KLASIFIKASI MAKLHUK HIDUP

PROKARIOT

Tidak punya inti sejati,tidak ada organel Bereproduksi dengan pembelahan sel Mengandung peptidoglikan Bakteri

SIFAT PROKARIOT

Tidak mempunyai organel,membrane nucleus,dan tidak mempunyai histon.mengandung fosfolipid complex,sphingolipid,dan sterol.

Ribosom 70S Memiliki dinding sell yang terdiri atas peptidoglikan Haploid dengan kromosom tunggal Tidak memproses mRNA,masa hidup pendek Mengalami transkripisi dan translasi

KLASIFIKASI

Klasifikasi berdasarkan Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology,bakteri diklasifikasikan dalam tanaman primitive yang mempunyai dindidng sel seperti tanaman,beberapa jenis bersifat autotrof(berklorofil).

Dimasukkan kedalam golongan prokariota à inti primitif dengan DNA terbuka

Bakteri terdiri atas Eubakteria ( bakteri sejati ) dan Archaebakteri ( bakteri purba ).keduanya merupakan golongan prokariot.bakteri yang bersifat pathogen terhadap manusia termasuk dalam Eubakteria

EUKARIOT

Sel – sel yang mempunyai inti sejati yang mengandung kromosom Terdiri dari organel – organel Sel –sel hewan,fungi,protozoa

SIFAT EUKARIOT

contain organelles and a nucleus bounded by a nuclear membrane lack a cell wall (plant cells and fungi have a cell wall have 80S ribosomes and uncoupled transcription and translation Relative mempunyai mRNA panjang yang terbentuk dari proses dalam mRN yang mengandung

exon dan intron Mempunyai kromosom diploid dan nukleosom Mengandung fosfolipid,sphingolipid,histon,dan sterol Bersifat aerotoleran atau anaerobic,sebagai gantinya memiliki organel pernfasan yng disebut

hidrogenosom Kelompok mikroorganisme eukariot antara lain alga,protozoa,fungi dan slime mold.

STRUKTUR EUKARIOT

Nukleus

Membrane nucleus bersifat permeabilitas Kromosom sel eukariot mengandung makromolekul DNA linier yang tersusun sebagai sutu heliks Makromolekul DNA eukariot berhubungan dengn protein dasar yang disebut histon

Reticulum endoplasma

RE kasar berperan dalam sintesis glikoprotein dan juga mempunyai produksi bahan membran baru yang diangkut ke seluruh bagian sel

RE Halus untuk sintesis lipid dan beberapa bagian metabolism karbohidrat

Apparatus golgi

Untuk memodifikasi secara kimiawi dan memilah-milah produk RE yang akan disekresikan kebgian sel yang membutuhkan

Plastid

Terdiri dari mitokondria dn kloroplas.mitokondria memiliki DNA yang mengkode sebagian komponen protein dan mentransfer RNA.

Sitoskeleton

Mikrotubulus aktin,berperan dalam fungsi membrane sitoplasmik dan bentuk sel,pembentukan spindle mitotic dan komponen flagella.mikrofilamen,berpern dalam mekanisme motilitad muboid.filamen intermediet,menyusun struktur sitoplasma dan mempertahankan sel terhadap tekanan dari luar.

Lapisan permukaan

Sitiplasma dilapisi oleh membaran plasma yang tersusun atas protein dan fosfolipid

Organel motilitas

Mempunyai flagella atau silia yang bergerak dengan gerakan seperti gelombang untuk menggerakan sel ketika berada dalam air

KLASIFIKASI

Berdasarkan tingkat genetic

Komposisi basa DNA Homologi sekuens DNA dan rRNA Pola-pola metabolism stabil yang dikontrol oleh gen Polimer-polimer pada sel

Berdasarkan tingkat sel

prokariot dalam 4 divisio utama :

Gracilicutes : bakteri Gram negatif Firmicutes : bakteri Gram positif Tenericutes : bakteri tanpa dinding sel Archaebacteria

Berdasarkan morfologi

coccus

Bergerombol à Staphylococcus

Berantai à Streptococcus

Berpasangan à Diplococcus

Bertumpuk empat-empat à Tetrada

Berkelompok delapan-delapan à Sarcina

Basil

Sel bakteri berbentuk silindris atau seperti batang dengan panjang bervariasi dari 2-10 kali diameter kuman tersebut dinamakan basilus.

Cocobacillus, batang yang sangat pendek menyerupai kokus

Fusiformis, dengan kedua ujung batang meruncing

Streptobacillus, sel-sel bergandengan membentuk suatu filamen

Spiral

Bakteri berbentuk spiral, atau spirilum, terutama dijumpai sebagai individu-individu sel yang tidak saling melekat. Spiril adalah bakteri yang berbentuk lengkung dan mempunyai variasi sebagai berikut:

Vibrio, berbentuk batang bengkok

Spirilum, berbentuk spiral kasar dan kaku, tidak fleksibel

Spirochaeta, berbentuk spiral halus, elastik, dan fleksibel.

Contoh :

Borrelia, berbentuk gelombang

Treponema, berbentuk spiral halus dan teratur

Leptospira, berbentuk spiral dengan kaitan pada satu atau kedua ujungnya.

Vibrio sp, berbentuk batang bengkok

Protoplas/ sferoplas atau bentuk L;

adalah bakteri yang kehilangan bentuk aslinya karena sintesis dinding sel yang terganggu secara spontan maupun akibat pengaruh obat

TAKSONOMI

Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang klasifikasi atau penataan sistematik organisme ke dalam kelompok atau kategori yang disebut taksa (tunggal: takson). Dalam taksonomi, unit-unit organisme ditata secara teratur ke dalam satuan kelompok yang lebih besar.

TAKSONOMI NUMERIK

Taksonomi numeris membutuhkan informasi mengenai ciri-ciri yang tidak berkaitan. Setiap ciri diberi bobot yang sama dalam membentuk taksa. Kesamaan menyeluruh didasarkan pada proporsi ciri-ciri yang dimiliki bersama

Kategori taksonomi (taksa) adalah sebagai berikut :

Spesies : Sekelompok organisme yang memiliki kekerabatan dekat sehingga ciri-ciri individu-individu di dalamnya secara garis besar serupa

Genus : Sekelompok spesies yang serupa

Famili : Sekelompok genus yang serupa

Ordo : Sekelompok famili yang serupa

Kelas : Sekelompok ordo yang serupa

Filum atau divisi : Sekelompok kelas yang berkerabat

Kingdom : Seluruh organisme di dalam hierarki

Ex :staphylococcus aureus

Kingdom : Procaryotae

Divisio : Bacteria

Kelas : Eubacteria

Ordo : Eubacteriales

Famili : Micrococcaceae

Genus : Staphylococcus

Spesies : aureus

NOMENKLATUR

Nomenklatur merupakan metode penamaan yang diperlukan dalam klasifikasi. Nomenklatur digunakan untuk memberi nama suatu kelompok organisme tertentu

Pemberian nama menggunakan sistim binomial/binomial name à Linnaeus [1753]

Pemberian nama kelas, bangsa, dan family

Nama Kelas biasanya berakhiran – acea

Nama Ordo biasanya berakhiran – ales

Nama Familia biasa berakhiran – aceae

Pemberian nama genus & spesies

Nama genus dimulai dengan huruf besar dan spesies dengan huruf kecil

Nama genus sedapatnya menerangkan genus tersebut

Mis : Stapylococcus auerus

Berdasarkan :

Nama penemu à Clostridium welchii [Welch]

Bentuk à Bacillus subtilis [basil]

