DENEYLER MİSİN?Meraklısına Kolay M�krob�yoloj� veB�yoteknoloj� Deneyler�

H�kmet KATIRCIOĞLU • M�raç YILMAZ • Ezg� METİN

Doç. Dr. Hikmet KATIRCIOĞLU & Yrd. Doç. Dr. Miraç YILMAZ & Ezgi METİN

DENEyleR MİSİN?Meraklısına Kolay Mikrobiyoloji ve Biyoteknoloji

Deneyleri

ISBN 978-605-241-176-6DOI 10.14527/9786052411766

Kitap içeriğinin tüm sorumluluğu yazarlarına aittir.

© 2018, PEGEM AKADEMİ

Bu kitabın basım, yayım ve satış hakları Pegem Akademi Yay. Eğt. Dan. Hizm. Tic. AŞ'ye aittir. Anılan kuruluşun izni alınmadan kitabın tümü ya da bölümleri, kapak tasarımı; mekanik, elekt-ronik, fotokopi, manyetik, kayıt ya da başka yöntemlerle çoğaltılamaz, basılamaz, dağıtılamaz. Bu kitap T.C. Kültür Bakanlığı bandrolü ile satılmaktadır. Okuyucularımızın bandrolü olmayan ki-taplar hakkında yayınevimize bilgi vermesini ve bandrolsüz yayınları satın almamasını diliyoruz.

Pegem Akademi Yayıncılık, 1998 yılından bugüne uluslararası düzeyde düzenli faaliyet yürüten uluslararası akademik bir yayınevidir. Yayımladığı kitaplar; Yükseköğretim Kurulunca ta-nınan yükseköğretim kurumlarının kataloglarında yer almaktadır. Dünyadaki en büyük çevri-miçi kamu erişim kataloğu olan WorldCat ve ayrıca Türkiye'de kurulan Turcademy.com ve Pegemindeks.net tarafından yayınları taranmaktadır, indekslenmektedir. Aynı alanda farklı yazar-lara ait 1000’in üzerinde yayını bulunmaktadır. Pegem Akademi Yayınları ile ilgili detaylı bilgilere http://pegem.net adresinden ulaşılabilmektedir.

1. Baskı: Şubat 2018, Ankara

Yayın-Proje: Merve TorukDizgi-Grafik Tasarım: Tuğba Kuşcuoğlu

Kapak Tasarımı: Pegem Akademi

Baskı: Ay-bay Kırtasiye İnşaat Gıda Pazarlama ve Ticaret Limited ŞirketiÇetinemeç Bulvarı 1314.Cadde No:37A-B

0312 472 58 55

Yayıncı Sertifika No: 36306Matbaa Sertifika No: 33365

İletişim

Karanfil 2 Sokak No: 45 Kızılay / ANKARAYayınevi: 0312 430 67 50 - 430 67 51

Yayınevi Belgeç: 0312 435 44 60Dağıtım: 0312 434 54 24 - 434 54 08

Dağıtım Belgeç: 0312 431 37 38Hazırlık Kursları: 0312 419 05 60İnternet: www.pegem.netE-ileti: pegem@pegem.net

"Tüm Bilimseverler'e..."

DOÇ. DR. HİKMET KATIRCIOĞLU

1972 yılında Manisa/Kula’da doğdu. 1992 yılında Hacettepe Üniversite-

si, Fen-Edebiyat Fakültesi Biyoloji Bölümü’nden mezun oldu. 1995 yılında Gazi

Üniversitesinde yüksek lisansını, 2001 yılında Gazi Üniversitesinde doktorasını

tamamladı. 2005 Yılında yardımcı doçent unvanını aldı. 2010 yılında Amerika’da

“Çevre Biyoteknolojisi” alanında yardımcı araştırıcı olarak görev aldı. Buradan

post doktora belgesi aldı. 2012 yılında “Endüstriyel Mikrobiyoloji” alanında do-

çent oldu. 2014-2016 yılları arası Yaşam Bilimleri Uygulama ve Araştırma Merke-

zi’nde araştırmacı ve yönetici kurul üyesi olarak görev aldı. Ayrıca Biyoloji Eğitimi

alanlarında çalışmaları bulunmaktadır. Halen Gazi Üniversitesi Eğitim Fakültesi

Biyoloji Eğitimi Anabilim Dalın'da öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Evli

ve 2 çocuk annesidir.

