(BİYO) ENFORMATİKTE e-KÜTÜPHANE

Ç. Selçukcan1, F. Bayraktutan1, C. Cimilli1, S. Gülseçen1,2, Z. Ayvaz Reis1,3 H. Çalışkan1,2 ve Ç. Arıkan1,2

1İstanbul Üniversitesi Enformatik Bölümü, 34134 Üniversite, İstanbul2İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, 34134 Üniversite, İstanbul

3İstanbul Üniversitesi Hasan Ali Yücel Eğitim Fakültesi, 34134 Üniversite, İstanbulenformatik@istanbul.edu.tr

Özet

Elektronik kaynak desteği tartışmasız olarak her disiplinde gittikçe önem kazanmaktadır. Enformatik alanındaki gelişmeler sonucunda ortaya çıkmış bir kavram olan elektronik kütüphane iyi düzenlenmiş ve kolay erişilir kaynaklar sunmaktadır. Özellikle yüksek öğretimde elektronik kütüphane eğitime destek veren büyük bir güçtür. Enformatik alanındaki gelişmeler ayrıca yeni disiplinlerin de doğmasına sebep olmuştur. Bunlardan birisi son yıllarda ülkemizde de önemli gelişmeler kaydeden biyoenformatik alanıdır. Çalışmamızda elektronik kütüphane hizmetlerinin biyoenformatik eğitimindeki yerinden bahsedilecektir.

1. Giriş

Enformatik, insanın en temel gereksinimlerinden biri olan bilgiye, teknoloji aracılığıyla en doğru ve en kolay biçimde ulaşmasını sağlayan bir bilim dalıdır. Özünde bilgi olduğu için her disiplinle ortak bir paydada buluşabilmektedir. Bu çalışmada, temel bilimlerden biri olan biyoloji (canlı bilimi) ile enformatiğin kaynaştığı noktada yani biyoenformatikte (bioinformatics), bilgiye erişim konusunda elektronik kütüphanelerin (e-kütüphane) öneminden bahsedilecektir. Aslında enformatiğin yapı taşlarından biri olan e-kütüphaneler, sadece biyoenformatik alanında değil, diğer tüm alanlarda da aynı öneme sahiptir. Bu çalışmada, özellikle biyoenformatiğin üzerinde durulmasının sebebi, tüm bilimler içinde materyalinin canlı olması sebebiyle belki de en karmaşık bilgiye sahip olan disiplinin biyoloji olmasındandır.

Çalışmamızda öncelikle enformatik ve biyoenformatik kavramlarına kısaca değinildi ve Türkiye’ de biyoenformatik eğitimi ile ilgili bilgi verildi. Ardından e-kütüphanelere genel bir bakış yapılarak e-kütüphanelerin sunduğu elektronik bilgi kaynakları ve elektronik bilgi hizmetlerinden bahsedildi ve son olarak biyoenformatik eğitimine e-kütüphanelerin katkısı üzerinde duruldu.

2. Enformatik Nedir?

Enformatik, bilginin belli amaçlar çerçevesinde; toplanması, işlenmesi, iletilmesi, saklanması, bilgiyi veren ve alan kaynaklar arasındaki iletişimi ve bu işlevleri yerine getirecek yöntem, aygıt ve sistemlerin gerekli yazılımlarıyla birlikte geliştirilmesini konu alan mesleki ve akademik disiplindir [1]. Bilginin organizasyonu, sınıflandırılması ve depolanması noktalarında kütüphane çalışmalarında; bilginin alış-verişi noktasında ise bilgisayar ve iletişim teknolojileri alanında kendine yer bulmaktadır.

1

Kimi kaynaklarda bilgi bilimi (information science) olarak tanımlanan enformatik, bilgi mühendisliği (information engineering) veya bilgi teknolojileri (information technology) gibi terimlerle de aşağı yukarı aynı anlamda kullanılmaktadır [2].

Ham bilginin bilişim teknolojileri vasıtasıyla işlenerek en doğru ve kullanılabilir şekilde bulundurulması ve bilgiye en hızlı ulaşımı hedefleyen enformatik, hemen hemen her disiplinle birleşerek alt birimlere ayrılmaktadır. Birkaç örnek vermek gerekirse; biyoenformatik, kimyasal enformatik, medikal enformatik, tarımsal enformatik, çevresel enformatik, vb. bunlar arasında sayılabilir.

2.1. Biyoenformatik Nedir?

Temelde moleküler biyoloji, tıp ve sistematik biyoloji verileri üzerinde yoğunlaşan biyoenformatik, genel olarak tüm biyolojik bilgiyi konu alarak, bilgi teknolojileriyle aynı çatı altında toplanmaktadır. Oldukça kompleks bir yapıya sahip biyolojik bilginin doğru şekilde ayrımlaşması, birleştirilmesi, sınıflandırılması ve saklanması amacıyla yeni algoritmalar ve istatistik programlar geliştirerek veri tabanları oluşturulması, bilgiye en kolay ve en hızlı şekilde ulaşılması ve tarama yapılması için çeşitli araç-gereçlerin geliştirilmesi ve bunların kullanımına yönelik eğitimleri kapsayan oldukça genç bir bilim dalıdır.

Biyoenformatik, yaşam bilimleri ve bilgisayar bilimlerinin kesişiminde yer alan bir ara disiplin veya biyolojik bilginin analizi ve işlenmesi ile ilgilenen bir bilim dalı olarak tanımlanabilir. Bazı kaynaklarda aynı tanımın biyobilişim (biocomputing) terimi ile ifade edildiği de sıkça görülmektedir. Dahası, biyolojik bilişim (biological computing), bilişimsel biyoloji (computational biology), bilişim genomiği (computational genomics), biyolojik veri yönetimi (biological data mining) veya biyolojik bilgi yönetimi (biological information management) gibi terimlerde yaklaşık olarak aynı amaçlarla kullanılmaktadır [2].

