Genètica quantitativa i millora - ddd.uab.cat ?· millora genètica d'animals i plantes, de conservació…

Download Genètica quantitativa i millora - ddd.uab.cat ?· millora genètica d'animals i plantes, de conservació…

Post on 05-Nov-2018

212 views

Category:

Documents

0 download

Embed Size (px)

TRANSCRIPT

<ul><li><p>Utilitzaci d'idiomes a l'assignatura</p><p>NoGrup ntegre en espanyol:</p><p>NoGrup ntegre en catal:</p><p>NoGrup ntegre en angls:</p><p>catal (cat)Llengua vehicular majoritria:</p><p>Professor/a de contacte</p><p>Jesus.Piedrafita@uab.catCorreu electrnic:</p><p>Jess Piedrafita ArillaNom:</p><p>2018/2019</p><p>Gentica quantitativa i millora</p><p>Codi: 101960Crdits: 6</p><p>Titulaci Tipus Curs Semestre</p><p>2500890 Gentica OB 3 1</p><p>Equip docent</p><p>Marcelo Amills Eras</p><p>Joaqun Casellas Vidal</p><p>Prerequisits</p><p>Conceptes fonamentals de Gentica Mendeliana, Bioestadstica, Gentica de Poblacions i Genmica.Llegir textos cientfics en angls.Ser capa d'utilitzar a nivell d'usuari les eines informtiques bsiques</p><p>Objectius</p><p>La Gentica Quantitativa tracta de l'anlisi gentic de carcters quantitatius o complexos, com sn alguns delsinvolucrats en l'evoluci de les espcies, els que determinen la majoria dels carcters productius d'animals iplantes, i tamb la predisposici a malalties. La seva vessant ms aplicativa ha estat, i continua sent, laselecci gentica, la qual es duu a terme amb la finalitat de millorar les produccions animals i vegetals.</p><p>Per tal d'explicar un fenomen clarament observable, la semblana entre individus emparentats, la GenticaQuantitativa desenvolupa un model basat en conceptes previs de Gentica de Poblacions i que assumeix queels carcters complexos estan determinats per un gran nombre de gens. Aplicant diversos principisestadstics, resulta possible estimar una srie de parmetres gentics que ens informaran sobre fins a quinpunt un carcter s susceptible de ser seleccionat. Es tracta de continguts clssics basats en treballs deFisher, Wright, Lush i altres.</p><p>En addici a la selecci que es realitza fonamentalment dintre de les poblacions, tamb s'utilitza mpliament elcreuament entre poblacions com a estratgia per millorar carcters productius. Aquest curs cobreix elsaspectes terics i aplicatius d'ambdues aproximacions metodolgiques, i tamb les estructures que permetenque la millora sigui ms eficient.</p><p>Per una altra banda, durant els ltims anys ha sorgit un gran inters pel que fa a la identificaci del gensconcrets que determinen els carcters quantitatius o complexos. En l'actualitat disposem d'eines moleculars,bioinformtiques i gentiques que permeten analitzar un nombre molt elevat de SNP marcadors de loci decarcters quantitatius (QTL) dispersos pel genoma. Aquesta estratgia es coneix amb el nom de "Genome</p><p>1</p></li><li><p>1. 2. 3. 4. 5. </p><p>6. 7. 8. </p><p>9. </p><p>1. </p><p>2. </p><p>3. 4. 5. </p><p>6. </p><p>". El curs inclou tant la revisi d'aquest procediment aix com d'altres relacionats ambwide association studiesla predicci genmica.</p><p>Els concrets sn:objectius formatius</p><p>Entendre un model explicatiu de la variabilitat dels carcters complexos i familiaritzar-se amb diverseseines que s'empren per mesurar el grau de semblana entre individus emparentats.Desenvolupar mtodes d'avaluaci dels candidats a la selecci i entendre els factors que condicionenla resposta a les distintes estratgies de selecci.Proporcionar coneixements sobre les implicacions dels diferents sistemes d'aparellament.Oferir una visi dels mtodes actuals de detecci de gens que afecten als carcters complexos i laseva aplicaci en el context de la millora gentica i la medicina.Presentar exemples de programes de millora gentica d'animals i plantes.</p><p>Competncies</p><p>Aplicar el mtode cientfic a la resoluci de problemes.Aplicar els coneixements terics a la prctica.Descriure i interpretar els principis de la transmissi de la informaci gentica a travs de lesgeneracions.Dissenyar experiments i interpretar-ne els resultats.Dissenyar i interpretar estudis d'associaci entre polimorfismes gentics i carcters fenotpics per a laidentificaci de variants gentiques que afecten el fenotip, incloent-hi les associades a patologies i lesque confereixen susceptibilitat a malalties humanes o altres espcies d'inters.Elaborar, dirigir, executar i assessorar projectes en qu calguin coneixements de gentica o degenmica.Mesurar i interpretar la variaci gentica dins i entre poblacions des d'una perspectiva clnica, demillora gentica d'animals i plantes, de conservaci i evolutiva.Percebre la importncia estratgica, industrial i econmica de la gentica i de la genmica en lescincies de la vida, la salut i la societat.