pneumocystis jirovecii (carinii) real-tmperamed.com/peramed/docs/tp2-50frt-p2-50frt_tr.pdf ·...

13
Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 IVD For in Vitro Diagnostic Use Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM El Kitabı Biyolojik Malzemelerde Pneumocystis jirovecii (carinii) Tespiti için Real Time PCR Kiti REF P2-50FRT REF TP2-50FRT 50

Upload: others

Post on 04-Jul-2020

4 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

IVD For in Vitro Diagnostic Use

Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM

El Kitabı

Biyolojik Malzemelerde Pneumocystis jirovecii (carinii) Tespiti için Real Time

PCR Kiti

REF P2-50FRT

REF TP2-50FRT

50

Page 2: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

İSİM

Pneumocystis jirovecii (carinii) Real - TM

GİRİŞ

Pneumocystis pneumonia (PCP) veya pneumocystosis , mayaya benzer bir mantar olan

Pneumocystis jirovecii (carinii) ‘nin (Daha önce yanlışlıkla bir protozoon olarak sınıflandırılan)

sebep olduğu bir pneumonia formudur. P. jirovecii artık dünya çapında ilerlemiş HIV enfeksiyonu

olan hastalarda, hayatı tehdit eden fırsatçı enfeksiyonların neden olduğu bilinen bir kaç

organizmalardan biridir. Doğru tanı, dünya genelinde mevcut olamayan modern tıbbi bakıma

ulaşmayı gerektirir. Halen , Afrikada belgelenmiş HIV hastalıklı pneumonia lı bebeklerde %80'e

kadar bulunan Pneumocystis organizmalı Pneumocystis enfeksiyon sıklığı, artış göstermektedir.

KULLANIM AMACI

The Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM , biyolojik malzemelerde Pneumocystis jirovecii

(carinii) kalitatif tespiti için bir Real-time testtir.

TAHLİL PRENSİBİ

Pneumocystis jirovecii (carinii) Real – TM kiti, iki ana prosesese dayanır: Numunelerden

DNA ekstraksiyonu ve Internal Control (IC) ve Pneumocystis jirovecii (carinii) i ç in spesi f ik

f lo rsan repor ter boya prob lar ı i le rea l t ime ampl i f ikasyon ku l lan ı la rak

ampl i f ikasyon.Test , olası inhibasyon reaksiyonunu tanılamak ve her biri tek tek işlenen

numuneler için bir amplifikasyon kontrolü gibi görev yapan bir IC(-globine gene) içerir.

Page 3: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

SAĞLANAN MALZEMELER

Modul No.1: Real Time PCR kit (P2-50FRT)

Part N° 2– “Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM”: Real Time Amplification kit

PCR-mix-1 Pneumocystis jirovecii (carinii)/Glob, 0,6 ml;

PCR-buffer-FRT, 0,3 ml;

TaqF Polymerase, 0,03 ml;

Positive Control Pneumocystis jirovecii (carinii) and Human DNA C+, 0,1 ml;

Negative Control C-, 1,2 ml;*

DNA-buffer, 0,5 ml;

55 test için reaktif içerir.

Module No.2: Complete Real Time PCR test with DNA purification kit (TP2-50FRT) (DNA purifikasyon kitli (TP2-50FRT) komple Real Time PCR testi)

Part N° 1 – “DNA/RNA Prep”: Numune hazırlama kiti

Lysis Sol, 15 ml; Prec

Sol, 20 ml; Washing Sol

3, 25,0 ml; Washing Sol

4, 10,0 ml RE-buffer, 4

x 1,2 ml;

50 ekstraksiyon için reaktif içerir.

Part N° 2– “Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM”: Real Time Amplification kit

PCR-mix-1 Pneumocystis jirovecii (carinii)/Glob, 0,6 ml;

PCR-buffer-FRT, 0,3 ml;

TaqF Polymerase, 0,03 ml;

Positive Control Pneumocystis jirovecii (carinii) and Human DNA C+, 0,1 ml;

Negative Control C-, 1,2 ml;*

DNA-buffer, 0,5 ml;

55 test için reaktif içerir.

