titre. 1 1. prologue. 2.1.1 1. prologue. 2. voyage dans la matrice. 2.1. diagnostic différentiel....

titre

PLUIED’ETOILES

1

1. Prologue.

2.1.1

1. Prologue.2. Voyage dans la matrice.2.1. Diagnostic différentiel.

2.1.1. Qu’est-ce que le PDGF? « platelet derived growth factor » =

facteur de croissance dérivé des plaquettes.

2.1.2. Expliquer le concept d'inhibition de contact.

Une culture cellulaire ne dépasse pas une certaine densité.

La confluence bloque la croissance.

2.2.1

1. Prologue.2. Voyage dans la matrice.2.2. Hyaluronate.

2.2.1. Expliquer les valeurs des témoins.

T cicatrisation post cicatrisation0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2

1.4

1.6

1.8

2act (UE.mL)

niveaude base

cicatrisation = synthèse hyaluronateniveau le plus bas de dégradation

Post cicatrisation = dégradation de l’excès de hyaluronateniveau le plus haut de dégradation

2.2.2


2.2.2. Mesurer l'activité du sérum de Bruce Willis.

Vm = 1/b = 16 nmol.L-1.mn-1

0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.00.00

0.20

0.40

0.60

0.80

1.00

1.20

1.40

f(x) = 0.21875 x + 0.0625000000000003= 16.10-3 µmol.L-1.mn-1

= 16.10-3 UE

10 µL de sérum = 16.10-3 UE/10µL

= 16.10-1 UE/mL1,6 UE.mL-1T cicatrisation post cicatrisation

0

0.2

0.4

0.6

0.8

1

1.2

1.4

1.6

1.8

2act (UE.mL)

en cours de cicatrisation

2.2.3. Comparer avec les normes et conclure.

2.3.1


2.3.1. Pourquoi une si grande proportion de glycine?

La glycine est le plus petit des acides aminés-----> Sa chaîne latérale entre dans l’espace restreint

entre les chaînes

Sa présence permet de casser la structure en hélice a plus ample.

2.3.2. Expliquer la présence de la proline.

2.3. Collagène.

2.3.3

2. Voyage dans la matrice.

2.3.3. Quelle est la bande à 450 kD?

Collagène

2.3.4. Expliquer l'allure des deux gels à t = 6 minutes.

si neutralisation SRP à 6 mn-----> présence dans lumière RE-----> absence dans cytoplasme

2.3.5. Que s'est-il passé sur les pistes 0 mn?

si neutralisation SRP à 0 mn-----> absence dans lumière REPas de translocation

2.3.6. Justifier la position de la bande sur la piste cyto.

Forme collagène plus lourd -----> présence du peptide signal

non excisé.

2.3.7. Expliquer l'allure des deux pistes 3.

50% de forme transloquée50% de forme précurseur

3 mn représente le temps critique pour le démarrage de la

translocation.

2.3. Collagène.

2.3.8

1. Prologue.2. Voyage dans la matrice.2.2. Hyaluronate.2.3. Collagène.

2.3.8. Quel est le rôle des protéines SRP?

Elles bloquent la traduction à 3 mnElles reconnaissent le récepteur canal

2.3.9


2.3.9. Calculer le coefficient d'extinction molaire des chaînes a.

Les concentrations à t = 0 peuvent servir de gamme

étalon.

C a t = 0 t = 15 t = 5µmol.L-1 sans avec

0 0,000 0,000 0,0002 0,005 0,024 0,1014 0,010 0,040 0,1728 0,020 0,060 0,268

12 0,029 0,072 0,32915 0,037 0,079 0,362


0 0,000 0,000 0,0002 0,005 0,024 0,1014 0,010 0,040 0,1728 0,020 0,060 0,268

12 0,029 0,072 0,32915 0,037 0,079 0,362

0 2 4 6 8 10 12 14 16

0.000

0.005

0.010

0.015

0.020

0.025

0.030

0.035

0.040

f(x) = 0.00245 x

C (µmol.L-1)

