Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk memisahkan sampel DNA berdasarkan atas ukuran

(berat molekul) dan struktur fisik molekulnya. Gel yang biasa digunakan antara lain agarosa.

Elektroforesis gel agarosa dapat dilakukan untuk memisahkan sampel DNA dengan ukuran dari

beberapa ratus hingga 20.000 pasang basa (bp). Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di

dalam medan listrik akan bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif (anoda). Makin

besar ukuran molekulnya, makin rendah laju migrasinya. Berat molekul suatu fragmen DNA

dapat diperkirakan dengan membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasi fragmen-

fragmen molekul DNA standar (DNA marker) yang telah diketahui ukurannya. Visulisasi DNA

selanjutnya dilakukan di bawah paparan sinar ultraviolet setelah terlebih dahulu gel dalam

pembuatannya ditambahkan larutan etidium bromid. Cara lain untuk melihat visualisasi DNA

adalah gel direndam di dalam larutan etidium bromid sebelum dipaparkan di atas sinar ultraviolet

(Anam 2010).

a. Elektroforesis

hasil isolasi plasmid diambil sebanyak 10µL

ditambahkan 2µL loading dye

elektroforesis

Hasil Percobaan

Gambar1 hasil elektroforesis sel agarose DNA

Keterangan :

Sumur yang memiliki plasmid adalah sumur ke 1, 2, 3, 5, 7, 8, 9, 10, 11, dan 13 (dilihat dari kiri kekanan)

Sumur yang tidak ada plasmidnya adalah sumur ke 4, 6, 12 (dilihat dari kiri kekanan)

Sumur 1 adalah sumur lamda

Sumur 2 adalah sumur pGEM

Pembahasan

Ukuran DNA dapat dilihat dari jarak pita yang muncul pada sumur ketika

dielektroforesis. Kerusakan DNA ditandai oleh pita smear pada hasil elektroforesis. Tidak

dapatnya DNA dipotong dengan enzim restriksi terlihat dari terbentuk tidaknya pita smear hasil

elektroforesis setelah DNA dipotong dengan enzim restriksi EcoRI. EcoRI menghasilkan pita

DNA smear ketika dielektroforesis karena enzim ini termasuk ke dalam frequent cutter (Vos et

al 1995). Berdasarkan hasil pengamatan pada sumur hasil elektroforesis sel agarose DNA, dapat

diketahui bahwa sumur yang berhasil yaitu sumur yang memiliki plasmid dan terlihat

pendarannya (pita) yang dibedakan dengan pendaran kontrol, yaitu lamda dan pGEM seperti

sumur 1, 2, 3, 5, 7, 8, 9, 10, 11, dan 13 (gambar1). Sementara yang tidak berhasil yaitu sumur 4,

6, dan 12 (gambar1). Ketidakberhasilan ini dikarenakan pita DNA elektroforesis tidak terbentuk

(pendaran). Hal ini disebabkan karena DNA tidak dapat dipotong dengan enzim restriksi EcoRI

dan kemungkinan cairan DNA yang akan dielektroforesis kotor sehingga pada saat migrasi

kotorannya ikut masuk.

Pada saat percobaan terdapat beberapa larutan yang dipakai untuk mengisolasi plasmid

sampai elektroforesis. Proses isolasi plasmid, endapan bakteri disuspensi menggunakan larutan A

(EDTA). Hal ini disebabkan larutan A berfungsi sebagai larutan buffer dan sebagai pengkelat

yang dapat mengikat ikatan kation sehingga dapat menurunkan tegangan. Endapan yang telah

tersuspensi diberi larutan B (NaOH dan SDS). Tujuan pemberian larutan ini untuk melisiskan

bakteri dan menaikkan pHnya. Setelah lisis bakteri diberi larutan C (sodium asetat) yang

berfungsi untuk menetralisasi serta menurunkan pH. Selain ketiga larutan tersebut, cairan DNA

plasmid diekstrak dengan larutan PCI (Fenol/Kloroform/Isoamil alkohol) dan diberi etanol 70%

untuk menghilangkan kandungan garamnya. Pada proses elektroforesis, DNA yang akan

dimigrasikan dicampur dengan larutan loading dye dan blue bromophenol. Hal ini untuk

menandai laju migrasi DNA dan sebagai larutan pewarna.

Kesimpulan

Dari hasil isolasi dan elektroforesis DNA gel agarose dapat disimpulkan bahwa

elektroforesis dikatakan berhasil jika terlihat pita (pendaran) yang panjang dan dibedakan dengan

sumur kontrol, yaitu lamda dan pGEM. Jarak pita ini menandakan ukuran DNA yang muncul

pada sumur. Ketidakberhasilan dalam elektroforesis dikarenakan tidak terlihatnya pita DNA. Hal

ini disebabkan karena DNA tidak dapat dipotong dengan enzim restriksi EcoRI dan

kemungkinan cairan DNA yang akan dielektroforesis kotor sehingga pada saat migrasi

kotorannya ikut masuk.

Anam K. 2010. Isolasi dan pemetaan DNA plasmid. Bogor : Bioteknologi

Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.