*izolasyon prosedüründe Ekstraksyon Negatif control olarak kullanılmalıdır.

Page 4: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

SAĞLANMAYAN , GEREKLİ MALZEMELER

Bölge 1: Örnek Hazırlama:

DNA ksraksiyon kiti(Module No.1)

Biyolojik Kabin

“eppendorf” tipli tüpler için masaüstü santrifüj

60°C ± 2°C kuru hava bloğu

Vortex mixer

Aerosol bariyerli Pipettörler (kapasitey 5-40 µl; 40-200 µl; 200-1000 µl)

1,5 ml polypropylene steril tüpler (Sarstedt, QSP, Eppendorf)

Atılabilir, tek kullanımlık eldivenler, pudrasız

Biyolojik tehlikeli atıklar için atık kabı

Bölge 2: RT ve aplifikasyon:

“eppendorf” tipli tüpler için masaüstü santrifüj

Vortex mixer

Atılabilir, tek kullanımlık

eldivenler, pudrasız

Biyolojik tehlikeli atıklar için atık kabı Buzdolabıi dondurucu

Real Time Thermal cycler

reaksiyon tüpleri veya

plate

Çalışma İstasyonu

Pipetler (ayarlanabilir)

Filtreli sterill pipet uçları

Tüp Rakları

MUHAFAZA KOŞULLARI

Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM– 20°C de , DNA/RNA Prep 2-8°C de muhafa

edilmelidir. Kitler 2-8 ° C'de 3-4 gün içerisinde sevk edilebilirler, ancak alındıklarında hemen 2-

8°C ve -20°C de muhafaza edilmelidirler.

STABİLİTE

Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM etiketinde belirtilen son kullanım tarihine kadar

stabildir . Ürün etiketinde basılı kontrol tarihine kadar performansını koruyacaktır . Işık, ısı veya

neme maruz kalma, kitin bazı bileşenlerini etkileyebilir , bunlardan kaçınılmalıdır. Hassasiyet

azalabileceğinden, reaktiflerin tekrarlanan çözülme ve dondurma işlemlerinden kaçınılmalıdır.

Page 5: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

KALİTE KONTROL

Her lot , tutarlı ürün kalitesini sağlamak için; SACACE, ISO 13485 Sertifikalı Kalite Yönetim

Sistemine uygun olarak, önceden belirlenmiş özelliklere karşı test edilmektedir.

UYARILAR VE ÖNLEMLER

In Vitro Diagnostic Medikal Cihaz

Sadece In Vitro Diagnostic kullanım için

Kullanıcı her zaman aşağıdakilere dikkat etmelidir:

Lysis Solüsyonu,guanidine thiocyanate* içerir. Guanidin tiyosiyanat solunduğunda veya

yutulduğunda veya deri ile temas halinde zararlıdır. Asit ile temasında toksik gaz oluşturur.

(Xn; R: 20/21/22-36/37/38; S: 36/37/39).

Prec Sol bileşeni 2-propanol içerir: yanıcı ve tahriş edicidir. (R10-36-67, S7-16-24/25-

26). Deri ve göz ile temasından kaçının, S26: Temas olması halinde hemen bol su ile yıkayın ve

tıbbi yardım alın.

Aeresol bariyerli steril pipet ucu kullanın ve her prosedür için yeni pipet ucu kulanın.

Ekstrakte pozitif malzemeleri (numuneler, controller ve amplikonlar) diğer reaktiflerden uzak

tutun/mufaza edin ve reaksiyon karışımına ayrı bir alanda ekleyin.

Bütün bileşenleri tahilile başlamadan once oda sıcaklığında iyice çözün.

Bileşenler çözündüğünde karıştırın ve kısa bir sure santrifüjleyin.

Reaktif ve örnekler ile çalışırken , atılabilir eldiven, laboratuar önlüğü ve göz

koruyucu kullanın.İşlem sonrası ellerinizi iyice yıkayın.