Abs

a = 0,00245 µmol.L-1.mn-1

e = 106 . a = 2 450 mol.L-1.mn-1

2.3.10


2.3.10. Convertir les vitesses initiales en µmol.L-1.mn-1.

2 étapes:


0 0,000 0,000 0,0002 0,005 0,024 0,1014 0,010 0,040 0,1728 0,020 0,060 0,268

12 0,029 0,072 0,32915 0,037 0,079 0,362

Abs -----> CC = Abs /e

Abs a -----> Abs SHDans le cas d'une réaction équimolaire

Ca = CSH = Ct

eSH.C.l = et.Cl – ea.C.leSH = et - ea

e SH = De = 12 500 – 2 450=10 050 mol.L-1.cm-1

Vi = C / (De x t)

Vi = C / t

pour les puristes:Vi = DC / Dt

sans ascorbateDt = 15 mn

avec ascorbateDt = 5 mn

C a sans vit Cµmol.L-1

0 0,00 0,002 0,16 2,004 0,27 3,438 0,40 5,33

12 0,48 6,5515 0,52 7,20

µmol.L-1.mn-1

C'est une simplification

honteuse car la stœchiométrie

n'est pas connue:

2.3.11


2.3.11. Déterminer l'effet de l'ascorbate sur la formation du collagène.


0 0,000 0,000 0,0002 0,005 0,024 0,1014 0,010 0,040 0,1728 0,020 0,060 0,268

12 0,029 0,072 0,32915 0,037 0,079 0,362

C a sans vit Cµmol.L-1

0 0,00 0,002 0,16 2,004 0,27 3,438 0,40 5,33

12 0,48 6,5515 0,52 7,20

µmol.L-1.mn-1

-0.20 -0.10 0.00 0.10 0.20 0.30 0.40 0.500.0

1.0

2.0

3.0

4.0

5.0

f(x) = 0.833333333333333 x + 0.0833333333333335

f(x) = 9.99999999999999 x + 1.25

1/SL.µmol-1

1/VL.mn.µmol-1

L’ascorbate active la synthèse du collagène

2.3.12

2. Voyage dans la matrice.2.3. Collagène.

2.3.12. Quel est le nom de la maladie dont souffrait les marins par carence en ascorbate? Le scorbut

2.4.1


2.4.1. Analyser l’allure des deux pistes.

2.3. Collagène.2.4. Fibronectine.

La sonde A reconnaît 1 fragment

La sonde B reconnaît 2 fragments

dont le fragment A

2.4.2. Comment expliquer la présence de deux bandes reconnues par la sonde B?

La sonde B est « à cheval » sur deux

fragments

2.4.3. Comment expliquer la présence d'une bande commune avec les sondes A et B?

Les deux sondes reconnaissent deux parties d’une même

séquence

2.4.4

2. Voyage dans la matrice.2.4. Fibronectine.

2.4.4. Formuler une hypothèse expliquant l'ensemble des résultats.

gène

Sonde A Sonde B

Enzymede restriction

Sonde A Sonde BSonde B

2.4.52.4. Fibronectine.

2.4.5. Analyser le cliché. Identifier les éléments qui le constituent.

Segments épais

Boucles fines

Segments bicaténaireshybridés

Segments monocaténaires

2.4.6. Expliquer la présence de boucles.

Séquences présentes sur l’ADN et absentes de

l’ARN.


ADN

ARN

2.4.7. Que peut-on en conclure?

Transcription morceléeintron / exon


2.4.8. Analyser l'allure des pistes.

Les sondes A et B reconnaissent plusieurs segments d’ADN.


Certains sont en commun.

2.4.9. Expliquer la présence de bandes communes entre les deux pistes.

A et B reconnaissent deux parties du même gène.

2.4.10. Comment justifier la présence de bandes différentes selon la sonde employée?

Bandes différentes -----> ARN différents


2.4.10. Que peut-on conclure au sujet de l'ARNm de la fibronectine?

Le même gène est transcrit en plusieurs versions d’ARNm

-----> tous codent pour une version différente de fibronectine.


