imageJ を使った細胞数の計測

目次

● 手順● 画像を開く● 計測範囲のトリミング● グレースケール処理● ノイズ平滑化● 閾値設定● 癒合切断● 円体計測

● マクロ● 利点・欠点

画像を開く

Menuより File > Open..

計測範囲のトリミング

範囲を選択後

Image > Crop

グレースケール処理

Menuより Image > Type > 8bit

ノイズ平滑化

Menuより Process > Noise > Despeckle

閾値設定

● MenuよりImage>Adjust>Threshold

スライダーを動かし計測対象のみが染色されるようにする(ほぼデフォルト値だが僅かに 2程度ずらしたりしている )

● Set

● Apply

癒合切断

Menuより

Process > Binary > Watershed

円体計測

● Menuより

Analyze

> Analyze Particles..

● Show Outlines

● チェックボックスをSummarizeのみにし実行

マクロ① マクロウィンドウ

メニューより

Plugins

> New

> Macro

マクロ② コード実行

画像を開き、トリミングを施した後、

run("8-bit");

run("Despeckle");

setThreshold(0, 102);

run("Convert to Mask");

run("Watershed");

run("Analyze Particles...", "size=0-Infinity

circularity=0.00-1.00 show=Outlines summarize");

を実行する。

なお、この時setThreshold(0, 102)の値は顕微鏡の設定や試料種によって異なってくるため、一定の再設定は必要となります。

利点・欠点

利点● 一度閾値を設定すればその実験シリーズにはその値を連続で適用すれば良く時間が短縮できる

欠点● その設定には一定の慣れが必要と思われ、教育には余計に時間がかかりかねない

● コンピュータの自動カウントが誤った数値を出していても気づきにくい

● コンピュータの設定が正しかったとしても、コンピュータは微妙な作為、判定ができないため人間の目測により手作業で計測するほうがその計測値は結局の所正確である

他

● シカゴ大学チュートリアル(英文)

http://www.unige.ch/medecine/bioimaging/tricks/imagejtutorials/CellCounting.pdf● ダウンロード

http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html

※クロレラ画像は日健総本社掲載のクロレラ　ピレノイドｰサを利用した