Laboratuar çalışma alanlarında, sigara içmeyin, herhangi birşey yemeyin-

içmeyin, kozmetik uygulamayın veya kontakt lenslere elle dokunmayın.

Son kullanım tarihlerinden sonra kitleri kullanmayın.

Tüm numuneleri ve kullanılmayan reaktifleri ,yerel yönetim kurallara uygun olarak imha edin.

Örnekler potansiyel enfeksiyöz olabilir , işlemleri uygun biyogüvenlik uygulamaları ile bir

güvenlik kabini içerisinde gerçekleştirn.

Dökülen/ saçılan tüm numune veya reaktifleri temizleyin ve %0.5 lik sodyum hipoklorit veya

diğer uygun dezenfektanlarla dezenfekte edin.

Örnekler veya reaktiflerin deri, göz ve mukoza zarları ile temasından kaçının, temas olması

halinde su ile yıkayınız ve hemen tıbbi yardım alın.

Malzeme Güvenlik Bilgi Formları (MSDS) istek üzerine verilebilir.

Bu ürünün kullanımı, DNA amplifikasyonu teknikleri konusunda eğitimli personel ile sınırlı

olmalıdır.

Laboratuvar süreci tek yönlü olmalı; Ekstraksiyon alanında başlamalı ve sonra

Amplifikasyon ve Tespit alanlarına gidilmeli/ yönlenmelidir. Örnekleri, ekipmanları ve

reaktifleri önceki adımın yapıldığı bölgeye/alana geri döndürmeyin.

Page 6: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

Bu kitteki bazı bileşenler koruyucu olarak sodium azid içerir. Reaktif transferi için metal

tüp kullanmayınız.

* Sadece Modul No.2

ÜRÜN KULLANIM LİMİTLERİ

Tüm reaktifler sadece in vitro diagnostic için kullanılabilir. Bu ürünün kullanımı, DNA

amplifikasyonu teknikleri konusunda eğitimli personel ile sınırlı olmalıdır (UNI EN ISO 18113-

2:2012). Kullanım kılavuzu ile tam uyum, optimum PCR sonuçları için gereklidir. Kutu üzerinde

ve tüm bileşenlerin etiketlerinde yazılı olan son kullanma tarihlerine dikkat edilmelidir. Kiti, son

kullanım tarihinden sonra kullanmayın.

ÖRNEK ALINMASI, MUHAFAZA VE TAŞINMASI

Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM , aşağıdakilerden DNA ektraktı yapabilir:

Balgam, bronchial veya tracheal lavaj aşağıdaki procedure gore işlenmelidir:

o Balgam, 50 mL tek kullanımlık vida kapaklı PP tüplerde toplanır.

o Biyolojik güvenlik kabini içinde,% 4 NaOH çözeltisi eşit hacimde karıştırıldıktan sonra

numune homojen hale getirilir. (Gerekirse , örnek başına 50-70 mg arasında bir miktarda

N-asetil-L-sistein ilave edilebilir). 5-20 dakika boyunca , bir tüp rotator ile şiddetli biçimde

karıştırın (numune yoğunluğuna bağlı olarak).

o Numuneleri 3000 rpm (2800-3000 g) d e 1 5 d k s a n t r i f ü j l e y i n v e

s ü p e r n a t a n t ı t ü p t e 500-1000 µl kalacak şekilde dikkatlice ayırın ve kaldırın.

Sediment resüspanse edilir ve 1.5 ml’lik tüpe aktarılır.

o Numuneleri 12000 rpm ‘ d e 5-10 dk santrifüjleyin, süpernatantı ayırın ve numune

sedimentinden DNA izolasyonu için aynı 1.5 ml’lik numune tüpünü kullanın.

bronchial lavaj: 10 mL 7000 g/dk ‘da 10-15 dk santrifüjlenir. Eğer pellet görünmezse 10 ml

likit ekleyin ve yeniden santrifüjleyin. Süpernatantı ayırın ve kaldırın. Pelleti 100 µl

tuzlu suda resüspanse edin.

doku (~1,0 gr) mekanik homojenizatör veya neşter, cam çubukları, teflon havan tokmakları

ile homojenize hale getirilir ve 1,0 ml salinde veya PBS sterilde çözülür. Kuvvetlice

vortekslenir ve oda sıcaklığında 30 dk inkübe edilir. Süpernatant 1,5 ml’lik yeni tüpe aktarılır;

swablar: swabı nuclease içermeyen 1,5 ml ‘lik tüpe yerleştirin ve 0,2 mL of Transport

medium ekleyin. Swabları 15-20 sn çalkalayarak vorteksleyin.

