nutrigenomica - di simona d'amore

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICAD’Amore Simona

LA RIVOLUZIONE GENETICALA RIVOLUZIONE GENETICA Il genoma umano codifica per circa 30000 geni ed è

responsabile della produzione di più di 100000 proteine

La rivoluzione genetica e le «omiche» associate hanno fornito nuove prospettive nel campo della salute, in particolare sul ruolo della nutrizione nella prevenzione delle malattie

GENOMICA: cosa potrebbe accadere

TRANSCRITTOMICA: cosa appare accadere

PROTEOMICA: cosa accade

METABOLOMICA: cosa è accaduto

LE «OMICHE»LE «OMICHE»

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICA

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICADEFINIZIONEScienza che studia le interazioni tra geni e nutrienti

I nutrienti presenti nel cibo possono infatti regolare e/o alterare l’espressione e/o la struttura dei geni, oppure possono agire in maniera differente sui vari individui a seconda del loro patrimonio genetico

OBIETTIVIIdentificare targets per interventi nutrizionali

Personalizzare gli approcci nutrizionali, distinguendo i responders dai non responders

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICABASI SU CUI SI FONDA LA NUTRIGENOMICAI nutrienti alimentari possono interagire con il genoma umano, sia direttamente che indirettamente, alterando l’espressione dei geni e dei prodotti genici

La dieta ed i nutrienti presenti nel cibo possono modificare il rischio di sviluppare una malattia mediante la modulazione di molteplici processi coinvolti nell’insorgenza, incidenza, progressione e/o severità di malattia

La dieta può potenzialmente compensare o accentuare gli effetti dei polimorfismi genetici

Le conseguenze di una dieta sono dipendenti dall’equilibrio tra stato di salute/malattia e background genetico individuale

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICAI nutrienti essenziali e non essenziali possono modificare una serie di processi cellulari associati al mantenimento dello stato di salute e alla prevenzione della malattie (metabolismo tumorale, segnale cellulare, ciclo cellulare, apoptosi, angiogenesi)

NUTRIENTI ESSENZIALI E NON ESSENZIALINUTRIENTI ESSENZIALI E NON ESSENZIALI

Nutrienti essenziali calcio, zinco, selenio, folato, vitamine C ed E

Nutrienti non essenziali e componenti bioattivi

carotenoidi, flavonoidi, isotiocianato, acido linoleico, omega-3


RISPOSTA INDIVIDUALE AI NUTRIENTII geni possono presentano polimorfismi

Alcuni di questi polimorfismi possono influenzare la funzione delle proteine e le loro interazioni con altre proteine o substrati

Nel 1999 sono stati indentificati alcuni polimorfismi genici per lo screening di malattie come il gene HFE (emocromatosi ereditaria), l’allele E4 del gene APOE (malattia di Alzheimer)

Sebbene singoli polimorfismi nucleotidici (SNPs) siano coinvolti in alcune condizioni patologiche, il fenotipo predominante dipende dall’interazione tra geni e fattori ambientali/comportamentali


RISPOSTA INDIVIDUALE AI NUTRIENTI

Nell’uomo sono stati identificati circa 3 milioni di SNPs che rappresentano potenziali siti che introducono variabilità individuale

Non tutti gli SNPs influenzano direttamente la qualità e/o la quantità di geni prodotti

Alcune differenze nella risposta ai componenti della dieta può derivare da differenze genetiche individuali


RISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTI

ANGIOTENSINOGENO

Proteina epatica coinvolta nella regolazione del tono vascolare, nel riassorbimento di sodio e nella regolazione della pressione arteriosa

Un polimorfismo comune del gene dell’angiotensinogeno codifica per la treonina (T) al posto della metionina (M) (residuo 235)