Penyakit à Brucella abortus

Penamaan spesies bakteri ditentukan oleh:

o Sifat struktural à bentuk, besar, cara pergerakan, reaksi terhadap pewarnaan Gram, serta sifat koloni

o Sifat biokimia dan kebutuhan akan nutrisi, produk-produk akhir metabolisme, susunan biokimiawi komponen sel dan metabolitnya

o Sifat fisiologisnya terhadap oksigen, temperatur, pH dan respon terhadap antibiotik

o Sifat ekologis

o Komposisi basa DNA, homologi dan sifat-sifat genetik

MORFOLOGI DAN STRUKTUR BAKTERI

Bakteri merupakan prokariot yang memiliki ukuran milimikron [1/1000 mm

Bentuk-bentuk bakteri;

1. bergerombol– Staphylococcus

2. berantai – Streptococcus

3. Tersendiri – Mikrokokus

4. berpasangan –Diplococcus

5. Diplococcus yang berbentuk lanset – pneumokokus

6. Diplococcus yang berbentuk biji kopi - gonokokus

7. berkelompok empat-empat – tetrada

8. berkelompok delapan-delapan – Sarcina

STRUKTUR BAKTERI DAN FUNGSINYA

INTI / NUKLEOID

Prokariota Benang DNA /Fibril DNA, berat molekul 2-3X109 , Kromosom tunggal,

air 80 %

Pewarnaan : Fuelgen

MEMBRAN SITOPLASMA = membran sel

Komposisi : fosfolipid + protein

Tidak mengandung sterol kecuali pada mycoplasma

Ditempat tertentu terdapat cekungan kedalam: : Convulated Invagination yang disebut dengan mesosom.

Ada 2 jenis mesosom

Septal mesosom yang berfungsi untuk pembelahan sel, tempat melekatnya DNA

Lateral mesosom

FUNGSI MEMBRAN SITOPLASMA

1. Tempat transport bahan makanan secara selektif

2. Pada bakteri aerob, sebagai tempat transport elektron dan oksidasi-fosforilasi

3. Tempat ekskresi bagi eksoenzim yang hidrolitik

4. Mengandung enzim dan molekul yang berfungsi pd biosintesis DNA, polimerisasi dinding sel dan lipid membran [fungsi biosintetik]

5. Mengandung reseptor dan protein u/ sist. Kemotaktik.

DINDING SEL

Tekanan osmotik ± 5 – 10 atm

Sangat kuat

Terdiri dari lapisan PEPTIDOGLIKAN

Fungsi :

Peran penting dalam proses pembelahan sel

Melaksanakan sendiri biosintesis untuk membentuk dinding sel

Beberapa lapisan tertentu pada dinding sel merupakan determinan dari antigen permukaan kuman

Pada bakteri Gram -/N salah satu lapisan mempunyai aktivitas endotoksin yang tidak spesifik yaitu lipopolisakarida [LPS] ® pada beberapa binatang bersifat toksik

Dinding sel Gram +/P, tebal 20 – 80 nm, 60 – 100%, terdiri dari peptidoglikan

Dinding sel Gram -/N, tipis, 10-20% peptidoglikan, selebihnya protein, fosfolipid dan lipopolisakarida [=asam lemak]

Pewarnaan : SEDERHANA dan DIFFERENSIASI [GRAM,BTA]

PEWARNAAN :

a. SEDERHANA [HANYA UNTUK MENGETAHUI MORFOLOGI KUMAN]

Prinsip : Dinding sel kuman mampu mengikat zat warna yang diberikan

Pewarnaan hanya menggunakan satu macam zat warna

Zat warna : Gentiant violet ® ungu

Fuksin / safranin ® merah

Methylen blue ® biru

b. DIFERENSIAL [ MENGETAHUI SIFAT KUMAN BERDASARKAN RESPON TERHADAP ZAT WARNA]

Pewarnaan menggunakan lebih dari satu macam zat warna

1. GRAM [ Christian Gram, 1884]

Prinsip : Kuman Gram positip akan mengikat zat warna primer [gentian violet] yang tidak akan dilepas pada saat pencucian alkohol, sehingga kuman akan berwarna UNGU, sedangkan kuman Gram negatif akan melepaskan zat warna gentian violet pada saat pencucian alkohol, dan akan mengikat zat warna sekunder [fuksin] sehingga kuman akan berwarna MERAH

PEWARNAAN

Bertujuan mempelajari morfologi, struktur dan sifat-sifat kuman ® identifikasi kuman

Faktor-faktor yang mempengaruhi hasil pewarnaan :

Gelas alas bersih dan bebas lemak

Umur biakan 18 – 24 jam [Mycobacterium tuberculosa , 1 bulan]

Kualitas zat warna

Tebal tipisnya sediaan, suspensi kuman disebar setipis mungkin sehingga membentuk lingkaran, dengan ditambahkan garam faal

Fiksasi, bertujuan untuk mematikan mikroba dan memudahkan pengikatan zat warna. Fiksasi dilakukan dengan melewatkan di atas api minimal 3 kali

Dasar perbedaan :

TEORI SALTON : Kadar lipid yang tinggi (20%) di dalam dinding sel kuman Gram negatif [lipid larut pada saat pencucian alkohol] ® pori-pori membesar ® zat warna larut ® kuman tidak berwarna

Kuman Gram positif, denaturasi protein saat pencucian alkohol ® protein keras, pori-pori mengeras ® terbentuk kompleks ungu kristal-yodium

TEORI PERMEABILITAS DINDING SEL : Berdasarkan tebal tipisnya lapisan peptidoglikan. Kuman Gram positip : dinding peptidfofglikan tebal ® permeabilitas kurang ® komplek ungu kristal yodium tidak dapat keluar

Kuman Gram Negatif: dinding peptidoglikan tipis ® permeabilitias sel lebih besar ® memungkinkan untuk terlepasnya komplek ungu kristal yod

Ada 2 metoda : ZIEHL – NEELSEN dan KINYOUN-GABBET / TAN THIAM HOK

Prinsip : Kuman tahan asam tidak akan melepas zat warna primer [karbol fuksin] dalam pencucian alkohol asam sehingga akan berwarna MERAH, sedangkan kuman tidak tahan akan melepaskan zat warna karbol fuksin dan akan mengikat zat warna sekunder [methylen blue] sehingga akan berwarna BIRU.

Sifat tahan asam ini disebabkan karena terdapatnya asam mikolat [lipid] yang yang terikat dalam dinding sel. Bakteri tahan asam sebagain besar dinding selnya terdiri dari : Peptidoglikan, arabinogalaktan dan lipid.

HASIL PEWARNAAN GRAM

KAPSUL

Merupakan polimer ekstrasel [umumnya polisakarida] yang berkondensasi dan membentuk lapisan disekeliling sel

Koloni berlendir [media padat]

Tahan terhadap efek fagositosis [pertahanan diri]

Dapat melekat erat pada hospes [mis; Streptococcus mutans pada permukaan gigi, membentuk plaque, mengeluarkan asam ® karies gigi

Bersifat dapat dilalui zat warna tetapi sangat buruk dalam mengikat zat warna

FLAGEL

Flagel merupakan komponen tambahan dari sel yang menyerupai benang, terdiri dari protein FLAGELIN

Dikenal 4 jenis flagel :

Monotrikh ® Flagel tunggal pada salah satu ujung, misal : Vibrio Sp

Lofotrikh ® Terdapat 1 atau lebih flagel disalah satu ujung, misal: Alcaligenes Spp

Amfitrikh ® Terdapat 1 atau lebih flagel di kedua ujung, misal: Alcaligenes Spp

Peritrikh ® Flagel tersebar diseluruh badan kuman ® Proteus vulgaris

Pewarnaan GRAY

Digunakan pemantek/mordant (asam tanat) untuk meningkatkan afinitas flagel terhadap zat warna dan memperbesar diameter flagel. Zat warna yang digunakan : Karbol fuhksin ® Flagel dan badan kuman berwarna merah

Pewarnaan NOVEL, ZETTNOW, dan FONTANA-TRIBONDEAU ® menggunakan impregnasi Ag

PILI/FIMBRIE

Tonjolan pada permukaan sel yang kaku dimiliki oleh bakteri gram negatip,terdiri dari subsatuan protein

Sekelompok kokus gram + / p ( streptococcus ) memiliki lapisan fimbrie yang merupakan antigen permukaan

Ada 2 jenis pili;• Pili biasa,fungsi perlekatan / adhesi dengan sel tuan rumah.memberikan sifat

pathogen karena antigen kolonisasi ( colonization antigen )• Pili seks,funsi bertanggung jawab atas perlekatan sel-sel donor pada

konjugasi.terbungkus oleh partikel faga,funsi sebagai resepotor.