YRD. DOÇ. DR. MiRAÇ YILMAZ

Düzce’ de doğdu ve 1994 yılında Hacettepe Üniversitesi Eğitim Fakültesi Orta

Öğretim Fen ve Matematik Alanlar Eğitimi Bölümü, Biyoloji Eğitimi Anabilim

Dalı’ndan mezun oldu. 1995 - 1998 yılları arasında Milli Eğitim Bakanlığı’nda önce

sınıf öğretmeni daha sonra biyoloji öğretmeni olarak görev yaptı. 1998 yılında Ha-

cettepe Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsünde Biyoloji Eğitimi alanında Yüksek

Lisans, 2003 yılında ise Gazi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsünde Biyotekno-

loji alanında Doktora çalışmasını tamamladı. 2006 yılından beri Hacettepe Üni-

versitesi, Eğitim Fakültesi, Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Bölümü, Biyoloji

Eğitimi Anabilim Dalı'nda Yardımcı Doçent olarak görev yapmaktadır. Ağırlıklı

araştırma alanlarını Biyoloji Eğitimi (mikrobiyoloji ve biyoteknoloji alanlarında

öğretmen eğitimi) ve Öğretmen Özyeterliği ile ilgili araştırmalar oluşturmaktadır.

İyi derecede Almanca ve İngilizce bilir.

EZGİ METİN

1992 yılında İstanbul/ Bakırköy’de doğdu. 2016 yılında Hacettepe Üniversite-

si, Eğitim Fakültesi, Biyoloji Eğitimi A.B.D’dan şeref öğrencisi olarak mezun oldu.

Lisans eğitimi sürecinde 2013 yılında Milli Eğitim Bakanlığı’nın düzenlemiş oldu-

ğu sertifikalı eğitim kurslarını tamamladı. 2013 yılından itibaren yaz dönemleri

Yıldız Teknik Üniversitesi Gıda Mühendisliği Fakültesi Mikrobiyoloji kürsüsünde

gönüllü öğrenci olarak çalıştı. 2016 yılında Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyo-

loji ve Genetik Bölümünde ve Aziz Sancar Deneysel Tıp Merkezinde Tıbbi Biyoloji

ve Genetik araştırmalarında gönüllü olarak bulundu. İyi derecede Almanca ve İn-

gilizce bilir.

ÖN SÖZ

Merhaba Bilimseverler,

Bu kitabı sizlere ulaştırmak istememizdeki amaç, mikrobiyoloji ve biyotekno-

loji konuları aracılığıyla

• günlük yaşamın içindeki bilimi görmenizi sağlamak,

• biyoloji bilimine olan merak ve ilginizi güçlendirmek,

• çevrenizdeki mikro dünyayı farketmenizi sağlamak,

• yeni fikirler için zihninizi harekete geçirmek,

• heyecanlı bilimsel deneyimler yaşamanızı sağlamak,

• deneysel konularda yeterliliğinizi arttırmak,

• biyoteknolojiye bakış açınızı geliştirmek,

• mikroorganizmalarla ilgili araştırmalar yapmanızı desteklemek,

• bilimsel süreç becerilerinizi geliştirmek,

• yapmak istediğiniz projeler için destek olmak,

• zor gibi görünen deneysel çalışmaları kolaylaştırmaktır.

Elbette, bu saydığımız etkilerin hepsini yaratmak hem çok keyifl i hem de çok

verimli hissettirirdi. Ama sadece bir ya da birkaçını yaratabilmek bile tüm yorgun-

luğumuza değer!...

Sizler de deneyleyin ve paylaşın bizimle,

Biyoloji ve teknolojinin gücü adına!

Hadi deney başına!

Ankara, 2018

Hikmet Katırcıoğlu

Miraç Yılmaz

Ezgi Metin

İÇİNDEKİLER

Özgeçmişler ........................................................................................................................... iii

Ön Söz ......................................................................................................................................v

ŞU “MİKROORGANİZMA” DEDİKLERİ!?… Nedir? .......................................................................................................................................1

Nerede Yaşar? ..........................................................................................................................1

Yararlı mı Yoksa Zararlı mıdır? ............................................................................................2

BUNLAR DA MI MİKROORGANİZMALARLA İLGİLİ? .................................3

MİKROORGANİZMALARLA ÇALIŞIRKEN NE YAPMALI,NE YAPMAMALI ?!Deney Yaparken Dikkatliyim!!! ............................................................................................5

