instytut biologii molekularnej i...

Instytut Biologii Molekularnej

i Biotechnologii dr hab. Piotr Ziółkowski

Przegląd prac dyplomowych

w Zakładach Instytutu Biologii Molekularnej i

Biotechnologii

www.ibmib.amu.edu.pl

Instytut Biologii Molekularnej i Biotechnologii IBMiB

Finansowanie badań

BIOLOGIA

MOLEKULARNA BIOTECHNOLOGIA BIOCHEMIA BIOINFORMATYKA

Z. Biochemii

Z. Bioenergetyki

Z. Genetyki Mol. Człowieka

Z. Biologii Obliczeniowej

Z. Ekspresji Genów

Z. Biochemii

Z. Biotechnologii

Z. Biologii Genomu

Z. Ekspresji Genów

Z. Biologii Mol. i Komórk.

Z. Genetyki Mol. Człowieka

Z. Biotechnologii

Z. Biologii Genomu

Z. Eskpresji Genów

http://www.molcell.amu.edu.pl

Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej

Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Przemysław Wojtaszek


Skład osobowy:

dr hab. Krzysztof Leśniewicz

dr hab. Michał Rurek

dr Anna Kasprowicz-Maluśki

dr Tomasz Skrzypczak

Lokalizacja

Pokoje: 1.105-1.107

Kontakt

tel. 61 829 5968

[email protected]

Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Przemysław

Wojtaszek

mailto:[email protected]


Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej Tematyka badań: słowa kluczowe


Zakład Biologii Molekularnej i Komórkowej Przykładowe tematy prac dyplomowych

Udział kompleksu gamma-sekretazy w regulacji endocytozy

zwierzęcych receptorów błonowych

Lokalizacja tkankowa wybranych roślinnych nukleaz S1/P1

Transformacja genetyczna organelli- osiągnięcia i perspektywy

http://dhmg.amu.edu.pl/

Zakład Genetyki Molekularnej Człowieka

Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Hans Bluijssen

Skład osobowy:

Prof. dr hab. Joanna Wesoły

dr Katarzyna Kluzek

dr Adrian Paul Silesian

Lokalizacja

Pokoje: 1.116-1.118

Kontakt

tel. 61 829 5832

johannes.bluijssen@am

u.edu.pl

Zakład Genetyki Molekularnej Człowieka Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Hans Bluijssen


http://dhmg.amu.edu.pl


Tematyka badań: słowa kluczowe



Podstawy genetyczne pierwotnego nadciśnienia tętniczego

Ekspresja genów STAT i SOCS u pacjentów z pierwotnym

nadciśnieniem tętniczym

Mutacje w guzach jasnokomórkowego raka nerki

Przykładowe tematy pracy dyplomowych

http://ibmib.amu.edu.pl/index.php/pl/bioenerg-

start

Zakład Bioenergetyki

Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Wiesława

Jarmuszkiewicz

Skład osobowy:

prof. dr hab. Hanna Kmita

dr Nina Antos-Krzemińska

dr Andonis Karachitos

dr Małgorzata Wojtkowska

dr Andrzej Woyda-Płoszczyca

Lokalizacja

Pokoje: 1.73-1.96

Kontakt

tel. 61 829-5881

[email protected]

Zakład Bioenergetyki Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Wiesława Jarmuszkiewicz

Zakład Bioenergetyki Tematyka badań: słowa kluczowe

Zakład Bioenergetyki

Rola mitochondriów w procesie tanatozy

Konstrukcja kontroli metabolicznej dla komórek

drożdżowego modelu choroby Huntingtona

Elementy różnicujące funkcjonowanie komórek drożdżowego

modelu choroby Huntingtona z ekspresją izoform ludzkiego białka

VDAC

Przykładowe tematy prac dyplomowych

http://biochem.amu.edu.pl/

Zakład Biochemii

Kierownik Zakładu: dr hab. Mikołaj Olejniczak, prof. UAM

Skład osobowy:

dr Joanna Wojtera

dr Zuzanna Wróblewska

Lokalizacja

Pokoje: 1.119-1.121

Kontakt

tel. 61 829 5907

[email protected]

Zakład Biochemii Kierownik Zakładu: dr hab. Mikołaj Olejniczak

http://www.biochem.amu.edu.pl

Zakład Biochemii Tematyka badań: słowa kluczowe

http://www.biochem.amu.edu.pl

Zakład Biochemii

Struktura niekodujących RNA oraz ich oddziaływania z

regulowanymi mRNA u E.coli

Regulacja translacji białek błonowych przez niekodujące

RNA bakterii

Klonowanie, nadekspresja i oczyszczanie bakteryjnych białek

opiekuńczych oraz ich mutantów


http://ibmib.amu.edu.pl/index.php/pl/biotech-

start

Zakład Biotechnologii

Kierownik Zakładu: dr hab. Agnieszka Ludwików, prof.

