CULTIVOS CELULARES.

CITOMETRÍA DE FLUJO

MICROSCOPÍA LASER CONFOCAL Y

MULTIDIMENSIONAL IN VIVO

BIBLIOTECA

MICROSCOPÍA ELECTRÓNICA

CENTRIFUGACIÓN ANALÍTICA

CROMATOGRAFÍA DE GASES (GC-MS)

ANIMALARIO

SECUENCIACIÓN DNA(SECUGEN)

QUÍMICA DE PROTEÍNASSecuenciación de proteínas, síntesis de péptidos, síntesis de oligonucleótidos, análisis de aminoácidos, cromatografía.

NMR PROTEÍNAS

BIOINFORMÁTICA Y BIOESTADÍSTICA

INVERNADEROPlantas transgénicas

PROTEÓMICA Y GENÓMICAElectroforesis 2D, MALDI-TOF-

TOF , Trampa iónica etc.

UNIDAD DE SERVICIO TÉCNICO E

INFRAESTRUCTURAS

RADIACTIVIDAD

UNIDAD DE CALIDAD

UNIDAD DE TRANSFERENCIA

UNIDAD DE AMINISTRACIÓN

UNIDAD DE COMPRAS

UNIDAD DE GESTIÓN DE PROYECTOS

ESTERILIZACIÓN, COCINA DE MEDIOS Y LIMPIEZA DE

MATERIALSECRETARÍA

UNIDAD DE PERSONAL

Crio-ME CNB

CULTIVOS CELULARESCITOMETRÍA DE FLUJO

MICROSCOPÍA LASER CONFOCAL Y

MULTIDIMENSIONAL IN VIVO

BIBLIOTECA

MICROSCOPÍA ELECTRÓNICA

CENTRIFUGACIÓN ANALÍTICA

CROMATOGRAFÍA DE GASES

(GC-MS)

ANIMALARIO

SECUENCIACIÓN DNA

(SECUGEN)

QUÍMICA DE PROTEÍNASSecuenciación de proteínas, síntesis de péptidos, síntesis de oligonucleótidos, análisis de aminoácidos, cromatografía.

NMR

BIOINFORMÁTICA Y BIOESTADÍSTICA

INVERNADERO

Plantas transgénicas

PROTEÓMICA Y GENÓMICAElectroforesis 2D, MALDI-TOF-

TOF , Trampa iónica etc.

UNIDAD DE SERVICIO TÉCNICO E INFRAESTRUCTURAS

RADIACTIVIDAD

UNIDAD DE CALIDAD

UNIDAD DE TRANSFERENCIA

UNIDAD DE AMINISTRACIÓN

UNIDAD DE COMPRAS

UNIDAD DE GESTIÓN DE PROYECTOS

ESTERILIZACIÓN, COCINA DE MEDIOS

UNIDAD DE PERSONAL

SECRETARÍA

Crio-ME CNB-CIB

…

Servicio ResponsableTécnico

Responsable Científico

Vicedirector

Microscopía electrónica Fernando EscolarLab S10B, ext. 4293melectronica@cib.csic.es