Ya Kaza Olursa! .......................................................................................................................6

MİKROORGANİZMA ÇALIŞMALARINDA NELER KULLANILIR?Deneyleri Hangi Araç - Gereçlerle Yapmalı! ......................................................................7

MİKROORGANİZMALARLA NASIL ÇALIŞILIR?Steril Etmek Mi! O da Ne? ...................................................................................................18

Mikroorganizmaları Nasıl Beslemeli?................................................................................19

Hangi Besiyerlerini Hazırlayalım? .....................................................................................19

Kültür Nasıl Hazırlamalı? ....................................................................................................21

Ekim Ve İnkübasyonda Nelere Dikkat Edilir? ..................................................................25

Kimyasalları Hazırlarken .....................................................................................................26

x DENEyleR MİSİN?

DENEYLERİM1. GÖRDÜN İŞTE BİZ BURDAYIZ!

Mikroorganizmaların koloni görünümleri .......................................................................28

2. GÖRMÜYORSUN AMA BİZ BURDAYIZ!

Mikroorganizmaların morfolojik görünümleri ................................................................32

3. BİRİLERİNDEN DAHA GELİŞMİŞ OLDUĞUM AÇIK!

Prokaryot ve ökaryot hücreler arasındaki farklar ............................................................37

4. TOZ TOPRAK İÇİNDE!

Farklı topraklarda yaşayan mikroorganizma çeşitliliği ...................................................40

5. SUYLA BERABER…

Suda yaşayan mikroorganizma çeşitliliği ..........................................................................44

6. HAVADA UÇARKEN!

Havada yaşayan mikroorganizma çeşitliliği .....................................................................47

7. YEMEĞİNE ORTAĞIM!

Gıdalarda yaşayan bakteri çeşitliliği...................................................................................49

8. ADRES: AĞIZ MAHALLESİ, DİŞ SOKAK…

Vücutta yaşayan mikroorganizma çeşitliliği .....................................................................53

9. HEY! SENİN YERİN ORASI DEĞİL?

Gıda ürünlerinde bozulmaya yol açan bakteriler ............................................................55

10. MEMLEKET NERE?

Gıda ürünlerinde bozulmaya yol açan küfl er ...................................................................57

11. YAPTIĞIM YEMEK SAĞLIKLI MI?

Et bozulmasının doğal yolla önlenmesi .............................................................................60

12. NİYE TUTMADI BU YOĞURT ŞİMDİ!

Ağır metallerin mikroorganizmalar üzerindeki etkileri .................................................62

13. IŞIN ALIRSAM IŞINLANIR MIYIM!?

Mikrodalga ışınlarının mikroorganizmalar üzerindeki etkileri .....................................64

14. HEP MÜCADELE, HEP MÜCADELE!

Antibakteriyel etki ................................................................................................................67

15. SALATAM TERTEMİZ Mİ ACABA?!

Sebze ve meyvelerde mikroorganizma dezenfeksiyonu ..................................................70

16. ELİMİN KİRİ!

Elin dezenfeksiyonu .............................................................................................................73

17. BEN Mİ DAHA FAZLAYIM, SEN Mİ DAHA HIZLI!

Metabolik aktivite hızı .........................................................................................................75

18. BU HAREKET DE NE!

Maya hücrelerinde fermantasyon .......................................................................................79

19. EKMEĞİMİ KENDİM YAPTIM!

Ekmek yapımı .......................................................................................................................82

xiİçindekiler

20. KESKİN SİRKE KÜPÜNE ZARAR!

Sirke yapımı ...........................................................................................................................85

21. YOĞURDUN SELAMI VAR!

Yoğurt yapımı ........................................................................................................................87

22. ŞU KEFİR DEDİKLERİ!

Kefir içerisinde bulunan mikroorganizmalar ...................................................................89

23. HANGİMİZ DAHA FAYDALIYIZ, GÖRELİM BAKALIM!

Probiyotik mikroorganizmaların özellikleri .....................................................................92

24. KÂĞIT YERE DÜŞERSE!

Kağıdın mikroorganizmalar tarafından parçalanması ....................................................96

25. ÇAMAŞIRDAKİ EN BÜYÜK YARDIMCINIZ!

Mikroorganizmalar tarafından üretilen enzimlerin leke giderimindeki etkisi ............99

26. KAÇIN BİTKİLER GELİYOR

Bitki özütlerinin mikroorganizma üremesine etkisi ..................................................... 103

27. ŞEKERİ YERDE DE BULSA YİYEN VAR!