Prosesin numune toplandıktan hemen sonra gerçekleştirilmesi önerilir. Numuneler 24 saatten

fazla olmamak koşulu ile 2–8 °C de muhafaza edilir ya da –20/80°C de dondurulur. Klinik

örneklerin taşınması, etiyolojik ajanların taşınmasına yönelik ülke , federal , eyalet ya da yerel

yönetmeliklere, uymak zorundadır.

Page 7: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

DNA IZOLASYON

Herhangi bir ticari RNA / DNA izolasyon kiti, burada belirtilen IVD-CE "NUMUNE TOPLAMA,

MUHAFAZA VE TAŞIMA" paragrafındaki örnek türleri için valide ise, kullanılabilir.

Sacace Biotechnologies aşağıdaki kitleri kullanmanızı önerir:

DNA/RNA Prep (Sacace, REF K-2-9)

Lütfen, DNA ekstraksiyonunu, üreticinin talimatlarına uygun olarak gerçekleştirin

NUMUNE VE REAKTİF HAZIRLAMA (modül no.2 ile sağlanan reaktifler)

1. Ektraksiyon Negatif Kontrolü (Negative Control, NCE için de bir tüp de dahil olamak

üzere , gerekli miktarda1.5 ml tek kullanımlık polypropylene mikro santrifüj tüplerini

hazırlayın.

N.B. Numune balgamsa, aynı 1,5 ml’lik balgam hazırlama prosedüründen elde edilen numune

tüpünü kullanın (ÖRNEK ALINMASI, MUHAFAZA VE TAŞINMASI prosedürüne bakınız). 2. Her tüpe 300 µl Lysis Sol ekleyin

3. Uygun tüplere aerosol bariyerli pipet ucu kullanarak 100 µl numunelerden ekleyin.

4. Kontrolleri aşağıdaki gibi hazırlayın:

o Cneg etiketli tüpe 100 µl NCE ekleyin

5. Tüpleri vorteksleyin ve 65°C de 5 dk inkübe edin. 7-10 sn santrifüjleyin.

6. 400 µl Prec Sol ekleyin ve vorteksleyerek karıştırın. Bütün tüpleri 13,000 r/dk dr 5 dk

santrifüjleyin ve t ıkaç l ı aeroso l bar iyer uç lu mik top ipet kul lanarak her tüpten

pe l le t dağ ıtmadan süpernatant ı ayır ın ve kald ır ın . Tüpler arasında pipet ucunu

değiştirin.

7. H e r t ü p e 500 µl Wash Sol 3 ekleyin. Pelletin yıkanmasını sağlamak için kuvvetlice vorteksleyin.

Bütün tüpleri 13,000 r/ dk de 60 sn t ıkaç l ı aeroso l bar iyer uç lu mik top ipet

kul lanarak her tüpten pe l le t dağ ıtmadan süpernatant ı ayı r ın ve kald ır ın.

Tüpler arasında pipet ucunu değiştirin.

8. Her tüpe 200 µl Wash Sol 4 ekleyin. Pelletin yıkanmasını sağlamak için kuvvetlice vorteksleyin.

Bütün tüpleri 13,000 r/ dk de 60 sn t ıkaç l ı aeroso l bar iyer uç lu mik top ipet

kul lanarak her tüpten pe l le t dağ ıtmadan süpernatant ı ayı r ın ve kald ır ın.

Tüpler arasında pipet ucunu değiştirin.