Hegele RA, Nutr Res, 1997


RISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTILa relazione tra polimorfismi del gene dell’angiotensinogeno e assunzione di fibre solubili e non solubili è stato valutato in uno studio su 40 soggetti normotesiIndividui con genotipo TT dell’angiotensinogeno presentano una riduzione nella pressione arteriosa a seguito dell’assunzione di fibre non solubili rispetto all’assunzione di fibre solubiliI soggetti con genotipo TM o MM non presentano variazioni significative in relazione al consumo di fibre Le differenti risposte della pressione arteriosa all’assunzione di fibre con la dieta dipende dalle differenze genetiche interindividuali

Hegele RA, Nutr Res, 1997



SELENIO

Studi epidemiologici hanno dimostrato che il selenio ha un ruolo nella riduzione dell’incidenza del cancro nell’uomo

Supplementazioni di selenio hanno dimostrato una efficacia nella riduzione nell’incidenza del tumore del fegato, colon, prostata e polmoni

Clark LC, JAMA, 1996


RISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTILa glutatione perossidasi è un enzima selenio-dipendente che agisce come enzima antiossidanteUn polimorfismo al codone 198 dell’enzima glutatione perossidasi (sostituzione della leucina con la prolina), è stato associato ad un aumento del rischio di tumore del polmoneSembra che tale rischio sia correlato alla quantità di selenio necessaria per ottimizzare l’attività enzimaticaSoggetti con una copia dell’allele per la leucina (prolina/leucina) hanno un rischio di sviluppare tumore del polmone dell’80%, e individui che presentano due copie (leucina/leucina) del 130% maggiore quando confrontati con coloro che presentano il genotipo prolina (prolina/prolina)

Hu YJ, Cancer Res, 2003


RISPOSTA GENETICA AI SINGOLI NUTRIENTIRisultati simili sono stati riportati anche per il tumore della mammella, del collo, della colecisti e della pelle

E’ stato dimostrato che coloro che presentano la variante codificante per la leucina hanno un enzima glutatione perossidasi meno responsivo dopo supplementazione con selenio

Presentano una ridotta abilità nell’uso e metabolizzazione del selenio a causa dell’assenza di variazione dell’attività della glutatione perossidasi

Ichimura Y, J Urol, 2004; Hu YJ, Biol Trace Elem Res, 2003



CAFFEINA

Uno studio sul ruolo della caffeina come fattore di rischio per la perdita di tessuto osseo nelle donne in post-menopausa ha dimostrato che coloro che presentano una variante del recettore della vitamina D (genotipo tt) e che presentano un apporto giornaliero di caffeina superiore a 300 mg/die hanno una perdita ossea maggiore rispetto alle donne con genotipo TTI soggetti con genotipo tt meriterebbero strategie alternative, come la modifica dell’apporto di calcio e vitamina D

Rapuri PB, Am J Clin Nutr, 2001



CALCIO

Polimorfismi del gene del recettore della vitamina D (VDR) possono influenzare l’espressione delle funzioni della proteina VDRAlcuni polimorfismi di VDR, incluso Fok1, Bsm I e poly-A, possono influenzare la risposta ai vari componenti dietetici e il rischio di patologiaIl polimorfismo di VDR Fok1 (genotipo FF) riveste una grande importanza nell’influenza degli effetti del calcio sul rischio di tumore del colon

Ingles SA, Cancer Causes Control, 2001; Lowe LC, Eur J Cancer, 2005; Slattery ML, Int J Cancer, 2004



CALCIO

Sebbene il calcio e i grassi non influenzino il rischio di tumore del colon in coloro che hanno il genotipo FF, una riduzione dell’apporto di calcio è legato ad un aumento del rischio di tumore del colon in coloro che hanno multiple copie dell’allele f (ff>Ff)Gli individui con genotipo ff e dieta povera in calcio presentano un rischio maggiore di tumore del colon

Ingles SA, Cancer Causes Control, 2001; Lowe LC, Eur J Cancer, 2005; Slattery ML, Int J Cancer, 2004



L’INDIVIDUAZIONE DI EVENTUALI POLIMORFISMI POTREBBE COSTITUIRE UN UTILE BIOMARKER PER L’IDENTIFICAZIONE DI COLORO CHE POSSONO GIOVARE DI UNA INTEGRAZIONE CON