Nişastanın toprak mikroorganizmaları tarafından parçalanması............................... 107

28. ELLER YUKARI! TUTUKLUSUN!

Enzim jel immobilizasyonu .............................................................................................. 110

29. VEEE HUZURLARINIZDA DNA!

DNA izolasyonu ................................................................................................................. 115

30. ŞU JÖLELİ ELEKTROFOREZ VAR YA!

Jel eletroforez yöntemi ...................................................................................................... 124

İleri Okumalar .......................................................................................................130

xii DENEyleR MİSİN?

Şekiller Listesi

Şekil 1 Mikroskop ..................................................................................................................7

Şekil 2 Tüpler...........................................................................................................................8

Şekil 3 Petri kapları ................................................................................................................8

Şekil 4 Pipetler ........................................................................................................................8

Şekil 5 Mikrolitre ....................................................................................................................9

Şekil 6 Puar ve puar kullanımı ..............................................................................................9

Şekil 7 Damlalık ....................................................................................................................10

Şekil 8 Beherler .....................................................................................................................10

Şekil 9 Spatül .........................................................................................................................10

Şekil 10 Erlenmayer .............................................................................................................11

Şekil 11 Balon Joje ................................................................................................................11

Şekil 12 Mezür ......................................................................................................................11

Şekil 13 Öze ...........................................................................................................................12

Şekil 14 Drigalski özesi ........................................................................................................12

Şekil 15 Bek ve ispirto ocakları ...........................................................................................12

Şekil 16 Mavi kapaklı şişeler ...............................................................................................13

Şekil 17 Tüp taşıyıcıları ........................................................................................................13

Şekil 18 Otoklav ....................................................................................................................14

Şekil 19 pH kağıtları .............................................................................................................14

Şekil 20 Pastör fırını .............................................................................................................15

Şekil 21 Hassas terazi ...........................................................................................................15

Şekil 22 Vorteks ...................................................................................................................16

Şekil 23 Manyetik karıştırıcılar ...........................................................................................16

Şekil 24 Santrifüj cihazı ......................................................................................................17

Şekil 25 Çeker ocak ..............................................................................................................17

Şekil 26 Ekim işlemi .............................................................................................................22

Şekil 27 Çizgi çekim yöntemi .............................................................................................23

Şekil 28 Yayma ekim yöntemi .............................................................................................24

Şekil 29 Jelatin .......................................................................................................................31

Şekil 30 Su, şeker, patates karışımı .....................................................................................31

Şekil 31 Karışımın süzülmesi ..............................................................................................31

Şekil 32 Toprak süspansiyonu .............................................................................................34

Şekil 33 Toprak süspansiyonun vorteksle karıştırılarak hazırlanışı ...............................35

Şekil 34 Patatesli besiyerinde oluşan küf ...........................................................................35

xiiiİçindekiler

Şekil 35 - 36 Göl suyundan alg kültürü ............................................................................35

Şekil 37 Standart katı besiyerinde üremiş maya ...............................................................36

Şekil 38 Boyama sonrası mikroskopta mayalar ................................................................36

Şekil 39 Alg mikroskop görüntüsü ....................................................................................36

Şekil 40 Küf mikroskop görüntüsü ....................................................................................36

Şekil 41 Mikroskopta bakteri görüntüsü ..........................................................................39

Şekil 42 Mikroskopta maya görüntüsü ..............................................................................39

Şekil 43 Gübreli topraktan elde edilen koloniler .............................................................43

Şekil 44 Bahçe toprağından elde edilen koloniler ...........................................................43

Şekil 45 Saksı toprağından elde edilen koloniler ..............................................................43

Şekil 46 Göl suyu maya kolonileri görüntüsü ...................................................................46

Şekil 47 Göl suyu bakteri kolonileri görüntüsü ...............................................................46

Şekil 48 Göl suyu alg mikroskop görüntüleri ...................................................................46

Şekil 49 Standart katı besiyerinde havadan izole edilmiş koloniler ...............................48

Şekil 50 Tek bir koloniden hazırlanmış preparatın mikroskop görüntüsü ...................48

Şekil 51 Kırmızı pul biberdeki bakteri kolonileri .............................................................51

Şekil 52 Nanedeki bakterilerin mikroskop görüntüsü ....................................................52

