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Workshop: STOFF-IDENT & openMASP

18. / 19.04.2013

Freising

[email protected]

System

STOFF-IDENT

DAIOS

Folie 2

Überblick

1. Plattform - Vorschau

2. openMASP (OM)

3. STOFF-IDENT(SI)

4. Plattform - Fazit

Plattform - Vorschau

Gesamtsystem in RISK-IDENT Folie 3

Plattform

Folie 4

• Eclipse RCP • bisher Rich

Application • bereits modular

über Eclipse Plugin-Struktur

• Stoffdatenbank • Applikation

modular über OSGi

• Eclipse RAP

• Stoff-Analyse-Datenbank

• LW • Reimplementier

ung

• Externe Schnittstellen, Tools oder Datenbanken werden in OSGi Modul verpackt

Plattform

Folie 5





modular über OSGi

• Eclipse RAP



ung


Plattform

Folie 6





modular über OSGi

• Eclipse RAP



ung


Plattform

Folie 7





modular über OSGi

• Eclipse RAP



ung


openMASP

Stand der Entwicklung Folie 8

openMASP Server

Analysis

openMASP

Maltcms

External Tools

User Workspace

Control Unit

Storage

openMASP

Maltcms

DB

Rich Client

Eclipse RCP

Eclipse RAP

External

Clients

openMASP

OSGi

» Softwareplattform für Softwarekomponenten

» Mehrere Versionen => gewachsen und gereift

» OSGi Alliance => Industriekonsortium

» Große Community mit verschiedenen Implementierungen

» Hauptsächlich im Java-Umfeld

Tür + strenger Türsteher

Vertrags-Verantwortlicher,

stellt Vertrag bereit




Erfüllender Vertragspartner







Mr. Will nicht Unterschreiben

Softwarekomponten in OSGi

» Komponenten sind eine Sammlung von Code

» Komponente kann Vertrag anbieten oder/und erfüllen

» OSGi ist also eine Plattform für einen Verbund an Vertragspartnern

» OSGi bietet eine Registry (Onlineportal) bereit

› Kennt alle Komponenten

› Vermittelt Komponenten untereinander

› Achtet auf Vertragsvereinbarungen

openMASP Server

Analysis

openMASP

Maltcms

External Tools

User Workspace

Control Unit

Storage

openMASP

Maltcms

DB

Rich Client

Eclipse RCP

Eclipse RAP

External

Clients

openMASP

STOFF-IDENT

Entwicklungsverlauf Folie 17

Folie 18

2013 2012 2014 RISK–

IDENT

Definition und Planung

• Datenumfang

• zu erfassende Eigen-

schaften

• Datenquellen

• Funktionsumfang

• Technologien

Prototyp 1

einfache Abfragen nach

Eigenschaften

Daten einfügen

nur REACH-Daten

nur Projektmitglieder

UBA

Vereinbarung über die

Lieferung von Daten aus

dem UBA-Datenbestand

auf der Basis der in REACH

erfassten Stoffe

Prototyp 2

Reimplementierung auf Basis der

Erfahrungen des ersten Prototyps

erweiterter Funktionsumfang und Daten

flexible Architektur zu leichteren Erweiterung

erweiterter Benutzerkreis (auf Anfrage)

DAIOS

• teilweises Re-Engineering von

DAIOS und Funktionserweiterung

• hinzufügen einer sozialen

Komponente für die Erfassung der

Expertenerfahrungen

Prototyp 3

gemeinsame Plattform STOFF-IDENT

und DAIOS

nochmals erweiterter Benutzerkreis

Datenerweiterung

Finalisieren

• feature freeze, keine neuen Funktionen

oder Eigenschaften

• Portierung auf Lifesystem

• Dokumentation (Benutzer, Administration)

Öffentlichkeitsarbeit

• Vorstellung der Datenbank auf

Fachtagungen und in Fach-

zeitschrifen

• Workshop für Benutzer

• öffentlicher Zugang der

Datenbank

nach Projektende

• Aktualisierung der Daten

durch das LfU

• Weiterbestehen der

Datenbank am LfU

1 Prototyp

» Realisiert als Studentenprojekt

» Diente als interne Diskussionsgrundlage

» Keine Weiterentwicklung

» Wichtige Erkenntnisse:

› Datenimport aus REACH

› Probleme mit REACH (Datenqualität)

Folie 19

2. Prototyp

» Konzipiert als Grundlage für Endprodukt

» Verwendete Technologie vergleichbar mit openMASP

» Technische Anforderungen Technologie (LfU):

› Bekannte Programmiersprache (vorzugsweise Java)

› Nur bekannte Frameworks (z.B. Spring)

› Relationale Datenbank (vorzugsweise Oracle)

› Warum immer Oracle?

» Anforderungen durch die Projektstruktur

› Kombination von STOFF-IDENT, openMASP und DAIOS

Folie 20

2. Prototyp

» Technologien

› Java serverseitig

› Spring Framework

› Diverse Apache-Bibliotheken

› Aber: aktuell keine relationale Datenbank

› mongoDB (Dokumenten basiert)

» Alle verwendeten Technologien sind frei verfügbar

› meist Apache-Lizenz

› kann sich in Zukunft noch ändern

Folie 21

Warum kein SQL?

» Structured Query Language

» Bei einigen Problemstellungen heute nicht mehr aktuell

» NoSQL

› Dokumenten basierte Datenbanken

› Graph Datenbanken

» Warum?

› Kein gezwungenes Schema

› erste Erfahrungen

Folie 22

Folie 23

…

Folie 24

Server

OSGi Container (Virgo)

DAIOS

SI

STOFF-IDENT Connector

Module

DAIOS Connector

Module

Controller Module

Kernel Module

… Module

… Module

Client

Browser mit HTML und JavaScript

STOFFIDENT UI

Eclipse RAP

RTI UI

Eclipse RAP

Client

Webservice

Datenakquise

» REACH

› Crawler

› Selenium + Chrome/Firefox

› Problem: häufige Anpassungen notwendig

» chemacalize.org

› Rechtliche Fragestellungen

» Interne Berechnungen

Folie 25

Suspected Target Screening

» Nutzt aktuell Daten von STOFF-IDENT

» Externe Daten über einfach strukturierte Excel-Files

Folie 26

Einlesen

• Upload

• interne Datenstruktur

RTI

• Ermittlung RTI aus Knowns

• RTI der Targets ermitteln

logP

• logP Ermittlung aus RTI

• logP für Abgleich mit STOFF-IDENT

TODO

» interne Roadmap für 2. Prototyp (ca. August 2013)

» Roadmap 3. Prototyp aufgrund des Feedbacks aus dem Workshop

› Entwicklungskapazitäten bis ca. April 2013

› Hier vor Ort oder per Mail

› Veröffentlichung der Roadmap (Juni/Juli 2013)

Folie 27

Plattform - Vorschau

Gesamtsystem in RISK-IDENT Folie 28

Folie 29

Verbindung über OSGi

Folie 30

SI DAIOS

Analysemodule

Kernkomponente

…

RTI SI Query …

Eclipse RAP

SI UI RTI UI DAIOS UI … UI

Tools

Anyl. Tools

Core Tools

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