NUTRIENTI


RISPOSTA GENETICA ALLA COMBINAZIONE DEI CIBINumerosi studi hanno messo in evidenza le importanti interazioni che derivano dalla combinazione di cibi o di diverse componenti nutrizionali

La combinazione di soia e tè appare maggiormente efficace, rispetto al loro utilizzo singolarmente, nell’inibizione della crescita neoplastica e nella metastatizzazione in modelli murini di tumore prostatico dell’uomo

La combinazione di soia e di tè verde o nero ha un’azione sinergica nella riduzione del PSA

Zhou J-R, J Nutr, 2003; Lyn-Cook BD, Nutr Cancer, 1999


EPIGENETICA E NUTRIZIONE

L’epigenetica è lo studio dei fattori che determinano cambiamenti stabili ed ereditabili, ma reversibili, nell’espressione dei geni senza cambiamenti nella sequenza originale del DNA

Una varietà di proteine regolatorie (DNA metiltransferasi, enzimi modificanti gli istoni, fattori modellanti la cromatina) sono coinvolte nei processi epigenetici

Ross SA, Ann N Y Acad Sci, 2003

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICAEPIGENETICA E NUTRIZIONE

Il grado di metilazione può essere determinato dalla disponibilità di donatori di metile, dell’attività della metil-transferasi e dalla potenziale attività di demetilazione

L’ipometilazione del DNA è associata al tumore

Alcuni fattori dietetici possono influenzare la disponibilità di gruppi metilici per la formazione di S-adenosil-metionina e modificare l’attività della DNA metiltransferasi

Il grado di metilazione del DNA può influenzare la risposta ai componenti bioattivi e avere un ruolo nella differente risposta nelle cellule normali e neoplastiche

Poirier LA, Adv Exp Med Biol, 1986


EPIGENETICA E NUTRIZIONE

Numerosi studi hanno dimostrato che la metilazione del DNA è dipendente dai componenti bioattivi


EPIGENETICA E NUTRIZIONELa supplementazione con colina, betaina, acido folico, vitamina B12, metionina e zinco nella dieta materna porta ad un incremento dei livelli di metilazione del DNA con modificazioni fenotipiche che sembrano coincidere con una più bassa suscettibilità alla obesità, diabete e cancro

Questi studi suggeriscono che l’esposizione in utero a fattori dietetici non influenza solo lo sviluppo dell’embrione ma ha anche effetti a lungo termine

Le modifiche epigenetiche possono regolare il ciclo cellulare, danni del DNA, l’apoptosi, e l’invecchiamento

Conney CA, J Nutr, 2002


TECNOLOGIE MICROARRAYLo sviluppo della tecnologia microarray fornisce uno strumento fondamentale per esaminare potenziali siti di azione dei componenti alimentari e la loro interazione con i vari processi cellulariIl monitoraggio dell’espressione genica dell’intero genoma mediante tecnologia microarray permette lo studio simultaneo di migliaia di geni e della loro relativa espressione nelle cellule normali e patologiche, prima e dopo esposizione a differenti componenti alimentari Queste informazioni potrebbero fornire le basi per la scoperta di nuovi biomarkers per la diagnosi di malattia e la predizione della prognosi

TECNOLOGIE MICROARRAY TECNOLOGIE MICROARRAY

Un microarray consiste di differenti sonde di acidi nucleici che sono chimicamente attaccate ad un substrato, che può essere:

un microchip un vetrino una microsfera

Illumina IScanIllumina IScanSNP Genotyping

•CNV Analysis •Custom Genotyping•Cytogenetic Analysis•Focused Genotyping •Linkage Analysis•Whole-Genome Genotyping and Copy Number Analysis

Gene Regulation and Epigenetic Analysis•Array-Based Methylation Analysis•Gene Expression Analysis•Array-Based Transcriptome Analysis•FFPE Sample Analysis•Whole-Genome Gene Expression Analysis•miRNA Array Analysis

GE BeadchipsGE Beadchips

HumanRef-88 Parallel Arrays on the chip Each Array has ~24,000 'high-quality' RefSeq derived probesApprox 30 copies of each bead type