SPORA

Bakteri Gram +/P, genus aerob: Bacillus, genus an aerob: Clostridium, Genus lain : Sporosarcina, Rickettsia penyebab Q-Fever [Coxiella burnetti]

Spora merupakan bentuk dormansi dari sel. Merupakan respon terhadap lingkungan yang buruk

Merupakan sel dormansi

Sifat – sifat endospora

Dinding spora : mengandung peptidoglikan

Inti/core : mengandung kromosom lengkapKorteks : lapisan tebal, peptidoglikan yang istimewa, peka terhadap lisozim, otolisis ® berperan dalam perkecambahan spora

Pembungkus /Coat ; terdiri dari protein seperti keratin, tidak dapat ditembus ® daya resistensi terhadap zat kimiawi

Eksosporium : selaput lipoprotein yang mengandung hidrat arang

Letak spora ;

ujung badan bakteri ® Terminal, Clostridium tetani

Tengah badan bakteri ® Sentral, Clostridium anthraxis

Diantara ujung dan tengan badan bakteri ® Subterminal, Bacillus subtilis

Pewarnaan KLEIN: didapat spora kuman berwarna merah dan badan kuman berwarna biru

(agar spora terbentuk dilakukan pemanasan, agar pori-pori membesar sehingga zat warna dapat menembus)

Tahapan sporulasi, secara morfologik;

Pengasingan inti ® selaput sel tumbuh ke dalam ® pembentukan lapisan khusus [dinding spora dan korteks antara selaput berhadapan, pembungkus dan eksosporium, diluar selaput] ® Lisis sel vegetatif.

Tahapan berkecambahan / germinasi :

Penggiatan /aktifasi [=merusak pembungkus spora] ® Pembayatan /inisiasi [=merusak peptidoglikan korteks] ® menyerap air ® Dipikolinat kalsium dilepas ® enzim hidrolitik akan merusak beberapo bagian spora ® pertumbuhan keluar /Ourgrowth [=perombakan korteks® keluarnya sel vegetatip baru] ® Biosintesis aktif ® Pembelahan sel.

PERTUMBUHAN BAKTERI

Substansi yang diperlukan

Air Garam-garam organic Mineral ( belerang,fosfat,activator enzim,sumber nitrogen,co2,

Jenis kuman,yaitu;

Kuman autotrof( litotrof ) ; kuman yang hanya memerlukan air.garam organic,dan CO2 sebagian sumber C bagi pertumbuhannya.

Kuman heterotrof ( organotrof ) ; memerlukan C dlam bentuk senyawa organic,karbohidrat,untuk pertumbuhannya.

faktor pertumbuhan

berdasarkan keperluan akan oksigen,kuman dibagi dalam 5 golongan;

1. Kuman anaerob obligat,hidup tanpa o2

2. Kuman anaerob aerotoleran,tidak mati dengan adanya o2

3. Kuman anaerob fakultatif,mampu tumbuh baik dlam suasan dengan atau tanpa o2

4. Kuman aerob obligat,tumbuh subur bila ada oksigen dalam jumlah besar5. Kuman mikroaerofilik,hanya tumbuh baik dalam tekanan o2 yang rendah

Potensial oksidasi-reduksi(Eh)

Eh suatu perbenihan yang merupakan faktor yang menentukan apakah suatu kuman yang dibiakan dapat tumbuh atau tidak

Temperatur ( suhu )Kuman-kuman yang patogen bagi manusia biasanya tumbuh dengan baik pada suhu 37oC

- Psikhrofilik : -5 sampai + 300 C dengan optimum 10-200C- Mesofilik : 10-45 0 C dengan optimum 20-400 C- Termofilik : 25-80 0 C dengan optimum 50-600C-

pH

pH perbenihan mempengaruhi pertumbuhan kuman.kebanyakan kuman yang pathogen mempunyai pH optimum 7,2-7,6.

kekuatan ion dan tekanan osmotikkuman-kuman yang memerlukan kadar garam tinggi disebut halofilik,sedangkan yang memerlukan tekanan osmotic yang tinggi disebut osmofilik.

Reproduksi kuman

Reproduksi secara aseksual,yaitu;

pembelahanumumnya kuman berkembangbiak secara amitosis dengan membelah menjadi 2 bagian( binary division).contoh;Mycobacterium tuberculosis

pembentukan tunas/cabangkuman akan membentuk tunas,tunas akan melepaskan diri dan membentuk kuman baru.reproduksi dengan pembentukan cabang ini dapat ditemukan pada kuman dari family streptomycetaceae.

Pembentukan filamentSel mengeluarkan serabut panjang,filament yang tidak bercabang.bahan kromosom kemudian masuk kedalam filament.filamen terputus menjadi beberapa bagian.tiap bagian membentuk kumn baru.dijumpai terutama dalam keadaan abnormal,misalkan bila kuman Haemophilus influenza.

Reproduksi secara seksual,yaitu;

Fase penyesuaian diri ( lag phase )Umumnya berlangsung 2 jam.merupakan fase dimana kuman melakukan persiapan untuk fase berikutnya.

Fase pembelahan( logarhytmik phase/ exponential phase )Kuman berkembang biak dengan berlipat 2,jumlah kuman meningkat secara eksponensial.berlangsung 18-24 jam.pertumbuhan kuman seimbang(balanced growth)

Fase stasioner ( stasionary phase )

Kuman mulai ada yang mati,pembelahan terhambat.

Fase kemunduran/penurunan ( period of decline )Jumlah kuman yang hidup berkurang dn menurun.pada beberapa jenis kuman timbul bentuk-bentuk abnormal(bentuku involusi)

METABOLISME BAKTERI

Dapat dibagi dalam 2 bagian :

1. Anabolisme/Asimilasi meliputi proses sintesa (pembangunan)

2. Katabolisme/Desimilasi meliputi proses degradasi (perombakan)

Agar proses ini berlangsung Dibutuhkan ATP yang berasal dari fermentasi, respirasi & fotosintesa

Bakteri heterotrof mengunakan zat organik sebagai sumber C untuk mendapatkan energi

Bakteri autotrof membutuhkan C dalam bentuk anorganik, seperti CO2

Enzim-enzim yang berperan:

1. Dehidrogenesa (melancarkan reaksi reduksi oksidasi suatu metabolit)

2. Flavoprotein (transpor zat H dalam proses respirasi)

3. Sitokrom (proses respirasi pada bakteri aerob untuk transpor zat H ke O2

METABOLISME KARBOHIDRAT

Karbohidrat dipecah menjadi triosa dalam bentuk fosfat & piruvat

Enzim yang berperan : dari golongan glikosidase & fosforilase

Ada beberapa cara metabolisme karbohidrat ,yaitu;

1. Cara menurut Embden-Meyerhof

glukosa→glokosa 6 fosfat→fosfogliseraldehid→fosfogliserat →fosfoenolpiruvat →piruvat

2. Cara melalui pentosa fosfat

glukosa →glikosa 6 fosfat →6 fosfoglukonat →pentosa fosfat

-cara ini dipakai ketika bakteri yang tidak punya Aldolase & triosa PO4 isomerase

3. Cara menurut Entner-Duodoroff

glukosa →6 fosfoglukonat →ketodeoksiglukonat →piruvat + gliseraldehid

-cara ini dipakai pada beberapa Pseudomonas & E. coli

Melalui fermentasi, piruvat dapat dipecah menjadi alkohol, as. Laktat, as. Butirat, asetat, dsb.

