pro sidin g · 2017-06-04 · skrining aktivitas protease pada getah tanaman melinjo dan lidah...

10

Upload: vuongthien

Post on 18-Mar-2019

222 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: PRO SIDIN G · 2017-06-04 · SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA ... Kultur bakteri harus dilakukan untuk identi Þ kasi selanjutnya. ... layu,
Page 2: PRO SIDIN G · 2017-06-04 · SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA ... Kultur bakteri harus dilakukan untuk identi Þ kasi selanjutnya. ... layu,

SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014“Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia”

iv | Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014

PROSIDINGSEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014

“Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungandalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia”

Denpasar, 18 - 19 September 2014

EditorProf. Dr. drh. I Nyoman Suarsana, M.Si

Prof. Dr. Ir. I Gede Mahardika, MS. Prof. Dr. Ir. I Gede Rai Maya Temaja, MP.

Prof. Dr. drh. Ni Ketut Suwiti, M.Si.Prof. Dr. Ir. I Made Alit Karyawan Salain, DEA.

Ir. I Nengah Sujaya, M.Agr.Sc., Ph.D. Prof. Dr. I Wayan Budiasa Suyasa, M.Si. Prof. Dr. Ir. Bambang Admadi H., MP.

Prof. I Nyoman Suprapta Winaya, ST., MT., Ph.D.Prof. Dr. Drs. Ida Bagus Putra Yadnya, MA.

Dr. Ni Nyoman Kertiyasa, SE., M.S. Prof. Dr. I Wayan Kasa, M.Rur.Sc

Diterbitkan Oleh:Udayana University Press

Kampus Universitas Udayana Denpasar

2014, xxviii + 1032 halaman, 21 x 29,7 cm

Page 3: PRO SIDIN G · 2017-06-04 · SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA ... Kultur bakteri harus dilakukan untuk identi Þ kasi selanjutnya. ... layu,

SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014“Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia”

Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014 | xxv

13. SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA Ketut Ratnayani, A.A.I.A.Mayun Laksmiwati ...................................................................... 720

14. APLIKASI SEX REVERSAL MENGGUNAKAN MADU PADA LARVA IKAN GAPI (Poecilia reticulata) Endang Wulandari S, Aryani Rahmawati, Abdul Hakim ...................................................... 726

15. ADSORPSI-DESORPSI Cu(II) PADA ADSORBEN BATU PADAS LIMBAH KERAJINAN I Nengah Simpen dan Ni Putu Diantariani ............................................................................ 734

16. INDUKSI KALUS PALEM NYABAH (Pinanga arinasae J.R.Witono) SECARA IN-VITRO Ni Luh Arpiwi, Made Pharmawati ......................................................................................... 742

17. RAGAM ALEL INDUK DAN ANAKAN KELAPA SABUT MERAH (Cococs nucifera L.) DAN KEKERABATAANNYA BERDASARKAN PENANDA DNA MIKROSATELIT Eniek Kriswiyanti dan I Ketut Junitha .................................................................................. 747

18. RESIDU INSEKTISIDA PADA KACANG PANJANG (Vigna sinensis) YANG DIHASILKAN DI KECAMATAN BATURITI DAN PENEBEL, KABUPATEN TABANAN I G.A. Lani Triani, I.B.W. Gunam, dan L.P. Wrasiati .......................................................... 754

19. FITOEKSTRAKSI ZAT WARNA ’CONGO RED’ DAN METIL BIRU DALAM LIMBAH TEKSTIL DENGAN KIAMBANG (Salvinia natans) Kunti Sri Panca Dewi, Wahyu Dwijani, Iryanti Suprihatin ................................................... 760

20. STUDI AMPLIFIKASI GEN HRP (HYPERSENSITIVE REACTION AND PATHOGENICITY) DARI BEBERAPA TANAMAN HORTIKULTURA YANG TERSERANG PENYAKIT Retno Kawuri, Made Pharmawati .......................................................................................... 766

21. KAJIAN PROSEDUR DAN IMPLIKASI RENCANA PEMBANGUNAN REKLAMASI TELUK BENOA BALI I Putu GedeArdhana, Mutria Farhaeni .................................................................................. 773

