Çukurova Ünİversİtesİ fen bİlİmlerİ enstİtÜsÜ doktora ... · no’lu ırk için rapd...
TRANSCRIPT
![Page 1: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/1.jpg)
ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
DOKTORA TEZİ
İlknur SOLMAZ
BAZI KARPUZ GENOTİPLERİNİN SSR ve SRAP MARKÖRLERİ İLE KARAKTERİZASYONU ve FUSARIUM SOLGUNLUĞU (Fusarium oxysporum f.sp. niveum)’NA DAYANIMLARININ KLASİK ve MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE ARAŞTIRILMASI
BAHÇE BİTKİLERİ ANABİLİM DALI
ADANA, 2010
![Page 2: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/2.jpg)
ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ
FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
BAZI KARPUZ GENOTİPLERİNİN SSR ve SRAP MARKÖRLERİ İLE KARAKTERİZASYONU ve FUSARIUM SOLGUNLUĞU (Fusarium
oxysporum f.sp. niveum)’NA DAYANIMLARININ KLASİK ve MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE ARAŞTIRILMASI
İlknur SOLMAZ
DOKTORA TEZİ
BAHÇE BİTKİLERİ ANABİLİM DALI
Bu Tez...../...../…...Tarihinde Aşağıdaki Jüri Üyeleri Tarafından Oybirliği/Oyçokluğu
İle Kabul Edilmiştir.
İmza............………... İmza...................….…. İmza.................………… Prof. Dr. Nebahat SARI Doç Dr. Yıldız AKA KAÇAR Doç. Dr. Şener KURT
I. DANIŞMAN II. DANIŞMAN ÜYE
İmza............……… İmza...................…. …..
Doç. Dr. Yeşim YALÇIN MENDİ Doç. Dr. Halit YETİŞİR
ÜYE ÜYE
Bu tez Enstitümüz Bahçe Bitkileri Anabilim Dalında hazırlanmıştır. Kod No: Prof. Dr. İlhami YEĞİNGİL Enstitü Müdürü İmza ve Mühür Bu Çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi Tarafından Desteklenmiştir. Proje No: ZF2006D28 Not: Bu tezde kullanılan özgün ve başka kaynaktan yapılan bildirişlerin, çizelge, şekil ve fotoğrafların
kaynak gösterilmeden kullanımı, 5846 sayılı Fikir ve Sanat Eserleri Kanunundaki hükümlere tabidir.
![Page 3: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/3.jpg)
I
ÖZ
DOKTORA TEZİ
BAZI KARPUZ GENOTİPLERİNİN SSR VE SRAP MARKÖRLERİ İLE
KARAKTERİZASYONU VE FUSARIUM SOLGUNLUĞU (Fusarium oxysporum f.sp. niveum)’NA DAYANIMLARININ KLASİK VE
MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE ARAŞTIRILMASI
İlknur SOLMAZ
ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ
BAHÇE BİTKİLERİ ANABİLİM DALI
Danışman : Prof. Dr. Nebahat SARI II. Danışman : Doç. Dr. Yıldız AKA KAÇAR Yıl : 2010, Sayfa: 140 Jüri : Prof. Dr. Nebahat SARI
Doç. Dr. Yıldız AKA KAÇAR Doç. Dr. Şener KURT
Doç. Dr. Yeşim YALÇIN MENDİ Doç. Dr. Halit YETİŞİR
Bu çalışmada, Çukurova Üniversitesi Bahçe Bitkileri Bölümü karpuz genetik
kaynak koleksiyonunda yer alan toplam 93 genotip arasındaki genetik çeşitlilik SSR ve SRAP markörleri ile değerlendirilmiştir. Araştırmada, 14 SSRprimeri ve 31 SRAP primer kombinasyonu kullanılmıştır. En yüksek polimorfizm oranı, % 100 ile SSR markörlerinden elde edilmiş ve bunu % 97.3 ile SRAP markörleri izlemiştir. Moleküler karakterizasyon sonucu elde edilen verilerle yapılan kümeleme (cluster) analizlerine göre Türkiye’nin değişik bölgelerinden toplanan Citrullus lanatus var. lanatus alt türüne ait karpuz genotiplerinin genetik olarak birbirine yakın olduğu ve birlikte kümelendiği tespit edilmiştir. Bu sonuç temel koordinat analizleri ile de desteklenmiştir.
Fusarium solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp. niveum)’na karşı dayanımın klasik yöntemle değerlendirilmesiyle elde edilen ortalama hastalık oluşum düzeyi, ırk 0 için % 25.9, ırk 1 için % 39.4 ve ırk 2 için ise % 67.0 olarak bulunmuştur. 1 no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI 482293 genotiplerinde elde edilmiştir.
Anahtar Kelimeler: Citrullus lanatus, Polimorfizm, Moleküler markörler, Genetik
kaynaklar, Fusarium oxysporum f.sp. niveum
![Page 4: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/4.jpg)
II
ABSTRACT
PhD. THESIS
CHARACTERIZATION OF SOME WATERMELON GENOTYPES BY SSR
AND SRAP MARKERS AND EVALUATION FOR FUSARIUM WILT (Fusarium oxysporum f.sp. niveum) WITH MOLECULAR AND CLASSICAL
TECHNIQUES
İlknur SOLMAZ
DEPARTMENT OF HORTICULTURE INSTITUTE OF NATURAL AND APPLIED SCIENCES
UNIVERSITY OF ÇUKUROVA
Supervisor : Prof. Dr. Nebahat SARI Supervisor II : Assoc. Prof. Dr. Yıldız AKA KAÇAR Year : 2010, Pages:140
Jury : Prof. Dr. Nebahat SARI Assoc. Prof. Dr. Yıldız AKA KAÇAR
Assoc. Prof. Dr. Şener KURT Assoc. Prof. Dr. Yeşim YALÇIN MENDİ Assoc. Prof. Dr. Halit YETİŞİR
In this study, the genetic diversity of 93 genotypes selected from the
watermelon genetic resource collection of Horticulture Department in Çukurova University was evaluated by SSR and SRAP markers. Fourteen SSR primers and 31 SRAP primer combinations were used in the experiment. The highest polymorphism with 100 % was obtained from SSR markers, followed by SRAP markers with 97.3 %. According to cluster analysis performed using molecular characterization data set, it was determined that watermelon genotypes collected from the different regions of Turkey of which belong to Citrullus lanatus var. lanatus subspecies were genetically close and grouped together in the same cluster. This result was supported by principle coordinate analyses as well.
The mean disease incidence obtained by classical method to evaluate the resistance to fusarium wilt (Fusarium oxysporum f.sp. niveum) was 25.9 % for race 0, 39.4 % for race 1 and 67.0 % for race 2. In the molecular analyses for determining resistance to race 1 with the RAPD primer OPP01, 700 bp band was recorded only in Kar 26 and PI 482293.
Key Words: Citrullus lanatus, Polymorphism, Molecular markers, Genetic
resources, Fusarium oxysporum f.sp. niveum
![Page 5: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/5.jpg)
III
TEŞEKKÜR
Doktora tez konumun belirlenmesinde ve bu araştırmanın her aşamasında
yardım ve desteğini esirgemeyen, akademik çalışmalarım boyunca beni yönlendiren
ve her zaman daha iyiye ulaşmam için beni motive eden, zorluklar karşısında
çözümcü, bilgide daima paylaşımcı olan değerli bilim insanı Danışman Hocam Sayın
Prof. Dr. Nebahat SARI’ya sonsuz saygı ve teşekkürlerimi sunarım.
Tez çalışmalarım kapsamında bana moleküler genetik laboratuvarının
kapılarını sonuna kadar açan, her türlü imkanı seferber eden, değerli bilgi ve
tecrübeleriyle daima destek olan ikinci danışman Hocam Sayın Doç. Dr. Yıldız AKA
KAÇAR’a saygı ve teşekkürü borç bilirim.
Tez çalışmamın her aşamasında değerli katkılarıyla beni yönlendiren değerli
Tez İzleme Komitesi üyeleri hocalarım Sayın Doç Dr. Yeşim YALÇIN MENDİ’ye
ve Sayın Doç. Dr. Şener KURT’a en içten saygı ve teşekkürlerimi sunarım.
Doktora tezimin her aşamasında bana yardımcı olan, değerli desteğini ve
katkılarını esirgemeyen Hocam Sayın Doç. Dr. Sedat SERÇE’ye teşekkürlerimi
sunarım.
Tez çalışması boyunca yardımını gördüğüm ve her zaman sorularıma sabırla
yanıt veren Hocam Sayın Doç. Dr. Halit YETİŞİR’e teşekkür ederim.
Laboratuvar çalışmalarım boyunca yardımlarını esirgemeyen arkadaşlarım
Dr. Muharrem YILMAZ’a ve biyolog Özhan ŞİMŞEK’e teşekkür ederim.
Son olarak tüm yaşantım boyunca bana daima manevi ve maddi olarak destek
olan Sevgili Aileme sonsuz teşekkürler….
![Page 6: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/6.jpg)
IV
İÇİNDEKİLER SAYFA
ÖZ……………………………………………………………………………… I
ABSTRACT…………………………………………………………………… II
TEŞEKKÜR…………………………………………………………….....….. III
İÇİNDEKİLER………………………………………………………….....….. IV
ÇİZELGELER DİZİNİ……………………………………………….....……. VII
ŞEKİLLER DİZİNİ……………………………………………….....………... VIII
SİMGELER ve KISALTMALAR………...………..……………......……….. X
1. GİRİŞ…………………………………………………………….....………. 1
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR……………………………………......………... 13
2.1. Karpuzlarda Yapılan Moleküler Karakterizasyon Çalışmaları................. 13
2.2. Farklı Kabakgil Türlerinde SSR Markörleri ile Yapılan
Karakterizasyon Çalışmaları……………………………………………
22
2.3. Kabakgil Türlerinde ve Farklı Türlerde SRAP Markörleri ile Yapılan
Karakterizasyon Çalışmaları....................................................................
30
2.4. Karpuzlarda Fusarium Solgunluğu Üzerine Yapılan Çalışmalar............. 35
3. MATERYAL ve METOD...…....................................................................... 43
3.1. Materyal.................................................................................................... 43
3.2. Metod….................................................................................................... 51
3.2.1. Moleküler Karakterizasyon Çalışmaları………….....…………… 51
3.2.1.1. DNA İzolasyonu…............................................................. 51
3.2.1.2. DNA Kalitesi ve Kantitesinin Belirlenmesi………...…… 55
3.2.1.3. SSR Analizleri...…..………..…………………….......….. 55
3.2.1.3.(1). SSR Analizleri PCR Çalışmaları………………….…. 55
3.2.1.3.(2). PCR Çalışmalarında Kullanılan SSR Primerleri…..…. 56
3.2.1.3.(3). Li-Cor için Poliakrilamid Jel Hazırlığı………………. 57
3.2.1.3.(4). Li-Cor Elektroforez Koşulları…………………..…… 57
3.2.1.4. SRAP Analizleri……………..…………………..……… 59
3.2.1.4.(1). SRAP Analizleri PCR Çalışmaları………………….... 59
3.2.1.4.(2). PCR Çalışmalarında Kullanılan SRAP Primerleri.….. 61
![Page 7: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/7.jpg)
V
3.2.1.4.(3). Agaroz Jel Elektroforez ve Jel Görüntüleme……….... 62
3.2.1.5. Primerlerin Polimorfizm Oranlarının Belirlenmesi..…….. 63
3.2.1.6. Benzerlik İndeksleri ve Dendrogramların Oluşturulması... 64
3.2.2. Karpuz Genotiplerinin Fusarium Solgunluğu (Fusarium
oxysporum f.sp. niveum)’na Dayanımlarının Klasik ve
Moleküler Yöntemlerle Araştırılması............................................
65
3.2.2.1. Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp.
niveum)’na Dayanımın Klasik Yöntemle Araştırılması..
65
3.2.2.1.(1). İstatistiksel Analiz……………………………....……. 66
3.2.2.2. Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp
niveum)’na Dayanımın Moleküler Yöntemle Araştırılması
68
3.2.2.2.(1). DNA Amplifikasyonu……...……………………....... 68
3.2.2.2.(2). RAPD Agaroz Jel Elektroforezi………...………….... 69
3.2.2.2.(3). Sonuçların Değerlendirilmesi……….……..…......….. 69
4. BULGULAR ve TARTIŞMA……………………….…..…......................... 71
4.1. Moleküler Çalışmalar ………..……………………….....……………... 71
4.1.1. SSR Analizleri...……………………………………..……........... 71
4.1.1.1. Karpuz Genotiplerinin SSR Tekniği ile
Karakterizasyonunda Polimorfizmin Değerlendirilmesi…
71
4.1.1.2. SSR Analizleri Sonucu Elde Edilen Benzerlik
İndeksinin Değerlendirilmesi…………………………….
80
4.1.1.3. SSR Analizleri Sonucu Elde Edilen Dendrogramın
Değerlendirilmesi………………………….……………..
82
4.1.1.4. SSR Verileriyle Yapılan Temel Koordinat Analizinin
Değerlendirilmesi………………………………….……..
89
4.1.2. SRAP Analizleri…………………………………….....……….... 91
4.1.2.1. Karpuz Genotiplerinin SRAP Tekniği ile
Karakterizasyonunda Polimorfizmin Değerlendirilmesi....
91
4.1.2.2. SRAP Analizleri Sonucu Elde Edilen Benzerlik
İndeksinin Değerlendirilmesi.............................................
97
![Page 8: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/8.jpg)
VI
4.1.2.3. SRAP Analizleri Sonucu Elde Edilen Dendrogramın
Değerlendirilmesi...............................................................
98
4.1.2.4. SRAP Verileriyle Yapılan Temel Koordinat Analizinin
Değerlendirilmesi..............................................................
102
4.2. Karpuz Genotiplerinin Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum
f.sp. niveum)’na Dayanımlarının Klasik ve Moleküler Yöntemlerle
Araştırılması……………………….....…………….............................
104
4.2.1. Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp. niveum)’na
Dayanımın Klasik Yöntemle Araştırılması..................................
104
4.2.2. Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp. niveum)’na
Dayanımın Moleküler Yöntemle Araştırılması…........................
110
5. SONUÇLAR ve ÖNERİLER........................................................................ 115
KAYNAKLAR................................................................................................... 119
ÖZGEÇMİŞ....................................................................................................... 138
EK 1. SSR benzerlik indeksi……………………………...…………………… 139
EK 2. SRAP benzerlik indeksi………………………………………………… 140
![Page 9: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/9.jpg)
VII
ÇİZELGELER DİZİNİ SAYFA
Çizelge 3.1.
Çizelge 3.2.
Çizelge 3.3.
Çizelge 3.4.
Çizelge 3.5.
Çizelge 3.6.
Çizelge 3.7.
Çizelge 3.8.
Çizelge 4.1.
Çizelge 4.2.
Çizelge 4.3.
.
.
Çalışmada kullanılan bitkisel materyal…………………………..
DNA izolasyonunda kullanılan tampon çözeltisinin içeriği……..
SSR analizleri PCR reaksiyon koşulları………………...….........
Çalışmada kullanılan SSR primerlerinin ismi, sekansı, beklenen
bant büyüklüğü (bp) ve referans çalışmaları.................................
SRAP analizleri PCR reaksiyon koşulları ………………………
SRAP analizlerinde kullanılan forward (İleri) primerleri.............
SRAP analizlerinde kullanılan reverse (Geri) primerleri..............
RAPD analizi PCR reaksiyon koşulları.........................................
SSR primerlerinin amplifikasyonu sonucu elde edilen toplam
allel sayısı (adet), polimorfik allel sayısı (adet), allel
büyüklükleri (bp) ve polimorfizm oranı (%).................................
SRAP primerlerinin amplifikasyonu sonucu elde edilen toplam
bant sayısı (adet), polimorfik bant sayısı (adet), bant uzunluk
aralıkları (bp), polimorfizm oranı (%)……………..…………….
Karpuz genotiplerinin Fusarium oxysporum f.sp. niveum’un 0, 1
ve 2 no’lu ırklarına karşı reaksiyonları…………………………..
44
52
56
58
60
61
62
68
72
92
106
![Page 10: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/10.jpg)
VIII
ŞEKİLLER DİZİNİ SAYFA
Şekil 3.1.
Şekil 3.2.
Şekil 3.3.
Şekil 3.4.
Şekil 3.5.
Şekil 3.6.
Şekil 3.7.
Şekil 3.8.
Şekil 3.9.
Çalışmada kullanılan genotiplerin olgun meyve resimleri…………
A: DNA izolasyonu amacıyla yaprak örneği alınan genç fideler; B:
Yaprak örneklerinin alüminyum folyoya sarılması; C: Örneklerin -
196oC’de sıvı azota daldırılması; D: -85oC’de
muhafazası…………………………………………………………
DNA izolasyon aşamaları A: Porselen havanda sıvı azotla
öğütülmüş yaprak örnekleri; B: Örneklerin tüplere aktarılması; C:
Ekstraksiyon çözeltisinin eklenmesi; D: Örneklerin 65oC’de
bekletilmesi; E: Örneklerin homojenizasyonu; F: Santrifüj işlemi;
G: Tüplerin ters çevrilerek pelletin kurutulması; H: Pelletin TE
içerisinde çözülmesi…………………………………………….….
A: DNA kalite ve kantitesinin ölçümlerinde kullanılan
spektrofotometre aleti; B: Spektrofotometrede DNA kalite ve
kantitesinin okunması…………………………………………….
A: Poliakrilamid jelin döküleceği camlar; B: Jel donduktan sonra
tarağın jel içerisine yerleştirilmesi; C: Jel aparatının cihaza
yerleştirilmesi; D: Poliakrilamid jelin yüklenmesi………………...
PCR Hazırlık aşamaları A: PCR bileşenlerinin 1.5 ml’lik tüp
içerisinde hazırlanması; B: PCR bileşenlerinin vortex ile
karıştırılması; C: PCR bileşenlerinin santrifüj yardımıyla
homojenizasyonu; D: Tüplerin PCR’a yerleştirilmesi...................
Agaroz jel elektroforez ve jel görüntüleme aşamaları; A: Agaroz
jelin hazırlanması; B: Jelin dökülmesi; C: PCR ürünlerinin agaroz
jele yüklenmesi; D: Jel görüntüleme sistemi………………………
% 1.7 Agoroz jelde koşularak elde edilmiş 100 bp büyüklüğündeki
DNA markörü...................................................................................
Fusarium inokulumunun hazırlanması ve uygulanmasına ait
resimler; A: Petri kapları içerisinde PDA ortamında geliştirilen
Fusarium izolatları; B: Gelişen kolonilerin ortam yüzeyinden steril
46
52
54
55
59
60
62
64
![Page 11: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/11.jpg)
IX
Şekil 4.1.
Şekil 4.2.
Şekil 4.3.
Şekil 4.4.
Şekil 4.5.
Şekil 4.6.
Şekil 4.7.
Şekil 4.8.
Şekil 4.9.
Şekil 4.10.
spatül yardımıyla sıyrılması ve tülbentten süzülmesi; C: Thoma
lamı üzerine spor süspansiyonun pipetle damlatılması; D: Spor
süspansiyon yoğunluğunun mikroskop altında incelenmesi; E:
İnokulum enjekte edilecek fide köklerinin spatül yardımıyla
yaralanması; F: Otomatik pipetle 5 ml spor süspansiyonunun
fidelere tek tek enjekte edilmesi……………………………………
Cgb4765 SSR primerine ait poliakrilamid jel görüntüsü..................
ASUW19 SSR primerine ait poliakrilamid jel görüntüsü.................
SSR markörleri ile elde edilen dendrogram......................................
SSR verileriyle yapılan temel koordinat analizi sonucu elde edilen
iki boyutlu grafik..............................................................................
me1em11 SRAP primer kombinasyonuna ait agaroz jel
görüntüsü..........................................................................................
me1em6 SRAP primer kombinasyonuna ait agaroz jel görüntüsü...
SRAP markörleri ile elde edilen dendrogram...................................
SRAP verileriyle yapılan temel koordinat analizi sonucu elde
edilen iki boyutlu grafik...................................................................
Barnes (1972) tarafından geliştirilen hastalık değerlendirme
skalası A: 0; hiçbir hastalık belirtisi göstermeyen sağlıklı bitkiler,
B: 1; bodurlaşma gösteren bitkiler, C: 2; sararma gösteren bitkiler,
D: 3; nekrozlaşma gösteren bitkiler, E: 5; ölü bitkiler......................
RAPD primeri OPP01 ile yapılan tarama sonucu elde edilen
agaroz jel görüntüleri.......................................................................
67
72
73
84
90
93
93
100
103
105
111
![Page 12: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/12.jpg)
X
SİMGELER ve KISALTMALAR
AFLP : Amplified Fragment Length Polymorphism
bp : Base Pair
cDNA : Chloroplast Deoxyribonucleic Acid
CFU : Colony Forming Unit
cM : Cantimorgan
CTAB : Cetytrimethylamoniumbromide
dk : Dakika
DNA : Deoxyribonucleic Acid
EDTA : Etylendiamintetraaceticacid
EST : Expressed Sequence Tags
EtOH : Ethanol
FON : Fusarium oxysporum f.sp. niveum
g : Gram
ha : Hektar
HCI : Hidroklorikasit
ISSR : Inter Simple Sequence Repeats
ITS : Internal Transcribed Spacer
Kar : Karpuz
Kg : Kilogram
mA : Miliamper
MgCI2 : Magnezyumklorür
ml : Mililitre
mM : Milimolar
ng : Nanogram
NaCI : Sodyumklorür
NTSYS : Numerical Taksonomy and Multivariate Analysis System
PDA : Patates Dekstroz Agar
PCR : Polymerase Chain Reaction
POGP : Peroxidase Gene Polymorphism
![Page 13: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/13.jpg)
XI
PI : Plant Introduction
RAPD : Randomly Amplified Polymorphic DNA
RFLP : Restriction Fragment Length Polymorphism
RGA : Resistant Gene Analog
RNAase : Ribonuclease
rpm : Revolution Per Minute
SAS : Statistical Analysis Systems
SC : Similarity Coefficient
SCAR : Sequence Characterized Amplified Region
sn : Saniye
SNP : Single Nucleotide Polymorphism
SRAP : Sequence Related Amplified Polymorphism
SSR : Simple Sequence Repeats
TAE : Tris-Acetate
Taq : Thermus aquaticus
TBE Tampon : Tris/Borate/EDTA (buffer)
TE : Tris-EDTA (buffer)
TEMED : Tetrametil-Etilendiamin
UPGMA : Unweighted Pair-Group Method Analysis
UPOV : International Union For The Protection of New Varieties of Plants
USDA : United States Department of Agriculture
UV : Ultraviolet
V : Volt
µl : Mikrolitre
µM : Mikromolar oC : Santigrad Derece % : Yüzde
![Page 14: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/14.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
1
1. GİRİŞ
Karpuz [Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. ve Nakai], Cucurbitaceae
familyasının ekonomik öneme sahip en önemli türlerinden birisidir. Citrullus
cinsinin taksonomisi ile ilgili pek çok çalışma (Whitaker ve Davis, 1962; Fursa,
1972; Jeffrey, 1975; Whitaker ve Bemis, 1976) yapılmış olmakla birlikte, son
yıllarda Afrika, Asya ve Akdeniz’in sıcak bölgelerinde yetişen 4 diploid (n=11) tür
içerdiği kabul edilmektedir (Robinson ve Decker-Walters, 1997; Jarret ve
Newman, 2000; Levi ve ark., 2001a; Wehner, 2008).
Dünya’da tropik ve subtropik bölgelerde yetiştirilen C. lanatus (Thunb.)
Matsum. ve Nakai, Citrullus cinsi içerisinde en fazla çeşitlilik gösteren tür olup
(Maynard, 2001), kültür formu C. lanatus var. lanatus ve yabani form olan C.
lanatus var. citroides (L.H. Bailey Mansf.) alt türlerini içermektedir (Whitaker ve
Bemis, 1976; Bates ve Robinson, 1995; Robinson ve Decker-Walters, 1997;
Wehner, 2008). Tüm dünyada ticari olarak yetiştiriciliği yapılan karpuzlar, C.
lanatus var. lanatus alt türüne ait olup. çekirdekli ve çekirdeksiz (triploid) tiplere
sahiptir. Meyveleri boyut, şekil ve kabuk özellikleri bakımından oldukça zengin bir
çeşitlilik göstermektedir. Meyvelerde boyut; mini, küçük, orta, büyük ve çok büyük,
şekil; yuvarlak, oval, eliptik ve silindirik, kabuk; düz ya da çizgili, kabuk rengi;
yeşilin farklı tonlarında (koyu, orta, açık) ve gri, çizgiler; açık veya koyu yeşil zemin
üzerine geniş, orta ve dar, et rengi; beyaz, sarı, turuncu ve kırmızı olabilmektedir.
Taze meyve olarak tüketilebildiği gibi, küçük parçalar halinde meyve salatalarında,
meyve suyu ve şekerleme sanayiinde ve kabukları da turşu yapımında kullanılır.
Yenilebilir tohumları çerez olarak tüketilebilir (Robinson ve Decker-Walters, 1997;
Wehner, 2008).
C. lanatus var. citroides (L.H. Bailey Mansf.) “citron”, “citron kavunu”,
“konservelik kavun” olarak bilinir. Yabani ilkel formlarına Güney Afrika’da
rastlanmakla birlikte, kültürel yetiştiriciliği de yapılmaktadır. Kabukları turşu,
konserve ve reçel yapımında kullanılmakta ve meyvelerinden de hayvan yemi olarak
yararlanılmaktadır (Laghetti ve Hammer, 2007). Beyaz veya açık yeşil olan meyve
![Page 15: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/15.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
2
eti tatsız ve acıdır. Tohumları haşlanarak veya un haline getirilerek tüketilir
(Robinson ve Decker- Walters, 1997).
“Acı elma” ve “acı kabak” olarak bilinen C. colocynthis (L.) Schrad, Kuzey
ve Batı Afrika’ya özgü, kuraklığa dayanıklı, çok yıllık yabani bir tür olup, Güneybatı
Asya ve Akdeniz’in kumsal bölgelerinde de yetişmektedir (Zamir ve ark., 1984;
Burkill, 1985; Jarret ve ark., 1997; Robinson ve Decker-Walters, 1997).
Günümüzde Afrika’nın Sahra-Arap fitocoğrafik bölgesinde ve Akdeniz’de yaygın
durumdadır (Dane ve ark., 2007). C. colocynthis, bitkisel organlarının boyutları
bakımından C. lanatus’tan farklıdır (Mohr, 1988). Çiçekleri, yaprakları, meyveleri
ve tohumları küçüktür. Zayıf ve tüylü gövdesi, derin 3-7 loblu, tüylü, 5-10 cm
uzunluğundaki yaprakları ve uçuk sarı çiçekleri bu türün karakteristik özellikleridir.
Bir bitki yaklaşık 7-10 cm çapa sahip, yeşil zemin üzerine sarı çizgili 15-30 arasında
meyve verir (Robinson ve Decker-Walters, 1997). Meyve eti sıkı, beyaz ve acı olup
yenilmemektedir, ancak meyvelerden üretilen “colocynth” maddesi ilaç sanayiinde
kullanılmaktadır. Değerli bir yağ kaynağı olan ve acı olmayan tohumları, öğütülerek
ekmek yapımında kullanılmakta ve Afrika’da pişirilerek tüketilmektedir (Robinson
ve Decker-Walters, 1997; Dane ve ark., 2007).
Çok yıllık C. ecirrhosus Cogn. (Meeuse, 1962) ve tek yıllık C. rehmii De
Winter (De Winter, 1990) Namibya çöllerinde yetişen endemik türlerdir (Levi ve
ark., 2005; Dane ve Liu, 2007).
Praecitrullus fistulosus (Stocks) Pangolo, Hindistan ve Pakistan’da yetişen
bir tür olup, birçok araştırıcı tarafından (Whitaker ve Davis, 1962; Khoshoo ve Vij,
1963; Singh, 1990) farklı bir Citrullus olarak değerlendirilmektedir. Her ne kadar
morfolojik özellikleri Citrullus türleriyle benzerlik gösterse de kromozom sayısı
bakımından (2n=2x=24) farklıdır (Robinson ve Decker-Walters, 1997; Levi ve
ark., 2005).
Günümüzde, kültürü yapılan karpuzun atası konusunda çelişkiler hala devam
etmektedir. Bazı araştırıcılar karpuzun çok yıllık C. colocynthis’den türediğini,
bazıları da C. lanatus var. citroides’in karpuzun yabani atası olduğunu
düşünmektedirler (Maynard, 2001; Wehner, 2008). Dane ve Liu (2007) ise kültür
ve yabani formaların her ikisinin de ortak bir atadan geldiğini ve bu atanın
![Page 16: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/16.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
3
Namibya’da yetişen endemik bir tür olan Citrullus ecirrhosus olabileceğini
bildirmişlerdir.
Citrullus türlerinin tümünün orijini Afrika olup, özellikle Güney Afrika’da en yüksek
düzeyde çeşitlilik görülmektedir. Çin, ikincil gen merkezidir, ayrıca Hindistan’da da
bazı yakın akraba formlar bulunmaktadır. Orta Doğu ve Akdeniz’e yakın bölgelerin
eski yerel genotiplerin ve yabani formların toplanabileceği yerler olduğu
bilinmektedir (Robinson ve Decker-Walters, 1997; Wehner, 2008).
Karpuz yetiştiriciliğinin Orta Doğu ve Afrika’da uzun bir geçmişi vardır.
Karpuz, 4000 yıldır Mısır’da oldukça önemli bir sebzedir. 10. yy’da Çin ve Rusya’da
yetiştirilmeye başlanmış ve yeni dünya ile tanışması 16.yy’da İspanyollar sayesinde
olmuştur (Robinson ve Decker-Walters, 1997).
Kalp krizini ve bazı kanser türlerini önlemede son derece yararlı bir
karetenoid olan likopen yönünden zengin olan karpuzun üretimi, geçtiğimiz yüzyıl
boyunca düzenli olarak artmıştır (Güner ve Wehner, 2004). Dünya’da 3.694.595 ha
alanda 95.292.051 ton karpuz üretilmektedir. Türkiye, 139.000 ha alanda 4.002.285
ton’luk karpuz üretimi ile Çin’in ardından ikinci sırada yer almaktadır. Karpuz
üretiminde önemli rol oynayan diğer ülkeler ise, İran (3.400.000 ton), Brezilya
(1.950.000 ton) ve ABD (1.793.000 ton)’dir (Anonymous, 2008a). Türkiye’de
1.436.181 ton ile Akdeniz Bölgesi, bu bölgede ise 820.000 ton ile Adana üretimde
lider durumdadır (Anonymous, 2008b).
Bitki genetik kaynakları, yerel çeşitler olarak nitelendirilen köy
populasyonları; bunların yabani akrabaları, kullanılmayan eski çeşitler ve kalıtsal
özellikleri net olarak belirlenmiş hatlardan oluşmaktadır. Özellikle yabani türlerin
korunması, gelecekte yapılacak olan bitki ıslahı çalışmaları için son derece
önemlidir. Bu değerli kaynaklar bulundukları yörelerde çevresel ve diğer baskılarla
azalma, hatta yok olma tehlikesiyle karşı karşıyadır. Genetik kaynakların korunması,
geleceğin bitkisel üretiminin, dolayısıyla insanlığın geleceğinin güvence altına
alınması bakımından zorunludur (Tan, 2003).
Bitki genetik kaynakları; klasik ıslah yöntemleri için çeşitli özelliklere sahip
başlangıç materyalleri sağlamasının yanında, içerdikleri genetik çeşitlilik nedeniyle
son yıllarda hızla ilerleme kaydeden biyoteknoloji alanında da üstün nitelikli bitki
![Page 17: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/17.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
4
çeşitlerinin geliştirilmesi için gerekli hammadde niteliğindedir. Günümüzde birçok
yeni çeşit geliştirilmiş olmasına rağmen, hastalık ve zararlılara dayanıklılığın
iyileştirilmesi konusunda çalışmaların devam etmesi gerekmektedir (Levi ve ark.,
2001a).
Kültür çeşitleri, gen yapıları bakımından homojen hale gelmiş olup, ilkel
formlara ve yabani akrabalarına oranla çok daha az genetik çeşitlilik içermektedir.
Yabani türler ise, geniş bir genetik tabanı olan ve kültür bitkilerinin ileride
çıkabilecek sorunlarının giderilmesinde ya da bitkilere yeni özelliklerin
kazandırılmasında önemli birer kaynak oluşturan gen depolarıdır (Özgen ve ark.,
1995).
Genetik kaynağın değeri, en kısa sürede yarar sağlanabilmesi ve en uzun süre
korunabilmesine bağlıdır (Kresovich ve McFerson, 1992). Bitkisel gen
kaynaklarının korunmasında ve ıslah programlarında daha etkin biçimde
kullanılmasında başarı, materyalin cins ve tür özelliklerinin sistematik biçimde
belirlenmesine, bu konudaki kayıtların ayrıntılı bir biçimde tutulmasına,
materyaldeki genetik değişimin izlenmesine ve kullanım için gerekli olan özelliklerin
saptanmasına bağlıdır. Genetik kaynaklardan etkin bir şekilde yararlanabilmek için
germplazm içerisindeki çeşitliliğin araştırılması gerekmektedir (Che ve ark., 2003).
Genetik kaynakların karakterizasyonu; morfolojik, agronomik ve genetik
olarak yapılabilir. Morfolojik karakterizasyon güvenilir, kolay ve düşük maliyetli bir
yöntemdir. Günümüzde genetik kaynakların karakterizasyonu büyük ölçüde
morfolojik karakterizasyona dayanmaktadır. Kullanımını sınırlayan önemli faktörler,
canlı bitkiye ihtiyaç duyması ve gerek değerlendirmeyi, gerekse de bilgi paylaşımını
zorlaştıran çevre şartlarından etkilenmesidir (Ferreira, 2005).
Büyük alanlarda deneme kurmanın zor olması ve yüksek maliyet nedenleriyle
agronomik karakterizasyon, büyük germplazmların değerlendirilmesinde yaygın
olarak kullanılamamaktadır. Agronomik karakterler genellikle polimorfik yapıda
olduğundan çevreden önemli ölçüde etkilenirler (Ferreira, 2005). Bu nedenle
genetik değişiklikleri izlemenin önemi büyüktür. Genetik karakterizasyonda
kullanılan moleküler tekniklerin, çevresel koşullardan etkilenmemesi, analizin
bitkinin herhangi bir parçasında ya da büyüme döneminde yapılabilmesi, analiz
![Page 18: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/18.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
5
sayısının zamanla ve materyalle sınırlı olmaması, analizin bitkinin çok küçük
örneklerinde yapılabilmesi, DNA analizleri ile stabilitenin en duyarlı biçimde
belirlenebilmesi ve cansız örneklerde de karakterizasyonun yapılabilmesi gibi olumlu
özelliklerinin yanında; geniş bir genetik tarama için uygun olmaması, sonuçların
genomun çok küçük bir bölümünü karakterize etmesi ve agronomik önemi olan
genlerin analizinde istenilen düzeye gelinmemiş olunması gibi olumsuz özellikleri de
vardır (Özgen ve ark., 2000).
Gen bankalarında muhafaza edilen bitkisel genetik kaynakların ıslah
programlarında etkin bir şekilde kullanımı sınırlı olmakla birlikte, bu bankalarda
depolanan materyal sayısı sürekli bir artış göstermektedir. Bu çelişkinin ana nedeni
olarak germplazm karakterizasyonunun yavaş yapılması gösterilebilir. Moleküler
markör teknolojisi sayesinde aynı materyalin gen bankasına girişi engellenir,
genotiplerin tam olarak “parmakizi” oluşturulur, germplasm içerisindeki çeşitlilik ve
genetik ilişkiler belirlenerek, büyük koleksiyonlarda allelik zenginliğin önemli bir
kısmını en az örnekle temsil edebilen çekirdek (core) koleksiyonlar oluşturulur. Bu
çekirdek koleksiyonlarda yer alan materyallerde agronomik öneme sahip karakterler
açısından daha detaylı bir fenotipik değerlendirme yapılabilir (Dodds ve Watanabe,
1990; Ferreira, 2006). Böylece muhafaza edilen genetik kaynakların ıslah
programlarında kullanım olanakları artar.