Oscar LlorcaLab B47, ext. 4446ollorca@cib.csic.es

Germán RivasLab B09, ext. 4304grivas@cib.csic.es

Microscopía confocal y multidimensional in vivo

María Teresa SeisdedosLab S10/S11, ext. 4401confccd@cib.csic.es

Miguel Ángel PeñalvaLab 246/247, ext 4358/4357penalva@cib.csic.es

Germán Rivas

Química de proteínas Javier VarelaLab B49, ext. 4294qproteinas@cib.csic.es

Carlos Fernández-TorneroLab B03, ext. 4327cftornero@cib.csic.es

Germán Rivas

Ultracentrífugaciónanalítica e Interacciones macromoleculares

Juan Román LuqueLab S07, ext. 4297uanalitica@cib.csic.es

Carlos AlfonsoLab B48, ext. 4406/4408carlosa@cib.csic.es

Germán Rivas

Bioinformática Mario García LacobaSO6 ext 4328bioinformatica@cib.csic.es

Fernando DíazLab 309; ext. 4269/4323fer@cib.csic.es

Germán Rivas

Biblioteca Olvido PartearroyoS21, ext. 4299/4298bibliotecacib@cib.csic.es

Pedro GarcíaLab 341, ext. 4428pgarcia@cib.csic.es

Germán Rivas

Unidad de Calidad Mª José HernándezLab B43, ext. 4251calidad@cib.csic.es

Germán RivasLab B09, ext. 4304grivas@cib.csic.es

Germán Rivas

Servicio ResponsableTécnico Responsable Científico Vicedirectora

Proteómica y Genómica Francisco García TabaresLab 374, ext. 4224proteomica@cib.csic.es

José Ignacio CasalLab 243, ext. 4363/4364icasal@cib.csic.es

Teresa SuárezLab 105 ext. 4398teresa@cib.csic.es

Invernadero Abel BlancoSTblanco.st@cib.csic.es

Tomás CantoLab 209 ext 4223tomas.canto@cib.csic.es

Teresa Suárez

Animalario Manuel MorenoS31, ext. 4317/4318animalario@cib.csic.es

Jesús del MazoLab 140, ext. 4234/4235jdelmazo@cib.csic.es

Teresa Suárez

Citometría de flujo Pedro lastresLab 277, ext. 4295citometria@cib.csic.es

Pedro LastresLab 277, ext. 4295plastres@cib.csic.es

Teresa Suárez

Cultivos celulares Carmen DoñoroLab 175, ext. 4396ccelulas@cib.csic.es

Isabel BarasoainLab 345, ext. 4216i.barasoain@cib.csic.es

Teresa Suárez

Cromatografía de gases Leonor RodríguezLab 376, ext. 4296cromatografia@cib.csic.es

Alicia PrietoLab 245, ext. 4204/4205aliprieto@cib.csic.es

Teresa Suárez

Unidad de Servicios Técnicos e Infraestructuras

Antonio GarcíaLab S28, ext. 4289stecnico@cib.csic.es

Teresa Suárez

Protección radiológica Marta CebriánLab 371, ext. 4249pradiologica@cib.csic.es

Luisa María BotellaLab 109, ext. 4312/4313cibluisa@cib.csic.es

Teresa Suárez

Esterilización, cocina de medios

Rosa DíazLab S05, ext. 4397esterilizacion@cib.csic.es

Eduardo Díaz Lab 342, ext. 4426/4422ediaz@cib.csic.es

Teresa Suárez

1. ULTRACENTRIFUGACIÓN ANALÍTICA:1. Velocidad de Sedimentación2. Equilibrio de Sedimentación

2. DISPERSIÓN DE LUZ:1. Dispersión de luz dinámica2. Dispersión de luz estática multiángulo3. Interferometría de biocapa

Caracterización cuantitativa de interacciones macromoleculares reversibles(proporción de especies, estequiometría y afinidad) que conducen a la

formación de complejos proteína-proteína, proteína-ADN y receptor-ligando. Para ello contamos con dos conjuntos de técnicas:

VELOCIDAD DE SEDIMENTACIÓN

- Separación y cuantificación deespecies presentes en la muestra.

- Determinación del coeficiente desedimentación (S) y de la formahidrodinámica aproximada de cadauna de ellas.

EQUILIBRIO DE SEDIMENTACIÓN

- Obtención del Mw de la proteína.- Análisis de los posibles esquemas de

asociación molecular que mejorajusten a los datos experimentales.

- Cálculo de la estequiometría de lareacción y la constante de asociación.

Dispersión de luz dinámica (DLS)- Medida de la polidispersidad de la

muestra.- Medida del tamaño de partículas en

suspensión (radio hidrodinámico).- Determinación del coeficiente de

difusión traslacional (Dt).

Interferometría de biocapa (BLI)- Caracterización cinética, en tiempo real,

de interacciones moleculares en solución.- Cuantificación de proteínas en medios

complejos heterogéneos.