9. Bütün tüpleri kapakları açık olarak 65 °C de 5 dk inkübe edin.

10. Pelleti 50 µl of RE-buffer (elusion hacmi 90 µl’ye kadar arttırılabilir) da resüspanse edin.

5 dk 65°C de inkübe edin ve periyodik olarak vorteksleyin.

Page 8: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

11. Bütün tüpleri 13000g de 60 sn santrifüjleyin.

Süpernatant amlifikasyon için kullanıma hazır RNA/DNA içerir. Amplifikasyon ekstraksiyon ile

aynı gün içinde gerçekleştirilmezse , işlenmiş numuneler maksimum 5 gün 2-8°C de

muhafaza edilebilir ya da - 20°/-80°C de dondurulabilir.

Page 9: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

Rotor-tip enstrümanlar

Plate- veya modüler tip enstrümanlar

Adım Sıcaklık,

°С

Süre Tekrarlar Sıcaklık,

°С

Süre

Tekrarlar

1 95 15 dk 1 95

15dk 1

2

95 5 sn 5

95

5 sn 5 60 20 sn 6

0 20 sn

72 15 sn 72

15 sn

3

95 5 sn

40

95

5 sn

40

60 20 sn

Floresan sinyal tespiti

60

30 sn Floresan sinyal

tespiti 72 15 sn 7

2 15 sn

PROTOKOL (Reaksiyon hacmi 25 µl):

1 . PCR-buffer-FRT içeren tüplere 30 µl TaqF Polymerase ekleyerek TaqF Polymerase ve

PCR-buffer-FRT k a r ı ş ı m ı n ı h a z ı r l a y ı n . B u k a r ı ş ı m + 2-8°C de 3 ay stabildir.

Karışım + 2-8°C’de 3 ay stabildir. Eğer 3 ay içinde tüm hacim kullanmanız gerekmiyorsa, 10-1

oranında TaqF Polymerase ve PCR-buffer-FRT Karışımı ile, daha düşük bir miktarda

hazırlanması mümkündür, (örneğin 150 µl PCR-buffer-FRT ve15 µl TaqF Polymerase).

2. N u m u n e l e r v e k o n t r o l l e r i ç i n g e r e k e n m i k t a r d a k i r e a k s i y o n t ü p l e r i n i h a z ı r l a y ı n v e H e r t ü p e

10 µl PCR-mix-1 ve 5 µlf Mix (TaqF Polymerase lı PCR-buffer-FRT) Ekleyin.

3. Uygun tüpe 10 µl ekstrakte DNA numunesi ekleyin.

(ekstarkte DNA’lı bütün tüpleri 2 dk maksimum(12000-16000 g)hızda yeniden santrifüjleyin.

Ve süpernatatntı dikkatlice alın. N.B. pellet dağıtmayın, sorbent reaksiyonu inhibe eder!).

4. H e r p a n e l i ç i n 2 k o n t r o l h a z ı r l a y ı n :

10 µl DNA-buffer ‘ı Amplification Negative Control (NCA) etiketli tüpe ekleyin;

10 µl Positive Control Pneumocystis jirovecii (carinii) ve Human DNA C+ ‘ı C+

etiketli tüpe ekleyin ;

Sonuçlar eşik hattı ile floresan eğrinin geçiş varlığı sayesinde yorumlanır.

-globine gen (IC) FAM (Green) kanalda, Pneumocystis jirovecii (carinii) JOE

(Yellow)/HEX/Cy3 kanalda tespit edilir.

