorial 

 

n that 

maps 

 been 

Finder 

been 

e took 

 

Mode

estR Softwar

Simplify/

searching

selection

detailed 

most of  t

precision

performa

detail  los

recomme

the Simp

If you ne

also auto

Freehand

provide s

Anyway, 

simplifica

4.10.1  to

Simplify/

Group  op

between 

search in

separatel

time, so r

is obviou

we recom

Habitats 

For exam

Besides  i

this  allow

precise se

re 

Inflate  selec

g areas to sim

s,  such  as 

shapefiles  (s

the cases, w

,  and  in  t

ance. Inflatio

ss when simp

end you  to m

lify/inflate to

eed a very ac

omatically dis

d, Rectangle 

significant pe

if  you  u

ation/inflatio

o  manually 

inflate tool o

ptions:  if  yo

a separated

 each area, 

ly. In the sec

results will c

usly faster, so

mmend you t

to search  in

mple    if you 

ncreasing pe

ws  to  focus 

elections to 

ctions:  this 

mplify/inflate

some  prede

see  section 4

we don’t nee

turn  a  sligh

on (expansio

plifying a sea

manually  tes

ool on a sele

ccurate sear

sable it when

or Enter a re

erformance i

se  this  op

on  in minute

test  the  e

on a selectio

ou  selected 

d or a group

and you will

cond one, M

contain all sp

o  if you don

to select this

: select the 

select  sea, o

erformance 

on  specific  s

perform sea

44 

options  wi

e them. This

efined  selec

4.4  for more

ed  to perform

ht  simplifica

n of the sea

arch area. H

st  the effect

ection before

rch, you can 

n selections 

egion tools d

ncrease for t

ption,  you 

es  that will b

effects  of  s

n. 

more  than 

ped search.  I

l be able to o

RFinder will 

pecies presen

n’t need the 

s second one

habitats tha

only  species

(as some sp

species. Mo

rch in specif

ll  makes  M

s is particular

ctions  that 

e details abo

m a search w

ation  can  d

rch area) ca

owever,  in o

ts of  simplify

e performing

disable this

are simple (

described ab

those selecti

can  set  t

be applied. A

implifying/in

one  area  to

n  the  first c

obtain a list 

perform a s

nt in any of t

information

e. 

at will be too

  that are pr

pecies will be

reover,  it m

fic habitats.

 

We  c

selectio

exampl

posterio

search 

species

portion

selecte

only  pr

Q

RFinder  pre

rly useful wh

can  be  imp

out predefin

with more  t

dramatically 

n be done to

order to real

ying/inflating

g a search (se

option. Mo

usually selec

bove) as simp

ions. 

the  toleran

Again we ref

nflating  sele

o  search  for,

ase, MRFind

of species fo

search in all a

the areas. Th

 provided by

ok  into accou

esent  in  sea

e early exclu

makes unnece

an  do  an

on  that 

e  land  po

orly  we  o

in  sea  h

 that are pre

  included 

d  will  be  f

resent  in  th

Quick start tu

eprocess  sel

hen using co

ported  from

ned  selection

than ±1 minu

improve  s

o compensat

lly understan

g  selections 

ee section 4.

oreover, MRF

ctions made

plification w

nce  or  lev

fer you  to se

ections  usin

,  you  can  c

der will perfo

ound in each

areas at the

he second op

y the first o

unt  in the se

a will be che

uded  from se

essary  to do

n  “impreci

includes 

ortions,  but

only  select 

habitats,  o

esent in the 

in  the  a

found.  Spec

he  land  will 

utorial 

lected 

mplex 

m  very 

ns).  In 

ute of 

search 

te the 

nd we 

using 

.10.1). 

Finder 

 using 

will not 

el  of 

ection 

g  the 

hoose 

orm a 

h area 

same 

ptions 

ption, 

earch. 

ecked. 

earch) 

o  very 

se” 

for 

if 

to 

only 

sea 

rea 

cies 

be 

Mode

Once

quite

If the

the ri

each 

This c

you e

will b

4.7 Once

will b

found

sever

On th

DataM

is tha

are  s

taxon

A cou

Initia

see t

affect

windo

estR Softwar

e search opti

e more time, 

ere are more

ight side rep

search area 

color scale a

export the m

be cleared wh

Filteringe  the search 

be  shown, w

d  ones will 

ral data. 

he  left side o

Manager wh

at only speci

hown  in  thi

n, in a similar

unter labeled

lly this coun

his counter, 

ted  by  filte

ow. 

re 

ons set, MR

if the select

e that one se

presenting th

will take the

s well as the

map as a JPEG

hen modifyin

gspeciescompleted, 

where  two b

be  processe

of this dialog

hen exploring

ies  (and the

s  tree. You 

r way than u

d Species ma

ter will indic

as well as o

ring)  and  se

Finder will p

ions are com

arch area, d

he richness o

e correspond

e selected ar

G image (File/

ng search are

tobeproif species h

basic  tasks  ca

ed,  and  proc

g box, you c

g a ModestR

ir correspon

can explore 

sing the sea

atching criter

cates the tot

ther ones lik

elected  regio

45 

perform the 

mplex and the

uring and af

or number of

ding color du

reas with the

e/Export/Cur

eas. 

cessedave been  fo

an be perfo

cess  those  s

can see a tax

R database (s

nding higher 

it, and also

rch panel of 

ria indicates 

tal of species

ke the total o

on  coordina

search, whic

ere are many

fter the searc

f found spec

uring the sea

eir correspon

rent map vie

ound  in  the s

ormed:  filteri

selected  spe

xonomic tree

see section 3

taxonomic  l

o use  the Sea

DataManag

how much s

s found in th

of species in

ates  in  the 

Q

ch can requir

y species in t

ch, a color sc

ies of each s

rch. 

nding color w

ew as image)

selected are

ing which  sp

ecies  to  gen

e similar to t

3.1). The diffe

levels) found

arch button 

er (see sectio

species are c

he selected a

 the region (

status  bar  a

Quick start tu

re few minu

the database

cale will app

selected area

will be expor

). Scale and 

ea, a new wi

pecies  amon

nerate  and  e

the one sho

erence, of co

d  in the sear

to  look  for 

on 3.1).  

currently sele

area. You ca

(which will n

at  bottom  o

utorial 

tes to 

e.  

ear at 

a. And 

 

rted if 

colors 

indow 

ng  the 

export 

own  in 

ourse, 

rching 

some 

ected. 

n also 

not be 

of  the 

Mode

You c

you w

by se

and c

If you

any o

a filte

selec

disab

You c

estR Softwar

can also see 

want to selec

electing in th

clicking on Ad

u add severa

of the filters 

er, the Speci

ted. If no sp

bled. 

can remove a

Taxonomi

the specie

the select

S

re 

three butto

ct only some

e tree the ta

dd button. F

al filters they

(at least one

ies matching

ecies comply

a filter o clea

ic  tree  of 

es found in 

ted area 

Search butto

ns at the rig

e taxa from t

axon you wa

ilters will be 

y will work a

e of them) w

g criteria will

y with the fil

ar all using th

on 

46 

ght‐up of the

the species 

nt to include

 added to th

as an OR op

ill be include

 be updated

lters, it will i

he Remove o

e tree that a

found in the

e (it can be a

e Filter selec

peration, tha

ed in later da

d to show ho

ndicate zero

or Clear filter

Q

llow to add/

e area, you c

ny level from

ction list box

t  is, species 

ata processin

ow much spe

o and export

r buttons res

Bu

or

fil

Ad

Selected sp

Selected sp

Stat

Quick start tu

/remove filte

can add filter

m class to sp

x. 

that comply

ng.  When yo

ecies are cur

tation tools w

spectively. 

uttons to ad

r  delet

ters 

ded filters 

pecies counte

pecies count

tus bar 

utorial 

 

ers.  If 

rs just 

pecies) 

 

y with 

ou add 

rrently 

will be 

d 

te 

er 

ter 

Mode

You c

to  se

check

much

the c

To do

set th

The a

estR Softwar

can also set a

elect  endem

kbox.  When

h species are

riterion to d

o that, use t

he criteria ap

available opt

Maximum

presence

re 

a filter regar

ic  or  rare  s

 you add thi

e currently se

ecide when 

he button at

pplied to det

ions are: 

m  Area  of  O

e area all ove

rding the are

species.  This

s filter, the S

elected. But 

a species is c

t left of this 

ermine if a s

Occupancy  (A

r the world (

Filtering r

Button

47 

ea occupied b

s  can  be  do

Species matc

before using

considered a

checkbox, t

species is rar

AOO):  a  spe

(AOO) is less

are species

 to set rare s

by the specie

ne  checking

ching criteria

g this featur

as rare. 

hat will show

re: 

ecies  will  be

ser that the v

species crite

Q

es, which is p

g  the  Show 

a will be upda

e, usually yo

w a dialog bo

e  considered

value you can

rion 

Quick start tu

particularly a

only  rare  sp

ated to show

ou will want 

ox where yo

d  rare  if  its

n enter in Km

utorial 

aimed 

pecies 

w how 

to set 

 

ou can 

 

s  total 

m2. 

ModestR Software    Quick start tutorial 

48 

Percentage of species with the lowest AOO: a species will be considered rare if its total 

presence  area  all  over  the world  (AOO)  is  in  the  range  of  the  X%  species with  the 

lowest AOO, where X is the value you enter in the corresponding field. In this case, you 

can also select the taxonomic  level (for example a specific class or order) that will be 

took  into account to calculate this %,  just by selecting  it on the tree at the right side. 

By default all species in the database are took into account. 

Maximum  Extent  of Occurrence  (EOO):  a  species will  be  considered  rare  if  its  EOO 

(calculated using convex hull of its presence data, including only valid habitats for the 

species) all over the world is lesser that the value you can enter in Km2. 

Percentage of species with the lowest AOO: a species will be considered rare if its EOO 

(calculated using convex hull of its presence data, including only valid habitats for the 

species)  all  over  the world  is  in  the  range  of  the  X%  species with  the  lowest  EOO, 

where X  is  the value you enter  in  the corresponding  field.  In  this case, you can also 

select the taxonomic level (for example a specific class or order) that will be took into 

account to calculate this %, just by selecting it on the tree at the right side. By default 

all species in the database are took into account. 

4.8 GeneratingandexportingdataOnce filtered the species you want to  include, you can use exportation tools to generate and 

export several different data about selected species and in different formats. To select a data 

exportation process, you just have to click on the desired button. Some buttons will show you 

a little context menu with different options regarding the exportation format, like for example 

the Export stats option, that will show a  menu to select a flat or a structured CSV format. 

The available exportation options are: 

Export Metrics: generates and exports metrics about species like richness, rarity, patch 

index, etc. 

Export gradients:  generates and exports latitudinal gradients for several metrics. 

Export Stats: generates and exports statistical data about species  like occupied area, 

maximum and minimum latitude and longitude, real area/reference area ratio, etc. 

Export Maps: exports selected species maps in several formats. 

Export taxonomy: exports taxonomy of the selected species in several formats.  

Export region cords: exports the coordinates of the region selected in the map. 

More details about those options and the exported formats can be found in section 0. 

Mode

 

4.9 Prede

selec

KML, 

on  th

prede

the se

estR Softwar

Managinefined select

t on the ma

 for example

he map and 

efined  select

elections ma

re 

ngpredeftions are an 

p to perform

e. In section 

how  to add

tions using  t

anager windo

finedselecuseful tool o

m searches, 

4.5 we alrea

d  them  to  th

the menu O

ow, that will 

w

49 

ctionsof MRFinder

as well as to

ady introduce

he map. Her

Options/Man

 be empty u

Context  men

with options 

r that allows

o  import are

ed how to st

re we will br

age predefin

nless you alr

nu  

Q

users to sto

as from exis

ore selection

riefly explain

ned  selection

ready stored 

Export

Quick start tu

ore the areas

sting shapefi

ns manually 

n how  to m

ns. This will 

 some select

tation tools 

utorial 

 

s they 

iles or 

made 

anage 

show 

tions. 

Mode

Selec

do  t

Selec

chang

are  in

want

Coun

tree. 

conta

organ

the  n

and 

appe

Let’s 

shape

count

want

Coun

creat

          4 A file

estR Softwar

ctions have t

that,  just  c

ction button. 

ge  its  color 

n edit mode

  to  add 

tries under t

This  node

ain  data,  bu

nize the sele

name,  an  op

click  on  Sav

ar on the lef

assume  no

efile  that 

tries  for  th

  to  import

tries  node 

ted. To do th

                     e like this can

re 

to be organiz

click  on  th

The right pa

to  signal  th

. Let’s suppo

a  node 

the root nod

e  will  not

t  it’s  just  a 

ctions. So ju

ptional  desc

ve.    The  no

ft tree. 

w  that  you 

contains  a

e  world4,  a

t  them  und

that  you

at: 

                       be found in t

zed in a tree

he  Add 

anel will 

hat  you 

ose you 

named 

e of the 

t  really 

way  to 

st enter 

cription, 

ode  will 

have  a 

all  the 

nd  you 

der  the 

u  have 

       the excellent D

50 

e. So the firs

DIVA‐GIS web

t step can b

b site http://di

Q

e adding a s

iva‐gis.org 

Quick start tu

selection nod

utorial 

 

de. To 

Mode

estR Softwar

Select the

Click on t

this case,

ModestR

dialog bo

importati

fieldlist b

field  to  s

importing

condition

If you wa

If the sha

the list of

imported

explore f

one;  this

imported

C

re 

e Countries n

the  Import s

, and then se

 will  import

ox (here expa

ion criteria t

button to see

see  the  valu

g.  You  can  a

ns is similar t

nt to import

apefile conta

f fields to all

d  selections. 

fields values 

s makes  eas

d selections. 