3.1.13.1.1. A quelle phase du cycle les cellules s'arrondissent-elles?

Phase M= mitose

3. Cycle.

3.1. Les différentes phases du cycle.

3.1.2. Comment s'appelle la division cytoplasmique de la cellule?

Cytodiérèse

3.1.3. Donner le nom de la période séparant deux divisions.

Interphase

3.1.4. Quel évènement majeur à lieu pendant la phase S?

Réplication

3.1.53.1.5. Calculer la vitesse spécifique de croissance de la culture.

3. Cycle.


0 5 10 15 20 254.50

4.60

4.70

4.80

4.90

5.00

5.10

f(x) = 0.0123776282242849 x + 4.67282883446191

t (en h)

Ln(N)

µ = a = 0,0124 h-1

3.1.6. Déterminer la durée d'un cycle cellulaire.

G = Ln ( 2 ) / µ= 0,69 / 0,0124

= 56 h

3.1.73.1.7. Justifier la méthode employée pour calculer les durées des différentes phases du cycle.

3. Cycle.


Le pourcentage de cellules dans une phase est le reflet de la durée

de cette phase

3.1.8. Pour que cette méthode soit valide, la culture doit obéir à un impératif, lequel?

La population cellulaire doit être en croissance asynchrone

24 h

1 / 12

phase M= 1 / 12 x 24

= 2 h

3.1.9

boîte 1 boîte 2 boîte 3

Celltotales 169 213 181

Cell mitotiques 24 30 26

Cell marquées 27 34 29

boîte 1 boîte 2 boîte 3 moy

Celltotales 169 213 181 188

Cell mitotiques 24 30 26 27

Cell marquées 27 34 29 30



Celltotales 169 213 181 188 %

Cell mitotiques 24 30 26 27 0,143

Cell marquées 27 34 29 30 0,161

M = Tcycle x %= 56 x 0,143

= 8 h

3. Cycle.

3.1.9 Déterminer la durée de la phase M. 3.1.10. Quelle est l'autre phase mesurée? Quelle est sa durée?


Celltotales 169 213 181 188 %

Cell mitotiques 24 30 26 27 0,143

Cell marquées 27 34 29 30 0,161

S = 56 x 0,161= 9 h

incorporation de la thymine pendant la réplication

3.1.10. Quelle est l'autre phase mesurée? Quelle est sa durée?

3.1.103.1. Les différentes phases du cycle.

3. Cycle.

3.1.10. Analyser les résultats et conclure.

Phase mitotique plus longue que la normale.

56 heures 8h

9h

>> 2h

3.2.13.1. Les différentes phases du cycle.

3. Cycle.

3.2.1. Formuler deux hypothèses sur l’origine de ces phénomènes.

activité kinase >

3.2. Phosphorylation.[Ez] >

apparition d’une nouvelle enzyme

3.2.2

3. Cycle. la présence de PDGF active les kinases

3.2. Phosphorylation.3.2.2. Analyser les activités enzymatiques des cellules dans les quatre expériences.

0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.08 0.09 0.100.000

0.005

0.010

0.015

0.020

f(x) = 0.0533333333333335 x + 0.00333333333333334

f(x) = 0.0888888888888891 x + 0.0111111111111111

f(x) = 0.0909090909090906 x + 0.00454545454545455

f(x) = 1.33333333333333 x + 0.0666666666666667

1/ATP(µmol.L-1)

1/Vnmol.L-1.mn-1

B.W. avec PDGF

B.W. sans PDGF

T. avec PDGF

T. sans PDGFVm

nmol.L-1.mn-1

Kmµmol.L-1

TSans PDGF 15 20

TAvec PDGF 220 20

B.W.Sans PDGF 90 8

B.W.Avec PDGF 300 16

B.W. >> T

c’est normal!

3.2.3

3. Cycle.

3.2. Phosphorylation.

Vmnmol.L-1.mn-1

Kmµmol.L-1

TSans PDGF 15 20

TAvec PDGF 220 20

B.W.Sans PDGF 90 8

B.W.Avec PDGF 300 16

3.2.3. Ces résultats permettent-ils de départager les deux hypothèses?

90= 15 + 75

300= 220 + 80

Ez normale +

Ez nouvelle

Km = cte

Km = D

une seule enzyme

moyenne de deux enzymes

Apparition d’une activité enzymatique nouvelle.

