mapas de ligamiento luis barboza centro para investigaciones en granos y semillas (cigras)...

Mapas de ligamiento

Luis BarbozaCentro para investigaciones en Granos y Semillas

(CIGRAS)Universidad de Costa Rica

Julio 2009

Posiciones de genes en cromosomas

Griffiths et al. 2008

• Mapas de ligamiento genético

• Hibridación in situ de influorescencia (FISH)

• Map based cloning

Meiosis

Griffiths et al. 2008

Griffiths et al. 2008

Mapas de ligamiento– No muy precisos debido a:

• Dobles recombinantes• Interferencia

– Funciones para corregir:• Haldane• Kosambi

Práctica

• Lineas recombinantes

• Arabidopsis thaliana

• Poblaciones inmortales

Broman et al. (2005)

F8

xParental

P1 P2

HybridF1

Recombinant inbred line (RIL) population

F2 population

F2

F3

F4

F5

F6

F7

50 %

25 %

12.5 %

6.3 %

3.1 %

1.6 %

0.8 %

Single seed

descent

procedure

Het

Población:

RILs Ler×Cvi(Recombinant inbred lines)

Parentales

Híbrido F1

Descendencia por semilla única

“Líneas

Inmortales”

• Ejercicio 1: CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence)

FR:

(13/20)*100 = 65 cM

Conclusión:

GAPB A y GAPB B no se encuentran ligados

FR > 50 cM

P P P P P R R R R R R R R R R R P P R P P R

Frecuencia de recombinación (FR):Núm. Recombinantes/ Total población

a b a a a a a b b b b b a a b b a b a b a b

a b a a a b b a a a a a b b a a a b b b a b

Chi-cuadrado

Griffiths et al. 2008

Chi-cuadradoHipótesis nula:

No hay ligamiento (loci son segregados independientemente)

Hipotesis alterna:

Sí hay ligamiento

Hipótesis nula es rechazada

Posiblemente hay ligamiento

Griffiths et al. 2008

Ejercicio 2: Longitud de inflorescencia

Individuo 1 2 3 4Longitud de influorescensia B B B B

EC.480C B B A BEG.66L B B A BAD.108L B A B ACD.730C B A B AFD.188C B B A B

Er - Er +

• Ejercicio 3