Criteria textb

node in the t

selections bu

elect the wan

t  the data  fr

anded). If yo

to filter whic

e the list of fi

ues  it  takes

also directly 

o the syntax

t all data, jus

ains data  fie

ow you selec

Otherwise 

clicking on t

ier  to  find  t

box 

51 

tree. 

utton. On th

nted file to b

rom  the  file,

ou are familia

ch data will b

ields contain

,  and  add  c

write  a  con

x of a WHERE

st Accept this

elds, which  is

cting the fiel

you  can  se

the field on 

the  correct 

See/hidefieldlistbutton

e dialog box

be imported.

,  and  show 

ar with shap

be imported

ned in the sh

criteria  that 

ndition  in  th

E clause in SQ

s dialog box.

s  the most u

ld that will b

elect  Default

the  left  list 

field  to  be 

e 

Q

x, select the 

you  the  imp

efile format,

. To do that,

hapefile. The

will  be  use

he  textbox.  T

QL.  

usual, Modes

e used to as

t.  In  this  dia

to see  its va

used  to  assi

Quick start tu

shapefile ty

portation  se

, you can als

, use the See

n you can se

ed  as  filter 

The  syntax o

stR will show

ssign names t

alog  box  yo

alues on the

ign  names  t

 

utorial 

ype,  in 

ettings 

so add 

e/hide 

elect a 

when 

of  the 

w you 

to the 

u  can 

e right 

to  the 

Mode

This s

as vis

(see s

You c

the n

estR Softwar

In  this  e

accepted

contains 

them as a

make eac

used cho

As  a  resu

Countries

simple exam

sual templat

section 4.5). 

can now for 

ode of this c

re 

example  we’

. ModestR w

several shap

a whole, so t

ch shape to 

ice, and the 

ult ModestR

s node: 

mple showed 

es in MapM

 

example im

country, follo

ll  suppose  w

will import al

pes (one by 

they will be 

be a single s

one we do in

 will  import

how to imp

aker (see se

port adminis

owing more o

52 

we  choose 

l data from t

country) Mo

a single stor

selection. Of

n this examp

t  each  count

port selection

ection 2.12.4

strative bou

or less the sa

the  Name 

the shapefile

odestR will a

red selection

f course this 

ple. 

try  shape  as

ns to Modes

4) or as pred

ndaries for a

ame steps of

Q

of  the  coun

e. As in this c

ask you  if yo

n, or you wan

last one is p

s  a different

tR. They cou

efined select

a country, ad

f this examp

Quick start tu

ntry  field  an

case this sha

ou want to  im

nt to split th

probable the

 

t node, unde

 

uld be used 

tions in MRF

dding them 

le. 

utorial 

nd  we 

apefile 

mport 

em to 

e most 

er  the 

either 

Finder 

under 

Mode

There

make

This c

subno

add t

this n

It can

caref

To  re

selec

paren

anoth

4.10 

estR Softwar

e are more u

e that when 

can be usefu

odes with al

to the map a

node when se

n be also poi

ful because a

eorganize no

t  its new pa

nt. Then save

her. 

0 Otherto

re 

useful  featu

a tree node

ul for examp

l the provinc

all the provin

electing it. 

inted out tha

all subnodes 

odes,  such a

arent. You w

e it. You can

ools

res when  im

e  is selected,

ple if you add

ces.  If you w

nces, edit the

at you can d

of a node w

s moving a 

will  see  that 

n also just dr

53 

mporting pre

,  it automat

d a node “Pr

want that wh

e Provinces n

delete nodes

ill be also de

node  to ano

the Catego

rag and drop

edefined sele

ically selects

rovinces” for

hen selecting

node and ch

 

 using the D

eleted. 

other parent

ry  field of  t

p nodes to m

Q

ections. For 

s all the subn

r a country, a

g the node P

eck the optio

Delete selecti

t, you  can e

he node  cha

ove them fr

Quick start tu

example, yo

nodes  it con

and then yo

Provinces Mo

on Select ch

ion button, b

edit  the nod

anges  to  the

rom one pare

utorial 

ou can 

ntains. 

ou add 

odestR 

ilds of 

but be 

e and 

e new 

ent to 

Mode

4.10

4.10

 

 

 

estR Softwar

0.1 Simplify

0.2 Merging

re 

ying/infla

gselection

tingselect

 

ns

 

54 

tions

QQuick start tuutorial 

ModestR Software    Quick start tutorial 

55 

5 DataManagerimport/exportfilesformatIn  this  section we  briefly  explain  the main  file  formats  used  by ModestR  DataManager  to 

import/export data  from/to a ModestR database. Remember that some exportation defaults 

concerning CSV format can be set in the DataManager default settings (see 3.2). 

5.1 ImportingtaxonomyfromaCSVfileYou  can  import  taxonomic  data  in  CSV  to  a  ModestR  database  using  the  Import/Import 

Taxonomy/From CSV file menu option.  

Data to be imported have to be in CSV format, either separated by comma or semicolon. They 

can  contain  headers.  You  should  indicate  those  options  in  the  dialog  box  that will  appear 

before  importation. Each  row must correspond  to a  species  to be  imported. Each  row must 

contain  the  class, order,  family, genus and  species,  in  this order.  Importation process  is not 

case‐sensitive. 

For example, those data will be valid to be imported: 

Elasmobranchii;Torpediniformes;Narkidae;Typhlonarke;Typhlonarke aysoni 

Elasmobranchii;Torpediniformes;Narkidae;Typhlonarke;Typhlonarke tarakea 

Actinopterygii;Zeiformes;Oreosomatidae;Allocyttus;Allocyttus folletti 

Actinopterygii;Zeiformes;Oreosomatidae;Allocyttus;Allocyttus guineensis 

Actinopterygii;Zeiformes;Zenionidae;Capromimus;Capromimus abbreviatus 

Actinopterygii;Zeiformes;Parazenidae;Cyttopsis;Cyttopsis rosea 

Taxonomy data will be  imported  to  the  currently  opened  database. All  required  taxonomic 

levels will be added  to  the database  for each species contained  in  the CSV  file.  If some  taxa 

(either a class, order, family, genus or species) already exists in the database, it will be simply 

skipped. 

5.2 ImportingtaxonomyfromanotherModestRdatabaseYou can  import  taxonomic data  from a ModestR database  to  the currently opened ModestR 

database using  the  Import/Import Taxonomy/From another ModestR database menu option. 

In this case, the expected format of the origin database is the original format of the Modest R 

database.  No modifications  have  to  be  done.  Just  take  into  account  that  this  option  only 

imports taxonomic data, but not existing maps from the origin database. 

5.3 ImportingtaxonomyfromphyloXMLfilesYou  can  import  taxonomic  data  from  a  phyloXML  file  to  the  currently  opened  ModestR 

database using the  Import/Import Taxonomy/From phyloXML file menu option. DataManager 

will  search  for <taxonomy> elements  to  import, using  the <rank> element  to determine  the 

taxonomic  level of  the data.  You  have  to be  aware  that phyloXML  files  not  always  contain 

comprehensive  taxonomic  information,  so  in  some  cases  DataManager will  not  be  able  to 

import  it.  For  example,  a  species  name  from    a  phyloXML  file will  only  be  imported  if  all 

ModestR Software    Quick start tutorial 

56 

superior levels (until class level) are also mentioned in the phyloXML file, or if the genus level 

already exists in the target ModestR database.  

5.4 ImportingMapFilesfromMapmakermapfilesYou can import map files to the currently opened ModestR database using the Import/Import 

presence data/From map  independent  files menu option.   A  similar option, but  limiting  the 

species  to  be  imported  to  a  specific  branch  of  the  taxonomic  tree  can  be  found  in  the 

contextual menu (clicking with left mouse button on the desired element of the tree), selecting 

the  option  Import  presence  data  for  this  branch/  From  map  independent  files.   ModestR 

DataManager  can  import  map  files  generated  with  MapMaker  and  saved  as  standalone 

independent  map  files  (files  with  .IPMMAC    extension).  This  option  will  ask  the  user  for 

selecting  a  folder,  and  it will  import  all map  files  from  this  folder  to  the  currently  opened 

database. Maps  to  be  imported must  contain  taxonomic  information  (at  least  the  species 

name),  and  the  species  assigned  to  the  map  has  to  already  exist  in  the  target  ModestR 

database.  

5.5 ImportingMapFilesfromanotherModestRdatabaseYou can import map files to the currently opened ModestR database using the Import/Import 

presence  data/  From  another ModestR  database menu  option.  In  this  case,  the  expected 

format  of  the  origin  database  is  the  original  format  of  the  Modest  R  database.  No 

modifications  have  to  be  done. Once  selected  the  origin  database  to  import maps  from,  a 

dialog box as  seen  in  the  figure will allow  setting  the  importation options. First  two options 

affect taxonomical data: 

Import only maps for species already existing  in the current database:  if selected, no 

new  taxa  will  be  added.  Therefore  only  maps  corresponding  to 

class/order/family/genus/species  that already exist  in  the currently opened database 

could be  imported.  If  a map  for  the  species  X  exists  in  the origin database but  the 

species  X  doesn’t  exist  in  the  currently  opened  database,  the  map  will  not  be 

imported.  

Import maps from all species of the origin database: if selected, all maps of the origin 

database could be imported. Consequently, new taxonomies will be added to currently 

opened database if needed. So, if a map for the species X exists in the origin database 

but  the  species  X  doesn’t  exist  in  the  currently  opened  database,  species  X will  be 

added to taxonomical data in the target database (including  lower levels if necessary, 

like genus, families, etc.) , and the map will be imported. 

Take  into  account  that  all  the  superior  levels  are  compared  to  determine  if  an  imported 

species corresponds to an existing species. Even  if they have the same name,  if they differ  in 

one superior level (for example they have a different family) two species will be considered as 

different during importation. 

Next two options affect overwriting maps during importation: 

Import only new maps  from origin database:  if  selected, only maps  for  species  that 

don’t have maps in the currently opened database will be imported. Existing maps will 

not  be  overwritten.  Of  course,  maps  for  species  that  don't  exist  in  the  currently 

Mode

You h

maps

5.6 You 

Biodi

Impo

menu

in the

elem

selec

show

maps

expla

the m

estR Softwar

opened  d

taxonom

Overwrite

selected, 

is a map f

have to take 

s importation

Importincan  import 

versity  Infor

rt    presence

u, or the  Imp

e contextual

ent of the tr

ted branch, 

wn  previously

s  can be ove

anation of ea

mouse on it. 

re 

database  wi

ical data imp

e  existing  m

existing ma

for the same

care of the f

n in different

ngsamplesamples  an

rmation Faci

e  data  /From

port presenc

l menu of th

ree).  This op

and process

y. According

erwritten, or

ach option o

Most of the 

ill  be  impor

portation pre

maps  in  curr

ps in the cur

e species in t

fact that diff

t ways. 

esfromGnd  create  m

ility, http://w

m GBIF  sam

ce data for th

he taxonomy

ption will dow

s them regar

g  to  the  sett

r new data  c

f this dialog 

options are 

57 

rted  or  not 

eviously desc

rent  databa

rrently open

the origin dat

ferent combi

GBIFonlinmaps  downlo

www.gbif.or

mples  (for  sel

his branch/F

y tree (clickin

wnload samp

rding the opt

tings  you  se

can be adde

box will be 

also describe

regarding  th

cribed. 

se  with  ma

ed database

tabase. 

nations of th

nedatabasoading  data 

g). This  can 

lected  branc

From GBIF sa

ng with  left 

ple data from

tions you set

elect,  new m

ed  to existin

shown in an

ed in section

Q

he  option  se

ps  from  ori

e could be ov

he selection 

 

sefrom  GBIF 

be done us

ch) menu  op

amples optio

mouse butto

m GBIF for ea

t in the dialo

maps  can  be 

g maps,  for 

n emerging to

n 2.4 and in s

Quick start tu

elected  rega

igin  databas

verwritten if 

options will 

database  (G

sing  the    Imp

ption  in  the 

on that will a

on on the de

ach species 

og box that w

e  created,  ex

r example. A

ooltip if you

section 5.7 b

utorial 

arding 

se:    if 

there 

affect 

Global 

port  / 

main 

ppear 

esired 

of the 

will be 

xisting 

A brief 

place 

elow.  

