macromolecular nanomachines in action
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20091116-17Curso de Genómica Aplicada a la Medicina Clínica (MADRID) ---Las macromoléculas se comportan como diminutas máquinas para realizar sus funciones biológicas dentro de las células.Si bien la estructura (en los diferentes niveles) viede dada por la secuencia de las proteínas, la función más que a la propia estructura la deben a las diferentes conformaciones que pueden adoptar.Tanto la difracción de rayos X, como las técnicas de microscopía electrónica son capaces de resolver las estructuras 3D de un amplio rango de biomoleculas. Combinandolas obtenemos "modelos híbridos" que se benefician de las mejores caracteristicas de estas técnicas que se complementan.PeppeR es una aplicación de integración de datos, que permite ver los modelos híbridos almacenados en EMDB, junto con anotaciones de otras muchas bases de datos de genomica, proteomica, etc.TRANSCRIPT
IN ACTION
José Ramón Macías
macromolecularnanomachines
José Ramón Macías
Hi, my name is:
Bioinformatician
macromolecularnanomachines
IN ACTION
Structure
Sequence
Structure
Function
Sequence
10 nm
1 mm
100 nm
X-Ray DiffractionCrystallography
conformational changes
Simian Virus 40
Large T antigen
Simian virus 40(SV40)
Large T antigen
Short & straight
Long & straight
Middle curvature
High curvature
Short & straight
Long & straight
Middle curvature
High curvature
Bacteriophage SPP1 replicative
Helicase G40P
D. melanogaster
26S proteasome
26S proteasome
X-Ray Crystallography
Requires Crystals
High Resolution
X-Ray Crystallography
Requires Crystals
High Resolution
3D Electron Microscopy
Medium Resolution
Crystals Not required
X-Ray Crystallography
Requires Crystals
High Resolution
3D Electron Microscopy
Medium Resolution
Crystals Not required
X-Ray Crystallography
Requires Crystals
High Resolution
3D Electron Microscopy
Medium Resolution
Crystals Not required
X-Ray Crystallography
Requires Crystals
High Resolution
3D Electron Microscopy
Medium Resolution
Crystals Not required
Hybrid Models
X-Ray Crystallography
Requires Crystals
High Resolution
3D Electron Microscopy
Medium Resolution
Crystals Not required
Hybrid Models
Fitting
3D-EM model Atomic model
Hybrid model
GroEL chaperonin
Anti-tumoralP53 transcription factor
lectron
icroscopy
ata
ank
E
M
D
B
10
40
67
117
193
266
363
2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008
since June 2002, the number of structures has increasedsteadily.
“
”
Single Particle Icosahedral
HelicalIndividual Structure 2D Crystal
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369
http://biocomp.cnb.csic.es/das/PeppeR
DASx3DEM & PeppeR
Structure
Sequence
adopting different conformations
is what leads to function