İngilizce karşılığı bioinformatics olan biyoenformatik terimi çoğu kaynakta biyoinformatik olarak kullanılmasına karşın tabanında enformasyon bulunan enformatiğin bir alt dalı olduğu için bizim çalışmamızda biyoenformatik olarak kullanılacaktır.

2.2. Türkiye’de Biyoenformatik Eğitimi

Dünya’da 1980-90’ lı yıllarda konuşulmaya başlanan biyoenformatik teriminin ülkemizde de yaklaşık son 10 yıldır, özellikle “İnsan Genom Projesi”ndeki gelişmelerden sonra kullanılmaya başlandığı gözlenmektedir. Çoğu üniversitelerimizde son 2-3 yılda yüksek lisans düzeyinde “Biyoinformatik” ve “Biyoinformatiğe Giriş” dersleri verilirken, lisans düzeyinde biyoenformatik

2

eğitimi veren üniversite sayısı oldukça azdır (bkz. Tablo 1.). Buna karşın, bazı araştırma kurumları ve vakıflar tarafından, ülkemizde mevcut biyoenformatik insan gücü açığını kapatmak için özellikle yaz aylarında biyoinformatik alanında kullanılan araçlar ve biyolojik veritabanlarının kullanımına ilişkin uygulamalı kurslar verilmektedir.

Kurum Program Ders adı

1 Anadolu ÜniversitesiSağlık Bilimleri Enstitüsü, Farmakoloji Ana Bilim Dalı, Yüksek Lisans Eğitimi

Biyoinformatik

2 Ankara Üniversitesi

Biyoteknoloji Enstitüsü, Temel Biyoteknoloji Yüksek Lisans Programı

Biyoinformatik

Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyoloji A.B.D. Yüksek Lisans ve Doktora Eğitimi

Biyoinformatik

3 Bilkent ÜniversitesiFen Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Lisans ve Lisansüstü Eğitimi

Biyoinformatiğe GirişBiyoinformatik

4 Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Lisansüstü Eğitim Biyoinformatiğe Giriş

5 Fatih Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi, Biyoloji Bölümü, Lisans Eğitimi Biyoinformatik

6 Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü

Biyoloji Bölümü, Lisansüstü Eğitim

Biyoinformatik IBiyoinformatik II

7 İstanbul Teknik Üniversitesi

Fen Bilimleri Enstitüsü, İleri Teknolojiler A.B.D. Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Yüksek Lisans ve Doktora Eğitimi

Biyoinformatik

8 İstanbul Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Lisans Eğitimi Biyoinformatik

9 Karadeniz Teknik Üniversitesi Biyoloji Bölümü Lisans Eğitimi Biyoinformatik

10OMÜ-SEM (Ondokuz Mayıs Üniversitesi Sürekli Eğitim Merkezi)

Seminer İnformatik ve Biyoinformatik

11 Sabancı Üniversitesi

Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Lisans Eğitimi

Biyoinformatiğe Giriş

Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Lisansüstü Eğitimi

İleri Biyoinformatik

12 TÜBİTAK GMBAE Biyoinformatik Birimi Biyologlar İçin Uygulamalı Kurs

Internet, Biyoinformatik Araçlar, Biyolojik Veritabanları

13 Yıldız Teknik ÜniversitesiFen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Bölümü, Yüksek Lisans ve Doktora Eğitimi

Biyoinformatik

Tablo.1. Türkiye’de Biyoenformatik Eğitimi Veren Kurumlar

Ülkemizdeki biyologların araştırma sonuçlarını daha hızlı ve anlamlı bir biçimde değerlendirmeleri için biyoenformatik eğitimine ihtiyaçları bulunmaktadır. Günümüzde bilişim teknolojilerinden bağımsız bir araştırma düşünülememektedir. Bilişim teknolojilerini kullanmak hem zaman, hem de

3

“sınırsız” bilgi kazandırmaktadır. Teknoloji kullanımında mevcut araçlara hakim olamazsak enformatiğin amacından tamamen saparak yanlış ya da eksik bilgilerle donatılabiliriz. Geliştirilen biyoenformatik araçların doğru ve kolay biçimde kullanımının öğretilmesi biyoloji lisans eğitiminden başlamalıdır. Biyoloji ve bilgisayar bilimleriyle ilgilenen kişiler bir araya gelerek ortak bir çalışma yürütürlerse, ayrıca biyoenformatik eğitimine gerek kalmaz düşüncesi uyanabilir. Ama bu her iki disiplin için de sakıncalar içermektedir. Bu yüzden biyoenformatik bir bilim dalı olarak günümüzde yerini almıştır.

“Weizmann Bilimler Enstitüsü’ ne göre, yaşam bilimleri ve bilgisayar bilimlerinin kesişiminde bir alana gereksinim duyulmaktadır. Bu Enstitüde’ki biyoenformatikçilere göre;

Bir yaşam bilimcisi mevcut araçları kullanabilir ancak sonuçları yanlış yorumlayabilir.

Bir yaşam bilimcisi eğer mevcut program açıkça ve ayrıca bir seçenek sunmuyorsa bazı ilginç ya da gerekli analizleri yapamayabilir, yani sürekli aynı şeyleri tekrarlayıp durur. Programlama yeteneği gereklidir.

Bir bilgisayar bilimcisi veya programcı ilginç ve etkin algoritmalar ve kodlar üretebilir. Ancak biyolojik ilgisini kuramaz, yani biyolojik yorumunu yapamaz. Yaşam bilimleri temel eğitimi ve bilgisi gereklidir

denilerek en iyi sonuçlara, uygun bilgi işlem araçlarının biyolojik sistemlerde kullanımını sağlamakla ulaşılabileceğine işaret edilmektedir”[2].