Mode

DataM

them

alrea

an Im

cite t

5.7 You 

samp

prese

to a s

left m

data 

file. E

estR Softwar

Manager wi

m  in the data

dy existing m

mportation Lo

hem, also do

Importincan  import

ples/occurren

ence data /Fr

specific bran

mouse butto

for  this bran

Expected for

S

re 

ll  download

abase. You c

maps (if any)

og that inclu

ownloaded f

ngsamplet  samples  a

nces  for  one

rom CSV sam

nch of the ta

on on  the de

nch/ From C

mat is a list o

pecies; Long

data  and  a

an configure

, or for over

udes informa

rom GBIF. 

esfromCand  create 

e  or more  s

mple files.  A 

axonomic tre

esired eleme

CSV sample  f

of samples in

gitude ;Latitu

58 

automatically

e the  import

writing exist

ation about r

SVfilesmaps  imp

species.  This

similar optio

ee can be fo

ent of  the  tre

files. This op

n the form:

ude      

y  transform 

tation  for ad

ting maps. Af

rights of the 

orting  data

s  can  be  do

on, but limiti

und in the c

ee), selectin

ption will  im

Q

it  in Modes

dding downlo

fter downloa

downloaded

  from  CSV 

ne  using  th

ng the speci

ontextual m

g  the option

port sample

Quick start tu

 

stR maps,  s

oaded samp

ading, you w

d data and h

 

V  files  cont

e  Import/  Im

ies to be imp

menu (clicking

n  Import pre

e data  from 

utorial 

toring 

ples to 

will see 

ow to 

aining 

mport 

ported 

g with 

esence 

a CSV 

Mode

This 

speci

exact

selec

show

In the

impo

estR Softwar

o

S

way  you  ca

es already e

tly the same 

t  the  import

wn in an eme

e settings di

rt: 

Merging 

will  be  c

overwritt

The orde

If the firs

Decimal s

Sample p

map. This

Skip  sam

longitude

Skip sam

samples a

Consider 

when two

If  for  exa

samples  

Make  the

ModestR

determin

re 

r 

pecies; Latit

n  import  a 

existing in th

name than 

tation  settin

rging tooltip

ialog box yo

method: wh

created.  But

ten, skipped,

r of the coor

t row contai

separator an

point size: se

s size has no

mples  in  0,0 

e and  0º latit

ples whose 

are usually e

duplicated s

o samples w

ample we  co

like (122.45

e  sample  a 

. A habitat a

ne  if  it  is  si

ude; Longitu

single  file  c

e database w

the specified

ngs. A brief e

 if you place

u can select

hen an  impo

in  this  sett

, or new data

rdinates in th

ns headers (

nd field separ

elect the size

importance

coordinates

tude, as thos

longitude an

erroneous da

samples  if th

will be consid

onfigure  this

67;9.4568) a

habitat  auto

uto‐checked

ituated  in  a

59 

ude 

containing  o

will be impo

d in the imp

explanation 

 the mouse o

t the correct

orted species

ting  you  ca

a can be add

he CSV file (L

(in that case 

rator. 

e of the visu

e when proce

s:  don’t  pro

se samples a

nd latitude c

ata. 

hey are equa

dered as dup

s  option  to 

and (122.459

o‐checked  s

d sample will

a  valid  or  i

 

occurrences 

rted (that is

ported file). A

of each opt

on it.  

 options for

s have no m

n  decide  wh

ded to existin

Longitude ;La

first row wil

al point that

essing map. I

ocess  sample

are usually er

oordinates h

al until the X

plicated, thus

take  into  ac

98;9.4560) w

ample:  this 

l be automat

nvalid  habit

Q

for  several 

, species in t

A dialog bow

tion of  this d

the format 

ap  in the da

hether  exist

ng maps, for 

atitude  or vi

l be skipped)

t will  indicat

t is only a vis

es  whose  co

rroneous dat

have the sam

Xth decimal: 

s avoiding to

ccount  until 

ill be conside

option  is  qu

tically checke

tat,  and  the

Quick start tu

species,  but

the database

w will be sho

dialog box w

 

of the CSV 

atabase, new

ting maps  w

example. 

ice versa) 

).  

te a sample 

sual parame

oordinates  a

ta. 

me value, as 

 this allows 

o add them t

the  2th  de

ered duplica

uite  innovat

ed by Modes

erefore  it  w

utorial 

t  only 

e with 

wn to 

will be 

file to 

w map 

will  be  

in the 

ter. 

are  0º 

those 

to set 

twice. 

cimal, 

ated. 

tive  in 

stR  to 

will  be 

ModestR Software    Quick start tutorial 

60 

considered  valid  or  invalid with  a  precision  of  ±0.1 minutes5.  You  can  set  different 

colors  for  valid  an  invalid  samples  to  easily  distinguish  them  in  the 

Options/Preferences  menu.  Moreover,  only  valid  samples  will  be  used  when 

processing and extracting data from a map (like presence or richness data).  If on the 

contrary  you  don’t  set  a  sample  as  dynamic,  it  will  be  considered  as  manually 

validated/invalidated. By default  it will be  valid,  and  you have  to manually  set  it  as 

invalid if needed. So we strongly recommend you to test the dynamic validation. 

Select valid habitats for the samples: you have to select which habitats are valid for the 

samples you are  importing (this option appears on the  left tool panel when manually 

adding samples).  You can select one or more samples, but it is mandatory to select at 

least one habitat. If you selected to make the samples as habitat auto‐checked, those 

habitats will be used to validate/invalidate a sample. If you don’t selected to make the 

samples  as  dynamic,  this  information  will  NOT  be  used,  as  samples  have  to  be 

manually validated/invalidated. But it will be stored and used in case you later modify 

a sample to make it as habitat auto‐checked. 

After  importation,  you  will  see  the  list  of  species  imported,  and  an  Importation  Log  that 

includes  information about  the  imported data and eventual errors,  like  format problems, or 

species not imported because they are not found in the database. 

5.8 ImportingsamplesfromDarwinCoreArchivesYou can import samples to a DataManager database from a Darwin Core Archive (DwC), which 

is a  format notably used  to share occurrence data  through GBIF  (www.gbif.org). To do  that, 

you  can  use    the  Import/  Import  presence  data/From  Darwin  Core  Archive  of  occurrences 

option, or the analog menu option of the tree contextual menu. In this later case, only samples 

for the selected branch will be imported.  

The  first  step will  be  to  selected  the  Zip  file  that  contains  the  Darwin  Core  Archive  data. 

DataManager only supports Darwin Core Archives that contain a meta.xml file which describes 

the structure of the ocurrences file, which can be  in CSV or text‐delimited format. Moreover, 

the occurrence  fields  that DataManager will  require  to  import data  are  class, order,  family, 

genus,  specificEpithet  (or  alternatively  scientificName),  taxonRank,  decimalLatitude,    and 

decimalLongitude. If some of these fields are empty, samples cannot be imported. 

The next step  is to configure the  importation setting that will be shown  in a dialog bog quite 

similar to the shown when importing from CSV sample files or GBIG (see sections above). The 

main difference  is that you can select to only  import samples from species already existing  in 

the database, or to also  import samples  for new species.  In this  last case, new taxons  (class, 

order, family, genus, or species)  will be added to the database if needed, using the information 

included in the Darwin Core Archive you are importing. 

                                                            5  This requires installing the last software updates. Anyway, as freshwater habitats are still being added to ModestR map, samples checking currently only distinguishes between land and sea habitats.  

Mode

5.9 You  c

proba

the Im

simila

tree 

elem

proba

distri

You s

a pro

for a 

can im

matc

awar

betw

will b

When

ASC f

          6 FuthModeEcogr 

estR Softwar

Importincan  import 

ability, like t

mport/Impor

ar option, bu

can  be  foun

ent of the tr

ability  files. 

bution data.

should have 

obability mat

species  in a

mport to gen

hes  a  specie

e  of  the  file

ween genus a

be recognized

n using this 

files are store

Probabilit

imported

imported

                     her  informatieling  of  specraphy 31(2):16

re 

ngdatafrdistribution 

he obtained

rt presence d

ut  limiting  th

nd  in  the  co

ree), selectin

This  impor

. 

previously g

trix, where e

a cell of a sp

nerate new m

es  already  e

ename  form

and species, 

d by DataMa

importation 

ed. Then a d

ty  cutoff:  th

d.  If  for exam

d to the map

                      on about Maxies  distributio61‐175. DOI: 1

romdistridata  from 

 using Maxe

data/ From E

he species  t

ontextual me

ng the option

tation  optio

generated on

each element

pecified size 

maps or to a

existing  in  th

at  used  by 

so you don’

anager as “At

option, you

ialog box wil

he minimal 

mple you  sel

. 

       xent softwareons  with  Ma10.1111/j.090

61 

ibutionmdistribution

ent6, to the c

ESRI ASC pro

o be  import

enu  (clicking

n Import pres

on  allows  to

ne or more E

t of the mat

(usually 5’x5

add data to e

he  database

some  softw

’t need  to m

teleopus ind

u first have to

ll allow you t

probability 

lect 0.75, on

e can be founaxent:  new  e06‐7590.2008.

models models  as 

currently ope

obability dist

ted  to a spe

g with  left m

sence data f

o  produce  r

ESRI ASC dist

trix represen

5’). Those ar

existing map

e will  be  im

ware  like Ma

modify  it. Th

dicus” specie

o select the 

to set severa

under  whic

nly cells with

nd  in: Steven extensions  an5203.x 

Q

ESRI  ASC  r

ened Modest

ribution data

cific branch 

mouse  butto

for this branc

range  maps 

tribution files

ts the proba

re the files t

s. Only filena

ported.  Data

xent, which 

at  is, “Atele

s. 

folder wher

al settings: 

h  presence 

h a probabil

J. Phillips, Mid  a  compreh

Quick start tu

raster matric

stR database

a menu opti

of  the  taxo

on  on  the  de

ch/ From ESR

from  prob

s that will co

ability of pre

that DataMa

ames which 

aManager w

  uses  a  low

opus_indicu

re probability

data  will  n

ity >=0.75 w

roslav Dudík hensive  evalu

utorial 

 

ces  of 

 using 

on.  A 

nomic 

esired 

RI ASC 

ability 

ontain 

esence 

anager 

name 

will  be 

w  dash 

s.asc” 

y ESRI 

ot  be 

will be 

(2008) uation. 

Mode

Once

you i

show

5.10You 

Expor

CSV f

 

estR Softwar

Valid hab

data you

and add t

Merging 

created  u

existing m

database

e accepted  t

mport a lot 

wing imported

0 Exportincan  export 

rt/Export tax

file in two dif

To a CSV 

in  the pr

data row

an examp

Class 

Elasmobranch

Elasmobranch

Elasmobranch

Elasmobranch

Elasmobranch

Elasmobranch

Elasmobranch

Elasmobranch

Elasmobranch

Elasmobranch

Elasmobranch

Elasmobranch

re 

bitats: you ha

 are  importi

to the map. 

method:  yo

using  impor

maps,  so  im

e. 

his dialog,  t

of maps, or 

d maps and 

ngtaxonotaxonomic 

xonomy of se

fferent form

(flat) file:  da

references  (O

w will contain

ple: 

 Order 

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ii  Carcharhini

ave to select

ing. Only are

u  can  select

ted  data,  to

porting only

he  importat

they are co

possible erro

omytoaCdata  of  an

elected branc

ats: 

ata will be ex

Options/Pref

n the class, o

 Fam

iformes  Carch

iformes  Carch

iformes  Carch

iformes  Carch

iformes  Carch

iformes  Carch

iformes  Carch

iformes  Carch

iformes  Carch

iformes  Carch

iformes  Carch

iformes  Carch

62 

t which habit

eas correspo

t  to overwri

o  add  new  d

y data  for  s

ion process 

mplex. Whe

ors will be sh

CSVfileny  branch 

ch option. Yo

xported to a

ferences me

order, family

mily   G

harhinidae  Ca

harhinidae  Ca

harhinidae  Ca

harhinidae  Ca

harhinidae  Ga

harhinidae  G

harhinidae  G

harhinidae  G

harhinidae  G

harhinidae  G

harhinidae  Iso

harhinidae  La

tats (at least

onding  to  th

te existing m

data  to  exis

pecies  that 

will  start. T

n the proces

how in the ri

of  a  DataM

ou will see tw

 CSV file usin

enu). First  ro

y, genus and 

Genus 

archarhinus 

archarhinus 

archarhinus 

archarhinus 

aleocerdo 

lyphis 

lyphis 

lyphis 

lyphis 

lyphis 

ogomphodon 

amiopsis 

Q

t one) are va

ose habitats

maps  (if  any

sting maps, 

still don’t ha

This  can be  t

ss will be co

ght panel.  