Immobilizedmolecule

Partnermolecule

Dispersión de luz estática multiángulo acoplada a columna

de exclusión molecular (SEC-MALS)- Medida simultánea de la concentración yMw de cada especie que eluye de la columna.

- Aislamiento de cada especie eluída.

θ

Laser

Polarizer

Detectors: at 1-18 angles

Light scattered intensity

Protein (isotropic particle)

Correlator

Criomicroscopio

JEOL 1230

Cortes celulares

Macromoléculas y crio microscopía.Preparación de muestras y observación inicial.Buenas preparaciones se llevan al FEI Talos

Fco. Javier Chichón (CNB)

Rocío Arranz (CNB) (Jefa del Servicio)

Rafael Núñez (CIB)

FEI Talos Arctica

Criomicroscopio electrónico con detector directo de electronesComplejo entre β-galactosidasa

y PETG (2,2 Å resolución)

CNB-CIB

S Cl

O

Cl

CH3 O

OH

OH

CH3

O

FO

F

CH3

SO

OH

O CH3

SOO

NH2

Cl

Cl

S

S

OO

NH2

ClCl

O

NH2

SOO

NH2

Cl

Cl

pc20:DC(250-404)6134 bp

lacI

T7 transcription start

AmpR

DC-Sign(250-404)

T7 promoter

ORI

T7 ter

AvaI (3291)

ClaI (327)

EcoRI (13)

HindIII (320)NcoI (5672)

PstI (1111)

PstI (5849)

ApaLI (681)

ApaLI (1927)

ApaLI (2427)

ApaLI (4865)

MATERIAL

Extractosnaturales

Síntesis Química

OrigenBiotecnológico

Monodimensional: 1H, (13C, 15N), 19F

minutos

ESPECTROS

Bidimensional: 1H, 13C, 15N, 19F

Homonuclear (1H- 1H)

Heteronuclear 1H-13C; 1H-15N; 19F- 1Hhoras

Tridimensional : 1H, 13C, 15N

días

APLICACIONES

Análisis de mezclas

Interacciones Intermoleculares

Proteína : Ligando“Screening” por RMN

Estructura tridimensional de Biomoléculas ( <15Kd).Proteínas, Carbohidratos(lípidos, oligonucleótidos)

OH

OO

OHHO

HOCaracterización

estructural

EQUIPOS

600 MHz

Criosonda(1H 13C 15N)

500 MHz

(1H 13C 15N)(19F, 1H)

Líquidas:Disolvente acuosoDisolvente orgánico

Geles:IsotrópicosAnisotrópicos

Células en suspensión

MUESTRAS

. Laboratorio de Nivel 2 de Contención Biológica

. Zona de esclusa con acceso controlado:- Casilleros para batas- Pila/ducha de emergencia- Almacén residuos biológicos

. 6 zonas de laboratorio: U1,U2, U3, U4, U5, U6

- 25 Cabinas (7 de bioseguridad)- 32 Incubadores - 11 Microscopios - 7 Centrífugas- Etc.

Laboratorio General de Cultivo de Células Animales

. Registro y control de usurarios; elaboración de normas/recomendaciones de trabajo.

. Bata verde obligatoria, guantes homologados para riesgo biológico.

. Procedimientos de limpieza y desinfección.

. Gestión de residuos biológicos.

. Gestión y mantenimiento de las dependencias generales: Reservas de equipos.

. Detección de contaminaciones: - Bacterias, hongos, levaduras: Observación microscópica - Micoplasmas:

Detección: . Tinción con Hoechst 33258

. Luminometría: MycoAlert TM PLUS Mycoplasma Detectión Kit

Eliminación: Tratamiento con diferentes antibióticos específicos.

Funciones

Myc +

Mantenimiento de líneas celulares: En cultivo y en nitrógeno líquido

Caracterización bioenergética de líneas celularesEquipo "Extracelular Flux Analizer XF24-3" (Seahorse Bioscience): permite realizarla caracterización del metabolismo energético de células en cultivo. Estimación del consumo deoxígeno (OCR) y de la acidificación extracelular (ECAR).