Biyoenformatik alanında hizmete sunulmuş araçların kullanımı esnasında sorunlar yaşandığı gözlenmiştir. Örneğin bilgi teknolojilerini yeterince kullanamayan araştırmacılar gerek programların kullanımı, gerekse veri bankalarından tarama yaparken karşılaştıkları bazı sorunları çözmek için ilave çözümler üretmek durumunda kalmışlardır. Bu tür eklemeler de bazen gereksiz verilerin veri bankalarında tekrar tekrar yer almasına neden olmuştur. “Manchester Üniversitesi’nden protein tarama analizi uzmanı Teresa Atwood, bu tekniklerin zayıf yönlerini öğrenmek için yeterli zaman harcamayan pekçok biyoloğun, biyoenformatiğin alet çantasında bulunan programlar (Ör: BLAST) tarafından verilen uyuşmaları sorgulamadan kabul ettikleri için hata yapılabildiğini söylemektedir. Benzer şekilde, tarama fonksiyonlarını saptamak için kullanılan araçların kısıtlamaları vardır. Bu kısıtlamaların farkında olmayan kişilerin kullanımı sonucu, ciddi hatalar ortaya çıkabilir. Sonuç olarak, herkese açık genom veritabanları, halihazırda tam doğru olmayan, yanlış yönlendirici veya yetersiz araştırmacıların ürettiği bilgiler ve veriler bilimsel kirliliğe yol açmaktadır”[14].

Bu bilgilerin ışığı altında görülmektedir ki ülkemizde biyoenformatik insan gücü açığını gidermeye yönelik, özellikle üniversitelerde lisans eğitiminde başlayan eğitim programlarına ihtiyaç duyulmaktadır. Geçtiğimiz yıllarda tüm Dünya’ da büyük yankı uyandıran “İnsan Genom Projesi” nin tamamlanması ve bu alanda çalışan kişilerin salt biyolojik bilgiyle donanmalarının yeterli olmadığının, mutlak biyoenformatik bilgiye sahip ve hakim olmaları gerektiğinin gözler önüne serilmesiyle Türkiye’de biyoenformatik eğitimine başlanmıştır. Bu ilerlemenin yavaşta olsa lisans düzeyine kadar inmesi daha da çok önem verilmeye gösterge olarak sevindirici bir gelişmedir.

4

2.2.1. Biyoenformatik Eğitiminde Kaynak Desteği

Her alanda olduğu gibi biyoenformatikte de bilgi hem klasik kaynaklar hem de elektronik kaynaklar olmak üzere iki grupta toplanmaktadır. Biyoenformatik araçların sanal ortamdaki mevcudiyeti ve kullanımlarının getirdiği ilişkilendirilmiş görsel, iki ya da üç boyutlu bilgi, pratiklik ve özellikle zaman tasarrufu gibi avantajları, araştırıcıları daha çok elektronik kaynaklara yönlendirmiştir. Bu çalışmada e-kütüphanelerin biyoenformatik alanındaki yerinden bahsedilecektir. Ama e-kütüphaneler enformatiğin tüm alt disiplinlerinde hemen hemen aynı işleyişe ve konuma sahiptir.

3. Elektronik Kütüphaneye Genel Bakış

Elektronik kütüphaneler, bilgi ihtiyacı olan kullanıcılarla bu bilgileri içeren dijital nesneleri bir araya getirmek için geliştirilen kullanıcı arayüzünden oluşmaktadır. Bu arayüz sadece dijital nesneleri toplamak, düzenlemek, depolamak, erişmek ve bir yerden bir yere aktarmak için gereken bilgi teknolojisi ve iletişim (ağ) altyapısını değil, dijital nesneler kullanılarak geliştirilen ve kullanıcıların kütüphaneye gelmeden kullanımına sunulan hizmetleri de kapsamaktadır [28].

Elektronik kütüphaneler sanal kütüphane ya da duvarsız kütüphane olarak da adlandırılan bir sürece girmiştir. Bu kütüphane türünde varsayılan, her tür materyalin elektronik ortamda olduğudur. Kimi materyaller elektronik olarak üretilirken kimi materyaller de eski materyallerin kimi teknolojik araçlar yardımıyla elektronik dermeye (koleksiyona) aktarılmasından oluşur. Bu tür kütüphane türüne sayısal kütüphane diyoruz. Ancak elektronik kütüphane sayısal kütüphaneyi de içeren bir kavramdır. Sayısal kütüphane her çeşit bilginin bilgisayar ortamına sayısal olarak depolandığı kütüphanelerdir. Bu bilgiye çeşitli erişim teknolojileri kullanılarak ulaşılabilir ve bir yerden başka bir yere kolaylıkla transfer edilebilir [25].

Elektronik kütüphaneler geleneksel kütüphane hizmetlerinin bilgisayar teknolojisine dayanarak verilmesi anlamını taşır. Elektronik kütüphanelerde hizmetler, elektronik ortam, ağlar, sistemler, kurallar ve yöntemler uygulanarak yapılır. Teknolojik işlemler ve hizmetler bilgisayara dayalı biçimde yapılmakta ve sayısal-elektronik ortama dayalı bilgi kaynakları kullanılmaktadır [24].

Elektronik kütüphanenin anlamını biraz daha somutlaştırmamız gerekirse karşımıza şu şekilde bir yapı çıkar [24]: İlk olarak, elektronik kütüphane belli bir içeriğe sahip olmalıdır. Bu içerik ya da derme, yeni materyal (doğrudan elektronik ortamda hazırlanmış) ya da eski materyal (elektronik biçime dönüştürülmüş), ya da her ikisinden birden oluşur. Her iki dermeye sahip kütüphanelere melez kütüphane (hybrid library) denir [21]. Derme içeriği bilgisayar ortamına depolanmalı ve ulaşılabilir olmalıdır. Eski materyaldeki bilgi, bilgisayar ortamına taranarak aktarılmış metin, görsel ya da çeşitli karakterlerden oluşur ve geniş bir ulaşım söz konusudur. İkinci olarak, içeriğe erişim olanağı sağlanmalıdır. Kullanıcıya bilgi verebilmesi için ayrı bir

5

elektronik kütüphane içeriğinin duyurulduğu bir arayüz programı kullanmalıdır [24].