Manager  dat

wo options t

ng the field d

ow will  conta

species, in t

 Species 

Carcharhinus 

Carcharhinus s

Carcharhinus s

Carcharhinus t

Galeocerdo cu

Glyphis fowler

Glyphis gange

Glyphis garrick

Glyphis glyphi

Glyphis siame

Isogomphodo

Lamiopsis tem

Quick start tu

alid for the sp

s will be acc

y) with new 

or  to  not m

ave  a map 

 

time‐consum

mpleted, a r

tabase  usin

to export dat

delimited sel

ain headers.

this order. H

macloti 

signatus 

sorrah 

tilstoni 

uvier 

rae 

eticus 

ki 

is 

ensis 

on oxyrhynchus 

mminckii 

utorial 

pecies 

cepted 

maps 

modify 

in  the 

ming  if 

report 

g  the 

ta to a 

lected 

. Each 

Here is 

ModestR Software    Quick start tutorial 

63 

To a structured CSV file:   data will be exported   to a CSV file using the field delimited 

selected  in  the  preferences  (Options/Preferences  menu).  First  row  will  contain 

headers. First data row will contain a class. Next row will contain an order of this class, 

and so on until species level. Once listed all species of a genus, next genus will be listed 

and so on. Last column will contain the number of species in the current taxonomical 

level (class, order, family…). Here is an example: 

Class   Order   Family   Genus   Species   Total Species 

Elasmobranchii  1122 

Carcharhiniformes  273 

Carcharhinidae  53 

Carcharhinus  31 

Carcharhinus acronotus 

Carcharhinus albimarginatus 

Carcharhinus altimus 

Carcharhinus sorrah 

Carcharhinus tilstoni 

Galeocerdo  1 

Galeocerdo cuvier 

Glyphis  5 

Glyphis fowlerae 

Glyphis gangeticus 

Glyphis garricki 

Glyphis glyphis 

Glyphis siamensis 

Isogomphodon  1 

Isogomphodon oxyrhynchus 

Lamiopsis  1 

Lamiopsis temminckii 

 

5.11 ExportingmapstomapindependentfilesYou can export maps of any branch of a DataManager database  to  standalone  independent 

map files (files with .IPMMAC  extension) using  the Export/Export maps of selected branch/To 

Map  independent files option. The exported files can be opened with MapMaker. This option 

will ask the user for selecting a folder, and  it will export all maps from the currently selected 

branch of the database to this folder. Maps exported will contain full taxonomic information.  

5.12 ExportingpresencedatatoCSVdatafilesYou  can  export  maps  of  any  branch  of  a  DataManager  database  to  CSV  using    the 

Export/Export maps  of  selected  branch/To  presence  data  and  variables  option.  This  feature 

also  allows  including  environmental  variables  in  the  exported data.  This option will  show  a 

dialog box with several selections. A brief explanation of each option of this dialog box will be 

shown in an emerging tooltip if you place the mouse on it. On the left groupbox you can select 

if  the exported data will be exported  to one  separated  file  for each  species of  the  selected 

branch, or to a single file where all species data will be consecutively stored. In the first case, 

you will be asked to select on file name to output, whereas in the second one you will have to 

select  a  folder where  exported  files will  be  saved. Remember  that  characters  used  as  field 

delimiter  and  decimal  separator  can  be  selected  in  the  preferences  (Options/Preferences 

menu). 

Mode

The a

"C

"A

"A

"A

"A

"A

estR Softwar

available exp

Valid sam

will only 

presence

automati

pseudosa

You can a

sample, u

from the 

for each s

of the sam

The  outp

dependin

is the Bat

Class";"Order";"F

Actinopterygii";"A

Actinopterygii";"A

Actinopterygii";"A

Actinopterygii";"A

Actinopterygii";"A

Presence

pseudooc

requiring

generate 

zones.  If 

occurren

export  t

pseudosa

re 

portation for

mples: this o

be useful  if 

e) will be  ski

cally  or  m

amples expo

also select if 

using the co

right tree, if

selected var

mples. 

put  will  be 

ng of selecte

thymetry env

Family";"Genus";"

Ateleopodiforme

Ateleopodiforme

Ateleopodiforme

Ateleopodiforme

Ateleopodiforme

e  pseudosa

ccurences  fr

g  that  the  m

 sample data

the maps yo

ce  records  (

hose  sampl

amples.  

mat options 

option will ex

the maps co

pped. This o

manually,  w

rtation descr

the species 

rresponding

f available (s

iable, with th

a  CSV  file 

d settings. A

vironmental 

"Species";"Longit

es";"Ateleopodida

es";"Ateleopodida

es";"Ateleopodida

es";"Ateleopodida

es";"Ateleopodida

amples  dat

rom  rasterize

maps  are  al

a from range

ou have stor

(i.e. downloa

es  (see  nex

64 

are: 

xport only va

ontain samp

option expo

without  any

ribed above)

taxonomy w

g checkbox. A

see section 5

he value (if it

with  this  fo

As well as the

variable: 

tude";"Latitude";

ae";"Ateleopus";

ae";"Ateleopus";

ae";"Ateleopus";

ae";"Ateleopus";

ae";"Ateleopus";

ta:  this  o

ed  species m

ready  raste

e maps wher

red  in the d

aded  from G

xt  option,  “

alid sample d

ple data, as r

rts only  sam

y  extrapola

).  

will be added

And you can

5.16). In this

t exists) of th

ormat.  Taxo

e last colum

;"Bathy" 

"Ateleopus indic

"Ateleopus indic

"Ateleopus indic

"Ateleopus indic

"Ateleopus japon

option  gen

map,  so basi

rized  (see  3

re species pr

atabase alre

GBIF),  it’s pr

“Valid  samp

Q

data from m

range data  (

mples  checke

tion  (on  t

d at the firsts

n add enviro

case, a colu

his variable a

onomy  colum

n of this exa

us";‐35,89022;8,0

us";‐36,11473;7,0

us";‐35,04803;8,0

us";‐35,04403;7,0

nicus";146,558;34

nerates  pse

ing on a 1’x

3.6).  This  op

resence is st

eady are bas

robably pref

ples”)  in  tu

Quick start tu

maps. Theref

(polygonal a

ed as valid, 

the  contrar

s columns of

nmental var

umn will be a

at the coord

mns  are  op

ample, which

031313;‐4558 

020963;‐2570 

087483;‐4863 

077033;‐3023 

4,84859;‐5788 

eudosample

x1’  cells prec

ption  is  use

tored as poly

sed on samp

ferable  to di

rn  of  gene

utorial 

 

ore, it 

rea of 

either 

ry  of 

f each 

riables 

added 

inates 

ptional 

h here 

s  or 

cision, 

ful  to 

ygonal 

ples or 

irectly 

rating 

ModestR Software    Quick start tutorial 

65 

When  selecting  this  option,  Pseudosamples  exportation  options  groupbox  on  the 

bottom will activate to allow configuring pseudosamples generation.  

You can also set the precision or density of the samples adjusting the width in minutes 

of  the  cells  that will  be  used.  If  for  example  you  select  5’  cell width,  at most  one 

sample for each 5’x5’ minutes cell on the world map will be generated, if the species is 

present in any point of this cell. You can also set if the sample will be generated with 

the  coordinates of one  corner or  center of  the  cell. The  smaller  cell  you  select,  the 

more numerous samples you have, and with the higher accuracy. But for large zones, 

this can  result if a too large number of samples. You can also set if a sample has to be 

generated if the species is just  present in the output cell, or in turn set a threshold of 

1’x1’ minutes cells occupation that has to be exceeded to generate a sample for this 

cell. For example, if you set a cell output of 5’x5’, you could want that only if a species 

occupies at least 20% of this cell (that  is  20% of 5x5= 5, so 5 cells of 1’x1’ minutes) a 

pseudo sample has to be generated for this 5’x5’ cell.  

You can also select if the species taxonomy will be added at the firsts columns of each 

sample. And you can add environmental variables  from  the right  tree.  In  this case, a 

column will  be  added  for  each  selected  variable, with  the  value  (if  it  exists)  of  this 

variable at the coordinates of the pseudosample.  

The exported format will be the same than for the previously described option of valid 

samples exportation. 

 

Presence areas  coordinates:  this option will  generate a CSV with  the description of 

each polygonal  area  selected  in  the map  as occupied by  the  species  (warning!  This 

polygon will not be clipped to the selected habitat,  it will contain all the coordinates 

selected by the user, regardless of the habitat). 

A Outer/Hole column indicates it the coordinates correspond to the outer limits of the 

polygon, or  to an  inner hole. The  type  indicates  the habitat selected  for  this zone. A 

blank line separates each polygon. 

Valid samples contained in the map will also be exported, each one in a line, with the 

“FillSample”  type. Environmental data  cannot be added when using  this exportation 

option. 

Lon  Lat Outer(1) /Hole(0) Polygon  Type  Class  Order  Family  Genus  Species 

‐56,13 54,79 1  0  Sea  ActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐56,13 55,13 1  0  Sea  ActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐59,5 47,06 1  0  Sea  ActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐59,83 47,4 1  0  Sea  ActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐59,83 47,73 1  0  Sea  ActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐60,17 47,73 1  0  Sea  ActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐60,5 48,07 1  0  Sea  ActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐60,84 48,4 1  0  Sea  ActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐56,13 54,79 1  0  Sea  ActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐77,98 33,94 1  1  FillSampleActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

ModestR Software    Quick start tutorial 

66 

‐76,71 35,97 1  2  FillSampleActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐67 40 1  3  FillSampleActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

‐74,73 40,17 1  4  FillSampleActinopterygiiAcipenseriformesAcipenseridaeAcipenserAcipenser brevirostrum

 

5.13 ExportingsamplestoDarwinCoreArchivestyleYou can export maps of any branch of a DataManager database to CSV data  in a format that 

can be easily adapted  to  generate a Darwin Core Archive  (DwC), which  is a  format used  to 

share occurrence data through GBIF (www.gbif.org). To do that, you can use  the Export/Export 

maps of selected branch/To Darwin Core Archive data option, or  the analog menu option of 

the tree contextual menu. DataManager will add unique ID’s for each occurrence, as required 

by DwC  format. Exported  format will contains headers  for each column, and a  row  for each 

sample  from each map exported. The  format  is based on  the  template provided by GBIF  in 

http://tools.gbif.org/spreadsheet‐processor/, with 45 data fields for ocurrences, but only some 

fields will be filed by DataManager, which are: 

• occurrenceID: already explained above. 

•  class, order, family, genus: taxon names for those levels of the species 

•  specificEpithet:  specific  species  name.  For  example,  for  “Isurus  paucus”  it  will  be 

“paucus”. 

• infraspecificEpithet:  if you used subspecies at species  level  in the database, this  field 

will be the subspecies name. For example for “Acipenser oxyrinchus desotoi” it will be 

“desotoi”.  If  you  used  species  names,  it  will  be  empty.  For  example,  for  “Isurus 

paucus” it will be empty. 

•  scientificName:  full  species name. For example,  for “Isurus paucus”  it will be “Isurus 

paucus”; for “Acipenser oxyrinchus desotoi” it will be “Acipenser oxyrinchus desotoi”. 

•  taxonRank: rank of the taxon associated to the samples. It will be “species” by default, 

but  if DataManager detect a species name with  three words,  it will use “subspecies” 

rank. For example,  for “Isurus paucus”  it will be “species”;  for “Acipenser oxyrinchus 

desotoi” it will be “Acipenser oxyrinchus desotoi”. 

•  decimalLatitude,  decimalLongitude: coordinates of the samples. 

The exported CSV file will be easily opened with a worksheet application like Excel and copied 

to  the  Excel  template  provided  by  GBIF  in  http://tools.gbif.org/spreadsheet‐processor/,  to 

subsequently generate a Darwin Core Archive. 

5.14 ExportingmetricsandenvironmentalvariablesdataDataManager  can  calculate  and  export  several metrics  from maps,  like  richness data,  rarity 

index, etc. If you have files containing environmental variables data, you can incorporate them 

Mode

to Da

mana

When

menu

settin

estR Softwar

ataManager 

age environm

n  selecting E

u, or equiva

ngs is shown

You can s

cells that

5’x5’ min

You can s

o R

d

o

o R

o

e

o P

c

e

p

a

o A

o

w

re 

to make tha

mental variab

Export/Expor

lent option 

: 

set the precis

 will be used

utes cell on 

select which 

Richness: the

dimensions. T

one species f

Rarity index f

of the cell, an

each species 

Patch index f

cell, and Pi  is

each  species

previously ca

and explanat

AOO index fo

of  the  cell, a

world) of eac

t they can b

bles is explai

rt maps of  t

in  the  tree 

sion or dens

d. If for exam

the world m

metrics will 

e number of 

This will be e

or the outpu

for each cell,

nd Areai  is th

i present in t

or each cell, 

s the Patch d

s  i  present 

alculated wh

ion of patch 

r each cell, a

and AOOi    is

h species i p

67 

be exported a

ined in sectio

the  selected 

contextual m

ity of the ou

mple you sele

map will be ge

be in the ou

different sp

equivalent to

ut. 

, as 

∑

he occupied 

this cell. 

as ∑

distribution i

in  this  cell.

hen processin

index for ea

as ∑

s  the Area O

present in thi

at the same 

on 5.16. 

branch/To m

menu, a dia

utput adjustin

ect 5’ cell wid

enerated.  

utput in the l

pecies presen

o a 0/1 pres

∑ 11

 

area (taking

∑ 1    w

ndex (taking

Patch  inde

ng maps.  In 

ach species is

1  

Of Occupancy

is cell. 

