LIGAMIENTO

Y

MAPAS DE

RECOMBINACIN

1

Descubrimiento del ligamiento: genes ligados vs independientes

Meiosis, sobrecruzamiento y recombinacin: variacin gentica y mapeo gentico.

Mapas genticos o mapas de ligamiento: - frecuencia de recombinacin y distancia

de mapa

- cruzamiento de dos y tres puntos

- aditividad, interferencia y coeficiente de

coincidencia.

Mapas de cromosomas humanos 2

Fenotipo y genotipo Descendientes

observados

Descendientes

esperados de la

proporcin 9:3:3:1

Prpura/alargado (P- L-)

Prpura/redondo (P- ll)

Rojo/alargado (pp L-)

Rojo/redondo (pp ll)

4831

390

393

1338

3991

1303

1303

435

TOTAL: 6952 6952

Bateson y R.C. Punnet, (1905) Guisante Color y forma de semilla

P- Prpura, p- rojo

L- alargado, l- redondo

No tena explicacin por modificaciones de las leyes mendelianas

3

T. H. Morgan (Nobel 1934): ligamiento al X en Drosophila -1909-

Sutton y Boveri, 1902 Teora cromosmica de la herencia

Bateson y Punnet, guisante

Herencia ligada al sexo

4

Mutantes de Drosophila melanogaster

+: salvaje Cy: Curly

ap: aptera vg: vestigial

sd: scalloped

dp: dumpy

D: Dichaete c: curved

+: salvaje w: white

sepia Bar

Estudio del ligamiento con

mutantes

5

A

a

a

B B b

b

A b

a B

A B

a b

1/4

1/4

1/4

1/4

SEGREGACIN INDEPENDIENTE DE DOS LOCI EN DIFERENTES CROMOSOMAS

El 50% de los gametos presentan nuevas combinaciones genotpicas

(A b) y (a B) diferentes de las parentales (AB) y (ab)

Cromosomas en la meiosis Productos meiticos

1 2

A

6

Ligamiento: Asociacin de genes en el mismo

cromosoma formando grupos de ligamientos

Ligamiento total

A

a

a

B

b

b

a

a b

b

Genotipo F1

AB / ab

Gametos (100% gametos parentales)

50 % AB

50 % ab

A B

A

A

B

B

7

Recombinacin: Recombinacin intercromosmica: genes (loci) en diferentes cromosomas (leyes de Mendel)

Recombinacin intracromosmica: genes situados en el mismo cromosoma ---> Entrecruzamiento

A A

a a

B

B

b

b

A A

B

B

A A b

b

a a

B

a a

b

b

B

Genotipos F1

A B

-- --

a b

AB

Ab

aB

ab

50%

recom-

binan-

tes

Proporcin 1:1:1:1

8

Entrecruzamiento (Crossover):El intercambio de cromtidas

no hermanas entre cromosomas homlogos durante la

meiosis por un proceso de rotura y reunin del DNA

A

A

a

a

B

B

b

b

A

A

a

a

B

B

b

b

Cromosomas en la meiosis Productos meiticos

Meiosis sin

entrecruza

miento

entre los

genes

A

A

a

a

B

B

b

b

A

A

a

a

B

B

b

b

Recombi-

nantes

Meiosis con

entrecruza

miento

entre los

genes

1

2

3

4

LOCI PRESENTES EN EL MISMO CROMOSOMA

9

Meiosis: sobrecruzamiento y recombinacin

10

Entrecruzamiento Janssens (1909) Hiptesis de la quiasmatipia

Entrecruzamientos (chiasmata) entre cromosomas homollogos en meiosis

Meiosis en

saltamontes

Quiasmas cromosmicos

en diplotene

11

Evidencias de la base fsica de la recombinacin

B. McClintock (Nobel 1983)

y H. Creighton, 1931: recombinacin intracromosmica

es resultado del intercambio fsico

entre cromosomas homlogos.