Melalui proses respirasi secara aerob, glikolisis diteruskan hingga piruvat terpecah menjadi CO2 & H2O

Reseptor H pada respirasi aerob adalah O2, sedangkan pada respirasi anaerob reseptor H adalah nitrat/sulfat

METABOLISME LEMAK

Permulaan reaksi diperlukan pengaktifan as. Lemak dengn CoA dan sebagai hasil adalah gliserol & asitil CoA

METABOLISME PROTEIN

Sintesis protein memerlukan nitrosa yang biasanya diambil dalam bentuk NH3/NO3

Fermentasi as. Amino dilakukan oleh beberapa Clostridium seperti

alanin + 2 Glisin + 2 H2O → 3 as. Asetat + 3NH3 + CO2

FLORA NORMAL

FLORA MIKROBA NORMAL DALAM TUBUH

Definisi

Populasi sekelompok mikrooganisme yang mendiami kulit dan selaput mukosa manusia yang normal serta sehat.

Mikroorganisme dalam tubuh dikelompokan menjadi 2 golongan:

1. Resident flora (flora tetap)

Mikroorganisme yang jenisnya relatif tetap dan biasa ditemukan di daerah tertentu pada umur tertentu; bila terganggu mikroorganisme ini dapat tumbuh kembali dengan segera.

2. Transient flora (flora sementara)

Mikroorganisme nonpatogen atau potensial pathogen yang mendiami kulit atau selaput mukosa pada waktu tertentu,tidak menetap secara permanen.

Sifat flora normal

Mikroba normal yang menetap dapat dikatakan tidak menyebabkan penyakit dan mungkin menguntungkan bila ia berada di tempat semestinya dan tanpa keadaan abnormal.

Mereka dapat menyebabkan penyakit bila karena keadaan tertentu dan bila berada di tempat tak semestinya atau terdapat faktor prediposisi.

Flora sementara umumnya tidak berarti apabila resident flora tetap utuh.

Bila flora tetap terganggu,mikroorganisme sementara dapat berkoloni,berpoliferasi,dan menimbulkan penyakit.

FLORA NORMAL PADA KULIT

Karena kulit terus berkontak dengan lingkungan sekitarnya, kulit cenderung mengandung flora sementara. Walaupun demikian pada kulit terdapat flora tetap.

Mikroorganisme yang terdapat pada kulit:

1. Difteroid

– Corynebacterium

– Propionibacterium

2. Stafilokokus nonhemolitik

Staphilococcus epidermidis

Staphilococcus aureus

Peptostreptococcus

3. Streptokokus alfa-hemolitik

Streptococcus viridans

4. Enterokokus

Streptococcus faecalis

5. Acinetobacter

FLORA NORMAL PADA SALURAN PERNAFASAN

Hidung:

Korinebakteria

Stapilokokus (S epidermidis, S aureus)

Streptokokus

Faring (utama):

Streptokokus nonhemolitik dan alfa-hemolitik

Neiseria

Mikroorganisme lain (faring):

Stafikokus, difteri, Haemophilus, pneumokokus, Mycoplasma, dan Prevotella

Laring, trakea, bronkus,bronkiolus, alveolus, dan sinus hidung steril dalam keadaan normal.

FLORA NORMAL PADA SALURAN PENCERNAAN

Mulut

S epidermidis, S aureus, beberapa mikrokokus berpigmen, staphylococcus, difteroid, laktobasil, dan (Antinomyces)

Esovagus

Mengandung mikroorganisme yang berasal dari makanan dan saliva.

Lambung

Keasaman lambung mempertahankan jumlah minimal mikroorganisme dan melindungi terhadap infeksi oleh bakteri patogen.

Usus halus

Laktobasil

Enterokokus faecalis

Kolon orang dewasa:

Anaerob:Bacteroides (Bacteroides fragilis), Fusubacterium, laktobasil anaerob (Bifidobacterium), klostridia (Clostridium perfringens), kokus gram-positif (Peptostreptococcus)

Aerob : kuman kilofrom gram-negatif,enterokokus,proteus,preudomonas,laktobasil,dan candida

FLORA NORMAL PADA SALURAN UROGENITAL

Uretra

Mycobacterium smegmatis, difteroid, Streptococcus nonhemolitik, Staphylococcus epidermidis, bakteri Doderlein (khusus pada wanita).

Vagina

Neonatal: laktobasil aerob (saat pH asam), flora campuran kokus dan basil (pH netral).

Pubertas: laktobasil aerob dan anaerob.

Dewasa: difteroid, Laktobacillus, Micrococcus, Staphylococcus epidermidis, Streptococcus fsecalis, Streptococcus mikroerofilik dan anaerob, ureaplasma, dan yeast.

RESISTENSI & SENSITIVITY

KULTUR BAKTERI

Definisi ;perkembangbiakan mikroorganisme / sel jaringan hidup dalam media khusus yng kondusif bg pertumbuhannya.culture medium adalah zat / preparat yang digunakan untuk perkembngbiakan sel-sel hidup.

TUJUAN KULTUR BAKTERI :

a. U/ ISOLASIb. U/ MEMPERBANYAK BAKTERIc. U/ MENGHITUNG JUMLAH KUMANd. U/ IDENTIFIKASIe. U/ MELIHAT GERAK BAKTERI

RESISTENSI DAN SENSITIVITY

Definisi

Resistensi adalah kemampuan alamiah organisme untuk bertahan terhadap mikroorganisme atau racun yang diproduksi pada penyakit.Resistensi kuman terhadap antimikroba/antibiotika

Mekanisme resistensi antara lain;

a. Mikroorganisme menghasilkan enzim yang menghancurkan obat aktif

contoh;stafilokokus yang resistan terhadap penisilin G menghasilkan β-laktamase yang mengahancurkan obat.

b. Mikroorganisme mengubah permeabiltasnya terhadap obat

Contoh;streptokokus mempunyai sawar permeabilitas alami terhadap aminoglikosida.

c. Mikroorganisme menyebabkan perubahan target struktural untuk obat

Contoh;Resistansi terhadap beberapa penisilin & sefalosporin mungkin diakibatkan oleh hilangnya atau berubahnya PBP(penicillin binding protein)

d. Mikrooganisme menyebabkan perubahan jalur metabolik y a ng melintasi reaksi y a ng dihambat o leh obat

Contoh;resistansi terhadap sulfonamid tidak memerlukan PABA,tetapi mamalia menggunakan asam folat yang telah terbentuk sebelumnya.

e. Mikroorgnisme menyebabkan perubahan enzim yang masih melakukan fungsi metaboliknya tetapi kurang dipengaruhi o leh obat

Contoh;pada bakteri yang resistan trimetotropim,asam dihidrofolat reduktase dihambat kurang efisien.

Sebab-sebab terjadinya resistensi kuman terhadap obat

Resistensi sebab non-genetik

Replikasi aktif bakteri diperlukan sebagian besar untuk kerja obat antibakteri. contoh;

Mikroorganisme yang bertahan dalam jaringan selama beberapa tahun setelah infeksi namun tetap dikendalikan oleh pertahanan pejamu dan tidak memperbanyak diri.

Resistensi sebab genetic

Resistansi kromosom

Terjadi sebagai akibat mutasi spontan pada lokus yang mengontrol kerentanan terhadap obat antimikroba tertentu.

Resistensi ekstrakromosom

Unsur genetik ekstrakromosom disebut plasmid.

Gen plasmidà mengontrol pemb.enzim yang mampu menghancurkan obat-obat antimikroba.