AMPLİFİKASYON

1. Enstrümanınızda aşağıdaki gibi bir sıcaklık profili oluşturun:

1 Örneğin ,Rotor-Gene™ 3000/6000/Q (Corbett Research, Qiagen)

2 Örneğin, SaCycler-96™ (Sacace), CFX96

TM/iQ5™ (BioRad); Mx3005P™ (Agilent), ABI® 7300/7500/StepOne

Real Time PCR (Applied), SmartCycler® (Cepheid), LineGeneK® (Bioer)

Page 10: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

ENSTRÜMAN AYARLARI

Rotor-tip Enstrümanlar (RotorGene 3000/6000, RotorGene Q)

Kanal

Eşik Çizgisi Diğer Ayarlar/

Outlier Removal

Slope Correct

FAM/Green 0.03 10 % Açık

JOE/Yellow 0.03 10 % Açık

Plate-tip enstrümanlar

Eşik çizgisi sadece pozitif örneklerin sinyal birikiminin sigmoid eğrilerini geçmeli ve bazal hattı

geçmemelidir; aksi taktirde eşik çizgisi yükselilmelidir. Eşik çizgisi floresan eğrilerin linear ve

negatif numunelerin eğrileri geçmediği yerde ayarlanır.

VERİ ANALİZLERİ

Pneumocystis carinii DNA amplifikasyon ürünü JOE/Yellow/HEX kanalda, Internal Control - -

globine gen amplifikasyon ürünü is FAM/Green kanalda tespit edilir. Sonuçler interpreted by

eşik çizgisi ile floresan eğrinin geçişleriyle PCR enstrümanının yazılımı vasıtasıyla yorumlanır.

Analiz sonuçları , sadece aşağıdaki kontol numunelerinin sonuylarıyla uyumluysa , pozitif olarak kabul edilir:

Results for controls

Kontrol

Kontrol evresi

Kanaldaki Ct Yorum

FAM/Green JOE/Yellow/HEX

NCE DNA extraction Neg Neg OK

NCA Amplification Neg Neg OK C+ Amplification ≤ 35 ≤33 OK

1. Eğer FAM/Green ve JOE/Yellow/HEX kanaldaki bu kanallar için Ct (≤ 38) sınır

değerlerinden daha düşükse , numune pozitif olarak kabul edilir. Floresan eğrisi tipik

sigmoid şekle sahip olmalı ve önemli floresan artış bölgedesindeki eşik çizgiyi sadece bir

kez geçmelidir.

2. Eğer floresan eğri eşik çizgisini geçmezse (Ct değeri yok) ve tipik bir şekle sahip değilse, numune negatif olarak kabul edilir.

Sonuçlar, sadece Amplifikasyon Pozitif , Negatif Kontroller ve Ekstraksiyon Negatif Kontrol için

else edilen sonuçlar doğru ise, güvenilir kabul edilir.

Page 11: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

KALİTE KONTROL PROSEDÜRÜ

İnternal (iç) Kontrol, her numunenin ektraksiyon prosesini ve olası inhibasyon reaksiyonunun

belirlemek için tespir edilir.

Ekstraksiyon Negatif Kontrolü (NCE), negatif amplifikasyon kontrol (NCA), pozitif amplifikasyon

kontrol (C+) , numune hazırlama , amplifikasyon ve tespit adımlarının doğru gerçekleştirilip

gerçekleştirilmediğini doğrulamak amacıyla, her çalışmada gereklidir.

Eğer kontroller beklenilen aralıklarının (Kontrol Sonuçları tablosuna bakınız) dışındaysa,

numune hazırlama adımından başlanılarak tüm numuneler ve kontoller tekrar işlenmelidir.

PERFORMANS KARAKTERİSTİKLERİ

Hassasiyet Pneumocystis carinii Real-TM PCR kitinin hassasiyeti 200 Pneumocystis

carinii DNA kopya/ml’dir.

Pneumocystis carinii Real-TM PCR kitinin iddia edilen analitik özellikleri,

yalnızca ilave reaktif kiti (DNA/RNA-prep) kullanıldığında garanti edilir.

Özgünlük

Pneumocystis carinii Real-TM PCR kitinin analitik özgünlüğü, sıkı reaksiyon koşullarıyla birlikte

spesifik primerler ve probların seçimiyle sağlanır. Primerler ve problar, sekans karşılaştırma

analizi ile gen bankalarında yayınlana tüm sekanslara mümkün olan homolojiler

açısından kontrol edilmiştir. Pneumocystis carinii Real-TM PCR kitinin özgünlüğü,

laboratuar klinik testlerde doğrulanmıştır.