22. SINERGI ANTARA SISTEM PERTANIAN HORTIKULTURA DENGAN AKTIVITAS PERTANIAN DI BEDUGUL BALI Ketut Budi Susrusa, Yohanes Setiyo, dan IGN Apriadi Aviantara ...................................... 781

23. VARIABILITAS MUSIMAN ARUSLINTAS SELAT LOMBOK BERDASARKAN DATA INSTANT 2004-2006 I Wayan Gede Astawa Karang ............................................................................................... 787

24. PERBANDINGAN KUALITAS DNA METAGENOMIK HASIL ISOLASI DARI TANAH HUTAN MANGROVE DENGAN DAN TANPA PENAMBAHAN SUSU SKIM DALAM BUFER LISIS I Nengah Wirajana, Ni Putu Frida Oktaningtias, Widiarthi Ketut Ratnayani, Sagung Chandra Yowani ........................................................................................................ 794

Page 4: PRO SIDIN G · 2017-06-04 · SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA ... Kultur bakteri harus dilakukan untuk identi Þ kasi selanjutnya. ... layu,

SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014“Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia”

766 | Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014

STUDI AMPLIFIKASI GEN HRP (HYPERSENSITIVE REACTION AND PATHOGENICITY) DARI BEBERAPA TANAMAN HORTIKULTURA

YANG TERSERANG PENYAKIT

Retno Kawuri, Made PharmawatiJurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,

Universitas Udayana, Kampus Bukit Jimbaran, 80361, Bali Telp/Fax : (0361) 703137 E-mail : [email protected]

Abstrak

Interaksi tanaman dengan patogen memerlukan gen hrp (hypersensitive reaction and pathogenicity). Gen hrp mengkode fungsi patogenik dasar pada bakteri yang berperan dalam munculnya penyakit. Penelitian ini bertujuan menguji primer RS80 dan RS81 dalam mengamplifi kasi gen hrp dari tanaman hortikultura yang terserang penyakit yang dikoleksi dari Negara,, Buleleng, Bedugul dan Kintamani. Ekstraksi DNA dilakukan langsung dari organ tumbuhan tanpa melalui pembuatan kultur bakteri. Ekstraksi dilakukan menggunakan metode CTAB. Amplifi kasi DNA dilakukan dengan primer RS80 dan RS81 yang dilaporkan spesifi k mengamplifi kasi gen hrp dan dapat digunakan untuk identifi kasi bakteri patogen termasuk Ralstonia sp. Ralstonia sp menyebabkan penyakit layu bakteri yang banyak menyerang tanaman hortikultura di Bali. Hasil menunjukkan bahwa pada buah cabai rawit (Kintamani) dan rimpang jahe badak (asingaraja), amplifi kasi tidak terjadi. Amplifi kasi terjadi pada batang pisang cavendish (Negara), rimpang jahe bali (Singaraja), batang pisang (Negara), buah strawbery (Bedugul) dan buah zukini (Bedugul). Amplifi kasi yang terjadi tidak spesifi k menghasilkan satu band, tetapi multi band. Hal ini menunjukkan bahwa primer RS80 dan RS81 tidak spesifi k mengamplifi kasi satu jenis patogen dengan teknik ekstraksi DNA langsung dari organ tanaman. Kultur bakteri harus dilakukan untuk identifi kasi selanjutnya.