HumanWG-6 V16 Parallel Arrays on the chip, each consisting of 2 parallel stripsStrip 1 has the ~24,000 RefSeq derived probesStrip 2 has ~24,000 other probes (some RefSeq derived)Approx 30 copies of each bead type

HumanWG-6 V2, V36 Parallel Arrays on the chip, each consisting of 2 parallel stripsEach strip has ~48,000 probesApprox 30 copies of each bead type

HumanHT-1212 Parallel Arrays on the chip consisting of 1 stripEach strip has ~48,000 probes*Fewer copies (?~15) of each bead type

TECNOLOGIE MICROARRAY TECNOLOGIE MICROARRAY

GLI STUDIGLI STUDI

Ornish, et al. PNAS 2008

Metabolic Changes Delta

Body mass index (BMI)

-2.6 kg/m2

Systolic BP -9.2 mmHg

Diastolic BP -5.4 mmHg

Total cholesterol -45.2 mg/dL

LDL cholesterol -34.2 mg/dL

HDL cholesterol -8.3 mg/dL

LDL/HDL ratio -0.4

Levels of Expression:

High Low Absent

Levels of Expression:

High Low Absent

Effects of Effects of Lifestyle Changes, Diet & Physical Lifestyle Changes, Diet & Physical Exercise on gene expression of patients with Exercise on gene expression of patients with Prostate CancerProstate Cancer

DISEGNO DELLO STUDIODISEGNO DELLO STUDIO

I S T E P

P H Y S IC A L A N D M E DIC A L E X A M IN A T IO N

C L IN IC A L P A R A M E T E RS

B IO L O G IC A L M A R K E RS

E P C

P B M C s IS O L A T IO N

II S T E P

M ic ro a rra yA n a lys is

G E

m iR N A

P a th w a ysa n a lys is

B IO L O G IC A L M A R K E RS

E P C

P B M C s IS O L A T IO N

4 h ou rs a fte r in ta ke o f lo w a ndh ig h p he n o l con ten t V O O(5 0 m l)

M ic ro a rra yA n a lys is

G E

m iR N A

P a th w a ysa n a lys is

H E A L T H Y S U B JE C T S6 F + 6 M

P O P U L A T IO N

DISEGNO DELLO STUDIODISEGNO DELLO STUDIO

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICAOLIO DI OLIVAOLIO DI OLIVA Componente principale della Dieta

Mediterranea

Principale fonte di grassi della Dieta Mediterranea

Alimento funzionale dotato di proprietà anti-infiammatorie, anti-ossidanti ed anti-trombotiche

Potenziale efficacia terapeutica:

sistema cardiovascolare;

metabolismo;

apparato epatobiliare ed intestinale; sistema immunitario

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICACOMPOSIZIONE DELL’OLIO DI OLIVACOMPOSIZIONE DELL’OLIO DI OLIVA

98-99% componenti maggiori:

lipidi, soprattutto trigliceridi, ed in percentuale inferiore monogliceridi e

digliceridi

0.5-2% componenti minori:

alcoli, steroli, idrocarburi, tocoferoli, fenoli, sostanze volatili

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICACOSTITUENTI MAGGIORI DELL’OLIO DI OLIVACOSTITUENTI MAGGIORI DELL’OLIO DI OLIVA

Acidi grassi insaturi (85%):

acido oleico: acido grasso monoinsaturo

(70-80% dei grassi totali)

acido linoleico (omega 6): acido grasso polinsaturo

(dal 4 al 12%)

Acidi grassi saturi (presenti in quantitativi minori):

acido palmitico (dal 7 al 15%)

acido stearico (dal 2 al 6%)

Idrocarburi (30-40%): squalene, in quantità inferiore β-carotene

Cere (minima quantità): alcoli alifatici e terpenici (cicloartenolo)

Alcoli (minima quantità): raggiungono elevati valori negli oli di sansa

Steroli (elevata quantità): composti simili al colesterolo sintetizzati a partire dallo squalene, sono rappresentati soprattutto dal β-sitosterolo (94-97%), ed in quantità minore dal campesterolo e stigmasterolo

Pigmenti colorati: carotenoidi e clorofilla

Vitamine liposolubili: protovitamina A, vitamina D e vitamina E (α-tocoferolo)

Composti fenolici (fenoli, acidi fenolici e polifenoli):

tra i polifenoli, quello maggiormente rappresentato nel frutto è l'oleuropeina.