Page 12: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

SORUN GİDERME

1. Zayıf ya da olmayan IC (Fam/Green) siyali : numunenin tekrar test edilmesi gereklidir.

PCR inhibe edilmiştir.

Önerilen DNA ekstraksiyon metodunu kullandığınızdan ve üreticinin

talimatlarını izlediğinizden emin olun.

Bütün tüpleri ektrakte DNA pipetlemeden önce maksimum (12000-16000 g)

hıda 2 dk yeniden santrifüjleyin ve süpernatantı dikkatlice alın.

Reaktif muhafaza koşulları talimatlara uygun değil.

Muhafaza koşullarını kontrol edin.

PCR koşulları talimatlara uygun değil.

PCR koşullarını ve protokolde IC tespiti için belirtilen floresan

kanalını kontrol edin.

Yalnış-hatalı DNAekstraksiyon.

DNA ekstraksiyon evresinden başlayarak analizi tekrarlayın.

DNA ekstraksiyon prosedürü esnasında dikkatli olun.

2. Joe (Yellow)/Cy3/HEX kanalda zayıf (Ct > 38) sinyal: sonuçlar şüpheli-belirsiz kabul edilir.

A n a l i z i i k i k e z t e k r a r l a m a k g e r e k i r . İ k i s i n d e d e C t d e ğ e r i p o z i t i f

ç ı k a r s a , n u m u n e p o z i t i f o l a r a k K a b u l e d i l i r .

3. Ekstraksiyon Negatif Kontrol ile Joe (Yellow)/Cy3/HEX sinyali

DNA ekstraksiyon prosedürü esnasında kontaminasyon. Bütün numune sonuçları geçersizdir.

Bütün yüzeyleri ve enstrümanları sodyum hipoklorid ve etanol ile

dekontamine edin.

Ekstraksiyon prosedürü esnasında sadece filtre pipet uçları kullanın. Tüpler

arası pipet uçlarını değiştirin.

DNA ekstraksiyonunu yeni reaktif setleri ile tekrarlayın.

4. N e g a t i f P C R K o n t r o l i l e h e r h a n g i b i r s i n y a l y o k .

PCR prosedürü esnasında kontaminasyon. Bütün numune sonuçları geçersizdir.

Bütün yüzeyleri ve enstrümanları sodyum hipoklorid ve etanol veya özel

DNA dekontaminasyon reaktifleriyle dekontamine edin.

Pozitif Kontrolü en son pipetleyin.

PCR hazırlamayı yeni reaktif setleri ile tekrarlayın.

Page 13: Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TMperamed.com/peramed/docs/TP2-50FRT-P2-50FRT_TR.pdf · Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013 SAĞLANAN MALZEMELER

Sacace™ Pneumocystis jirovecii (carinii) Real-TM VER 21.03.2013

KULLANILAN SEMBOLLERİN ANLAMLARI

Liste Numarası Dikakt!

Lot Numarası <n> test için yeterlilik içerir

in Vitro Diagnostic

Kullanım versiyon

..’de muhafaza NCA Amplifikasyon Negatif Kontrol

Üretici C– Amplifikasyon Negatif Kontrol

Kullanım talimatlarına bakınız C+ Amplifikasyon Pozitif

Kontrol

Son kullanım tarihi IC Internal (İç) kontrol

* SaCycler™ Biotechnologies tescilli markasıdır.

*CFX96TM

, iQ5™ Bio-Rad Laboratories tescilli markasıdır. * Rotor-Gene™ Technology Qiagen tescilli markasıdır. * MX3005P® Agilent Technologies tescilli markasıdır. *ABI® is Biosystems tescilli markasıdır. * LineGeneK® Bioer tescilli markasıdır.

* SmartCycler® Cepheid tescilli markasıdır.

Sacace Biotechnologies Srl via Scalabrini, 44 – 22100 – Como – Italy Tel +390314892927 Fax +390314892926 mail: [email protected] web: www.sacace.com