Karpuzlarda yapılan klasik taksonomi çalışmalarında kullanılan meyve şekli,
meyve kabuk rengi, tohum şekli ve tohum rengi gibi morfolojik karakterler bazı
genotiplerin ayrımında yeterli olmamakla birlikte (Che ve ark., 2003), birçoğu
çevresel koşullar tarafından düzenlenmekte veya etkilenmektedir (Provvidenti,
1994).
Tek lokus ile idare edilen morfolojik özellikler, değişik çevre koşullarında
ifade edilebildiği sürece genetik markör olarak kullanılabilir. Kodominant morfolojik
markörler seleksiyonla genetik tepkiyi önceden bildirse de çevresel ve genetik
(epistasis) faktörlerden etkilenirler (Staub ve ark., 1996).
Protein ya da DNA’da bulunan polimorfizme dayanan moleküler markörlerin
geliştirilmesi; taksonomi, filogeni, ekoloji, genetik ve bitki ıslahı alanlarında
yürütülen çalışmaları büyük oranda kolaylaştırmaktadır. Bitki dokusuna ve çevresel
![Page 19: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/19.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
6
faktörlere bağımlı olmamaları ve bitki gelişiminin erken aşamalarında dahi
kullanılabilmeleri, moleküler markörlerin çok yararlı araçlar olduğunu
göstermektedir (Espósito ve ark., 2007).
Moleküler markörler, germplasm içerisindeki çeşitliliğin araştırılması,
genotipler arasındaki genetik yakınlıkların ortaya çıkarılması, çeşitlerin
tanımlanması, tohum saflığının belirlenmesi, sistematik çalışmaları, genetik kaynak
koleksiyonlarının bazı spesifik genler bakımından taranması ve genom
haritalamasında etkin bir şekilde kullanılmaktadır. Böylece klasik bitki ıslahı
sürecinde karşılaşılan sorunların çözümünde bitki ıslahçılarına yeni ufuklar
açmaktadırlar (Kumar, 1999; Levi ve ark., 2001a).
Karpuz genetik kaynak koleksiyonlarında genetik çeşitlilik ve filogenetik
ilişkilerin belirlenmesinde biyokimyasal markörler kullanılmış, ancak test edilen
izoenzimlerin çoğunun monomorfik olduğu tespit edilmiştir (Navot ve Zamir, 1987;
Biles ve ark., 1989). Genetik çeşitliliğin belirlenmesinde enzim sistemlerinin etkin
şekilde kullanılamamasının nedeni, enzim sisteminin sınırlı sayıda ve izoenzimlerle
elde edilen varyasyonun da kısıtlı olmasıdır (Che ve ark., 2003).
Protein markörleri ile karşılaştırıldığında DNA markörleri (RAPD, SSR,
AFLP vb.), diğer türlerde olduğu gibi karpuzlarda da genetik çeşitliliğin
araştırılmasında daha etkin ve güvenilirdir (Jarret ve ark., 1997; Levi ve ark.,
2001a; Levi ve ark., 2001b; Che ve ark., 2003; Levi ve ark., 2004).
DNA markörleri hibridizasyona dayalı markörler (RFLP) ve PCR’a dayalı
markörler (RAPD, SSR, AFLP, SRAP vb.) şeklinde iki grupta incelenebilir, ancak
günümüzde PCR’a dayalı markörlerin kullanımı daha yaygındır. PCR’ın
geliştirilmesi ile birlikte varyasyonun moleküler karakterizasyonunda modern devrim
başlamıştır.
Southern blotting olarak da adlandırılan RFLP (Restriction Fragment Length
Polymorphism) markörü, hibridizasyona dayalı ko-dominant bir markör sistemidir
(Sambrook ve ark., 1989). Türler arasındaki farklılıkları kolayca belirleyebilmesi ve
aynı tür içerisinde etkili olması avantajken, fazla miktarda DNA’ya gereksinim
duyması, pahalı olması, fazla zaman ve işgücü gerektirmesi olumsuz özellikleridir
(Aka-Kaçar, 2001). RFLP, karpuzlarda genetik çeşitliliğin tanımlanmasında (Dane
![Page 20: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/20.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
7
ve ark., 2004, Levi ve ark., 2005; Dane ve Liu, 2007) ve haritalama çalışmalarında
(Hashizume ve ark., 1996; 2003) kullanılmıştır.
Zorluk, güvenilirlik, maliyet ve bilgi üretme bakımından birbirinden farklı
olan PCR’a (Polymerase Chain Reaction) dayalı her bir markör sisteminin (RAPD,
AFLP, SSR vb.) avantaj ve dezavantajları bulunmaktadır (Lee, 1995; Rafalski ve
ark., 1996).
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) tekniği, Williams ve ark.
(1990) tarafından geliştirilmiş olup, düşük maliyetli ve kolay uygulanabilir olmasının
yanı sıra, tekrarlanabilirliğinin zor olması ve dominant kalıtım özelliği gibi
dezavantajlara sahiptir. Karpuzlarda genetik çeşitliliğin belirlenmesinde, filogenetik
ilişkilerin araştırılmasında ve genetik haritaların oluşturulmasında kullanılmıştır
(Hashizume ve ark., 1996; Lee ve ark., 1996; Hawkins ve ark., 2001; Levi ve
ark., 2001a; 2001b; 2001c; 2006; 2007; Solmaz ve ark., 2010).
ISSR (Inter-Simple Sequence Repeats) tekniği, uygulama bakımından RAPD
tekniğine benzemekle birlikte, bu yöntemin dezavantajlarını gidermek üzere
geliştirilmiştir. Tekrarlanabilirliği RAPD tekniğinden yüksek, maliyeti ise AFLP
tekniğinden daha düşüktür (Zietkiewicz ve ark., 1994; Reddy ve ark., 2002). ISSR
tekniği karpuzlarda genetik çeşitliliğin araştırılmasında (Levi ve ark., 2004) ve
haritalama (Hashizume ve ark., 2003; Levi ve ark., 2006) çalışmalarında
kullanılmıştır.
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), yüksek
tekrarlanabilirlik oranı nedeniyle oldukça fazla uygulama alanı bulmuştur (Vos ve
ark., 1995). Polimorfizm oranı çok yüksek olan bu markör tekniği, kuruluş
aşamasında oldukça maliyetlidir. En önemli dezavantajı, sistemin optimizasyonunun
zor olmasıdır (Li ve Quiros, 2001). Karpuz genotipleri arasındaki polimorfizmin
araştırılmasında (Che ve ark., 2003; Levi ve ark., 2004; 2007; Nimmakayala ve
ark., 2009), çeşitler arasındaki filogenetik ilişkilerin belirlenmesinde ve genetik
haritaların oluşturulmasında (Levi ve ark., 2006) başarıyla kullanılmıştır.
Mikrosatellit DNA dizinleri, ökaryatik genomlar için mükemmel bir
polimorfizm kaynağıdır. SSR (Simple Sequence Repeat), polimorfizm seviyesi
düşük olan türlerde genetik çeşitliliğin araştırılmasında, çeşit tayininde ve genetik
![Page 21: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/21.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
8
haritaların oluşturulmasında son derece etkin bir şekilde kullanılmaktadır (Staub ve
ark., 1996). Kodominant kalıtım özelliği göstermesi SSR markörleri için bir
avantajken; pahalı ve zaman alıcı olması, fazla miktarda emek gerektirmesi yanında
yeni markörlerin geliştirilmesinin güçlüğü en önemli dezavantajlarındandır (Li ve
Quiros, 2001; Büyükünal Bal, 2001). SSR, polimorfizm seviyesi oldukça düşük
olan karpuzlarda genetik çeşitliliği belirleme (Jarret ve ark., 1997; Guerra-Sanz,
2002; Levi ve ark., 2007; Kwon ve ark., 2007; Verma ve Arya, 2008;
Nimmakayala ve ark., 2009) ve genetik haritalama çalışmaları (Hawkins ve ark.,
2001; Levi ve ark., 2006) için son derece uygun bir yöntemdir.
Kolay uygulanabilen, güvenilir ve etkin olan SRAP (Sequence Related
Amplified Polymorphism), Li ve Quiros (2001) tarafından geliştirilmiş, PCR temelli
yeni bir markör sistemidir. Genomda kodlanan sekansları hedef alan ve ortalama
sayıda kodominant markörler oluşturan SRAP tekniği, iki primer amplifikasyonuna
dayanmaktadır. Primerler 17-18 nükleotitten meydana gelmekte ve bunlardan biri
forward (ileri), diğeri ise reverse (ters) primer olarak adlandırılmaktadır. Bu
primerlerde 13-14 nükleotitten oluşan bir çekirdek sekans kısmı vardır. Spesifik bir
yapısı olmayan 10-11 bazlık dizinin (filler sequence) ardından forward primerde
CCGG, reverse primerde ise AATT dizini gelmektedir. Bu kısımdan sonra 3 seçici
nükleotitten oluşan bölüm bulunmaktadır (Li ve Quiros, 2001).
RAPD markörlerine göre daha tutarlı sonuçlar veren, AFLP markörlerine
göre de daha ucuz ve az işçilik gerektiren bir markör tekniği olan SRAP; genetik
haritaların oluşturulması, gen etiketlenmesi, genomik DNA ve cDNA parmak izinin
çıkarılması ve haritaya dayalı klonlama gibi birçok farklı amaca hizmet
edebilmektedir (Li ve Quiros, 2001). SRAP markörleri farklı türlere adapte olabilen
bir sistem olup, karpuzlarda genetik çeşitliliğin araştırılmasında (Yan ve Zhang.,
2005; Levi ve ark., 2007) ve haritalama (Levi ve ark., 2006) çalışmalarında başarılı
bir şekilde uygulanmıştır.
Karpuzda Fusarium solgunluğu etmeni Fusarium oxysporum f.sp. niveum,
(E.f.sm.) W.C. Synder & H. N. olup, ilk olarak Smith (1894) tarafından ABD’de
Güney Carolina ve Georgia’da tanımlanmıştır (Martyn ve Netzer, 1991). Toprak
kökenli olan fungus, bulaşık olduğu topraklarda uzun yıllar canlı kalabilmekte ve
![Page 22: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/22.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
9
günümüzde yetiştiriciliği yapılan tüm ülkelerde karpuz üretimini önemli ölçüde
sınırlamaktadır (Martyn ve McLaughlin, 1983; Notz ve ark., 2002; Zhang ve ark.,
2005).
Fungus, karpuz bitkilerini tüm gelişim evrelerinde etkileyebilmektedir. Çok
genç fidelerde enfeksiyon, çökerten ve bodurlaşma ile sonuçlanır. Ergin bitkilerde ise
solgunluğun ardından ölüm gerçekleşir. Hastalığın ilerleyen safhalarında kökler
çürür ve ölür. Solgunluk, genellikle sürgün uçlarından başlar ve bitkinin alt
kısımlarına doğru ilerler. Hasta bitkilerin gövde ve sürgünlerinin rengi sarı veya
kahverengiye dönüşür, gövdeler üzerindeki nekrotik alanlarda fungus sporları gelişir.
Toprakta yaşayan fungus, bitkilere kök uçlarındaki açıklıklardan girmektedir. Fungus
tohumla, yetiştirme ortamlarıyla, sulama sularıyla, alet makinalarla ve hayvanlarla
kolayca taşınabilir (Blancard ve ark., 1991).
Fusarium solgunluğunun kontrolünde uzun dönem ürün rotasyonu (5-10 yıl)
ve toprağı dinlendirmek, topraktaki patojen populasyonunun azalmasına yardımcı
olur (Martyn ve Netzer, 1991). Solarizasyon (Martyn ve Hartz, 1986), fumigasyon
(Hopkins ve Elmstrom, 1976), aşılama (Kuniyasu, 1981) gibi yöntemlerin de
olumlu etkileri görülmüştür. Hastalığın kontrolünde güvenilir, ekonomik ve etkili bir
kimyasal yöntem bulunmamaktadır (Forsyth ve ark., 2006). Bunun nedeni Fon
sporlarının kendini kimyasal fumigasyona yüksek düzeyde dayanıklı ve kalın duvarlı
klamidosporlara dönüştürebilmesidir (Shi ve ark., 1991). Hastalığın kontrolünde en
etkin yöntem dayanıklı çeşitlerin ıslah edilmesi ve üretimde kullanılmasıdır
(Hopkins ve Elmstrom, 1984; Martyn, 1996; Diener ve Ausubel 2005). Dayanıklı
çeşit kullanımı sadece verim ve kalitenin artışını değil, aynı zamanda kimyasal
kullanımını da azaltmaktadır. Günümüzde ticari çeşitlerin çoğu 0 ve 1 no’lu ırklara
karşı dayanıklı iken, 2 no’lu ırka karşı duyarlıdır (Chen ve ark., 2003; Wehner,
2008). Konukçunun dayanım etkinliği üzerinde patojenin spesifik ırkının
yaygınlığının ve topraktaki inokulum seviyesinin büyük oranda etkisi vardır
(Martyn ve McLaughlin, 1983; Martyn, 1996). Hastalıkla mücadelede dayanıklı
çeşitlerden yararlanılmakta, ancak patojen populasyonlarındaki değişimlerden dolayı
dayanıklılık, patojenin yeni, virülent populasyonuna karşı etkili olamamaktadır. Bu
![Page 23: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/23.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
10
nedenle sürekli olarak dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesi gerekmektedir (Biles ve
Martyn, 1989).
Fungusun 0, 1 ve 2 olmak üzere 3 ırkı olduğu bilinmektedir (Biles ve
Martyn, 1989). Agresiflik açısından etkinliği en az olan ırk 0 olup, sadece Sugar
Baby gibi hiç dayanıklılık geni taşımayan çeşitlerde görülmektedir. En yaygın
görülen 1 no’lu ırk, hafif ve orta derecede solgunluklara neden olmaktadır ve çoğu
karpuz çeşidinin bu ırka karşı dayanıklı olduğu bilinmektedir (Zhou ve Everts,
2003). 1 no’lu ırka dayanıklılık tek bir dominant gen (Fon-1) tarafından kontrol
edilmektedir (Hawkins ve ark., 2001).
Son olarak tanımlanan ırk 2, ilk defa İsrail’de tespit edilmiştir (Netzer, 1976).
En agresif ırk olan 2 no’lu ırk günümüzde dayanıklı olarak bilinen karpuz çeşitlerini
tehdit etmektedir (Martyn ve Netzer, 1991). Ancak son zamanlarda yapılan bir
çalışmada (Zhou ve ark., 2010), ABD Maryland’de ırk 2 için kullanılan referans
genotip PI 296341 bitkilerinin % 90’dan fazlasını öldüren ve ırk 2’den daha agresif
olan üçüncü bir ırk (ırk 3) olduğu bildirilmiştir.
Ülkemizde Marmara ve Ege Bölgesi’nde Fusarium oxysporum f.sp.
niveum’un 0 ve 1 no’lu ırkları görülmektedir (Zengin ve ark., 1975). Filiz ve
Turhan (1991)’ın yaptığı bir çalışmada Ege Bölgesi’nde 2 no’lu ırkın varlığı da
tespit edilmiştir. Çukurova Bölgesi’nde ise her 3 ırk’ın (0, 1, 2) varlığı saptanmıştır
(Yücel ve ark., 1999). Kurt ve ark. (2008)’nın bildirdiğine göre Doğu Akdeniz
Bölgesi’nde 0, 1 ve 2 no’lu ırklar, Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde de 0 ve 1 no’lu
ırklar görülmektedir.
Fusarium solgunluğuna dayanıklı çeşit ve genotiplerin belirlenmesinde ve
genetik materyalin seleksiyonunda klasik tarama (screening) yöntemlerinden
faydalanılmaktadır (Capelli ve ark., 1995). Ancak bu yöntemler hem zaman alıcı
olup, hem de fazla miktarda materyalin değerlendirilmesi söz konusu olduğunda
yoğun emek gerektirmektedir. Klasik inokulasyon testleriyle dayanıklılığın
araştırılması için yaklaşık 1 aylık süreye ihtiyaç duyulmaktadır.
Fusarium solgunluğuna dayanıklılığı sağlayan genlerle bağlantılı DNA
markörlerinin tespiti, dayanıklı bireylerin seçimini hızlandırarak ıslah çalışmalarına
yardımcı olur (Lin ve ark., 2009a). Karpuzda Fusariuma dayanıklılığın tespiti
![Page 24: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/24.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
11
amacıyla moleküler markörlerin geliştirilmesine yönelik çalışmalar (Xu ve ark.,
1999; Harris ve ark., 2008; Xu ve ark., 2008; Lin ve ark., 2009a) yapılmış olup,
günümüzde de devam etmektedir.
Florasında 163 familyaya ilişkin 1225 cins ve 9000 tür bulunan ve bunlardan
3000 türü endemik nitelikte olan Türkiye’nin; 203 familyaya bağlı 2500’ü endemik,
12000 türe sahip tüm Avrupa ülkeleri ile karşılaştırıldığında bitkisel gen kaynakları
bakımından ne kadar zengin bir ülke konumunda olduğu kolaylıkla anlaşılır. Bu
nedenle, genetik materyalin korunması ve kullanımına ilişkin çalışmaların Türkiye
için ayrı bir önemi vardır (Özgen ve ark., 2000). Türkiye’nin Avrupa-Sibirya,
Akdeniz ve İran-Turan fitocoğrafik bölgelerinin kesiştiği yerde bulunması, Avrupa
ile Güneybatı Asya arasında köprü görevi yapan bir göç yolu olması ve birçok cinste
çeşitliliğin görüldüğü bir merkez olması (Tan, 1998) Türkiye’nin önemli bir genetik
çeşitlilik merkezi olduğunun kanıtıdır.
Türkiye karpuzun gen merkezi olmamasına rağmen, Zhukovsky (1933)
Anadolu’da yabani türler olduğunu rapor etmiştir. Güneydoğu Anadolu, Akdeniz, İç
Anadolu, Ege ve Marmara bölgelerinde karpuzda çok sayıda genetik kaynak
mevcuttur. Diyarbakır, Şanlıurfa, Mardin, Adıyaman, Adana, Hatay ve Çanakkale
dolaylarında hala yetiştirilmekte olan Tat Karpuzu, Sürme Hırsızı, Beyaz Kışlık
Karpuz, Siyah Kışlık Karpuz, Mardin Karpuzu, Gelin Karpuzu, Komando Karpuzu
ve Halep Karası gibi genotiplerin yerini yabancı kökenli F1 çeşitler almaya
başlamıştır ve bu genotipler zamanla yok olma tehlikesiyle karşı karşıyadırlar
(Solmaz ve Sarı, 2009).
Türkiye’deki en büyük kabakgil genetik kaynak koleksiyonu Ege Tarımsal
Araştırma Enstitüsü’nde bulunmaktadır. Çalışmalar 1964 yılında başlamış ve
1600’den fazla genetik materyal toplanmıştır. Bu koleksiyonda yer alan karpuz
genotiplerinin sayısı 358’dir (Sarı ve ark., 2008). Çukurova Üniversitesi Ziraat
Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü’nde de 1990 yılından itibaren bir koleksiyon
oluşturulmuş ve 2010 kayıtlarına göre toplanan karpuz materyalinin sayısı 365’e
ulaşmıştır. Bu koleksiyon farklı tarihlerde yapılan ziyaretlerde Türkiye’nin değişik
bölgelerinin il, ilçe, köy ve mezraları dolaşılarak ulaşılan yerel genotipleri, açık
tozlanan çeşitleri; Mısır, Fransa, Macaristan, Özbekistan, Güney Kore Cumhuriyeti,
![Page 25: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/25.jpg)
1. GİRİŞ İlknur SOLMAZ
12
Çin, Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti gibi bazı ülkelerdeki açık tozlanan karpuz
genotiplerini, Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü Gen Bankası’ndan sağlanan bazı
genotipleri ve ABDTarım Bakanlığı’ndan temin edilen farklı türlere ait genotipleri
içermektedir.
Bu genotiplerin çoğunun morfolojik karakterizasyonu UPOV deskriptör
listesine göre tamamlanmış (Solmaz, 2003; Solmaz ve ark., 2007; Sarı ve ark,
2007a; Solmaz ve Sarı, 2009); 305 adedinin ise moleküler karakterizasyonu RAPD
tekniğiyle yapılmıştır (Solmaz ve ark., 2010).
Bu çalışmanın amacı; Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri
Bölümü karpuz genetik kaynak koleksiyonunda yer alan ve farklı orijinlere sahip
olan 93 adetlik bir çekirdek koleksiyondaki genetik çeşitliliğin SSR ve SRAP
markör teknikleriyle araştırılması ve Fusarium solgunluğu (Fusarium oxysporum
f.sp. niveum)’na dayanımlarının klasik ve moleküler yöntemlerle belirlenmesidir.
![Page 26: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/26.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
13
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR
2.1. Karpuzlarda Yapılan Moleküler Karakterizasyon Çalışmaları
Biles ve ark. (1989), Fusarium oxysporum f.sp. niveum’un 0, 1 ve 2 no’lu
ırklarına karşı farklı oranlarda duyarlılık gösteren 8 karpuz çeşidini, 6 farklı enzim
sistemi kullanarak genel proteinler ve spesifik enzimler yönünden
değerlendirmişlerdir. Sekiz karpuz çeşidinin yaprak, kotiledon, gövde ve ksilem öz
suyunda izozim varyasyonunun araştırıldığı çalışmada, farklı bitki dokuları arasında
izozimik farklılıklar gözlenmemiştir. Gövde ve ksilem özsuyunda belirlenen
elektromorfik değişikliklerin Fusarium solgunluğuna dayanıklılık açısından önemli
markörler olabileceği bildirilmiştir.
Zhang ve ark. (1994), karpuz genotipleri arasındaki polimorfizmi RAPD
yöntemi ile araştırmışlardır. Bitkisel materyal olarak, erkek kısır 617AB, Dixilee,
Fusarium solgunluğunun 1 ve 2 no’lu ırklarına dayanıklı PI 296341 ve tüm ırklarına
karşı duyarlı New Hampshire Midget (NHM), 8 genotip ve NHM x PI 296341
melezi kullanılmıştır. Test edilen 53 primerden 3’ü (% 5.6) amplifikasyon
sağlayamazken, 14 primer (% 26.4) bazı genotiplerde başarılı olabilmiştir.
Genotiplerin tamamında amplifikasyonu sağlayan 36 primer, toplam 159 adet bant
oluşturmuştur. Bu bantların % 56.0’ı 4 genotipte, % 51.6’sı NHM ve PI 296341 de
ve % 10.1’i de sadece 3 genotipte polimorfik bulunmuştur.
Katzir ve ark. (1996), Cucurbitaceae familyasına ait farklı türler arasındaki
polimorfizmi, SSR markörleri ile araştırmışlardır. Kavun (Cucumis melo) genomik
kütüphanesinden 5 ve hıyar (Cucumis sativus) sekans veritabanından 2 SSR izole
edilerek primerler dizayn edilmiştir. Elde edilen 7 SSR primeri, 8 kavun, 11 hıyar, 5
kabak, 1 balkabağı ve 3 adet karpuz genotipinde test edilmiştir. SSR primerlerinden
5’i kavunlarda, 4’ü hıyarlarda, 3’ü kabaklarda polimorfizmi tespit ederken;
denemede yer alan 3 karpuz genotipinde polimorfizm bulunamamıştır. Çalışmada
Cucurbitaceae familyası üyelerinden herhangi birine özgü SSR primerlerinin
familyada yer alan diğer cinslerde de kullanılabileceği sonucu ortaya çıkmıştır.
![Page 27: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/27.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
14
Lee ve ark. (1996), otuz dokuz karpuz genotipi arasındaki genetik çeşitliliği
RAPD markörleri ile 15 primer kullanarak araştırmışlardır. Primerlerden 14’ü
polimorfik bant oluşturmuş ve elde edilen toplam 162 bantın % 62’si polimorfik, %
38’i monomorfik bulunmuştur.
Jarret ve ark. (1997), Afrika, Avrupa, Asya ve Meksika kökenli, morfolojik
olarak birbirinden farklı 33 adet karpuz genotipi arasındaki genetik çeşitliliği SSR
markörleri ile değerlendirmişlerdir. Kullanılan 8 adet SSR primerinden 7’si başarıyla
amplifikasyon vermiş ve elde edilen allel sayısı 3-7 arasında değişmiştir. Kümeleme
(cluster) analizleri sonucunda Citrullus genotiplerinin çoğunun birbirinden ayrıldığı
tespit edilmiş ve % 25 genetik benzerlik seviyesinde 4 grup oluşmuştur. En büyük
grup C. lanatus var. lanatus genotiplerini içermektedir ve kendi içerisinde 4 alt gruba
ayrılmıştır. Genetik benzerlik bakımından birbirine en yakın genotipler bu grupta yer
almakla birlikte, genotiplerin coğrafi kökeni veya meyve et rengi gibi özellikler ile
alt grupların oluşması arasında herhangi bir korelasyon bulunmamıştır. Çalışmada
yer alan 3 adet egusi tipi genotip de C. lanatus var. lanatus genotipleri ile birlikte
gruplanmıştır. Bu genotiplerin meyve eti açık renkli olup, tohumları tipik bir şekilde
yuvarlak ve ten rengidir. Kümeleme analizlerinde egusi tipi karpuzların Citrullus
lanatus var. lanatus genotipleri ile birlikte gruplanması, egusi tipine özel morfolojik
karakterlerin ifadesinde az sayıda genin rol aldığı düşüncesini ortaya koymaktadır.
İkinci büyük grup ise “citron” olarak da adlandırılan C. lanatus var. citroides alt
türünün yabani ve kültüre alınmış genotiplerinden oluşmaktadır. Bu grupta yer alan
genotiplerin tamamı Güney Afrika kökenli olup, meyve etleri açık (beyaz veya sarı)
renklidir ve bazıları karpuz hastalıklarına dayanıklıdır. Dördüncü grup da C.
colocynthis türüne ait tek bir genotipten oluşmaktadır.
Jarret ve Newman (2000), Citrullus türleri arasındaki filogenetik ilişkileri
ve C. rehmii De Winter’in türler arasındaki yerini ITS (internal transcribed spacer)
ile belirlemişlerdir. Çalışmada C. lanatus var. lanatus, C. lanatus var. citroides, C.
colocynthis, C. ecirrhosus, C. rehmii ve Aconthosicycos naudinianus türlerinin ITS
bölgeleri PCR’da amplifiye edilmiş ve direkt olarak sekanslanmıştır. Analizler
neticesinde türler arasındaki ilişkiler karpuzlarda daha önce yapılan taksonomik
![Page 28: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/28.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
15
çalışmalarla uyumlu bulunmuş ve C. rehmii’nin kültürü yapılan karpuzlara, C.
colocynthis’den daha yakın olduğu tespit edilmiştir.
Levi ve ark. (2000), hastalıklara dayanıklı olarak rapor edilen 34 karpuz
genotipi ve 5 adet ticari karpuz çeşidi arasındaki genetik akrabalık ilişkilerini RAPD
markörleri ile araştırmışlardır. Çalışmada 28 RAPD primeri kullanılmıştır.
Kümeleme (Cluster) analizleri sonucunda 3 ana grup oluşmuştur. Birinci ana grup 5
adet ticari karpuz çeşidi (C. lanatus var. lanatus), C. lanatus var. citroides genotipleri
ve C. lanatus var. citroides genleri taşıyan C. lanatus var. lanatus genotiplerinden
oluşan 3 alt grup içermiştir. İkinci ana grup C. lanatus var. citroides genotiplerinden
ve 3. ana grup da C. colocynthis türüne ait genotiplerden oluşmuştur. Her iki C.
lanatus grubu birbirinden % 58.8 ve C. colocynthis grubundan da % 38.9 benzerlik
seviyesinde ayrılmıştır. C. colocynthis ve C. lanatus var. citroides genotipleri kendi
içlerinde C. lanatus var. lanatus genotiplerine göre daha fazla genetik çeşitlilik
göstermiştir. Genotipler arasındaki genetik benzerlik seviyesi sırasıyla C.
colocynthis’de % 74.2, C. lanatus var. citroides’de % 82.2 ve C. lanatus’da %
87.5’dir. Beklenildiği üzere en düşük genetik varyasyon (% 93.1) ticari karpuz
çeşitleri arasında bulunmuştur.
Levi ve ark. (2001a), Citrullus cinsine ait 42 adet genotip ve 5 ticari çeşit
arasındaki genetik çeşitliliği RAPD markör tekniği ile değerlendirmişlerdir.
Kullanılan 30 RAPD primerinden toplam 662 bant elde edilmiştir. Kümeleme
(Cluster) analizleri sonucunda genotipler 3 ana gruba ayrılmıştır. Birinci grup ticari
karpuz çeşitleri (C. lanatus var. lanatus), C. lanatus var. citroides genotipleri ve C.
lanatus var. citroides genleri içeren C. lanatus var. lanatus genotiplerinden
oluşmuştur. İkinci grup C. lanatus var. citroides genotiplerini ve 3. grup da C.
colocynthis türüne ait genotipleri içermiştir. C. lanatus var. lanatus genotipleri, C.
lanatus var. citroides ve C. colocynthis genotiplerine göre genetik yapı bakımından
birbirine daha yakın bulunmuştur.
Levi ve ark. (2001b), karpuzda üretimde kullanılan ticari çeşitler ve farklı
türlere ait genotipler arasındaki akrabalığı belirlemek ve genetik çeşitliliği araştırmak
amacıyla RAPD markör tekniğini kullanmışlardır. Denemede morfolojik özellikler
bakımından birbirinden oldukça farklı 46 Amerikan çeşidi (C. lanatus var. lanatus)
![Page 29: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/29.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
16
ve 12 karpuz genotipi yer almıştır. Çalışmada 128 primer denenmiş, ancak 25’i
polimorfik bant oluşturmuştur. Bu bantların moleküler büyüklükleri 100-300 bp
arasında değişmiş olup, 26 adedi tüm çeşitler ve genotiplerde monomorfik, 9’u
çeşitler arasında polimorfik, genotipler arasında monomorfik, 168’i genotipler
arasında polimorfik, çeşitler arasında monomorfik ve 85 adedi ise hem çeşitlerde
hem de genotiplerde polimorfik bulunmuştur. Ticari çeşitler % 92-99.6, C. lanatus
var. lanatus genotipleri % 88-95 genetik benzerlik seviyesinde birbirinden
ayrılmıştır. C. lanatus var. citroides ve C. colocynthis genotipleri ise % 65-82.5 ve %
70.5 benzerlik seviyesinde farklılık göstermiştir. Çalışma sonucunda üretimde
kullanılan çeşitlerin genetik yapı bakımından zengin bir çeşitlilik göstermediği
saptanmıştır.
Guerra-Sanz (2002)’ın yaptığı çalışmada, 19 mikrosatellit primerinden 18’i
ticari çeşitler, lokal populasyonlar, C. colocynthis genotipleri ve türlerarası melez
bireylerden oluşan karpuz koleksiyonunda polimorfizmi başarıyla belirleyebilmiştir.
Elde edilen allel sayısı C. lanatus genotipleri ve çeşitlerinde 1-8, C. colocynthis
genotiplerinde 0-2 ve hibritlerde 0-4 arasında değişim göstermiştir.
Che ve ark. (2003), orijinleri farklı, ıslah hatları ve ticari çeşitleri içeren 30
karpuz genotipi arasındaki genetik çeşitliliği, AFLP markör tekniği ile
değerlendirmişlerdir. Altmış dört primer kombinasyonundan seçilen 8 primer
kombinasyonu polimorfik bulunmuştur. Denemede yer alan 28 adet Citrullus lanatus
genotipi arasındaki polimorfizm oranı % 13-31.9 iken, tüm genotipler (30 adet)
arasında % 43.5-64.2 olarak bulunmuştur. Kümeleme (Cluster) analizleri sonucunda
3 grup oluşmuştur. Birinci grup sadece PI 296341 (C. lanatus var. citroides)
genotipini içerirken, ikinci grupta da tek bir genotip (C. lanatus var. lanatus/egusi)
yer almıştır. Sonuçlar egusi tipi karpuzlar ile yetiştiriciliği yapılan çeşitler arasında
güçlü bir genetik benzerlik (SC: 0.72) olduğunu göstermiştir. Üçüncü grup ise 28
adet C. lanatus var. lanatus genotipinden oluşmuştur. Bu genotipler farklı coğrafi
orijinlere sahip olmalarına rağmen, genetik olarak birbirleriyle çok yakından (SC:
0.82-0.99) ilişkilidir. AFLP yöntemi kullanılarak oluşturulan genetik gruplama,
genotipler arasındaki pedigri ilişkilerini ve coğrafi orijinleri doğru şekilde
![Page 30: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/30.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
17
yansıtmıştır. Sonuçlar, AFLP markörlerinin hem genotipler arasındaki genetik
çeşitliliğin belirlenmesinde, hem de çeşit ayrımında kullanılabileceğini göstermiştir.
Levi ve ark. (2004), genetik çeşitliliği az olan karpuz çeşitleri arasındaki
akrabalık ilişkilerini, ISSR ve AFLP markörleri ile araştırmışlardır. Otuzsekiz ISSR
primerinden 31’i (% 81.6) polimorfik bant oluşturmuştur. Elde edilen 111 adet
bandın 72’si (% 64.5), çeşitler arasında polimorfik bulunmuştur. ISSR markörleri ile
% 80.2, AFLP markörleri ile de % 97.8 seviyesinde genetik benzerlik tespit etmiştir.
Sonuç olarak ISSR ve AFLP markörlerinin RAPD ve izoenzim markörlerine göre
genetik altyapısı dar olan çeşitler arasında daha polimorfik olduğu tespit edilmiştir.
Levi ve ark. (2005), Hindistan’da yetişen bir kabakgil türü olan Praecitrullus
fistulosus (Stocks) Pangalo ile karpuz türleri (Citrullus lanatus var. lanatus, C.
lanatus var. citroides, C. colocynthis), kavun (Cucumis melo L.), hıyar (Cucumis
sativus L.) ve bazı yabani Cucumis türleri (C. africanus, C. metuliferus, C. anguria,
C. meeusei ve C. zeyheri) arasındaki filogenetik ilişkilerin belirlenmesinde ISSR ve
RAPD markörlerini kullanmışlardır. Cucumis ve Citrullus türleri arasındaki genetik
benzerlik oranı % 8 olarak tespit edilmiştir. Citrullus türleri arasındaki genetik
benzerliğin (% 25-55), Cucumis türlerine (% 14-68) göre daha fazla olduğu
görülmekle birlikte, Praecitrullus fistulosus’un hem Citrullus, hem de Cucumis
türleri ile genetik benzerliği % 3’den daha az bulunmuştur. Denemede yer alan 3 adet
ticari karpuz çeşidi genetik olarak birbirine % 95 benzerlik seviyesinde yakınken,
ticari karpuz çeşitleri ile C. lanatus var. lanatus genotipleri arasındaki genetik
benzerlik % 82-87 olarak tespit edilmiştir. C. lanatus var. lanatus’un C. lanatus var.
citroides ve C. colocynthis ile yakınlığı, sırasıyla % 55 ve % 25 bulunmuştur.
Levi ve Thomas (2005), 5 karpuz çeşidi ve farklı coğrafik bölgelerden
toplanmış Citrullus cinsinin ana türlerini temsil eden 21 adet karpuz genotipi
arasındaki polimorfizmin araştırılmasında, 20 kloroplast DNA (cpDNA) ve 10
mitokondriyal DNA (mtDNA) RFLP markörlerini kullanmışlardır. Yapılan
kümeleme (Cluster) analizleri sonucunda genotipler 3 gruba ayrılmıştır. Birinci grup
C. lanatus subsp. vulgaris (C. lanatus var. lanatus olarak da bilinir), genotipleri ve
çeşitlerinden; 2. grup C. lanatus subsp. lanatus’un alt türü olan C. lanatus var.
citroides genotiplerinden ve 3. grup da C. colocynthis genotiplerinden oluşmuştur.
![Page 31: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/31.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
18
Karpuz çeşitlerinin kloroplast ve mitokondriyal genomları farklı olup, C. lanatus var.
lanatus genotiplerininki ile yakın ilişkili bulunurken, yabani bir tür olan C.
colocynthis genotiplerininkiler de C. lanatus var. citroides genotiplerininkilere
benzer olarak tespit edilmiştir.
Yan ve Zhang (2005), yeni bir moleküler markör sistemi olan SRAP markör
tekniğini, 20 hibrit karpuz çeşidi arasındaki genetik çeşitliliği değerlendirmek için
kullanmışlardır. Yirmi beş primer çiftinden 20 adedi toplam 135 adet polimorfik bant
amplifiye etmiştir. Her bir primer çifti için elde edilen ortalama polimorfik bant
sayısı 7.11’dir. Yapılan kümeleme (Cluster) analizleri sonucu 20 karpuz çeşidi 3
farklı gruba ayrılmıştır.