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICACOSTITUENTI MINORI DELL’OLIO DI OLIVACOSTITUENTI MINORI DELL’OLIO DI OLIVA

Fito M, Mol Nutr Food Res 2007; Paniagua JA, J Am Coll Nutr 2007; Perez-Jemenez F, Mol Nutr Food Res 2007

NUTRIGENOMICANUTRIGENOMICAPROPRIETA’ PROTETTIVE DELL’OLIO DI OLIVAPROPRIETA’ PROTETTIVE DELL’OLIO DI OLIVA

Le cellule mononucleate del sangue periferico (PBMCs, peripheral blood mononuclear cells) sono costituite da:

• monociti (2-10% dei globuli bianchi)• linfociti (20-40% dei globuli bianchi)

Deputate alla difesa dell’organismo da infezioni, attacchi virali ed elementi esterni

Fonte principale di cellule linfoidi

per lo studio del sistema immunitario

Cellule Mononucleate del Sangue Cellule Mononucleate del Sangue Periferico: PBMCsPeriferico: PBMCs

PBMCs ed ATEROSCLEROSI PBMCs ed ATEROSCLEROSI

• In condizioni normali i leucociti circolanti non aderiscono all’endotelio

• L’infiammazione dell’endotelio porta all’espressione di molecole di adesione che legano I leucociti

• Le selectine mediano l’interazione tra leucociti e cellule endoteliali attivate

• Le integrine mediano l’attacco

• Le chemochine espresse dall’ateroma forniscono uno stimolo chemotattico ai leucociti, determinando la loro diapedesi e migrazione a livello intimale

I PBMCs mostrano profili di espressione genica relativamente costanti e ripetibili nei diversi individui

Nel loro profilo di espressione genica sono stati evidenziati centinaia di geni coinvolti in diverse pathways biologiche:

regolazione della pressione arteriosa, obesità, metabolismo

Rappresentano un modello utile per lo studio della biologia del sistema cardiovascolare (rischio cardiovascolare), dello stato

di salute e della risposta terapeutica

Visvikis-Siest, S Clin. Chem. Lab. Med. 45, 1154-1168 (2007)

Cellule Mononucleate del Sangue Cellule Mononucleate del Sangue Periferico: PBMCsPeriferico: PBMCs

RISULTATI PRELIMINARI (1)RISULTATI PRELIMINARI (1)

Media±SEMEtà 29.2±0.6

BMI 22.6±0.5

Circonf. Add 86.3±2.4

PAS 113.8±2.8

PAD 71.7±1.7

Fc 72.8±1.2

Col. Tot 184.9±9.5

HDL 63.8±3.9

LDL 103.0±8.1TG 60.1±6.9

GLC 84.9±1.5

Insulinemia 7.4±0.8

HOMA 1.5±0.2AST 20.7±2.4

ALT 32.7±2.2

GGT 22.1±1.6

RCV 0±0

up: 200 Genesup: 200 Genes

RISULTATI PRELIMINARI (2)RISULTATI PRELIMINARI (2)ILMN_GENE T0 Signal T1 Signal Ratio p-value

