viroloji 2. siniflandirma

8/8/2019 viroloji 2. SINIFLANDIRMA

http://slidepdf.com/reader/full/viroloji-2-siniflandirma 1/53

VRÜSLERN GENEL ÖZELLKLERVE

SINIFLANDIRILMALARI



Virüslerin ilk tanmlanmalar genellikle bu infektifajanlarn çok küçük olan partiküler yapsna dayanmaktayd.

Virüsler, bakterilerden farkl olarak k mikroskobundagörülemezler ve bakterileri alkoyan filtrelerdetutulamazlar. Genel bir yaklam olarak ekseri virüslerbakterilerden daha küçüktürler fakat baz virüsler,mikoplazma, riketsiya vs. gibi en küçük bakteriler kadar

büyük olabilirler. Hayvansal virüslerin boyutlar ortalama10 nm ile 300 nm arasnda deiir. 200 nm büyüklüündeolan poxvirüsler k mikroskobu ile görülebilecek snrlariçerisindedir.

Virüsler : 10-300 nmBakteriler : 1000 nmEritrosit : 7500 nm



Virüsler, mikroskobik, zorunlu hücre içiparazitleridir. Virüs partikülleri önceden oluan

komponentlerin kurulmasyla (bir arayagelmesiyle) oluurlar (bölünerek çoalan dierhücrelerden farkl olarak). Serbest virüspartikülleri (virionlar) bölünemez vekendiliklerinden çoalamazlar. Virüsler, protein

sentezi için gerekli ribozomlar veya metabolikenerjinin oluumu için gerekli sistemleri kodlayangenetik bilgiden yoksundurlar. Yani bilinen hiçbirvirüs, bütün biyolojik ilemler (ör, makromolekülsentezi) için gerekli enerjiyi oluturmak için

gerekli genetik ve biyokimyasal potansiyele sahipdeildir. Bunun için bu fonksiyonlarngerçekletirilebilmesi için mutlaka konak hücreyeihtiyaç duyarlar.



Her virüs iki safhaya sahiptir;

*uyku safhas veya hücre dndakiserbest partikül safhas veya

tanabilen safha yani v irionsafhas ve*aktif safha veya hücre içi safha yani infeksiyöz safhas.



Virion safhas; metabolik olarak inaktif ve bir virüsüntanabilen durumudur.

Virüsün sahip olduu genetik materyal bir protein klfve/veya zarf ile paketlenmi durumdadr.Virionlarda bulunan genetik materyal tek veya çift zincirli

ya DNA veya RNA·dr.Hiçbir durumda virionlarda DNA ve RNA birliktebulunmaz, yani virionlar ya RNA ya da DNA içerirler.Viral kabuk (kapsid), ikozahedron (pek çok bakteriyal,hayvansal ve bitkisel virüslerde görülen en yaygn yirmi

yüzlü geometrik ekil), küresel, silindirik veya ekilsizolabilir.Virionlar, konak hücreye tutunma ve içine girme

yeteneinde olmal, konak hücre dndabütünlüünü/potansiyelini korumaldr.Baz virionlar dierlerinden daha dayankldrlar, ör,hepatit virüs ksa süreli kaynamaya dier virüslere kyasladaha dayankldr.



Viroidler, 1960·l yllarda ortaya çkarlan, belli

baz bitki hastalklaryla ilikili olan ve kapsid veyazarf içermeyen, genellikle çubuk ekilli sekonder yapya sahip halkasal, küçük (200-400 nükleotid,nt) tek zincirli RNA molekülleridir. Viroidlerbilinen en küçük virüslerin genetikmateryallerinden bile çok küçük moleküllerdir.Viroidler, virüsler gibi çoalma (replikasyon)stratejileri bakmndan zorunlu hücre içiparazitleridir. Viroidlerin deiik bitkihastalklarna yol açan çeitli tipleri vardr. Bunlariçinde yaps en ayrntl bir ekilde aratrlmolan, patateslerde i eklinde yumrularnoluumuna neden olan PSTV dir.



Virüsoidler, (satellitler veya uydu RNA),viroidlerden daha büyük olabilen (1000 nt, genelde

birkaç yüz nükleotid içeren) halkasal ve tekzincirli viroid benzeri moleküllerdir. Çoalmalariçin baka bir virüs replikasyonunun (helper virus)gerçeklemesine ihtiyaç duyarlar ve virüs

kapsidleri içinde paketlenerek yolcu gibitanrlar. Virüsoidler, bir RNA-baml RNApolimeraz kullanarak sitoplazmada çoalrlar.



Prionlar, nükleik asit içermeyen tek tip proteinmolekülünden ibaret ve hastalk yapabileninfeksiyöz ajanlardr.



Normal prion protein yaps



Virüs Snflandrmasnn Temel lkeleri

Virion: olgun, tam bir infekte edici partikül ve virüsün konak hücredndaki ekli.

Kapsid: viral nükleik asidi tayan protein kabuk, nükleik asidin yer

almad protein kabuk.Nükleokapsid: kapsid ve viral nükleik asidin birlikte oluturduu yap.