Silva ve ark. (2006), gen bankasında yer alan Brezilya’nın 3 farklı
bölgesinden toplanmış karpuzlarda morfolojik ve moleküler karakterizasyon
yapmışlardır. Çalışmada toplam 43 adet karpuz genotipi kullanılmış olup, Crimson
Sweet çeşidi kontrol olarak denemede yer almıştır. RAPD tekniğiyle 6 primer
kullanılarak yürütülen çalışmada, 31’i polimorfik olan toplam 64 bant elde edilmiştir.
Kümeleme (Cluster) analizine göre, 24 adedi tek bir genotip içeren 28 grup
oluşmuştur. Elde edilen sonuçlar neticesinde, RAPD markör tekniğinin polimorfizmi
açıklayabildiği ve karpuz gen bankasında yer alan genotiplerin karakterizasyonunda
kullanılabileceği bildirilmiştir.
Dane ve Liu (2007), kültür formu ve citron tipi karpuzların (Citrullus
lanatus) çeşitliliğini ve kökenini, kloroplast DNA’da PCR-RFLP ve sekans
yöntemleriyle araştırmışlardır. Çalışmada farklı coğrafi orijinlere sahip 70 adet C.
lanatus var. citroides, 20 adet C. lanatus var. lanatus ve grup dışı olarak da 1 adet C.
colocynthis genotipi yer almıştır. Filogenetik analizler neticesinde C. lanatus var.
lanatus ve C. colocynthis genotiplerinin bir grup (% 98 bootstrap değeri) ve C.
lanatus var. citroides genotiplerinin ise üç alt gruba ayrılan bir diğer grubu (% 93
bootstrap değeri) oluşturduğu tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda kloroplast
farklılıklarının morfolojik farklılıklarla ilişkisinin olmadığı belirlenmiş, ayrıca kültür
formu ve yabani karpuzların tek bir atadan, muhtemelen Namibya orijinli C.
ecirrhosus’dan ayrı ayrı farklılaştıkları anlaşılmıştır.
![Page 32: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/32.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
19
Dane ve ark. (2007), C. colocynthis genotipleri arasındaki filocoğrafik
ilişkileri araştırmışlardır. Çalışmada kullanılan C. colocynthis genotipleri farklı
kökenlere (Hindistan, Pakistan, Afganistan, Fas, Cezayir, Etiyopya, Kıbrıs, İsrail,
Çad, Avustralya) sahiptir. Namibya’dan C. rehmii ve Hindistan’dan temin edilen
Praecitrullus fistulosus genotipleri ise grup dışı genotipler olarak yer almıştır.
Kloroplast DNA varyasyonuna göre, C. colocynthis genotipleri 4 farklı gruba
ayrılmış, ancak aynı ülkeden toplanan genotipler arasında farklılık tespit
edilmemiştir. Kloroplast DNA sekans analizleri neticesinde göç yolunun Afrika’dan
Orta Doğu ve Uzak Doğu’ya doğru olduğu belirlenmiştir. Avustralya’dan toplanan
genotipler, en fazla Kıbrıs ve Fas genotipleriyle sekans homolojisi göstermiştir.
Levi ve Thomas (2007), büyük bir melezleme populasyonu kullanılarak
oluşturulan karpuz genetik haritasının farklı bağlantı (linkage) bölgelerinde yer alan
toplam 146 markör (RAPD, ISSR, AFLP, SRAP) ile genetik çeşitliliği oldukça
düşük seviyede olan 24 karpuz genotipinde polimorfizmi araştırmışlardır. Kullanılan
53 RAPD marköründen 5’i (% 9.4), 15 ISSR marköründen 6’sı (% 40.0), 37 AFLP
marköründen 30’u (% 81.0) ve 41 SRAP marköründen 33’ü (% 80.5) karpuz
genotiplerinde polimorfik bulunmuştur. Çalışmada kullanılan bu polimorfik
markörler karpuz genomu boyunca dağılmış bir şekilde yer almıştır. En yüksek
polimorfizm SRAP markörlerinden elde edilmiş olup, bu markörlerin karpuz
genomunda farklı bağlantı (linkage) bölgelerini temsil ettiği belirlenmiştir.
Kwon ve ark. (2007), SSR markörlerinin farklı kabakgil türleri arasında
kullanımını araştırmışlardır. Kavun ve hıyardan elde edilen SSR markörleri karpuzda
(Citrullus lanatus) genetik çeşitliliğin karakterizasyonu amacıyla kullanılmıştır.
Kavundan elde edilen 200 ve hıyardan elde edilen 96 SSR marköründen 82’si karpuz
çeşitlerinde çalışmış ve 15’i 24 karpuz çeşidinde polimorfik bulunmuştur. Toplam 72
adet polimorfik bant elde edilmiş ve yapılan kümeleme (Cluster) analizleri sonucu 24
karpuz çeşidi 4 farklı gruba ayrılmıştır.
Sarı ve ark. (2007b), 134 adedi Türkiye’nin farklı bölgelerinden toplanan,
172 adedi Menemen Tarımsal Araştırma Ensitüsü’nden sağlanan ve yabani türlerin
de ABD’den (USDA) temin edildiği toplam 326 karpuz genotipinde RAPD
markörleriyle genetik karakterizasyon yapmışlardır. Çalışmada 22 adet RAPD
![Page 33: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/33.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
20
primeri kullanılmış, bunlardan büyüklükleri 250-2200 bp arasında değişen toplam
241 adet bant elde edilmiş ve polimorfizm oranı % 60.6 bulunmuştur. Kümeleme
(Cluster) analizi sonuçlarına göre yabani türlere ait genotipler ayrı bir grup
oluştururken, diğer genotiplerin çoğu birlikte gruplanmış ve genetik olarak
birbirlerine yakın bulunmuşlardır.
Levi ve ark. (2008), tarafından yapılan çalışmada genetik çeşitliliği az olan
25 Amerikan karpuz çeşidi ve 13 adet Amerika bitki introdüksiyonu (4 adet C.
lanatus var. lanatus genotipi, 5 adet C. lanatus var. citroides genotipi ve 4 adet C.s
colocynthis genotipi) arasındaki genetik çeşitlilik 40 adet EST-SSR ve 60 adet SSR
motifi içermeyen EST primer çifti ile araştırılmıştır. Çalışma sonucunda toplam 250
EST-PCR markörü elde edilmiş olup, bunlardan 108’i EST-SSR primerlerinden,
142’si SSR motifi içermeyen EST primerlerinden üretilmiştir. EST-SSR
primerlerinden elde edilen 108 EST-PCR markörünün 103’ü Citrullus PI’larında
gözlenirken, 64’ü çeşitler arasında gözlenmiş olup, bunların da 45 adedi (% 70.3)
polimorfik bulunmuştur. SSR motifi içermeyen EST primerlerinden elde edilen 142
adet EST-PCR markörünün 134’ü Citrullus PI’larında, 108’i de çeşitlerde görülmüş
ve bunların da 86 adedi (% 79.6) çeşitler arasında polimorfik bulunmuştur. EST-PCR
markörlerinin çoğu Citrullus PI’ları ve çeşitleri arasında polimorfik bulunurken,
çeşitlerin kendi arasındaki polimorfizm oranının önemli derecede azaldığı tespit
edilmiştir. Sonuç olarak kullanılan toplam 250 EST-PCR markörünün 3 ana Citrullus
türünü birbirinden ayırabildiği saptanmıştır. Dört adet C. colocynthis genotipi diğer
türlere uzakken, C. lanatus var. citroides PI’larının gerek C. lanatus var. lanatus
PI’ları, gerekse de çeşitlerine daha yakın olduğu görülmüştür. EST-PCR markörleri
C. lanatus var. lanatus PI’ları ve 25 karpuz çeşidini de birbirinden ayırabilmiştir.
Meyve karakterleri bakımından farklı özelliklere sahip olan Allsweet, AU Golden
Producer ve Black Diamond çeşitleri genetik olarak yakın ilişkili bulunmuş ve
birlikte gruplanarak diğer çeşitlerden ayrılmıştır. Spesifik primer çiftleri kullanılarak
farklı gen sekanslarını amplifiye eden EST-PCR markörlerinin çeşitlerin ve ıslah
hatlarının DNA parmakizinin çıkartılmasında, genetik ilişkilerin belirlenmesinde ve
karpuz genetik haritalama çalışmalarında kullanılabileceği bildirilmiştir.
![Page 34: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/34.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
21
Verma ve Arya (2008), karpuzlarda EST-SSR markörleri geliştirmiş ve
bunların Cucumis spp. türlerinde kullanım olanaklarını araştırmışlardır. EST
sekanslarının analizi sonucu sentezlenen 40 adet yeni SSR primeri, 7 karpuz, 2 kavun
ve 2 de hıyar çeşidinde amplifikasyon ve polimorfizm için test edilmiştir. Kullanılan
40 primerden 9’u amplifikasyon sağlayamamıştır. Karpuzlarda 7 SSR primer çifti
polimorfik bulunmuş ve toplamda 14, lokus başına ise ortalama 2 allel elde
edilmiştir. Allel büyüklükleri 110 ile 430 bp arasında değişim gösterirken, çeşitler
arasındaki genetik uzaklık 0-0.69 arasında değerler almış ve 2 çeşit de birbirinden
ayrılamamıştır. EST-SSR’ların farklı kabakgil türlerinde kullanımının araştırılması
amacıyla amplifikasyon sağlayan 31 primer ile çalışılmış ve bunların, % 45.2’si
kavunda, % 64.5’i hıyarda amplifikasyon sağlamıştır.
Nimmakayala ve ark. (2009), C lanatus var. lanatus, C. lanatus var.
citroides ve C. colocynthis türlerine ait 31 genotipin filogenetik analizini, AFLP ve
SSR markörleriyle yapmışlardır. AFLP analizlerinde 35 primer çiftinden 3089’u (%
45) polimorfik olan, toplam 6879 AFLP markörü elde edilmiştir. Her tür kendi
içerisinde polimorfik bant sayısı açısından değerlendirilmiş olup, C. lanatus var.
lanatus’a özgü 583, C. lanatus var. citroides’e özgü 505 ve C. colocynthis’e özgü de
194 polimorfik bant elde edilmiştir. Türlerarası ilişkileri belirlemek amacıyla türler
arasında paylaşılan bant sayısı da sayılmıştır. C. lanatus var. lanatus ve C. lanatus
var. citroides arasında 652 bant paylaşılırken, C. lanatus var. lanatus ve C.
colocynthis arasında 756, C. lanatus var. citroides ve C. colocynthis arasında ise 620
bant paylaşılmıştır. SSR analizlerinde ise 30 SSR primer çifti, 169 allel amplifiye
etmiştir. Primer başına 2-12 arasında allel elde edilmiştir. Türe özgü allel sayısı
bakımından yapılan değerlendirmede, C. lanatus var. lanatus’a özgü 50, Citrullus
lanatus var. citroides’e özgü 60 ve C. colocynthis’e özgü 59 adet allel tespit
edilmiştir. AFLP ve SSR analizlerinin kombinasyonu sonucu elde edilen farklı
türlere ait genotiplerin kendi arasındaki genetik uzaklıları ise C. lanatus var.
lanatus’ta % 42, C. lanatus var. citroides’de % 38 ve C. colocynthis’de ise % 34
olarak bulunmuştur. Türler arasındaki genetik uzaklık beklenildiği üzere tür içi
genetik uzaklıktan daha fazla olup, C. lanatus var. lanatus ile C. lanatus var.
citroides arasında % 40, C. colocynthis ile C. lanatus var. citroides arasında % 43 ve
![Page 35: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/35.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
22
C. lanatus var. lanatus ile C. colocynthis arasında ise % 46 olarak tespit edilmiştir.
Yapılan kümeleme (Cluster) analizleri neticesinde her üç türde klasik taksonomik
sınıflandırmaya uyumlu bir şekilde gruplanmıştır.
Szamosi ve ark. (yayınlanmamış), Macaristan ve Türkiye orijinli kavun ve
karpuz genotipleri arasındaki genetik ilişkileri SSR markörleriyle
değerlendirmişlerdir. Çalışmada otuz adet karpuz genotipi kullanılmış ve 11 adet
primer çiftinden 28’i polimorfik, toplam 29 bant elde edilmiştir. Primer başına düşen
polimorfik bant sayısı en fazla 4 iken, bantların büyüklükleri 102 ile 230 bp arasında
değişmiştir. Kümeleme (Cluster) analizleri neticesinde karpuz genotipleri iki ana
gruba ayrılmıştır. Çalışmada yer alan C. lanatus var. citroides genotipleri olan G34
ve G41 0.32 benzerlik seviyesinde diğer tüm genotiplerden ayrılarak 2 ana gruptan
birini oluşturmuşlardır. İkinci ana grup ise 3 alt gruba ayrılmıştır. Bunlardan birincisi
hem Macaristan hem de Türkiye orijinli genotipleri içerirken, ikincisi sadece
Macaristan orijinli genotipleri, üçüncüsü ise sadece Türkiye orijinli genotipleri
içermektedir. Bu alt gruplar içerisinde fenotipik olarak birbirinden belirgin şekilde
farklı olan bazı genotiplerin genetik olarak ayrılamadığı görülmüştür. Türkiye’den
toplanan Kar 216 ve Macaristan orijinli G14 genotipleri her ne kadar morfolojik
olarak farklı olsalar da % 95 seviyesinde genetik benzerlik göstererek birbirleriyle
oldukça yakın ilişkili bulunmuşlardır.
2.2. Farklı Kabakgil Türlerinde SSR Markörleri ile Yapılan Karakterizasyon
Çalışmaları
Staub ve ark. (2000), Cucumis melo L. subsp. melo ve subsp. agrestis alt
türlerine ait 46 kavun genotipi arasındaki genetik ilişkileri, RAPD ve SSR markörleri
ile belirlemişlerdir. Kullanılan 64 RAPD primerinden 135, 17 SSR primerinden 54
bant elde edilmiştir. Genotipler arasındaki polimorfizmin değerlendirilmesinde
RAPD primerlerinin 21’i ve SSR primerlerinin 7’si etkili olmuştur. Sonuç olarak her
iki markör sisteminden elde edilen veriler arasında güçlü bir korelasyonun olduğu ve
çalışmada yer alan kavun genotipleri arasındaki genetik ilişkilerin belirlenmesinde
kullanılabilecekleri bildirilmiştir.
![Page 36: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/36.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
23
Danin-Poleg ve ark. (2001), tarafından genetik çeşitlilik çalışmalarında
kullanılmak üzere Cucumis türlerinde toplam 61 SSR markörü geliştirilmiştir.
Bunların 46 adedi kavun genomik kütüphanesinden elde edilmiştir. Karakterize
edilen markörlerin 40’ı (30 kavun ve 10 hıyar SSR’ı), 13 kavun ve 11 hıyar
(Cucumis sativus L.) genotipinde polimorfizmin tespiti için kullanılmıştır. Primer
başına kavunlarda en fazla 6, hıyarlarda ise 5 adet allel belirlenmiş, genetik uzaklık
değerleri de kavun için 0.52 ve hıyar için 0.28 bulunmuştur. Değerler arasındaki bu
fark, hıyarın dar olarak bilinen genetik temeliyle uyumludur. Kavunlarda, egzotik ve
tatlı kavun grupları arasında, hıyarda ise iki alt tür (C. sativus var. sativus ve C.
sativus var. hardwickii) arasında belirgin bir farklılık tespit edilmiştir.
Decker-Walters ve ark. (2002), Kuzey Amerika’daki yabani kavun
(Cucumis melo) populasyonlarının, kökeni ve genetik akrabalıkları üzerine
çalışmışlardır. Araştırmada, genotipler 45’i kantitatif, 10’u kalitatif olacak şekilde
morfolojik ve fizyolojik karakterler bakımından değerlendirilmiştir. Toplanan
materyalle birlikte var. chito ve var. dudaim türlerine ait kültürü yapılan 10 genotip,
Asya kökenli 10 adet küçük meyveli genotip ve var. conomon, var. flexuosus, var
cantalupensis ve var. inodorus alt türlerine ait 1’er genotip arasındaki genetik
akrabalık ilişkileri RAPD ve SSR markörleriyle araştırılmıştır. Elde edilen veriler
ışığında Kuzey Amerika genotiplerinin diğerlerinden farklı olduğu ortaya çıkmış ve
araştırıcılar tarafından var. texanus Naudin olarak sınıflandırılmaları gerektiği
savunulmuştur. Bu tür genetik olarak en fazla var. chito genotiplerine ve var.
conomon alt türüne ait Doğu Asya kökenli çeşitlere yakın bulunmuştur.
López-Sesé ve ark. (2002), çoğunluğu inodorus grubundan olan 15 İspanyol
kavun (C. melo L.) çeşidi arasındaki polimorfizmi RAPD ve SSR markörleriyle
araştırmışlardır. Çalışmada 36 RAPD primeri, polimorfik 100 bant, 12 SSR primeri
de 23 allel üretmiştir. Her iki markör tekniğiyle de genotipler birbirinden ayrılmış,
RAPD markörleriyle % 25.6, SSR markörleriyle de % 66.7 oranında polimorfizm
elde edilmiştir. Aynı çeşit grubu içerisinde yer alan genotiplerin kendi aralarında da
yüksek seviyede genetik çeşitlilik göstermesi İspanyol kavunlarının oldukça geniş
bir genetik temele sahip olduğunu ortaya koymaktadır.
![Page 37: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/37.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
24
Chiba ve ark. (2003), kavunda (Cucumis melo L.) 31 adet mikrosatellit
markörü geliştirmiş ve bunların temel kabakgil familyası türlerinde
uygulanabilirliğini araştırmışlardır. Bu mikrosatellitler öncelikle, Cucumis melo’nun
6 farklı türüne ait 12 hat ve çeşitten oluşan kavun genotipleri arasındaki genetik
çeşitliliğin belirlenmesinde kullanılmış ve toplam 28 markör polimorfizm
göstermiştir. Markörlerin kabakgil familyasının farklı türlerinde kullanılabilirliğini
araştırmak amacıyla 9 farklı türde uygulamalar yapılmış ve temel türler olan; hıyar,
kabak, karpuzda 13 markör lokusu belirlenmiştir. Türler arasında en fazla markör
Momordica charantia (24 adet), Cucumis sativus (20 adet) ve Cucurbita maxima (18
adet)’dan elde edilmiştir.
Monforte ve ark. (2003), yabani ve kültür formlarını temsil eden 27
genotipten oluşan kavun (Cucumis melo L.) koleksiyonunda genetik çeşitliliği SSR
markörleri ile araştırmışlardır. Çalışmada 18 SSR markörü kullanılmış ve tamamı
polimorfik olan toplam 114 allel elde edilmiştir. Lokus başına düşen alllel sayısı 2-10
arasında değişmiş ve ortalama 6.3 olarak belirlenmiştir. Kümeleme analizleri
neticesinde genotiplerin 2 ana gruba ayrıldığı ve gruplaşmanın Cucumis melo’nun iki
alt türü “agrestis ve melo” ile çoğunlukla uyumlu olduğu tespit edilmiştir. Genotipler
genelde yer aldıkları alt türlere göre gruplanmış, ancak çalışmada gözlenen SSR
değişkenliğine göre dudaim ve cihito alt türlerinde yer alan genotiplerin agrestis alt
türünde yer alması gerektiği saptanmıştır.
Paris ve ark. (2003), meyve karakterleri bakımından son derece farklı,
özellikle kültür formalarından oluşan 45 genotiplik Cucurbita pepo gen havuzundaki
genetik akrabalık ilişikilerini AFLP, ISSR ve SSR markörleri ile
değerlendirmişlerdir. Analizleri sonucunda AFLP’den 280 adedi polimorfik (% 63)
448, ISSR’dan 108’i polimorfik 147 (% 74) ve SRR’dan da 20 adet amplifikasyon
ürünü elde edilmiştir. Çalışma sonucunda her üç markör sistemi arasında yüksek
korelasyon bulunmuştur. Genotipler arasındaki gruplanmanın Cucurbita pepo’nun 3
alt türü (fraterna, texana ve pepo) ile uyumlu olduğu ve subps. fraterna’nın subsp.
texana’ya, subsp. pepo’dan daha yakın olduğu tespit edilmiştir.
Garcia-Mas ve ark. (2004), Cucumis cinsi içerisinde 17 türe ait toplam 25
genotipte filogenetik ilişkileri, ITS bölgesinin sekans analizleri ve SSR markörleri
![Page 38: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/38.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
25
ile araştırmışlardır. Ticari kavun ve hıyar çeşitlerinin yanı sıra karpuz ve kabak
olmak üzere iki farklı kabakgil türü de çalışmada yer almıştır. ITS bölgesi sekans
analiz verilerine göre Cucumis türleri; hıyar, kavun, C. metuliferus genotiplerini ve
yabani Afrika türlerini içeren 4 ana grup oluşturmuştur. SSR analizlerinde 14 adedi
kavundan, 3 adedi hıyardan geliştirilen 17 SSR primer çifti, 18 SSR lokusu
amplifiye etmiş ve Cucumis türlerini kavun, hıyar ve yabani Afrika türleri olmak
üzere 3 gruba ayırmıştır. Kavun SSR’larının % 43’ü hıyarda, hıyar SSR’larının ise
tamamı kavunlarda başarıyla amplifikasyon sağlarken, karpuz ve kabakta
amplifikasyon veren SSR’ların oranı daha düşük olup, sırasıyla % 22 ve % 16 olarak
belirlenmiştir.
Zhuang ve ark. (2004), farklı Cucumis türleri (C. sativus var. sativus L., C.
sativus. var. hardwickii (R.) Alef., C. hystrix, C. hytivus Chen & Kirkbride, C. melo
ve C. metuliferus Meyer and Naudin) arasındaki genetik ilişkileri belirlemek için
RAPD ve SSR markörlerini kullanmışlardır. 31 RAPD primerinden 200-3200 bp
aralığında % 96’sı polimorfik toplam 398 bant elde edilmiştir. SSR analizlerinde ise
15 SSR primeri 109 bant üretmiştir. Bu primerlerden 14’ü C. sativus var. sativus’da
amplifiye olmuş ve 9’u (% 64) polimorfik olarak belirlenmiştir. Her bir SSR’dan 1
ile 8 arasında olmak üzere toplam 55 allel elde edilirken, C. s. var. hardwickii’de 41
allel, C. hytivus’da 53 allel elde edilmiştir. C. hystrix’de 15 primerin 12’si (% 80)
amplifiye olmuş ve 31 adet allel üretmiştir. C. melo’da ise primerlerin % 57’si
polimorfik olup, toplam 53 allel tespit edilmiştir. C. melo var. conomon, C. melo var.
agrestis ve C. metuliferus türlerinde ise sırasıyla 38, 35 ve 29 adet allel amplifiye
olmuştur. Araştırma sonucunda, SSR ve RAPD markörleri kullanılarak belirlenen
genetik ilişkiler yüksek oranda uyumlu (r=0.94) bulunmuştur. SSR ve RAPD
analizleri 22 adet genotipi CS ve CM olarak iki ayırmıştır. CS grubu; 11 adet C.
sativus genotipi ile C. hytivus ve C. hystrix genotipleri, diğer grup CM ise 6 adet C.
melo genotipi ile C. metuliferus’u içermektedir. SSR ve RAPD markörleri ile C.
hystrix ve C. sativus arasındaki genetik farklılıklar sırasıyla 0.59 ve 0.57, C. hystrix
ve C. melo arasında ise 0.87 ve 0.70 olarak tespit edilmiştir.
Gonzalo ve ark. (2005), kavunda, genomik kütüphane ve EST veritabanı
kaynaklı 118 SSR markörü geliştirmişlerdir. Bu markörlerin % 49’u haritalama
![Page 39: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/39.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
26
populasyonu için ebeveyn olarak kullanılan Piel de Sapo ve PI 161375 kavun
genotipleri arasında polimorfizm göstermiştir. Genomik SSR’lardan (% 51.2) ve
EST-SSR’lardan (% 45.5) elde edilen polimorfizm seviyeleri de benzer bulunmuştur.
Nakata ve ark. (2005), 67 Japon kavun (C. melo L.) çeşidi arasındaki genetik
çeşitliliği, 25 RAPD ve 9 adet SSR primeri ile araştırmışlardır. Çalışmada yer alan
kavun çeşitleri var. cantalupensis (Earl’s, House, Galia, Charentais ve Ogen çeşit
tipleri), var. inodorus [(Honeydew ve Casaba kavunları); Amarillo, Piel de Sapo,
Rochet, Negro, Crenshaw ve Tendral çeşit tipleri] ve var. conomon (Oriental
çeşitlerini) olmak üzere 3 farklı türe aittir. RAPD primerlerinden boyutları 300-2300
bp arasında değişen, primer başına ortalama 2.4 olacak şekilde toplam 56 adet
polimorfik bant elde edilmiştir. SSR primerlerinden ise lokus başına ortalama 4 ve
toplamda da 36 adet allel elde edilmiştir. Her iki markör sistemi ile tespit edilen en
yüksek polimorfizm oranı [% 79 (RAPD), % 89 (SSR)] var. conomon’a ait Oriental
kavun çeşitlerinde belirlenmiştir. Genel olarak RAPD markörlerinden SSR
markörlerine göre daha yüksek polimorfizm elde edilmiş ve araştırıcılar bunun
nedeninin SSR markörlerinde incelenen lokus sayısının az olmasına bağlamışlardır.
Szabó ve ark. (2005), 47 kavun (C. melo) genotipi ve 15. yüzyıldan kaldığı
bilinen yerel bir genotip arasındaki genetik varyasyonu ITS, SSR ve SNP
yöntemleriyle araştırmışlardır. SSR analizlerinde 20 primer kullanılmış ve bunların
8’inden 40 allel elde edilmiştir. Primer başına düşen allel 2 ile 7 arasında değişmiş ve
ortalama olarak 5.7 bulunmuştur. Çalışma sonucunda tarihi yerel genotipin 47
genotip arasında genetik olarak eski bir yerel Macar genotipinden selekte edilen
Hogolyo adlı bir çeşide çok yakın olduğu tespit edilmiştir.
Dhillon ve ark. (2007), tarafından Hindistan’ın 2 farklı ekolojik bölgesinden
toplanan 36 Cucumis melo var. momordica genotipi arasındaki çeşitlilik morfolojik,
biyokimyasal ve genetik olarak (RAPD ve SSR markörleriyle) tespit edilmiştir.
RAPD analizlerinde sadece 3’ü monomorfik toplam 104 adet bant elde edilmiş ve
polimorfizm oranı % 96.6 olarak bulunmuştur. RAPD verileriyle yapılan kümeleme
analizlerinde 36 genotipin 6 gruba ayrıldığı ve aralarında yüksek seviyede genetik
varyasyon olduğu tespit edilmiştir. Hindistan orijinli bu 36 C. melo var. momordica
genotipi İspanya, İsrail, Kore, Japonya, Maldivler, Irak, Pakistan ve Hindistan’dan
![Page 40: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/40.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
27
gelen ve daha önce karakterize edilen referans genotiplerle SSR markörleri ile
karşılaştırılmıştır. SSR analizlerinde Danin Poleg ve ark. (2001) ve Gonzalo ve
ark. (2005) tarafından geliştirilen markörlerden 18 adedi kullanılmıştır. Analiz
sonucunda toplam 232 SSR alleli gözlenmiştir. Lokus başına düşen ortalama allel
sayısı Hindistan C. melo var. momordica genotiplerinde 10.3, referans genotiplerde
ise 7.5 olarak tespit edilmiştir. Allelerin çoğu (% 85) tüm genotiplerde, 89’u (% 38.4)
C. melo var. momordica genotiplerinde ve 36’sı da (% 15.5) sadece referans
genotiplerde görülmüştür. Çalışma neticesinde Hindistan orijinli C. melo var.
momordica genotiplerinin yüksek oranda genetik çeşitlilik gösterdiği saptanmıştır.
Kong ve ark. (2007), kavun gen bankasını tarayarak 5747 EST’den toplam
383 SSR markörü geliştirmişlerdir. Bunlar arasından daha önceki çalışmalarda
tanımlanmamış olan 56 adedi, 27 kavun ve 3 hıyar çeşidinde polimorfizmin ve
markörlerin türler arası transferini araştırmak amacıyla kullanılmıştır. 56 potansiyel
SSR marköründen 47 adedi beklenen şekilde amplifikasyon verirken, 4 adet primer
çifti hiç amplifikasyon vermemiş ve 5 primer seti de beklenenden çok büyük ürünler
oluşturmuştur. Başarıyla amplifikasyon veren primerlerin 22 adedi test edilen kavun
genotiplerinde polimorfik bulunmuştur. Lokus başına gözlenen allel sayısı 2 ile 5
arasında değişmiş ve ortalama 2.9 olarak tespit edilmiştir. Çalışma sonucunda EST-
SSR markörlerinin, kavunlarda ıslah programlarında genetik varyasyon analizlerinde
ve marköre dayalı seleksiyon çalışmalarında kullanılabileceği bildirilmiştir.
Fukino ve ark. (2007), kavunda SSR markörleri geliştirmiş ve bu
markörlerle farklı kavun genotipleri arasındaki polimorfizmi araştırmışlardır. Toplam
183 SSR markörü geliştirilmiş ve bunlar arasından rastgele seçilen 50 adedi 7 farklı
türe ait 19 kavun genotipi arasındaki polimorfizmin değerlendirilmesinde
kullanılmıştır. SSR markörlerinin tamamı genotiplerin çoğunda amplifikasyon
verirken, 42 adedi (% 85.7) polimorfik bulunmuştur. Polimorfik SSR markörlerinin
aynı türe ait en az 2 adet genotip arasındaki varyasyonu belirleyebildiği tespit
edilmiştir. Elli SSR markörünün 36 adedi (% 72) hıyarda (C. sativus L.) başarıyla
amplifiye olmuştur. Çalışma sonucunda geliştirilen SSR markörlerinin yüksek
oranda polimorfik ve transfer edilebilir olduğu belirlenmiştir.
![Page 41: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/41.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
28
Fukino ve ark. (2008), hıyarda (Cucumis sativus L.) SSR’larca zengin
genomik kütüphaneden SSR markörleri geliştirmişler ve genetik haritalama
yapmışlardır. Toplam 2304 klonun sekans analizi sonucu 313 SSR tespit edilmiş ve
bunlardan hem hıyarda (C. sativus L.), hem de kavunda (C. melo L.) belirgin şekilde
amplifikasyon veren ve polimorfik olan 101 primer çifti geliştirilmiştir. Hıyarda 101
SSR markörünün tamamı amplifikasyon göstermiş ve 91’i test edilen 3 genotipte
polimorfik bulunmuştur. Kavunda ise test edilen 3 genotipte 41 adedi polimorfik
olarak belirlenirken, 32 adedinde hiç amplifikasyon gerçekleşmemiştir. Hıyar için
geliştirilen SSR’ların hem hıyar, hem de kavunda amplifikasyon ve polimorfizm
göstermeleri bu markörlerin her iki tür için de kullanıma uygun olduğunu
açıklamaktadır.
Gong ve ark. (2008), kabaklarda (Cucurbita) mikrosatellit (SSR) markörleri
geliştirmiş ve bunların türler arası kullanım olanaklarını araştırmışlardır. Bu amaçla
C. pepo subsp. pepo çeşidi Ölkürbis’in ve C. moschata çeşidi Solar’ın SSR’larca
zengin kısmi genomik kütüphaneleri oluşturulmuş ve 2400 klon sekanslanmıştır. Bu
sekansların 1058 adedi (% 44) SSR içermiş ve 532 SSR primeri dizayn edilmiştir.
Primerlerden toplam 500 adet (193 adet C. pepo, 307 adeti C. moschata) allel elde
edilmiştir. Geliştirilen SSR markörlerinin türler arası aktarılabilirliğini araştırmak
için 3 adet C. moschata, 1 adet C. ecuadorensis ve 8 çeşit grubunu temsil eden 8 adet
C. pepo genotipinden oluşan toplam 12 genotip kullanılmıştır. C. pepo’dan
geliştirilen 193 primerin 155 adeti (% 80.3) polimorfik olup, 2-9 arasında allel
üretirken, C. moschata’dan geliştirilen 307 primerin 250 adeti (% 81.4) polimorfik
olarak tespit edilmiş ve 2-7 arasında allel oluşturmuştur. Her iki türde lokus başına
düşen ortalama allel sayısı 3.3’dür. Toplamda geliştirilen 500 primerin 405’i (% 81)
polimorfik bulunmuştur. Geliştirilen 193 C. pepo SSR markörünün 147’si (% 76.2),
307 C. moschata SSR markörünün 215’i (% 70) C. ecuadorensis türüne
aktarılabilmiş ve çoğu durumda sadece tek bir allel elde edilirken SSR’ların C. pepo
C. moschata arasında transferi daha yüksek oranlarda bulunmuştur. C. pepo
SSR’larının % 88’i C. moschata’da kullanılabilir olup, bunların % 30.1’i 3 adet C.
moschata genotipi arasında polimorfik bulunmuştur. C. moschata’dan elde edilen
SSR’ların ise % 87.3’ü C. pepo’da kulanılabilir olup, % 50.5’i 8 adet C. pepo
![Page 42: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/42.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
29
genotipinde polimorfizm üretmiştir. Sonuç olarak geliştirilen SSR’ların türler
arasında yüksek oranda transfer olabileceği ortaya konmuştur.
Watcharawongpaiboon ve Chunwongs (2008), hıyarda (Cucumis sativus
L.) genomik kütüphaneden mikrosatellit markörleri karakterize etmişlerdir. 860 klon
arasından 170’i SSR sekansı içermiş, bunların da 86 adedinden (% 50.6) primer
dizayn edilmiştir. Bu primerlerin 57 adedi (% 66.3) beklenen boyutlarda, 10 adedi de
(% 11.6) beklenmeyen boyutlarda PCR ürünleri oluştururken, 19 adedi hiç
amplifikasyon vermemiştir. Test edilen 57 primerin 45 adedi (% 52.3) 16 adet hıyar
genotipinde polimorfizm oluştururken, 12 adedi (% 14) monomorfik bulunmuştur.
Lokus başına düşen allel sayısı 7’ye kadar çıkmış ve ortalama 3.6 olmuştur.
Geliştirilen markörler hibrit testlerinde tohum saflığının belirlenmesinde de başarıyla
kullanılmıştır. Ayrıca markörlerinin farklı türlere (kavun, karpuz, balkabağı,
Momordica charantia) transferi de araştırılmıştır. Bu amaçla 20 adet markör test
edilmiş ve kavunda 13 adedi (65 %), Momordica charantia’da 11 adedi (55 %),
karpuzda 10 adedi (% 50) ve kabakta 7 adedi (35 %) PCR ürünü üretmiş ve böylece
çalışmada geliştirilen hıyar SSR’larının farklı türlere de transfer edilebileceği tespit
edilmiştir.
Tzitzikas ve ark. (2009), geleneksel Yunanistan ve Güney Kıbrıs Rum
Kesimi kavun (C. melo L.) çeşitleri arasındaki genetik çeşitliliği ve populasyon
yapısını 17 SSR markörü ile araştırmışlardır. Çalışmada 7 adedi Yunanistan’dan, 5
adedi Güney Kıbrıs Rum Kesimi’nden, 2 adedi ticari çeşit ve 7 adedi de farklı türlere
ait referans genotipler olmak üzere toplam 22 adet çeşit kullanılmıştır. Tüm SSR
markörleri polimorfik bulunmuş ve toplam 81 adet allel üretmiştir. Çeşitlerin tamamı
(43 ve 41 hariç) en az bir SSR markörü ile birbirinden ayrılmıştır. Referans
genotipler arasındaki genetik varyasyon daha yüksek olup, lokus başına ortalama 4
adet allel elde edilirken, Yunanistan ve Güney Kıbrıs Rum Kesimi çeşitlerinde bu
sayı 2.47 olarak tespit edilmiştir. Heterozigoti oranının ise çok düşük olduğu
belirlenmiştir. Yapılan analizler neticesinde Yunanistan ve Güney Kıbrıs Rum
Kesimi çeşitleri ile referans genotipler 5 ayrı gruba ayrılmıştır. Tüm çeşitler ayırt
edilebilmiş ve Güney Kıbrıs Rum Kesimi genotiplerinin inodorus türüne ait Piel de
Sapo çeşidi ile daha yakın olduğu, Yunanistan çeşitlerinin ise inodorus türüne ait Piel
![Page 43: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/43.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
30
de Sapo ile cantalupensis türüne ait Védrantais çeşidi arasında yer aldığı tespit
edilmiştir. Çalışma sonucunda Yunanistan ve Güney Kıbrıs Rum Kesimi geleneksel
çeşitleri arasında yüksek oranda genetik varyasyon olduğu ve Batı Akdeniz
çeşitlerine göre daha geniş bir germplazmdan geliştirildikleri bildirilmiştir.