Otros a consultar: Ej.: Ensayos de viabilidad y crecimiento con compuestos problema

Servicios

Screening de posibles compuestos antitumorales

Vero

Dr. Eduardo Rial

MALDI-TOF-TOF

n-HPLCQ-Exactive

n-HPLCLTQ OrbitrapVelos

Electroforesis microfluídica

PCR cuantitativa en tiempo real

Análisis por espectrometría de masas, MS y MS2 mediante-Trampa iónica: fragmentación CID;-C-Trap/Orbitrap: fragmentación HCD.

-Identificación de proteínas en proteomas complejos.-Identificación y cuantificación relativa de la expresiónde proteínas (SILAC, iTRAQ, label-free).

E-G-Y-Y-G-Y-T-G-A-F-R (m/z 642.288, 2+)y2

+y3+y4

+y5+y6

+y7+y8

+y9+

E-G-Y-Y-G-Y-T-G-A-F-R (m/z 647.292, 2+)y2

+y3+y4

+y5+y6

+y7+y8

+y9+

300 400 500 600 700 800 900 1000 1100 1200m/z

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

Rel

ativ

e Ab

unda

nce

771.377

934.440

551.293

714.355350.134 450.245

467.1921097.503384.155 982.603656.408

562.305

816.319916.430

1164.526

y2+

y4+

y5+

y6+

y7+

y8+

y4+

y5+

y6+

y7+

y8+

y2+ y3

+y3

+ y9+y9

+

-1.0E+05

0.0E+00

1.0E+05

2.0E+05

3.0E+05

4.0E+05

5.0E+05

6.0E+05

7.0E+05

8.0E+05

30 30.5 31 31.5 32 32.5

Inte

nsity

Retention Time (min)

y2

y3

y4

y5

y6

y7

y8

y9

-5.0E+04

0.0E+00

5.0E+04

1.0E+05

1.5E+05

2.0E+05

2.5E+05

3.0E+05

30 30.5 31 31.5 32 32.5

Retention Time (min)

EGYYGYTGAFR EGYYGYTGAFR

Análisis por espectrometría de masas, MS y MS2

Q-Exactive consta de:-Cuadrupolo: filtrado de masas;-Orbitrap: alta resolución y precisión en masas;-C-Trap: Fragmentación HCD.

Proteómica dirigida-Monitorización selectiva de iones parentales: SIM.-Monitorización selectiva de los iones fragmento: PRM.

1

3

2

Plantas distintos animalarios del CIB

442 755 m2

)

Capacidad para unos 15.000 ratones

)

- Producción y mantenimiento de las líneas en uso deratones modificados genéticamente y cepas másdemandadas (CD1, C57BL/6, BALB/c, FVB, DBA2J)

- Entrega de hembras con fecha de gestación precisa asícomo de crías lactantes de edad concreta (en días)

- Extracción de sangre, tejidos y órganos

- Inoculación de fluidos o células, administración dedrogas o sustancias experimentales.

Gestión de animales y procedimientos experimentales

- Rederivación mediante transferencia quirúrgica deembriones

- Criopreservación de embriones (líneas congeladas)

Estudiamos, de manera personalizada, la realización de cualquier procedimiento que se pueda abordar en las instalaciones del animalario

Día 1.5 Día 2.5

- Inmunización de conejo para producción de anticuerpos policlonales

Gestión de animales y procedimientos experimentales

-Se han rederivado más de 100 cepas/líneas por medio de 493 transferencias desde que se inició el traslado a las nuevas instalaciones

- El porcentaje de éxito (hembras gestantes/transferencias realizadas) ha sido del 82% (406/493), siendo la incidencia de canibalismo de partos del 5% (21/406)

-Para realizarlas se han aislado 7690 embriones, que se han obtenido a partir de unas 600 hembras donantes

Parto natural al cabo de 19 días, si no….cesárea

Transferencia quirúrgica de embriones

Gestión de animales y Procedimientos Experimentales