Q

time that m

metrics and 

log box  to  s

ng the width

dth, one met

eft selection

nt  in each ce

ence matrix 

where

g into accoun

here  n  is  th

g into accoun

ex  of  each  s

subsection 

s calculated.

where

y  (taking  int

Quick start tu

etrics. The w

variables  in

select expor

 

h in minutes 

tric value for

n tree: 

ell of the sel

x if you selec

e n  is the ric

nt all the wo

he  richness  o

nt all the wo

species  has 

5.17 you ca

e n  is the ric

to account a

utorial 

way to 

 main 

tation 

of the 

r each 

lected 

ct only 

chness 

rld) of 

of  the 

rld) of 

been 

n  find 

chness 

all  the 

ModestR Software    Quick start tutorial 

68 

o EOO index for each cell, as ∑ 1    where n  is the richness 

of the cell, and EOOi    is the Extent Of Occurrence (taking  into account all the 

world and using convex hull method) of each species i present in this cell. 

o Latitudinal range index: for each cell, as 

∑ 11

   where  n  is  the 

richness of the cell, and LRi  is the latitudinal range (that is, the higher latitude 

minus  the  lower  latitude,  taking  into account all  the world) of each species  i 

present in this cell. 

o Habitats area:  the area  in Km2  for each kind of habitat  in  this cell. Take  into 

account  that  this  value  is  calculated  using  a  raster  world  map  of  1’x1’ 

precision, making results only roughly approximate, particularly for rivers and 

small  freshwater areas. Except  for the CSV  list  in columns  format, this option 

necessarily  produce  a  multiple  sheet  or  multiple  file  output,  as  the  area 

occupied by each  type of habitat  in each cell will be outputted  in a separate 

sheet or file. 

You  can  also  set  richness  count method:  count  a  species  if  it  is  just  present  in  the 

output cell, or  in turn set a threshold of 1’x1’ minutes cells occupation that has to be 

exceeded to count a species  in this cell. For example,  if you set a cell output of 5’x5’, 

you could want that only if a species occupies at least 20% of this cell (that is  20% of 

5x5= 5, so 5 cells of 1’x1’ minutes) the species has to be counted (so the value for this 

cell incremented).  

You can also select which habitats have to be  included  in metrics calculus. By default 

all habitats are took into account. If you exclude one habitat, all samples or zones with 

this associated habitat will be excluded from the metrics calculus. 

You can define the zone boundaries to be examined in degrees, with a minimum of a 

1ºx1º zone. Take into account that rarity index, patch index and area index are always 

calculated  in a world basis,  independent  from  the  zone boundaries  selected  for  the 

output.  

You can select how cell coordinates will be shown in output: using the coordinates  of 

the center or one corner of the cell.  

You can also select any environmental variables you want to output, for the precision 

and boundaries, and with the same format that you selected.  It must be pointed out 

that  it  is  also  possible  to  only  select  environmental  variables  to  output,  without 

including any metrics. To manage environmental variables see section 5.16. 

Finally you can select the output format for presence/richness data, among the following ones: 

CSV matrix  (longitude X  latitude):  this  format outputs a matrix with  coordinates of 

each cell at row  (longitude)/column(latitude) headers, and metrics data as values  for 

each  cell of  the matrix. Here we  see an example of  richness output  for a  zone with 

longitude from 109 to 120 and  latitude from 0 to 11 and with a cell precision of 60’. 

Values of longitude and latitude correspond here to the right‐down corner of each cell. 

ModestR Software    Quick start tutorial 

69 

On the left the original CSV format is shown. On the right, the same data are presented 

in a more friendly way, as displayed in Microsoft Excel for example. The zero value in 

the  first position of  the  first  row has no signification;  it  is used  to avoid  importation 

problems with some applications like R.  

0;110;111;112;113;114;115;116;117;118;119;1

20 

10;1;1;0;0;0;3;0;0;4;3;0 

9;0;0;0;0;0;0;0;0;0;11;5 

8;0;0;1;0;0;0;0;2;0;4;7 

7;0;0;1;0;0;0;0;1;0;2;3 

6;0;0;0;0;0;0;2;0;1;12;0 

5;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;9 

4;0;0;0;0;4;0;0;0;0;6;12 

3;1;0;0;0;0;0;0;0;0;3;3 

2;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0 

1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;3 

0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1 

 

0 110 111 112 113 114 115 116  117  118  119  120

10 1 1 0 0 0 3 0  0  4  3  0

9 0 0 0 0 0 0 0  0  0  11  5

8 0 0 1 0 0 0 0  2  0  4  7

7 0 0 1 0 0 0 0  1  0  2  3

6 0 0 0 0 0 0 2  0  1  12  0

5 0 0 0 0 0 0 1  0  0  0  9

4 0 0 0 0 4 0 0  0  0  6  12

3 1 0 0 0 0 0 0  0  0  3  3

2 0 0 0 0 0 0 0  0  0  0  0

1 0 0 0 0 0 0 0  0  0  1  3

0 0 0 0 0 0 0 0  0  1  0  1

 

As the CSV format does not support several pages, if you select this output format and 

several metrics to be outputted, you will be warned that one single CSV file for each 

selected metric will be generated. Remember  that characters used as  field delimiter 

and decimal separator can be selected in the preferences (Options/Preferences menu). 

CSV  list  in  columns:  this  format  outputs  a  list  with  several  columns:  latitude  and 

longitude  for  each  cell,  and  a  column  for  each  selected  metric.  Here  we  see  an 

example where a zone with longitude from 110 to 120 and latitude from 0 to 2 with a 

precision of 30’. The data are exported  in CSV, but  in the following example the data 

are presented in a friendly way, as displayed in Microsoft Excel for example: 

Latitude  Longitude  Species.Richness  Sea.Area  Land.Area Small.Rivers.Area 

Large.Rivers. Area 

Lentic.Waters.Area 

2  110,5  1  3090,04356

1,5  110,5  1806,41211 968,580384 315,99288

1  110,5  2  2291,28846 800,403343

0,5  110,5  3  2418,75789 673,404884

0  110,5  4  2339,91575 752,482526

Remember  that  characters  used  as  field  delimiter  and  decimal  separator  can  be 

selected  in  the  preferences  (Options/Preferences  menu).  As  this  format  requires 

loading all data to be outputted at the same time, if you select several variables it can 

result in a very slow processing or even in an out of memory error (particularly in 32bit 

systems). 

Excel  worksheet  (2007  or  higher):  this  format  will  produce  an  XML  file  directly 

recognized  and  readable  by  Microsoft  Excel  2007  or  higher.  This  format  has  the 

advantage of being multipage,  so one worksheet  is generated  for each metric  to be 

outputted. 

Mode

nnxlylcen‐1‐1‐1‐1‐11 ‐1

A

a

e

5.15DataM

maps

main 

expo

In thi

estR Softwar

ESRI ASC

explained

accepted

120 to 12

cols 30 rows 12 llcorner 120 llcorner 0 ellsize 0.1666666odata_value ‐1 1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 2 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 

As the ESRI A

and several m

each selected

5 ExportinManager  can

s. When  sele

menu,  or 

rtation settin

s dialog box 

Precision

degrees, 

for which

latitudina

bands. O

taking int

re 

II Raster ma

d above, but

 by GIS softw

25 and latitud

666666667 

‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐11 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐11 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1

ASCII format 

metrics to be

d metric will 

nglatitudn  calculate a

ecting Expor

equivalent 

ngs is shown

you can set:

:  the  dimen

from 1º to 1

h gradients w

al bands will

Other metrics

to account lo

atrix: this for

t  in  turn of 

ware. Here w

de from 0 to

1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 2 ‐1 ‐‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 

does not su

e outputted,

be generate

dinalgradand export  s

rt/Export ma

option  in  t

n: 

: 

nsions  of  th

10º. Latitude

will be calcu

l be split  in, 

s will be  cal

ongitudinal c

70 

rmat is simila

CSV  format,

we see an ex

o 2 with a pre

‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1‐1 ‐1 1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1 ‐1

upport sever

 you will be 

ed. 

dientsseveral  latitu

aps of  the  se

the  tree  co

he  cells  that

e precision in

ulated. Longi

to calculate

lculated  glob

cells. 

ar to the CSV

,  it outputs  t

xample wher

ecision of 10

1 ‐1 ‐1 ‐1  1 ‐1 ‐1 4  1 ‐1 3 ‐1  1 ‐1 ‐1 ‐1  1 ‐1 ‐1 ‐1  1 ‐1 ‐1 ‐1  1 ‐1 ‐1 ‐1  

ral pages,  if 

warned tha

udinal gradie

elected bran

ontextual  me

t  will  be  us

ndicates the h

tude  indicat

e some of  th

bally  for  all 

Q

V matrix (lon

the ESRI ASC

re a zone wi

’. 

you select th

t one single 

ents  for  sev

ch/To  latitud

enu,  a  dialo

 

sed  to  calcu

height of the

es the width

he metrics  in

the  latitudin

Quick start tu

ngitude X lat

CII  format, w

ith longitude

his output fo

ESRI ASCII f

veral metrics

dinal gradie

og  box  to 

ulate  gradie

e latitudinal 

h of the cell

nto  the  latitu

nal band, w

utorial 

itude) 

widely 

e from 

ormat 

file for 

s  from 

ents  in 

select 

nts  in 

bands 

s that 

udinal 

ithout 

ModestR Software    Quick start tutorial 

71 

You can also select which habitats have to be  included  in metrics calculus. By default 

all habitats are took into account. If you exclude one habitat, all samples or zones with 

this associated habitat will be excluded from the calculus. 

You can define the zone boundaries to be examined in degrees, with a minimum of a 

1ºx1º zone. 

Output will be generated as a CSV file with the following columns: 

Latitude:  top limit of the latitudinal band. 

Total.Species.Richness: total richness of the  latitudinal band This metric  is calculated 

globally for all the latitudinal band, without taking into account longitudinal cells. 

Mean.Species.Richness:  mean  of  the  richness  of  the  cells  of  the  latitudinal  band, 

taking  cells of  the  longitude width  in  degrees  indicated  in  the  dialog box described 

above. That  is, the richness of each cell of the  longitude width and  latitude height  in 

degrees  indicated  is calculated for a  latitudinal band, and then the mean of all those 

values is calculated. All cells are took into account to calculate the mean, even if they 

have a richness of zero. 

SD.Species.Richness: standard deviation of  the richness of  the cells of  the  latitudinal 

band, calculated in the same way than Mean.Species.Richness. 

Mean.AOO.Index: mean of the AOO (Area Of Occupancy) index metrics calculated for 

each  one  of  the  cells  of  the  latitudinal  band,  taking  cells  of  the  longitude width  in 

degrees  indicated  in  the dialog box described above. That  is,  the AOO  index of each 

cell of the  longitude width and  latitude height  in degrees  indicated  is calculated for a 

latitudinal band, and  then  the mean of all  those values  is  calculated. Be aware  that 

only  cells with  a  richness  value  bigger  than  zero  (that  is, where  there  at  least  one 

species present) are took into account to calculate the mean. Details about AOO index 

metric can be found in section 5.14 above. 

SD.AOO.Index:  standard  deviation  of  the  AOO  index  of  the  cells  of  the  latitudinal 

band, calculated in the same way than Mean.AOO.Index. 

Mean.EOO.Index: mean of the EOO (Extent Of Occurence) index metrics calculated for 

each  one  of  the  cells  of  the  latitudinal  band,  taking  cells  of  the  longitude width  in 

degrees indicated in the dialog box described above. That is, the EOO index of each cell 

of  the  longitude width  and  latitude  height  in  degrees  indicated  is  calculated  for  a 

latitudinal band, and  then  the mean of all  those values  is  calculated. Be aware  that 

only  cells with  a  richness  value  bigger  than  zero  (that  is, where  there  at  least  one 

species present) are took into account to calculate the mean. Details about EOO index 

metric can be found in section 5.14 above. 

SD.EOO.Index: standard deviation of the EOO index of the cells of the latitudinal band, 

calculated in the same way than Mean.EOO.Index. 

Mean.Rarity.Index: mean of  the  rarity  index metrics  calculated  for each one of  the 

cells of the latitudinal band, taking cells of the longitude width in degrees indicated in 

the dialog box described above. That  is, the rarity  index of each cell of the  longitude 

width and latitude height in degrees indicated is calculated for a latitudinal band, and 

then the mean of all those values is calculated. Be aware that only cells with a richness 

value bigger than zero (that is, where there at least one species present) are took into 

ModestR Software    Quick start tutorial 

72 

account  to  calculate  the mean.  Details  about  rarity  index metric  can  be  found  in 

section 5.14 above. 

SD.Rarity.Index:  standard  deviation  of  the  area  index  of  the  cells  of  the  latitudinal 

band, calculated in the same way than Mean.Rarity.Index. 

Mean.Patch.Index: mean of  the patch  index metrics  calculated  for  each one of  the 

cells of the latitudinal band, taking cells of the longitude width in degrees indicated in 

the dialog box described above. That  is, the patch  index of each cell of the  longitude 

width and latitude height in degrees indicated is calculated for a latitudinal band, and 

then the mean of all those values is calculated. Be aware that only cells with a richness 

value bigger than zero (that is, where there at least one species present) are took into 

account  to  calculate  the mean.  Details  about  patch  index metric  can  be  found  in 

section 5.14 above. 