CX3CR1 436,68 1669,17 3,82 0,007

GIMAP4 1285,19 3789,84 2,95 0,006

C5ORF29 199,10 488,53 2,45 0,033

SAC3D1 104,07 250,14 2,40 0,009

C17ORF87 102,23 240,40 2,35 0,009

GIMAP8 270,85 627,00 2,31 0,016

VPS35 222,30 509,68 2,29 0,025

APOBEC3G 331,16 728,07 2,20 0,007

GLS 104,07 222,80 2,14 0,019

TLR5 125,95 266,19 2,11 0,021

HS.546375 1333,79 2764,77 2,07 0,043

MRPS31 219,83 455,63 2,07 0,021

DNCL1 1013,68 2094,25 2,07 0,016

PCMT1 845,81 1740,86 2,06 0,007

CBR4 120,50 247,76 2,06 0,033

NFE2 228,83 470,04 2,05 0,025

DYNLL1 473,72 958,45 2,02 0,021

HS.534439 385,23 769,91 2,00 0,037

DENND2D 443,15 880,24 1,99 0,013

ATP6V1D 301,74 598,66 1,98 0,007

SAMD9L 381,28 749,07 1,96 0,043

TERF2 119,88 230,70 1,92 0,013

MFSD3 130,29 248,16 1,90 0,019

HSPA1L 113,68 213,76 1,88 0,013

AARS 441,93 811,93 1,84 0,021

RGS18 348,15 625,67 1,80 0,043

C17ORF62 682,83 1226,29 1,80 0,007

LOC642755 251,04 450,23 1,79 0,040

RAB10 959,38 1719,33 1,79 0,011

PAK1 238,33 426,37 1,79 0,016

SLC35A1 569,49 1010,56 1,77 0,010

C8ORF55 104,43 184,64 1,77 0,029

PARP1 661,21 1165,28 1,76 0,009

FIG4 163,93 288,33 1,76 0,021

OBFC2A 168,13 295,39 1,76 0,021

F8A1 180,25 316,08 1,75 0,025

EDG6 672,06 1170,75 1,74 0,016

C20ORF55 285,27 496,62 1,74 0,016

RAB22A 210,78 366,27 1,74 0,019

ARPC1B 612,90 1061,34 1,73 0,021

DNAJA3 421,15 726,69 1,73 0,049

ACTR3 356,41 613,82 1,72 0,037

CD79B 325,65 560,73 1,72 0,040

TFCP2 191,96 328,67 1,71 0,025

VPS72 124,46 212,79 1,71 0,010

RALBP1 144,46 246,24 1,70 0,049

SEPX1 1169,46 1991,58 1,70 0,029

RNF20 242,43 411,85 1,70 0,019

APBB1IP 874,67 1469,79 1,68 0,019

KIAA0146 160,68 269,99 1,68 0,011

PTPRCAP 516,91 868,47 1,68 0,029

LYL1 793,87 1331,96 1,68 0,006

ICAM2 1391,28 2332,19 1,68 0,011

RPA2 936,01 1567,31 1,67 0,021

WASPIP 749,86 1255,08 1,67 0,033

RPUSD3 209,45 349,46 1,67 0,013

RASSF7 404,49 674,62 1,67 0,021

ORAI1 156,85 261,60 1,67 0,029

GIYD1 100,19 166,94 1,67 0,022

DNAL4 167,51 279,00 1,67 0,019

SRBD1 174,21 289,98 1,66 0,033

TSC22D4 253,23 421,21 1,66 0,013