2.3. Kabakgil Türlerinde ve Farklı Türlerde SRAP Markörleri ile Yapılan
Karakterizasyon Çalışmaları
Li ve Quiros (2001), yeni bir moleküler markör olan SRAP markör sistemini
geliştirmişlerdir. Araştırıcılar bu sistemi ilk olarak lahanada (Brassica oleracea L.)
rekombinant saf hatlardan (RIL) ve dihaploid hatlardan oluşan bir populasyonda test
etmişlerdir. Sekans analizleri sonucunda elde edilen markörlerin % 20’sinin ko-
dominant olduğu tespit edilmiştir. SRAP protokolü geliştirilirken PCR
amplifikasyonu için önce tek primer kullanılmış, ancak istenilen sonuçlar elde
edilememiştir. Farklı boyutlarda primerle de denemeler yapılmış ve sonuçta optimal
SRAP primerinin 17-18 bp uzunluğunda olduğu belirlenmiştir.
Ferriol ve ark. (2003), Cucurbita pepo’nun 2 alt türüne (ssp. pepo ve ssp.
ovifera) ait morfolojik olarak 8 gruba ayrılan 69 adet genotipi morfolojik ve
moleküler olarak karakterize etmişlerdir. Moleküler karakterizasyonda SRAP ve
AFLP markörleri kullanılmıştır. Analizler sonucunda 11 SRAP primer
kombinasyonu toplam 88 bant üretmiş ve bunlardan 64 adedi (% 72.7) polimorfik
bulunmuştur. SRAP markörleri ile AFLP markörlerine göre morfolojik çeşitlilikle
daha uyumlu bilgiler elde edilmiştir.
Budak ve ark. (2004a), 53 çim [Buchloe dactyloides (Nutt.) Elgelm.]
genotipi arasındaki genetik çeşitliliği SRAP markörleri ile incelemişlerdir.
Araştırmada 34 SRAP primer kombinasyonu denenmiş ve büyüklüğü 150-3500 bp
arasında değişen toplam 243 adet bant elde edilmiştir. Bu bantlardan 231 adedi
polimorfik olarak tespit edilmiştir. Kümeleme (Cluster) analizleri UPGMA metodu
kullanılarak yapılmış ve genotipler arasındaki benzerlik oranı 0.33-0.99 arasında
bulunmuştur. Temel bileşenler analizlerinde de kümeleme analizlerine benzer gruplar
![Page 44: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/44.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
31
elde edilmiştir. Her iki analiz metodu da genotipleri ploidi seviyelerine göre
ayırabilmiştir.
Ferriol ve ark. (2004a), Cucurbita maxima’nın lokal populasyonlarından
oluşan bir koleksiyonun morfolojik ve moleküler karakterizasyonunu yapmışlardır.
Araştırmada moleküler markör tekniği olarak SRAP ve AFLP kullanılmıştır. SRAP
markör tekniği genotipleri agronomik özelliklerine göre gruplarken, AFLP markör
tekniği coğrafi orijinlerine göre gruplamıştır.
Ferriol ve ark. (2004b), morfolojik ve orijin olarak birbirinden farklı 47
Cucurbita moschata genotipinin moleküler karakterizasyonunda SRAP ve AFLP
markör tekniklerini kullanmışlardır. SRAP analizleri sonucunda 11 primer
kombinasyonu 148 bant oluşturmuş ve bunlardan 98 adedi (% 66.2) polimorfik
olarak tespit edilmiştir. Sonuçlar morfolojik karakterizasyon verileriyle uyumlu
bulunmuştur.
Gülşen ve ark. (2005), farklı coğrafik orijinlere sahip 56 adet çim [Buchloe
dactyloides (Nutt.) Elgelm.] genotipinde genetik çeşitliliği SRAP markörleriyle
araştırmışlardır. Çalışmada 25 primer kombinasyonu kullanılarak toplam 95 adet
markör elde edilmiştir. Genotiplerin tamamı birbirinden ayrılmış ve genetik
benzerlik oranlarının 0.70 ile 0.95 arasında olduğu tespit edilmiştir.
Ruiz ve Garcia-Martinez (2005), İspanya’da birbiriyle yakın ilişkili yerli
domates çeşitlerinde genetik çeşitliliği araştırmak amacı ile SSR ve SRAP
markörlerini kullanmışlardır. Çalışmada farklı bölgelerden 3 tipi temsil eden yerel
çeşitler yanında, bazı ticari çeşitler ve birkaç yabani genotip yer almıştır. Her iki
markör sistemi de farklı gruplarda yer alan genotipleri birbirinden ayırmış, ancak
SSR markörleri aynı gruba giren bazı genotipleri ayırmada başarılı olamamıştır.
Cravero ve ark. (2007), yabani [Cynara cardunculus var. sylvestris (Lam.)
Fiori ve Cynara cardunculus var. cardunculus] ve kültür (Cynara cardunculus var.
scolymus) tiplerinden oluşan 26 enginar genotipinde genetik çeşitliliği SRAP
markörleriyle değerlendirmişlerdir. Çalışmada toplam 15 primer çifti kullanılmış,
ancak bunların 7 adedinden güvenilir ve parlak bantlar elde edilmiştir. Yapılan
kümeleme (Cluster) analizleri neticesinde yabani tipler, kültür tiplerinden belirgin bir
![Page 45: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/45.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
32
şekilde ayrılmıştır. Sonuç olarak SRAP markörlerinin genetik çeşitliliğin
araştırılması için uygun bir yöntem olduğu bildirilmiştir.
Espósito ve ark. (2007), 40 adet bezelye (Pisum sativum L.) çeşidinde
genetik çeşitliliği SRAP ve morfolojik markörlerle araştırmışlardır. Çalışmada
toplam 7 primer kombinasyonu kullanılmış ve büyüklükleri 400-1200 bp arasında
değişen toplam 162 bant elde edilmiştir. Her bir primer başına düşen ortalama bant
sayısı 23’tür. Yapılan kümeleme analizleri neticesinde genotipler 4 farklı gruba
ayrılmıştır. Her ne kadar moleküler ve morfolojik markörlerden elde edilen verilerle
ayrı ayrı yapılan analizler, genotipler arasındaki genetik çeşitliliği ortaya koyma
açısından benzerlik gösterse de, grupların oluşmasında genotiplerin orijinlerinin
herhangi bir rolü olmadığı tespit edilmiştir. Her iki yöntemin verileriyle elde edilen
benzerlik indeksleri arasında 0.70 korelasyon bulunmuştur.
Gülşen ve ark. (2007), 23 bamya (Abelmoschus esculentus L. Moench.)
genotipinde genetik çeşitliliği SRAP ve fenotipik markörlerle araştırmışlardır. Yirmi
biri Türkiye’den, 2’si ise ABD’den seçilen genotiplerin değerlendirilmesinde 39
primer kombinasyonu kullanılmış ve % 50’si polimorfik olan toplam 97 skorlanabilir
bant elde edilmiştir. Primer başına elde edilen bant sayısı 2-6 olup, büyüklükleri 110-
1400 bp arasında değişmiştir. Genotiplerin 17’si (% 74) ortalama 0.93 benzerlik
seviyesinde birbirinden ayrılmıştır. Benzerlik matriksi ve dendrogram arasında
yüksek düzeyde korelasyon (r=0.94) bulunmuştur. SRAP markör tekniğinin
bamyalarda genetik çeşitliliğin ve ilişkilerin araştırılmasında, marköre dayalı
seleksiyon (MAS) ve genetik haritalama çalışmalarında kullanılabileceği
bildirilmiştir.
İnan (2008), Cucurbita pepo, Cucurbita moschata ve Cucurbita maxima
türlerine ait toplam 24 adet kabak genotipinde morfolojik ve moleküler
karakterizasyon yapmıştır. Çalışmada moleküler teknik olarak SRAP ve ISSR
markörleri kullanılmıştır. Sekiz SRAP primer kombinasyonu test edilmiş ve tamamı
polimorfik olan toplam 71 adet bant elde edilmiştir. Primer başına düşen toplam
polimorfik bant sayısı 3-19 (ortalama 8.88) arasında değişmiştir. Kabak genotipleri
arasında genetik benzerlik indeksi ise 0.13 ile 1.00 arasında değerler almıştır. Veriler
NTSYS programında analiz edilmiş ve dendrogramlar UPGMA metoduyla
![Page 46: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/46.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
33
oluşturulmuştur. SRAP analizleri sonucunda genotiplerin tamamının birbirinden
ayrılmadığı görülmüştür. ISSR ve SRAP arasındaki korelasyonun çok yüksek
(r=0.947) olduğu gözlenmiştir.
Li ve ark. (2008), 20 adet yeşil soğan (Allium fistulosum L.) çeşidi arasındaki
genetik çeşitliliği SRAP ve SSR markörleri ile araştırmışlardır. SRAP analizlerinde
256 primer çifti test edilmiş ve bunlardan 161 adedi (% 62.9) toplam 336 adet
polimorfik bant oluşturmuştur. Her bir primer başına elde edilen bant sayısı 1 ile 6
arasında değişmiş ve ortalama 2.1 olarak tespit edilmiştir. Yapılan analizler sonucu
20 çeşit arasındaki genetik benzerlik (GS) katsayısı ise 0.464 ile 0.938 arasında
değişmiş, ortalama 0.703 olarak bulunmuştur. Çalışma sonucunda SRAP
markörleriyle elde edilen genetik çeşitliliğe ait bilgilerin, SSR markörlerine göre
morfolojik verilerle daha uyumlu olduğu bildirilmiştir. Genetik çeşitliliğin
araştırılmasında SRAP markörlerinin, genetik saflığın belirlenmesi ve çeşit tespitinde
ise SSR markörlerinin kullanımı önerilmiştir.
Mutlu ve ark. (2008), patlıcanda Fusarium solgunluğuna dayanıklılık geni
ile bağlantılı SRAP, SRAP-RGA, RAPD ve SCAR markörleri geliştirmek amacıyla
F2 ve BC1 populasyonuna ait DNA’ları 2316 primer kombinasyonuyla taramışlardır.
SRAP analizlerinde 208 farklı primer kombinasyonu kullanılmış ve primer başına
ortalama 2.9 bant elde edilmiştir. Çalışma sonucunda, ko-dominant SRAP markörü
Me8/ Em 5 ve dominant SRAP-RGA markörü Em12/GLPL2’nin birbiriyle bağlantılı
oldukları ve dayanıklılık genine 1.2 cM mesefade yer aldıkları tespit edilmiştir.
Tamam (2008), avokadonun iki ırkını temsil eden 13 çeşit ile Meksika
Guatemala melezi olan 7 çeşit içeren toplam 20 çeşitte SRAP ve RAPD markörleri
ile moleküler karakterizasyon yapmıştır. Çalışmada kullanılan 18 RAPD primerinden
116, 21 SRAP primer kombinasyonundan ise 122 bant elde edilmiştir. SRAP
primerleri ile elde edilen 122 bantın 27 adedi monomorfik, 95 adedi ise polimorfik
olup, polimorfizm oranı % 77’dir. Bant büyüklüklerinin 95-1500 bp arasında olduğu
saptanmıştır. Genotipler arasındaki benzerlik indeksi 0.44-0.96 arasında değişmiştir.
Çalışma sonucunda iki markör sistemi karşılaştırıldığında RAPD ile % 96, SRAP ile
% 77 oranında polimorfizm elde edilmiş ve RAPD yönteminin avokado çeşitlerini
ayırmada daha başarılı olduğu saptanmıştır.
![Page 47: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/47.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
34
Wang ve ark. (2008), 35 turp çeşidinde genetik çeşitliliği RAPD, ISSR ve
SRAP markörleriyle araştırmışlardır. Çalışmada 35 RAPD, 22 ISSR primeri ve 17
SRAP primer kombinasyonu kullanılmıştır. Bu markör sistemlerinden sırasıyla %
85.44, % 85.20 ve % 85.41 oranında polimorfizm elde edilirken, genotiplerin
ortalama benzerlik katsayısı da 0.781, 0.787, 0.764 olarak bulunmuştur. Her 3
markör sisteminin tüm çeşitleri ayırmada başarılı olduğu belirlenmiştir.
Dendrogramlar UPGMA metoduna göre oluşturulmuştur. RAPD ve ISSR markörleri
çeşitleri 3 gruba ayırırken, SRAP markörleri 2 gruba ayırmıştır. Üç markör
sisteminden elde edilen verilerin birleştirilmesiyle oluşturulan dendrogramda 35 çeşit
orijinleri ve genel özellikleriyle yüksek oranda uyumlu 3 ana gruba ayrılmıştır.
Sonuçlar her 3 markör sisteminin de turp çeşitlerinde genetik çeşitliliğin
belirlenmesinde etkili olduğunu ortaya koymuştur.
Gülşen ve ark. (2009), Türkiye’den toplanmış 182 adet çim (Cynodon
dactylon) genotipinde ploidi seviyesini, ploidi seviyesi ile genetik çeşitlilik
arasındaki ilişkileri, genetik çeşitlilik ile coğrafi dağılım ve ploidi seviyesi arasındaki
ilişkileri, ayrıca genetik çeşitliliğin araştırılmasında kullanılan 4 farklı markör sistemi
(SRAP, RAPD, POGP, ISSR) arasındaki korelasyonu araştırmışlardır. Çalışmada 34
SRAP primer kombinasyonundan 185, 13 POGP primer kombinasyonundan 85, 8
ISSR primerinden 61 ve 8 RAPD primerinden 85 adet olmak üzere toplam 407 adet
polimorfik bant elde edilmiştir. Genotipler arasındaki genetik farklılık ise 0.50 ile
0.98 arasında değişmiştir. Sonuç olarak 4 farklı markör sisteminin genotipler
arasındaki genetik çeşitliliği belirlemede farklılık gösterdiği saptanmıştır.
Uzun (2009), Türkiye turunçgil koleksiyonlarında bulunan turunçgil türleri
ve bunların akraba gruplarına ait toplam 825 adet genotipte genetik çeşitliliği SRAP
markör tekniği ile araştırmıştır. Çalışmada 21 adet primer kombinasyonu kullanılmış
ve materyaller tür gruplarına göre 8 ayrı gruba ayrılarak çalışılmıştır. Veriler her
grup için ayrı ayrı ve daha sonra gruplar kombine edilerek değerlendirilmiştir. Bütün
genotiplerin benzerlik düzeyleri 0.21 ile 1.00 arasında değişmiştir. Turunçgil
türlerinden; portakal, limon, altıntop ve turunç türleri içerisinde varyasyonun çok
düşük düzeyde olduğu saptanmıştır. SRAP markörleri kullanılarak yapılan bu
![Page 48: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/48.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
35
çalışma ile Türkiye’nin turunçgil genetik kaynaklarının genetik çeşitliliği ortaya
konulmuştur.
2.4. Karpuzlarda Fusarium Solgunluğu Üzerine Yapılan Çalışmalar
Netzer (1976), İsrail’de lokal Fusarium oxysporum f.sp. niveum (Fon)
izolatları ile 3’ü ABD’den, 1’i Yunanistan’dan getirilen ve çok virülent olarak
değerlendirilen izolatların patojenisitesini karşılaştırmıştır. Lokal izolatların hepsi ve
Yunanistan’dan getirilen 1 izolat Fusarium solgunluğuna dayanıklı 5 ABD çeşidinin
tamamında solgunluk oluştururken, ABD izolatları solgunluk oluşturmamıştır.
Martyn ve Mclaughlin (1983), karpuz çeşitlerinin.(Fon)’a karşı
dayanımlarında farklı inokulum konsantrasyonlarının etkilerini araştırmışlardır.
İnokulum konsantrasyonu olarak 1x103, 1x104, 1x105 ve 1x106 konidi/ml
denenmiştir. Dayanıklılık düzeyi için bir skala yapılmış ve solgunluk % 80’den fazla
ise “duyarlı”, % 51-80 arasında ise “düşük seviyede dayanıklı”, % 21-50 arasında ise
“orta seviyede dayanıklı” ve % 20’den azsa “dayanıklı” olarak 4 grup
oluşturulmuştur. Çeşitlerin çoğu inokulum konsantrasyonunun artmasıyla birlikte
dayanıklılık açısından bir alt seviyeye düşmüştür. Dixilee ve Smokylee çeşitleri ise
1x106 konsantasyonunda dahi yüksek oranda dayanıklılıklarını koruyabilmişlerdir.
Martyn (1987), Teksas’da karpuz yetiştirilen alanlardan izole ettiği 2 adet
izolatın, Fusarium solgunluğuna yüksek oranda dayanıklı çeşitlerde dahi % 90
oranında ölüme neden olduğunu ve bu izolatların ırk 2’ye ait olduğunu bildirmiştir.
Wang ve Zhang (1988), karpuz Fusarium solgunluğuna dayanıklılık
açısından farklı inokulasyon metodlarının karşılaştırmasını yapmışlardır.
Araştırıcılar, kök daldırma yönteminin daha hızlı olduğu ve doğru sonuç verdiğini
tespit etmişlerdir. İnokulasyon için optimum spor konsantrasyonu 5x103 spor/ml, kök
daldırma süresi ise 3 dakika olarak belirlenmiştir. Orijini farklı 79 karpuz genotipi
Fusarium solgunluğuna dayanım bakımından kök daldırma inokulasyon yöntemi
kullanılarak testlenmiştir. Afrika, Batı Avrupa ve bazı Amerika orijinli genotipler
dayanıklı, Xingliang, Rusya ve Huabei orijinli genotipler ise hassas olarak tespit
edilmiştir.
![Page 49: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/49.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
36
Netzer ve Martyn (1989), Fon’un 2 no’lu ırkının İsrail ve ABD’de tespit
edildiğini ve bu ırka karşı dayanıklı çeşit geliştirme çalışmalarının 1978 yılında
başladığını bildirmişlerdir. Yapılan testler sonucunda yabani karpuz genotipi PI
296341’in İsrail, Oklahama ve Teksas’dan izole edilen 2 no’lu ırka dayanıklı iken,
Calhoun Gray çeşidinde bitkilerin tamamının öldüğü tespit edilmiştir.
Biles ve Martyn (1989), Fusarium oxysporum’un farklı alt türleri ile yapılan
ön inokulasyonun karpuzlarda Fon’a karşı dayanıklılığı arttırdığını saptamışlardır.
Denemede Fon’a farklı düzeylerde dayanıklı karpuz çeşitlerine ait fideler, karpuzda
solgunluk oluşturmayan F. oxysporum f.sp. cucumerinum ve virulent olmayan F.
oxysporum f.sp. niveum ırk 0 ve 1 ile inokule edilmiştir. Ön inokulasyondan 24 ve 72
saat sonra virulent ırk olan Fon ırk 2’nin inokulasyonu gerçekleştirilmiştir. Sonuçta
yapılan tüm ön inokulasyonların karpuzlarda Fusarium solgunluğu belirtilerini
önemli ölçüde azalttığı saptanmıştır. Fon’un virulent olmayan ırklarının F.
oxysporum f. sp. cucumerinum’a göre ve inokulasyonlar arası 72 saatlik zaman
diliminin de 24 saate göre daha etkin bir koruma sağladığı tespit edilmiştir.
Filiz ve Turhan (1991), Ege Bölgesi’nin İzmir, Manisa ve Aydın illerinde
karpuz Fusarium solgunluğu ırklarını ve bu ırklara karşı karpuz çeşitlerinin
dayanıklılığını araştırmışlardır. Elde edilen 37 adet Fon izolatından 2’si ırk 0, 8’i ırk
1 ve 27’si ırk 2 olarak tanımlanmıştır.
Ioannou ve Poullis (1991), Güney Kıbrıs Rum Kesimi’nde karpuz üretimi
yapılan bölgelerde Fon’un görülme oranını belirlemek amacıyla survey çalışması
yapmışlardır. Üretimde dayanıklı çeşitler (genellikle Crimson Sweet) kullanılmasına
rağmen, örnek alınan tüm tarlalarda hastalık tespit edilmiştir. On iki Fusarium
izolatının patojenisitesi sera koşullarında, 1 hassas ve 3 dayanıklı çeşit kullanılarak
testlenmiştir. Testler sonucunda izolatlar 3 gruba ayrılmış, bunlardan biri 4 çeşitte de
yüksek oranda virülent bulunmuştur. Bu izolat, 21’i Fon’a dayanıklı olarak rapor
edilen 30 yeni karpuz çeşidinde testlenmiş, ancak çeşitlerin tamamı bu izolata karşı
çok duyarlı bulunmuştur.
Martyn ve Netzer (1991), PI 296341 karpuz genotipinin Fon’un 0, 1 ve 2
no’lu ırklarına karşı dayanıklılığını araştırmışlardır. Çalışmada farklı coğrafi
bölgelerden toplanan Fon’un 0, 1 ve 2 no’lu ırklarına ait izolatlar ve farklı
![Page 50: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/50.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
37
inokulasyon metodları (kök uçlarına inokulasyon, fide tepsilerini inokuluma
daldırma ve inokule edilen patojen topraklara ekim) denenmiştir. Sonuçta PI 296341
genotipinin, 3 farklı inokulasyon yönteminde 2 no’lu ırk’a karşı % 0-5 oranında
solgunluk oluşturduğu gözlenirken, 3’ünün ırk 1 ve 1’inin ırk 0 izolatına karşı % 100
dayanıklı olduğu tespit edilmiştir.
Freeman ve Rodriguez (1993), Fon’un patojenisitesinin değerlendirilmesi
amacıyla hızlı bir inokulasyon tekniği geliştirmişlerdir. Bu teknikte, kökleri
traşlanmış fideler konidi süspansiyonuna daldırılmış ve. inokulasyon sonucunda
hastalık hızla gelişmiştir. Uygulamadan 4-6 gün sonra karpuz fidelerinin % 50’si
ölmüştür. Patojenisitenin hızlı bir şekilde değerlendirilebilmesiyle birlikte, daha az
zaman ve işgücü gerektirmesinin yöntemin avantajları olduğu bildirilmiştir.
Yücel ve ark. (1999), karpuzda Fon’un rklarının ve bu ırklara karşı bazı
karpuz çeşitlerinin reaksiyonlarının belirlenmesi üzerine çalışmışlardır. Solgun bitki
örneklerinden 67 Fusarium izolatı elde edilmiş, ancak 47’sinin patojen olduğu tespit
edilmiştir. Test sonuçlarına göre Fusarium izolatlarının 3’ü ırk 0, 30’u ırk 1 ve 14’ü
ırk 2 olarak saptanmıştır. Denemede 19 karpuz çeşidi, Fon’un 3 ırkına karşı
testlenmiştir. Bu çeşitler, 0 ve 1 no’lu ırka karşı yüksek veya orta derecede dayanıklı
bulunurken, tüm çeşitler ırk 2’ye duyarlı veya az dayanıklı bulunmuşlardır.
Xu ve ark. (1999), yabani karpuz türü Citrullus lanatus var. citroides
genotipi olan PI 296341’de RAPD yöntemini kullanarak Fusarium solgunluğunun 1
no’lu ırkına karşı dayanıklılık sağlayan gene bağlı moleküler markör
geliştirmişlerdir. Fusarium solgunluğunun 1 no’lu ırkına dayanıklılık tek bir
dominant gen tarafından kontrol edilmektedir. RAPD markörü OPP01/700’ün
dayanıklılık genine bağlantısı kanıtlanmıştır. Çalışma neticesinde moleküler markör
yardımıyla (MAS) Fusarium solgunluğunın 1 no’lu ırkına dayanıklılık bakımından
seleksiyon yapılmıştır.
Michail ve ark. (2002), tohum kökenli Fon infeksiyonunun bitkilerde
oluşturduğu solgunluk üzerine araştırma yapmışlar ve bu amaçla 5 farklı karpuz
çeşidinden tohum örnekleri almışlardır. Karpuz tohum parçalarından yapılan
izolasyonda, Fon’un tohumda testa, kotiledon ve embriyo ekseninde varlığı tespit
edilmiştir. Fungus çoğunlukla testada yer almıştır. Karpuzlarda hastalıkla bulaşık
![Page 51: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/51.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
38
tohumların bitkilerde solgunluk oluşumu üzerine önemli etkileri bulunmuştur.
Tohumlar yüksek (% 23-31.5) ve orta derecede (% 8.5-9.5) bulaşık iken, hastalığın
görülme oranı sırasıyla % 47.5-57.5 ve % 45-55 olacak şekilde artmıştır. Tohum
bulaşıklığı düşük seviyelerde (% 1.5-2.5) iken, bitkilerde solgunluk oranı % 5-10’u
geçmemiştir.
Boyhan ve ark. (2003), ABD Tarım Bakanlığı bünyesinde yer alan karpuz
genetik kaynak koleksiyonunun Fon ırk 2’ye karşı dayanıklılığını
değerlendirmişlerdir. Çalışmada 58 farklı ülkeden toplanan 1411 genotip 0-9 skalası
iletest edilmiştir. Hiç hastalık belirtisi göstermeyen genotiplerin skala puanı 0 olarak
belirlenmiş, gövdedeki renk bozuklukları ve lezyonların artış seviyesine göre skala
değerleri artmış ve ölü bitkiler de 9 puan almıştır. Test edilen genotiplerin 11 adedi
3.5 ve daha altında ve büyük bir çoğunluğu da 5-8 arasında puan alırken, 63
genotipte hiçbir belirti görülmemiştir.
Chen ve ark. (2003), etmeni Fon olan Fusarium solgunluğuna karşı 128
karpuz genotipini kök daldırma yöntemiyle testlemişlerdir. Genotiplerden 7’si
yüksek derecede dayanıklı (HR), 18’i orta derecede dayanıklı (MR), 22’si orta
derecede duyarlı (MS) ve 81’i duyarlı (S) bulunmuştur.
Yetişir ve ark. (2003), karpuzda aşılama amacıyla kullanılan Lagenaria,
Luffa, Benincasa gibi bazı kabakgillerin ve ticari anaçların Fusarium solgunluğuna
karşı dayanıklılığını değerlendirmişlerdir. Testler sonucunda tüm aşılı bitkiler ve
anaçlar Fon’un bilinen 3 ırkına (0, 1, 2) dayanıklı iken, aşısız ticari karpuz çeşidi
Crimson Tide 2 no’lu ırka karşı duyarlı bulunmuştur.
Zhou ve Everts (2003), Maryland ve Delaware’de ticari olarak karpuz
yetiştiriciliği yapılan tarlalarda Fon ırklarının ve inokulum yoğunluğunun
belirlenmesi üzerine bir araştırma yapmışlardır. Yirmibeş farklı tarladan 63 izolat
elde edilmiş ve bu izolatların çeşitler üzerindeki virülenslikleri test edilmiştir.
İzolatlardan 13 adedi (% 21) 0 no’lu ırk, 36 adedi (% 57) 1 no’lu ırk ve 14 adedi (%
22) de 2 no’lu ırk olarak tespit edilmiştir. Irk 0, 12 (% 48) tarlada görülürken, ırk 1,
10 (% 40) tarlada görülmüştür. En agresif ırk olan 2 no’lu ırk ise Maryland’de 5,
Delaware’de ise 1 tarlada olmak üzere toplam tarlaların % 24’ünde tespit edilmiştir.
Karpuz hasat zamanında Fon’un topraktaki inokulum yoğunluğu 100-1200 CFU/g
![Page 52: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/52.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
39
arasında değişmiştir. Fon’un patojenisite oranı inokulum yoğunluğunun artmasıyla
doğrusal oranda artmıştır.
Zhou ve Everts (2004a), Fon’un 1 no’lu ırkının karpuz kök ve gövde
dokularındaki kolonizasyonunu ve kolonizasyonun dayanıklılık üzerine etkilerini
incelemişlerdir. İnokulasyondan 6 gün sonra yüksek derecede dayanıklı, orta
derecede dayanıklı ve duyarlı çeşitlerin fidelerinde gövdenin alt kısımlarındaki taze
dokularda yapılan sayımlarda, Fon ırk 1; 102, 103, 104 CFU/g bulunmuştur.
Fidelerdeki solgunluk oranı ile köklerdeki ve gövdenin alt kısımlarındaki Fon’un
kolonizasyonu arasında pozitif korelasyon tespit edilmiştir. Verim, dokulardaki
kolonizasyonun artmasıyla birlikte azalmıştır.
Zhou ve Everts (2004b), tüylü fiği (Vicia villosa) karpuzda Fusarium
solgunluğunu kontrol etmek amacıyla kullanmışlardır. Yapılan sera çalışmalarında
toprağa karıştırılan % 0.25-0.5 oranındaki kuru fiğin hastalık çıkışında % 54-69
oranında azalma sağladığı tespit edilmiştir. Fiğ ile birlikte siyah malç kullanımı da
hastalıkta % 42-48 oranında azalma sağlamıştır. Bu yöntemin dayanıklı çeşit
kullanımı ve ürün rotasyonuna alternatif olabileceği bildirilmiştir.
Egel ve ark. (2005), Amerika’da, Güneybatı Indiana’da Knox ve Gibson
kasabalarında yer alan ticari karpuz tarlalarında tipik Fusarium solgunluğu belirtileri
gözlemişlerdir. Karpuz çeşitlerinin 0 ve 1 no’lu ırklara dayanıklı olmasından dolayı,
solgunluk nedeninin Fon’un 2 no’lu ırkı olduğundan şüphelenilmiştir. İki ticari
tarladaki solgun bitkilerden 2 adet, Fusarium oxysporum f.sp. niveum izolatı elde
edilmiş ve serada patojenisite testleri yapılmıştır. İzolatlar, Black Diamond çeşidinde
% 100, Charleston Gray çeşidinde % 95 ve Calhoun Gray çeşidinde ise % 80
oranında solgunluk oluşturmuştur. Bu oranlar ırk 2’nin bu çeşitlerde oluşturduğu
daha önce tespit edilen oranlarla uyumlu olup, çalışma ABD’nin Indiana ve Ortabatı
bölgesinde ırk 2’nin tespiti ile ilgili ilk rapordur.
Ay (2008)’ın Çukurova’da Fon’un ırklarını ve bu ırklara karşı karpuz
çeşitlerinin reaksiyonlarını belirlemek amacıyla yaptığı çalışmada, Adana ve Mersin
illerinden toplanan 25 izolatın, 14’ü ırk 2, 7’si ırk 1 ve 4’ü ırk 0 olarak saptanmıştır.
Çukurova bölgesinde yoğun olarak yetiştirilen 23 karpuz çeşidinin ırklara karşı
![Page 53: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/53.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
40
verdikleri reaksiyonlar karşılaştırıldığında tüm çeşitlerin, ırk 2’ye karşı hassas olduğu
ve ortalama hastalık şiddetinin % 30.6 ile % 68.1 arasında değiştiği belirlenmiştir.
Kurt ve ark. (2008), Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu bölgelerindeki
karpuz ekim alanlarında Fon’un fizyolojik ırklarını ve inokulum yoğunluklarını
araştırmışlardır. Hastalığın ortalama oluşum düzeyi ve yaygınlığı Güneydoğu
Anadolu Bölgesi’nde Akdeniz Bölgesi’ne göre daha yüksek olmuştur. Ortalama
hastalık yaygınlığı % 14.3 ile % 77.3 arasında değişmiştir. Akdeniz Bölgesi’nden
elde edilen izolatların % 47.5’i ırk 0, % 38.1’i ırk 1 ve % 14.3’ü de ırk 2 olarak tespit
edilmiştir. Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nden elde edilen izolatların ise 4’ünün ırk 0,
8’inin ırk 1 olduğu tanımlanmış olmakla birlikte, bu bölgede ırk 2 saptanmamıştır.
Her iki bölgede inokulum yoğunluğu 116.1 ile 4444.7 CFU g-1 arasında değişmiş ve
Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde ortalama inokulum yoğunluğunun (1547.2 CFU g-
1) Akdeniz Bölgesiyle karşılaştırıldığında daha yüksek olduğu görülmüştür.
Lin ve ark. (2009a), Fusarium solgunluğuna dayanıklı çeşit ıslah
programlarını hızlandırmak amacıyla, dayanıklı çeşitlerin belirlenmesini hızlı ve
güvenilir şekilde sağlayan PCR’a dayalı bir teknik geliştirmişledir. G05-SCAR
primer seti olan GsF5/GsR5, OPG05 RAPD primerinin dayanıklı bireylerde
amplifiye ettiği bandın sekans analizi sonucu elde edilmiştir. Bu SCAR primeri
(GsF5/GsR5) sadece Fusariuma dayanıklı veya tolerant olan genotiplere spesifik
olmak üzere 898 bp’de bant oluşturmuştur. Fusariuma duyarlı 12 çeşit, 1 hat (SB) ve
dayanıklı 8 hatta SCAR primeri (GsF5/GsR5) ile yapılan tarama çalışmasında
OPG05-898 markörü tüm dayanıklı hatlarda tespit edilirken, duyarlı olarak bilinen
hat ve çeşitlerde görülmemiştir.
Zhou ve ark. (2010), Maryland’de solgunluk gösteren karpuz bitkilerinden
ve hastalıklı topraklardan toplanan 4 adet Fon izolatının virülensliğini, konukçu
çeşitliliğini ve vejetatif uyumluluğunu hastalığın 0, 1 ve 2 no’lu ırklarının referans
izolatlarıyla karşılaştırmışlardır. Irk tanımlamasında referans çeşitler olan Sugar
Baby, Charleston Gray, Dixilee, Calhoun Gray ve PI 296341-FR kullanılmıştır.
İnokulasyon yöntemi olarak kök daldırma, tepsi daldırma ve pipet yöntemlerinden
yararlanılmıştır. Maryland izolatlarının dördü de oldukça virülent bulunmuş ve 2
no’lu ırka karşı yüksek düzeyde dayanıklı olan PI 296341-FR’nin de yer aldığı ırk
![Page 54: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/54.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
41
ayırıcı çeşitlerde % 78 ile % 100 arasında solgunluk oluşturmuştur. İzolatlar, PI
296341-FR bitkilerinde gövdenin alt kısımlarında referans ırk 2 izolatından çok daha
yoğun bir şekilde kolonize olmuşlardır. Mini tarla parsellerinde yapılan denemelerde
de, 2 izolat, ırk 2’nin hastalık oluşturmadığı PI 296341-FR genotipinde % 90’ın
üstünde solgunluğa neden olmuştur. İzolatların kavun, hıyar, balkabağı ve kabakta
hastalık oluşturmaması, karpuza spesifik olduklarını göstermiştir. Ayrıca Maryland
izolatlarının vejetatif olarak birbirleriyle uyumlu olup, referans ırk 2 izolatlarıyla
uyumlu bulunmamaları genetik olarak ırk 2’den farklı olduklarını doğrulamıştır. Bu
çalışma ile, Maryland izolatlarının Fon’un yeni ve bugüne kadar tanımlanan en
agresif ırkı olan “ırk 3” olduğu önerilmektedir.
![Page 55: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/55.jpg)
2. ÖNCEKİ ÇALIŞMALAR İlknur SOLMAZ
42
![Page 56: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/56.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
43
3. MATERYAL ve METOD
Araştırma, Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü
moleküler biyoloji laboratuvarı ile araştırma ve uygulama serasında yürütülmüştür.
3.1. Materyal
Çalışmada, Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü’ne
ait karpuz genetik kaynak koleksiyonundan seçilen 88 adet genotip ile 5 adet ticari
çeşitten oluşan toplam 93 adet genotip kullanılmıştır. Söz konusu genotiplerin çoğu
TÜBİTAK tarafından desteklenen 104O073 no’lu “Karpuz Genetik Kaynaklarının
Morfolojik ve Genetik Karakterizasyonu” (Sarı ve ark., 2007b) adlı proje
kapsamında Türkiye’nin farklı bölgelerine yapılan ziyaretler sonucu toplanmıştır.
Genotiplerin adı, orijini ve türlerine ait detaylar Çizelge 3.1’de, genotiplerin olgun
meyve resimleri ise Şekil 3.1’de sunulmuştur.