Cromosoma

9 del maz

C: granos con color;

c: granos sin color

Wx: granos amilceos;

wx: granos cerosos

12

13

Cruzamiento prueba:

AA BB aa bb

A B a b

Aa Bb aa bb

Genotipos P

Gametos P

F1

Cruzamiento

prueba

ab

AB

Ab

aB

ab

Aa Bb

Aa bb

aa Bb

aa bb

Gametos

Genotipos

A- B-

A- bb

aa B-

aa bb

Fenotipos

X

El cruzamiento prueba permite

inferir las proporciones de los

gametos que se forman en el

doble heterocigoto 14

Genes independientes Genes ligados

recombinacin intercromosmica recombinacin intracromosmica 15

Simbolismo del ligamiento

Notacin de genes:

1. No se conocen las relaciones: AaBb (diheterocigtico)

2. Genes en cromosomas diferentes: A/a B/b

3. Genes en el mismo cromosoma: AB/ab (cis) ;

Ab/aB (trans)

Dihbrido (F2: 9-3-3-1):

sobrecruzamiento

o

entrecruzamiento

X

ligamiento completo

grupos de ligamiento

Tantos como pares de autosomas + X +Y.

Ej: en humanos 22 +1+1 = 24 grupos de ligamiento

16

Notacin para cruzamientos con ligamientos

AA BB x aa bb A B x a b

A B a b

A B

a b

A a

B b

cis trans

Fase de Acoplamiento Fase de Repulsin

17

cis trans

18

sobrecruzamiento

sin

recombinacin

sobrecruzamiento

y

recombinacin

19

20

Thomas H. Morgan

y su laboratorio de Drosophila

Morgan y el entrecruzamiento

21

y: cuerpo amarillo

w: ojos blancos

m: alas en miniatura

Ligamiento de genes

22

23

Clculo de la frecuencia de Recombinacin

El porcentaje de progenie recombinante que se produce a partir de

un cruzamiento se denomina frecuencia de recombinacin

Frecuencia de Recombinacin= N Prog. Recomb. X 100 %

N Total de Progenie

Ejemplo => Color de torax y pupario en Moscas

10 + 10 x 100 % = 20 %

40 + 40 + 10 + 10

24

FR = recombinantes / total

FR = 50% --> genes independientes (NO ligados)

FR < 50% --> genes ligados (mismo cromosoma)

Prueba del c2

25

Demostracin 2: caso completo para 1 2 entrecruzamientos

Por qu la frecuencia de recombinacin (FR) entre dos

marcadores no puede superar el 50%?

FR promedio de un doble

entrecruzamiento = 8/16 = 50%

26

Mapas genticos

A. H. Sturtevant ( y C. Bridges) 27

Cartografa Gentica:

La cartografa gentica asigna el lugar cromosmico

de un gen (o locus) y su relacin de distancia con

otros genes (o loci) en un cromosoma dado

A. Sturtevant (1913). La distribucin y el

orden lineal de los genes se pueden

establecer experimentalmente mediante

el anlisis gentico

28

Supuesto:

las frecuencias de entrecruzamiento, y por

tanto la frecuencia de recombinacin,

depende de la distancia entre genes

Unidad de distancia: La unidad de mapa (u.m.) o el

centimorgan (cM) --> La distancia entre genes (loci) en los que

la frecuencia de recombinacin es del 1%

A C B

29

FR y-w: 1,3% FR w-m: 37,2%

1,3 37,2

unidades de mapa gentico

1% recombinantes -> 1 cM 1 um

100 cM = M

-mapa fsico 1 Mb-

MAPA GENTICO

30

Mapa a partir de cruzamientos prueba de

dos puntos (dos loci en el mismo

cromosomas)

Se determina la distancia 2 a 2 entre loci y stas se

suman para estimar la distancia gentica total de un

cromosoma

A B

31

Ejemplo:

Experimento de Morgan

pr = Ojos Prpura

vg = Alas vestigiales

Ambos alelos son recesivos respecto al salvaje

P pr+ vg+ X pr vg

pr+ vg+ pr vg

F1 pr+ pr X pr vg

pr vg pr vg

Fenotipos F 2

pr+ vg+ 1339

pr vg 1195

pr+ vg 151

pr vg+ 154

____

2839

Proporcin no 1:1:1:1. Un

test de c2 es muy

significativo

32

Metodologa

Normalmente heterocigoto X homocigoto recesivo (cruzamiento prueba) -> AB/ab X ab/ab.

No se observa en la F2 la proporcin fenotpica 1:1:1:1, y la proporcin no es predecible a priori porque depende de la

distancia entre los genes estudiados.

Las dos clases mayoritarias corresponden a los gametos no recombinantes (parentales), y las minoritarias a los

recombinantes (no parentales).

La frecuencia de recombinacin (recombinantes/total X 100) refleja la distancia gentica entre los dos genes. Una unidad

de mapa o centimorgan (1cM) = 1% de recombinantes.

Se ordenan tres genes cuyas distancias se han medido dos a dos.

33

Fenotipos F 2

pr+ vg+ 1339

pr vg 1195

pr+ vg 151

pr vg+ 154

____

2839

305

FR = 305/2839 = 0,107 = 10,7 cM

Proporcin no 1:1:1:1. Un test de c2 es muy significativo

pr vg

10,7 cM 34

Orden de los genes

Se han estudias tres pares de genes

y estas son las distancias entre ellos:

Distancia A-B = 12;

Distancia B-C = 7; y

Distancia A-C = 5

Cul es el orden de los genes? Las distancias deben ser

aditivas y consistentes entre s

Supongamos las tres ordenaciones posibles

35

Orden de los genes

Ordenaciones posibles

Caso 1: Marcador A est en el medio:

Caso 2: Marcador B est en el medio:

Caso 3: Marcador C est en el medio:

A A C

C B

B

7

12 5

A

B

C

A 12

5

C B 7

A

B

C

A 12

5 B C

7 Aditividad

36

Las distancias de mapa no son completamente

aditivas A B C

FR = x FR = y

A C

FR < x + y

b pr c 19,5 5,9

23,7

25,4

Distancia experimento dos puntos b-c

La mejor estima distancia,

suma (b-pr) + (pr-c)

37

5,5 um 1,56 + 4,06 = 5,62 y no 5,5

imprecisin de los mapas genticos:

las distancias genticas no son aditivas!

La suma de las distancias cortas es una medida ms precisa

que las distancias mayores calculadas directamente

ADITIVIDAD

38

Mapa de Stutervant inclua 5 genes

B C P R M

00 10 30,7 33,7

57,6

y w Vermellon Mianiature eyes wing

Rudimentery

wing

Stutervant

Ubicacin en X

Smbolo

moderno

39

Mapa a partir de cruzamientos prueba de tres

puntos (tres loci en el mismo cromosomas)

A B C Metodologa

Triple heterocigoto X homocigoto recesivo (cruzamiento prueba) -> ABC/abc X abc/abc

Si hay ligamiento, no se observa en la F2 la proporcin fenotpica 1/8 para cada tipo de gameto

Se agrupan las clases recprocas (aquellas que tienen un fenotipo mutante en el par recproco, como el par de fenotipos

fenotipos ABC-abc Abc-aBC. Las clases recprocas deben ser de

frecuencia parecida

Orden de los genes: Los fenotipos no recombinantes (parentales) son los ms frecuentes Los fenotipos menos frecuentes resultan de un doble entrecruzamiento Al comparar los fenotipos no recombinantes con los doble entrecruzados, el gen del medio es el que est cambiado

Distancias de mapa: a la distancia entre genes consecutivos debe sumarse las frecuencias de los dobles entrecruzamientos

40

dobles recombinantes

gametos parentales 41

42

parentales

recombinantes

sencillos y-w

recombinantes

sencillos w-ec

dobles

recombinantes

P

DR

RS I

RS II

43

Ejemplo de cartografa en maz

Criterios para la construccin de mapas (en genes ligados al sexo y

autosmicos: 1). Un padre debe ser heterocigoto para todos los

caracteres en cuestin.