Kapsomer: elektron mikroskobu ile gözlenen, kovalent olmayan balarile bir arada tutulan ve birkaç polipeptid zincirinden ibaret olabilen,

kapsidi oluturan morfolojik üniteler ( kapsid alt birimleri).

Zarf (env elope): nükleokapsidi saran lipoprotein ve glikoprotein yapdaki klfdr ve virüsün çoald konak hücre membranndankökenlenir.



Virüsler içerdikleri nükleik asit tipine bal olarakiki ana gruba ayrlrlar. RNA içeren virüsler veDNA içeren virüsler. Virüsler ayn anda bu ikinükleik asidi birlikte içermezler. Genellikle

virüsler bir adet nükleik asit molekülü içerirler,buna ramen bu duruma uymayan istisnalar davardr. Ör, influenza virüsü (grip etkeni virüs) çoksayda RNA molekülü içerirler ve bu tip

virüslerde genom segmentlenmi olarakadlandrlr.



Virüslerin Büyüklüü v e ekli

Virionun (nükleokapsid+zarf), genel ekli kabaca küresel,çubuk eklinde veya ipliksi (filament eklinde) veya mermieklinde olabilir. Nükleokapsidin simetrisi kübik, helikselveya kompleks (simetrik olmayan) olabilir. Kübik simetriyesahip nükleokapsidler (ör, poliovirüs, adenovirüs, herpesvirüs), 20 eit üçgen yüzeye ve 12 köeye sahip

ikozahedral simetrili yaplardr. Heliksel simetridekinükleokapsidlerde (ör, influenza (grip) ve mumps(kabakulak) virüsleri) nükleik asit molekülü spiral bir eklesahiptir ve kapsomerlerle elemitir. Kompleks birnükleokapside sahip olan virüse bir örnek poxvirüstür.

Bir zarfa sahip virüsler zarfl, zarf içermeyen virüsler isezarfsz (naked, çplak) virüsler olarak adlandrlmaktadr.



Mermi ekilli bir virüs (Rabies virüs:kuduz virüsü)



Bilinen belli bal virüs yapsnn dier

tipleri:

Zarfsz heliks nukleokapsidler, ör, tütün

mozaik virüsü (T M

V).

Zarfsz ikozahedral nükleokapsidler, ör,

pikornavirüs familyasnn üyeleri.



Heliksel Nükleokapsidler:

Tütün mozaik virüsü (T MV)



kozahedral Nükleokapsidler:



Herpesvirüsler, çift zincirli DNA (dsDNA) genomu içeren yaklak 100 nmçapnda bir ikozahedral kapsidi kuatan zarfa sahiptir.



Basit izometrik yap



HIV kompleks bir virüstür. Virüs yaklak 9500nükleotid içeren tek zincirli (ssRNA), iki e +RNA

(mRNA gibi fonksiyonel) içermektedir. Bunlargenomik bir RNA dimeri oluturmak içinbirbirlerine balanabilir. RNA dimeri bazik birnükleokapsid protein (p9/6) ile ilikidedirler.

Ribonükleoprotein partikülü bir kapsidproteinden (CA) oluan kapsidle kaplanmtr.Kapsid, integraz, revers transkriptaz (RT) gibi

dier viral proteinleri de içerirler. Ayrca RT içinbir primer olarak i gören tRNAlys3 gibi çoksayda hücresel kökenli dier bileikleri deiçerirler. Kapsid ikosahedral bir yapya sahiptir.



HIV-1 yapsnn ematik gösterimi



Virüs genomlar:

Genel bir kural olarak viral RNA veya DNAbüyüklüüne bakarak yaklak viral proteinlerhesap edilebilir, buna göre her 1000 baz çiftine(bç) 1 protein karlk gelmektedir.

Yani tipik bir gen = 1000 bç = 1 kilo bç (kbç) = 1protein = 300-400 amino asittir.

Küçük bir virüs olan SV40 = 5000 bç = 5 kbç = 5 protein

Büyük bir virüs olan T4 faj = 200 kbç =100-200 protein

E. coli : 4000 kbç



Virion nükleik asidinin molekül arl viral

genom tarafndan kodlanabilecek farkl polipeptidzincirlerinin saysn direkt olarak yanstr.nfeksiyondan sonra, ortaya çkan virion nükleikasidi direkt olarak veya indirekt olarak proteinsentezinde i gören hücre ribozomlarna

balanacak olan mRNA y belirler. Bu mRNA yönlendirmesi altnda sentezlenen proteinler yenivirionlarn yapsal bileenlerini veya virüsçoalmasnda kritik fonksiyonlar için gerekli olan, yapsal olmayan proteinleri, ör., yeni virion RNA

sn kopyalayan (replike eden) bir RNA polimerazgibi, ortaya koyarlar.



