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U n e r e c e t t e ‘ t o u t e s s a i s o n s ’
L e s « C o n s e r v e s d e c a r o t t e s »
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Cécile Pignol (EDYTEM), Christine Plumejaud (LIENS), Oton Copi (RZA), Isabelle Billy (EPOC)
Tous les membres projet ROZA « Rétro-observatoire Archives sédimentaires », Isabelle Domaizon (INRA CARTTEL OLA)
Séminaire Zones Ateliers : "Comment gérer ses échantillons avec une base de données : pratiques et perspectives » Besançon, 21/03/2019
Enjeux autour de notre plateforme analytique (Core handling, Core sampling, Core Logging, analyses spécifiques, …)
1- Contenu de la collection (carotte Patrimoine, carotte Archive et carotte de Travail), sous-ech.
2- Manipuler sans ambiguïté des prélèvements multi-partenaires, multi-sites
3- Pérenniser le stockage (objet & données)
4- Rendre découvrable l’échantillon ses métadonnées intrinsèque ou par motifs (en interne )
Objectif : Améliorer le workflow d’acquisition analytique pour pérenniser les objets dans le temps futur et dans l’espace physique et numérique
Pour gérer (sans perte) les échantillons et les données (du stagiaire -> aux chercheurs)
Pour répondre à des questionnements scientifiques (sample-reuse & data-reuse)
Pour répondre à des injonctions règlementaires (Inspire, Nagoya)Séminaire Zones Ateliers :
"Comment gérer ses échantillons avec une base de données : pratiques et perspectives » Besançon, 21/03/2019
CORE
Archive (A/X)
Work (W/T)
Archive sédimentaire (prélèvement humide -> 4°C) : Le Carottage Sédimentaire (mais aussi Roche / Glace)
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D’autres Archives temporelles :-matériels secs (roches, cernes d’arbres, stalagmites)
STALAGMITES
BOIS
Une multitude de FORMAT : sec, humide et congelés
analyse & séquençage ADN
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https://www.cybercarotheque.fr/
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1 objet = 1 identifiant unique international pour
chaque objet
Intern. Geo SampleNumber
ww.igsn.org
Edytem : 2016Ifremer : 2017
CNRS (INSU) : 2018 Allocating Agent
(échantillon géologique)
- Campagne/Mission- Carottier, Diam,- Longueur (en cm)- Prof Top, Prof Bottum (cm)- Stockage
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-Nom, Codage, Id unique-Localisation, Lieu- Année, Date forage - XY, Altitude, Bathymétrie, - Chef Mission, PIs, Foreur
Une carotte = 1 RUN ou n SECTION1
RUN
(en
mèt
re)
- Longueur TOP (cm)
- Longueur BOT (cm)- Longueur TOP (cm)
- Longueur BOT(cm)- Longueur TOP (cm)
-Longueur BOT (cm)
SECT
ION
BSE
CTIO
N A
SECT
ION
C
Met
adon
nées
prin
cipa
les
Archive sédimentaire : Le Carottage Sédimentaire (…Roche / Glace)
long
ueur
(en
cm
)lo
ngue
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en c
m)
long
ueur
(en
cm
)
Le cycle de vie d’un échantillon : gérer des métadonnées informatives sur des objets physiques
1-La collectede
l’échantillon sur le terrain
2-Le traitementprotocoles
de l’échantillon
au labo
3-La gestionde Stocks
Intra/Inter-labos
Plateformes
4-La traçabilité et réutilisation
de l’échantillon
Ensuite commence un autre cycle de vie … celui de la donnée
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MissionCarottage
Photos
Ouverture
Logging
AnalyseS
Protocoles Echantillonnage
Stockage
ROZA
Wor
kflo
wPl
atef
orm
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par
tagé
e PT
AL
Rétro-observatoire Archive sédimentaire
Colle
cte
Trac
abili
téG
esti
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es d
onné
es
Entréeextérieur
Workflow au laboratoire d’une carotte & Acteurs impliquésPr
élèv
emen
t
1- à bord / sur le terrainCollectes
Utilisation de l’application mobile (Corebook Z3)
Rangement des sections dans le
stockImpression et
Collage des étiquettes si pas fait à bord
Rapport de Mission
+Lieu stockage
Liste des sections+ Métadonnées
2- Retour de missionTransfert / Synchro
Sortie d’un prélèvementpour analyse
Banc analyses/logging
1- Retour ½ CAROTTE (PARENT)
2- Rangement des nouveauxéchantillons (ENFANTS)
Génération de deux codes IGSN « enfants »
Création PID Code
IGSN
4- PLATEFORMES ANALYTIQUESéchantillonnage, génération de données sur les sections
CORECORE
½ run / section
3- REPOSITORYMise en stock
Vers … + Motif
CORE
½ run / section W
½ run / section A
Cas 3b : ANALYSES DESTRUCTIVEAVEC division d’échantillons dérivés (aliquot)
Cas 1 : DECOUPE / OUVERTUREÉchantillons JUMEAUX dérivés
½ run / section W
Cas 2 : ANALYSES NON DESTRUCTIVESANS génération d’échantillon DATA
Cas 3a : ANALYSES DESTRUCTIVE AVEC génération d’échantillons dérivés
Banc d’ouverture
i
f
i
5 - REPOSITORYRe - Mise en stock
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perspectives » Besançon, 21/03/2019
Workflow au laboratoire d’une carotte & Acteurs impliqués
CHERCHEUR Pers LABO CURATEUR STAGIAIRESPers LABOCHERCHEUR
STAGIAIRESPers LABOCHERCHEURSTAGIAIRESPers LABO CHERCHEUR
Pers LABO CHERCHEUR
CURATEUR
STAGIAIRES
Sém
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sanç
on,
21/0
3/20
19
GESTION DE STOCK = problématique d’ORGANISATION ->2010
170 cm
DIAM 50 ou 63 mm
DIAM 90 mm ou 110 mm
Archive (A/X)
Work (W/T)NO
M
RU
N /
SE
CT
ION
½ SECTION
NOM SECTION
6 configurations
ETUI grain de gestion ?