UAM

Lokalizacja

Pokoje: 1.90 i 1.101

Kontakt

tel. 61829-5964

[email protected]

Kierownik Zakładu: dr hab. Agnieszka Ludwików, prof. UAM


kinazy-MAP kinazy-MAP kinazy-MAP system-

dwuhybrydowy kaskady-sygnałowe kaskady-sygnałowe

kaskady-sygnałowe kaskady-sygnałowe kaskady-

sygnałowe pull-down pull-down pull-down PP2C PP2C

PP2C interackcje-białko-białko fosfatazy-białkowe

fosfatazy-białkowe transkrypcja chromatografia-gazowa

chromatografia-gazowa chromatografia-gazowa

tolerancja-na-stres MAPKKK18 proteasom proteasom

proteasom inhibitory-fosfataz inhibitory-fosfataz

degradacja-białek degradacja-białek degradacja-białek

http://ibmib.amu.edu.pl

Skład osobowy:

Prof. Jan Sadowski

dr Agata Cieśla

dr Arleta Małecka

Mechanizmy degradacji kinazy kaskady MAP- MAPKKK18

przez proteasom 26S

Rola modyfikacji potranslacyjnych w regulacji stabilności

białek

Charakterystyka procesu formowania łańcuchów

poliubikwitynowych




http://dgb.home.amu.edu.pl

Zakład Biologii Genomu

Kierownik Zakładu: dr hab. Piotr Ziółkowski

Kierownik Laboratorium: dr hab. Piotr Ziółkowski

Kontakt

tel. 61829-5966

[email protected]

Lokalizacja

Pokoje: 1.92 i 1.99



Skład osobowy:

dr Tomasz Bieluszewski

dr Anna Bieluszewska

dr Małgorzata Jakubowicz

dr Aneta Piechalak


MMR MMR QTL QTL QTL CRISPR/Cas9 CRISPR/Cas9

CRISPR/Cas9 CRISPR/Cas9 CRISPR/Cas9 ChIPseq

ChIPseq ChIPseq ChIPseq SPO11 SPO11 acetylacja-

histonów acetylacja-histonów NuA4 NuA4 HEI10 HEI10

NuA4 NuA4 ekspresja-genów ekspresja-genów

chromatyna chromatyna chromatyna rekombinacja

rekombinacja rekombinacja rekombinacja rekombinacja

RNAseq RNAseq RNAseq crossing-over crossing-over

crossing-over crossing-over SPO11 SPO11 SUMO

ubikwitylacja Arabidopsis Arabidopsis H2A.Z H2A.Z

H2A.Z H2A.Z histony epigenetyka epigenetyka mejoza

naprawa-DNA warianty-histonowe



Edycja genomu przy wykorzystaniu techniki CRISPR/Cas9 do

pozyskania mutantów w genach związanych z rekombinacją

mejotyczną

Mapowanie czynników kontrolujących częstość

rekombinacji mejotycznej u Arabidopsis thaliana

Antyrekombinacyjna funkcja genów systemu MMR (mismatch

repair)




Zakład Ekspresji Genów Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Zofia Szweykowska-Kulińska

Skład osobowy:

prof. dr hab. Artur Jarmołowski

dr hab. Andrzej Pacak

dr hab. Dorota Raczyńska

dr Katarzyna Kruszka

dr Izabela Sierocka

dr Aleksandra Świda-Barteczka

dr Dawid Bielewicz

dr Michał Taube

dr Jakub Dolata

Lokalizacja

Pokoje: 1.109-1.113

Kontakt

tel. 61 829 5953

[email protected]

Laboratorium Ekspresji Genów Kierownik Zakładu: prof. dr hab. Zofia Szweykowska-

Kulińska

http://zeg.amu.edu.pl/

http://zeg.amu.edu.pl

Laboratorium Ekspresji Genów Tematyka badań: słowa kluczowe

Zakład Ekspresji Genów

Rola splicingu w regulacji poziomu mikroRNA

znajdujących się w egzonach i intronach

Oddziaływaniami wiążących RNA w regulacji

biogenezy mikroRNA

Badania nad mechanizmem regulującym alternatywny

splicing

http://zeg.amu.edu.pl


Skład osobowy:

dr Ewa Stępniak-Konieczna

dr Agnieszka Piasecka

dr Patryk Konieczny

dr Katarzyna Taylor

Lokalizacja

Pokoje: 1.109-1.113

Kontakt

tel. 61 829 5958

[email protected]

l

Kierownik Laboratorium: dr hab. Krzysztof Sobczak, prof.

