BioeditSequence alignment editor and sequence analysis tool

Chuphong  ThongnakClinical Pathology, Ramathibodi Hospital

http://www. mbio.ncsu.edu/BioEdit/BioEdit.html

Sequence alignment editor and sequence analysis stand‐alone freeware

Written by Tom Hall in 1997 using C++

Introduction

Version 7.0.9 last update 27/6/2007 

• Several modes of hand alignment• Automated ClustalW alignment• Automated Blast searches (local and WWW)• Plasmid drawing and annotation• Accessory application configuration• Restriction mapping• RNA comparative analysis tools• Graphical matrix data viewing tools• Shaded alignment figures• Translation‐based nucleic acid alignment• ABI trace viewing, editing and printing• Other features...

Key features

Installation

PC with Windows 95, 98, NT, 2000 and XP OS system (Compatible with Windows Vista)

A pentium with at least 32 Mb of RAM

Requirement

Zip files extraction tools (ex. winzip, winrar, 7zip) 

At least 30Mb free disk space

PDF file viewer (ex. Adobe reader, Foxit reader) 

Duoble click “setup.exe”to start installationDuoble click “setup.exe”to start installation

In “c:\BioEdit” there is “tree32.zip”for TreeView installationIn “c:\BioEdit” there is “tree32.zip”for TreeView installation

Duoble click “setup.exe”to start TreeView installationDuoble click “setup.exe”to start TreeView installation

BioEdit Alignment viewBioEdit Alignment view

Main Interface

11

22

33 44

1. Menu bar

2. Tool Bar / Speed Button

3. Sequence names

4. Sequence detail

Select residues by boxing them with the mouse

Select / Slide mode: 

Edit mode: 

Grab & Drag mode: 

You may place the cursor anywhere in the document(except the titles) and type with processor: insert and overwrite

Grab and drag a single residue dynamically on the screen. Usethe shift key to move the entire sequence downstream of the residue

Lock and unlock all gaps in the entire alignment

Locked state of above button

When down, allows you to insert single gaps by right‐clicking the mouse

Delete gaps by right‐clicking the mouse

Insert gaps in all sequences except the one clicked on with the right mouse button

Delete gaps in all sequences except the one clicked on with the right mouse button

Reverses the default functions of the left and right mouse buttons

Toggle “Grab & Drag” mode

When this button is down, when sliding residues is to crunch or expand downstream gaps

When this button is down, when sliding residues is to move the entire sequence downstream of the selectionNormal view mode residues are colored according tothe current color tableInverse color view mode, Background boxes are shaded

“Strength of Alignment” ‐‐ Residues are shaded in grayscale according to the information content at each columnResidue backgrounds are shaded according to the information content at each column

Shade residues by identity and similarity

Draw features with sequences superimposed over them

Draw features only. Do not show sequences

View sequences in color

View sequences in monochrome

Show identities to a reference sequence (default = top)

Show or hide the mutual information examiner (for RNA analysis only)

Brings up the color table edit dialog

Toggles “ignore anchor points” mode

Add or remove a positional marker flag

Add or remove a column anchoring point

Scroll speed controller

Assign first number on ruler

Double click  sequence name to use sequence edit mode and select “Overwrite” or “Insert”Double click  sequence name to use sequence edit mode and select “Overwrite” or “Insert”

Example 1Pairwise alignment for 

checking Primer

Go to “File > Open...” to open template and primer filesGo to “File > Open...” to open template and primer files

For Forward primer select template and primer then go to “Sequence>Pairwise Alignment>Align two sequence(allow ends to slide)

For Forward primer select template and primer then go to “Sequence>Pairwise Alignment>Align two sequence(allow ends to slide)

F‐Primer anneal with template at position 109 ‐ 126 F‐Primer anneal with template at position 109 ‐ 126 

ATAGTCAGCAAGCAAGCA

TGCTTGCTTGCTGACTAT

For Reverse primer select it and go to “Nucleic acid>Reverse Complement” firstFor Reverse primer select it and go to “Nucleic acid>Reverse Complement” first

Reverse Complement

Then go to “Sequence>Pairwise Alignment>Align two sequence(allow ends to slide)Then go to “Sequence>Pairwise Alignment>Align two sequence(allow ends to slide)

R‐Primer anneal with template at position 270 ‐ 287 R‐Primer anneal with template at position 270 ‐ 287 

Go to “File > Print Alignment as Text” then you can copy the alignment to other software ex. MS WordGo to “File > Print Alignment as Text” then you can copy the alignment to other software ex. MS Word

Example 2Multiple alignment And

Creating Consensus sequence

Open first file by Go to “File > Open...”Open first file by Go to “File > Open...”

Then you can open all other file by Go to “File > Import > Sequence Alignment file”Then you can open all other file by Go to “File > Import > Sequence Alignment file”

Go to “Accessory Application > ClustalW Multiple alignment”Go to “Accessory Application > ClustalW Multiple alignment”

Go to “Alignment > Create Consensus Sequence”Go to “Alignment > Create Consensus Sequence”

Example 3Create Phylogenetic Guide Tree

Open referent, out group and unknown files then select all and do Multiple Alignment Open referent, out group and unknown files then select all and do Multiple Alignment 

Go to “Accessory Application > DNAmlk DNA maximum Likehood program with molecular clock Go to “Accessory Application > DNAmlk DNA maximum Likehood program with molecular clock 

Result show that Unknown is a member of Dengue type 4Result show that Unknown is a member of Dengue type 4

Example 4Restriction Enzyme Analysis

Open file and then Go to “Sequence > Nucleic Acid > Restrictionmap”Open file and then Go to “Sequence > Nucleic Acid > Restrictionmap”

Now you can save result to text fileNow you can save result to text file

Example 5DNA Contigs Assembly

Open file and then Go to “Accessory Application > CAP contig assembly program”Open file and then Go to “Accessory Application > CAP contig assembly program”

Example 6DNA Translation

Open file and then Go to “Sequence> Nucleic Acid> Sorted Six‐Frame Translation”Open file and then Go to “Sequence> Nucleic Acid> Sorted Six‐Frame Translation”

Select Start CodonSelect Start Codon

Result show that most possibility frame is frame 1Result show that most possibility frame is frame 1

Go to “Sequence> Nucleic Acid> Translate > Frame1”Go to “Sequence> Nucleic Acid> Translate > Frame1”

Example 7Amino acid Composition

Open file and then Go to “Sequence > Protein > Amino Acid Composition”Open file and then Go to “Sequence > Protein > Amino Acid Composition”

Example 8ABI File Analysis

Direct open .ABI file be Go to “File > Open...”then edit the sequence and save as fasta or text file

Direct open .ABI file be Go to “File > Open...”then edit the sequence and save as fasta or text file

THANK YOU