Kata kunci:amplifi kasi, gene hrp, tanaman hortikultura

Abstract

Plant interactions with pathogens requiring hrp gene (hypersensitive reaction and pathogenicity). HRP gene encodes a basic pathogenic functions in bacteria that play a role in the emergence of disease. This study aims to test the RS80 and RS81 primer in amplifying hrp gene from diseased horticultural crops collected from Jembrana, Bedugul and Kintamani. DNA extraction is done directly from the plant organs without culturing the bacteria. Extraction was carried out using the CTAB method. DNA amplifi cation performed with primers RS80 and RS81 reported amplifying specifi c genes and hrp can be used for the identifi cation of pathogenic bacteria, including Ralstonia sp. Ralstonia sp causes bacterial wilt disease that many horticultural crops in the Bali attack. The results showed that the fruit of chili (Kintamani) and ginger rhizome (Singaraja), amplifi cation does not occur. Amplifi cation occurs in cavendish banana stem (Negara), ginger rhizome Bali (Singaraja), banana stem (Negara), strawberries (Bedugul) and zucchini fruit (Bedugul). Non-specifi c amplifi cation occurs produce the band, but the multi-band. This suggests that the primary RS80 and RS81 are not specifi cally amplify the pathogen by direct DNA extraction techniques of plant organs. Bacterial cultures should be performed to identify the next.

Keywords: amplifi cation, gene hrp, horticultural crops

1. PENDAHULUAN

Serangan penyakit pada tanaman mengakibatkan kerugian secara kuantitas maupun kualitas hasil panen. Pada tanaman hortikultura misalnya kentang, tomat, cabai, terung dan pisang, di penyakit yang banyak menyerang adalah penyakit layu bakteri yang disebabkan bakteri tanah Rasltonia solanacearum (Smith) Yabuuchi et al. (1995) (Tahat dan Sijam, 2010). Penyakit ini merupakan salah satu penyakit yang paling penting di daerah tropis, sub-tropis dan pada daerah dengan suhu yang panas (Poussier et al., 2000). Gejala yang ditunjukkan penyakit ini adalah daun tanaman menjadi kuning, layu, nekrosis dan jaringan pembuluh juga menjadi kuning (Swanson et al., 2005).

Page 5: PRO SIDIN G · 2017-06-04 · SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA ... Kultur bakteri harus dilakukan untuk identi Þ kasi selanjutnya. ... layu,

SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014“Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia”

Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014 | 767

R. solanacearum sangat heterogenous dan kompleks dan memiliki diversitas fenotip yang dibagi menjadi lima strain berdasarkan kisaran inang (He et al., 1983) dan enam biovar berdasarkan karakter biokimia (Hayward, 1990). Kompleksnya fenotip ini dan penyebaran yang luas di seluruh dunia menyebabkan pemisahan antar inang, biovar dan asal geografi s tidak jelas (Chandrashekara et al., 2012). Patogen ini memiliki distribusi global dan inang yang bervariasi. R. solanacearum dilaporkan menyebabkan layu pada lebih dari 450 spesies inang pada 54 famili tanaman (Chandrashekara et al., 2012). Hal ini dapat memfasilitasi evolusi dari pathogen ini sehingga dapat memunculkan strain baru (Chandrashekara et al. 2012).

Tindakan pengendalian terhadap R. solanacearum yang telah dilakukan adalah penggunaan bakterisida, rotasi tanaman dengan tanaman non-Solanaceae dan mencabut tanaman terserang (Khoirunnisya 2009). Tindakan pengendalian secara konvensional ini tersebut belum efektif (Lin et al., 2008). Hal ini disebabkan bervariasinya strain dan biovar R. solanacearum dan memiliki patogenitas yang berbeda terhadap tanaman inang yang berbeda (Lamessa et al., 2010) sehingga identifi kasi tipe R. solanacerum diperlukan untuk penanganan yang tepat.

Identifi kasi yang cepat dan tepat diperlukan untuk penangangan yang efektif dan efi sien. Identifi kasi keragaman genetik dapat dilakukan dengan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Salah satu gen dengan variasi sekuens yang tinggi untuk keperluan identifi kasi keragaman pada R. solanacearum adalah gen hrp. Gen hrp (hypersensitive reaction and pathogenicity) merupakan gen yang diperlukan oleh bakteri patogen untuk menimbulkan gejala penyakit pada inang yang rentan (Wilis et al., 1991).

Penelitian ini bertujuan menguji primer RS80 dan RS81 dalam mengamplifi kasi gen hrp dari tanaman hortikultura yang terserang penyakit layu bakteri yang dikoleksi dari Jembrana, Bedugul dan Kintamani.