Şekil 53 Kırmızı pul biberdeki bakterilerin mikroskop görüntüsü ...............................52

Şekil 54 Kekikteki bakterilerin mikroskop görüntüsü.....................................................52

Şekil 55 Dişten izole edilen bakterinin mikroskoptaki görüntüsü ................................54

Şekil 56 Et suyu mikroskop görüntüsü ..............................................................................56

Şekil 57 Süt mikroskop görüntüsü .....................................................................................56

Şekil 58 Küfl ü limon .............................................................................................................58

Şekil 59 Küfl ü beyaz peynir, limon ve ekmek ...................................................................59

Şekil 60 Mikroskopta maya görüntüsü ..............................................................................59

Şekil 61 Mikroskopta küf görüntüsü..................................................................................59

Şekil 62 Antibiyotikli (1) biberiyeli (2) ve kontrol (3) .....................................................61

Şekil 63 Normal maya, mikrodalgada tutulan maya .......................................................66

Şekil 64 Normal yoğurt, mikrodalgada tutulan yoğurt ...................................................66

Şekil 65 Normal maya hücresi ............................................................................................66

Şekil 66 Mikrodalgada tutulan maya .................................................................................66

Şekil 67 Normal yoğurt bakterileri ....................................................................................66

Şekil 68 Mikrodalgada tutulan bakteriler ..........................................................................66

Şekil 69 Çalışmada kullanılan materyalller.......................................................................69

Şekil 70 Üremenin gerçekleştiği PDA'lar ..........................................................................69

Şekil 71 Diş macununun antimikrobiyal etkisi ................................................................69

xiv DENEyleR MİSİN?

Şekil 72: Marulun sirke içinde yıkanması .........................................................................71

Şekil 73: Mandalinanın sirke içinde yıkanması ................................................................72

Şekil 74: Marulun sirke içinde yıkandıktan sonraki üreme sonuçları ...........................72

Şekil 75: Elmanın sirke içinde yıkandıktan sonraki üreme sonuçları ...........................72

Şekil 76: Mandalinanın sirke içinde yıkandıktan sonraki üreme sonuçları .................72

Şekil 77: Toprak ile muamele sonrası üreyen koloniler ...................................................74

Şekil 78: Para ile muamele sonrası üreyen koloniler .......................................................74

Şekil 79: Antibakteriyel sabun ile muamele sonrası plak görüntüsü .............................74

Şekil 80: Çiğ süt, ekşimiş süt, günlük pastörize süt ve UHT süt ....................................77

Şekil 81: Metilen mavisi damlattıktan bir süre sonra gözlenen renk değişimi .............77

Şekil 82: Farklı süt numunelerinden hazırlanan yoğurt örnekleri .................................78

Şekil 83: Yoğurt numunelerinin görüntüsü ......................................................................78

Şekil 84: Farklı başlatıcı kültüre sahip yoğurt örnekleri ..................................................78

Şekil 85: Balonlu düzeneğin kurulum görüntüsü.............................................................81

Şekil 86: Bir saat sonraki görünüm ....................................................................................81

Şekil 87: Kamışlı düzeneğin görüntüsü ............................................................................81

Şekil 88: Kireçli süspansiyondaki değişim ........................................................................81

Şekil 89: İki farklı şekilde hazırlanmış ekmek hamuru ..................................................84

Şekil 90: Ekmek hamurunda farklı mayalanma süreçleri ...............................................84

Şekil 91: Sirke bidonu...........................................................................................................86

Şekil 92: Sirke oluşumu için hazırlanan düzenek .............................................................86

Şekil 93: Başlangıç kültür eklendikten sonra ağzı gevşek biçimde

kapatılan süt kavanozları .....................................................................................88

Şekil 94: Kavanozlarda yoğurt oluşumu ............................................................................88

Şekil 95: Kefirden hazırlanan preparat görüntüleri .........................................................91

Şekil 96: Objektif üzerinden çekilen fotoğrafl ar ...............................................................91

Şekil 97: Farklı yoğurtlardan alınan kültürlerin görüntüsü ............................................93

Şekil 98: Yoğurt numunelerinin bakteri yoğunlukları .....................................................94

Şekil 99: Normal yoğurt bakterilerine uygulama sonrası görüntüler ............................94

Şekil 100: Probiyotikli yoğurt bakterilerine uygulama sonrası görüntüler ..................94