2). Lo genotipos gamticos producidos por los heterocigotos

deben ser aparentes al observar los fenotipos de los

descendientes.

3) Debemos disponer de una muestra de tamao suficiente.

4) Para cumplir el segundo criterio, el otro padre debe ser

homocigoto recesivo para los tres alelos mutantes.

Em Maz => Genes bm (nervadura marrn), v (brote virescente) y pr

(aleurona prpura) ligados en el cromosoma 5

1- Cul es la situacin de alelos correcta

de los alelos de la planta heterocigota?

44

45

1- Identificar las dos clases no recombinantes (aquellas que ocurren con mayor frecuencia)

2. Cul es el orden correcto de los genes?

Comprobar las tres posibles ordenaciones para determinar

cual de ellas produce los fenotipos de los dobles

recombinantes

3. Cul es la distancia entre cada par de genes

La distancia de mapa entre genes se calcula teniendo en

cuenta todos los sucesos de recombinacin detectables que

se han dado entre ellos. Tanto sencillos como dobles

46

Situaciones allicas posibles

en el parental heterocigota

47

1 P: + v bm / pr + + 2 DR: v + bm / + pr +

clases recprocas

PARENTALES

RECOMBINATES

DOBLES

RECOMBINANTES

SIMPLES

RECOMBINANTES

SIMPLES

48

Distancia v - pr

Los fenotipos v pr + y + + bm resultan del entrecruzamiento

entre v y pr, este entrecruzamiento sencillo explica el 14,5 % de la

descendencia. Aadiendo el porcentaje de dobles recombinantes

(7,8 %), calculamos que la distancia total entre estos dos genes es

de 22,3 um.

Distancia pr - bm

Fenotipos v + + y + pr bm resultan del

entrecruzamiento sencillo entre pr y bm. Explicando el

35,6 %, con la suma de los dobles recombinates (7,8 %),

la distanica entre pr y bm es de 43,4 um.

22,3 43,4

v pr bm

49

50

Los sobrecruzamientos mltiples,

tienen lugar de manera independiente

o se influyen mutuamente (interferencia)?

INTERFERENCIA

Coeficiente de coincidencia: mide si los entrecruzamientos

son independientes entre s.

Si los mltiples entrecruzamientos suceden independientemente los unos de los otros, la frecuencia de

los dobles entrecruzamientos ser al producto de la

frecuencia de los intercambios sencillos

Coeficiente coincidencia (CC) = (nmero de dobles entrecruzamientos observados)/(nmero de dobles

entrecruzamientos esperados)

51

Interferencia Frecuencia esperada Ent. Dobles = 0.123 x 0.064 =

0.79%

Frecuencia observada Ent. Dobles = 0.52%

Frecobs/ Fresp = 0.6 (coeficiente de coincidencia)

Interferencia = 1 - C.C. = 0.4

coeficiente de coincidencia

cdc = DRo / DRe

DR: frecuencia o nmero

interferencia

I = 1 - cdc

I = 1 -> interferencia completa I = 0 -> no hay interferencia

I positiva -> DRo < DRe I negativa ! -> DRo > DRe 52

Relacin entre frecuencia de recombinacin y

entrecruzamiento (o distancia real de mapa)

Las distancias de mapa no son completamente aditivas porque los

dobles recombinantes entre dos marcadores A y C no se detectan en

un cruce de dos puntos, subestimndose la distancia A y C

A B C

a b c

A b C

a B c

La relacin entre la distancia real de mapa (nmero de entrecruzamientos) y la frecuencia de recombinacin entre dos

marcadores o loci no es lineal. Cuanto ms lejos estn los marcadores

peor es la estima

La frecuencia de recombinacin (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50%

FR 0,5

A B C

a b c

53

Demostracin 1: Muchos entrecruzamientos entre a y b

Es igual de probable cualquier combinacin,

++,

ab,

a+,

+b,

es como si segregaran independientemente ambos

loci. Luego, la FR mxima es 50%

Por qu la frecuencia de recombinacin (FR) entre

dos marcadores no puede superar el 50%?