SD.Patch.Index :  standard  deviation  of  the  area  index  of  the  cells  of  the  latitudinal 

band, calculated in the same way than Mean.Patch.Index. 

Mean.Latitudinal.Range.Index: mean of the latitudinal range index metrics calculated 

for each one of the cells of the  latitudinal band, taking cells of the  longitude width  in 

degrees  indicated  in  the  dialog  box  described  above.  That  is,  the  latitudinal  range 

index of each  cell of  the  longitude width and  latitude height  in degrees  indicated  is 

calculated for a latitudinal band, and then the mean of all those values is calculated. Be 

aware  that only cells with a  richness value bigger  than  zero  (that  is, where  there at 

least one species present) are took  into account to calculate the mean. Details about 

latitudinal range index metric can be found in section 5.14 above. 

SD.Latitudinal.Range.Index:  standard deviation of  the  area  index of  the  cells of  the 

latitudinal band, calculated in the same way than Mean.Latitudinal.Range.Index. 

Mean. AOO: mean of the AOO of all species present in the latitudinal band (taking into 

account the AOO that each species occupies  in all the world,  independently from the 

range selected for the analysis). This metric is calculated globally for all the latitudinal 

band, without taking into account longitudinal cells. 

SD.AOO: standard deviation of the AOO of all species present  in the  latitudinal band 

(taking  into  account  the  AOO  that  each  species  occupies  in  all  the  world, 

independently  from  the  range  selected  for  the  analysis).  This  metric  is  calculated 

globally for all the latitudinal band, without taking into account longitudinal cells. 

Mean. EOO: mean of the EOO of all species present in the latitudinal band (taking into 

account the EOO that each species occupies  in all the world,  independently from the 

range selected for the analysis). This metric is calculated globally for all the latitudinal 

band, without taking into account longitudinal cells. 

SD.EOO: standard deviation of  the EOO of all species present  in  the  latitudinal band 

(taking  into  account  the  EOO  that  each  species  occupies  in  all  the  world, 

independently  from  the  range  selected  for  the  analysis).  This  metric  is  calculated 

globally for all the latitudinal band, without taking into account longitudinal cells. 

Mean.Latitudinal.Range: mean of the latitudinal range occupied by all species present 

in the  latitudinal band  (taking  into account the area that each species occupies  in all 

the  world,  independently  from  the  range  selected  for  the  analysis).  This metric  is 

calculated globally for all the latitudinal band, without taking into account longitudinal 

cells. 

ModestR Software    Quick start tutorial 

73 

SD.Latitudinal.Range:  standard  deviation  of  the  latitudinal  range  occupied  by  all 

species present in the latitudinal band (taking into account the area that each species 

occupies in all the world, independently from the range selected for the analysis). This 

metric  is  calculated  globally  for all  the  latitudinal band, without  taking  into  account 

longitudinal cells. 

Mean.Patch.Distrib: mean of  the patch value of all species present  in  the  latitudinal 

band  (taking  into  account  the  area  that  each  species  occupies  in  all  the  world, 

independently  from  the  range  selected  for  the analysis).  In  subsection 5.17 you  can 

find  and  explanation  of  patch  index  for  each  species  is  calculated.  This  metric  is 

calculated globally for all the latitudinal band, without taking into account longitudinal 

cells. 

SD.Patch.Distrib:  standard deviation of  the patch  value of all  species present  in  the 

latitudinal  band  (taking  into  account  the  area  that  each  species  occupies  in  all  the 

world,  independently  from  the  range  selected  for  the  analysis).  This  metric  is 

calculated globally for all the latitudinal band, without taking into account longitudinal 

cells. 

5.16 ManagingenvironmentalvariablesDataManager allows  to add environmental  variables  stored  in CSV or ESRI ASC  files  (i.e. Bi‐

Oracle7) to metrics exportation options (see section 5.14). This option is intended to facilitate 

to obtain integrated outputs where metrics and environmental variables for a specific zone are 

included.  

To  Add/modify/delete  environmental  variables  you  can  use  the  Options/Manage 

environmental variables menu. Then a dialog box will be  shown  in a  tree with  the currently 

configured variables, ordered using their defined type.  If you select a variable  in the tree,  its 

settings will  be  shown  in  the  right  panel,  in  readonly mode.  You  can  delete  a  variable  by 

selecting it in the tree and using Delete Var button or the equivalent option of the contextual 

menu (pressing the  left‐mouse button). You can edit a variable by selecting  it  in the tree and 

using Edit Var button or the equivalent option of the contextual menu (pressing the left‐mouse 

button). The settings of the variable will be shown in the right panel, and the read‐write mode 

will be activated to allow modifications. You can select to save or to discard changes using the 

corresponding buttons on the bottom. 

To add a variable you can use the Add Var button, or select an existing variable in the tree and 

select Add Var using this as template option  in the contextual menu (pressing the  left‐mouse 

button). 

                                                            7 Tyberghein L., Verbruggen H., Pauly K., Troupin C., Minur F., de Clerck O. 2012. Bio‐ORACLE: a global 

environmental dataset for marine species distribution modelling—   Global Ecology and Biogeography, 21:  272–281. 

Mode

The f

estR Softwar

fields you can

Name: a 

Type: a d

level.  Th

variables 

Descriptio

selecting 

what the 

Short Na

MapMak

on the m

Units: thi

ºC,  mol/

variable t

File:  the 

usually fo

Format: s

If you sel

where  ro

arranged

(typically

to indicat

o C

v

t

o N

v

re 

n set for a va

brief descrip

descriptive ty

e  variable  w

by some crit

on:  Short  d

the variable

variable is. 

me: a short 

er when add

ap. 

is optional fi

/l.,  etc…).Thi

to be shown 

file associat

or all the wor

select the for

ect CSV sett

ows  corresp

  in  the  wa

   90º) and th

te the follow

Cell  size  in m

variable for a

his field. 

No Data valu

value for the 

ariable are:

ptive name o

ype for the v

will  appear 

teria that ca

escription  o

es in the tree

(3‐4 charact

ding an envi

eld allows e

is  will  be  u

at the mous

ed  to  the va

rld. Use the S

rmat of the v

ings, the var

ond  to  long

y  that  top 

he minimum

wing fields: 

minutes:  eac

a square cell

e: indicate i

variable for 

74 

of the variabl

variable. This

hanging  fro

n make easie

of  the  varia

e.  Enter a d

ters) to nam

ronmental v

entering the 

used  in  Map

se cursor on 

ariable. This 

Select butto

variable data

riable is inten

gitudes,  and

left  corner 

m longitude (

ch  element o

l of a certain

n this field t

a certain ce

e. This name

s type will ap

om  it.  Use 

er to find the

ble.  This  de

escription th

me the variab

variable to b

measuring u

pMaker  whe

the map. 

file has  to 

n to select a 

a: CSV or ESR

nded to be s

  columns  to

correspond

(typically ‐18

of  theCSV m

n size  in min

the value use

ll. It is typica

Q

e will be show

ppear in the 

types  to  cl

em. 

escription    w

hat makes ea

ble. This nam

e shown at 

units for the 

en  adding  a

contain data

file. 

RI ASC. 

tored in a CS

o  latitudes. 

ds  to  the  m

80º). For this

matrix  stores

nutes.  Indica

ed to indicat

lly ‐9999.  

Quick start tu

wn in the tre

tree as the 

lassify  and 

will  appear 

asy to under

me will be us

the mouse c

variable (i.e

an  environm

a  for  the var

SV in matrix 

Data  have 

maximum  lat

s format you

s  the  value o

ate the minu

te that there

utorial 

 

ee. 

upper 

group 

when 

rstand 

sed  in 

cursor 

e. Km., 

mental 

riable, 

form, 

to  be 

titude 

u have 

of  the 

utes  in 

e is no 

Mode

If you

and t

have 

forma

each 

edit t

5.17DataM

index

main 

is sho

estR Softwar

o T

t

o F

t

h

o D

t

o F

fi

u want  to ad

that have the

to  enter  a 

at (ESRI ASC

one of the s

those variabl

7 ExportinManager  can

x,  etc. When

menu, or eq

own. Then a 

Taxonom

Total Are

Total  are

Large.Riv

Total Exte

Minimum

Max.Long

re 

Top corner  lo

o the first va

First  row  co

hose options

has to be skip

Decimal  sepa

he CSV file. I

Field separat

ile. It can be 

dd several v

e same form

descriptive 

C or CSV) and

selected file

les to modify

ngsumman  calculate  a

n  selecting  E

quivalent op

CSV file is ge

my: Class, Ord

ea Of Occupa

ea  for  each

vers.Area, Sm

ent Of Occur

m  and maxim

gitude, Min.L

ongitude and

alue of the fil

ntains  head

s to set if the

pped when r

arator:  indica

t can be poi

or: indicates

comma or s

ariables whi

mat, you can 

type  for  the

d select all t

s. The name

y or complet

arydataand  export 

Export/Expor

tion in the tr

enerated con

der, Family, G

ancy of the sp

h  habitat  ty

mall.Rivers.Ar

rrence of the

mum  coordi

Latitude, Ma

75 

d  latitude:  in

le. Usually th

ders/  First  c

e CSV file co

reading varia

ates  the cha

nt or comma

s the charact

semicolon. 

ich data  is c

use the Imp

e  variables  t

the files to  im

e will be set 

te the remain

several met

rt maps  of  t

ree contextu

ntaining the 

Genus, Speci

pecies: Total

ype  occupied

rea, Lentic.w

e species: To

nates where

ax.Latitude 

ndicates  the

here are ‐180

olumn  cont

ntains a first

able data. 

aracter used

a. 

ter used as f

ontained  in 

port files but

that will  be 

mport. A var

by default t

ning fields. 

rics  from m

the  selected 

ual menu, a d

following co

es 

l.AOO 

d  by  the  s

waters.Area

tal.EOO 

e  the  specie

Q

 coordinates

0º longitude 

ains  header

t row/colum

 as decimal 

field part sep

several  files

tton. In this 

imported,  s

riable will be

to the filena

aps,  like  rich

branch/To 

dialog box to

lumns for ea

pecies:  Sea.

 

es  is  present

Quick start tu

s  that corres

 and 90º lati

rs:  check/un

n of headers

part  separa

parator in th

s  in a same 

case you wi

select  the  ki

e added,  link

me. You can

 

hness data, 

summary  da

o select outp

ach select sp

.Area,  Land

t : Min.Long

utorial 

spond 

tude. 

ncheck 

s, that 

ator  in 

he CSV 

folder 

ll only 

ind  of 

ked to 

n  later 

rarity 

ata  in 

put file 

ecies:  

d.Area, 

gitude, 

Mode

Reme

prefe

5.18DataM

maps

conte

optio

expo

view,

Then 

requi

time 

 

estR Softwar

Patch ind

Patch.Inwhere  AOccurren

data  for 

valid for 

sea areas

ember that c

erences (Opt

8 ExportinManager can

s of  the  sele

extual menu

ons, including

rted  image  i

, you should 

exportation

ires  loading 

to be compl

re 

dex: Patch.In

ndex totalAAOO is  the  Ance, determin

the  species 

the species. 

s will be took

characters us

ions/Prefere

ngJPEGimn generate a

ected branch

u,  a  dialog  b

g grid and sc

is by default

set the wan

n will start, s

all  the worl

eted, depen

dex. This ind

AOOofspeciesArea  of  Occ

ned as the ar

(both  samp

For example

k into accoun

sed as field d

ences menu)

magesand export JP

h/To  JPEG  im

box  to  select

cale options,

t a  full world

ted boundar

showing a di

d map data 

ding on the 

76 

dex is calcula

es/totalEOOcupancy  of 

rea of the co

les and area

e, is a specie

nt to calculat

delimiter and

. 

PEG images f

mage  in main

t  the  output

, and quality

d map view.

ries. 

ialog box wh

and  recreat

number of m

ted as: 

O ofspeciesthe  species

onvex hull ca

as), but  takin

es is only pre

te EOO of th

d decimal se

from maps. 

n menu, or 

t  folder will 

 exportation

  If you want

here each ex

ting each sp

maps to be ex

Q

;  and  EOO 

lculated from

ng  into acco

esent in mar

e species. 

parator can 

When select

equivalent o

be  shown. 

n settings dia

t  to export a

xported map

ecies map,  i

xported.  