Bahan genetik & plasmid dapat dipindahkan dengan

Transduksi

Transformasi

Fragmen DNA bebas dapat melewati dinding sel & kemudian bersatu dalam genom sel sehingga mengubah genotipnya.

Konjugasi

transfer unilateral dari materi genetik antara bakteri sejenis maupun dengan jenis lain melalui proses mating/kawin.

Resistensi silang

Mikroorganisme yang resistan terhadap obat tertentu,juga dapat resistan terhadap obat lain yang mempunyai mekanisme kerja yang sama.

Contoh; yang memiliki hub.antara agen kimia yang terkait(aminoglikosida yng berbeda) & yang cara pengikatan serta cara kerjanya pun sama(makrolid-linkomisin)

Pengukuran sensitivity antimikroba

Metode dilusi

Sejumlah zat antimikroba à medium bakterilogi padat/cairàlalu,diinokulasi dengan bakteri yang diujiàdiinkubasi

Tujuan; mengetahui jumlah zat antimikroba yang diperlukan untuk mengahambat pertumbuhan/membunuh bakteri yang diuji.

Metode difusi

Metode difusi cakram,

cakram kertas filter yng mengndung obtàmedium yng sudah diinokulasiàdiinkubasiàdiameter zona jernih inhibisi sekitar cakram diukur

Tujuan;merupakan standardisasi yang cermat,memungkinkan resistansi mikroorganisme dengan membandingkan ukuran zona inhibisi dengan standar obat yang sama

STERILISASI DAN DISINFEKSI

STERILISASI DAN DISINFEKSI

Sterilisasi: pembebasan suatu benda dari semua organisme-organisme yang hidup, termasuk bakteri dan sporanya, secara kimia atau secara fisika.sterilisasi sering dilakukan dengan pengaplikasian udara panas.ada dua metode yang sering digunakan,yaitu;

1) Panas lembab dengan uap jenuh bertekanan . Sangat efektif untuk sterilisasi karena menyediakan suhu jauh di atas titik didih, proses cepat, daya tembus kuat dan kelembaban sangat tinggi sehingga mempermudah koagulasi protein sel-sel mikroba yang menyebabkan sel hancur.

Suhu efektifnya adalah 121 oC pada tekanan 5 kg/cm2 dengan waktu standar 15 menit.

Alat yang digunakan : pressure cooker, autoklaf (autoclave) dan retort.

2) Panas kering , biasanya digunakan untuk mensterilisasi alat-alat laboratorium. Suhu efektifnya adalah 160oC selama 2 jam. Alat yang digunakan pada umumnya adalah oven.

Mekanisme pengendalian panas

a.Pasteurisasi : Proses pembunuhan mikroba patogen dengan suhu terkendali berdasarkan waktu kematian termal bagi tipe patogen yang paling resisten untuk dibasmi. Dalam proses pasteurisasi yang terbunuh hanyalah bakteri patogen dan bakteri penyebab kebusukan namun tidak pada bakteri lainnya. Pasteurisasi biasanya dilakukan untuk susu, rum, anggur dan makanan asam lainnya. Suhu pemanasan adalah 65oC selama 30 menit.

b.Tyndalisasi : Pemanasan yang dilakukan biasanya pada makanan dan minuman kaleng. Tyndalisasi dapat membunuh sel vegetatif sekaligus spora mikroba tanpa merusak zat-zat yang terkandung di dalam makanan dan minuman yang diproses. Suhu pemanasan adalah 65oC selama 30 menit dalam waktu tiga hari berturut-turut.

c.Boiling : Pemanasan dengan cara merebus bahan yang akan disterilkan pada suhu 100oC selama 10-15 menit. Boiling dapat membunuh sel vegetatif bakteri yang patogen maupun non patogen.

Namun spora dan beberapa virus masih dapat hidup. Biasanya dilakukan pada alat-alat kedokteran gigi, alat suntik, pipet, dll.

d.Red heating : Pemanasan langsung di atas api bunsen burner (pembakar spiritus) sampai berpijar merah. Biasanya digunakan untuk mensterilkan alat yang sederhana seperti jarum ose.

e.Flaming : Pembakaran langsung alat-alat laboratorium diatas pembakar bunsen dengan alkohol atau spiritus tanpa terjadinya pemijaran.

Metode pengendalian mikroba

Metode pengendalian mikroba secara fisik

Terminology thermal kill:

1. thermal death point;suhu dimana suatu suspensi organisme telah disterilkan setelah pemaparan selam 10 menit.

2. thermal death time;waktu yang diperlukan bagi suatu suhu tertentu untuk mensterilkan suatu suspensi organism.

3. D value;waktu yang diperlukan untuk membunuh 90% dari organism dalam suatu suspense suatu suhu tertentu.

4. Z value;jumlah derajat kenaikan suhu yang diperlukan untuk menurunkan D value sampai menjadi sepersepuluh nilai semula.

Pengendalian mikroba dengan radiasi

Bakteri terutama bentuk sel vegetatifnya dapat terbunuh dengan penyinaran sinar ultraviolet (UV) dan sinar-sinar ionisasi.

a) Sinar UV : Bakteri yang berada di udara atau yang berada di lapisan permukaan suatu benda yang terpapar sinar UV akan mati.

b) Sinar Ionisasi : yang termasuk sinar ionisasi adalah sinar X, sinar alfa, sinar beta dan sinar gamma. Sterilisasi dengan sinar ionisasi memerlukan biaya yang besar dan biasanya hanya digunakan pada industri farmasi maupun industri kedokteran.- Sinar X : Daya penetrasi baik namun perlu energi besar.- Sinar alfa : Memiliki sifat bakterisidal tetapi tidak memiliki daya penetrasi.- Sinar beta : Daya penetrasinya sedikit lebih besar daripada sinar X.- Sinar gamma : Kekuatan radiasinya besar dan efektif untuk sterilisasi bahan makanan.

Pengendalian Mikroba dengan Filtrasi

Ada dua filter, yaitu filter bakteriologis dan filter udara.yaitu;

a) Filter bakteriologis biasanya digunakan untuk mensterilkan bahan-bahan yang tidak tahan terhadap pemanasan, misalnya larutan gula, serum, antibiotika, antitoksin, dll.

Teknik filtrasi prinsipnya menggunakan penyaringan, dimana yang tersaring hanyalah bakteri saja. Diantara jenis filter bakteri yang umum digunakan adalah : Berkefeld (dari fosil diatomae), Chamberland (dari porselen), Seitz (dari asbes) dan seluosa.

b) Filter udara berefisiensi tinggi untuk menyaring udara berisikan partikel (High Efficiency Particulate Air Filter atau HEPA) memungkinkan dialirkannya udara bersih ke dalam ruang tertutup dengan sistem aliran udara laminar (Laminar Air Flow).

Disinfeksi

Adalah proses pengaplikasian bahan kimia (desinfektans) terhadap peralatan, lantai, dinding atau lainnya untuk membunuh sel vegetatif mikrobial.

Disinfeksi diaplikasikan pada benda dan hanya berguna untuk membunuh sel vegetatif saja, tidak mampu membunuh spora.

Disinfektan: zat yang mempunyai aktivitas antimikroba yang kuat (efektif terhadap semua jenis mikroba), yang membunuh semua atau hampir semua mikroorganisme patoenik, tetapi karena

toksik terhadap jaringan hidup maka hanya dipergunakan untuk benda-benda mati (inanimate materials).

Antiseptik adalh suatu bisoid atau produk yang menghancurkan atau menghambat pertumbuhan mikroorganisme yang ada dalam atau diatas jaringan hidup.