VRÜS SINIFLANDIRMASI

Tarihsel olarak birçok virüs sebep olduklar hastaln adüzerine adlandrlmlardr. Ör, ´foot and mouth; ayak veazµ hastalna neden olan ajan foot and mouth diseasevirüs (FMDV) ad ile adlandrlmtr. Benzer ekilde, tütünmozaik virüsü (T MV), virüsün tütün bitkilerine patojeniketkisinin direkt bir ifadesidir. Geleneksel veya az deeri

olan insan hastalk isimleri sonuna virüs kelimesigetirilerek yaplan adlandrmalara da çok rastlanmaktadr.Ör, ´measles virüsµ (kzamk ), ´mump virüsµ (kabakulak),´smallpox virüsµ (çiçek), ´influenza virüsµ (grip) ve ´rabiesvirüsµ (kuduz) gibi. Bazen de virüsü kefeden kiiye göreadlandrma yaplmtr. Ör, ´Rous sarcoma virusµ (RSV).Veya virüsün kefinin yer ald yere göre adlandrma yaplmtr. Ör, Fiji hastal virüsü, Semliki Foresthastal virüsü veya Newcastle hastal virüsü gibi.



Smallpox virüsü nfluenza virüsü



Nükleik Asitler

Virüslerden elde edilen nükleik asit ya RNAveya DNA olabilir. Bu durumdan farkl bir istisnaRNA tümör virüsü (Lökovirüs) grubudur. Bu gruptaRNA ana bileen ve DNA iz bileendir. Nükleikasit çift-iplikli olabilir (DNA virüsleri için çok

görülen durum) veya tek-iplikli olabilir (RNAvirüsleri için çok görülen durum). Nükleik asithalkasal olabilir (poliyoma ve SV40 gibi DNAvirüsleri) veya izole edilen en genel formuoluturan lineer düzende olabilir. Nükleik asit tekbir parçadan (ekseri DNA virüsleri) veya birçokparçadan (influenza, reovirüs ve lökovirüs gibiRNA virüsleri) ibaret olabilir.



Günümüzde daha yaygn virüs snflandrmasnda,tüm virüsler tek bir filuma yerletirilmi ve bu

filum da DNA ve RNA virüslerinin her biri birsub-filum içinde yerini almtr. Geri kalan ordo,familyalar ve cinsler, zarfn varlna veya yokluuna ve nükleoprotein bileenin ekline

balanmaktadr.

Çok genel bir snflandrma da virüs ör, nükleikasit tipine göre; DNA (veya RNA), kapsid

simetrisine göre; kübik, kompleks, heliksel veyaekilsiz olabilir, virionun zarf içerip içermemesinegöre (zarfl veya zarfsz), kapsomerlerininsaysna göre; 32, 72, 252 kapsomerli gibisnflandrma prosedürü uygulanabilir.



01. Adenov iridae

01.0.1.M

astadenovirus01.0.1.0.001 Human adenovirus 2

25.

Filov

iridae25.0.1. Filovirus25.0.1.0.001 Marburg virus25.0.1.0.004 Ebola virus Zaire

59. Prions59.0.0.0.001 Scrapie agent



Familya Gruplar (Baltimore metoduna göre)

Grup I: dsDNA virüsleriGrup II: ssDNA virüsleriGrup III: dsRNA virüsleri

Grup IV: (+) RNA virüsleriGrup V: (-) RNA virüsleriGrup VI: RNA revers transkript virüsleriGrup VII: DNA revers transkript virüsleri

Subviral ajanlar: satallitler, viroidler vespongiform ensefalopati ajanlar



Tek zincirli RNA (ssRNA): (+) RNA



Virüslerin Antijenik Yaps

Bir virüs, scakkanl bir organizmay infekte ettiinde genel

olarak iki sonuç vardr; birincisi virüs bir hücreye girer, çoalr ve yenivirüs partikülleri oluturur. Bu virüsler ekseri kan dolam yoluna dahilolarak dier hücreleri de infekte eder. kincisi ise infekte olanorganizma bu saldrya kar antikorlar üreterek reaksiyon gösterirler,bu antikorlar virüse balanarak virüsü inaktive eder. Antikorlar virüspartiküllerinin yüzeylerinin bir ksmn oluturan antijenler ilebirleirler. Virüslerin kabuk proteinlerindeki belli amino asit dizileri

veya zarfl virüslerdeki karbonhidrat bileenleri antijeniközelliklerden sorumlu yaplardr. Kabuk proteinlerinin dizilerindeki çokaz deiiklikler bir virüsün farkl sub-tiplerinin ortaya çkmasnasebep olabilirler. Genellikle bir sub-tipe kar üretilen antikorlar diersub-tiplerle etkileime girmezler (nötralize etmezler). Bu durumserolojik nötralizasyon testinin temelini oluturur ve farkl sub-tiplerin birbirinden ayrlabilmelerine olanak verir. Bu serolojiksnflandrma pratik görü açsndan çok büyük önem tar, çünkü viralhastalklarn tehisinde kullanlan metodun temelini oluturur.Serolojik nötralizasyon metodu ayn zamanda herhangi bir özel virüsünsnflandrlmasnda en kesin ve salam metodu oluturur.

viroloji 2. siniflandirma

Documents