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2019 : Le projet ETIQUETAGE & SUIVI
170 cm
DIAM 50 ou 63 mm
DIAM 90 mm ou 110 mm
Archive (A/X)
Work (W/T)
CORE
½ SECTION
Suivi des entrées & sortie du stock (interne ou externe au labo)
fEtiquette CRYCOOL (Collante + -80°C
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Création et Duplication d’étiquette rapide
f
Entrée / Retour dans un rangement par lot
Sortie par lot pour un motif
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Création étiquette rapide
Zebra Cryocool (50mm x 25mm, 70mm x 25mm)
Type d’échantillons / Métadonnées / Conteneurs
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GESTION DE STOCK = organisation numerique ->2018
Création d’un ech
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Récupéré (CSV) via Cyber-C Non modifiable
Metadonnées Collec-SC
Mét
adon
nées
«m
étie
r»
para
mét
rabl
e Import du CSV
PARENT : Non modifiable
Mise en œuvre Du temps et du manpower :
-Trouver sa manière de fonctionner avec Collect (qui sont les acteurs ? à quel moment du workflow ils interviennent …)
- Récupération mon inventaire formaté Cyber-C + PID IGSN (import csv)
- Au départ uniquement les nouvelles carottes, puis régulièrement toutes celles qui « ressortent »
- Dès le départ : Grain « ½ section » (et U-chanel, Plaquette)
Seulement quand système & personnel rodé => sous-échantillonnage (pilulier, cube, eppendorf)
-1 personnel dédié 25% au début puis 10% ETP suffit pour assurer la maintenance matériel et suivi utilisation de routine (? Pas le suivi maintenance logiciel, rôle tenu par Oton ?)
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Besoin & « Limite » actuelle (1)Installation d’une instance Collect-Science : ou ?
Instance local dans un labo ? dans une ZA ?
Instance thématique (dans une autre infra) : exemple Cyber-Carothèque
Avantage fonctionnel : échange d’échantillons (Carotte uniquement) possible entre collections REPOSITORY, Interopérabilité facilité entre 2 systèmes
Instance multi-thématique Collect-Science dans RZA https://roza.collec-za.org
Qui fait la maintenance, mise à jour …. => Suite du Projet BED ?
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Besoin & « Limite » actuelle (2) Fonctionnalité pour limité les « oublis et erreurs » :
- un protocole de découpage systématique d’un objet en 2 ech dérivés « jumeaux »
+création automatique de 2 échantillons identiques avec récupération des métadonnées du parent (évite la ressaisie de même info)
+ codage des jumeaux : suffixe A/X ou W/T
+ mise en statut « Objet detruit » du parent auto
- Interopérabilité (A/R) vers Cyber-C <-> Collect-Sc <-> Cyber-C
Récupération par Webservice des listes de nouveaux échantillons
Envoi par Webservice les nouveau échantillons, leur localisation de stockage, Status)
ech dérivée jumeaux créé Parent au statut « détruit » systématiquement
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Ergonomie & Visibilité Tableau résultat : dans chaque colonne un champ filtre en autocompletion
Présentation du détail d’un échantillon : par onglets (nouveau, mouvements, échantillon dérivé, réservation) plutôt qu’à la suite
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Compléter le Glossaire avec des exemples métiers
Puis mettre un ticket directement dans Github : https://github.com/Irstea/collec/wiki/lexique)
https://docs.google.com/document/d/1t36KuprHin90lP5EV5vOTT1UXQuYBfJ5TZ-pRmgTA8w/edit
Eric : « On pourrait envisager de faire pointer le lien "glossaire" vers une page dédiée du site web, lien décrit dans les paramètres de l'application
la permettrait de faire cohabiter plusieurs glossaires. »
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Nice
Cécile PignolFévrier 2019
Limoge Lyon
BresIEUMt
EcolabGéode ASM
IMBE
ISEM - CBAE
ISTO - BRGM
LIEC
GeHoo
LGP
LPG
Clermont-F
(terrestre, tourbière, lacustre)
La Rochelle
Perspective pour les carothèques & labos « Paleo »
Constituer un réseau de gestionnaire d’échantillons thématique (car spécifique autour de l’objet) : réseau national de carothèques
Mise en place de Comité de pilotage de l’outil pour spécifier les futurs développements et financement
Piloter les rapprochements vers des Infra. Recherche (eRECOLNAT, LTER, Pôle de données institutionnels…)
Garantir un roadmap à un système d’information de traçabilité interopérable, spécifié en commun
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