Metode pengendalian mikroba secara kimiawi

Ada beberapa faktor yang mempengaruhi efektivitas agen kimia di dalam mengendalikan mikroba, yaitu :

a) Konsentrasi agen kimia yang digunakan. Semakin tinggi konsentrasinya maka efektivitasnya semakin meningkat.

b) Waktu kontak. Semakin lama bahan tersebut kontak dengan bahan yang disterilkan maka hasilnya akan semakin baik.

c) sifat dan jenis mikroba.mikroba yang berkapsul dan berspora lebih resisten dibandingkan yang berkapsul dan berspora.

d) Adanya bahan organik dan ekstra. Adanya bahan-bahan organik dapat menurunkan efektivitas agen kimia.

e) pH atau derajat keasaman. Efektivitas bahan kimia dapat berubah seiring dengan perubahan pH.

Agen kimia yang baik adalah yang memiliki kemampuan membunuh mikroba secara cepat dengan dosis yang rendah tanpa merusak bahan atau alat yang didisinfeksi.

Pada prinsipnya, cara kerja agen kimia ini digolongkan menjadi :a) Agen kimia yang merusak membran sel mikroba.b) Agen kimia yang merusak enzim mikroba.c) Agen kimia yang mendenaturasi protein

CARA KERJA

Merusak DNA

Agen mikroba yang bekerja dengan cara ini seperti radiasi pengion,sinar ultraviolet,dan bahan kimia reaktif DNA.

Denaturasi Protein

Terjadi pada struktur tersier protein,yang disebabkan oleh agen kimia sehingga protein tersebut tidak berfungsi.

Kerusakan membran atau dinding sel

membran bekerja sebagai sawar yang selektif memungkinkan beberapa zat terlarut untuk melewatinya dan menahan zat lain untuk masuk,semakin banyak zatyang berkumpul dipermukaan membran dapa mengubah sifat fisika dan kimia membran, sehingga menyebabkan membran tidak dapat bekerja dengan baik.

Pembuangan Gugus Sulfhidril Bebas

didalam sel banyak mengandung gugus sulfhidril,karena enzim dan koenzim tidak dapat berfungsi kecuali jika gugus sufhidrilnya bebas dan tereduksi. Dengan demikian berbagai agen pengoksidasi akan menggangu metabolisme dengan membentuk ikatan sulfida antara gugus sulfhidril.

Antagonisme kimia

gangguan uatu agen kimia terhadap reaksi normal antara enzim spesifik dan substratnya.

Antiseptic kimia

Aldehid

Glutaraldehid digunakan untuk disinfeksi endeskop dan peralatan bedah pada temperatur rendah biasanya digunakan sebagai larutan 2% untuk mencapai aktifitas sporisidal. Formaldehit bersifat bakterisidal, sporisidal dan firusidal.

Biguanid

Klorheksidin secara luas secara luas digunakan untuk mencuci tangan dan berbagai produk oral serta sebagai dis infektan dan pengawet. Mikobakteri umumnya sangat resistan terhadap biguanid.

Bisoid ialah istilah umum untuk menggambarkan agent kimiawi,yang menginaktifkan mikro organisme. Beberapa bisoid yang umum digunakan unutk antisepsis disinfeksi pengawetan dan berbagai fungsi lainnya,yaitu;

Alkohol

Etil alkohol, isopropil alkohol dan n-propanol memperlihatkan aktifitas anti mikroba spektrum luas yang cepat melawan bakteri vegetatif, virus dan fungi tetapi tidak bersifat sporisidal aktifitasnya akan maksimal bila di encerkan dengan air hingga konsentrasinya menjadi 60-90%

Bisfenol

Secara luas digunakan untuk sabun dan agen cuci tangan anti septik. Pada umumnya dispenol adalah agen yang berspektrum luas tetapi mempunyai sedikit efek terhadap pseudomonas aeruginosa dan kapang. Triklosan dan heksaklorofen bersifat bakterisidal dan sporostatik.

senyawa-senyawa ini bersifat sporisidal. Yodium secara cepat bersifat bakterisidal, fungisidal, tuberkulosidal, firusidal dan

sporisidal. Yodofor (misalnya, pofidon – yodin) adalah kompleks yodium dan agen atau karier pelarut, yang berlaku sebagai sumber I-2 aktif

Derivat logam berat

Sulfadiazin perak, suatu kombinasi dari dua agen antibakteri, ag+ dan sulfadiazin, mempunyai aktifitas spektrum luas. Sifat inhibisinya mungkin disebabkan oleh ikatannya dengan komponen sel seperti dna.

Peroksigen

Hidrogen peroksida mempunyai aktifitas spektrum yang luas melawan Virus, bakteri, ragi dan spora bakteri. Aktifitas sporisidal memerlukan konsentrasi h2o2 yang lebih tinggi (10-30%) dan waktu kontak yang lebih lama.

Venol

Venol dan berbagai senyawa venolat mempunyai sifat antiseptik, disinfektan atau pengawet

VIRUS

Definisi

Mikroorgaanisme terkecil,yang dapat melewati saringan kuman.

Sifat khusus virus

Genom virus hanya terdiri dari 1 asam nukleat (RNA/DNA)

Virus tidak bisa menduplikasi dirinya sendiri (their replication is directed by the viral nucleic acid once it is introduced into a host cell.)

Virus tidak dapat membelah seperti sel (mitosis dan meiosis)

Virus membutuhkan ribosom, enzim dan metabolit (“building block”) dari sel pejamu untuk memproduksi protein dan asam nukleat.

Morfologi virus

Simetri kubik (isohedral)

Simetri heliks

sub unit protein terikat berkala ke asam nukleat virus, melilitkannya menjadi satu helix (gambar di mo kedokteran jawetz hal 385)

Ex : virus mozaik tembakau

Struktur komplek

ex : poxvirus (berbentuk batu bata)

Komposisi kimiawi virus

Protein virus

melindungi genom virus terhadap inaktivasi oleh nuklease

membantu pelekatan virus ke sel yang peka

memberi semetri struktural virus

menentukan antigenik virus

enzim

Asam nukleat virus

menyandikan informasi genetik yang penting bagi replikasi virus

ukuran genom DNA virus 3,2 kbp (hepadna virus)- 375 kbp (pox virus)

ukuran genom RNA virus 7 kb (beberapa picornavirus dan astrovirus)-30 kb (coronavirus)

Selubung lipid virus

lipid diperoleh saat nukleokapsid virus melakukan budding melalui membran selular pada proses maturasi

Glikoprotein virus

merupakan selubung yang disandikan virus

struktur virus

Gambaran struktural virus ditentukan oleh à Fungsi virion (Morfogenesis dan pelepasan dari sel-sel terinfeksi, transmisi ke pejamu baru, dan pelekatan, penetrasi, dan pelepasan selubung pada sel-sel baru terinfeksi)

Kapsid à selubung protein yang menyelubungi genom asam nukleat

Kapsomer à sekelompok polipeptida, teta

Envelope à membran yangmengandung lipid yang mengelilingi beberapa partikel virus

Nukleokapsid à komplek asam nukleat-protein yang merupakan bentuk kemas genom viral.

Virion à partikel virus lengkap

Klasifikasi virus

Morfologi virion,termasuk ukuran,bentuk,jenis,simetris,ada atau tidak adanya peplomer,dan ada atau tidak adanya membrane

Sifat genom virus,termasuk jenis asam nukleat(DNA atau RNA) Sifat visikokimia virion,meliputi massa molecular,stabilitas pH,termal,dan

kerentanan terhadap agen-agen fisik dan kimia. Sifat protein virus,adalah jumlah,ukuran,aktivitas fungsional protein-protein

structural dan non-struktural Susunan dan replikasi genom adalah ordo gen Sifat antigenic Sifat biologi,termasuk cara transmisi,hubungan vector,patogenesitas,tropisme

jaringan,dan patologi

Macam-macam virus

Virus DNA

• Parvovirus

Virus dengan ukuran sangat kecil (18-26nm). Mengandung DNA untai-tunggal. Tidak memiliki selubung. Simetri kubik dengan 32 kapsomer. Replikasi pada nukleus

• Polyomavirus

Ukuran kecil (45nm), tahan panas, bersifat resisten thd eter. Mengandung DNA untai-ganda. Simetri kubik dengan 72 kapsomer.replikasi pada nukleus

• Papillomavirus

anggota famili Papovaviridae. Beberapa tipe merupakan penyebab penyakit kanker genitalia.