2. BAHAN DAN METODA

Pengambilan SampelPengambilan sampel dilakukan di daerah Negara Kabupaten Jembrana ( sampel tanaman pisang),

daerah Bedugul Kabupaten Tabanan (sampel tanaman kentang, zucchini dan strawberry), daerah Kintamani Kabupaten Bangli ( sampel tanaman cabai rawit) dan daerah Buleleng Kabupaten Singaraja (sampel tanaman jahe bali dan jahe badak).

Sampel yang diambil adalah bagian tanaman yang dicurigai terinfeksi R. solanacearum, dengan gejala layu pada daun dan batang, tanaman berwarna kuning, nekrosis dan mati atau cairan batang yang ditampung dalam tabung Eppendorf.

Ekstraksi DNAEkstraksi DNA akan dilaksanakan di Lab. Genetika, Jurusan Biologi, Universitas Udayana

berdasarkan metode Francis et al. (2006) dan Li et al (2008) dengan modifi kasi. Metode ini menggunakan material tanaman yang terinfeksi tanpa melakukan pengkulturan bakteri. Sebanyak 0.1 g daun, batang atau akar yang terinfeksi digerus dengan mortar dan pestle. Sampel juga dapat berupa cairan dari batang yang terinfeksi. Selanjutnya ditambah 1 ml buffer CTAB dan dimasukkan ke dalam tabung eppendorf, lalu diinkubasi pada suhu 60C selama 30 menit dan disentrifugasi selama 5 menit pada 14.000 rpm, dan supernatant dipindahkan ke tabung eppendorf baru dan ditambah chloroform : isoamilalkohol. Selanjutnya disentrifugasi selama 5 menit pada 14.000 rpm. Supernatant dipindah ke tabung baru dan ditambahkan 2/3 volume isoproppanol dingin. Sampel lalu diinkubasi pada suhu -20C selama 1 jam dan disentrifuse selama 3 menit pada 14.000 rpm. Pellet dicuci dengan 70% etanol, lalu disentrifuse kembali selama 3 menit pada 14.000 rpm. Pelet kemudian dikeringanginkan dan sebanyak 100μl air steril ditambahkan untuk melarutkan pellet DNA. Selanjutnya ditambahkan RNase sebanyak 3ul (konsentrasi RNAse 1mg/ml) dan diinkubasi pada suhu 37C selama 30 menit.

DNA divisualisasi dengan melakukan elektrofresis pada gel agarosa 0.8% dalam buffer TAE, selama 30 menit. Gel diwarnai dengan etidium bromide dan diamati dengan uv transiluminator. Penentuan

Page 6: PRO SIDIN G · 2017-06-04 · SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA ... Kultur bakteri harus dilakukan untuk identi Þ kasi selanjutnya. ... layu,

SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014“Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia”

768 | Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014

konsentrasi DNA dilakukan dengan cara membandingkan dengan lambda DNA yang telah diketahui konsentrasinya.

PCR Gen rphGen rph pada R. solanacearum diamplifi kasi dengan menggunakan tiga pasang primer.

Pasangan primer tersebut adalah RS20 (5′-GCTCGTGGTCCTGCTCGTGT-3′) dan RS201 (5′-CTCACCGCCACTGCCCATTA-3′), RS600 (5′-TTTCTCCATCCTGCCCGCCA-3′) dan RS61 (5′-CCAGGGCGAAGTAGATGTTT-3′), serta RS80 (5′-TTGAAAGAGCAGGTGAAGCA) dan RS81 (5′-CGATGATGTTGGACGGATTG-3)′ (Fouché-Weich et al., 2006). Konsentrasi DNA yang digunakan dalam reaksi PCR adalah 25 ng. Total volume reaksi adalah 20 μl, yang terdiri dari 1 U taq polymerase (BD Bioscience), 1 x buffer polymerase (BD bioscience), 1.5 mM MgCl2, 200μM dNTP dan 0.5 μM primer dan H2O sampai mencapai volume 20 μl. PCR dilakukan dengan siklus sebagai berikut: denaturasi awal selama 5 menit pada suhu 95C, diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari denaturasi selama 1 menit pada 95C, annealing pada suhu 60°C selama 1 menit, dan 2 menit pemanjangan pada suhu 72°C, diakhiri dengan 1 siklus pemanjangan akhir selama 10 menit pada 72C.