LOC731486 102,93 171,19 1,66 0,049

MITD1 367,97 611,80 1,66 0,019

UBL4A 111,10 184,46 1,66 0,006

ARRB1 194,00 321,19 1,66 0,011

MCM3 404,56 669,25 1,65 0,018

C10ORF26 216,75 357,52 1,65 0,009

HSD17B4 431,88 711,97 1,65 0,025

DYNC1I2 240,19 395,87 1,65 0,009

CISD1 314,97 517,91 1,64 0,040

MLL 138,69 227,65 1,64 0,033

RNASE6 342,16 559,59 1,64 0,025

POU2F2 145,50 237,35 1,63 0,029

M6PR 500,85 811,96 1,62 0,011

LRRC8D 116,86 189,24 1,62 0,029

ASH2L 357,40 577,12 1,61 0,006

FKBP15 162,42 259,48 1,60 0,013

COQ5 333,72 533,05 1,60 0,009

APEX2 142,00 226,38 1,59 0,016

APBA3 265,09 421,16 1,59 0,049

TTLL12 113,92 180,75 1,59 0,006

XTP3TPA 211,53 334,85 1,58 0,025

DAXX 114,17 180,72 1,58 0,049

COPB2 238,21 376,65 1,58 0,037

TPST2 583,95 920,66 1,58 0,023

ABI3 181,55 286,07 1,58 0,029

AMICA1 2283,71 3584,22 1,57 0,007

UBAP2L 350,86 548,84 1,56 0,013

AP4E1 170,47 266,48 1,56 0,006

ZFYVE21 175,18 273,12 1,56 0,033

CHCHD4 109,90 171,13 1,56 0,016

WDR67 102,80 159,18 1,55 0,037

PSMA5 983,74 1518,78 1,54 0,021

STIP1 307,16 472,03 1,54 0,025

LOC653888 1843,08 2818,51 1,53 0,011

RNF5P1 206,80 316,24 1,53 0,017

SP1 244,07 373,12 1,53 0,025

SNUPN 134,74 205,50 1,53 0,033

TMCO1 610,32 930,16 1,52 0,037

SUCLG1 314,16 478,21 1,52 0,021

FRAT2 536,26 813,00 1,52 0,043

MRPL51 535,53 811,63 1,52 0,007

LOC401397 248,87 376,80 1,51 0,049

STK38 1588,12 2398,78 1,51 0,049

SMUG1 155,50 234,75 1,51 0,029

ZNF524 304,35 459,28 1,51 0,049

CDK4 229,75 346,50 1,51 0,006

ARHGAP30 1167,40 1755,68 1,50 0,014

RISULTATI PRELIMINARI (3)RISULTATI PRELIMINARI (3)Fosforilazione ossidativa upFosforilazione ossidativa up

Gene symbol

Fold Change

Type(s)

ATP6V0A1 +1.459 TransporterATP6V1D +1.984 TransposterNDUFA8 +1.488 Enzyme

RISULTATI PRELIMINARI (4)RISULTATI PRELIMINARI (4)Riparazione del DNA upRiparazione del DNA up

Gene symbol Fold Change Type(s)PARP1 +1.762 EnzymeXRCC5 +1.327 Enzyme

down: 200 Genesdown: 200 Genes

RISULTATI PRELIMINARI (5)RISULTATI PRELIMINARI (5)ILMN_GENE T0 Signal T1 Signal Ratio p-value