• Adenovirus

Virus berukuran menengah (70-90nm). Mengandung DNA untai ganda. Simetri kubik dengan 252 kapsomer. Replikasi pada nukleus

• Hepadnavirus

Virus kecil (40-48nm). Mengandung molekul DNA lingkar yang sebagian beruntai ganda.

• Herpesvirus

virus ukuran besar (150-200nm). Simetri kubik dengan 162 kapsomer. Nukleokapsid dikelilingi oleh selubung yang mengandung lemak. Replikasi pada nukleus dari ujung membran nukleus

• Poxvirus

virus besar berbentuk bata, dengan selubung yang mengandung lemak. Mengandung DNA untai-ganda. Semua poxvirus cenderung menyebabkan lesi kulit. Sebagian bersifat patogen bagi manusia (cacar, vaksinia, moluskum kontagiosum). Replikasi pada alat golgi.

vaccinia virion Adenovirus parvovirus

macam RNA virus

• Pikornavirus

Virus ukuran kecil (28-30nm). Resisten terhadap eter. Mengandung RNA untai-tunggal dan simetri kubik. Termasuk kedalam kelompok ini; Rinovirus dan enterovirus (polio-, coksaki-, dan ekovirus). RNA bersifat positive-sense. Replikasi terjadi di sitoplasma.

• Astrovirus

mirip dengan pikornavirus. Mengandung RNA untai-tunggal yang bersifat positive-sense. Penyebab gastroentertis pada manusia dan hewan.

• Kalisivirus

mirip dengan pikornavirus tetapi lebih besar (27-40nm). Genomnya beruntai tunggal bersifat positive-sense, tidak punya selubung. Penyebab gastroenteritis akut. Replikasi pada sitoplasma.

• Reovirus

virus ukuran menengah (60-80nm), resisten terhadap eter, mengandung RNA untai-ganda bersegmen dan memiliki simetri kubik. Replikasi pada sitoplasma.

• Arbovirus

pengelompokan ekologi virus yang mempunyai sifat fisika dan kimia beragam. Mempunyai siklus kompleks yang melibatkan arthopoda sebagai vektor.

• Togavirus

banyak arbovirus yang merupakan patogen utama pada manusia, termasuk virus rubella. Memiliki selubung mengandung lipid, sensitif terhadap eter. Genom untai-tunggal, bersifat positive sense.

• Flavivirus

virus berselubung (40-60nm). Mengandung RNA positive sense, beruntai tunggal. Termasuk dalam kelompok ini, virus demam kuning.sebagian anggotanya ditularkan melalui arthopoda pengisap darah.

• Arenavirus

virus berselubung yang mengandung RNA (50-300nm). Genomnya adalah RNA untai-tunggal, yang negative-sense. Sebagian besar anggota famili ini bersifat unik untuk daerah amerika tropis.

• Koronavirus

partikel berselubung (120-160nm) yang mengandung genom tidak bersegmen dari RNA untai-tunggal. Jangkauan host dari virus ini terbatas. Pada manusia, koronavirus meyebabkan penyakit saluran pernapasan atas yang akut. Contohnya SARS

• Bunyavirus

partikel (80-120nm). Genom terdiri dari atas RNA bersegmen rangkap tiga, beruntai tunggal, negative-sense. Sebagian besar virus ini ditularkan melalui arthopoda.

• Bornavirus

virus berselubung (80-125nm). Genom terdiri atas RNA untai-tunggal, tidak bersegmen, negative-sense. Replikasi dan transkripsi terjadi di dalam nukleus.

• Rabdovirus

virus berselubung yang menyerupai peluru, pipih di satu ujung, dan bulat di ujung lain (75x180nm). Genom virus merupakan RNA untai tunggal, tidak bersegmen, bersifat negative-sense. Anggota kelompok ini adalah virus rabies.

• Paramyxovirus

mirip dengan orthomyxovirus tetapi lebih besar (150-300nm). Genom virus merupakan RNA untai tunggal, tidak bersegmen, negative sense. Virus ini menginfeksi manusia antara lain, gondong, campak virus parainfluenza, dan virus sinsitial pernapasan.

• Filovirus

virus berselubung (80x1000nm). Genom virus merupakan RNA untai tunggal, negative-sense, dan linear. Marburg dan ebola virus menyebabkan demam hemorhagic berat di afrika.

• Virus lainnya

• Viroid

penyebab infeksi berukuran kecil yang menyebabkan penyakit pada tumbuhan. Tidak terdapat lapisan protein.

Definisi & sifat prion

• Prion

Partikel infeksi yang terdiri dari protein, tidak mengandung asam nukleat. Sangat tahan panas, formaldehid, dan sinar ultraviolet yang dapat meng non-aktifkan virus. Termasuk penyakit yang disebabkan oleh bahan ini adalah penyakit sapi gila.

REPRODUKSI VIRUS

Penempelan (Attachment)

Penempelan virion pada membran sel berlandaskan mekanisme elektrostatik dan d’permudah oleh ion logam terutama Mg⁺⁺ serta terjadi setelah adanya tumbukan antar sel dan virion pada reseftor spesifik

Penyusupan (penetrasi)

Virion atau asam nukleat virus menyusup ke sitoplasma sel.Pada bakteriofaga hanya asam nukleat yg menyusup ke sitoplasma,sementara kapsidnya berada di luar.sedangkan penyusupan virus berselubung dpt terjadi dgn cara fusi.Selubung virus ke membran plasma di ikuti oleh masuknya nukleokapsid ke sitoplasma.

Pelepasan pembungkus luar (uncoating)

pada enterovirus pelepasan asam nukleatinfektif di membran sel,sedangkan foxvirus terjadi di dalam sel dan reovirus mungkin tdk perna mengalami proses uncoanting lengkap.

Replikasi

Asam nukleat dan sintesis komponen virus.Setelah proses pelepasan selubung luar,proses selanjutnya berbeda antara virus” DNA dan virus” RNA.

Pembebasan virus

Budding out pada virus berselubung

Sejumlah virus berbeda memiliki selubung lipid.lipid diperoleh ketika nukleokapsid virus melakukan proses budding melalui membrane seluler pada proses maturasi.budding terjadi di tempat protein spesifik virus telah dimasukan kedalam membrane sel penjamu.proses budding sangat bervariasi bergantung pada cara replikasi virus dan struktur nukleokapsid.

Selubung virus mengandung glikoprotein.glikoprotein merupakan selubung yng disandikan virus.glikoprotein permukaan pada virus berselubung melekatkan partikel virus ke sel target dengan cara berinteraksi denagn reseptor seluler.glikogen merupakan antigen virus yang penting.karena posisinya di permukaan luar virion,glikoprotein terlibat dalam interaksi partikel virus dengan antibody penetralisir.

Interaksi antar virus

Rekombinasi genetik

Terdapat dua jenis rekombinasi genetik:

Rekombinasi intramolekuler dimana terjadi penyusunan kembali rangkaian yang terdapat didalam satu asam nukleat dan genetic reassortment dimana terjadi pertukaran molekul” asam nukleat virus yg terdiri dari fragmen”.

Fenomena reaktivitas

Diartikan sebagai rekombinasi genetik antara virus aktif dengan virus inaktif yg berbeda genotipnya atau pembentukan virus invektif berasal dari dua atau lebih virion yg gen” mengalami mutasi letal pada tempat berlainan.fenomena ini dipertunjukan oleh virus dari golongan poxvirus,influenza virus dan reovirus

Komplementasi

Terjadi dengan bantuan produk gen itu sendiri.misalnya antara dua virion yang berasal dari virus yang sama tetapi telah mengalami mutasi letal pada gen yang berbeda atau antara virus detektif.Phenotypic mixing atau transkapsidasi adalah suatu keadaan dimana kapsid suatu virus terdiri dari kapsomer virus lainnya.