Produk PCR dielektroforesis dengan 1% gel agarose pada buffer TAE selama 45 menit pada 100V. Visualisasi dengan uv transiluminator dilakukan setelah pewarnaan

SekuensingProduk PCR dipotong dan diekstrak dari gel agarose dengan menggunakan Qiagen gel extraction

kit mengikuti prosedur dari perusahaan (Qiagen). Direct sequencing akan dilakukan dengan mengirimkan produk PCR yang telah dimurnikan dan primer yang digunakan ke fasilitas sekuensing di Malaysia (1stBase).

3. HASIL DAN PEMBAHASAN

Pengambilan Sampel Patogen Sampel daun, akar, umbi, batang diambil dari tanaman hortikultura yang diduga terserang penyakit

layu bakteri. Sampel diambil dari Kabupaten Jembrana, perkebunan sayur di Bedugul, Kabupaten Tabanan dan perkebunan sayur di Kintamani, Kabupaten Bangli serta perkebunan jahe di Singaraja Kabupaten Buleleng. Beberapa contoh sampel yang diperoleh ditampilkan pada Gambar 1

Gambar 1. Sampel beberapa bagian tanaman terinfeksi patogen layu bakteri dengan gejala busuk berwarna coklat ; A. Batang tanaman pisang Cavendish; B. Jahe Bali; C. Kentang; D. Zuchini; E. Jahe badak; F. Batang tanaman pisang Saba

D

A B

C

E F

Page 7: PRO SIDIN G · 2017-06-04 · SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA ... Kultur bakteri harus dilakukan untuk identi Þ kasi selanjutnya. ... layu,

SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014“Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia”

Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014 | 769

Hasil pengujian Awal Keberadaan PatogenPengujian awal dilakukan dengan memotong sebagian sampel dan mencelupkan ke aquadest.

Sampel yang diduga terserang Ralstonia sp menunjukkan aliran cairan yang mengandung sel bakteri ke dalam aquadest (Gambar 2.)

Gambar 2.Aliran Cairan yang Mengandung Bakteri Saat Sampel Dicelupkan ke dalam Aquadest

Ekstraksi DNAEkstraksi DNA dengan metode CTAB menghasilkan DNA dengan ukuran besar (utuh) walau

terdapat sedikit smear DNA. Contoh hasil ekstraksi DNA disajikan pada Gambar 3

Gambar 3 Foto Gel Elektrophoresis DNA Dari Tanaman yang Diduga Terserang Layu Bakteri. 1 dan 2 ; batang pisang (Negara), 3;jahe badak (Singaraja), 4;jahe bali (Singaraja), 5 dan 6 , pisang (Negara), 7; strawbery (Bedugul), 9;Zuchini (Bedugul), 10, 11

dan 12; cabai (Kintamani)

PCRProses PCR dilakukan dengan menggunakan primer spesifi k Ralstonia sp yaitu primer RS80 dan

RS81. Hasil PCR dapat dilihat pada Gambar. 4. dan Gambar 5.

Gambar.4. Gel Elektrophoresis Hasil PCR Dengan Primer RS80 dan RS81. Nomor di atas gambar menunjukkan jenis tanaman dan asal sampel. 1=buah cabai rawit (Kintamani), 2=batang pisang cavendish (Negra), 3=rimpang jahe badak (Singaraja),

4=rimpang jahe bali (Singaraja), 5 dan 6= batang pisang (Negara), 7=buah strawbery (Bedugul) dan 8= buah zukini (Bedugul)

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 100ng 50ng

1 2 3 4 1kb 5 6 7 8 1kb

Page 8: PRO SIDIN G · 2017-06-04 · SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA ... Kultur bakteri harus dilakukan untuk identi Þ kasi selanjutnya. ... layu,

SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014“Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia”