54

Mayor distancia entre loci --> Mayor nmero de entrecruzamientos

Ms Entrecruzamientos ---> Ms Recombinacin

A mayor frecuencia de recombinacin mayor

la distancia entre loci

El nmero de etrecruzamientos por meiosis y por cromosoma

se puede representar por una distribucin aleatoria de

Poisson, con media

!)(

i

eif

i

)21ln(

)1(2

1

FR

eFR

55

50

40

30

20

10

FR

observada

(%)

=1 =2 =3 =4

50 100 150 200 Unidades de mapa reales

Nmero medio de entrecruzamientos por meiosis

)1(2

1 eFR

Zona de linealidad

FUNCIN DE MAPA Es una funcin que permite estimar la distancia de mapa mejor que

empleando solamente la frecuencia de recombinacin, pues corrige

los intercambios (entrecruzamientos) no detectados

56

Mapa gentico de Drosophila melanogaster

4 grupos de ligamiento + Y

Distancias entre los genes

en um, a partir de un

extremo. Distancias largas

calculadas a partir de la

suma de distancias cortas.

57

Mapa gentico

del tomate

(1952 )

58

Importancia mapas de recombinacin

Describir Ias tasas de recombinacin a lo largo del genoma.

Predecir la transmisin gentica de un gameto. Localizacin de genes que influyen el fenotipo (QTLs). Marco de referencia para cartografa fsica. Marco de referencia para la cartografa de genes asociados a enfermedades. 59

Mapas genticos vs fsicos Mapas genticos

mayormente basados en recombinacin meitica

raramente en recombinacin mittica

modelos derivados de datos genticos

Mapas fsicos

citolgicos: bandas de politnicos (insectos), Bandas G (humanos)

Mapas de clones (1980s)

Secuencia (1990s*)

*Primera secuencia genmica completada en 1977 60

Mapas genticos (de recombinacin)

versus mapas fsicos

61

Mapas fsicos y genticos

Mapas fsicos: la distancia entre marcadores es

una distancia fsica real, basada en pares de

bases o distancias citolgicas

Baja resolucin: Posicin citolgica en los

cromosomas, o fragmentos delecionados o

translocados de cromosomas. Hibridacin in situ.

FISH

Alta resolucin: Mapas de restriccin, electroforesis

en campo pulsante, secuenciacin DNA

62

Escala de mapas

63

Cromosoma de C. elegans Mapa gentico (recombinacin)

Mapa fsico (secuencia)

--La tasa de recombinacin vara en las diferentes

regiones

--fsicamente ms juntos en el centro ?

--genes en los brazos de evolucin ms rpida --

50 cM

16.7 Mbp

64

Primera secuencia genmica

Fago fX174

5386 nt ssDNA (codifica para 11 protenas)

Sanger et al, 1977 Nature, 265: 687

65

Frecuencia de recombinacin por unidad de DNA

Especies Tamao haploide Unidades Tamao de la Distancia media

del genoma de Mapa unidad mapa entrecruzamientos

consecutivos

Fago T4 1.6 x 105 pb 800 200 pb 1.0 x 104 pb

E. coli 4.2 x 106 pb 1750 2400 pb 1.2 x 105 pb

Levadura 2.0 x 107 pb 4200 5000 pb 2.5 x 105 pb

Hongo 2.7 x 107 pb 1000 27000 pb 1.3 x 106 pb

Nemtodo 8.0 x 107 pb 320 250000 pb 1.2 x 107 pb Mosca de la

fruta 1.4 x 108 pb 280 500000 pb 2.5 x 107 pb Ratn 3.0 x 109 pb 1700 1800000 pb 9.0 x 107 pb