UAM

Laboratorium Terapii Genowej

Laboratorium Terapii Genowej

Nasze badania koncentrują się głównie na biologii i patologii rozmaitych cząsteczek RNA. Poznajemy

molekularny patomechanizm chorób genetycznych człowieka spowodowanych ekspansją powtórzeń

trójnukleotydowych, w których dochodzi do patogennego oddziaływania zmutowanych RNA z białkami. Są

nimi dystrofia miotoniczna (DM) oraz zespół drżenia i ataksji związany z łamliwym chromosomem X

(FXTAS). Głównymi celami naszych badań są charakterystyka białek oddziałujących z toksycznymi

cząsteczkami RNA w DM i FXTAS oraz opracowanie efektywnych strategii terapeutycznych nacelowanych

na RNA zawierający ekspansję powtórzeń trójnukleotydowych z zastosowaniem narzędzi interferencji RNA,

oligonukleotydów anstysensowych oraz związków niskocząsteczkowych.


Kontakt

tel. 61 829 5855

[email protected]

Laboratorium Systemów Ewolucyjnych Kierownik Laboratorium: prof. dr hab. Borys

Wróbel

http://www.evosys.org/pl/

Kontakt

tel. 61 829 5855

Laboratorium Systemów Ewolucyjnych

http://www.evosys.org/pl/

Wykorzystanie sztucznych sieci genowych w

robotyce ewolucyjnej

Wykorzystanie analizy czynności elektrycznej

mięśni w rehabilitacji

Stworzenie oprogramowania pozwalającego na analizę

czynności elektrycznej mięśni


Lokalizacja

Pokoje: 1.124 & 1.126

Kontakt

tel. 61 829 5839

[email protected]

Kierownik Laboratorium: dr Jan Brezovský, prof. UAM

Laboratorium Biomolekularnych Interakcji i Transportu

http://labbit.eu/

http://http/labbit.eu/



The main research topic of the laboratory is focused on solving fundamental questions about mechanisms

involved in a ligand transport through proteins, and implications of such processes for the function of the

living cell. To obtain a more comprehensive picture, we also investigate the protein-ligands interactions at

the functional sites as well as intra- and inter-protein interactions. To make achieving these goals more

effective, we develop new computational protocols and tools and apply them to the analysis of biomedically

and biotechnologically relevant proteins.



http://labbit.eu/




Identification of bioactive small molecules of

biomedically important proteins

Computational protein engineering towards

improved enzymes for biotechnologies

Study of molecular mechanisms of mutations in

biologically relevant enzymes underlying disease

development



http://labbit.eu/




Kontakt

tel. 22 597 0750

[email protected]

Laboratorium Bioinformatyki Strukturalnej Kierownik Laboratorium: prof. dr hab. Janusz Bujnicki

http://bid.amu.edu.pl/


Laboratorium Bioinformatyki Strukturalnej




Rozbudowa narzędzi bioinformatycznych do wizualizacji

modelowania struktur kompleksów makromolekularnych

Rozwój i zastosowanie metod komputerowego modelowania

struktur kompleksów białek i kwasów nukleinowych


Kontakt

tel. 22 597 0750

[email protected] http://bid.amu.edu.pl/

Laboratorium Bioinformatyki Strukturalnej


ZAKŁAD BIOLOGII OBLICZENIOWEJ

www.combio.pl

kierownik zakładu:

prof. dr hab. Wojciech Karłowski

www.facebook.com/bioinformatyka/

D R M A R E K Z Y W I C K I D R M A C I E J S Z Y MA N S K I D R A N D R Z EJ Z I E L EZ I NS K I

A G N I E S Z K A T H O M PS O N M A R I AN N A P L U C I N S K A M E D HA T H E L M Y A G N I E S Z K A R A S I N S K A

Doktoranci

P R O F . D R H A B . W O J C I EC H K A R Ł O W S K I

Pracownicy

www.combio.pl www.facebook.com/bioinformatyka/

#06

PRZYKŁADOWE TEMATY PRAC DYPLOMOWYCH:

Wykorzystanie technologii nowej generacji do analizy transkryptomów

Identyfikacja genów uzyskanych na drodze Horyzontalnego Transferu

Biologia strukturalna cząsteczek RNA

Nowoczesne metody porównywania sekwencji


BIOINFORMATYKA

RNA-SEQ ANALIZA SEKWENCJI

GENY SIEROCE

HORYZONTALNY TRANSFER GENÓW

NGS BAZY DANYCH

APLIKACJE INTERNETOWE

GENOMIKA

EWOLUCJA GENÓW

SEKWENCJONOWANIE

STRUKTURA RNA

tRNA

DOMENY BIAŁKOWE


Strona domowa IBMiB: http://ibmib.home.amu.edu.pl

http://ibmib.home.amu.edu.pl/

PREZENTACJE ZNAJDZIESZ: http://www.ibmib.amu.edu.pl

instytut biologii molekularnej i...

Documents