770 | Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014

Berdasarkan gambar di atas, terdapat beberapa band hasil amplifi kasi pada tiap sampel. Dugaan yang dibuat adalah terdapat beberapa varian Ralstonia sp pada masing-masing sample atau primer RS80 dan RS81 yang dilaporkan spesifi k. Pada sampel 1 dan 3 tidak terjadi amplifi kasi DNA sehingga diduga pada sampel 1 dan 3 tidak terdapat bakteri. Sampel 2 dan 4 menghasilkan produk PCR dengan ukuran yang rendah (100 bp – 180bp). Rendahnya ukuran hasil amplifi kasi menyebabkan sampel ini tidak dinajutkan dalam proses selanjutnya. Tanda panah pada Gambar.5. berikut ini menunjukkan band DNA yang dipotong dari gel agarose, diamplifi kasi kembali.

Gambar.5. Gel Elektroforesis Hasil PCR dengan Primer RS80 dan RS81 Tanda panah menunjukkan roduk yang diamplifi kasi ulang.

Amplifi kasi produk PCR dengan primer yang sama tidak berhasil pada semua band DNA (Gambar.6).

Gambar. 6. Hasil Amplifi kasi Ulang Produk PCR Yang Dipotong Dari Gel dengan Primer RS80 dan RS81

SequencingKeempat pita DNA pada Gambar .dikirim ke fasilitas sequencing 1stBase di Singapura. Hasil

sequencing ditampilkan pada Lampiran. Hasil analisis dengan BLAST pada situs web NCBI tidak menghasilkan spesies Ralstonia sp pada keempat sequence yang diperoleh. Hasil pencarian BLAST ditampilkan pada Tabel.1

5-1

8-2

6-2

7-3

1kb 8-1 7-3 6-2 5-1

Page 9: PRO SIDIN G · 2017-06-04 · SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA ... Kultur bakteri harus dilakukan untuk identi Þ kasi selanjutnya. ... layu,

SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014“Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia”

Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014 | 771

Tabel 1.Hasil Pencarian BLAST, Accession Number, Organisme,

NamaUkuran

Berdasarka Gel Agarosa

Ukuran Sequence yang

bisa dibacaOrganisme Identitas

Sequence E-value

5-1 1250bp 672bp - - -

6-2 490bp 509bp

Uncultured Staphylococcus sp. gene for 16S ribosomal RNA, partial sequence, clone: DhA4-193

95% 8e-65

7-3 450bp 437bpArthrospira sp. str. PCC 8005

85% 2e-148

8-1 720bp 529bp - - -

Ralstonia sp belum ditemukan pada empat sequence DNA. Band DNA no 6-2 yang berasal dari batang pisang (Jembrana) teridentifi kasi sebagai Staphylococcus. Staphylococcus dilaporkan sebagai salah satu genus yang merupakan endofi t pada tanaman hortikultura (Surette et al., 2003, Vendan et al., 2010). Menurut Prithiviraj et al (2005) Staphylococcus aureus juga merupakan patogen pada tanaman. Arthrospira atau Spirulina khususnya Spirulina platensis adalah bakteri yang dapat mensintesis Crystallized silver nanoparticles yang dapat menghambat pertumbuhan tanaman (Mahdieh et al., 2012)

4. KESIMPULAN

Primer RS80 dan RS81 tidak spesifi k mengamplifi kasi satu jenis patogen dengan teknik ekstraksi DNA langsung dari organ tanaman. Kultur bakteri harus dilakukan untuk identifi kasi selanjutnya.

UCAPAN TERIMAKASIH

Terima kasih yang sebesar-besarnya penulis ucapkan kepada Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat Universitas Udayana yang memfasilitasi hingga mendapatkan dana Penelitian Fundamental dari Kementrian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dengan Surat Tugas No: 103.17/ UN14.2/PNL.01.03.00/2014

DAFTAR PUSTAKA

Fouché-Weich, J., Poussier, S., Trigalet-Demery, D., ·Berger, D., Coutinho, T. 2006. Molecular identifi cation of some African strains of Ralstonia solanacearum from eucalypt and potato. Journal of Genetic and Plant Pathology 72:369–373

Francis, M., Lin, H., Rosa, J.C.-L., Doddapaneni, H., Civerolo, E.L., 2006. Genome-based PCR primers for specifi c and sensitive detection and quantifi cation of Xylella fastidiosa . Europian Journal of Plant Pathology 115, 203–213

Hayward, A. C., El-Nashaar, H. M., Nydegger, U., and De Lindo, L. 1990. Variation in nitrate metabolism in biovars of Pseudomonas solanacearum. Journal of Appied. Bacteriologi 69:269-280.

