widespread occurrence and genetic diversity of marine parasitoids belonging to syndiniales...
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Widespread occurrence and genetic diversity of marine parasitoids belonging to Syndiniales
(Alveolata)
Abondance et diversité génétique des parasitoïdes marins
appartenant aux Syndiniales (Alveolés)
L. Guillou, M. Viprey, A. Chambouvet, R. M. Welsh, A. R. Kirkham, R. Massana, D. J. Scanlan and A. Z. Worden
Baffreau AlexandrineCouet PaulineM1 Océanographie BEM
Les objectifs des auteurs
Améliorer la phylogénie des Alvéolés via les nouvelles séquences ARNr 18S et réaliser la phylogénie précise des groupes I et II des Syndiniales
Comparer la diversité génétique obtenue aux connaissances actuelles sur la taxonomie des Syndiniales
Elargir les milieux d’habitats des Dinoflagellés à travers leur séquences dans les banques de gènes
Extraire des informations générales sur l’écologie de certains membres des Syndiniales
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Echantillons récoltés :→ à des saisons différentes → issus de milieux avec des conditions environnementales très différentes
• Profondeur• Lumière• Disponibilité en nutrients et dioxygène
Séquençage
Banques de séquences
Analyses phylogénétiques :→ Neighbour-Joining→ Maximum de vraisemblance→ Maximum de parcimonie→ Test Bootstrap
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Groupes externesCiliés
Colpodellidae
Apicomplexes
AY665063 SCM38 C14, AF133909 Parvilucifera
Groupe I
Perkinsea
Groupe V
Groupe III
Groupe II
Groupe IV
Autres Dinophycées
Syndiniales
Dinoflagellés
Phylogénie des Dinobiontes parmi les Alvéolés
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Phylogénie du groupe I des Syndiniales
Clade 7
Clade 4
Clade 8
Clade 6
Clade 3
Clade 1
Clade 2
Clade 5
HT
HT
HT
HT
HT
HT
HT
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Proche de 10+11 ?
Clade 10+11
Clade 9
Clade 8
Clade 23
SingletonClade 12
SingletonSingletonClade 24
Clade 19
Clade 32Clade 28SingletonSingletonClade 38Clade 44SingletonSingletonClade 13
Clade 37SingletonClade 18Clade 34
Clade 14
Clade 21Clade 31
Clade 15
Clade 22
Clade 26
Clade 30
Clade 17
SingletonSingleton
Clade 16
Phylogénie du groupe II des Syndiniales
HT
HT
HT
HTHT
HT
HT
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Clade 5
Clade 25Clade 39
Clade 42
Clade 3
Clade 2
Clade 33
Clade 4
Clade 1
Clade 41
Clade 7
Clade 29
Clade 43SingletonSingletonClade 40Clade 36Clade 27Singleton
Clade 20
Clade 35
Clade 6
Amoebophrya
Phylogénie du groupe II des Syndiniales
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Sous-groupe 1
Sous-groupe 2
Sous-groupe 3
Sous-groupe 4
Sous-groupe 5
Sous-groupe 6
Sous-groupe 7
Sous-groupe 9
Sous-groupe 8
Kim & al (2008) :9 sous-groupes
Clade 1 + une séquence du clade 25
Biaisée par une séquence chimère
Clade 4
Clade 3
Clade 5
Clade 2
Clade 33
Chimère probable
Guillou & al (2008) : 8 clades du groupe II
1, 2, 3, 4, 5, 25, 33, 39, 41 et 42
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Origine des séquences
Séquences des Dinoflagellés
Groupe I Syndiniales
Groupe II Syndiniales
Milieux continentaux
0,6 % 0 % 0 %
Milieux marins 29,8 % 23,9 % 50,1 %
Plancton de la colonne d'eau
33,2 % 23,9 % 51,5 %
Sediments 8,6 % 38,8 % 12,9 %
Diversité des habitats des Syndiniales
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Clades présents sur toute la colonne d’eau
Clades spécialistes d’un milieu
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Mode de vie des Syndiniales : exemple d’Amoebophrya
Montagnes 2008, modifié
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Saldarriaga 2003, modifié
609075100
100100
10099
100 83879394
10099
100100100
Heterocapsa triquetra DINOFLAGELLES
Oxyrrhis marina OXYRRHIS
Perkinsus marinus PERKINSUS
Plasmodium falciparum
Toxoplasma gondii APICOMPLEXES
Paramecium caudatum
Tetrahymena thermophila CILIES
Stylonychia lemnae
Cryptosporidium parvum
0,1
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Bloom àNoctiluca scintillans,
près de Cape Rodney, Hauraki Gulf,
Nouvelle-Zélande
Introduction Matériel et méthodes Résultats et discussion Autres études Conclusion
Bibliographie
Chambouvet A, Guillou L (2009) Les Amoebophrya, parasitoïdes de dinoflagellés toxiques. Consulté sur http://www.sb-roscoff.fr/Phyto/index.php?option=com_content&task=view&id=82&Itemid=136#Pub2009 en novembre 2010
Guillou L, Viprey M, Chambouvet A, Welsh RM, Kirkham AR, Massana R, Scanlan DJ, Worden AZ (2008) Widespread occurrence and genetic diversity of marine parasitoids belonging to Syndiniales (Alveolata). Environ Microbiol 10: 3349-3365
Kim, S., Park, M.G., Kim, K.-Y., Kim, C.-H., Yih, W., Park, J.S., and Coats, D.W. (2008) Genetic diversity of parasitic dinoflagellates in the genus Amoebophrya and its relationship to parasite biology and biogeography. J Eukaryot Microbiol 55: 1–8
Montagnes DJS, Chambouvet A, Guillou L, Fenton A (2008) Responsibility of microzooplankton and parasite pressure for the demise of toxic dinoflagellate blooms. Aquat Microb Ecol 53: 211-225
Saldarriaga, J.F., McEwan, M.L., Fast, N.M., Taylor, F.J.R., and Keeling, P.J. (2003) Multiple protein phylogenies show that Oxyrrhis marina and Perkinsus marinus are early branches of the dinoflagellate lineage. Int J Syst Evol Microbiol 53: 355–365.
Images : Diapositive de présentation : http://www.smhi.se/oceanografi/oce_info_data/plankton_checklist/dinoflagellates/amoebophrya_ceratii.gifDiapositive de conclusion : http://citoyen.onf.ca/blogs/wp-content/uploads/2008/08/red_tide_generav3.jpg
Amoebophrya ceratii
Merci de votre attention !