Quick start tu

is  the  Exte

m all the pre

ount only ha

rine habitats

be selected 

ting Export/E

option  in  the

Next  expor

alog is shown

a specific zo

p  is shown. A

it can  take a

utorial 

ent  of 

esence 

abitats 

s, only 

in the 

Export 

e  tree 

tation 

n. The 

oomed 

 

As this 

a  long 

Mode

6 M

6.1 You c

selec

locate

Impo

In the

More

6.2 You  c

menu

will h

datab

(spec

name

2.4. 

estR Softwar

MapMak

Importscan import s

t File/Import

ed. A dialog 

orted format 

[S

o

[S

e dialog box 

The orde

If the firs

If the firs

Decimal s

e details abo

Importincan  import  s

u, select File/

have  to writ

base).  Then 

cies that are 

es in GBIF da

re 

kerimpor

sampledaamples from

t/Samples da

box with the

is a list of sa

Species]; Lon

r 

Species] ;Lat

you can sele

r of the coor

t columns co

t row contai

separator an

ut CSV samp

ngsamplesamples  fro

/Import/Sam

e  the desire

you  can  ch

considered t

atabase. Mor

rt/export

atafromam a CSV file t

ata from CSV

e importatio

amples in the

ngitude ;Latit

itude; Longit

ect the corre

rdinates in th

ontains the s

ns headers (

nd field separ

ples importat

esfromGm  the GBIF 

mples data fr

ed  species na

hoice  if  you

to be include

re details abo

77 

tfilesfor

aCSVfileto add them 

V. You will ha

n options wi

e form: 

tude    

tude 

ct options fo

he CSV file (L

species name

(in that case 

rator. 

tion are expl

GBIFonlinonline data

rom GBIF or 

ame  (alterna

  want  Map

ed or to inclu

out GBIF sam

rmat

to a MapMa

ave to select

ll be shown:

([Species] 

([Species] 

or the format

Longitude ;La

e.  

first row wil

ained in sect

nedatabasbase  to  a M

the equivale

atively you  c

Maker  to  lo

ude the one 

mples import

Q

aker map. O

the file whe

 

field is optio

field is optio

t of the CSV 

atitude  or vi

l be skipped)

tion 2.4. 

seMapMaker m

ent button o

can  select  it

ook  for  syno

you specifie

tation are ex

Quick start tu

n the main m

ere the CSV d

 

onal) 

onal) 

file to impor

ice versa) 

).  

map. On  the

of the toolba

t  from a Mo

onyms,  inclu

ed) and verna

xplained in se

utorial 

menu, 

data is 

rt: 

 main 

r. You 

odestR 

usions 

acular 

ection 

Mode

6.3 You  c

proba

MapM

impo

You 

proba

for a 

are su

When

will a

Once

each 

in  the

locate

portio

very 

impo

show

locate

          8 FuthModeEcogr 

estR Softwar

Importincan  import 

ability,  like 

Maker  using

rtation optio

should  have

ability matri

species in a 

upported. 

n using this i

llow you to s

Probabilit

imported

imported

Valid hab

data you

and show

e accepted  t

cell with a p

e map,  appl

ed  in  the ha

on will be sh

small,  there

rted  areas, 

wn  in this figu

ed thanks to

                     her  informatieling  of  specraphy 31(2):16

re 

ngareasfdistribution 

the  obtaine

g  the  File/Im

on allows to 

e  previously

x, where ea

cell of a spe

mportation 

set several s

ty  cutoff:  th

d.  If  for exam

d to the map

bitats: you ha

 are  importi

wn in the ma

his dialog bo

probability gr

lying  the  sel

abitats  selec

hown). It is i

efore  not  vis

you  can  use

ure, where s

o the rectang

                      on about Maxies  distributio61‐175. DOI: 1

fromESRIdata  from 

ed  using  M

mport/ESRI  A

produce ran

  generated 

ch element 

ecified size (u

option, you 

ettings: 

he minimal 

mple you  sel

. 

ave to select

ing. Only are

p. 

ox,  the  impo

reater or equ

lected habit

cted  as  valid

mportant to

sible  in  a  fu

e  the  encirc

some areas 

gles that enci

       xent softwareons  with  Ma10.1111/j.090

78 

IASCIIprdistribution

Maxent8,  to 

ASC  probabil

nge maps fro

one  ESRI  A

of  the matr

usually 5’x5’)

first have to

probability 

lect 0.75, on

t which habit

eas correspo

ortation pro

ual than the 

ats. This wa

d,  it will not 

o take into a

ull world ma

cle  presence

are hardly v

ircle them, a

e can be founaxent:  new  e06‐7590.2008.

robability models  as 

the  current

lity  distribut

m probabilit

ASC  distribut

rix  represent

). Only proba

 select the E

under  whic

nly cells with

tats (at least

onding  to  th

ocess will  sta

selected cut

ay,  if  a  cell  (

be  shown  i

ccount than

ap  view.  To 

e  areas  featu

visible  in a fu

and visualized

nd  in: Steven extensions  an5203.x 

Q

ydistributESRI  ASC  r

ly  opened 

tion  data me

ty distributio

tion  files  th

ts  the proba

ability values

SRI ASC file. 

h  presence 

h a probabil

t one) are va

ose habitats

 

art. MapMak

toff value to

(or  some po

in  the map 

 some impo

allow  you  t

ure  (see  sub

ull world ma

d zooming in

J. Phillips, Mid  a  compreh

Quick start tu

tionmoderaster matric

ModestR  m

enu  option. 

on data. 

hat  will  cont

ability of pre

s between 0 

Then a dialo

data  will  n

ity >=0.75 w

alid for the sp

s will be acc

ker will  tran

o an occupied

ortion of  it) 

(or only  the

orted areas c

to  localize  a

bsection  2.1

p view, but 

n. 

roslav Dudík hensive  evalu

utorial 

elsces  of 

map  in 

  This 

tain  a 

esence 

and 1 

og box 

ot  be 

will be 

pecies 

cepted 

sform 

d area 

is not 

e  valid 

can be 

all  the 

12),  as 

easily 

(2008) uation. 

Mode

6.4 You c

used 

impo

conta

wher

A  dia

estR Softwar

Importincan import a

format  in G

rted  (that 

aining types 

reas points w

alog  box  wi

C

re 

ngfromSareas and sa

GIS software

is,  Polygon, 

like Polyline

will be conve

ll  be  shown

Criteria textb

ShapeFilemples from 

. Currently, 

PolygonZ, 

e are not sup

rted to samp

n  where  you

box 

79 

filesfiles in ESRI 

only shapef

PointZ  or  P

pported by n

ples. 

u  can  see  d

See/hidefieldlistbutton

Shapefile (S

iles containi

Point  type 

now. Polygon

data  conten

e  

Q

SHP) format, 

ng polygons

shapefiles). 

ns will be co

ts  from  the

Quick start tu

 

 

 which is a w

s or points c

Other  shap

onverted to 

e  shapefile 

utorial 

widely 

can be 

pefiles 

areas, 

to  be 

Mode

impo

 

If you

data 

conta

criter

textb

If the

be sh

The o

or GB

If the

for th

will n

6.5 You c

GIS  s

Polyg

as M

forme

If the

be sh

estR Softwar

rted. 

u are familia

will  be  imp

ained  in  the

ria that will b

box. The synt

e  imported S

hown: 

options of th

BIF. You can f

e Shapefile c

he species ha

not be shown

Importincan  import a

software. Cu

gons will be c

apMaker pa

ed XML docu

e imported K

hown: 

re 

ar with shape

orted.  To  do

  shapefile.  T

be used as fi

tax of the co

Shapefile con

his dialog box

find more de

ontains poly

ave to be se

n in the map 

ngfromKareas and sa

rrently, only

converted to

arses KML  fil

uments rules

KML file cont

efile format,

o  that,  use 

Then  you  ca

lter when im

nditions is si

ntains points

x are the sam

etails in subs

ygons, this d

lected. If an 

(or only the

KMLfilesmples from 

y polygon an

o areas, whe

les primarily

s are current

tains points, 

80 

, you can als

the  See/hid

an  select  a  f

mporting. Yo

milar to the 

s, that will b

me than the 

section 2.4.

ialog box wi

area is not l

 valid portio

files  in KML

nd point ele

reas points w

y as XML dat

tly supported

which will b

so add  impo

e  fieldlist  bu

field  to  see 

u can also di

syntax of a W

be converted

shown when

ll be shown,

located in th

n, if any, wil

 

L format, wh

ments  from

will be conve

ta, only KM

d (as KML file

be converted

Q

rtation crite

utton  to  see

the  values 

rectly write 

WHERE claus

d to samples,

n importing s

, where just 

e habitats se

l be shown). 

ich  is a wide

a KML  file 

erted to sam

L  files  that  c

es are XML‐s

d to samples

Quick start tu

eria to filter 

e  the  list  of 

it  takes,  an

a condition 

se in SQL.  

s, a dialog bo

 

samples from

the valid ha

elected as va

 

ely used form

can be  impo

mples. Beside

comply with

specialized fi

s, a dialog bo

utorial 

which 

fields 

d  add 

in the 

ox will 

m CSV 

abitats 

alid, it 

mat  in 

orted. 

es this, 

h well‐

les). 

ox will 

Mode

The o

or GB

If the

for th

will n

6.6 You c

BMP 

map 

(BMP

in  th

modi

6.7 You c

maps

estR Softwar

options of th

BIF. You can f

e KML file on

he species ha

not be shown

Exportmcan export  t

file, using th

view as ima

P or JPEG). N

e  exported 

fy the coord

Exportucan export u

s, see sectio

re 

his dialog box

find more de

nly contains 

ave to be se

n in the map 

mapviewhe same vie

he Export cu

ge menu op

ext, a dialog

image,  ever

dinates of the

user‐selecuser selectio

n 2.3) and s

x are the sam

etails in subs

areas, this d

lected. If an 

(or only the

toanimaew you are s

urrent map v

tion. Then y

g box will app

ry  degress/m

e portion of t

ctedzonens of occupi

amples from

81 

me than the 

section 2.4.

dialog box wi

area is not l

 valid portio

agefileseeing  in Ma

view button 

you should e

pear where y

minutes  you

the map tha

sandsamied zones  (u

m to map to 

shown when

ill be shown,

located in th

n, if any, wil

 

apMaker wh

in the toolb

nter the file 

you can set i

u want  this 

t will be exp

mplesusually made

a file using 

Q

n importing s

, where just 

e habitats se

l be shown). 

hen doing a 

bar, or the Fi

name and s

if you want t

grid/scale,  e

orted. 

e with FreeH

the File/Exp

Quick start tu

 

samples from

the valid ha

elected as va

 

map  to a  JP

ile/Export/Cu

select the file

to see a grid

etc.  You  can

Hand tool  in 

port/User‐se

utorial 

m CSV 

abitats 

alid, it 

PEG or 

urrent 

e type 

/scale 

n  also 

 

range 

lected 

Mode

zones

same

habit

optio

that, 

valid 

6.8 You  c

sectio

menu

selec

becau

optio

really

medi

Once

The e

estR Softwar

s and sample

e than real se

tat  to  fill  in 

on will be the

see the sect

samples wil

To CSV: s

To KML: 

zones  se

recognize

we  have

interpret 

work bett

To Shape

the  zone

recognize

generate

format. T

this  optio

correctly 

Exportecan export e

on 2.3) and 

u  option.  Fo

tions  and  re

use  of  the  h

on, a dialog b

y high precis

um detail lev

e intersection

exportation f

re 

es menu opt

elections. Fo

this  selectio

e coordinate

tion 6.8). Sam

l be exported

ee section 5

in this case 

elected  by  t

ed by GIS sof

e  detected  t

KML files th

ter. 

efile: in this c

es  selected 

ed  by  GIS  s

s a tempora

Therefore, yo

on  (it  is  inc

set the ogr2

exactzoneexact occupi

samples from

or  range  m

eal  habitat 

huge  comple

box will allow

sion (for exam

vel.  

ns calculated

formats you 

tion. Take int

or example, w

on,  land part

s of the zone

mples, in tur

d. The expor

.12 for detai

a KML file w

the  user,  a

ftware and a

that  some 

hat contain v

case a shapef

by  the  use

oftware. Ma

ry KML file a

ou need to h

cluded  with 

2ogr path in M

esandsamied  zones  (u

m to map to

aps,  this  im

borders,  wh

exity  of  the 

w you to sele

mple for larg

d if needed, v

can select ar

82 

to account t

when the us

t will not be

e selected by

n, will be ex

rtation forma

ils of the out

will be gener

nd  placema

applications 

applications

very complex

file will be g

er,  and  poi

apMaker  ca

and uses GDA

have GDAL u

ModestR  si

MapMaker p

mplesusually made

o a file using

mplies  calcu

hich  can  be 

world map

ect the preci

ge ranges), w

valid sample

re: 

that user sele

er selects a 

e  filled. But 

y the user, n

ported using

ats you can s

tput format.

ated, with p

arks  for  sam

like GoogleM

s  have  prob

x polygons. In

enerated, w

nts  for  sam

nnot  directl

AL ogr2ogr u

utilities  insta

nce  version

preferences 

e with  FreeH

g the File/Exp

lating  exact 

a  very  hea

  borders.  Th

sion degree 

we strongly 

es will also be

Q

ections will n

zone and the

the data ex

not the exact

g their exact 

select are: 

polygons corr

mples.  KML 

Maps or Goog

blems  to  co

n this case, s

ith polygons

mples.  Shap

y  generate 

utility to conv

alled  in your

1.3;  otherw

(see 2.11)).  