Şekil 101: Normal yoğurtların HCL ve tükürük toleranslarının karşılaştırılması .......95

Şekil 102: Probiyotikli yoğurtların HCL ve tükürük toleranslarının

karşılaştırılması ...................................................................................................95

Şekil 103: Gübreli toprağa yerleştirilmiş selüloz kağıt ve biyoplastik

materyal görüntüleri ..........................................................................................97

xvİçindekiler

Şekil 104: Saksı toprağına yerleştirilmiş selüloz kağıt ve biyoplastik

materyal görüntüleri ..........................................................................................98

Şekil 105: 5-8 haft a arası bekletilmiş toprakların görüntüleri ........................................98

Şekil 106: Hazırlanan küçük bezlerde oluşturulmuş reçel, tereyağı

ve yumurta lekeleri .......................................................................................... 102

Şekil 107: Deterjanla muamele sonrası bez parçalarındaki leke durum .................... 102

Şekil 108: Toprakdaki mikroorganizmalar ile muamele sonrası

bez parçalarındaki leke durumu .................................................................... 102

Şekil 109: Drigalski özesinin steril edilmesi .................................................................. 105

Şekil 110: Hazırlanan antibiyotik solüsyonu .................................................................. 105

Şekil 111: Standart katı besiyerinde açılan kuyucuklara konulan kekik,

rezene ıhlamur ................................................................................................. 106

Şekil 112: Deneyde kullanılan materyaller..................................................................... 106

Şekil 113: Bitki özütlerinden elde edilen zonların görüntüleri ................................... 106

Şekil 114: Nişastalı besi ortamı ........................................................................................ 109

Şekil 115: İyotla renklenmiş ortam ve zon görüntüsü .................................................. 109

Şekil 116: Jelatin solüsyonunun hazırlanması ............................................................... 112

Şekil 117: Jelatin, ağız içi sıvısı (tükürük) ve gıda boyası ile

hazırlanmış kürecikler .................................................................................... 113

Şekil 118: 10 ml’lik nişasta çözeltisine kürelerin uygulanması .................................... 113

Şekil 119: İki saatlik süre sonunda solüsyondaki nişasta yoğunluğu ........................ 113

Şekil 120: Lam üzerinde inceleme ................................................................................... 114

Şekil 121: Lam üzerine alınan numunelere iyot uygulamasından

sonraki görüntüler ........................................................................................... 114

Şekil 122: Maya kültürü .................................................................................................... 119

Şekil 123: Tuz ilavesi yapılan deterjan ve distile su karışımı ........................................ 119

Şekil 124: Deterjan ve tuz çözeltisi eklenmiş maya kültürü ......................................... 120

Şekil 125: Tüpe aktarılan karışım ................................................................................... 120

Şekil 126: Soğuk etil alkol ilave edildikten sonra ara zonda yoğunlaşan ................... 120

Şekil 127: Liziz tamponu içirisinde havan tokmağıyla ezilmiş muz ........................... 121

Şekil 128: Sıcak su banyosunda bekletilen muz karışımı ............................................. 121

Şekil 129: Soğuk su banyosunda bekletilen muz karışımı ........................................... 121

Şekil 130: Karışımın süzülmesi ........................................................................................ 122

Şekil 131:Ara zonda yoğunlaşan DNA ........................................................................... 122

Şekil 132: Deterjan ve tuz karışımı (liziz) ...................................................................... 122

Şekil 133: Ağız içi sıvısı eklenmiş karışım ...................................................................... 123

Şekil 134: Etil alkol eklenmesi ile ara zonda yoğunlaşan DNA ................................... 123

xvi DENEyleR MİSİN?

Şekil 135: Jelin hazırlanması ............................................................................................ 127

Şekil 136: Nikrom kablo ve 9 V’luk pil düzeneği .......................................................... 127

Şekil 137: Jel üzerinde tarakla kuyucukların oluşturulması ........................................ 127

Şekil 138: Tarak çıkarıldıktan sonraki görüntü ............................................................. 128

Şekil 139: Hazırlanan örneklerin kuyucuklara doldurulması ..................................... 128

Şekil 140: Elektroforez düzeneği...................................................................................... 128

ŞU “MİKROORGANİZMA” DEDİKLERİ!?...

Nedir?