4. Elektronik Kütüphane ve Elektronik Bilgi Kaynakları Hizmeti

Elektronik kütüphane hizmeti verilmesi geleneksel kütüphane hizmetlerinin bilgisayar ve iletişim teknolojilerine dayalı olarak verilmesi şeklinde anlaşılmamalıdır. Elektronik kütüphaneden anlaşılması gereken kütüphane işlevlerinin yeni bir yöntemle yerine getirilmesidir. Bu yeni yöntem, yeni bilgi kaynaklarını, sağlama işlemlerine yeni bir yaklaşımı, depolama ve korumada yeni yöntemleri, kataloglama ve sınıflamada yeni yaklaşımları, kullanıcıları ve kullanıcılar için yeni etkileşim yolları bulunmasını, elektronik sistemlere ve ağlara daha fazla güveni ve entellektüel, örgütsel ve ekonomik uygulamalarda dramatik değişiklikleri içermektedir. Son birkaç yılda WWW aracılığıyla sunulan hizmetlerdeki üssel artış bu değişikliklerin en belirgin örnekleri arasındadır [26].

Elektronik kütüphane hizmetlerini genel olarak şu başlıklar altında toplayabiliriz :

1. Elektronik belge sağlama2. OPAC (Online Public Access Catalog)3. Elektronik kaynaklar4. Internet

Bunların herbiri aşağıda kısaca açıklanmıştır :

4.1. Elektronik Belge Sağlama

Bu hizmet türünde kütüphane kullanıcıların istediği belgeleri elektronik ortamda sağlama yoluna gider. Bu konuda birkaç yöntem vardır. Kullanıcı ya çevrimiçi veritabanı aracılığı ile belirlediği belgeye doğrudan tam metin veren veritabanından ulaşır, ya da elektronik dergi üzerinde belirlediği bir makale ise doğrudan belgeyi çıktı olarak sağlar. Her iki durumda ulaşamayacağı bir makale söz konusuysa o zaman kütüphane elektronik belge sağlama yoluna gider [24].

4.2. OPAC (Online Public Access Catalog)

OPAC kullanıcılara bir kütüphane dermesine yazar, eser adı, konu, anahtar kelime ve benzeri erişim uçları aracılığıyla daha önce edindikleri bilgiler doğrultusunda çevrimiçi erişim olanağı sağlayan, bilgisayara dayalı, etkileşimli kütüphane kataloğudur [26]. Kütüphaneciye olan gereksinimi en alt düzeye

6

indirmeyi amaçlayan bu sistemle kullanıcılar, kütüphane dermesine son derece rahat ve etkin bir biçimde ulaşabilmektedirler.

OPAC sisteminde kullanılacak yazılımın yapısı kütüphanenin veri kaydı ve değişimini yakından ilgilendirmektedir. Internet ortamında kütüphane kataloglarının kütüphane dışından sorgulanması her zaman olanaklıdır. Hangi yazılım kullanılırsa kullanılsın bilgisayar teknolojisi kütüphane veritabanlarını ulaşılabilir kılmaktadır. Ancak sorun verilerin değişimi aşamasında yaşanmaktadır. Veritabanı yöntemiyle hazırlanan kütüphane programları veri değişimi için aynı veritabanını kullanan kütüphanelerle ilişki kurabilmektedir. Oysa OPAC, MARC (Machine Readeable Catalog) formatıyla hazırlanan, farklı MARC formatlarıyla da uyum sağlayabilen bir sistem olarak e-kütüphanenin teknik hizmetlerinde ve satın alınan veritabanlarının e-kütüphane ortamına aktarılmasında da kolaylık sağlar [24].

4.3. Elektronik Kaynaklar

Elektronik ortamdaki bilgilerin hızla artması kuşkusuz kütüphane ve diğer bilgi merkezlerinin sundukları hizmetlerin de gözden geçirilmesini zorunlu kılmaktadır. Kütüphaneler, kullanıcılarının gereksinim duyduğu elektronik ortamdaki bu bilgilere erişim sağlamak için hizmet felsefelerinde gereken değişiklikleri yapmak için yoğun çaba harcamaktadırlar [27]. Elektronik ortama aktarılmış olan her bilgi taşıyıcısı elektronik kaynak olarak değerlendirilir. Araştırma amacıyla en fazla kullanılan elektronik kaynak türleri arasında elektronik veritabanları, elektronik danışma kaynakları, elektronik kitaplar, elektronik dergiler, elektronik tezler ve benzerlerini sayabiliriz. Geleneksel kütüphanelerin tersine, e-kütüphanelerdeki bilgilere erişimde zaman ve mekan sınırlaması büyük ölçüde ortadan kalkmaktadır. Kullanıcılar gereksinim duydukları bilgilere dünyanın neresinde olursa olsun doğrudan erişebilmektedirler [26].

Elektronik kaynaklara Web aracılığıyla erişim sağlamak bu kaynakları kendi kütüphanenizde bulundurmanız kadar değerlidir. Bilgi kaynaklarının, kütüphane dışındaki uzak noktalardan birden fazla kullanıcı tarafından eş zamanlı olarak kullanılabilmesi derme geliştirme ve yönetimini çok önemli bir etkinlik haline getirmiştir. Bilgi merkezleri kullanıcılarına bilgi hizmetleri sağlamak için artık sadece kendi sahip oldukları kaynaklarla sınırlı değildir. Kütüphane ve bilgi merkezlerinde ağ aracılığıyla erişilebilen bilgi hizmetleri giderek en yoğun kullanılan hizmetler haline gelmektedir [28].

Elektronik kaynakların kütüphanelerde basılı materyalin yerini alması kaçınılmaz görülmekle birlikte yapılan birçok araştırmada basılı materyalden kolay kolay vazgeçilemeyeceği belirlenmektedir [24].