</p><p>Resultats d'aprenentatge</p><p>Aplicar el mtode cientfic a la resoluci de problemes.Aplicar els coneixements terics a la prctica.Aplicar les tecnologies i les metodologies estadstiques als estudis d'associaci genotip'fenotip.Avaluar l'inters econmic de la millora gentica d'espcies agropecuries.Avaluar la importncia de disposar del mapa de correspondncies entre la variaci genotpica ifenotpica com a base per a la selecci de noves varietats agropecuries i la creaci de frmacs ialiments personalitzats.Dissenyar experiments i interpretar-ne els resultats.Elaborar i assessorar projectes de millora gentica.Enumerar i descriure les forces que modulen la variaci gentica de les poblacions quan actuenallades o de manera conjunta.Estimar els parmetres gentics d'un carcter a partir de l'encreuament de lnies.</p><p>Continguts</p><p>La Gentica Quantitativa i la seva aplicaci a l'anlisi de carcters complexos i la selecci.Plantejament general d'un programa de millora gentica.El model infinitesimal en carcters quantitatius / complexos: justificaci experimental i terica. Efectesdels gens, valor millorant, desviacions de dominncia i d'interacci.Descomposici de la varincia fenotpica: additiva, de dominncia, d'interacci i ambiental.Estimaci de components de varincia en dissenys ANOVA. Repetibilitat.Detecci de QTL: estudis d'associaci (" ").Genome-wide association studies</p><p>Anlisi genealgica: coascendncia i parentiu. Coascendncia molecular. Grau de semblana i2</p></li><li><p>6. </p><p>7. 8. 9. </p><p>10. 11. 12. 13. 14. </p><p>Anlisi genealgica: coascendncia i parentiu. Coascendncia molecular. Grau de semblana icovarincies gentiques entre parents.Heretabilitat i correlacions gentiques: mtodes d'estimaci. " ".Missing heritabilityAvaluaci gentica: ndexs de selecci, BLUP (" ") i predicci genmica.Best Linear Unbiased PredictionResposta a la selecci i factors que la determinen.Optimitzaci de la selecci: interval generacional i resposta anual. Mtodes de selecci.Resposta observada. Experiments de selecci divergent. Exhauriment de la resposta.Depressi endogmica. Creuament: heterosi i complementarietat. Tipus de creuaments.Difusi del progrs gentic.Exemples de programes de millora d'animals i plantes.</p><p>Metodologia</p><p>La metodologia docent que s'emprar durant tot el procs d'aprenentatge es basa fonamentalment en eltreball de l'estudiant, i ser el professor l'encarregat d'ajudar-lo tant pel que fa a l'adquisici i interpretaci de lainformaci relacionada amb l'assignatura com en la direcci del seu treball. D'acord amb els objectius docentsde l'assignatura, les activitats formatives que es dur a terme sn:</p><p>Classes de teoria: Amb aquestes classes, l'estudiant adquireix els coneixements fonamentals del'assignatura, els quals seran treballats i complementats en classes de problemes, tutories i prctiques en aulainformatitzada. Es tractar de classes magistrals interactives en les quals es fomentar el dileg amb elsalumnes i que es basaran en materials audiovisuals, principalment presentacions ppt, que es penjaran ambantelaci a Campus Virtual.</p><p>Classes de problemes: Es duran a terme en dos grups reduts d'uns 30 alumnes. Consistiran en la resolucide problemes, la qual cosa l'ajudar a raonar en el context de la Gentica Quantitativa i a entendre elsconceptes fonamentals de l'assignatura. Hi haur problemes que es resoldran a classe i altres que l'alumnehaur de resoldre per si mateix. S'assumeix que tots els problemes seran treballats prviament pels alumnesabans d'anar a classe.</p><p>Autoaprenentatge - Treball en grup: A banda del que s'ha esmentat sobre la resoluci de problemes,s'haur de resoldre en grups de 2 alumnes, 6 exercicis representatius de les diferents parts de l'assignatura,els quals seran avaluats.</p><p>Prctiques a l'aula informatitzada: Formalment s'inclouen en l'assignatura de Laboratori Integrat V, per defet sn un complement inestimable per entendre millor tot el que s'ha explicat a les classes de teoria.</p><p>Tutories: Sessions concertades per a resoldre dubtes i mantenir discussions sobre continguts especfics de lamatria i els problemes.