TNFRSF21 532,35 110,55 0,21 0,006

SLC7A5 753,76 164,44 0,22 0,019

IL8 2269,79 690,91 0,30 0,046

AVPI1 368,82 117,94 0,32 0,011

ENC1 493,28 190,84 0,39 0,011

GABARAPL1 1486,08 579,67 0,39 0,043

ANKDD1A 561,24 222,89 0,40 0,006

SC5DL 493,69 200,29 0,41 0,019

ACSL1 696,03 292,43 0,42 0,043

SUPV3L1 322,03 138,23 0,43 0,010

NR4A2 1153,48 497,60 0,43 0,017

TMEM2 691,67 299,37 0,43 0,010

CLEC7A 395,68 172,73 0,44 0,019

TNFAIP3 4057,68 1787,68 0,44 0,008

DCTN6 340,51 150,71 0,44 0,031

BRD1 269,34 120,93 0,45 0,021

IRAK3 1551,50 733,27 0,47 0,021

HS.559604 234,00 110,74 0,47 0,016

BTG3 393,01 186,81 0,48 0,012

RBM38 1211,91 578,77 0,48 0,030

USP36 729,86 354,19 0,49 0,010

SNIP1 421,92 205,56 0,49 0,029

GPR132 254,04 124,23 0,49 0,049

SLFN13 248,35 122,43 0,49 0,033

CHD1 1475,54 735,06 0,50 0,037

SNORD21 308,82 155,91 0,50 0,005

ZNF295 205,20 103,60 0,50 0,037

HS.555181 262,33 132,72 0,51 0,033

HS.143018 1045,07 529,01 0,51 0,021

C13ORF15 4220,36 2172,46 0,51 0,043

THUMPD2 278,96 144,75 0,52 0,019

LOC196752 252,77 132,94 0,53 0,021

IRS2 730,69 388,42 0,53 0,009

JOSD1 433,40 230,53 0,53 0,019

PAPD5 519,45 276,35 0,53 0,037

ZBTB43 565,79 301,05 0,53 0,037

FEM1C 1027,54 547,82 0,53 0,009

GADD45A 202,70 108,08 0,53 0,018

MAPK6 461,06 247,27 0,54 0,037

DLST 243,45 130,64 0,54 0,029

ADNP2 586,67 314,91 0,54 0,011

ETS2 638,53 344,76 0,54 0,029

UBXD4 238,15 128,82 0,54 0,016

CCDC45 971,94 526,35 0,54 0,007

LOC158301 498,42 270,88 0,54 0,016

CSGALNACT2 193,57 105,69 0,55 0,025

EAF1 196,15 107,12 0,55 0,043

HS.576633 185,48 101,35 0,55 0,021

POLR1C 354,47 193,99 0,55 0,006

CTRL 233,46 128,23 0,55 0,049

GNA15 716,90 393,88 0,55 0,021

RNF103 823,07 452,87 0,55 0,019

MAP3K8 556,54 307,70 0,55 0,037

CSNK1D 809,10 448,36 0,55 0,027

IKZF5 337,51 187,57 0,56 0,016

IFNGR1 3460,42 1929,83 0,56 0,037

NUP54 460,47 258,27 0,56 0,012

PTBP2 364,43 205,62 0,56 0,018

MGAT4A 748,37 424,37 0,57 0,025

HS.276860 2559,29 1460,13 0,57 0,025

ZNF800 648,08 369,94 0,57 0,021

DDIT4 2693,92 1538,29 0,57 0,033

HS.574671 540,40 308,95 0,57 0,021

DHX36 391,93 224,16 0,57 0,022

KIAA1754 754,37 432,50 0,57 0,010

CRY2 188,77 108,54 0,57 0,010

LOC650128 428,39 247,22 0,58 0,013

C1ORF55 548,78 317,64 0,58 0,021

PPP3R1 608,08 352,46 0,58 0,033

LOC146517 726,02 421,04 0,58 0,007

WDR43 246,69 143,08 0,58 0,006

RNF10 613,67 361,52 0,59 0,008

DYNLT1 1855,59 1095,90 0,59 0,043

OVGP1 223,84 132,66 0,59 0,029

NOL11 805,34 480,70 0,60 0,006

HNRNPC 1125,25 671,68 0,60 0,009

EIF1B 787,56 471,04 0,60 0,011

SCYL1BP1 186,57 111,60 0,60 0,017

HS.92308 1417,78 856,03 0,60 0,009

SLC35A3 306,45 185,44 0,61 0,006

RISULTATI PRELIMINARI (6)RISULTATI PRELIMINARI (6)IL-1 signaling downIL-1 signaling down

Gene symbol

Fold Change

Type(s)

CHUK -1.342 kinaseGNA15 -1.820 enzymeIRAK -2.116 kinase

RISULTATI PRELIMINARI (7)RISULTATI PRELIMINARI (7)NF-kB signaling downNF-kB signaling down

Gene symbol

Fold Change

Type(s)

CHUK -1.342 KinaseIRAK3 -2.116 KinaseMAP3K8 -1.809 KinaseTNFAIP3 -2.270 Enzyme

RISULTATI PRELIMINARI (8)RISULTATI PRELIMINARI (8)Stress ossidativo downStress ossidativo down

Gene symbol Fold Change Type(s)CHUK -1.342 KinaseIFNGR1 -1.793 Transmembran

receptorMAP3K8 -1.809 Kinase

RISULTATI PRELIMINARI (9)RISULTATI PRELIMINARI (9)Metabolismo degli acidi grassi downMetabolismo degli acidi grassi down

nutrigenomica - di simona d'amore

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