7

4.3.1. Elektronik Veritabanları

Veritabanları kütüphanelerde başlangıçta CD-ROM üzerinden kullanılmaya başlamıştır. Bilgi kaynaklarının hızla artması ve artan bilginin depolanamaması sorunu yüzünden yeni bilgi taşıyıcıları aranmaya başlanmıştır. Çözüm olarak bilgi depolayabilen yeni materyaller ortaya çıkarılmıştır. Amaç bilginin çok küçük ortamlarda depolanması ve bu bilgiye kısa bir sürede erişilebilecek teknolojiyi geliştirmektir [24].

Elektronik veritabanlarından çıkışı alınan her makale için satıcı firma yayınevine ücret ödemektedir. Bu nedenle veritabanı fiyatı kullanıcı sayısına göre değişiklikler göstermektedir. Örneğin, aynı veritabanı için çok fazla öğrencisi olan bir üniversite daha fazla ücret öderken az öğrencisi olan üniversite daha az ücret öder [24].

4.3.2. Elektronik Dergiler

Elektronik dergiler bilgisayar ortamında kullanıcıya sunulan ve yayıncısı tarafından da elektronik ortamda satışa sunulan dergilerdir. Kimi zaman elektronik dergi veritabanı satın alındığında da elektronik dergi kullanım izni verilmektedir [24].

4.3.3. Elektronik Kitaplar

Elektronik kitaplar tıpkı elektronik dergilerde olduğu gibi bilgisayar ortamında kullanılırlar. Henüz yoğun kullanım ortamı bulamamıştır. Yükleme zamanı bunu etkileyen etmenlerden biri olarak görülebilir. E-kitap sağlayan kimi kuruluşlar onları kendi bilgisayarınıza yüklemenize ve kullanmanıza izin verirler [24].

4.4. Internet

Elektronik kütüphane olarak da adlandırılan Internet, e-kütüphanelerde birçok amaç için kullanılır. Internet aracılığıyla erişilebilen bilgi kaynakları kütüphanelere yeni hizmet anlayışları getirmiştir. Internet’in en güzel özelliklerinden biri bu ağ üzerinde sunulan servislerin büyük bölümünün ücretsiz olmasıdır. Birçok bilgi bankasını ücretsiz tarayabilir, istediğiniz kütüphane kataloğunu sorgulayabilirsiniz. Internet araçları (adresler, elektronik mektup, dosya transfer protokolü-FTP, telnet, gopher, wais, www, vb.) kullanımda kolaylık sağlayan ve çeşitliliği arttıran uygulamalardır. Son derece hareketli bir bilgi erişim ortamı olan Internet aracılığıyla her gün yeni bilgi kaynakları hizmete sunulmakta, bazılarının yerleri değişmekte ya da güncelliğini yitiren bilgiler kullanımdan çekilmektedir. Yeni hizmete sunulan bu tür kaynakları keşfetmek, ortadan kaybolan ya da yeri değişen bilgi kaynaklarını izlemek, Internet aracılığıyla erişilebilen bilgilerden yararlanmayı

8

kısıtlayan etmenlerden birisidir [27]. Bu konuda günümüzde izlenen bir diğer yaklaşım “Metadata Harvesting” olarak adlandırılan yöntemdir (http://www.openarchives.org). Bu sisteme göre, kendi elindeki arşivlerin bu yönteme göre taranmasını isteyen kurumlar verilerini bir metadata standardı olan Dublin Core formatına dönüştürerek verilerin bu sistem içinde kullanılmasını sağlamaktadırlar. Böylece her bir sistemdeki metadata (veri hakkında veri) bilgileri bir merkezde toplanarak, bunlar arasında elektronik taramanın yapılması sağlanmaktadır. Metadata kullanımı sayesinde maliyetin azaldığını söyleyebiliriz ancak bu durumda, her bir sistemin farklı formatta tuttuğu verileri metadata standardına dönüştürürken bazı bilgi kaybı sorunlarının yaşanması söz konusu olmaktadır [23].

Türkiye’de e-kütüphane çalışmalarına Amerika’ya göre yeni başlanmış olması, metadata içerikli çok büyük veritabanlarının henüz oluşturulamamış olması sonucunu da etkilemiştir. Eğer e-kütüphaneler tarafından kullanılacak bu metadata türü bilgiler konusunda şimdiden standart bir yaklaşım izlenmeye başlanırsa ve bu konuda oluşturulacak veritabanlarında bu standardın kullanımı sağlanabilirse bu gecikme Türkiye için bir avantaja dönüştürülebilir. Böylece e-kütüphaneler bu standartlar çerçevesinde geliştikçe veritabanlarının birbirleri ile uyumluluğu ve birarada kullanılmaları konusunda halen Amerika’da yaşanılan bu tür problemlerin azaltılması söz konusu olabilecektir [23].

Gelişen teknoloji birçok değişik yöntem kullanarak elektronik bilgi ve belge sağlama hizmetleri verilmesini mümkün kılmaktadır. Bu hizmetlerin bir kısmı “itme” (push) teknolojileri kullanılarak verilmektedir. İçindekiler sayfası ve Seçmeli Bilgi Duyurusu hizmetleri buna örnek olarak verilebilir. Kullanıcıların ilgi alanları belirlendikten sonra belirli aralıklarla bu kullanıcılara ilgi alanlarında yayımlanan dergilerin içindekiler sayfaları e-postayla gönderilebilir. Ya da dermeye yeni eklenen elektronik bilgi kaynaklarından (bibliyografik ya da tam metin) kullanıcıların tanımladıkları ilgi alanlarına uyan bibliyografik künyeler ya da bilgi kaynaklarının tam metinleri adreslerine gönderilebilir [28].