Humanos

Varn 3.3 x 109 pb 2809 1200000 pb 6.0 x 107 pb

Mujer 3.3 x 109 pb 4782 700000 pb 3.5 x 107 pb

Mapas genticos versus mapas fsicos

66

Contaje de quiasmas en humanos: 49 quiasmas/cl. ~ 2450 cM en varones (estimas de ligamiento dan un total de distancia de ligamiento hasta 2644 cM varones y hasta 4481 cM en mujeres)

Para el genoma humano con 3000 Mb tenemos que

1 cM en varones equivale a 1.13 Mb

1 cM en mujeres equivale a 0.67 Mb

1 cM = 0.9 Mb ~ 1 Mb como media

Ms recombinacin en las zonas telomricas que en las

centromricas y en cromosomas pequeos que en grandes

EQUIVALENCIAS DE DISTANCIA DE LIGAMIENTO Y FSICA EN HUMANOS

67

Problemas:

- Cruzamientos limitados (estudio de genealogas)

- Tamao de la muestra pequeo

- Genoma muy extenso (muchos cromosomas y distancia)

Cartografa gentica en humanos

68

Cartografa gentica en humanos

Estudios familias

Herencia ligada al cromosoma X marcadores clsicos.

Autosmicos marcadores clsicos

Cartografa marcador-enfermedad La caza de genes asociados a enfermedades

Cartografa marcador-marcador Estudios marcadores polimrficos asignados a colecciones de familias (CEPH).

DNA (Microsatlites, RFLPs, RAPDs,...)

69

En humanos raramente se encuentran familias con dos enfermedades

hereditarias que segreguen.

Por esto se necesitan puntos del genoma independientes denominados marcadores que se transmitan mendelianamente.

NECESIDAD DE LOS MARCADORES EN MAPAS HUMANOS

1910-60 Grupos sanguneos 20 loci

1960-75 Protenas sricas 30 loci

1970- Alelos HLA 1 haplotipo

1975- RFLPs de DNA 105 loci

1985- Minisatlites (VNTRs) 104 loci

1989- Microsatlites (STRs) 104 loci

70

Xg Protena grupo sanguneo

Ictiosis (un efermedad de la piel)

Albinismo ocular

Angioqueratoma (crecto celular)

Centrmero Fosfoglicerato-quinasa Alfa-galactosidasa

Xm

Deutan (ceguera color rojo-verde)

G6PD

Protano (ceguera color rojo-verde)

Hemofila A

Cartografa a travs de la herencia ligada al cromosoma X (359 loci se han asignado al X)

71

Mtodo de la puntuacin lod

J.B.S. Haldane y C.A. Smith, 1947, mejorado por Newton Morton, 1955

Lod Score ayuda a demostrar el ligamiento, es el logaritmo de las

probabilidades que favorecen el ligamiento, estima la probabilidad

de que una genealoga dada, en la que se estudian dos caracteres

reflejen ligamiento

1 se calcula la probabilidad de que los datos familiares, en relacin a dos o ms caracteres, concuerden con la transmisin independiente.

Luego se calcula la probabilidad de que datos familiares idnticos para estos mismos caracteres resulten del ligamiento con una

frecuencia de recombinacin dada.

La razn de estos valores de probabilidad expresa la probabilidad a favor en contra de un ligamiento

Un anlisis logartmico de probabilidad que establece un valor de 3 o mas alto se considera prueba suficiente de ligamiento.

Este anlisis represent un avance importante para asignar genes humanos a cromosomas concretos y para construir mapas preliminares.