Canlılar dünyası görebildiklerimizden başka gözle göremediğimiz üyelere de

sahiptir ve onlara ”mikroorganizma” adı verilir. Tek bir hücrenin bir bireyi temsil

ettiği mikroorganizmaların çoğu enerji üretimi ve çoğalma gibi yaşamsal işlevleri-

ni tek başlarına yaparlar. Mikroorganizmalar, arkebakteriler ve bakteriler alemini

oluşturan prokaryotlar ve ökaryotlar aleminde bulunan protozoa, algler, funguslar

ile bu domainlerde yer almayan virüsleri kapsarlar.

Mikroorganizmaları inceleyen, onların özelliklerini ve faaliyetlerini açığa çı-

karan bilim dalı “Mikrobiyoloji”; mikroorganizmaları ve diğer canlıları teknoloji ile

buluşturan; çeşitli ürün ve uygulamaları oluşturan bilim dalı ise “Biyoteknoloji”dir.

Mikroorganizmaların kullanımı ile yapılan ekmek, bira, şarap ve çok çeşitli süt ürün-

leri, bakteri, maya ve bazı mantarların neden olduğu ilk biyoteknolojik uygulamalar

olarak karşımıza çıkmıştır. Bazı başlatıcı bakteri kültürlerinin faaliyeti ile oluşan yo-

ğurt, ekşi krema, süzme yoğurt, tereyağı, kefir, peynir gibi süt ürünlerinin yanısıra

sirke de bakteriler ve mayaların mayalaması ile oluşan klasik/geleneksel biyotekno-

loji ürünlerindendir. Ancak ilk kez 17. yüzyılda mikroskopta gözlenebilmesiyle var-

lıkları kabul edilen mikroorganizmaların biyoteknolojide veya teknolojik ürünlerin

geliştirilmesinde kullanılması sebebiyle hayatımızdaki etki ve önemi gün geçtikçe

artmaktadır. Günümüzde çeşitli moleküler yöntem ve tekniklerin geliştirilmesi ile

canlıların genetik yapılarını inceleyen, müdahale eden ve istenilen şekilde değiştire-

bilen “Gen Teknolojisi” ile klasik biyoteknolojik dönemden modern biyoteknolojik

döneme geçiş gerçekleşmiştir. Bu nedenle artık sağlık (tıp ve ilaç endüstrisi), tarım

(bitki ve hayvan ıslahı), gıda (besin kalitesi ve çeşitliliği), çevre (koruma ve geliştir-

me) gibi konuları kapsayan endüstrilerde mikroorganizmalarla ilişkili yeni ürünler

üretilmekte ve uygulamalar yapılmaktadır.

Nerede Yaşar?

Yaşam alanlarını toprak, tatlı ve tuzlu sular, hava, canlı vücudu (üzeri ve/veya

içi) ve gıdalar gibi yerlerde seçen mikroorganizmalar, atmosfer, yerin derinlikleri,

buzulların içleri ve hatta sıcak su kaynakları gibi ekstrem koşullarda dahi buluna-

bilirler. Günlük hayatta kullandığımız eşyalar, nefes aldığımız hava, yaşadığımız

ev ve çevre, hatta vücudumuz mikroorganizmalarla doludur. Etrafımızda yaşayan

mikroorganizmaların çeşidi ve sayısını ortamın sıcaklığı, pH durumu (asidite),

oksijen miktarı, ışık, besin madddeleri gibi fiziksel faktörler belirlemektedir. Buna

rağmen çok zorlu koşullara dayanıklı ve neredeyse her ortamda yaşayabilen mik-

roorganizmalar da bulunmaktadır. Örneğin; yüksek sıcaklıktaki sularda, denizal-

tında, volkanik kayalarda, çok tuzlu ortamlarda ekstrem bakteriler; oksijen bulun-

mayan yer altı katmanlarında metanojenik bakteriler, canlı ortamlarda ( bitki veya

hayvan vücudu gibi) ise, oksijen isteği yönünden çeşitli bakteri (aerobik/anaero-

bik), fungus, protozoa ve zorunlu hücre içi paraziti olarak da virüsler yaşamakta-

dırlar. Algler güneş ışığı olan tüm nemli ortamlarda yaşarken, funguslar fiziksel

çevreye daha kolay uyabildiklerinden hemen her yerde yaşarlar.

Yararlı mı Yoksa Zararlı mıdır?