He, L. Y., Sequeira, L., and Kelman, A. (1983) Characteristics of strains of Pseudomonas solanacearum. Plant Disease 67:1357-1361

Khoirunnisya. (1999) Potensi bakterisida senyawa metabolit Penicillium spp. Terhadap Rasltonia solanacearum penyebab penyakit layu bakteri pada cabai. Departemen Proteksi Tanaman. Fakultas Pertanian. Institut Pertanian Bogor.

Page 10: PRO SIDIN G · 2017-06-04 · SKRINING AKTIVITAS PROTEASE PADA GETAH TANAMAN MELINJO DAN LIDAH BUAYA ... Kultur bakteri harus dilakukan untuk identi Þ kasi selanjutnya. ... layu,

SEMINAR NASIONAL SAINS DAN TEKNOLOGI 2014“Peranan Sains dan Teknologi yang Berwawasan Lingkungan dalam Meningkatkan Kesejahteraan Umat Manusia”

772 | Denpasar - Bali, 18 - 19 September 2014

Lemessa, F., Zelle, W., Negeri, D. (2010) Genetic diversity among strains of Ralstonia solanacearum from Ethiopia assessed by repetitive sequence-based polymerase chain reaction (rep-PCR). EJAST 1: 17-26

Li, R., Mocka, R., Huang, Q., Abadc, J., Hartungd, J., Kinarda, G (2008) A reliable and inexpensive method of nucleic acid extraction for the PCR-based detection of diverse plant pathogens .Journal of Virological Methods 154: 48–55

Mukaihara, T., Tamura, N. (2009) Identifi cation of novel Ralstonia solanacearum type III effector proteins through translocation analysis of hrpB-regulated gene products. Microbiology 155: 2235–2244

Poussier, S., Trigalet-Demery, D., Vandewalle,P., Goffi net, B., Luisetti, J., Trigalet, A. (2000) Genetic diversity of Ralstonia solanacearum as assessed by PCR-RFLP of the hrp gene region, AFLP and 16S rRNA sequence analysis, and identifi cation of an African subdivision. Microbiology146: 1679–1692

Prithiviraj B1, Bais HP, Jha AK, Vivanco J.M. (2005) Staphylococcus aureus pathogenicity on Arabidopsis thaliana is mediated either by a direct effect of salicylic acid on the pathogen or by SA-dependent, NPR1-independent host responses. Plant J.42(3):417-32

Swanson, J. K., Yao, J., Tans=Kersten, J., Allen C. (2005) Behavior of Ralstonia solanacearum race 3 biovar 2 during latent and act ive infection of geranium. Phytopathology 95: 136-143

Tahat, M.M., Sijam, K. (2010) Raslatonia solanacearum: the bacterial wilt causal agent. Asian Journal of Plant Sciences 9:385-393

Vendan RT1, Yu YJ, Lee SH, Rhee YH.(2010). Diversity of endophytic bacteria in ginseng and their potential for plant growth promotion. J Microbiol. 48(5):559-65

Wilis, D.K., Rich, J.J., Hrabak, E.M. (1991) .hrp genes of Phytopathogenic bacteria. Molecular Plant-Microbe Interactions 4 :132-138

Yabuuchi E., Kosako Y., Yano I., Hotta H., Nishiuchi Y (1995) Transfer of two Burkholderia and an Alcaligenes species to Ralstonia gen. nov.: proposal of Ralstonia pickettii (Ralston, Palleroni and Douderoff 1973) comb.nov., Ralstonia solanacearum (Smith 1896) comb. nov. & Ralstonia eutropha (Davis 1969) comb. nov. Microbiology and Immunology39:897 – 904.