Çalışmada yer alan genotiplerin bölgelere göre dağılımına bakıldığında, ilk
sırayı 32 adet (% 34.40) genotiple yerel karpuzlar bakımından son derece zengin olan
Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nin aldığı görülmektedir. Ege ve Marmara Bölgeleri de
8’er genotiple temsil edilmektedir. Orta Anadolu Bölgesi’nden 6 (% 6.45) ve Akdeniz
Bölgesi’nden de 4 adet (% 4.30) genotip çalışmada yer almaktadır. Yedi adet (%
7.53) genotip, Türkiye Gen Bankası olan Menemen Tarımsal Araştırma
Enstitüsü’nden temin edilmiş, ayrıca yurtdışından getirilen materyallere (4 adet
KKTC’den, 2 adet Mısır’dan, 1 adet Fransa’dan ve 1 adet Özbekistan’dan) de yer
verilmiştir. Çalışmada Citrullus lanatus var. citroides alt türü 2 (PI 270563, PI
482293), Citrullus colocynthis türü 2 (PI 220778, PI 432337), Citrullus rehmii alt
türü 1 (PI 632755) ve Citrullus cinsine ait olmamasına rağmen yakın bir tür olan
Praecitrullus fistulosus da 2 (PI 174812, PI 212522) genotiple temsil edilmiş ve bu
yabani genotiplere ait tohumlar ABD Tarım Bakanlığı (USDA)’ndan temin edilmiştir.
Bir diğer Citrullus lanatus var. citroides genotipi olan Kar 26 ise Fransa’nın INRA
kuruluşundan sağlanmıştır. Bu genotiplerin yanı sıra PI 296341, Calhoun Gray,
Charleston Gray ve Congo çeşitleri Seminis ABD’den, Crimson Sweet Çukurova
![Page 57: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/57.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
44
Tohumculuk’tan, Crimson Tide ve Celebration Syngenta’dan ve Bolkan da Multi
Tarım’dan temin edilmiştir (Çizelge 3.1).
Çizelge 3.1. Çalışmada kullanılan bitkisel materyal
Genotip no Adı Orijin Tür Kar 23 Tat Karpuzu Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 24 - İskenderiye-Mısır Citrullus lanatus var. lanatus Kar 25 - İskenderiye-Mısır Citrullus lanatus var. lanatus Kar 26 Pastèque à chair vert Fransa Citrullus lanatus var. citroides Kar 28 Beyaz Kışlık Karpuz Diyarbakır (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 29 Beyaz Karpuz Diyarbakır (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 35 Sugar Baby -- Citrullus lanatus var. lanatus Kar 36 Sugar Baby DH -- Citrullus lanatus var. lanatus Kar 37 Halep Karası -- Citrullus lanatus var. lanatus Kar 38 Halep Karası DH -- Citrullus lanatus var. lanatus Kar 58 TR 48528 ETAE Citrullus lanatus var. lanatus Kar 59 TR 48544 ETAE Citrullus lanatus var. lanatus Kar 70 TR 43889 ETAE Citrullus lanatus var. lanatus Kar 77 TR 40374 ETAE Citrullus lanatus var. lanatus Kar 78 TR 43066 ETAE Citrullus lanatus var. lanatus Kar 84 TR 64153 ETAE Citrullus lanatus var. lanatus Kar 86 TR 66064 ETAE Citrullus lanatus var. lanatus Kar 92 Yerli karpuz KKTC Citrullus lanatus var. lanatus Kar 93 Beyaz karpuz KKTC Citrullus lanatus var. lanatus Kar 97 Adsız Taşan-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 98 Adsız Birecik-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 100 Adsız Taşanköy-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 102 Adsız Nusaybin-Cizre arası (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 104 Adsız Sülük-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 105 Adsız Sürekli/Kızıltepe-Mardin (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 109 Adsız Ömerli-Mardin (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 114 Adsız Nusaybin-Cizre arası (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 116 Adsız Nusaybin-Cizre arası (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 117 Adsız Viranşehir-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 121 Adsız İnanlı-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 129 Adsız Birecik-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 139 Adsız Nusaybin-Cizre arası (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 142 Çakal karpuzu Tatköy/Hilvan-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 146 Çakal karpuzu Tatköy/Hilvan-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 147 Medine Karpuzu Bozova-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 149 Beyaz kışlık karpuz Erimli-Diyarbakır (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 150 Amerikan karpuzu Bozova-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 151 Yaylak karpuzu Bozova-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 152 Yerli yuvarlak Bozova-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar.153 Sürme Erimli-Diyarbakır (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 154 Adsız Batman (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 160 Adsız Bozova-Şanlıurfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 162 Adsız Kurtalan-Siirt (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 163 Gelin karpuzu Kurtalan-Siirt (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar164 Adsız Kurtalan-Siirt (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 171 Adsız Manisa (EGE) Citrullus lanatus var. lanatus
![Page 58: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/58.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
45
Çizelge 3.1. Devamı Genotip no Adı Orijin Tür Kar 173 Adsız Akhisar-Manisa (EGE) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 174 Adsız Akhisar-Manisa (EGE) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 175 Adsız Akhisar-Manisa (EGE) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 176 Adsız Barbaros-Tekirdağ (MAR) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 177 Adsız Barbaros-Tekirdağ (MAR) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 178 Komando karpuzu Akhisar-Manisa (EGE) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 181 Adsız Akhisar-Manisa (EGE) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 192 Adsız Tekirdağ (MAR) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 197 Adsız Silivri-İstanbul (MAR) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 200 Adsız Uşak-Kula arası (EGE) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 203 Adsız Gediz-Uşak arası (EGE) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 205 Adsız Şereflikoçhisar-Ankara (OA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 208 Adsız Karapınar-Konya (OA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 212 Adsız Karapınar-Konya (OA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 215 Akkarpuz Aşağıokçular-Çanakkale (MAR) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 216 Kore karpuzu Elmacık-Çanakkale (MAR) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 217 Söbü karpuz Elmacık-Çanakkale (MAR) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 218 Kara karpuz Elmacık-Çanakkale (MAR) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 222 Adsız Birecik-Urfa (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 224 Adsız Kızıltepe- Mardin (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 230 31-04 Hatay (AKD) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 232 Congo (PI 385964) Seminis Tohum, ABD Citrullus lanatus var. lanatus Kar 233 Calhoun Gray Seminis Tohum, ABD Citrullus lanatus var. lanatus Kar 234 PI 296 341 Seminis Tohum, ABD Citrullus lanatus var. citroides Kar 235 Charleston Gray Seminis Tohum, ABD Citrullus lanatus var. lanatus Kar 237 All Sweet - Citrullus lanatus var. lanatus Kar 238 Dixilee - Citrullus lanatus var. lanatus Kar 241 Adsız Özbekistan Citrullus lanatus var. lanatus Kar 242 Adsız Yayladağı-Hatay (AKD) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 243 Zerzuri Hatay (AKD) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 254 Adıbudu Altunhisar-Niğde (OA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 268 Adsız Nevşehir (OA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 277 Adsız Sulusaray-Nevşehir (OA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 285 Adsız Adıyaman (GDA) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 298 Adsız Kadirli-Osmaniye (AKD) Citrullus lanatus var. lanatus Kar 310 Adsız Güzelyurt-KKTC Citrullus lanatus var. lanatus Kar 318 PI 220778 (Afganistan) USDA-ABD Citrullus colocynthis Kar 319 PI 432337 (Kıbrıs) USDA-ABD Citrullus colocynthis Kar 324 PI 270563 (Güney Afrika) USDA-ABD Citrullus lanatus var. citroides Kar 327 PI 482293 (Zimbabwe) USDA-ABD Citrullus lanatus var. citroides Kar 330 PI 632755 (Fransa) USDA-ABD Citrullus rehmii Kar 331 PI 174812 (Hindistan) USDA-ABD Praecitrullus fistulosus Kar 333 PI 217522 (Pakistan) USDA-ABD Praecitrullus fistulosus C. Tide F1 Syngenta-Türkiye Citrullus lanatus var. lanatus Celebration F1 Syngenta-Türkiye Citrullus lanatus var. lanatus Bolkan F1 Multi Tarım-Türkiye Citrullus lanatus var. lanatus Crimson Sweet Çukurova Tohumculuk-Türkiye Citrullus lanatus var. lanatus ABD: Amerika Birleşik Devletleri; AKD: Akdeniz Bölgesi; ETAE: Ege Tarımsal Araştırma Enstitüsü; GDA: Güneydoğu Anadolu; KKTC: Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti; MAR: Marmara Bölgesi; OA: Orta Anadolu; USDA: United States Department of Agriculture
![Page 59: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/59.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
46
Şekil 3.1. Çalışmada kullanılan genotiplerin olgun meyve resimleri
![Page 60: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/60.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
47
Şekil 3.1. Devamı
![Page 61: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/61.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
48
Şekil 3.1. Devamı
![Page 62: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/62.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
49
Şekil 3.1. Devamı
![Page 63: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/63.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
50
Şekil 3.1. Devamı
![Page 64: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/64.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
51
Şekil 3.1. Devamı
3.2. Metod
Tez çalışması kapsamında bazı karpuz genotiplerinin SSR ve SRAP
markörleri ile karakterizasyonu gerçekleştirilmiş, ayrıca Fusarium Solgunluğuna
dayanımları klasik ve moleküler yöntemlerle araştırılmıştır. Yapılan çalışmalar ayrı
başlıklar altında aşağıda belirtilmiştir.
3.2.1. Moleküler Karakterizasyon Çalışmaları
3.2.1.1. DNA İzolasyonu
Yaprak örneği almak amacıyla 93 adet genotipe ait tohumlar Çukurova
Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Araştırma ve Uygulama Alanı’nda yer
alan fidelik serasında, 2:1 oranında karıştırılmış torf:perlit ortamı içeren 4x4 cm
boyutlarındaki hücrelerden oluşan viyollere, 13.02.2007 tarihinde ekilmiştir. DNA
izolasyonu için iki üç yapraklı genç fidelerden yaprak örnekleri alınarak alüminyum
folyoya sarılmış, sıvı azota daldırılarak -196 oC’de dondurulmuş ve -85 oC’de
muhafaza edilmiştir. Yapılan işlemlere ait resimler Şekil 3.2’de sunulmuştur.
DNA izolasyonu, Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri
Bölümü Bitki Biyoteknolojisi Laboratuvarında MiniPrep DNA izolasyon yöntemi
(Edwards ve ark., 1991) ile gerçekleştirilmiştir. İzolasyonda kullanılan ekstraksiyon
tampon çözeltisinin içeriği Çizelge 3.2’de belirtilmiş olup; bunun dışında kloroform
izoamilalkol (24:1 oranında), Tris-EDTA (Tris 1 M pH:8, EDTA: 0.5 M pH:8),
RNase A (10 mg/ml) solüsyonu, izopropanol ve etanol (% 99) DNA izolasyonunda
kullanılmıştır.
![Page 65: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/65.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
52
Şekil 3.2. A: DNA izolasyonu amacıyla yaprak örneği alınan genç fideler; B: Yaprak
örneklerinin alüminyum folyoya sarılması; C: Örneklerin -196 oC’de sıvı azota daldırılması; D: -85 oC’de muhafaza
Çizelge 3.2. DNA izolasyonunda kullanılan tampon çözeltisinin içeriği
Solüsyon Konsantrasyon
CTAB % 2.0
NaCl (5 M) 1.4 M
EDTA (0.5 M) pH: 8.0 0.2 M
TRIS-HCl (1 M) pH: 8.0 0.1 M
DNA İzolasyon Aşamaları
1. Her bir genotipten 0.1 g tartılan yaprak örnekleri -196 oC sıvı azotla
porselen havan içerisinde öğütülerek 1.5 ml’lik santrifüj tüpleri içerisine
aktarılmıştır.
2. Her bir örneğin içerisine 396 µl ekstraksiyon tampon çözeltisi ve 4 µl β-
AA BB
CC DD
![Page 66: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/66.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
53
merkaptoetanol’den oluşan 400 µl ekstraksiyon solüsyonu eklenmiştir.
3. Tüpler homojenlik sağlanıncaya kadar karıştırılmış ve sonra 65 oC’de 20
dakika boyunca bekletilmiştir. Bu süre zarfında tüpler iki defa karıştırılmıştır.
4. Her bir tüpe 400 µl kloroform izoamilalkol (24:1) eklenmiş ve 15 dakika
boyunca karıştırıcı yardımıyla karıştırılmıştır. Tüpler 5 dakika 13.000 devirde
santrifüj edilmiştir.
5. Santrifüj işlemi tamamlandıktan sonra süpernatant, içerisine 400 µl -20 oC’de muhafaza edilmiş soğuk izopropanol eklenen yeni 1.5 ml’lik santrifüj tüplerine
aktarılmıştır.
6. Tüpler dikkatli bir şekilde karıştırılarak 1 saat süreyle -20 oC’de
bekletilmiştir. Bu bir saatlik süre tamamlandığında tüpler 5 dakika 13.000 devirde
santrifüj edilmiştir.
7. Süpernatant dikkatli bir şekilde döküldükten sonra pelletin kuruması
amacıyla tüpler ters çevrilerek oda sıcaklığında 15 dakika bekletilmiştir.
8. Kuruyan pellet 100 µl TE (Tris-EDTA) içerisinde çözülmüştür. Her bir
tüpe 4 µl RNAase A eklenmiş ve 15 dakika oda sıcaklığında bekletilmiştir.
9. Her tüpe 500 µl -20 oC’de muhafaza edilen soğuk EtOH (% 100) eklenmiş
ve tüpler dikkatli bir şekilde karıştırılarak 1 saat süreyle -20 oC’de bekletilmiştir.
10. Tüpler 13.000 devirde 5 dakika santrifüj edilmiştir.
11. Süpernatant dökülerek pelletin kuruması amacıyla tüpler ters çevrilerek
oda sıcaklığında 15 dakika boyunca bekletilmiştir.
12. Pellet 100 µl TE (Tris-EDTA) içerisinde çözülmüştür.
13. Tüpler 2000 devirde 20 saniye santrifüj edildikten sonra -20 oC’de
saklanmıştır.
DNA izolasyonu aşamaları Şekil 3.3’de gösterilmiştir.
![Page 67: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/67.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
54
Şekil 3.3. DNA izolasyon aşamaları A: Porselen havanda sıvı azotla öğütülmüş yaprak örnekleri; B: Örneklerin tüplere aktarılması; C: Ekstraksiyon çözeltisinin eklenmesi; D: Örneklerin 65 oC’de bekletilmesi; E: Örneklerin homojenizasyonu; F: Santrifüj işlemi; G: Tüplerin ters çevrilerek pelletin kurutulması; H: Pelletin TE içerisinde çözülmesi
CC DD
GG
EE FF
HH
AA BB
![Page 68: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/68.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
55
3.2.1.2. DNA Kalitesi ve Kantitesinin Belirlenmesi
İzole edilen DNA’ların miktar ve kaliteleri, 1.5 µl DNA örneği kullanılarak
spektrofotometre (Nanodrop ND-100) ile ölçülmüştür (Şekil 3.4).
Şekil 3.4. A: DNA kalite ve kantitesinin ölçümlerinde kullanılan spektrofotometre aleti; B: Spektrofotometrede DNA kalite ve kantitesinin okunması
3.2.1.3. SSR Analizleri
3.2.1.3.(1). SSR Analizleri PCR Çalışmaları
PCR Reaksiyon Koşulları
PCR ürünleri Li-Cor jel sisteminde görüntüleneceğinden sentetik olarak
hazırlanan SSR Forward primerlerinin 5’ ucuna M13 forward (ileri)
(CACGACGTTGTAAAACGAC) ya da M13 reverse (geri)
(GGATAACAATTTCACACGG) primerleri eklenmiştir. Eklenen bu primerler 700
ya da 800 nm dalga boyunda etiketlenmiş PCR ürünleri Li-Cor jel sisteminde
rahatlıkla gözlenebilmektedir.
PCR reaksiyon bileşenleri hazırlanırken kullandığımız M13 primerinin ışığa
duyarlılığı nedeniyle daha karanlık bir ortamda çalışılmış ve tüm PCR reaksiyon
bileşenleri DNA amplifikasyonu amacıyla termalcyler (Eppendorf-Master Gradient
A B
![Page 69: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/69.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
56
Model) içerisine yerleştirilmiştir. Çalışmada kullanılan PCR reaksiyon koşulları
(Çizelge 3.3) ve PCR döngü programı aşağıda sunulmuştur.
Çizelge 3.3. SSR analizleri PCR reaksiyon koşulları
Kullanılan Kimyasallar Her Örnek İçin Kullanılan Miktar (μl)
PCR Master Mix 2X 8.00
ddH2O 5.00
MgCl2 0.50
M13 primer (forward veya reverse) 0.50
F + R primer 1.00
DNA (5ng) 5.00
Toplam Hacim 20 μl
PCR Döngü Programı
95 oC 5 dk ön denatürasyon
95 oC 1 dk DNA’nın çift iplikçiğinin ayrılması denatürasyon
55 oC 30 sn primer bağlanması annealing
72 oC 1dk yeni iplikçiğin yazılımı extension
72 oC 6 dk son yazılım
4 oC ∞
PCR döngü programı tamamlandıktan sonra M13 primerinin ışığa hassasiyeti
nedeniyle PCR ürünleri alüminyum folyoya sarılarak +4 oC’de buzdolabında
muhafaza edilmiştir.
3.2.1.3.(2). PCR Çalışmalarında Kullanılan SSR Primerleri
Mikrosatellit analizlerinde toplam 14 adet SSR primer çifti kullanılmıştır. Bu
primerlerden 7 adedi Levi ve ark. (2006) tarafından, karpuz genomik DNA
kütüphanesinden elde edilmiştir. Dört adet SSR primer çifti ise Jarret ve ark. (1997)
tarafından New Hamphshire Midget karpuz çeşidinin genomik DNA
35 döngü
![Page 70: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/70.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
57
kütüphanesinden geliştirilmiştir. Danin-Poleg ve ark. (2001) tarafından kavun
genomik kütüphanesinden elde edilen 3 adet SSR primer çifti de çalışmada
kullanılmıştır. Araştırmada kullanılan SSR primerlerine ait bilgiler Çizelge 3.4’de
sunulmuştur.
3.2.1.3.(3). Li-Cor için Poliakrilamid Jel Hazırlığı
PCR ürünleri % 6.5’luk poliakrilamid jelde koşturulmuştur. Bu jelin
hazırlanmasında kullanılan kimyasalların listesi ve kullanılan miktarları aşağıdaki
belirtilmiştir.
Üre 8.4 g
%50 Long Range Akrilamide 2.6 ml
10X TBE Tampon 2.0 ml
TEMED 15 µl
Amonyum Persülfat (APS-%10) 150 µl
3.2.1.3.(4). Li-Cor Elektroforez Koşulları
Jel hazırlandıktan sonra dikkatli ve hızlı bir şekilde enjektör yardımıyla
aparatına dökülmüş ve yaklaşık 2.5 saat polimerizasyonu beklenmiştir.
Polimerizasyon tamamlandıktan sonra aparat Li-Cor DNA Analyzer 4200 (Licor
Biosciences, Bad Homburg, Germany) aletine yerleştirilmiş, eşit miktarda formamid
yükleme tamponu eklenmiş ve 1000 V, 35 mA, 25 W 45oC’de yaklaşık 30 dk. ön
ısıtma yapılmıştır. Amplifikasyon ürünü içeren her bir tüpün içerisine eşit
miktarlarda % 95 formamide, 10 mM EDTA (pH 8.0), % 0.025 xylene cyanol ve %
0.025 bromophenol blue içeren formamid yükleme bafırı eklenmiş ve örnekler
PCR’da 95oC de 5 dk. denatüre edilmiştir. Denatürasyon işlemi tamamlandıktan
sonra örnekler buz üzerinde soğutulmuş ve her bir örnekten 1.0 µl 25 cm’lik
poliakrilamid jele (Long Ranger, FMC Biozym, Hessisch Oldendorf, Germany) pipet
yardımıyla yüklenmiştir. Poliakrilamid jelin hazırlanması ve yüklenmesine ait
resimler Şekil 3.5’de sunulmuştur.
![Page 71: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/71.jpg)
![Page 72: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/72.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
59
Şekil 3.5. A: Poliakrilamid jelin döküleceği camlar; B: Jel donduktan sonra tarağın
jel içerisine yerleştirilmesi; C: Jel aparatının cihaza yerleştirilmesi; D: Poliakrilamid jelin yüklenmesi
Elektroforez işlemi 1.5 saat süreyle 1500 V, 35 mA, 50 W, ve 48 °C çalışma
koşullarına sahip Li-Cor aletinde gerçekleştirilmiştir. Bantların değerlendirilmesinde
50-350 bp DNA markörü (MWG Biotech AG, Ebersberg, Germany) kullanılmıştır.
3.2.1.4. SRAP Analizleri
3.2.1.4.(1). SRAP Analizleri PCR Çalışmaları
PCR Reaksiyon Koşulları
PCR reaksiyon koşullarının optimizasyonu için reaksiyon bileşenlerinin 26
farklı kombinasyonu denenmiş ve en iyi sonucu veren Çizelge 3.5’de içeriği
belirtilen protokol kullanılmıştır.
AA
CC DD
BB
![Page 73: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/73.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
60
Çizelge 3.5. SRAP analizleri PCR reaksiyon koşulları
Kullanılan Kimyasallar Her örnek için kullanılan miktar (μl)
PCR Master Mix 2X 15.625
ddH2O 3.000
MgCl2 (1.5 μM) 1.250
Taq DNA Polimeraz (500 ünite) 0.125
F + R primer (0.3 μM) 2.500
DNA (50ng) 2.000
Toplam Hacim 25.000
Tüm PCR reaksiyon bileşenleri DNA amplifikasyonu amacıyla Master
Gradient model termal cyler (Eppendorf) içerisine yerleştirilmiştir. PCR hazırlık
aşamaları Şekil 3.6’da sunulmuştur.
Şekil 3.6. PCR hazırlık aşamaları A: PCR bileşenlerinin 1.5 ml’lik tüp içerisinde
hazırlanması; B: PCR bileşenlerinin vortex ile karıştırılması; C: PCR bileşenlerinin santrifüj yardımıyla homojenizasyonu; D: tüplerin PCR’a yerleştirilmesi
A
C
B
D
![Page 74: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/74.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
61
PCR Döngü Programı
PCR döngüsü aşağıda belirtilen şekilde (Li ve Quiros, 2001)’a göre
yapılmıştır.
94 oC 2 dk ön denatürasyon
94 oC 1 dk DNA’nın çift iplikçiğinin ayrılması denatürasyon
37 oC 1 dk primer bağlanması annealing 5 döngü
72 oC 2 dk yeni iplikçiğin yazılımı extension
94 oC 1dk DNA’nın çift iplikçiğinin ayrılması denatürasyon
50 oC 1dk primer bağlanması annealing
72 oC 2dk yeni iplikçiğin yazılımı extension
72 oC 5 dk son yazılım
4 oC ∞
3.2.1.4.(2). PCR Çalışmalarında Kullanılan SRAP Primerleri
Çalışmada SRAP Analizleri Li ve Quiros (2001)’a göre yapılmıştır. Dokuz
adet forward (ileri) ve 10 adet reverse (geri) primerinin farklı kombinasyonları
kullanılmış ve bu primerlere ait bilgiler Çizelge 3.6 ve Çizelge 3.7’de sunulmuştur.
Çizelge 3.6. SRAP analizlerinde kullanılan forward (ileri) primerleri
Primer Adı Baz Dizini (3’-5’) Baz uzunluğu (bp)
me1 TGA GTC CAA ACC GGA TA 17
me2 TGA GTC CAA ACC GGA GC 17
me3 TGA GTC CAA ACC GGA AT 17
me4 TGA GTC CAA ACC GGA CC 17
me5 TGA GTC CAA ACC GGA AG 17
me6 TGA GTC CAA ACC GGA CA 17
me7 TGA GTC CAA ACC GGA CG 17
me9 TGA GTC CAA ACC GGA GG 17
me13 TGA GTC CAA ACC GGA AG 17
35 döngü
![Page 75: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/75.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
62
Çizelge 3.7. SRAP analizlerinde kullanılan reverse (geri) primerleri
Primer Adı Baz Dizini (5’-3’) Baz uzunluğu (bp)
em1 GAC TGC GTA CGA ATT AAT 18
em2 GAC TGC GTA CGA ATTTGC 18
em3 GAC TGC GTA CGA ATT GAC 18
em4 GAC TGC GTA CGA ATT TGA 18
em5 GAC TGC GTA CGA ATT AAC 18
em6 GAC TGC GTA CGA ATT GCA 18
em8 GAC TGC GTA CGA ATT CAC 18
em10 GAC TGC GTA CGA ATT CAT 18
em11 GAC TGC GTA CGA ATT CTA 18
em12 GAC TGC GTA CGA ATT CTC 18
Dokuz adet forward (ileri) ve 10 adet reverse (geri) SRAP primerinin farklı
kombinasyonları farklı Citrullus türlerine ait 7 adet genotip (Kar 23, Kar 26, Kar 37,
Kar 97, Kar 104, Kar 318, Kar 324) ve Praecitrullus fistulosus türüne ait 1 genotip
(Kar 333) için taranmış ve amplifikasyon sağlanan toplam 31 adet primer (me1em3,
me1em4, me1em6, me1em11, me2em3, me2em4, me2em5, me2em6, me3em1,
me3em2, me3em3, me3em4, me3em5, me3em6, me4em1, me4em2, me4em3,
me4em4, me4em6, me5em1, me5em2, me5em3, me5em4, me5em5, me5em6,
me5em10, me5em12, me6em6, me7em8, me13em4, me9em11) kombinasyonu
SRAP analizlerinde kullanılmıştır.
3.2.1.4.(3). Agaroz Jel Elektroforez ve Jel Görüntüleme
PCR işleminden sonra 25 µl PCR ürününe 6 µl 6X yükleme bufferı
(Fermentas) ilave edilmiştir. Bu 31 µl’lik karışım, içerisine % 0.1’lik etidium bromid
eklenmiş % 2.5’luk agaroz jele yüklenmiş ve 1X TAE buffer (40 mM Tris-Acetate, 1
mM EDTA, pH:8.0) içerisinde, 110 volt elektrik akımı altında 3.5 saat süreyle
koşturulmuştur. Elektroforez işleminden sonra jellerin UV ışığı altında fotoğrafları
![Page 76: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/76.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
63
çekilmiştir. Agaroz jel elektroforez ve jel görüntüleme aşamalarına ait resimler Şekil
3.7’de sunulmuştur.
Şekil 3.7. Agaroz jel eektroforez ve jel görüntüleme aşamaları; A: Agaroz jelin
hazırlanması; B: Jelin dökülmesi; C: PCR ürünlerinin agaroz jele yüklenmesi; D: Jel görüntüleme sistemi
SRAP analizlerinde agaroz jel elektroforez sonucunda her bir lokus (primer)
için bantların değerlendirilmesinde 100 bp’lik DNA markörü (GeneRuler Fermentas)
kullanılmıştır (Şekil 3.8).
3.2.1.5. Primerlerin Polimorfizm Oranlarının Belirlenmesi
Çalışmada kullanılan SSR ve SRAP primerlerinin polimorfizm oranları,
primerlerden elde edilen toplam polimorfik bant sayısının, toplam bant sayısına
bölünerek 100 ile çarpılması sonucu aşağıda belirtilen formül ile bulunmuştur.
Polimorfizm Oranı (%) = (Polimorfik bant sayısı / Toplam bant sayısı) x 100
AA BB
CC DD
![Page 77: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/77.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
64
Şekil 3.8. % 1.7 agoroz jelde koşularak elde edilmiş 100 bp büyüklüğündeki DNA markörü
3.2.1.6. Benzerlik İndeksleri ve Dendrogramların Oluşturulması
SSR ve SRAP markörleri ile yapılan moleküler analizler sonucunda elde
edilen jel görüntülerine bakılmış ve bant varlığı durumunda (1), yokluğu durumunda
(0) ve amplifikasyonun olmadığı durumlarda (9) değerleri verilerek ikili (binary)
matriks veri dosyası hazırlanmıştır.
Bantlardan sadece güvenilir olanları değerlendirilmiştir. Dendrogramların
oluşturulmasında NTSYS (Numerical Taksonomy and Multivariate Analysis System
Version 2.0) paket programı kullanılmıştır (Rohlf, 1998). Öncelikle Jaccard (1908)
yöntemi kullanılarak bir benzerlik matriksi oluşturulmuştur. Bu matriks kullanılarak
UPGMA (Unweighted Pair Group Method using Arithmetic Average) metodu ile
kümeleme (Cluster) analizleri yapılmış ve dendrogramlar elde edilmiştir.
Dendrogramların benzerlik matriksini ne ölçüde temsil ettiği Mantel Matriks Uyum
Testi (Mantel's matrix correspondence test) ile belirlenmiştir (Mantel, 1967). Bu test
sonucunda kofenetik korelasyon katsayısı (cophenetic correlation coefficient), “r”,
değeri elde edilmiştir.
Temel koordinat analizleri (Principle Coordinate Analysis) de aynı benzerlik
matriksi kullanılarak SAS (SAS, 2006) programında yapılmıştır.
![Page 78: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/78.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
65
3.2.2. Karpuz Genotiplerinin Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp.
niveum)’na Dayanımlarının Klasik ve Moleküler Yöntemlerle
Araştırılması
Çalışmada; genetik çeşitliliği SSR ve SRAP markörleriyle araştırılan karpuz
genotiplerinin, günümüzde üretimi olumsuz etkileyen en önemli fungal
hastalıklardan biri olan Fusarium solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp. niveum)’na
karşı tepkileri de belirlenmiştir. Bu amaçla, tüm genotipler klasik inokulasyon
testiyle her 3 ırka (0, 1 ve 2) karşı testlenmiş ve 1 no’lu ırka dayanıklılık da RAPD
markörüyle (OPP01) taranmıştır.
3.2.2.1. Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp niveum)’na Dayanımın
Klasik Yöntemle Araştırılması
Çalışmada kullanılan 93 adet genotiple birlikte Fusarium solgunluğunun her 3
ırkına da dayanıklı olduğu bildirilen PI 271769 (Dane ve ark., 1998) genotipi de
Fusarium oxysporum f.sp. niveum’un 3 ırkına (0, 1, 2) karşı dayanımlarının
belirlenmesi amacıyla testlenmiştir. Tohumlar, sterilize edilmiş dere kumu:torf:perlit
(1:1:1, v/v/v) içeren 4x4 cm boyutlarında hücrelerden oluşan viyollere 02/04/2007
tarihinde, her genotipten 15’er adet ekilmiştir. Her 3 ırk için 1’er izolat (WFo17= ırk
0, WFo 12= ırk 1, WFo6= Irk 2 ) kullanılmıştır. İzolatlar, Hatay Mustafa Kemal
Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bitki Koruma Bölümü’nden temin edilmiştir. Bu
izolatlar konidial inokulum üretmek için patates dekstroz agar (PDA) ortamı içeren 6
cm’lik petri kaplarına aktarılmış ve 27 oC’de 5-7 gün inkübe edilmiştir. İnkübasyon
süresi sonunda inokulasyonun yapılacağı gün gelişen koloniler petri yüzeyinden
steril spatüllerle sıyrılmış, saf suyla yıkanmış, 4 katlı tülbentten süzülerek her bir
izolat için spor süspansiyonu elde edilmiştir. Elde edilen spor süspansiyonlarının
spor yoğunluğu Thoma lamı yardımıyla 106 konidi/ml’ye ayarlanmıştır.
İnokulasyon, fideler ilk gerçek yaprak aşamasındayken 18/04/2007 tarihinde
pipet yöntemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bu yönteme göre fidelerin etrafı
spatül yardımıyla 4 farklı yönden açılmış ve her bir bitkinin kök bölgesine 5 ml spor
![Page 79: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/79.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
66
süspansiyonu verilmiştir. Fusarium inokulumunun hazırlanması ve uygulanması
aşamaları Şekil 3.9’da gösterilmiştir. Deneme 3 tekerrürlü ve her tekerrürde 5 bitki
olacak şekilde kurulmuştur. Böylece her genotipten 3 ırk için ayrı ayrı 15’er fide
seçilerek ırk 0, 1 ve 2 ile inoküle edilmiştir. Şahit olarak her 3 ırka da hassas olan
Sugar Baby, ırk 0’a dayanıklı, ırk 1’e ve ırk 2’ye duyarlı Charleston Gray, ırk 0 ve
ırk 1’e dayanıklı, ırk 2’ye duyarlı Calhoun Gray ve her 3 ırka da dayanıklı PI
296341-FR ve PI 271769 kullanılmıştır. İnoküle edilen tüm bitkiler, 20-27 oC
sıcaklığa sahip serada tutulmuş ve gerekli oldukça sulanmıştır. Değerlendirme
16/05/2007 tarihinde Barnes (1972) tarafından geliştirilen hastalık değerlendirme
skalasına göre yapılmıştır.
Bu skalaya göre;
0: Hiçbir hastalık belirtisi göstermeyen sağlıklı bitkiler
1: Bodurlaşma gösteren bitkiler
2: Sararma gösteren bitkiler
3: Nekrozlaşma gösteren bitkiler
4: Ölü bitkiler olarak değerlendirilmiştir.
Ayrıca, genotiplerin hastalık oluşum düzeyi (%) de hesaplanmıştır. Elde
edilen değerlere göre genotiplerin dayanıklılık düzeyleri Barnes (1972) tarafından
geliştirilen ve aşağıda detayları verilen skala kullanılarak belirlenmiştir.
% 0-35 Yüksek düzeyde dayanıklı (HR)
% 36-50 Orta düzeyde dayanıklı (MR)
% 51-70 Düşük düzeyde dayanıklı (LR)
% 71-100 Duyarlı (S)
3.2.2.1.(1). İstatistiksel Analiz
Deneme sonucunda elde edilen verilerin analizi Costat istatistik programında
yapılmış, ortalamaların karşılaştırılmasında Tukey testinden yararlanılmıştır.
![Page 80: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/80.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
67
Şekil 3.9. Fusarium inokulumunun hazırlanması ve uygulanması; A: Petri kapları
içerisinde PDA ortamında geliştirilen Fusarium izolatları; B: Gelişen kolonilerin PDA ortamı yüzeyinden steril spatül yardımıyla sıyrılması ve tülbentten süzülmesi; C: Thoma lamı üzerine spor süspansiyonun pipetle damlatılması; D: Spor süspansiyon yoğunluğunun mikroskop altında incelenmesi; E: İnokulum enjekte edilecek fide köklerinin spatül yardımıyla yaralanması; F: Otomatik pipetle 5 ml spor süspansiyonunun fidelere tek tek enjekte edilmesi
AA
FF EE
DD CC
BB
![Page 81: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/81.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
68
3.2.2.2. Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp. niveum)’na Dayanımın
Moleküler Yöntemle Araştırılması
Genotiplerin Fusarium solgunluğunun 1 no’lu ırkına karşı dayanımları Xu ve ark. (1999) tarafından tespit edilen RAPD OPP01/700 markörü ile araştırılmıştır.
3.2.2.2.(1). DNA Amplifikasyonu Çalışmada OPP01 (Operon Technologies Inc.) RAPD primeri kullanılmıştır.
PCR reaksiyon koşulları (Çizelge 3.8) ve PCR döngüsü aşağıda belirtildiği şekilde
gerçekleştirilmiştir.
Çizelge 3.8. RAPD analizleri PCR reaksiyon koşulları
Kullanılan Kimyasallar Her Örnek İçin Kullanılan Miktar (μl)
PCR Master Mix 2X 6.00
ddH2O 1.45
MgCl2 0.50
Primer (30 ng) 1.00
DNA (5ng) 3.00
Taq DNA polimeraz 0.05
Toplam Hacim 12.00
Tüm PCR reaksiyon bileşenleri DNA amplifikasyonu amacıyla PCR
(Eppendorf-Master Gradient Model) içerisine yerleştirilmiştir.