Çoğu e-kütüphane bilgi hizmeti sunarken hem “itme” hem de “çekme” (pull) teknolojilerini kullanmaktadır. Başka bir deyişle, kullanıcılarla etkileşim sağlanarak, örneğin, onların hangi konuda belgelere gereksinim duydukları çevrimiçi kataloglar aracılığıyla belirlenmekte ve bu belgelerin kullanılan elektronik belge sağlama sistemine otomatik olarak aktarılması mümkün olmaktadır. Basılı kaynakların dijitalleştirilmesiyle oluşan ve elektronik bilgi kaynaklarını da içeren elektronik rezerv dermeleri de çekme teknolojisine örnek olarak verilebilir [28].

4.4.1. Internet Aracılığıyla Erişilebilen Bilgi Kaynakları

Bilgisayar ağları aracılığıyla erişilebilen bibliyografik veritabanlarına ve bilgi kaynaklarına birkaç örnek aşağıda verilmektedir [26] :

9

A. Kütüphane Katalogları, Bibliyografik Veritabanları ve Tam Metin Bilgi Kaynakları

1. Çevrimiçi kütüphane katalogları : Çevrimiçi kütüphane katalogları kullanımı genellikle komut diline ya da menüye dayalı, kolayca ve çoğu zaman ücretsiz erişilebilen bibliyografik veritabanlarıdır. Bilgi ağları aracılığıyla erişilebilen çevrimiçi kataloglar ulusal kaynaklar olarak giderek önem kazanmakta ve kütüphanelerarası işbirliğinin artmasına yol açmaktadır.

2. Ticari bibliyografik veritabanları : Bu grupta Dialog, OCLC ve RLIN gibi ticari ya da kooperatif hizmet veren kuruluşların bilgi ağları aracılığıyla kullanıma sundukları bilgi kaynakları yer almaktadır. 1970’li yıllardan bu yana geliştirilmekte olan bu sistemler üzerinde 20 milyondan fazla monografın bibliyografik künyesi yer almaktadır.

3. CD-ROM’lar üzerindeki çevrimiçi veritabanları : CD-ROM’lar daha çok yayın ve dağıtım için kullanılan bir ortamdır. Kütüphane kataloglarının ve basılı dergilerde yer alan makalelerin bibliyografik bilgilerinin ya da tam metinlerinin CD-ROM’lara kaydedilerek kullanıma sunulması oldukça eski bir uygulamadır. CD-ROM’lar üzerindeki veritabanları son yıllarda bilgi ağları aracılığıyla hizmete sunulabilmektedir.

B. Elektronik Belge ve Süreli Yayın Aşivleri

Bilgileri elektronik ortama depolama maliyeti düştükçe daha fazla sayıda belge elektronik ortama aktarılmaktadır. Elektronik ortama aktarılan bu belgelere geleneksel erişim noktalarının yanı sıra (yazar adı, kitap adı gibi) daha gelişmiş tekniklerle (anahtar sözcükle arama, tam metin arama gibi) de erişim sağlanabilmektedir.Elektronik süreli yayın arşivlerinin sayısı da hızla artmaktadır. Başlangıçta süreli yayınların sadece içindekiler sayfaları ve makalelerin özetleri elektronik ortama aktarılarak hizmete sunulmaktaydı. Son yıllarda ise yayıncılar, üniversiteler ve kütüphaneciler bilimsel süreli yayınlarda yayımlanan makaleleri elektronik olarak sunmak amacıyla ortak projeler geliştirmektedirler. Bazı profesyonel örgütler yayınlarını hem basılı hem de elektronik olarak pazarlamaktadırlar

C. Sayısal Ses ve Görüntü Kayıtları, Hareketli Filmler ve Fotoğraflar

Son yıllarda çoklu ortam (multimedia) türü bilgiler de Internet aracılığıyla yoğun bir biçimde kullanıma sunulmaktadır. Kullanıcılar sayısallaştırılmış ses, görüntü ve hareketli resim halindeki bu bilgileri iş istasyonlarına kolayca aktarabilmektedir. Carl Malamud tarafından yaratılan Internet Talk Radio bunun ilk örneklerindendir. Gelişmiş iş istasyonlarına sahip kullanıcılar bu sayısal yayını iş istasyonlarından dinleyebilmektedirler. ABD’de hava ve uydu fotoğrafları sürekli depolanmaktadır. Amerikan Ulusal Bilim Vakfı (NSF) bu tür geniş oylumlu bilgiler içeren sayısal kütüphaneleri çeşitli projelerle desteklemektedir.

10

5. Elektronik Bilgi Hizmetleri

Elektronik bilgi hizmetleri altyapısı mevcut bilgilerin işlenmesine, depolanmasına, bir yerden bir yere iletilmesine ve bu bilgilere gerektiğinde erişilmesine olanak sağlayan teknolojileri, kuralları, standartları ve politikaları kapsar. Bilgi teknolojisi altyapısı her tür örgütte (akademik, özel, kamu, kar amacı güden-gütmeyen örgütler, vs.) müşterilere zamanında ve yüksek kalitede ürün ve hizmetlerin sunulmasında anahtar rol oynar [28].

Elektronik bilgi hizmetlerine erişimin yönetilmesi gerekmektedir. Başka bir deyişle, kullanıcıların hak ve yetkilerinin ve erişebilecekleri elektronik hizmetlerin tanımlanması gerekmektedir. Ağ aracılığıyla erişilen bilgi kaynaklarının yönetimi genel olarak şu şekilde işlemektedir : Kütüphane belirli bir kaynak (elektronik dergi, veritabanı, vs.) için lisans anlaşması yapmakta, söz konusu lisans anlaşması belirli kullanıcı gruplarına (örneğin, uzaktan kullanıcılar, öğrenciler, vd.) belirli kullanım hakları sağlamaktadır. Kullanıcı web aracılığıyla ilgili kaynağa erişmekte, bu aşamada kullanıcının makinesinin tanımlı makineler grubu içinde olup olmadığı kontrol edilmektedir (daha karmaşık durumlar da olabilir: Örneğin, birden fazla üniversitenin öğrencileri tarafından alınan ortak bir dersin elektronik rezerv koleksiyonuna erişmek gibi) [28].