3.3.1

3. Cycle.

3.2. Phosphorylation.3.3. Traitement.

3.3.1. Jack doit-il choisir des inhibiteurs compétitifs ou non compétitifs? Justifier.

Il doit choisir des INC!

Les IC ne sont pas spécifiques d'une iso-enzyme particulière: ils bloqueraient l'ensemble du

métabolisme kinase

3.3.2

3. Cycle.


3.3.2. Calculer les paramètres enzymatiques dans chaque cas.

-0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.050.0

0.5

1.0

1.5

2.0f(x) = 13.3333333333334 x + 1.33333333333333

f(x) = 5.33333333333336 x + 0.333333333333333

f(x) = 10.5 x + 0.500000000000001

f(x) = 160 x + 10

1/S (en L.µmol-1 )

100 / V(en mn.L.nmol-1)

cyclospérine

amphoricol

tryptodol

ouabaïne

cyclospérine amphoricol ouabaïne tryptodol

Vm 10 200 300 75 nmol.L-1.mn-1

Km 16 21 16 10 µmol.L-1

TSans PDGF

TAvec PDGF

B.W.Sans PDGF

B.W.Avec PDGF

Vm 15 220 90 300 nmol.L-1.mn-1

Km 20 30 8 16 µmol.L-1

3.3.3. Quelle est l'action de la oubaïne? Ce choix est-il judicieux?

3.3.3

3. Cycle.


3.3.3. Quelle est l'action de la oubaïne? Ce choix est-il judicieux?

La oubaïne est un inhibiteur des pompes Na,K, ATPase

Rien à voir avec les kinasesChoix malheureux.

TSans PDGF

TAvec PDGF

B.W.Sans PDGF

B.W.Avec PDGF

Vm 15 220 90 300 nmol.L-1.mn-1

Km 20 30 8 16 µmol.L-1

cyclospérine amphoricol ouabaïne tryptodol

Vm 10 200 300 75 nmol.L-1.mn-1

Km 16 21 16 10 µmol.L-1

cyclospérine amphoricol tryptodol

Vm 10 200 75 nmol.L-1.mn-1

Km 16 21 10 µmol.L-1

3.3.4

3. Cycle.


3.3.4. Quelle est l'action de chacun d'eux?

La cyclospérine agit sur toutes les kinases.

Inhibiteur non spécifiqueChoix malheureux!

TSans PDGF

TAvec PDGF

B.W.Sans PDGF

B.W.Avec PDGF

Vm 15 220 90 300 nmol.L-1.mn-1

Km 20 30 8 16 µmol.L-1


Vm 10 200 75 nmol.L-1.mn-1

Km 16 21 10 µmol.L-1


Vm 10 200 75 nmol.L-1.mn-1

Km 16 21 10 µmol.L-1

TSans PDGF

TAvec PDGF

B.W.Sans PDGF

B.W.Avec PDGF

Vm 15 220 90 300 nmol.L-1.mn-1

Km 20 30 8 16 µmol.L-1


Vm 10 200 75 nmol.L-1.mn-1

Km 16 21 10 µmol.L-1

TSans PDGF

TAvec PDGF

B.W.Sans PDGF

B.W.Avec PDGF

Vm 15 220 90 300 nmol.L-1.mn-1

Km 20 30 8 16 µmol.L-1

Le tryptodol rétablit l'activité de l'iso-enzyme.

Inhibiteur de la kinase normaleChoix malheureux!


Vm 10 200 75 nmol.L-1.mn-1

Km 16 21 10 µmol.L-1

TSans PDGF

TAvec PDGF

B.W.Sans PDGF

B.W.Avec PDGF

Vm 15 220 90 300 nmol.L-1.mn-1

Km 20 30 8 16 µmol.L-1

L'amphoricol rétablit l'activité normale.

Inhibiteur de l'iso-enzymeC'est le bon choix!

3.3.5. Quelle molécule choisir?

titre. 1 1. prologue. 2.1.1 1. prologue. 2. voyage dans la matrice. 2.1. diagnostic différentiel....

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