PCR Döngü Programı 94 oC 2 dk ön denatürasyon
94 oC 2 dk DNA’nın çift iplikçiğinin ayrılması denatürasyon
37 oC 1 dk primer bağlanması annealing 55 döngü
72 oC 2 dk yeni iplikçiğin yazılımı extension
72 oC 10 dk son yazılım
4 oC ∞
![Page 82: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/82.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
69
3.2.2.2.(2). RAPD Agaroz Jel Elektroforezi
Elde edilen PCR ürünlerinden 12 µl çekilerek üzerine 3 µl yükleme bafırı
eklenmiş ve bu karışım % 1.5’luk agaroz jel içerisine 1XTAE (Trizma Base, Glacial
Asetic Acid, EDTA (Na2.EDTA.H2O) bafır eklenmiş yatay elektroforez aletinde
(Thermo), 70 volt elektrik akımı altında 4 saat süreyle koşturulmuştur. Elektroforez
işleminden sonra % 0.1’lik etidium bromide ile jel boyaması yapılmış ve UV ışığı
altında görüntülenmiştir. Bantların değerlendirilmesinde 100 bp DNA markörü
kullanılmıştır.
3.2.2.2.(3). Sonuçların Değerlendirilmesi
Çalışmada kullanılan OPP01 RAPD primeri Fusarium oxysporum f.sp.
niveum’un 1 no’lu ırkına karşı dayanıklı olan genotiplerde 700 bp büyüklüğünde
spesifik bir bant vermektedir (Xu ve ark., 1999). Tüm genotipler bu bantın olma
durumunda dayanıklı, olmama durumunda ise duyarlı olarak değerlendirilmiştir.
![Page 83: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/83.jpg)
3. MATERYAL ve METOD İlknur SOLMAZ
70
![Page 84: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/84.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
71
4. BULGULAR ve TARTIŞMA
Çalışmada ele alınan toplam 93 adet karpuz genotipin SSR ve SRAP markör
teknikleriyle moleküler karakterizasyonu ve bu genotiplerin Fusarium solgunluğu
(Fusarium oxysporum f.sp. niveum)’na dayanımları klasik ve moleküler yöntemlerle
araştırılmış ve elde edilen bulgular iki bölüm halinde incelenmiştir.
4.1. Moleküler Çalışmalar
4.1.1. SSR Analizleri
4.1.1.1. Karpuz Genotiplerinin SSR Tekniği ile Karakterizasyonunda
Polimorfizmin Değerlendirilmesi
Çalışmada yer alan 93 adet karpuz genotipi arasındaki genetik çeşitlilik SSR
markörleri ile araştırılmıştır. Çalışmada, toplam 14 adet SSR primeri kullanılmıştır.
Jel görüntüleme işlemi Li-Cor DNA Analyzer 4200 (Licor Biosciences, Bad
Homburg, Germany) aleti ile yapılmış ve daha sonra bu görüntülere bakılarak bant
varlığı durumunda (1), yokluğu durumunda (0) ve amplifikasyonun olmadığı
durumlarda (9) değerleri verilerek değerlendirme yapılmıştır. Bu değerlendirme
sonucunda her bir primer çifti için bant uzunluk aralıkları (bp), elde edilen toplam
bant sayısı (adet), polimorfik bant sayısı (adet) ve polimorfizm oranı (%) Çizelge
4.1.’de sunulmuştur.
Çalışmada kullanılan 14 adet SSR lokusundan büyüklükleri 102-235 bp
arasında olan toplam 66 adet allel elde edilmiş ve bunların tamamı polimorfik
bulunmuştur. Primer başına düşen toplam allel sayısı 2 ile 7 (ortalama 4.7) arasında
değişmiştir. Polimorfik allel sayısı ise yine 2 ile 7 (ortalama 4.7) arasındadır. Elde
edilen toplam allel sayısı bakımından Cgb4765 ve Cgb4767 lokusları en fazla (7
adet), CLG7992 ve ASUW2 lokusları ise en az (2 adet) sayıda alleli üretmiştir.
Çalışmada kullanılan SSR primerlerinden Cgb4765 ve ASUW19 primerlerine
![Page 85: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/85.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
72
ait poliakrilamid jel görüntüleri Şekil 4.1 ve Şekil 4.2’de sunulmuştur. Primer
çiftlerinden elde edilen toplam polimorfizm oranı ise % 100 bulunmuştur.
Çizelge 4.1. SSR primerlerinin amplifikasyonu sonucu elde edilen toplam allel sayısı (adet), polimorfik allel sayısı (adet), allel büyüklükleri (bp), polimorfizm oranı (%)
Şekil 4.1. Cgb4765 SSR primerine ait poliakrilamid jel görüntüsü
No Primer Adı
Toplam Allel Sayısı (adet)
Polimorfik Allel Sayısı
(adet)
Allel büyüklükleri ( bp) Polimorfizm oranı (%)
1 CMCT44 4 4 102, 120, 125, 135 100 2 CMACC146 3 3 140, 168, 170 100 3 CMTC168 5 5 160, 163, 175, 200, 204 100 4 Cgb4765 7 7 155, 160, 161, 175, 185, 200, 204 100 5 CLG7992 2 2 145, 180 100 6 Cgb4767 7 7 183, 185, 188, 195, 198, 204, 206, 215 100 7 ASUW2 2 2 185, 188 100 8 ASUW13 4 4 122, 140, 142, 150 100 9 ASUW19 4 4 140, 143, 160, 165 100 10 Cgb5009 6 6 185, 187, 220, 225, 230, 232 100 11 C.1. 1-06 4 4 118, 155, 157, 165 100 12 C.1. 1-20 6 6 165, 170, 173, 177, 180, 185 100 13 C.1. 2-23 6 6 198, 200, 205, 208, 225, 235 100 14 C.1. 2-140 3 3 200, 208, 211 100
Toplam - 66 66 - Ortalama - 4.7 4.7 100
![Page 86: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/86.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
73
Şekil 4.2. ASUW19 SSR primerine ait poliakrilamid jel görüntüsü
Çoğunluğunu farklı coğrafi orijinlere sahip C. lanatus var. lanatus türüne
giren karpuz genotiplerinin oluşturduğu, ayrıca farklı türlerle (C. lanatus var.
citroides, C. colocynthis, C. rehmii ve akraba tür olan Praecitrullus fistulosus
genotiplerini de içeren karpuz koleksiyonundaki genetik çeşitlilik, 3’ü Danin-Poleg
ve ark. (2001) tarafından kavun genomik kütüphanesinden geliştirilen (CMCT44,
CMACC146, CMTC168), 7’si Levi ve ark. (2006) tarafından Dixilee karpuz
çeşidinin genomik DNA’sından geliştirilen (Cgb4765, CLG7992, Cgb4767,
ASUW2, ASUW13, ASUW19, Cgb5009) ve 4’ü de Jarret ve ark. (1997)
tarafından New Hampshire Midget çeşidinin genomik DNA kütüphanesinden
geliştirilen (C.1. 1-06, C.1. 1-20, C.1. 2-23, C.1. 2-140) toplam 14 adet SSR primeri
kullanılmıştır. Elde edilen polimorfizm (% 100) oranı göz önüne alındığında ve
karpuzlarda genetik çeşitliliğin SSR markörleriyle araştırıldığı çalışmalarla
karşılaştırıldığında kullanılan SSR primer sayısının yeterli olduğu görülmektedir.
Jarret ve ark. (1997) farklı türlere ait 33 karpuz genotipi arasındaki genetik
çeşitliliği, geliştirdikleri 8 primer ile değerlendirmişlerdir. Bunlar arasından 7 adedi
genotipler arasındaki polimorfizmi türlerine uyumlu bir şekilde tespit etmiştir.
Karpuzlarda SSR markörü geliştirmek amacıyla yapılan bir başka çalışmada
(Guerra Sanz, 2002) ise geliştirilen 19 SSR primerinin 18’inin başarıyla
amplifikasyon sağladığı görülmüştür. Tzitzikas ve ark. (2009), SSR markörlerinin
az sayıda primer kullanılması durumunda dahi test edilen genotipleri birbirinden
ayırabileceğini bildirmişlerdir.
![Page 87: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/87.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
74
Farklı Cucurbitaceae türlerinde yapılan moleküler karakterizasyon
çalışmalarında da benzer sayıda SSR primerlerinin kullanıldığı ve başarılı sonuçlar
alındığı görülmüştür. Örneğin, Staub ve ark. (2000) subsp. melo ve subsp. agrestis
alt türlerine ait toplam 46 genotip arasındaki genetik çeşitliliği Katzir ve ark.
(1996) ve Danin-Poleg ve ark. (2001) tarafından geliştirilen 17 primerle
araştırmışlardır. Çoğunluğu inodorus alt türünden olan 15 adet İspanyol kavun
genotipinde López-Sesé ve ark. (2002) 12 primer, 22 farklı Cucumis genotipinde
Zhuang ve ark. (2004) 15 primer, 67 adet Japon kavun çeşidinde Nakata ve ark.
(2005) 9 primer, 22 adet Yunanistan ve Kıbrıs kavun genotipinde Tzitzikas ve ark.
(2009) 17 primer, 47 Macar kavun genotipinde Szabó ve ark. (2005) 20 primer, 45
adet kabak genotipinde Paris ve ark. (2003) 7 primer kullanarak çalışmalarını
yürütmüşlerdir.
Çalışmada kullanılan primerlerden CMCT44’den 4, CMACC146’den 3 ve
CMTC168’den 5 adet allel elde edilmiştir. Bu primerleri geliştiren araştırıcılar
(Danin-Poleg ve ark., 2001) farklı türlerde çalışmış olsalar da CMTC168 primeri
hariç üretilen allel sayısının (CMCMCT44’den kavunda 4, hıyarda 2;
CMACC146’den kavunda 3, hıyarda 2; CMTC168’den kavunda 4, hıyarda 0)
uyumlu olduğu görülmüştür. Bu primerler farklı türlerde yapılan pek çok araştırmada
da kullanılmıştır. CMCT44’den Staub ve ark. (2000) 2; López-Sesé ve ark. (2002)
2; Nakata ve ark. (2005) 3, Szabó ve ark. (2005) 2, CMACC146’dan Staub ve
ark. (2000), 2; López-Sesé ve ark. (2002) 2; Nakata ve ark. (2005) 3; Garcia-
Mas ve ark. (2004) 11 adet allel elde edildiğini bildirmişlerdir. CMTC168
primerinden ise Garcia-Mas ve ark. (2004) 9; Monforte ve ark. (2003) ise 7 adet
allel üretildiğini rapor etmişlerdir. Literatürde bu primerlerin karpuzlarda
kullanıldıklarına dair herhangi bir bilgiye ulaşılamamıştır.
Aynı primerlerden elde edilen allel sayıları kullanılan türe göre
değişebilmektedir. Cucumis türünde temel bir araştırma olarak bilinen Danin-Poleg
ve ark. (2001) tarafından yapılan çalışmada, geliştirilen 40 SSR primeri kavunda 118
allel üretirken, hıyarda ise 53 allel üretmiştir. Fazla sayıda türün kullanıldığı
durumlarda da elde edilen toplam allel sayısının arttığı bilinmektedir. Garcia-Mas
ve ark. (2004) tarafından yapılan çalışma buna iyi bir örnek olarak gösterilebilir.
![Page 88: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/88.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
75
Araştırıcılar Cucumis cinsinin 17 farklı türünde 18 SSR primeri kullanmışlar ve
lokus başına ortalama 7.4 allel elde etmişlerdir ki, bu sayı oldukça fazladır.
Aynı türde farklı sayılarda allel elde edilmesi ise; kullanılan germplazmın
içerdiği çeşitliliğe ve germplazmdaki materyal sayısına bağlıdır. Annealing
sıcaklığında meydana gelen farklılıkların da değişik sayılarda ve uzunluklarda
allelerin oluşumuna neden olabileceği Zhuang ve ark. (2004) tarafından
bildirilmiştir.
Çalışmada kullanılan Cgb4765, CLG7992, Cgb4767, ASUW2 ASUW13
ASUW19 ve Cgb5009 primerlerinin polimorfizm oranları Levi ve ark. (2006)
tarafından Griffin 14113 (C. lanatus var. citroides), New Hampshire Midget (C.
lanatus. var. lanatus ve PI388015 (C. colocynthis) genotiplerinde test edilmiştir.
Cgb5009 hariç diğerlerinin tamamı karpuz bağlantı haritasında (linkage map)
farklı bağlantı gruplarında yer alan markörler üretmiştir. Tez çalışması kapsamında
bu primerlerden Cgb4765’den 7, CLG7992’den 2, Cgb4767’den 7, ASUW2’den 2,
ASUW13’den 4, ASUW19’dan 4 ve Cgb5009’dan 6 adet polimorfik bant elde
edilmiştir. Szamosi ve ark. (yayınlanmamış), karpuzlarda yaptıkları çalışmada
farklı orijinlere sahip genotipler arasındaki genetik çeşitliliği araştırmak amacıyla bu
primerleri kullanmışlar ve Cgb4765’den 3, Cgb4767’den 4, ASUW2’den 2,
ASUW13’den 1, ASUW19’dan 3 ve Cgb5009’dan 3 adet allel elde etmişlerdir.
CLG7992’de ise amplifikasyon sağlayamamışlardır.
Karpuz haritasında farklı bağlantı bölgelerinde yer alan polimorfik
markörlerin (RAPD, ISSR, AFLP, SRAP) birbirine çok yakın karpuz çeşitleri
arasındaki genetik çeşitliğin araştırılmasında kullanıldığı bir çalışma da Levi ve
ark. (2007) tarafından yapılmıştır. Araştırıcılar özellikle AFLP ve SRAP
markörlerinden başarılı sonuçlar elde etmişler ve kodominant SSR markörlerinin
ıslah programlarında daha etkili olabileceğini, ancak karpuzlarda kodominant SSR
markörü geliştirmenin zor olduğunu bildirmişlerdir.
Araştırmada kullanılan bir diğer primer grubu olan C.1. 1-06, C.1. 1-20, C.1.
2-23, C.1. 2-140 primerlerinden ise sırasıyla 4, 6, 6 ve 3 adet tamamı polimorfik
alleller elde edilmiştir. Bu primerler Jarret ve ark. (1997) tarafından geliştirilmiş ve
ve araştırıcılar C.1. 1-06’den 3, C.1. 1-20’den 5, C.1. 2-23’den 4 ve C.1. 2-140’dan 6
![Page 89: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/89.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
76
adet allel üretildiğini bildirmişlerdir. Farklı germplazm kullanımının ve germplazm
yapısının elde edilen allel sayılarındaki farklılıkları oluşturduğu düşünülmektedir.
Her iki çalışmada da farklı türlerde karpuzlar yer alsa da Jarret ve ark. (1997)’nın
kullandığı germplazmda bulunan C. lanatus var. lanatus genotiplerinin karpuzun
anavatanı olan ve yabani türlerin bulunduğu Afrika’da yer alan Somali, Etiyopya,
Zimbabve, Çad, Sudan, Kenya, Güney Afrika, Zambiya, Zaire, Gana, Botsvana gibi
ülkelerden toplanmışken, tez çalışmasında kullanılan C. lanatus var. lanatus
genotiplerinin ise sadece 1 adedinin Özbekistan, 4 adedinin Kıbrıs’dan, geri
kalanların tümünün ise Türkiye’den toplanmış olması her iki germplazmın genetik
çeşitlilik bakımından farklı olduğunu göstermektedir.
Tez çalışması kapsamında SSR analizlerinden elde edilen bulgulara
bakıldığında 14 adet primerden 2-7 arasında allel elde edildiği görülmektedir.
Karpuzlarda ve diğer Cucurbitaceae türlerinde SSR markörlerinin kullanıldığı
farklı çalışmalarda bu sayı ile uyumlu değerler olduğu gibi, daha az veya daha çok
allelin görüldüğü çalışmalar da bulunmaktadır. Karpuzlarda Jarret ve ark.
(1997)’nın C. lanatus var. lanatus, C. lanatus var. citroides ve C. colocynthis
türlerine ait 33 genotiple yaptıkları çalışmada 3-7 arasında, Guerra-Sanz (2002),
C. lanatus genotipleri ve çeşitlerinde 1-8 adet arasında, C colocynthis genotiplerinde
0-2 adet arasında ve hibritlerde 0-4 adet arasında allel tespit etmişlerdir.
Nimmakayala ve ark. (2009) ise 30 SSR primer çiftinin 2-12 arasında allel
ürettiğini bildirmişlerdir.
Kavunlarda ise Danin Poleg ve ark. (2001) 2-6; Monforte ve ark. (2003) 2-
10; Szabo ve ark. ( 2005) 2-7; Tzitzikas ve ark. (2009) 2-9; Fukino ve ark. (2007)
2-10; farklı Cucumis türlerinde Zhuang ve ark. (2004) 1-8; hıyarda Danin-Poleg ve
ark (2001) 2-5; Watcharawongpaiboon ve Chunwongs (2008) 2-7 arasında allel
elde edildiğini rapor etmişlerdir. Düşük sayıda allelerin elde edilmesinin çalışılan
türün ve germplazmın genetik temelinin dar olmasından kaynaklandığı Danin Poleg
ve ark. (2001) tarafından bildirilmiştir.
Ortalama polimorfik allel sayısı bakımından 4.66 adet allel elde edilmiştir. Bu
değer, SSR markörleri için makul bir değer olup, farklı çalışmalarda daha fazla veya
daha az ortalama polimorfik allel sayısı görmek mümkündür. Örneğin karpuzlarda
![Page 90: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/90.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
77
Jarret ve ark. (1997) 4.7; kavunlarda Danin-Poleg ve ark. (2001) 3.5; López-Sesé
ve ark. (2002) 1.5; Monforte ve ark. (2003) 6.3; Nakata ve ark. (2005) 4; Szabó
ve ark. (2005) 5.7; Tzitzikas ve ark. (2009) 7.6; Cucumis melo var. momordica alt
türünde, Dhillon ve ark. (2007) 10.2; hıyarda Danin-Poleg ve ark. (2001) 2.5;
Watcharawongpaiboon ve Chunwongs (2008) 3.6 adet polimorfik allel tespit
etmişlerdir.
Primerlerden elde edilen bant uzunlukları ise 102-235 bp arasında değişmiş
olup, Szamosi ve ark. (yayınlanamış)’nın elde ettiği bulgularla (102-230 bp) uyum
içindedir. Ancak her bir primer tek tek ele alındığında bazı farklılıklar dikkati
çekmiştir. Araştırıcılar, tez çalışmasında da kullanılan primerlerden olan
Cgb4765’den 175-200 bp, Cgb4767’den 180-204 bp, ASUW2’den 185-190,
ASUW13’den 125, ASUW19’dan 170-190, Cgb5009’dan 195-230, C.1. 1-06’dan
135-142, C.1. 1-20’den 163-190, C.1. 2-23’den 204-212 bp, C.1. 2-140’dan ise 202-
215 bp aralığında alleller tespit etmişlerdir.
Tez çalışmasında kullanılan CMACC146 primerinden 140-170 bp, CMTC168
primerinden ise 160-204 bp aralığında alleller elde edilmiştir. Bu primerleri Garcia-Mas ve
ark. (2004) kavunlarda kullanmış ve sırasıyla 128-142 bp ve 178-204 bp aralığında alleller
tespit etmişlerdir. Monforte ve ark. (2003) ise, CMTC168 primerinin 185-205 bp
aralığında alleller ürettiğini bildirmişlerdir. Karpuzlarda farklı primerlerle yapılan
çalışmalardan birinde ise bant aralıkları Citrullus lanatus genotipleri ve çeşitlerinde 70-
320 bp, Citrullus colocynthis genotiplerinde 102-310 bp ve hibritlerde 101-320 bp
arasında değişim göstermiştir (Guerra-Sanz, 2002). Verma ve Arya (2008) da
karpuzlarda elde edilen allellerin 110 ile 430 bp arasında olduğunu bulmuşlardır.
Toplam ve polimorfik allel sayısı ve elde edilen allellerin uzunluk
aralığındaki değişimler farklı türlerin kullanılmasından kaynaklanmaktadır.
Sözkonusu parametreler aynı türde yapılan çalışmalarda da farklılık gösterebilir ki,
bu durum ise farklı genotiplerin kullanılmasının bir sonucudur.
Çalışmada tespit edilen % 100 polimorfizm oranı karpuzlarda farklı
markörlerle elde edilen polimorfizm oranlarına (RAPD % 5, Levi ve ark., 2007; %
60.2, Solmaz ve ark., 2010; ISSR % 80.2, Levi ve ark., 2004; % 40.0, Levi ve ark.,
2007; AFLP % 97.8, % 81; Levi ve ark., 2004; 2007; SRAP % 80.5, Levi ve ark.,
![Page 91: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/91.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
78
2007) göre oldukça yüksek bir değerdir. Benzer sonuçlar Szamosi ve ark.
(yayınlanmamış)’nın çalışmalarında da elde edilmiş, araştırıcılar polimorfizm
oranını % 96.6 olarak tespit etmişlerdir.
Kavunlarda, Monforte ve ark. (2003) ile Tzitzikas ve ark. (2009) tarafından
yapılan araştırmalarda da tez çalışmasıyla uyumlu polimorfizm değerleri (% 100)
bulunmuştur. Monforte ve ark. (2003), 27 kavun genotipinde genetik çeşitliliği 18
primerle araştırmış ve kavunlarda Katzir ve ark. (1996)’nın elde ettiği % 71 ve
Danin ve Poleg ve ark. (2001)’nın elde ettiği % 86 polimorfizm oranından daha
yüksek bir değer elde etmişlerdir. Araştırıcılar bu durumun daha fazla genetik
materyalle çalışmalarına ve kavunun kendi içerisinde oldukça zengin bir genetik
varyasyon göstermesine bağlamışlardır. Tzitzikas ve ark. (2009) da daha önce
RAPD markörleri (Staub ve ark., 2004) ile ayrılamayan var. flexuosus ve var.
inodorus genotiplerini SSR markörleriyle ayırmayı başarmışlar ve bu durumun SSR
markörlerinin RAPD markörlerine göre daha yüksek ayırma gücüne sahip
olmasından veya farklı bir germplazm kullanılmasından kaynaklanabileceğini
açıklamışlardır.
PCR’a dayalı bir markör sistemi olan SSR yöntemi güvenilir, tekrarlanabilir,
polimorfizm oranı yüksek ve kodominanttır. Birçok bitki türünde genetik haritaların
oluşturulması, populasyon analizleri, markör yardımıyla seleksiyon (MAS) ve başka
amaçlarla kullanılmaktadır (Gupta ve Varshney, 2000). Ender görülen ve türe özgü
tanılayıcı markörler üreten SSR tekniği aynı zamanda tür karmaşasının olduğu
durumlarda da başarıyla kullanılabilmektedir (Nimmakayala ve ark., 2009).
Özellikle polimorfizm seviyesinin düşük olduğu durumlarda tercih edilen SSR’da
markör geliştirilmesinin pahalı ve zahmetli bir işlem olduğu, zaman aldığı Staub ve
ark. (1996) tarafından bildirilmiştir.
SSR markör tekniği, Cucurbitaceae familyasında özellikle kavun başta olmak
üzere (Katzir ve ark., 1996; Staub ve ark., 2000; Danin-Poleg ve ark., 2001;
López-Sesé ve ark., 2002; Chiba ve ark., 2003; Monforte ve ark., 2003; Szabó ve
ark., 2005; Fukino ve ark., 2007; Kong ve ark., 2007; Escribano ve ark., 2008;
Tzitzikas ve ark., 2009), hıyar (Fukino ve ark., 2008; Watcharawongpaiboon ve
Chunwongs, 2008), kabak (Paris ve ark., 2003; Gong ve ark., 2008) ve karpuz
![Page 92: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/92.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
79
türlerinde (Jarret ve ark., 1997; Guerra Sanz., 2002; Kwon ve ark., 2007; Levi ve
ark., 2008; Nimmakayala ve ark., 2009) gerek genetik çeşitliliğin araştırılması
gerekse genetik haritalama çalışmalarında etkin bir şekilde kullanılmakla birlikte,
karpuz ıslah çalışmalarında kullanılmak üzere daha fazla SSR markörünün
geliştirilmesi gerekmektedir (Verma ve Arya, 2008).
SSR markörlerinin farklı türler arasında transfer edilebileceği Cucurbitaceae
familyasında pek çok türde yapılmış çalışmalarla kanıtlanmıştır. Bir türde geliştirilen
SSR’ların aynı cins içerisindeki diğer türlerde kullanım olanakları daha yüksek
taksonomik seviyelerde genetik ve evrimsel çalışmalar yapılmasını mümkün
kılmaktadır (Garcia-Mas ve ark., 2004). Bu konu üzerine yapılan ilk araştırmada
(Katzir ve ark., 1996) kavun genomik kütüphanesinden 5 ve hıyar sekans
veritabanından elde edilen 2 SSR primeri, 8 Cucumis melo, 11 Cucumis sativus, 4
Cucurbita pepo, 1 Cucurbita moschata, 1 Cucurbita maxima ve 3 adet Citrullus
lanatus genotipinde test edilmiştir. Bunlardan Cucurbita moschata ve Citrullus
lanatus’da başarı sağlanamamıştır. Bu durum bir türde amplifikasyon veren ve
polimorfik olan primerlerin farklı türlerde aynı performansı göstermeyebileceği
şeklinde yorumlanmıştır. Benzer şekilde kavunlarda geliştirilen SSR markörlerinin %
37’sinin hıyarlarda, hıyarlarda geliştirilenlerin ise % 40’ının kavunlarda
polimorfizmi belirleyebildiği Danin-Poleg ve ark. (2001) tarafından bildirilmiştir.
Araştırıcıların geliştirdiği bu primerler pek çok çalışmada kullanılmış ve yüksek
seviyede polimorfizm elde edilmiştir. Cucumis türlerinde filogenetik ilişkilerin
değerlendirildiği bir diğer çalışmadan elde edilen bulgulara göre de 14 adedi
kavundan, 3 adedi hıyardan geliştirilen SSR’lardan kavundan elde edilenlerin %
43’ünün hıyarda, hıyardan elde edilenlerin ise tamamının kavunlarda başarıyla
amplifikasyon sağladığı, ancak karpuz (% 22) ve kabakta (% 16) amplifikasyon
veren SSR’ların oranının düşük olduğunu bildirilmiştir (Garcia-Mas ve ark., 2004).
Aynı araştırıcılar transfer edilebilen SSR’ların yavaş evrimleşen genomik bölgelerde,
transfer edilemeyenlerin ise daha hızlı mutasyon oranlarının olduğu bölgelerde yer
aldığını rapor etmişlerdir.
Benzer çalışmalar ilerleyen yıllarda kavunda Fukino ve ark. (2007) ve
hıyarda Fukino ve ark. (2008) tarafından yapılmış ve geliştirilen primerlerin hem
![Page 93: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/93.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
80
kavunda hem de hıyarda polimorfik olduğu ve türler arasında transfer edilebileceği
bildirilmiştir. Watcharawongpaiboon ve Chunwongs (2008) de hıyar genomik
kütüphanesinden mikrosatellit markörleri geliştirmişler ve bunlar arasından 20
adedini seçerek farklı türlere transferini araştırmışlardır. Çalışma sonucunda kavunda
13 adedi (% 65), Momordica charantia’da 11 adedi (% 55), karpuzda 10 adedi (%
50) ve kabakta 7 adedi (% 35) amplifiye olmuş ve böylece hıyar SSR’larının farklı
kabakgil türlerine de transfer edilebileceği belirlenmiştir.
Karpuzlarda genetik çeşitliği belirlemek amacıyla yürütülen bu tez
çalışmasında da Danin-Poleg ve ark. (2001) tarafından kavun genomik
kütüphanesinden geliştirilen CMTC44, CMACC146, CMTC168 primerleri
kullanılmış, her üçünden de amplifikasyon sağlanmış ve % 100 oranında
polimorfizm elde edilmiştir. Literatürlerde de bildirildiği üzere SSR’ların
kabakgillerde farklı türler arasında transfer edilebileceği ortaya konulmuştur.
4.1.1.2. SSR Analizleri Sonucu Elde Edilen Benzerlik İndeksinin
Değerlendirilmesi
Karpuz genotipleri arasındaki genetik çeşitliliği belirlemek amacıyla yapılan
çalışmada SSR tekniğiyle elde edilen veriler NTSYS (Numerical Taksonomy and
Multivariate Analysis System Version 2.0, Rohlf, 1998) paket programı kullanılarak
analiz edilmiştir. İlk olarak genotipler arasındaki benzerlik indeksi Jaccard (Jaccard,
1908) yöntemi kullanılarak hesaplanmış ve elde edilen benzerlik indeks değerleri EK
1’de sunulmuştur.
Toplam 93 karpuz genotipi arasındaki benzerlik indeksi değerleri 0.00 ile
1.00 arasında değişmiştir. Benzerlik indeksi açısından birbirine en yakın genotipler
1.00 değeri ile Kar 78 ile Kar 200, Kar 86 ile Kar 162, Kar 154 ile Kar 162, Kar 162
ile Kar 171 olmuştur. Bu genotiplerden Kar 78 ve Kar 86 ETAE’den temin edilen
genotiplerdir. Kar 78 koyu yeşil kabuklu, oval şekilli ve orta irilikte olup, meyve eti
koyu kırmızıdır. Kar 86 açık yeşil kabuk üzerinde koyu yeşil damarlara sahiptir.
Meyve şekli yuvarlak, et rengi de kırmızıdır. Kar 171 Ege Bölgesi’nin Manisa
ilinden, Kar 200 ise Uşak ilinden toplanmıştır. Kar 171 koyu yeşil kabuklu, oval
![Page 94: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/94.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
81
şekilli ve kırmızı etlidir. Kar 200 de benzer şekilde yeşil kabuklu, oval şekilli olup,
kırmızı et rengine sahiptir. Kar 154 ve Kar 162 ise Güneydoğu Anadolu
Bölgesi’nden toplanmıştır. Her iki genotipin kabuk rengi koyu yeşil ve meyve et
rengi de kırmızıdır. Kar 154 yuvarlak, Kar 162 oval şekillidir. Genetik olarak
birbirine yakın diğer genotipler 0.93 benzerlik indeksi değeri ile Kar 77 ile Kar 173,
Kar 154 ile Kar 200, Kar 222 ile Kar 277 ve ticari çeşitlerden Crimson Sweet ile
Celebration’dır. Kar 77 ETAE’den temin edilen bir genotip iken, Kar 173 Ege
Bölgesi’nin Manisa ilinden toplanan bir genotip olup, her ikisinin de kabuk rengi düz
koyu yeşil, meyve şekli oval ve et rengi de kırmızıdır. Kar 222 Güneydoğu Anadolu
Bölgesi’nin Şanlıurfa ilinden, Kar 277 ise Orta Anadolu Bölgesi’nin Nevşehir ilinden
toplanmıştır. Kar 222 oval şekli, düz koyu yeşil kabuk rengi ve kırmızı et rengine
sahip bir genotipken, Kar 277 basık yuvarlak şekilli açık yeşil zemin üzerine yeşil
çizgilidir. Çalışmada yer alan ticari çeşitler ise morfolojik olarak birbirine çok yakın
bir görüntü sergilemiştir. Kar 38 ile Kar 162, Kar 59 ile Kar 162, Kar 78 ile Kar 162,
Kar 92 ile Kar 162, Kar 100 ile Kar 162, Kar 160 ile Kar 162, Kar 162 ile Kar 200 ve
Kar 162 ile Bolkan arasındaki genetik benzerlik indeksi değeri ise 0.92’dir. Bu
genotipler arasında Kar 38, Kar 59, Kar 78 ve Kar 200’ün kabuk rengi düz koyu
yeşil, meyve şekli oval ve meyve et rengi kırmızıdır. Kar 92’nin orta yoğunlukta düz
yeşil bir kabuğu olup, Kar 100 açık yeşil zemin üzerine bol damarlı bir kabuk
yapısına sahiptir. Kar 160 ise uzunca meyve şekli ve açık yeşil kabuk rengi ile diğer
genotiplerden morfolojik olarak farklılık ortaya koymaktadır.
Genotipler arasında en düşük genetik benzerlik indeksi değeri ise 0.00’dır. Bu
değer Praecitrullus fistulosus genotipleri Hindistan orijinli PI 174812 ve Pakistan
orijinli PI 217522 ile çalışmada yer alan Citrullus cinsine ait genotiplerin yaklaşık
tamamı arasında görülmüştür. Her ne kadar Praecitrullus fistulosus karpuza yakın bir
akraba olarak değerlendirilse de (Robinson ve Deckers Walters, 1997; Wehner,
2008), kromozom sayısı farklı (2n=2x=24) bir tür olmasından dolayı, bu durum
beklenen bir sonuçtur. Praecitrullus fistulosus türüne ait 13 adet genotipin Cucumis
ve Citrullus cinslerine ait farklı türlerle arasındaki genetik ilişkilerin RAPD
markörleriyle araştırıldığı Levi ve ark. (2005) tarafından yapılan çalışmada genetik
benzerlik seviyesinin % 3’den daha az olduğu tespit edilmiştir. Bu iki Praecitrullus
![Page 95: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/95.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
82
fistulosus genotipi arasındaki genetik benzerlik indeksi değeri ise 0.73 olarak
bulunmuştur. Citrullus lanatus var. citroides genotipi olan Kar 26’nın da diğer
genotiplerle arasındaki genetik benzerlik oranının düşük olduğu saptanmıştır. Bu
genotipin tüm genotipler arasında en yakın olduğu genotipler 0.22 benzerlik indeksi
değeri ile PI 174812 ve 0.33 benzerlik indeksi değeri ile PI 217522’dir. Kar 26
dışında kalan diğer Citrullus lanatus var. citroides genotipleri olan PI 296341, PI
270563 ve PI 482293 arasındaki genetik benzerlik indeksi ise 0.60 ile 0.86 arasında
değişmiştir. Tek bir genotiple temsil edilen Citrullus rehmii türüne ait PI 632755’in
genetik olarak en yakın olduğu genotip (benzerlik indeksi değeri=0.45) bir Citrullus
colocynthis genotipi olan PI 432337’dir. İki adet Citrullus colocynthis genotipi,
Afganistan orijinli PI 220778 ve Kıbrıs orijinli PI 432337 arasındaki genetik
benzerlik indeksi değeri ise 0.59 olarak tespit edilmiştir. Çalışmada yer alan Citrullus
lanatus var. lanatus genotipleri arasındaki en düşük benzerlik indeksi değeri ise 0.21
ile Crimson Tide ile Kar 163 arasında elde edilmiştir. Bu iki genotip morfolojik
olarak da birbirine benzememektedir. Crimson Tide eliptik şekilli ve kabuğu çizgili
bir çeşitken, Kar 163 Siirt’ten toplanan ve Gelin Karpuzu olarak bilinen uzun eliptik
şekilli, meyve kabuğu düz, açık yeşil üzerine bol damarlı olan genotiptir. Genetik
olarak birbirine uzak olan diğer genotipler ise 0.24 benzerlik indeksi değeri ile Kar
129 ile Kar 139 ve Kar 163 ile Kar 177’dir. Kar 129 ve Kar 139 genotiplerinin her
ikisi de Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nden toplanmıştır. Kar 129 silindirik şekilli
olup, kabuk rengi düz yeşil üzerine koyu yeşil bol damarlıdır. Kar 139 ise eliptik
şekilli olup, düz açık yeşil bir kabuğa sahiptir. Tekirdağ’dan toplanan bir genotip
olan Kar 177, açık tozlanan Crimson Sweet çeşidine çok benzemektedir ve bu
çeşidin açılım generasyonu olduğu düşünülmektedir.
4.1.1.3. SSR Analizleri Sonucu Elde Edilen Dendrogramın Değerlendirilmesi
Benzerlik indeksinden yararlanılarak UPGMA (Unweighted Pair Group
Method Using Arithmetic Average) metodu ile kümeleme (Cluster) analizleri
yapılmış ve dendrogram (Şekil 4.3) elde edilmiştir. Dendrogramın benzerlik
matriksini ne ölçüde temsil ettiği Mantel Matriks Uyuşma testi (Mantel's Matrix
![Page 96: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/96.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
83
Correspondence Test) ile değerlendirilmiştir (Mantel, 1967). Bu test sonucunda
kofenetik korelasyon katsayısı (Cophenetic Correlation Coefficient), r, değeri elde
edilmiştir.
SSR analizleri sonucu oluşturulan dendrogram incelendiğinde, genotipler
arasındaki genetik benzerlik oranının 0.02 ile 1.00 arasında değiştiği görülmüştür.