6. Biyoenformatik ve Elektronik Kütüphaneler

Bilindiği gibi kütüphaneler de kendi içinde kategorilere ayrılmaktadır (Milli Kütüphane, Okul Kütüphanesi, vb.) Çalışmamız boyunca değineceğimiz e-kütüphane kavramı üniversite kütüphaneleriyle sınırlıdır. Üniversite kütüphaneleri, üniversite içinde ve yakın çevresinde bilimsel araştırma ve geliştirme çalışmalarını desteklemek, her gün gelişip ilerleyen, yeni yayınlarla zenginleşen dünya biliminin son verilerini tam olarak izlemek ve yararlanmaya sunmakla görevli kütüphanelerdir [22]. Peki, akademik e-kütüphanelerin biyoenformatik eğitimine katkısı nasıl sağlanabilir ? Bu soruya pekçok yanıt verebilmekle birlikte ilk adım olan altyapıdan başlayarak yanıtlamamız doğru olur : Internet iletişimini sağlayan ağın kurulmuş olması konusunda ülkemizde son yıllarda önemli gelişmeler kaydedilmiştir. Sunulacak dijital hizmetlere ve kaynaklara erişimin yönetilmesi, bunun için gereken gizlilik, güvenlik, elektronik ödeme sistemleri vb. gelişmeler de bu altyapı başlığı altında ele alınabilir [28].

Sorunun bir diğer yanıtı “içerik”tir. Yani e-kütüphanenin kurulması ve elektronik hizmetlerin geliştirilmesidir. Bu da bilimcilerin ve öğrencilerin küresel ve ulusal bilgi ağındaki bilgi kaynaklarına, örgün eğitim ve yaşamboyu eğitim olanaklarına serbestçe erişebilmesi demektir. Bunun anlamı ise kütüphanelerin dermelerindeki mevcut bilgilerin elektronik olarak erişilir hale getirilmesidir ve aynı zamanda yerel bilgi ve uzmanlığın ulusal hizmete sunulması anlamına da gelmektedir [28]. Günümüzde e-kütüphane deyimi çok kullanılsa da geleneksel kütüphane hizmetlerinden tümüyle vazgeçilmesi düşünülemeyeceğinden geleneksel ortamdaki dermeye ait bilginin de

11

elektronik ortama aktarılması biyoenformatik alanındaki araştırmacıların ve öğrencilerin bilgiye erişiminde önemli bir rol oynayacaktır.

Kuşkusuz akademik e-kütüphanelerin Internet altyapısının bir parçası olması ve elektronik ortamdaki bilgilere erişim sağlamasıyla iş bitmemektedir. Internet aracılığıyla sorulan sorulara yanıt verme şeklindeki elektronik bilgi hizmetleri de bu konunun bir parçasıdır [28].

E-kütüphanelerin biyoenformatik alanına katkılarını genel olarak ifade edecek olursak; Bilgi Hizmetleri Bakımından, soru yanıtlama, yönlendirme, kütüphanelerarası işbirliği şeklinde olurken, Bilgi Kaynakları Bakımından Katkısı, bilgi kaynaklarının çeşitliliği, niteliği, niceliğinin belirlenmesi, gereksinim duyulan elektronik kaynakların ağ üzerinden kullanıcıya iletilebilmesi şeklinde olmaktadır.

7. Sonuç ve Tartışma

Enformatiğin alt disiplinlerinden biri olan biyoenformatik, yaşam bilimleri ve bilgisayar bilimlerinin kesişiminde yer alan bir ara disiplin veya biyolojik bilginin analizi ve işlenmesi ile ilgilenen bir bilim dalı olarak tanımlanabilir.

Türkiye’de biyoenformatik eğitimi ilk yıllarda yüksek lisans ve doktora düzeyinde verilirken günümüzde lisans düzeyinde de biyoenformatik dersleri verilmeye başlanmıştır. Ülkemizde biyoenformatik eğitimi yaklaşık on üç kurum tarafından verilmektedir. Bu sayının gittikçe artması bu alandaki insangücü açığının kapanması açısından olumlu bir gelişme olacaktır.

Her disiplinde olduğu gibi biyoenformatikte de bilgiye erişim, alanın gelişimi ve diğer alanlarla etkileşimi açısından hayati önem taşımaktadır. Internet çağı olarak da adlandırılan günümüzde geleneksel kaynaklardan tümüyle vazgeçilemese de elektronik kaynaklar erişim kolaylığı bakımından ön plana çıkmaktadır. Bu anlamda e-kütüphaneler biyoenformatik alanını bilgiyle buluşturma konusunda önemli bir rol oynamaktadır. Bu çalışmada elektronik kütüphanelerin biyoenformatik eğitimine katkısı, elektronik bilgi hizmetleri ve elektronik kaynaklar bakımından ele alındığından bu kapsamda verimliliği arttırmak için; Kullanıcı arabirimi bilgiye erişimde kolaylık sağlayacak şekilde

biçimlendirilmeli, Seçmeli Bilgi Duyurusu hizmetleri geliştirilmeli : Örneğin, Biyoenformatik

alanında çalışan araştırmacılar için yeni çıkan yazılımlar duyurulmalı, patentler, standartlar, bildiriler gibi yayınlar edinilmeli ve elektronik ortamda yayınlanmalı, kütüphanenin yaptığı güncellemeler kullanıcılara e-mail aracılığıyla duyurulmalı,

Alandaki en son yayınlar, bilgi paylaşımına yönelik konferanslar, toplantılar vb. hakkında duyuru hizmetleri yapılabilmeli,

Çeşitli nedenlerle (dosya büyüklüğü, ağ bağlantısının zayıf olması vb. gibi) Internetten indirilemeyen bilgilerin değişik yöntemlerle kullanıcıya

12

iletilmesi sağlanmalı. Mesela yüksek boyutlu bir bilgi kaynağının CD’ye aktarılarak kullanıcının adresine gönderilmesi.