</p><p>Activitats formatives</p><p>Ttol Hores ECTS Resultats d'aprenentatge</p><p>Tipus: Dirigides</p><p>Classes de problemes 15 0,6 1, 6, 7, 8, 9</p><p>Classes de teoria 30 1,2 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9</p><p>Tipus: Supervisades</p><p>Tutories 5 0,2 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9</p><p>Tipus: Autnomes</p><p>Estudi autnom i autoaprenentatge 55 2,2</p><p>3</p></li><li><p>Resoluci de problemes 42 1,68 1, 2, 6, 8, 9</p><p>Avaluaci</p><p>L'avaluaci ser principalment i es realitzar de en el context de les diferentsindividual forma continuadaactivitats formatives que s'ha programat.</p><p>Es realitzar , mitjanant una 2 exmens parcials terico-prctics prova de tipus test que constar de 40, amb . Aquests tests inclouran preguntes de i de preguntes 4 respostes alternatives teoria (32) problemes</p><p>. Tindran una durada de 90 minuts. Els resultats de les proves terico-prctiques suposaran el (8) 80% de la (40% cada parcial).nota final</p><p>Per tal de verificar que els alumnes progressen en la comprensi dels problemes, es demanar l'entregaobligatria de al llarg del curs. Aquests exercicis es faran en grups de 6 exercicis 2 alumnes diferents per</p><p> i, una vegada avaluats, suposaran un .cada exercici 20% de la nota final</p><p>La nota mnima final per aprovar l'assignatura ser de 5 punts sobre un mxim de 10 punts. Aquesta nota finales calcular com a mitjana ponderada de les notes dels dos parcials i exercicis. Per computar en aquestamitjana, cada nota haur de ser igual o superior a 4. En el cas dels exmens tipus test, s'haur de superarcada una de les parts (teoria i problemes) amb l'equivalent a una nota de 4. Igualment s'haur d'obtenir unanota mnima de 4 en cada exercici per promediar.</p><p>En el cas que no es superi l'assignatura mitjanant aquesta avaluaci continuada, els alumnes podranrecuperar un o els dos parcials en la prova de recuperaci corresponent. Per participar a la recuperaci,l'alumnat ha d'haver estar prviament avaluat en un conjunt d'activitats el pes de les quals equivalgui aun mnim de dues terceres parts de la qualificaci total de l'assignatura o mdul. Per tant, l'alumnatobtindr la qualificaci de "No Avaluable" quan les activitats d'avaluaci realitzades tinguin una</p><p>Aquesta prova de recuperaci, semblant a la que s'haponderaci inferior al 67% en la qualificaci final. descrit pels parcials, constar de 40 preguntes si es recuperen els dos parcials, o de 25 preguntes si esrecupera un dels parcials. Aquest plantejament ser aplicable als alumnes que vulguin pujar nota. En aquestcas, la nota que es tindr en compte per calcular la nota final ser l'obtinguda en la prova de recuperaci.</p><p>Activitats d'avaluaci</p><p>Ttol Pes Hores ECTS Resultats d'aprenentatge</p><p>0.1 Primer parcial: Temes 1-7 40% 1,5 0,06 1, 2, 6, 8, 9</p><p>0.2 Segon parcial: Temes 8-14 40% 1,5 0,06 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8</p><p>0.3 Resoluci de problemes per grups 20% 0 0 1, 2, 3, 5, 8, 9</p><p>0.5 Examen Final de Teoria i Problemes - 0 0 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9</p><p>Bibliografia</p><p>General</p><p>Caballero A. 2017. . Sntesis, Madrid.Gentica Cuantitativa</p><p>Falconer D.S., Mackay T.F.C. 2001. Acribia, Zaragoza.Introduccin a la Gentica Cuantitativa.</p><p>Lynch M., Walsh B. 1997. . Sinauer, Sunderland.Genetics and analysis of quantitative traits</p><p>Animals</p><p>4</p></li><li><p>Minvielle F. 1990. INRA, Paris.Principes d'amlioration gntique des animaux domestiques.</p><p>Nicholas F.W. 2003. . Blackwell Publishing, Oxford.An introduction to Veterinary Genetics</p><p>Piedrafita J. 1998. Collecci Materials, 49. Servei de PublicacionsNotas sobre teora de mejora gentica.UAB, Bellaterra.</p><p>Plantes</p><p>Acquaah G. 2012. 2nd ed Wiley-Blackwell, New York.Principles of plant genetics and breeding, .</p><p>Allard R.W. 1999. . Wiley, New York.Principles of Plant Breeding</p><p>Cubero J.I. 2013. . 3a ed. Mundi-Prensa, Madrid.Introduccin a la Mejora Gentica Vegetal</p><p>Kang M.S. 2002. . CABI Wallingford.Quantitative genetics, genomics and plant breeding ,</p><p>Rodrguez Borruezo A. 2009. . UPV, Servicio de Publicacin,A primer of Genetics and Plant BreedingValencia.</p><p>Webs</p><p>Genup: http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/genup.htm</p><p>PQGen: https://sites.google.com/a/unizar.es/pqgen/</p><p>PLINK: http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/</p><p>R: http://cran.r-project.org/</p><p>5</p>http://www-personal.une.edu.au/~bkinghor/genup.htmhttps://sites.google.com/a/unizar.es/pqgen/http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/</li></ul>