Kar 78 ile Kar 200 ve Kar 86 ile Kar 162 hariç, diğer tüm genotiplerin ve çeşitlerin
birbirinden ayrıldığı saptanmıştır. Benzer bir durum Jarret ve ark. (1997) tarafından
yapılan bir araştırmada gözlenmiştir. Bu çalışmada birbiriyle çok yakın ilişkili
genotipleri ayırmada son derece başarılı olan SSR markörlerinin, farklı orijinlere
sahip genotiplerin oluşturduğu germplazmda bazı genotipleri birbirinden ayıramadığı
saptanmıştır. Genetik benzerlik oranları 1.00 olan Kar 78-Kar 100 ile Kar 86-Kar
162 genotiplerinin toplandıkları bölgeler farklıdır. Morfolojik olarak Kar 78 ile Kar
100 birbirine benzerken, Kar 86 ve Kar 162 arasında özellikle dış kabuk rengi
bakımından böyle bir benzerlik söz konusu değildir. Dendrogram 0.02 benzerlik
oranıyla 1 ve 2 olarak numaralandırılmış 2 ana gruba ayrılmıştır. Birinci ana grup (1)
da 0.28 benzerlik oranıyla 2 alt gruba (1.1 ve 1.2) ayrılmıştır. Birinci alt grup (1.1)
Praecitrullus fistulosus türüne ait 0.73 oranında benzerlik gösteren PI 217522 ve PI
174812 genotiplerini, 2. alt grup (1.2) da Citrullus lanatus var. citroides genotipi
olan Kar 26’yı içermiştir.
Karpuzlarda genetik çeşitliliğin RAPD markörleriyle araştırıldığı çalışmada
(Solmaz ve ark., 2010) Praecitrullus fistulosus genotipleri tüm Citrullus
genotiplerine 0.26 oranında benzerlik göstermiş ve ayrı bir grup oluşturmuştur.
Citrullus türlerinin akrabalık ilişkilerini belirlemek amacıyla Navot ve Zamir
(1987)’in izoenzimlerle yaptıkları çalışmada Praecitrullus fistulosus’un diğer tüm
Citrullus türlerinden farklı olduğu ortaya konmuştur. Levi ve ark. (2005) tarafından
RAPD markörlerinin kullanıldığı bir diğer araştırma da bu bulguyu desteklemiş ve
Praecitrullus fistulosus’un hem Citrullus hem de Cucumis türleri ile genetik
benzerliğinin % 3’den daha az olduğu bildirilmiştir.
![Page 97: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/97.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
84
Şekil 4.3. SSR markörleri ile elde edilen dendrogram
![Page 98: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/98.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
85
İkinci ana grup (2), birinci ana grup dışında kalan diğer 90 adet karpuz
genotipi içermekle birlikte, 0.23 benzerlik oranında iki alt gruba (2.1 ve 2.2)
ayrılmıştır. İkinci ana grubun (2) 1. alt grubunun da (2.1), 0.33 benzerlik oranında
yeniden 2 alt gruba (2.1.A ve 2.1.B) ayrıldığı görülmüştür. Bu alt gruplardan
2.1.A’da Citrullus lanatus var. citroides genotipleri PI 482293, PI 270563 ve PI
296341 yer almıştır. PI 482293 genotipi, PI 270563 ve PI 296341 genotiplerinden
0.68 benzerlik oranında ayrılarak tek başına 2.1.A1 alt grubunu oluştururken, PI
270563 ve PI 296341 genotipleri de 2.1.A2 alt grubunu oluşturmuş ve 0.86 benzerlik
oranında birbirlerinden ayrılmışlardır.
Diğer alt grup 2.1.B ise 0.43 benzerlik oranında 2.1.B1 ve 2.1.B2 şeklinde
numaralandırılmış 2 yeni alt gruba ayrılmıştır. 2.1.B1 alt grubu çalışmada tek bir
genotip ile temsil edilen Citrullus rehmii türüne ait PI 632755’i içerirken, diğer alt
grup olan 2.1.B2 ise Citrullus colocynthis türüne ait PI 220778 ile PI 432337
genotiplerini içermektedir. Bu iki genotipin benzerlik oranı ise 0.59 olarak tespit
edilmiştir.
İkinci ana grubun 2. alt grubu (2.2) ise 0.48 benzerlik oranında yeniden 2 alt
gruba (2.2.A ve 2.2.B) ayrılmıştır. Bu alt gruplardan 2.2.A alt grubu tek bir genotipi
(Kar 109), diğer alt grup olan 2.2.B ise çalışmada yer alan Citrullus lanatus var.
lanatus türüne ait tüm genotiplerle birlikte hibrit ve açık tozlanan çeşitlerin tamamını
kapsamaktadır. Bu alt grup temel olarak 0.49 benzerlik oranında yeniden 2 alt gruba
(2.2.B1 ve 2.2.B2) ayrılmıştır. 2.2.B1 grubu 2.2.B2 grubuna göre daha fazla
genotipten oluşmuş ve kendi içinde de yeniden I, II, III, IV ve V olarak adlandırılan
5 alt gruba ayrılmıştır. Grupların oluşmasında gerek coğrafi orijin gerekse de
morfolojik özelliklerin herhangi bir etkisi görülmemiştir.
Bu alt gruplardan I, genetik benzerlik oranları 0.63 ile 1.00 arasında değişen
ve daha küçük gruplardan oluşan toplam 42 adet genotip (Kar 24, Kar 25, Kar 92,
Kar 195, Kar 150, Kar 116, Kar 146, Kar 38, Kar 78, Kar 200, Kar 230, Kar 86, Kar
162, Kar 154, Kar 171, Kar 100, Kar 160, Kar 97, Kar 310, Kar 142, Kar 197, Kar
242, Kar 192, Kar 208, Kar 215, Kar 218, Kar 37, Kar 104, Kar 59, Kar 164, Kar 77,
Kar 177, Kar 173, Kar 117, Kar 121, Kar 114, Kar 205, Kar 181, Kar 70, Kar 152,
Kar 151, Kar 23, Kar 149) içermiştir. Genotiplerin çoğu Türkiye’nin farklı
![Page 99: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/99.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
86
bölgelerinden toplanmış olmakla birlikte, ağırlıkla Güneydoğu Anadolu
Bölgesi’ndendir. Mısır’dan toplanan ve morfolojik olarak diğer genotiplerden farklı
olan Kar 24 ve Kar 25 (Solmaz, 2003), KKTC’den toplanan Kar 92 ve Kar 310 ile
birlikte Kar 37 kodlu Halep Karası çeşidi de bu grupta yer almıştır. SSR analizleri
neticesinde birbirinden ayrılamayan Kar 78 ve Kar 200 ile Kar 86 ve Kar 162
genotiplerinin de bu grupta olduğu görülmüştür. Bununla birlikte grup içerisinde
genetik olarak birbirine çok yakın genotipler de tespit edilmiştir. Kar 154, Kar 86 ve
Kar 162’ye 0.94 oranında, Kar 77 ile Kar 173 0.94 oranında ve Kar 192 ile Kar 208
de 0.93 oranında birbirine benzemektedir.
2.2.B1 alt grubunun 2. alt grubu olan ve dendrogramda II olarak gösterilen
grupta Kar 58, Kar 175, Kar 176, Kar 129, Kar 177 ve Kar 147 genotipleriyle birlikte
Crimson Sweet ve Allsweet gibi açık tozlanan çeşitler ve Celebration ve Crimson
Tide gibi hibrit çeşitler de yer almıştır. Grup I’de olduğu gibi Grup II’yi oluşturan
genotipler de farklı bölgelerden olmakla birlikte, ticari çeşitlerin çoğunun bu grupta
yer alması dikkat çekmektedir. Bu grup içerinde birbirine en çok benzeyenler 0.94
oranıyla Crimson Sweet ve Allsweet çeşitleri olmuştur. Şanlıurfa’dan toplanan Kar
129 uzun meyve şekliyle morfolojik olarak diğer genotip ve çeşitlerden daha farklı
bir görüntü sergilemiştir. Diğer genotipler ise her ne kadar kabuk rengi bakımından
farklı olsalar da gerek şekil gerekse meyve et rengi bakımından birbirlerine
benzemektedirler. Tekirdağ’dan toplanan Kar 177 genetik olarak 0.87 benzerlik
oranında Kar 129 ile birlikte gruplansa da II no’lu grup içerisinde morfolojik olarak
ticari çeşitlere en yakın genotiptir. Üçüncü alt grup dendrogramda III olarak
numaralandırılmış ve 6 genotipten (Kar 36, Kar 102, Kar 93, Kar 98, Kar 217, Kar
285) oluşmuştur. Genetik benzerlik oranları 0.71 ile 0.85 arasında değişen
genotiplerin toplandıkları bölgeler de diğer gruplarda olduğu gibi farklıdır. Meyve
özellikleri bakımından Kar 36, Kar 285’e, Kar 102 de Kar 217’ye benzemektedir. Bir
diğer alt grup olan IV’de orijinleri farklı, ancak meyve şekilleri bakımından birbirine
benzeyen 4 genotip (Kar 212, Kar 222, Kar 241, Kar 277) ve 2 adet açık tozlanan
(Charleston Gray ve Calhoun Gray) çeşidi içermektedir. 2.2.B1 alt grubunun son alt
grubu V ise Osmaniye’den toplanan tek bir genotipten (Kar 298) oluşmuş ve 0.52
benzerlik oranında 2.2.B1 alt grubunda yer alan diğer tüm genotiplerden ayrılmıştır.
![Page 100: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/100.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
87
2.2.B2 alt grubu da kendi içinde dendrogramda VI, VII, VIII ve IX şeklinde
gösterilen 4 gruba ayrılmıştır. Bu gruplardan VI Kar 28, Kar 84, Kar 174, Kar 139,
Kar 163 ve Kar 268 genotiplerini içermektedir. Grup içerisinde birbirine en yakın
genotipler 0.79 benzerlik oranı ile ETAE’nden temin edilen Kar 84 ile Manisa
ilinden toplanan Kar 174’dür. Dendrogramda VIII olarak gösterilen alt grupta ise Kar
29, Kar 35, Kar 153, Kar 216, Kar 224 genotipleriyle birlikte Dixilee ve Congo da
yer almaktadır. Grup içerisinde Kar 29 ve Kar 35, 0.79 benzerlik oranıyla birbirine
en yakın genotiplerdir. Basık yuvarlak meyvesi ve sarı et rengiyle Kar 29, Kar
35’den morfolojik olarak son derece farklıdır. Bir diğer alt grup olan VIII ise Kar
178, Kar 203 ve Kar 254 genotiplerinden oluşmuştur. Bu grup içerisinde
Antakya’dan toplanan ve Zerzuri olarak bilinen Kar 243, 0.66 benzerlik oranı ile
diğer 2 genotipten ayrılmıştır. Niğde’den toplanan Kar 254 ise 2.2.B1 grubunda yer
alan diğer genotiplerden 0.53 benzerlik oranında ayrılarak tek başına IX grubunu
oluşturmuştur.
Sonuç olarak SSR analizleri verileriyle elde edilen dendrogramda Citrullus
lanatus var. lanatus alt türüne ait Türkiye’nin farklı bölgelerinden toplanan
karpuzların diğer Citrullus türlerinden (C.l. var. citroides, C. colocynthis, C. rehmii
ve akraba türden (Praecitrullus fistulosus) genetik olarak farklı olduğu ortaya
konmuştur. Büyük bir grupta toplanan (2.2) bu karpuzların genetik benzerlik oranları
0.48 ile 1.00 arasında değişen farklı alt gruplara ayrıldığı ve bu alt grupların
oluşmasında gerek karpuzların toplandığı orijin, gerekse morfolojik özelliklerin
herhangi bir etki yaratmadığı görülmüştür. Bu bulguyu Jarret ve ark. (1997)
tarafından yapılan çalışma sonuçları da desteklemiştir. Araştırıcılar SSR markörlerini
kullanmışlar ve C. lanatus var. lanatus türünde yer alan alt grupların oluşmasıyla
genotiplerin coğrafi orijinleri ya da meyve et rengiyle arasında güçlü bir korelasyon
olmadığını tespit etmişlerdir. Türkiye’nin farklı bölgelerinden toplanan ve C. lanatus
var. lanatus alt türüne giren karpuzların genetik çeşitliliğinin RAPD markörleriyle
araştırıldığı bir çalışmada (Sarı ve ark., 2007b), genotiplerin benzerlik oranlarının
0.93-1.00 arasında değiştiği ve bu karpuzların genetik yapı bakımından birbirine son
derece yakın olduğu belirlenmiştir. Kültürü yapılan karpuz genotipleri ve çeşitleri (C.
lanatus var. lanatus), kabuk rengi ve kalınlığı, meyve şekli ve büyüklüğü, meyve eti
![Page 101: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/101.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
88
yapısı ve rengi, şeker içeriği, tohum şekli ve rengi gibi morfolojik karakterler
açısından son derece değişken olmalarına rağmen, DNA düzeyinde sınırlı
polimorfizme sahip (Navot ve Zamir, 1987) olmalarının nedeninin, karpuzun orijin
merkezinin dışında kültüre alınması olabileceği bildirilmiştir (Jarret ve ark., 1997).
Meyve özellikleri bakımından farklı olan karpuz çeşitleri arasındaki genetik
çeşitliliğin RAPD markörleriyle araştırıldığı çalışmalarda karpuz çeşitleri arasında
görülen düşük DNA polimorfizminin bu çeşitlerin dar bir genetik yapıya sahip
olmalarından kaynaklandığı rapor edilmekle birlikte (Levi ve ark., 2000; Levi ve
ark., 2001b), meyve özelliklerinde gözlenen farklılıkların gen mutasyonlarının bir
sonucu olduğu ve RAPD markörleri ile tespit edilemeyebileceği açıklanmıştır (Levi
ve ark., 2008).
Çalışma sonucunda elde edilen bulgular neticesinde SSR markörlerinin
genetik yapı bakımından çok da zengin olmayan kültür karpuzlarının genetik
çeşitliliğinin araştırılmasında daha etkili olduğu sonucu ortaya çıkmıştır.
SSR markörleri, karpuzlarda farklı türlere ait genotipler arasındaki genetik
çeşitliliğin belirlenmesinde başarıyla kullanılmaktadır. Örneğin Jarret ve ark.
(1997) tarafından yapılan bir çalışmada farklı orijinlere sahip karpuzlarda genetik
çeşitliliğin SSR markörleri ile araştırılmasında kümeleme analizleri Citrullus
genotiplerinin çoğunu birbirinden ayırmış ve % 25 genetik benzerlik seviyesinde 4
grup oluşmuştur. En büyük grubu Citrullus lanatus var. lanatus genotipleri içermiş
ve kendi içinde de farklı alt gruplara ayrılmıştır. İkinci büyük grup ise “citron” olarak
da adlandırılan Citrullus lanatus var. citroides alt türünün yabani ve kültüre alınmış
genotipleri oluşturmuştur. Üçüncü grup Citrullus lanatus var. lanatus olarak
tanımlanan, ancak Citrullus lanatus var. lanatus ile Citrullus lanatus var. citroides
melezi olduğu düşünülen bir genotipten ve dördüncü grup da Citrullus colocynthis
türüne ait tek bir genotipten oluşmuştur.
Levi ve ark. (2008) tarafından yapılan bir diğer çalışmada da genetik
çeşitliliği az olan 25 Amerikan karpuz çeşidi ve farklı türlere ait (4 adet C. lanatus
var. lanatus genotipi, 5 adet Citrullus lanatus var. citroides genotipi ve 4 adet
Citrullus colocynthis genotipi) 13 adet Amerika bitki introdüksiyonu arasındaki
genetik ilişkiler EST-SSR markörleriyle belirlenmiş ve 3 ana Citrullus türünün
![Page 102: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/102.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
89
birbirinden ayrıldığı saptanmıştır. Dört adet Citrullus colocynthis genotipinin diğer
türlere daha uzak, Citrullus lanatus var. citroides PI’larının ise gerek Citrullus
lanatus var. lanatus PI’larına, gerekse de çeşitlerine daha yakın olduğu görülmüştür.
Karpuzlarda türler arasındaki genetik uzaklığın beklenildiği üzere tür içi
genetik uzaklıktan daha fazla olduğu (Citrullus lanatus var. lanatus ile Citrullus
lanatus var. citroides arasında % 40, Citrullus colocynthis ile Citrullus lanatus var.
citroides arasında % 43 ve Citrullus lanatus var. lanatus ile Citrullus colocynthis
arasında ise % 46) Nimmakayala ve ark. (2009) tarafından tespit edilmiştir.
SSR analizleri sonucunda benzerlik indeksi ile dendrogram arasındaki
kofenetik korelasyon katsayısı 0.90 olarak tespit edilmiştir ve bu değer benzerlik
indeksleri ile dendrogram arasındaki korelasyonun çok yüksek olduğunu
göstermektedir (Mohammadi ve Prasna, 2003).
4.1.1.4. SSR Verileriyle Yapılan Temel Koordinat Analizinin Değerlendirilmesi
Temel koordinat analizlerinde kümeleme (Cluster) analizlerinde kullanılan
benzerlik matriksinden yararlanılmış ve iki boyutlu dağılım grafiği SAS (SAS, 2006)
programında oluşturulmuştur (Şekil 4.4).
Temel Koordinat Analizi sonucu elde edilen iki boyutlu grafiğin birinci
boyutu (D1) toplam moleküler varyansın % 13.70’ini, 2. boyutu (D2) ise % 10.01’ini
açıklamıştır. Grafik incelendiğinde Praecitrullus fistulosus (PI 217522 ve PI
174812), Citrullus colocynthis (PI 220778 ve PI 432337), Citrullus rehmii (PI
632755) ve Citrullus lanatus var. lanatus (PI 482293, PI 296341, PI 270563, Kar 26)
genotiplerinin Citrullus lanatus var. lanatus türüne ait Türkiye’den toplanan ve ticari
çeşitlerden uzakta gruplandığı görülmüştür. Türkiye’den toplanan genotiplerle
birlikte açık tozlanan ve hibrit çeşitler arasında bazı genotiplerin çok yoğun ilişkili
olduğu tespit edilmiş ve bu genotipler grafikte A ve B kümeleri içerisinde
gösterilmiştir. Bu kümelerden A kümesi 10 adet (Kar 58, Kar 59, Kar 78, Kar 142,
Kar 151, Kar 152, Kar 164, Kar 205, Kar 242, Kar 310) genotipi içermektedir. Bu
kümelerden daha büyük olan B kümesi ise 18 genotipten (Kar 86, Kar 92, Kar 97,
Kar 105, Kar 116, Kar 117, Kar 129, Kar 146, Kar 147, Kar 150, Kar 160, Kar 171,
![Page 103: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/103.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
90
Kar 175, Kar 177, Kar 192, Kar 208, Kar 215, Kar 218) ve 2 ticari çeşitten (Allsweet
ve Bolkan) oluşmaktadır. Bu genotipler ağırlıklı olarak Güneydoğu Anadolu ve
Marmara Bölgeleri’nden toplanan genotipler olup, kırmızı meyve et rengi hariç,
diğer meyve karakterleri morfolojik bakımından varyasyon göstermektedir. A ve B
kümelerinde yer almayan diğer Citrullus lanatus var. lanatus genotipleri çok belirgin
bir gruplanmaya dahil olmasalar da kendi aralarında yakın ilişkiler sergileyerek
yabani türlerden ayrılmışlardır. Türkiye’den toplanan karpuzlarda genetik çeşitliliğin
RAPD markörleriyle araştırıldığı bir çalışmada elde edilen moleküler veriler Temel
Koordinat Analizine tabi tutulmuş ve Praecitrullus fistulosus genotiplerinin, diğer
Citrullus türlerinden ayrı gruplandığı ve Türkiye’den toplanan Citrullus lanatus var.
lanatus türüne ait genotiplerin yoğun bir şekilde bir arada kümelendiği tespit
edilmiştir (Solmaz ve ark., 2010).
Şekil. 4.4. SSR verileriyle yapılan temel koordinat analizi sonucu elde edilen iki
boyutlu grafik
![Page 104: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/104.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
91
4.1.2. SRAP Analizleri
4.1.2.1. Karpuz Genotiplerinin SRAP Tekniği ile Karakterizasyonunda
Polimorfizmin Değerlendirilmesi
Çalışmada 93 adet karpuz genotipini moleküler olarak karakterize etmek ve
aralarındaki genetik ilişkiyi belirlemek amacıyla SRAP tekniği kullanılmıştır. On
adet forward (ileri) ve 10 adet reverse (geri) primerinin farklı kombinasyonları
denenmiş ve polimorfizm oranı yüksek 31 primer kombinasyonu ile çalışma
yürütülmüştür. Jel görüntüleme işleminden sonra bantların belirgin olanları dikkate
alınmış, bant varlığında (1), bant yokluğunda (0) ve amplifikasyon yokluğunda (9)
rakamı verilerek değerlendirme yapılmıştır. Bu değerlendirme sonucunda her bir
primer çifti için elde edilen toplam bant sayısı (adet), polimorfik bant sayısı (adet)
bant uzunluk aralıkları (bp) ve polimorfizm oranı (%) Çizelge 4.2’de sunulmuştur.
Çalışmada kullanılan 31 primer kombinasyonundan elde edilen bant
büyüklükleri 100-1000 bp arasında değişmiştir. En küçük bant uzunluğu 100 bp ile
me1em4, me1em11 me3em1, me3em3, me3em4, me4em2, me4em3, me5em1,
me5em4, me7em8 ve me11em1 kombinasyonlarından, en büyük bant uzunluğu ise
1000 bp ile me1em6, me2em6, me3em2, me3em3, me3em6, me4em6, me5em2,
me5em6, me5em12 kombinasyonlarından elde edilmiştir. Değerlendirilen 31 primer
kombinasyonu, 461’i polimorfik toplam 472 adet bant üretmiştir.
Primer başına elde edilen toplam bant sayısı 10-25 (ortalama 15.2) arasında,
toplam polimorfik bant sayısı ise 8-25 (ortalama 14.9) arasında değişmiştir. En fazla
bant me5em12 (25 adet) kombinasyonundan, en az bant ise me5em1 (10 adet)
kombinasyonundan elde edilmiştir. Polimorfik bant sayısı bakımından ise me5em12
kombinasyonu en çok (25 adet), me4em1 kombinasyonu ise en az (8 adet) bandı
üretmiştir. Çalışmada kullanılan SRAP primer kombinasyonlarından me1em11 ve
me1em6’ya ait agaroz jel görüntüleri Şekil. 4.5 ve Şekil 4.6’da sunulmuştur.
Primerlerin toplam polimorfizm oranı ise % 97.3 olarak tespit edilmiştir.
Polimorfizm oranı en yüksek primer kombinasyonları % 100 ile me1em4, me2em3,
me2em4, me2em5, me2em6, me3em1, me3em2, me3em3, me3em4, me3em5,
![Page 105: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/105.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
92
me3em6, me4em2, me4em3, me4em4, me4em6, me5em2, me5em3, me5em5,
me5em6, me5em12, me6em6, me9em11, me11em1 iken, en düşük oran ise % 72.7
ile me4em1 primer kombinasyonuna aittir.
Çizelge 4.2. SRAP primerlerinin amplifikasyonu sonucu elde edilen toplam bant
sayısı (adet), polimorfik bant sayısı (adet), bant uzunluk aralıkları (bp), polimorfizm oranı (%)
Primer Çifti Toplam Bant Sayısı (adet)
Polimorfik Bant Sayısı (adet)
Bant Uzunluk
Aralıkları (bp)
Polimorfizm Oranı (%)
me1em3 12 11 175-900 91.7 me1em4 15 15 100-950 100 me1em6 11 10 175-1000 90.9 me1em11 18 18 100-900 100 me2em3 14 14 150-900 100 me2em4 16 16 150-900 100 me2em5 11 11 150-900 100 me2em6 16 16 150-1000 100 me3em1 11 11 100-750 100 me3em2 17 17 125-1000 100 me3em3 15 15 100-1000 100 me3em4 15 15 100-950 100 me3em5 15 15 125-900 100 me3em6 17 17 125-1000 100 me4em1 11 8 125-900 72.7 me4em2 17 17 100-950 100 me4em3 14 14 100-900 100 me4em4 14 14 150-900 100 me4em6 16 16 175-1000 100 me5em1 10 9 100-900 90 me5em2 16 16 150-1000 100 me5em3 13 13 175-900 100 me5em4 23 22 100-925 95.7 me5em5 12 12 175-925 100 me5em6 15 15 150-1000 100 me5em10 16 15 150-900 93.8 me5em12 25 25 125-1000 100 me6em6 18 18 125-900 100 me7em8 15 13 100-900 86.7 me9em11 18 18 125-800 100 me13em4 16 15 125-925 93.8 Toplam 472 461 - -
Ortalama 15.2 14.9 - 97.3
![Page 106: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/106.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
93
Şekil 4.5. me1em11 SRAP primer kombinasyonuna ait agaroz jel görüntüsü
Şekil 4.6. me1em6 SRAP primer kombinasyonuna ait agaroz jel görüntüsü
Kolay uygulanabilen, tekrarlanabilen aynı zamanda ucuz ve etkili bir markör
sistemi olan SRAP’ın (Li ve Quiros, 2001) aynı zamanda çok sayıda polimorfik bant
![Page 107: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/107.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
94
verebilen bir markör sistemi olduğu Guo ve Luo (2006) tarafından bildirilmiştir.
Araştırmada kullanılan 31 SRAP primer kombinasyonundan elde edilen toplam bant
(472) ve toplam polimorfik bant sayısının (461) araştırıcıların tespitiyle uyumlu
bulunduğu görülmektedir.
Karpuzlarda SRAP markör tekniği kullanılarak yapılan genetik çeşitlilik
çalışmalarında elde edilen primer başına ortalama bant sayısının ve polimorfizm
oranının yürütülen tez çalışması ile karşılaştırıldığında daha düşük değerler aldığı
dikkati çekmektedir. Örneğin Levi ve Thomas (2007), genetik çeşitlilik seviyesi
oldukça düşük olan 24 karpuz genotipinde polimorfizmi, toplam 146 markör (RAPD,
ISSR, AFLP, SRAP) kullanarak araştırmış ve 53 RAPD marköründen 5’inin (% 9.4),
15 ISSR marköründen 6’sının (% 40.0), 37 AFLP marköründen 30’unun (% 81.0) ve
41 SRAP marköründen 33’ünün (% 80.5) polimorfik olduğunu tespit etmişlerdir.
Araştırıcılar, SRAP markörlerinin AFLP markörleri kadar etkili olduğunu ve karpuz
genomunda farklı bağlantı (linkage) bölgelerini temsil ettiğini bildirmişlerdir.
Karpuzlarda yürütülen bir diğer çalışmada ise Yan ve Zhang (2005), hibrit
çeşitler arasındaki genetik çeşitliliği SRAP markörleri ile değerlendirmişler ve 25
primer kombinasyonunun 20 adedinin (%80) toplam 135 adet polimorfik bant
ürettiğini, primer başına elde edilen ortalama bant sayısının ise 7.11 olduğunu tespit
etmişlerdir.
Her iki çalışmada da karpuz gibi genetik temeli dar olan bir türde, birbirine
yakın genotiplerin ve çeşitlerin kullanılması polimorfizm oranının düşük olmasına
neden olmuştur. Yürütülen tez çalışması kapsamında ise elde edilen % 97.3’lük
polimorfizm oranı, ticari çeşitlere göre genetik çeşitlilik bakımından nispeten daha
zengin olan yerel genotiplerin, farklı Citrullus türlerine ve akraba türe (Praecitrullus
fistulosus) ait genotiplerin kullanılmış olmasından kaynaklanmaktadır.
Farklı Cucurbitaceae türleri ve diğer bitki türlerinde genetik çeşitlililiğin
SRAP yöntemi ile araştırıldığı çalışmalarda da polimorfizm oranı bakımından SRAP,
başarılı sonuçlar ortaya koymuş ve bu çalışmalardan birçoğunun tez çalışması ile
uyumlu bulgular verdiği görülmüştür. Örneğin İnan (2008), 24 kabak genotipinde
SRAP ve ISSR markör tekniklerini kullanarak moleküler karakterizasyon yapmış ve
![Page 108: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/108.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
95
8 farklı SRAP primer kombinasyonundan tamamı polimorfik (% 100) toplam 71 adet
bant elde etmiştir.
Morfolojik ve orijin olarak birbirinden farklı 47 Cucurbita moschata
genotipinin moleküler karakterizasyonunda SRAP ve AFLP markör tekniklerini
kullanan Ferriol ve ark. (2004b), 11 SRAP primer kombinasyonundan 148 bant elde
edildiğini ve bunlardan 98 adedinin (% 66.2) polimorfik olduğunu tespit etmişlerdir.
Kabaklarda (Cucurbita pepo L.) Ferriol ve ark. (2003) tarafından SRAP
markör tekniği ile yapılan bir diğer moleküler karakterizasyon çalışmasında ise 11
adet SRAP primer kombinasyonundan 88 bant elde edilmiş ve bunlardan 64 adedi
(% 72.7) polimorfik bulunmuştur. Araştırıcılar SRAP markörlerinden, AFLP
markörlerine göre, morfolojik çeşitlilikle daha uyumlu bilgiler elde edildiğini
bildirmişlerdir.
Turpta (Raphanus sativus L.) yapılan bir çalışmada ise 35 adet genotipin
genetik çeşitliliği RAPD, ISSR ve SRAP markörleri kullanılarak belirlenmiştir
(Wang ve ark., 2008). Araştırıcılar, SRAP analizleri sonucunda uzunlukları 200-
2000 bp arasında değişen toplam 233 bantın 199 adedinin (% 85.2) polimorfik
olduğunu tespit etmişlerdir. RAPD yöntemiyle elde edilen polimorfizm % 85.44
iken, ISSR’da ise % 85.41 bulunmuştur. Her ne kadar polimorfizm oranı bakımından
benzer değerlere ulaşılsa da ortalama polimorfik bant sayısı bakımından SRAP’ın
(11.76 adet), RAPD (10.06) ve ISSR (9.68)’a göre daha yüksek değerlere sahip
olması, bu markör sisteminin araştırıcılar tarafından genetik çeşitliliğin tespitinde
etkin bir markör sistemi olarak değerlendirilmesine neden olmuştur.
Gülşen ve ark. (2007) ise bamyalarda yaptıkları çalışmada 39 adet primer
kombinasyonundan toplam 97, primer kombinasyonu başına ise ortalama 2-6 bant
elde edildiğini, bant uzunluklarının 110-1400 bp arasında ve polimorfizm oranının da
% 50 olduğunu bildirmişlerdir. Araştırıcılar genotipler arasındaki yüksek benzerlik
düzeyinin (0.86-1.00) ise bamyanın büyük oranda kendine tozlanan bir tür
olmasından kaynaklandığını belirtmişlerdir.
Bezelyede (Pisum sativum L.) genetik çeşitliliği SRAP markörleriyle
belirlemek amacıyla Espósito ve ark. (2007), toplam 7 adet primer kombinasyonu
kullanmışlar ve uzunlukları 400-1200 bp arasında değişen toplam 162 adet
![Page 109: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/109.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
96
polimorfik bant elde etmişlerdir. Primer kombinasyonu başına ortalama bant sayısı
ise 23 adet olup, bu değer genelde SRAP markörlerinden elde edilen ortalama bant
sayısından (10-20 adet) yüksek bulunmuştur.
Turunçgillerde genetik çeşitliliği SRAP markörleriyle karakterize eden Uzun
(2009) ise, farklı türlerde polimorfizm oranının % 34 ile % 98 arasında değiştiğini
saptamıştır. En düşük polimorfizm oranının portakallardan, en yüksek polimorfizmin
ise akraba ve diğer gruplardan elde edildiği çalışmada, polimorfizm seviyesindeki
değişimin portakal grubunda mutasyon sonucu gelişmiş çeşit ve genotiplerin, akraba
ve diğer gruplar içinde ise alt soy ve hatta soy düzeyinde farklı cins ve türlerin yer
almasından kaynaklandığı bildirilmiştir.
Fu ve ark. (2008) tarafından farklı türlere ait 22 karanfil genotipinin genetik
çeşitliliği SRAP ve ISSR moleküler markörleriyle ayrıca morfolojik olarak
değerlendirilmiştir. Her üç sistemin etkinliği SRAP>ISSR>morfolojik
karakterizasyon şeklinde olmuştur. SRAP analizlerinde kullanılan 11 primer
kombinasyonu % 95.76’sı polimorfik, toplam 158 bant üretmiştir.
Vandermark ve ark. (2006)’nın 5 yonca (Medicago sativa L.) genotipi
arasındaki genetik ilişkileri SRAP markörleriyle araştırdığı çalışmada ise 14 adet
primer kombinasyonu kullanılmış ve 226 adedi polimorfik olmak üzere toplam 249
adet bant elde edilmiştir.
Budak ve ark. (2004a) ise, 53 çim [Buchloe dactyloides (Nutt.) Elgelm.]
genotipi arasındaki genetik çeşitliliği SRAP markörleriyle değerlendirmiş ve
kullanılan 34 primer kombinasyonundan uzunlukları 150-1000 bp arasında değişen
231 adedi polimorfik toplam 243 adet bant ve % 95 oranında polimorfizm elde
etmişlerdir. Aynı araştırıcıların (Budak ve ark., 2004b) çimlerde filogenetik
ilişkileri RAPD, ISSR, SSR ve SRAP markörleriyle inceledikleri bir diğer
araştırmada ise elde edilen polimorfizm oranı RAPD ile (% 79), ISSR ile (% 81),
SSR ile (% 87) ve SRAP ile (% 95) olarak tespit edilmiş ve SRAP yönteminin
genotipler arasındaki farklılıkların belirlenmesinde en etkili yöntem olduğu
bildirilmiştir.
Genetik çeşitliliği belirlemede son derece başarılı olan SRAP markör
tekniğinin (Cravero ve ark., 2007; Li ve ark., 2008; Wang ve ark., 2008) genetik
![Page 110: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/110.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
97
ilişkilerin açıklanmasında, markör yardımıyla seleksiyonda (MAS), çekirdek
koleksiyonların oluşturulmasında ve genetik haritalama çalışmalarında
kullanılabileceği bildirilmiştir (Gülşen ve ark., 2007).
Toplam 93 adet karpuz genotipinin moleküler karakterizasyonu amacıyla 31
primer kombinasyonu kullanılarak yapılan çalışmada elde edilen polimorfizm oranı
(% 97.3) bakımından SRAP markörlerinin RAPD (% 62; Lee ve ark., 1996; % 60.6;
Sarı ve ark., 2007b), AFLP (% 45.3-64.2; Che ve ark., 2003) ve ISSR (% 81.6;
Levi ve ark., 2004) gibi moleküler markörlerden daha üstün olduğu görülmüştür.
4.1.2.2. SRAP Analizleri Sonucu Elde Edilen Benzerlik İndeksinin
Değerlendirilmesi
Karpuz genotipleri arasındaki genetik çeşitliliği belirlemek amacıyla yapılan
çalışmada SRAP tekniğiyle elde edilen veriler NTSYS (Numerical Taksonomy and
Multivariate Analysis System Version 2.0, Rohlf, 1998) paket programı kullanılarak
analiz edilmiştir. Öncelikle genotipler arasındaki benzerlik indeksi Jaccard (Jaccard,
1908) yöntemi kullanılarak hesaplanmış ve elde edilen benzerlik indeks değerleri EK
2’de sunulmuştur.
Toplam 93 karpuz genotipi arasındaki benzerlik indeks değeri 0.18 ile 0.97
arasında değişmiştir. Genetik benzerlik açısından birbirine en yakın genotiplerin 0.97
benzerlik indeksi değeri ile Kar 142 ile Kar 146 ve Kar 146 ile Kar 152 olduğu
görülmüştür. Bu genotiplerin her üçünün de orijini Güneydoğu Anadolu Bölgesi’dir.
Kar 142 ve Kar 146 Şanlıurfa’nın Bozova ilçesinin Tatköy’ünden toplanan
genotiplerdir. Morfolojik olarak da birbirine benzeyen bu genotipler yuvarlak şekilli
olup çizgilidirler. Kabuk zemin rengi açısından farklı olan bu iki genotipin her
ikisinin de kabuğu kalındır. Kar 152 ise yine Şanlıurfa’dan toplanan ve “Yerli
Yuvarlak” olarak bilinen bir genotiptir. Şekilsel olarak Kar 146’ya benzemekle
birlikte, kabuğu düz koyu yeşildir. Genotiplerin üçünün de meyve eti kırmızıdır.