Pathogenesis dan diagnosis infeksi virus

Pathogenesis infeksi virus

Proses dasar infeksi virus adalah terjadinya siklus replikatif virus pada sel pejamu

Penyakit virus adalah beberapa kelainan akibat infeksi virus pada organisme pejamu.

klinis : memiliki tanda dan gejala yang jelas

Subklinis : infeksi virus yang tidak memiliki tanda & gejala apapun pada hostnya

Langkah spesifik yg terlibat dalam patogenesis virus ke dalam pejamu ;

1)Virus masuk

2)terjadi replikasi primer

3)penyebaran virus

4)cedera sel

5)respon imun

6)terjadinya infeksi virus yg persisten

7)pelepasan virus

Proses masuknya virus

Virus harus menempel & memasuki sel pada salah satu permukaan tubuh,kulit,saluran pernafasan,pencernaan,urogenital.tetapi kebanyakan virus masuk melalui mukosa saluran pernafasan /pencernaan

Virus juga bisa langsung masuk ke dalam aliran darah melalui jarum,transfusi darah,vektor serangga.

Replikasi virus

Contoh:

Adenovirus; virus Hepatitis B

1. Adsorbsi

2. Penetrasi

3. Uncoating

4. Transkripsi awal

5. Translasi awal

6. Transkripsi akhir

7. Translasi akhir

8. Perakitan (morfogenesis)

Inti sel 12

34

5678

9

10

9. Sel lisis

10. Virus baru (anak)

Replikasi virus RNA (RNA positif)

contoh: Picornavirus(virus polio)

Replikasi virus RNA negatif:

pd. Orthomyxoviridae (virus influenza).Replikasi virus RNA dg ensim reverse transkriptase (HIV; virus Hepatitis C)

penyebaran virus

Setelah replikasi primer ditempat masuk,virus tersebut menyebar dalam pejamu.

Penyebaran virus paling sering melalui aliran darah atau limfatik.

Adanya virus dlm darah disebut virema

Inti sel

translasi

genom +

genom -

Protein virusdiferensi

asipolimerase; protein struktural

morfogenesis

progeni genom

Ada 2 penyebaran virus;

Penyebaran dekat

Virus menginfeksi sel tetangga melalui ruang antar sel atau kontak langsung dengan sel.pola demikian terjadi pada infeksi kulit oleh virus papilloma,pola lain terjadi melalui aliran secret / ekskret dalam rongga badan misalnya pada infeksi saluran pernafasan / pencernaan.

Penyebaran jauh

Proses infeksi biasanya melalui beberapa tahap.setelah melewati central focus virus menyebar mencapai organ sasaran.Penyebaran melalui aliran darah ,getah bening ataupun susunan saraf

Respon imun

Dalam respon nonimun yg membantu menghambat pertumbuhan virus selama waktu yg diperlukan untuk menginduksi imunitas selular dan humoral spesifik ialah induksi interferon.Respon jaringan terhadap virus berbeda dgn respon thdp bakteri pathogen.sel yang terinfeksi virus dapat dilisiskan oleh limfosit sitotoksik T akibat polipeptid virus pada permukaan sel yang dikenali.imunitas humoral melindungi pejamu terhadap reinfeksi oleh virus yang sama.antibodi penetralisir yang ditunjukan untuk melawan aktivitas virus.mengahambat inisiasi infeksi virus,kemungkinan pada thap pelekatan atau pelepasan pembungkus liar.menyebabkan lisisnya virus,menyebabkan ketidakmampuan virus melepas genomnya dalam sel.antibodi IgA sekretoris penting untuk melindungi saluran pernafasan/pencernaan pada infeksi virus.

Tinjauan infeksi pernafasan virus

Virus masuk dalam saluran pernafasan terutama dalam bentuk droplet,aerosol atau saliva.penyakit yang ditimbulkan dpat bersifat setempat seperti pada influenza,parainflueza,virus rubeola,virus varicella,dan yang bersifat tumorigenik virus papilloma.

Tinjauan infeksi pencernaan virus

Banyak virus yang memulai infeksi melalui saluran pencernaan.virus herpes simpleks dan virus Epstein-barr,menginfeksi sel dalam mulut.gastroenteritis akut adalah penyakit gastrointestinal jangka pendek dengan gejala diare berair smpai demam tinggi dn muntah-muntah.disebabkan oleh virus rotavirus dan

Norwalk agent.ada juga yang menyebar ke tempat lain seperti virus hepatitis dan imunodefisiensi manusia.

Tinjauan infeksi virus kulit & mukosa genitalia

Virus masuk kedalam sel-sel mukosa melaaui lesi(poxvirus,ppillomavirus,herpes simpleks) dan juga pada gigitan arthopoda ( virus rabies,herpes B).banyak ruam kulit generalis yang disebabkan oleh infeksi virus ,timbul karena virus menyebar ke kulit melalui aliran darah setelah bereplikasi di berbagai tempat lain.lesi pada ruam kulit disebut macula,papula,vesikel atau pustule.disebabkan oleh dilatasi local pembuluh darah dermis,berkembang menjadi papula jika terdapat edema dan infiltrsi seluler di area tersebut.vesikel terjadi jika epidermis terkena,dan menjadi pustule jika reaksi radang membawa leukkosit polimorfonuklear ke lesi sebagai akibat timbul ulserasi.

Tinjauan infeksi virus pada system saraf

Virus dapat msk ke otak melalui 2 cara

Melalui aliran darah(penyebaran hematogen)

Akses melalui darah dapat terjadi melalui endotel pembuluh darah kecil otak,melalui transpor pasif melewati endotel vaskuler,dengan jalur pleksus koroid ke cairan serebrospinalis,maupun transpor dalam monosit,leukosit,atau limfosit yg terinfeksi.setelah sawar otak darah ditembus,penyebaran virus lebih luas diseluruh otak dan bisa sampai ke medula spinalis.

Melalui serabut saraf tepi(penyebaran neuronal)

Virion dapat tertangkap pada ujung saraf sensorik/motorik dan dipindahkan ke dalam akson melalui ruang endoneural atau oleh infeksi sel schwann.herpesvirus berjalan diakson untuk dibawa ke neuron ganglion radiks dorsal.

.

Jenis infeksi

Infeksi virus dapat terjadi dalam berbagai pola,tergantung pada jenis virus dan hospesnya.

Jika sel hospesnya tak mendukung replikasi virus,infeksi akan abortif.dan apabila sebaliknya virus akan menyebabkan lisis dan kematian sel(infeksi sitolitik)atau menetap didalam sel(infeksi persisten)

Secara klinis infeksi virus dapat bermanifestasi atau tidak

Menurut lamanya gejala,infeksi virus dapat bersifat akut atau kronik

Infeksi virus dengan hubungan kliniknya

Infeksi produktif dgn gejala klinik akut.

Contohnya: cacar,influenza,demam berdarah dengue

Infeksi akut dan penyakit akut dilanjutkan dgn infeksi persisten dengan serangan klinis akut intermiten & infeksi laten pada masa antara serangan.

Contohnya: herpes labialis oleh virus herpes simplex

Diantara serangan klinis,virus mungkin bersembunyi diotak atau ganglion

Infeksi persisten produktif dengan gejala klinis kronik.

Contohnya: hepatitis B kronik persisten

Infeksi persisten laten disertai transformasi dengan gejala klinik akhir berupa keganasan

Contoh: servisitis uteri karena virus papilloma

Infeksi persisten yg tak disertai transformasi sel tetapi secara klinis tetap progressive ialah penyakit Kuru,sindrom Creutzfeldt-Jacobs