Hand  tool  in

port/Exact zo

intersectio

avy  and  time

herefore, wh

you want. If

recommend

 

e added to t

Quick start tu

not be exact

en selects th

xported usin

t zone filled 

coordinates

responding t

files  are  w

gleEarth. An

orrectly  read

shapefiles se

s correspond

efiles  are  w

shapefiles, 

vert it to sha

r computer t

wise  you  ha

  range map

ones and sa

ns  between

e‐consuming

hen  selectin

f you don’t n

 you to sele

the exported

utorial 

tly the 

he Sea 

ng  this 

(to do 

s. Only 

to the 

widely 

yway, 

d  and 

em to 

ding to 

widely 

but  it 

apefile 

to use 

ave  to 

s,  see 

mples 

n  user 

g  task 

g  this 

need a 

ct the 

d data. 

ModestR Software    Quick start tutorial 

83 

To KML:  in this case a KML file will be generated, with polygons corresponding to the 

exact zones occupied by a species, and placemarks  for samples. KML  files are widely 

recognized by GIS software and applications like GoogleMaps or GoogleEarth. Anyway, 

we  have  detected  that  some  applications  have  problems  to  correctly  read  and 

interpret  KML  files  generated  with  this  option,  because  they  usually  contain  very 

complex polygons. In this case, shapefiles seem to work better. 

To Shapefile: in this case a shapefile will be generated, with polygons corresponding to 

exact  zones  occupied  by  a  species,  and  points  for  samples.  Shapefiles  are  widely 

recognized  by  GIS  software. MapMaker  cannot  directly  generate  shapefiles,  but  it 

generates a temporary KML file and uses GDAL ogr2ogr utility to convert it to shapefile 

format. Therefore, you need to have GDAL utilities  installed  in your computer to use 

this  option  (it  is  included  with ModestR  since  version  1.3;  otherwise  you  have  to 

correctly set the ogr2ogr path in MapMaker preferences (see 2.11)).  As shapefiles are 

usually intended to contain a single type of data, when exporting to shapefile you will 

have to select whether exporting zones or samples. Exporting both type of data to the 

same file is not supported. 

6.9 ExportonlysamplestoCSVYou can export samples contained in a map to a CSV file using the File/Export/Only samples to 

CSV menu option. You can select to export only valid samples, or all samples. The output file 

format will be like this: 

"species";"Longitude";"Latitude" 

"Heterodontus francisci";‐118,5;33,5 

"Heterodontus francisci";‐118,5;32,5 

"Heterodontus francisci";‐118,5;28,5 

"Heterodontus francisci";‐117,5;32,5 

"Heterodontus francisci";‐110,5;24,5 

"Heterodontus galeatus";149,5;6,5 

"Heterodontus galeatus";149,5;37,5 

"Heterodontus galeatus";150,5;‐4,5 

 

 

Mode

7 MIn thi

data 

conce

expo

that M

can b

taxon

7.1 MRFi

richn

searc

with 

find m

An im

areas

regar

estR Softwar

MRFindeis section we

from  specie

erning  CSV 

rtation optio

MRFinder ex

be additional

nomy branch

Exportinnder  can  ca

ess data, ra

ch  result win

the  same o

more details 

mportant asp

s  can  be  set

rding the sele

If you sel

this area,

and expo

If you  se

this area 

a matrix 

nearest in

selected 

re 

erimporte briefly exp

es  from  a  M

format  can

ons are simi

xportation o

lly filtered, a

h to be expor

ngmetricalculate  and

rity  index, et

ndow  (see  se

ptions and o

about metri

pect that has

t  to  calculat

ected area in

lected a rect

, adjusted to

ort metrics. 

lected an  irr

will be used

adjusted  to

nteger degre

irregular are

t/exportplain the ma

ModestR  da

n  be  set  in 

lar to some 

ptions will b

s explained 

rted. 

sdata  export  sev

tc. When se

ection 4.7),

operation as

ics exportati

s to be point

e  and  expor

n the map. T

tangular area

o the neares

regular area

 by default t

o  the  rectan

ee, but wher

ea will be set

84 

filesformain  file  forma

atabase.  Rem

the  MRFin

DataManag

be applied to

in section 0,

veral metrics

electing Expo

a dialog box

s  the corresp

on in section

ted out is th

rt metrics,  i

The process is

a to analyze 

st  integer de

  to analyze 

to calculate a

ngle  that  cir

re the values

t to zero.  

matats used by 

member  tha

nder  default

er exportatio

o species pre

while in Dat

s  from map

ort metrics  in

x  to  select e

ponding opt

n 5.14.  

at while in D

n MRFinder 

s this:  

 in the MRF

egree, will be

in  the MRFi

and export m

rcumscribe  t

s correspond

Q

ModestR M

at  some  exp

t  settings.  S

on features.

esent in one 

taManager y

s  from  sele

n the export

exportation  s

ion  in DataM

DataManage

irregular  ar

Finder map, t

e used by de

nder map,  t

metrics. But t

the  irregula

ding to the ce

Quick start tu

RFinder to e

portation  de

Several  MRF

. The differe

specific are

you just selec

cted  species

tation tools o

settings  is  sh

Manager. Yo

 

r only rectan

reas  can  be 

the boundar

efault to calc

the boundar

the output w

r  area,  usin

ells outside 

utorial 

export 

efaults 

Finder 

nce  is 

a that 

ct one 

s,  like 

of the 

hown, 

ou can 

ngular 

used, 

ries of 

culate 

ries of 

will be 

ng  the 

of the 

ModestR Software    Quick start tutorial 

85 

In any case, you can modify area boundaries disabling the Clip data to selected region 

in the metrics dialog box, and setting different rectangular boundaries. 

7.2 ExportinglatitudinalgradientsMRFinder  can  calculate and export  latitudinal gradients  for  several metrics  from maps  from 

selected species. When selecting Export gradients in the exportation tools of the search result 

window (see section 4.7), a dialog box to select exportation settings  is shown, with the same 

options and operation as the corresponding option in DataManager. You can find more details 

about latitudinal gradients exportation in section 5.15. 

7.3 ExportingtaxonomytoaCSVfileortoclipboardYou  can  export  taxonomic  data  of  the  selected  species  using  the  Export  taxonomy  in  the 

exportation tools of the search result window (see section 4.7). You will see three options to 

export data: 

To clipboard: this option will copy the  list of names of the selected species to the 

clipboard. 

To a CSV flat file: this option has the same operation that the corresponding option 

of DataManager. You can find more details in section 5.10. 

To a CSV structured file: this option has the same operation that the corresponding 

option of DataManager. You can find more details in section 5.10. 

7.4 ExportingmapsYou can export maps data of  the  selected  species using  the Export Maps  in  the exportation 

tools of the search result window (see section 4.7). You will see three options to export data: 

To  map  independent  files:  this  option  has  the  same  operation  that  the 

corresponding option of DataManager. You can find more details in section 5.11. 

To a CSV file(s): this option has the same operation that the corresponding option 

of DataManager. You can find more details in section 5.12. 

To  summary  data:  this  option  has  the  same  operation  that  the  corresponding 

option of DataManager. You can find more details in section 5.17. 

7.5 ExportingstatisticaldataYou can export statistical data of the selected species using the Export stats in the exportation 

tools of the search result window (see section 4.7). You will see two options to export data: 

To a CSV structured file:  this option will generate a CSV file with the following columns: 

o Subclass, Order, Family, Genus and Species: those columns will be shown 

in a structured way similar to the used when exporting taxonomy to a CSV 

structured file in DataManager (see section 5.10.). 

o Total.Species:  this  column  will  count  the  number  of  species  for  each 

higher  taxonomic  level,  in  a  structured  way  similar  to  the  used  when 

exporting taxonomy to a CSV structured  file  in DataManager  (see section 

5.10.). 

o Total.Rare.Species:  this  column  is  similar  to  the previous one, but  it will 

only count the number of rare species for each higher taxonomic level. 

ModestR Software    Quick start tutorial 

86 

o Rare.Species:  this  column  contains  a  “1”  value  for  the  rare  species, 

otherwise it will be empty. 

o AOO.km2: this column summarizes the total AOO in Km2 occupied by each 

taxonomic  level (from species to subclass), but only within the bounds of 

the selected area. That  is,  if you selected an area of 4 Km2, the maximum 

value of this column will be 4. This column is calculated with a precision of 

±1’x1’. 

o Mean.AOO:  this  column  summarizes  the  mean  AOO  occupied  by  the 

species of each higher taxonomic level (from genus to subclass), within the 

bounds of the selected area. 

o SD.AOO:  this  column  summarizes  the  standard  deviation  of  the  area 

occupied  by  the  species  of  each  higher  taxonomic  level  (from  genus  to 

subclass),  within  the  bounds  of  the  selected  area.  If  there  is  only  one 

species  in  a  higher  level  (for  example  in  a  genus),  this  value  will  be 

obviously empty. 

o Maximum.Latitude: this column summarizes the maximum latitude where 

a  species  is present,  for each  taxonomic  level  (from  species  to  subclass), 

within the bounds of the selected area. 

o Mean.Max.Latitude:  this  column  summarizes  the mean  of  the  previous 

column  for each higher  taxonomic  level  (from genus  to  subclass), within 

the bounds of the selected area. 

o SD.Max.Latitude:  this  column  summarizes  the  standard deviation of  the 

maximum  latitude where  species  are present  for each higher  taxonomic 

level  (from genus  to subclass), within  the bounds of  the selected area.  If 

there  is only one  species  in a higher  level  (for example  in a genus),  this 

value will be obviously empty. 

o Minimum.Latitude, Mean.Min.Latitude,  SD.Min.Latitude:  those  columns 

contain similar result than the three previous ones, but for the minimum 

latitude where species are present. 

o Maximum.Longitude,  Mean.Max.Longitude,  SD.Max.Longitude :  those 

columns  contain  similar  result  than  the  three previous ones, but  for  the 

maximum longitude where species are present. 

o Minimum.Longitude,  Mean.Min.Longitude.  SD.Min.Longitude:  those 

columns  contain  similar  result  than  the  three previous ones, but  for  the 

minimum longitude where species are present. 

o Real.Area.Reference.Area: this column  is the ratio between the real area 

occupied  by  a  species within  the  bounds  of  the  selected  area,  and  the 

reference or potential area that this species could take up in this selected 

area, taking into account the valid habitats for this species. For example, is 

a species is only present in marine habitats, only sea areas will be took into 

account to calculate reference area for the species. The maximum value of 

this column will be obviously 1 (if a species takes up all the areas with valid 

habitats for it, into the bounds of the selected area), but take into account 

that this column is calculated with a precision of ±1’x1’. 

ModestR Software    Quick start tutorial 

87 

o Mean.Real.Area.Reference.Area:  this  column  summarizes  the mean  of 

the real area/reference area ratio explained before, for all species of each 

higher taxonomic level (from genus to subclass). 

o SD.Real.Area.Reference.Area:   this  column  summarizes  the  standard 

deviation  of  the  real  area/reference  area  ratio  explained  before,  for  all 

species of each higher taxonomic level (from genus to subclass). If there is 

only one species  in a higher  level (for example  in a genus), this value will 

be obviously empty. 

 

To a CSV flat file: this option will generate a CSV file where there are no summarize rows 

for higher taxonomic levels than species, so only some of the columns described above for 

the CSV structured file option will be exported. They are: Subclass, Order, Family, Genus, 

Species,  Rare.Species,  AOO.km2,  Maximum.Latitude,  Minimum.Latitude, 

Maximum.Longitude, Minimum.Longitude, Real.Area.Reference.Area. 

7.6 ExportingregioncoordinatesYou  can  export  the  coordinates  of  the  region  you  selected  in  the map  to  do  a  search  in 

MRFinder using the Export region coords in the exportation tools of the search result window 

(see section 4.7). You will see two options to export data: 

To  clipboard:  this  option  will  copy  the  coordinates  (longitude,  latitude)  of  the 

vertexes of the selected region to the clipboard. 

To a CSV  file:  : this option will export the coordinates  (longitude,  latitude) of the 

vertexes  of  the  selected  region  to  a  CSV  file,  using  the  default  delimiter  and 

decimal point settings. The resulting file will look like this: 

"Longitude";"Latitude" ‐64,40827;37,33813 ‐66,89748;38,27158 ‐72,4982;39,5162 ‐77,16547;40,1385 ‐81,21043;40,1385 

 

8 CheckingforupdatesModestR  is still  in development  to add new  features  to applications, as well as  to add more 

elements to the world reference map. Therefore regular updates are released. You can check 

for updates directly from any ModestR application using Help/Check for updates menu option. 

This makes  that  the application  connects online  to ModestR website  to download data and 

check for available updates for your  installation (no data are sent from your computer to the 

Web). If there are new updates, a dialog box with a list of updates will be displayed.  

You  can  also make  that ModestR  applications  check  automatically  for  updates,  setting  this 

options in the Options/Preferences   menu option of any of those applications. 

Updates  have  to  be  downloaded  from ModestR  website,  and  installed  on  your  computer 

taking  into account the path where you have  installed ModestR software. Updates will try to 

ModestR Software    Quick start tutorial 

88 

install themselves by default in the default ModestR installation path (C:\ModestR). If you have 

modified this path when installing ModestR for the first time, you may have to set the correct 

path to install updates.