72

Log Of Odds (logaritmo de probabilidades)

Probabilidad de obtener un conjunto de resultados en

una familia basndose en la existencia de segregacin

independiente (por un lado) y en la de un grado

concreto de ligamiento, por otro.

Cociente entre las dos probabilidadesLog Se pueden sumar los resultados de varios

cruzamientos

Se admite ligamiento si Lod=> 3

Se admite no ligamiento si Lod=

MAPADO FSICO

El anlisis de ligamiento determina posiciones relativas, pero

no localizaciones cromosmicas precisas. El mapa fsico da

distancia fsica real, basada en pb, posicin citolgica en los

cromosomas, o fragmentos de cromosomas.

Mapado fsico de baja resolucin:

hibridacin in situ cromosmica hbridos de clulas somticas

Mapado fsico de alta resolucin:

Marcadores moleculares: RFLPs, VNTRs, STRs, RAPDs STSs, ESTs

Ensamblaje de clones contiguos

74

HIBRIDACIN IN SITU EN CROMOSOMAS

Sonda telomrica en humanos Sonda centromrica en ratn

(Fluorescena sobre Ioduro de propidio) (Autoradiografa, marcaje con H3)

Sonda centromrica del cr. 5 humano Pintado cromosmico con diferentes sondas marcadas. 75

Hibridacin de clulas somticas

(George Barsky, 1960)

Medio HAT

A: aminopterina (inhibe sntesis de DNA de novo)

H: hipoxantina

T: timidina

HGFRT: hipoxantina guanina

fosforribosil transferasa

TK: timidilato kinasa ratn: HGFRT+TK-;

humana: HGFRT-TK+ (cromos. 17)

76

Prueba de sintenia: correlacin entre la presencia o ausencia de cada cromosoma con la presencia o ausencia

de cada producto gnico.

asignacin de genes a cromosomas

A: cromosoma 5 C: ninguno

B: cromosoma 3 D: cromosoma 1 77

78

Cartografa de genes mediante

anlisis moleculares

Marcadores moleculares

Determinan mapas fsicos del genoma

Se pueden rastrear en genealogas multigeneracionales y

asignar su ubicacin concreta en los cromosomas.

Luego los genes se pueden analizar en relacin a estos

marcadores, estableciendo su posicin a lo largo del

cromosoma.

79

CARTOGRAFIADO CON MARCADORES MOLECULARES

y otros tipos

RFLPs: polimorfismos para la longitud de los fragmentos de restriccin

SSLPs: polimorfismos para la longitud de secuencias sencillas. Incluimos los mini y microsatlites

SNPs: polimorfismos de un nico nucletidos: generacin de microarrays y chipDNA

STS: sequence tagged site: sitios de secuencia especfica

Por delecin gnica

Hibridacin in situ: pintado de cromosomas (chromosome painting) y kariotipado espectral (sky)

Secueciacin: el maximo cartografiado de nucletidos posible 80

MARCADORES MOLECULARES Y ANLISIS DE LIGAMIENTO: RFLPs (Random Fragment Length Polymorphisms)

81

VNTRs o MINISATLITES (Variable Number of Tandem Repeats)

sospechosos

muestra

82

83

RAPDs: DNA POLIMRFICOS AMPLIFICADOS AL AZAR

(Random Arbitrarily Primed DNA)

84

STRs: REPETICIONES EN TANDEM CORTAS o MICROSATLITES (Short Tandem Repeats)

85

ENSAMBLAJE DE CONTIGS POR STSs (SITIOS ETIQUETA DE SECUENCIA) (Sequence Tagged Sites)

86

MAPAS DE ESTs: SITIOS ETIQUETA QUE SE EXPRESAN (Expression Sequence Tags)

87

MAPAS FSICOS COMO MARCO PARA CLONADO POSICIONAL

Citolgico

STSs

RFLPs

ESTs

clones en YAC

88

MAPA DEL CROMOSOMA 1

89