Kütüphane ile kullanıcılar arasındaki bilgi alışverişine dayalı etkileşimin verimliliği için forum ve tartışma listelerine yer verilmelidir.

KAYNAKÇA

[1] Enformatik Çalışma Grubu, 1995. Enformatik Alanına Yönelik Bilim, Teknoloji ve Sanayi Politikaları Çalışma Grubu Raporu. TÜBA-TÜBİTAK-TTGV “BİLİM-TEKNOLOJİ SANAYİ TARTIŞMALARI PLATFORMU” ANKARA. http://www.tubitak.gov.tr/btpd/btspd/platform/enfor/icindekpdf.html (12.01.04)[2] Cebeci, Z. ve Bek, Y., 1999. Tarımsal Enformatik Eğitimi Mümkün mü? 3. Tarımda Bilgisayar Uygulamaları Sempozyumu (Çağrılı Bildiri). Çukurova Üniversitesi, Adana. http://cebeciz.cu.edu.tr/documents/word/tarimsalenformatikegitim.doc (12.01.04)[3] Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Lisans Eğitimi, Sabancı Üniversitesi.http://www.sabanciuniv.edu/ogrenim/mdbf/bio.html (07.01.04)[4] Biyologlar İçin Uygulamalı Kurs, TÜBİTAK GMBAE Biyoinformatik Birimi.http://www.rigeb.gov.tr/kurslar/2002/biyoinformatik/index.html (12.01.04)[5] Farmakoloji Anabilim Dalı Yüksek Lisans Eğitimi, Anadolu Üniversitesi. http://www.sbe.anadolu.edu.tr/sag/tbol/farm/dp.html (07.01.04)[6] Tıbbi Biyoloji Yüksek Lisans ve Doktora Eğitimi, Tıbbi Genetik Doktora Eğitimi, Ankara Üniversitesi.http://sbe.pharmacy.ankara.edu.tr/2310dersler.htm (09.01.04)[7] Temel Biyoteknoloji Yüksek Lisans Programı, Ankara Üniversitesi.http://biotek.ankara.edu.tr/index.php?PgId=48 (07.01.04)[8] Biyoloji Bölümü Lisans Eğitimi, Karadeniz Teknik Üniversitesi.http://www.ktu.edu.tr/fakulte/fenedb/biyoloji/lisders.htm (07.01.04)[9] Biyoloji Bölümü Yüksek Lisans Eğitimi, Yıldız Teknik Üniversitesi.http://www.fbe.yildiz.edu.tr/Program/BIY.htm (07.01.04)[10] Seminer, OMÜ-SEM (Ondokuz Mayıs Üniversitesi Sürekli Eğitim Merkezi).http://www.omu.edu.tr/sem/faaliyet/faaliyet.htm (07.01.04)[11] Lisansüstü Eğitim, Çukurova Üniversitesi.http://fbe.cu.edu.tr/katalog/ZO.htm (07.01.04)[12] İleri Teknolojiler A.B.D. Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Yüksek Lisans ve Doktora Eğitimi, İstanbul Teknik Üniversitesi.http://search.fbe.itu.edu.tr/drskont/detview0.asp?pid=70 (07.01.04)[13] Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Lisans Eğitimi, İstanbul Üniversitesi.http://maun.istanbul.edu.tr/fen/mbg/mbg_ders_programi.doc (12.01.04)

13

[14] Saka,O. Bilişim Teknolojileriyle Gelen Bilimsel Devrim (İnsan Genom Projesi). Akdeniz Üniversitesi.http://www.tbd.org.tr/sayi79_html/saglik_saka.html (12.01.04)[15] WIS, 1999. What is bioinformatics? The Computation of Biological Information Dept. Genome and Bioinformatics Center, Weizmann Institute of Science. http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards/bioinfo_intro.html (13.01.04)[16] WIS, 1999. Related terms and buzzwords. Genome and Bioinformatics Center, Weizmann Institute of Science. http://bioinformatics.weizmann.ac.il/courses/BCG/lectures/01_intro/what/buzzwords.html (13.01.04)[17] WWWebster Dictionary, Merriam Webster.http://www.m-w.com (13.01.04)[18] Biyoloji Bölümü Lisansüstü Eğitimi, Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü.http://www.gyte.edu.tr/Biyoloji/index.htm (13.01.04)[19] Biyoloji Bölümü Lisans Eğitimi, Fatih Üniversitesi.http://dis.fatih.edu.tr/lec_description.php?lid=1&PHPSESSID=e37ddc2383a56466e331037532627847#BIOL 419 (13.01.04)[20] Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Beykent Üniversitesi.http://www.fen.bilkent.edu.tr/~bilmbg/index_tr.html (13.01.04)[21] Alpay, M. (2000). “Yabancı yayınların sağlanmasında İ. Ü. Merkez Kütüphanesi’nde yeni deneyimler”. İstanbul.[22] Baysal, J. (1992). Kitap ve kütüphane tarihine giriş. 2. bs. İstanbul : Türk Kütüphaneciler Derneği İstanbul Şubesi.[23] Çağıltay, N. E. (2001). “Elektronik kütüphane kaynaklarına ulaşılmasında yeni yaklaşımlar – 2”. http://dergi.tbd.org.tr/yazarlar/13082001/nergiz_cagiltay.htm (06.01.04)[24] Konya, Ü. (2001). Elektronik kütüphane ders notları (metin fotokopidir).[25] Özlü, U. (Kasım 1997). “Sayısal Kütüphane”. Byte.[26] Subaşıoğlu, F. (1997). OPAC ve bir model önerisi. Ankara : [y.y.].[27] Tonta, Y. (Eylül 1996). “Internet, elektronik kütüphaneler ve bilgi erişim”. Türk Kütüphaneciliği 10(3), 215-230.[28] Tonta, Y. (16-19 Kasım 2002). “Dijital hizmetlere ve kaynaklara erişim” (bildiri). PULMAN-XT Türkiye Ulusal Toplantısı, Ankara : Milli Kütüphane.

14