Aynı mikroorganizma denetimli şartlarda yararlı, denetimsiz şartlarda zararlı

olabileceğinden, mikroorganizmaları genel olarak yararlı veya zararlı diye sınıfl a-

mak mümkün değildir. Örneğin az sayıda bulunduğunda hastalık yapmayan bir

bakteri, sayısı çoğaldığında hastalık yapma (patojen) özelliği taşır. Yine de mikro-

organizmaların sayılabilecek pek çok yararı vardır. Örneğin:

- Çeşitli gıdalar mikroorganizmalar ile elde edilir (yoğurt, kefir, kımız gibi

süt ürünleri, alkollü içecekler, sirke, boza, uzak doğu kökenli soslar gibi

çeşitli ürünler, ekmeğin mayalanması, tek hücre proteini vs.).

- Çeşitli endüstriyel ürünler mikroorganizmalar ile elde edilir (alkol, ase-

ton, butanol vs).

- Biyolojik atık su arıtımında mikroorganizmalar kullanılır.

- Biyogaz reaktörlerinde mikroorganizmalardan yararlanılır.

- Maden yatakları mikroorganizmalar ile ıslah edilir.

- Biyolojik gübre, biyoinsektisit üretiminde mikroorganizmalar kullanılır.

- Doğadaki C, N, P, S gibi çevrimlerde mikroorganizmalar önemlidir.

- Moleküler biyoloji, genetik, moleküler genetik ve biyoteknoloji bilimle-

rinde pek çok çalışmada mikroorganizmalardan yararlanılır.

Buna karşın zararlı olan mikroorganizmalar insanları, bitkileri ve hayvanları

hasta edip öldürebilirler; gıdaları ve endüstri ürünlerini bozarak ekonomik kayıp-

lara da neden olabilirler.

2 DENEyleR MİSİN?

Enfeksiyon: Mikroorganizmaların (bakteri, parazit vb.) insan vücudunun

herhangi bir yerinde çoğalmasıyla hastalık meydana getirmesine denilmektedir.

Enfeksiyon ya da infeksiyon; enfeksiyōz hastalık, intaniye, bulaşım olarak da bili-

nir. Hastalık yapıcı özelliğindeki mikroorganizmaların herhangi bir yolla vücuda

girmesiyle oluşan hastalık tablosudur.

Hijyen: Birey ve toplumlarda sağlığın korunması ve devam ettirilmesi için

gerekli bilgi ve uygulamaların toplamıdır.

Sanitasyon: Sağlık ve temizlik anlamına gelir. Günümüzde daha geniş kap-

samlı olarak tanımlanmaktadır. Ortamın hastalık yapan mikroorganizmalardan

arındırılması için gerekli işlemlerdir. Araç ve gereçler ile ortamda bulunan sağlığa

zararlı mikroorganizmaların güvenli bir düzeye düşürülmesini sağlamak üzere,

gerekli olan ısı ve kimyasal madde kullanımını kapsayan bir süreçtir.

Sterilizasyon: Mikroorganizmaların tüm formlarının(spor ve jetatif), fiziksel

ya da kimyasal yöntemlerle malzeme, besiyeri veya ortamlardan tamamen arındı-

rılması işlemidir.

Dezenfeksiyon: Herhangi bir cismin veya yüzeylerin her türlü hastalık yapıcı

etkenlerden(patojen mikroorganizmalardan) arındırılması (öldürülmesi veya gü-

venilir seviyelere indirilmesi) için uygulanan kimyasal işlemlerdir.

Aseptik Teknikler: İstenmeyen mikroorganizmaları çalışma ortamından

uzak tutmak için uygulanması zorunlu metodlar olarak adlandırılırlar. Aseptik

teknikler laboratuvardaki çalışmalarımızı korurken zararlı mikroorganizmaların

laboratuvara yayılmalarını önler.

Antiseptik Madde: Canlı dokularına yerleşerek hastalığa yol açan, mikro-

organizmaları (bakteri, virüs, mantar gibi) yok etmek için kullanılan maddedir.

Antiseptikler genellikle suyla karıştırılarak (sulu çözelti halinde) kullanılan fenol,

alkol, klor ve formaldehit gibi kimyasal maddelerdir. Bu sıvılar doğrudan vücudun

mikrop bulaşmış bölgelerine sürülerek dıştan uygulanır ve vücut dokularına fazla

zarar vermeden o bölgedeki hastalık yapıcı mikropları öldürür ya da çoğalmala-

rını önler.

BUNLAR DA MIMİKROORGANİZMALARLA İLGİLİ?