Genetik olarak birbirine yakın diğer genotipler 0.96 benzerlik indeksi değeri ile Kar
28 ile Kar 29, Kar 35 ile Kar 36, Kar 78 ile Kar 84, Kar 84 ile Kar 92, Kar 92 ile Kar
35, Kar 92 ile Kar 93, Kar 93 ile Kar 35, Kar 93 ile Kar 97, Kar 121 ile Kar 117, Kar
![Page 111: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/111.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
98
149 ile Kar 142, Kar 149 ile Kar 146, Kar 150 ile Kar 146, Kar 152 ile Kar 142, Kar
152 ile Kar 149, Kar 152 ile Kar 150, Kar 163 ile Kar 162’dir.
Genetik olarak en uzak genotipler ise 0.18 benzerlik indeksi değeri ile
Praecitrullus fistulosus genotipi olan Hindistan orijinli PI 174812 ile Citrullus
colocynthis genotipleri olan Afganistan orijinli PI 220778 ve Kıbrıs orijinli PI
432337’dir.
Citrullus colocynthis türüne ait PI 220778 ve PI 432337 genotipleri
arasındaki benzerlik indeksi değeri 0.66 iken, Citrullus lanatus var. citroides
genotipleri arasındaki değer 0.58 ile 0.72 arasında değişmiştir. Citrullus rehmii
genotipi PI 632755’in genetik olarak en yakın olduğu genotip (benzerlik
indeksi=0.51) bir Citrullus colocynthis genotipi olan PI 432337’dir. Genetik
benzerlik açısından diğer genotiplerden daha düşük değerlere sahip iki genotip de
Mısır’ın İskenderiye şehrinden toplanan Kar 24 ve Kar 25’dir. Bu genotipler
morfolojik olarak da diğer C. lanatus var lanatus genotiplerinden farklı olmakla
birlikte (Solmaz, 2003), genetik olarak birbirlerine 0.91 oranında benzemektedirler.
Çalışmanın büyük çoğunluğunu oluşturan C. lanatus var. lanatus genotipleri ve
çeşitleri arasındaki genetik benzerlik indeksi değerleri ise 0.61 ile 0.97 arasında
değişmiştir.
Elde edilen bulgular önceki çalışmalarla (Levi ve ark., 2000; 2001a; 2001b)
uyum içerisinde olmuş ve morfolojik olarak birbirinden oldukça farklı C. lanatus var.
lanatus karpuz genotiplerinin genetik olarak birbirlerine benzedikleri tespit
edilmiştir.
4.1.2.3. SRAP Analizleri Sonucu Elde Edilen Dendrogramın Değerlendirmesi
Benzerlik indeksinden yararlanılarak UPGMA (Unweighted Pair Group
Method Using Arithmetic Average) metodu ile kümeleme (Cluster) analizleri
yapılmış ve dendrogram (Şekil 4.7) elde edilmiştir. Dendrogramın benzerlik
matriksini ne ölçüde temsil ettiği Mantel Matriks Benzerlik testi (Mantel's Matrix
Correspondence Test) ile testlenmiştir (Mantel, 1967). Bu test sonucunda kofenetik
korelasyon katsayısı (Cophenetic Correlation Coefficient), r, değeri elde edilmiştir.
![Page 112: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/112.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
99
Dendrogram incelendiğinde genotiplerin tamamının birbirinden ayrıldığı, 93
adet genotipin genetik benzerlik düzeyinin 0.22 ile 0.97 arasında değiştiği ve temelde
2 ana grup oluştuğu (1 ve 2) görülmüştür. Birinci ana grupta (1) yer alan
Praecitrullus fistulosus genotipleri (PI 217522 ve PI 174812) 0.22 benzerlik
düzeyinde Citrullus cinsine giren tüm genotipleri içeren ikinci ana gruptan (2)
ayrılmıştır. Karpuzlarda genetik çeşitliliğin RAPD markörleriyle araştırıldığı Solmaz
ve ark. (2010) tarafından yapılan çalışmada da benzer sonuçlar elde edilmiş,
Praecitrullus fistulosus genotipleri diğer tüm Citrullus genotiplerinden 0.26
benzerlik düzeyinde ayrılmış ve genetik olarak da birbirlerine % 98 oranında yakın
bulunmuştur.
İkinci ana grup (2), 91 adet karpuz genotipi içermekle birlikte 0.51 benzerlik
düzeyinde iki alt gruba (2.1 ve 2.2) ayrılmıştır. Birinci alt grubun da (2.1) 0.68
benzerlik düzeyinde yeniden 2 alt gruba ayrıldığı görülmüştür. Bu alt gruplardan biri
(2.1.A) Citrullus rehmii türüne ait tek genotip olan PI 632755’i, diğeri ise (2.1.B)
Citrullus colocynthis türüne ait PI 220778 ile PI 432337 genotiplerini içermiştir.
İkinci ana grubun ikinci alt grubu (2.2) ise 0.55 benzerlik seviyesinde yeniden
2 alt gruba (2.2.A ve 2.2.B) ayrılmıştır. Bu alt gruplardan 2.2.A alt grubu Citrullus
lanatus var. lanatus genotipleri ile birlikte hibrit ve açık tozlanan çeşitlerin tamamını
kapsamış ve 2 alt gruptan (2.2.A1 ve 2.2.A2) oluşmuştur. 2.2.A.1 alt grubu birbirine
genetik olarak son derece yakın (%91 oranında) olan ve her ikisi de Mısır’dan
toplanan Kar 24 ve Kar 25 genotiplerini içermiştir. Bu genotipler morfolojik
özellikleri bakımından da diğer Citrullus lanatus genotiplerinden farklıdır.
Yaprakları koyu yeşil ve çok parçalı olup, ana gövdeleri oldukça tüylü ve incedir.
Çiçekleri açık sarı renkli olup yumurtalıkları yoğun tüyle kaplıdır. Meyveleri 1 kg
civarında ve kabuk rengi gri yeşil renklidir. Meyve eti beyaz olup, tohumları küçük
ve yeşildir (Solmaz, 2003). RAPD markörleriyle Kar 24 ve Kar 25’in genetik olarak
da diğer Citrullus lanatus var. lanatus’lardan farklı grupda olduğu bildirilmiştir
(Sarı ve ark., 2007b). Genetik kaynak kütüğünde türleri Citrullus lanatus var.
lanatus olarak kaydedilmişse de bu iki genotipin Citrullus lanatus var. lanatus ile
Citrullus colocynthis türleri arasında yer alan bireyler olabileceği düşünülmektedir.
![Page 113: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/113.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
100
Şekil 4.7. SRAP markörleri ile elde edilen dendrogram
![Page 114: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/114.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
101
Oldukça fazla sayıda alt gruba sahip 2.2.A2 grubuna bakıldığında Citrullus
lanatus var. lanatus genotiplerinin tamamının bu grupta yer aldığı ve her ne kadar
morfolojik özellikler açısından çok çeşitli olsalar da genetik olarak birbirine yakın
oldukları tespit edilmiştir. Crimson Sweet, Crimson Tide, Celebration ve Bolkan F1
ticari çeşitleri de bu genotiplerlerle aynı gurupta yer almıştır.
Çalışmada yer alan 4 adet Citrullus lanatus var. citroides genotipi (PI
296341, PI 270563, PI 482293, Kar 26) 2.2.B alt grubunu oluşturmuştur. Bu alt grup
da kendi içerisinde genetik benzerlik oranı 0.66 olan PI 296341 ve Kar 26
genotiplerini içeren 2.2.B1 ve genetik benzerlik oranı 0.76 olan PI 270563 ile PI
482293 genotiplerini içeren 2.2.B2 alt gruplarına ayrılmıştır.
Kümeleme (Cluster) analizi ile genotiplerin türlerine göre gruplanmaları ve
bu grupların hem birbirleriyle hem de kendi aralarında ortaya konan genetik ilişkiler
daha önce bu konuda yapılan çalışmalarla (Jarret ve ark., 1997; Levi ve ark., 2000,
2001a, 2005) uyumlu bulunmuştur.
Dendrogramdan elde edilen veriler ışığında karpuz genotiplerinin yer
aldıkları türler bazında gruplandığı ve grupların oluşmasında coğrafi orijinlerinin
etkili olmadığı belirlenmiştir. Ferriol ve ark. (2004b) tarafından SRAP ve SSR
markörleriyle Cucurbita maxima’da genetik çeşitliliğin araştırıldığı çalışmada da
benzer şekilde genotiplerin coğrafi orijin ve morfolojik özelliklerine göre
gruplanmadığı bildirilmiştir.
SRAP analizleri sonucunda benzerlik indeksleri ile dendrogram arasındaki
kofenetik korelasyon katsayısı 0.99 olarak tespit edilmiştir ki, bu değer benzerlik
indeksleri ile dendrogram arasındaki korelasyonun çok yüksek olduğunu
göstermektedir. Mohammadi ve Prasna (2003), bu katsayının 0.9 değerine eşit ve
büyük olması halinde benzerlik indeksleri ile elde edilen dendrogram arasında çok
yüksek bir korelasyonun olduğunu ve dendrogramın benzerlik indeksini çok iyi
temsil ettiğini bildirmişlerdir. Çalışmadan elde edilen bu sonuç da farklı
araştırmalarla uyumlu bulunmuştur. Budak ve ark. (2004a), tarafından çimde
yapılan bir çalışmada da SRAP analizleriyle elde edilen dendrogram ve benzerlik
indeksi arasındaki kofenetik korelasyon katsayısı 0.92 bulunmuş ve aralarında güçlü
![Page 115: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/115.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
102
bir ilişkinin olduğu belirlenmiştir. Benzer şekilde kofenetik korelasyon katsayısı
Ferriol ve ark. (2003) tarafından Cucurbita maxima’da 0.94 ve Gülşen ve ark.
(2007) tarafından da bamyada 0.94 olarak tespit edilmiştir.
SSR ve SRAP yöntemleri sonucu elde edilen benzerlik indeksleri arasındaki
kofenetik korelasyon katsayısı ise 0.75 olarak bulunmuştur. Bu durum SSR
markörleriyle elde edilen allel sayısının (66) SRAP’la elde edilen bant sayısına (472)
göre daha düşük olmasından kaynaklanmaktadır.
4.1.2.4. SRAP Verileriyle Yapılan Temel Koordinat Analizinin
Değerlendirilmesi
Temel koordinat analizlerinde (Principle Coordinate Analysis) kümeleme
(Cluster) analizlerinde kullanılan benzerlik matriksinden yararlanılmış ve iki boyutlu
dağılım grafiği SAS (SAS, 2006) programında oluşturulmuştur (Şekil 4.8).
Grafiğin birinci boyutu (D1) toplam moleküler varyansın % 20’sini, 2. boyutu
(D2) ise %7’sini açıklamıştır. Grafik incelendiğinde 2 ayrı küme oluştuğu (A ve B)
görülmüştür. Bu kümelerden büyük olan A kümesi 72 adet (Kar 23, Kar 26, Kar 28,
Kar 29, Kar 35, Kar 36, Kar 37, KAR 38, Kar 58, Kar 59, Kar 70, Kar 77, Kar 78,
Kar 84, Kar 86, Kar 92, Kar 93, Kar 98, Kar 100, Kar 104, Kar 105, Kar 109, Kar
114, Kar 116, Kar 117, Kar 121, Kar 129, Kar 139, Kar 142, Kar 146, Kar 147, Kar
149, Kar 150, Kar 151, Kar 152, Kar 153, Kar 154, Kar 162, Kar 163, Kar 164, Kar
171, Kar 173, Kar 174, Kar 175, Kar 176, Kar 177, Kar 178, Kar 181, Kar 192, Kar
197, Kar 200, Kar 203, Kar 205, Kar 208, Kar 212, Kar 216, Kar 217, Kar 218, Kar
222, Kar 224, Kar 230, Kar 238, Kar 242, Kar 254, Kar 268, Kar 298, Kar 310,
Congo, Charleston Gray, Calhoun Gray, Allsweet, Dixilee) Citrullus lanatus var.
lanatus genotipini içermiştir. Bu genotiplerin morfolojik olarak birbirlerinden farklı
olmalarına rağmen, aynı küme içerisinde ve çok yakın bir şekilde gruplanmaları
aralarındaki genetik varyasyonun düşük olmasından kaynaklanmaktadır.
![Page 116: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/116.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
103
Şekil 4.8. SRAP verileriyle yapılan temel koordinat analizi sonucu elde edilen iki boyutlu grafik
İkinci küme B ise yine Citrullus lanatus var. lanatus genotipleri olan Kar
243, Kar 277, Kar 285 ile Crimson Tide, Crimson Sweet, Celebration ve Bolkan gibi
ticari çeşitlerden oluşmuştur. Citrullus lanatus var. citroides genotipleri (Kar 26, PI
296341, PI 270563, PI 482293) Citrullus colocynthis genotipleri (PI 432337 ve PI
220778) ve Citrullus rehmii genotipi (PI 632755), düzlemde bu iki kümeden ayrı
olarak yer almakla birlikte, aynı türe ait genotipler birbirine yakın şekilde
konumlanmıştır. Citrullus lanatus var. lanatus ile Citrullus colocynthis melezi
olabilecekleri düşünülen Kar 24 ve Kar 25 de Citrullus lanatus var. lanatus
genotiplerinin oluşturduğu kümelerden ayrı olarak yerleşmişlerdir. İki Praecitrullus
fistulosus genotipi (PI 174812 ve PI 217522) ise tüm Citrullus türlerinden oldukça
uzak bir noktada ve birbirine yakın bir şekilde düzlemde yerini almıştır.
Temel koordinat analizi sonucu elde edilen iki boyutlu grafik, çalışmada yer
alan genotiplerin dağılımında türlerin etkili olduğunu ve Citrullus lanatus var.
![Page 117: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/117.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
104
lanatus türüne ait genotiplerin düşük polimorfizm nedeniyle birbirine yakın şekilde
gruplandığını net bir şekilde açıklamaktadır.
4.2. Karpuz Genotiplerinin Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp.
niveum)’na Dayanımlarının Klasik ve Moleküler Yöntemlerle
Araştırılması
Çalışmada yer alan Türkiye’nin farklı bölgelerinden ve farklı ülkelerden
toplanan yerel materyaller, açık tozlanan ve hibrit çeşitler ile farklı Citrullus türlerini
temsil eden toplam 91 adet genotip, tüm dünyada ve ülkemizde karpuz üretimini
sınırlayan en önemli fungal hastalıklardan biri olan Fusarium solgunluğu (Fusarium
oxysporum f.sp. niveum)’na dayanımlarının araştırılması amacıyla klasik ve
moleküler yöntemle test edilmiştir. Çalışmadan elde edilen bulgular iki ana başlık
altında sunulmuştur.
4.2.1. Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp. niveum)’na Dayanımın
Klasik Yöntemle Araştırılması
Karpuz genotipleri Fusarium solgunluğunun (Fusarium oxysporum f.sp.
niveum) 0, 1 ve 2 no’lu ırklarına karşı testlenmiştir. Değerlendirme Barnes (1972)
tarafından geliştirilen hastalık değerlendirme skalasına göre yapılmıştır. Skala
değerlerini gösteren fide resimleri Şekil 4.9’da sunulmuştur.
Değerlendirmede her bir genotipin hastalık oluşum (%) düzeyi
hesaplanmıştır. Ortalamaların karşılaştırılmasında Tukey testinden yararlanılmıştır.
Genotiplerin dayanıklılık düzeyleri de Barnes (1972) tarafından geliştirilen skalaya
göre belirlenmiş ve sonuçlar Çizelge 4.3’de sunulmuştur.
![Page 118: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/118.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
105
Şekil 4.9. Barnes (1972) tarafından geliştirilen hastalık değerlendirme skalası A: 0; hiçbir hastalık belirtisi göstermeyen sağlıklı bitkiler, B: 1; bodurlaşma gösteren bitkiler, C: 2; sararma gösteren bitkiler, D: 3; nekrozlaşma gösteren bitkiler, E: 5; ölü bitkiler
A B
C D
E
![Page 119: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/119.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
106
Çizelge 4.3. Karpuz genotiplerinin Fusarium oxysporum f.sp. niveum’un 0, 1 ve 2 no’lu ırklarına karşı reaksiyonları
Genotip No
Irk 0 Irk 1 Irk 2 HOD DD HOD DD HOD DD
Kar 23 38.2 a-j MR 45.6 a-m MR 67.3 c-j LR Kar 24 50.0 abc MR 52.1 a-g LR 73.3 cde S Kar 25 50.0 abc MR 56.9 abc LR 69.4 c-h LR Kar 26 50.4 ab MR 58.3 a LR 64.6 c-k LR Kar 28 35.0 a-m HR 52.4 a-g LR 73.3 cde S Kar 35 27.8 c-q HR 55.0 a-d LR 100.0 a S Kar 36 48.6 a-d HR 50.0 a-j MR 97.3 a S Kar 37 21.5 g-s HR 45.0 a-n MR 46.3 mno MR Kar 38 16.1 j-s HR 36.1 a-s MR 52.1 j-n LR Kar 58 45.1 a-f MR 56.9 abc LR 66.7 c-j LR Kar 59 41.8 a-h MR 58.0 ab LR 68.3 c-i LR Kar 70 13.6 m-s HR 32.6 dts HR 51.7 c-n LR Kar 77 5.0 r-s HR 18.8 q-t HR 48.3 l-o LR Kar 78 8.3 p-s HR 40.4 a-s MR 53.5 i-n LR Kar 84 6.7 qrs HR 17.1 st HR 60.0 d-m LR Kar 86 19.9 h-s HR 25.0 l-s HR 55.0 h-m LR Kar 92 43.8 a-g MR 46.7 a-m MR 65.0 c-k LR Kar 93 33.2 b-n HR 45.8 a-m MR 68.3 c-i LR Kar 97 31.7 b-o HR 45.6 a-m MR 65.0 c-k LR Kar 98 26.7 d-r HR 37.1 a-s MR 75.0 cd S Kar 100 37.1 a-k MR 36.0 a-s MR 75.0 cd S Kar 102 39.6 a-i MR 48.3 a-l MR 75.0 cd S Kar 104 15.0 k-s HR 47.2 a-l MR 65.0 c-k LR Kar 105 43.5 a-g MR 46.7 a-m MR 66.7 c-j LR Kar 109 45.8 a-f MR 50.0 a-j MR 66.7 c-j LR Kar 114 15.8 j-s HR 51.7 a-h LR 75.0 cd S Kar 116 31.9 b-o HR 54.2 a-e LR 61.1 c-m LR Kar 117 33.2 b-n HR 43.2 a-p MR 73.3 cde S Kar 121 46.4 a-e MR 54.9 a-e LR 75.0 cd S Kar 129 39.4 a-i MR 48.3 a-l MR 75.0 cd S Kar 139 30.0 b-p HR 49.3 a-k MR 75.0 cd S Kar 142 27.8 j-q HR 51.1 a-i LR 68.3 c-i L Kar 146 16.0 j-s HR 36.7 a-s MR 60.0 d-m LR Kar 147 12.8 m-s HR 40.0 a-s MR 60.8 d-m LR Kar 149 36.7 a-l MR 50.0 a-j MR 75.0 cd S Kar 150 34.9 a-m HR 41.9 a-q MR 68.3 c-i LR Kar 151 23.6 f-s HR 40.0 a-s MR 64.7 c-k LR Kar 152 18.8 i-s HR 43.3 a-p MR 71.7 c-g S Kar 153 56.7 a LR 42.4 a-p MR 68.3 c-i LR Kar 154 12.2 n-s HR 31.5 e-s HR 67.0 c-j LR Kar 160 12.5 m-s HR 41.7 a-q MR 75.0 cd S Kar 162 39.3 a-i MR 41.7 a-q MR 70.0 c-h LR Kar 163 14.5 l-s HR 30.0 f-s HR 73.6 cde S Kar 164 28.8 b-q HR 35.8 a-s MR 76.7 bc S Kar 171 30.0 b-p HR 55.0 a-d LR 73.3 cde S Kar 173 35.0 a-m HR 42.4 a-p MR 73.3 cde S Kar 174 29.7 b-p HR 43.3 a-p MR 75.0 cd S Kar 175 50.7 ab LR 53.1 a-f LR 71.7 c-g S
![Page 120: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/120.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
107
Çizelge 4.3. Devamı Genotip
No Irk 0 Irk 1 Irk 2
HOD (%) DD HOD (%) DD HOD (%) DD Kar 176 8.3 p-s HR 21.7 n-t HR 65.0 c-k LR Kar 177 23.3 f-s HR 31.7 d-s HR 71.9 c-f S Kar 178 21.7 g-s HR 46.7 a-m MR 61.9 c-m LR Kar 181 30.0 b-p HR 44.4 j-e MR 63.3 c-l LR Kar 192 51.0 ab LR 50.0 a-o MR 75.0 cd S Kar 197 26.7 d-r HR 41.4 a-r MR 68.5 c-i LR Kar 200 22.5 g-s HR 40.3 a-s MR 73.3 cde S Kar 203 25.0 e-s HR 27.8 i-s HR 61.7 c-m LR Kar 205 36.6 a-l MR 40.7 a-r MR 71.7 c-g S Kar 208 6.5 qrs HR 29.2 g-s HR 63.3 c-l LR Kar 212 10.6 o-s HR 26.4 k-s HR 66.7 c-j LR Kar 215 40.4 a-i MR 51.7 a-h LR 75.0 cd S Kar 216 20.3 h-s HR 29.7 f-s HR 68.5 c-i LR Kar 217 10.0 o-s HR 38.3 a-s MR 71.7 c-g S Kar 218 25.0 e-s HR 45.0 a-n MR 75.0 cd S Kar 222 43.3 a-g MR 50.4 a-i MR 62.5 c-l LR Kar 224 23.6 f-s HR 38.9 a-s MR 71.7 c-g S Kar 230 8.3 p-s HR 18.2 rst HR 33.5 o HR Kar 232 20.0 h-s HR 33.3 d-s HR 56.1 g-m LR Kar 233 27.8 j-q HR 35.0 a-s HR 73.3 cde S PI 296341 26.1 d-s HR 48.8 a-k MR 39.3 no HR Kar 235 21.7 g-s HR 45.0 a-n MR 66.7 c-j LR Kar 237 27.4 d-r HR 29.8 f-s HR 67.3 c-j LR Kar 238 18.5 i-s HR 50.0 a-j MR 72.9 cde S Kar 241 36.7 a-l MR 48.3 a-l MR 75.0 cd S Kar 242 20.3 h-s HR 30.0 f-s HR 73.3 cde S Kar 243 8.3 p-s HR 25.0 l-s HR 56.7 f-m LR Kar 254 13.3 m-s HR 35.0 a-s HR 65.0 c-k LR Kar 268 18.3 i-s HR 34.7 b-s HR 60.4 d-m LR Kar 277 18.3 i-s HR 26.7 j-s HR 58.3 e-m LR Kar 285 18.2 i –s HR 23.6 m-s HR 60.0 d-m LR Kar 298 13.1 m-s HR 20.1 p-t HR 72.2 c-f S Kar 324 7.1 qrs HR 21.5 o-t HR 52.4 j-n LR Kar 327 10.0 o-s HR 28.3 h-s HR 67.2 c-j LR Kar 330 27.8 c-q HR 33.3 d-s HR 50.0 k-n LR Kar 331 24.8 e-s HR 28.3 h-s HR 73.3 cdn S Kar 333 25.4 e-s HR 34.4 c-s HR 66.7 c-j LR PI 271769 3.6 s HR 0.0 t HR 2.4 p HR Crimson Sweet 20.5 h-s HR 28.5 h-s HR 95.2 a S Crimson Tide 12.1 n-s HR 31.7 d-s HR 66.7 ab LR Crisby 8.3 p-s HR 28.6 h-s HR 91.7 d-m S Celebration 9.0 p-s HR 18.9 q-t HR 60.0 d-m LR Bolkan 18.5 i-s HR 30.0 f-s HR 73.6 cde S Ortalama 25.9 39.4 67.0 LSD%1 12.276 12.73 8.518 HOD: Hastalık oluşum düzeyi; DD: Dayanıklılık düzeyi; S: Duyarlı; LR: Düşük düzeyde dayanıklı; MR: Orta düzeyde dayanıklı; HR: Yüksek düzeyde dayanıklı
![Page 121: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/121.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
108
Irk 0 için hastalık oluşum düzeyi ortalama % 25.9 olarak tespit edilmiştir.
Genotipler arasında en düşük hastalık oluşum değeri (% 3.6) her 3 ırka da dayanıklı
olarak bilinen PI 271769’dan elde edilirken, en yüksek değer (% 56.7) Diyarbakır’ın
“Sürme” olarak adlandırılan yerel materyali Kar 153’den elde edilmiştir. Kar 77 (%
8.3), Kar 84 (% 6.7), Kar 208 (% 6.6) ve Kar 324 (% 7.1) oldukça düşük hastalık
oluşum düzeylerine sahip genotiplerken, Kar 175 (% 50.7) ve Kar 192 (% 51) ise
hastalık oluşum düzeyi bakımından yüksek değerlere sahiptir.
Genotipler ırk 1 için değerlendirildiğinde hastalık oluşum düzeyinin ortalama
% 39.4 olduğu görülmüştür. En düşük değer (% 0) ırk 0’da olduğu gibi PI 271769
genotipine aitken, en yüksek değer (% 58.3) ise bir Citrullus lanatus var. citroides
genotipi olan Kar 26 genotipine aittir. Kar 84 (% 17.1), Kar 230 (% 18.2) ve Kar 77
(% 18.8) hastalık oluşum düzeyi düşük genotipler olarak tespit edilmiştir.
Genotiplerin ırk 2’ye karşı reaksiyonlarına bakıldığında, ortalama hastalık
oluşum düzeyinin en yüksek değeri (% 67.0) aldığı görülmektedir. Genotipler
arasında en düşük hastalık oluşum düzeyi PI 271769’dan elde edilirken (% 2.4), en
yüksek düzey % 100 ile Kar 35 kodlu “Sugar Baby” çeşidine aittir. Koyu yeşil kabuk
rengi ve iri tohumlara sahip yerel bir genotip olan “Halep Karası” (% 97.3) ile açık
tozlanan bir çeşit olan “Crimson Sweet” (% 95.2) de hastalık oluşum düzeyi yüksek
olarak tespit edilen genotipler olmuşlardır. Antakya’dan toplanan Kar 231 (% 33.5)
ve PI 296341 (% 39.3) ise hastalık oluşum düzeyi düşük genotipler olarak dikkati
çekmektedir.
Genotipler dayanıklılık düzeyleri bakımından incelendiğinde ırk 0 için hiçbiri
duyarlı (S) bulunmamıştır. Üç adet genotip Kar 153, Kar 175 ve Kar 192 düşük
düzeyde dayanıklı (LR) iken, genotiplerin % 20.9’u orta düzeyde dayanıklı (MR) ve
% 75.8’i yüksek düzeyde dayanıklı (HR) olarak belirlenmiştir. Irk 1 için ise, ırk 0’da
olduğu gibi genotiplerin hiçbiri duyarlı (S) olarak tespit edilmemiştir. Genotiplerin %
15.4’ü düşük düzeyde dayanıklı (LR) iken, % 47.3’ü orta düzeyde duyarlı (MR) ve
% 37.4’ü yüksek düzeyde dayanıklı (HR) olarak bulunmuştur. Irk 2, ırklar içerisinde
en agresif ırk olarak belirlenmiştir. Genotiplerin % 41.8’i duyarlı (S), % 53.8’i düşük
düzeyde dayanıklı (LR), % 1.1’i orta düzeyde dayanıklı (MR) ve % 3.3’ü yüksek
düzeyde dayanıklı (HR) olarak tespit edilmiştir.
![Page 122: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/122.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
109
Fusarium oxysporum f.sp. niveum’un tanımlanan 3 ırkı (0, 1, 2) arasında ırk 0
virülensliği düşük bir ırk olup, dayanıklılık genlerine sahip olmayan eski çeşitlerde
solgunluğa sebep olmakta iken; ırk 1, ırk 0’dan daha virülenttir ve hafif-orta düzeyde
solgunluklara neden olur. Irk 2’nin ise en agresif ırk olduğu belirlenmiştir ve
günümüzde dayanıklı olarak bilinen pek çok çeşidi önemli düzeyde etkilemektedir
(Netzer, 1976; Martyn ve Netzer, 1991; Wehner, 2008). Zhou ve ark. (2010)
tarafından tüm 3 ırktan daha agresif 4. bir ırk (ırk 3) da tanımlanmıştır. Her 3 ırka da
dayanıklılık sadece PI 296341 (Netzer ve Martyn, 1989) ve PI 271769 (Dane ve
ark., 1998) genotiplerinden elde edilmiştir.
Özetle, denemede yer alan tüm genotiplerin ırk 0’a karşı ırk 1 ve ırk 2’den
daha dayanıklı oldukları belirlenmiştir. Irk 0 ve ırk 1’e dayanıklı genotiplerin ise aynı
performansı ırk 2 için göstermedikleri açıkça görülmüş, bu sonuç farklı karpuz
çeşitlerinin Fusarium solgunluğunun 3 ırkına (0, 1 ve 2) karşı verdikleri reaksiyonun
araştırıldığı birçok çalışmayla uyumlu bulunmuştur. Ay (2008)’ın, Adana ve Mersin
illerinde Fusarium solgunluğuna neden olan ırkların tespiti ve bu bölgelerde yoğun
olarak yetiştirilen karpuz çeşitlerinin Fusarium ırklarına karşı dayanımlarının
belirlenmesi amacıyla yaptığı çalışmada tüm çeşitlerin ırk 2’ye karşı daha duyarlı
olduğu tespit edilmiştir. Benzer şekilde Filiz ve Turhan (1991)’ın yılında yaptığı
çalışmada da denemede yer alan tüm karpuz çeşitlerinin ırk 2’ye karşı duyarlı olduğu
bildirilmiştir.
Tez çalışması kapsamında değerlendirilen ticari çeşitlerin (Crimson Tide Fı,
Crisby Fı, Celebration Fı, Bolkan Fı ve Crimson Sweet) tamamı ırk 0 ve ırk 1’e karşı
yüksek düzeyde dayanıklı (HR) iken, ırk 2’ye karşı duyarlı (S) veya düşük düzeyde
dayanıklı (LR) olarak tespit edilmiştir. Yücel ve ark. (1999) tarafından yapılan bir
diğer çalışmada ise 19 karpuz çeşidi 3 ırka karşı test edilmiş ve elde edilen sonuçta
tümünün ırk 0 ve ırk 1’e yüksek veya orta düzeyde dayanıklı, ırk 2’ye ise düşük
düzeyde dayanıklı veya duyarlı olduğu ortaya konmuştur. Son yıllarda Kurt ve ark.
(2008)’nın yaptığı bir araştırmada ise Doğu Akdeniz ve Güneydoğu Anadolu
bölgelerinin karpuz ekim alanlarından elde edilen izolatların ırk tayinleri yapılmış ve
her 3 ırkın ırk ayırıcı çeşitlerde oluşturduğu hastalık oluşum düzeyleri incelenmiştir.
![Page 123: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/123.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
110
Irk 0 tüm çeşitlerde ortalama % 29.5, ırk 1 % 47.1 ve ırk 2 % 64.1 düzeyinde hastalık
oluşumuna neden olmuştur.
4.2.2. Fusarium Solgunluğu (Fusarium oxysporum f.sp. niveum)’na Dayanımın
Moleküler Yöntemle Araştırılması
Karpuzlarda Fusarium oxysporum f.sp. niveum’un 1 no’lu ırkına dayanıklılık
geni ile bağlantılı OPP01/700 RAPD markörü, yabani karpuz türü Citrullus lanatus
var. citroides genotipi olan PI 296341’de Xu ve ark. (1999) tarafından
geliştirilmiştir. Tez çalışması kapsamında yer alan toplam 93 adet genotipin
fusariumun 1 no’lu ırkına karşı dayanıklı olanlarını seçmek amacıyla OPP01 RAPD
primeri ile tüm genotipler moleküler olarak taranmıştır. Elde edilen jel görüntüleri
Şekil 4.10’da sunulmuştur.
Tarama neticesinde Citrullus lanatus var. lanatus genotipleri olan Kar 26 ve
PI 482293’da 700 bp’de bant verirken, çalışmada yer alan ve ırk 1’e karşı dayanıklı
olarak tespit edilen diğer genotiplerde (Kar 70, Kar 77, Kar 84, Kar 86, Kar 154, Kar
163, Kar 176, Kar 177, Kar 203, Kar 208, Kar 212, Kar 216, Kar 230, Kar 232, Kar
233, Kar 237, Kar 242, Kar 243, Kar 254, Kar 268, Kar 277, Kar 285, Kar 298, Kar
324 (PI 270563), Kar 327 (PI 482293), Kar 330 (PI 632755), Kar 331(PI 174812),
Kar 333 (PI 217522), PI 271769, Kar 235 (Charleston Gray), Kar 39 (Crimson
Sweet), Crimson Tide, Crisby, Celebration ve Bolkan) ve markörün geliştirildiği
Kar 234 (PI 296341)’de bu bant elde edilememiştir. Bu durumun nedenleri olarak
referans çalışmada (Xu ve ark., 1999) kullanılan genotiplerden farklı genotiplerde
taramanın yapılması, PI 296341 genotipine ait tohumların farklı kaynaklardan elde
edilmesi, RAPD primerlerinin hedeflenmeyen DNA sekanslarını çoğaltması ve
tekrarlanabilirlik seviyesinin düşüklüğü gösterilebilir.
Fusariuma dayanıklılığın klasik ve moleküler yöntemlerle karşılaştırmalı
olarak belirlendiği bazı çalışmalarda da benzer sonuçlar elde edilmiştir.
![Page 124: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/124.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
111
Şekil 4.10. RAPD primeri OPP01 ile yapılan tarama sonucu elde edilen agaroz jel
görüntüleri
![Page 125: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/125.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
112
Şekil 4.10. Devamı
Örneğin kavunda (Cucumis melo L.) Şensoy ve ark. (2007) tarafından
yapılan çalışmada Türkiye’nin farklı yerlerinden toplanan 56 genotip, 5 lokal çeşit ve
18 yabancı genotipten oluşan toplam 79 adet genotipin Fusarium oxysporum f.sp.
melonis’in 1 no’lu ırkına karşı reaksiyonları klasik test ve RAPD (E07 ve G17 ve
596) markörleriyle belirlenmiştir. Primerlerden 596’nın MR1 dayanıklı genotipinde
bulunan ve Fom 2 genine 2 cM yakınlıkta markör oluşturduğu Zheng ve Wolff
![Page 126: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/126.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
113
(2000) tarafından bildirilmiş olsa da, 596’dan kaliteli bantlar oluşturmadığı ve daha
sonraki tekrarlamalarda bu primerden hiç bant elde edilemediği için
değerlendirilmeye alınamadığı bildirilmiştir. E07 primeri 1.25 kb, G17 primeri ise
1.0 kb büyüklüğünde tekrarlanabilir bantlar oluşturmuştur. Klasik test sonuçlarıyla
karşılaştırıldığında yanlış eşleşme oranı (mismatch ratio) E07 primeri için % 5.06,
G17 primeri içinse % 58.23 olarak bulunmuştur. Sonuç olarak E07 markörünün
Türkiye kavunlarında moleküler tarama için kullanılabileceği bildirilmiştir.
Genetik materyalin Fusarium solgunluğuna dayanıklılığının
değerlendirilmesinde yapay inokulasyon yöntemlerinden yararlanılmaktadır, ancak
bu yöntemler hem zaman alıcı hem de yoğun emek gerektiren işlemlerdir.
Değerlendirmenin sararma, solma, ölüm gibi dıştan gözlenebilecek simptomların
gelişmesine bağlı olması nedeniyle bazı durumlarda duyarlı bitkilerin
belirlenmesinde sorunlar olabilmektedir (Burger ve ark., 2003). Dayanıklılık genine
sıkı bağlı DNA markörlerinin belirlenmesi ve kullanımı ile bahsedilen bu problemler
ortadan kaldırılarak ıslah programlarına yardımcı olunabilecektir..
Kavun (Wechter ve ark., 1995; Zheng ve Wolff; 2000; Oumouloud ve
ark., 2008); patlıcan (Mutlu ve ark., 2008); muz (Lin ve ark., 2009b) gibi farklı
bitki türlerinde ve karpuzda (Xu ve ark., 1999; 2000; Lin ve ark., 2009a) Fusarium
solgunluğuna dayanıklılığı spesifik olarak belirleyebilecek moleküler markörlerin
geliştirilmesi konusunda pek çok araştırma yapılmış olup, günümüzde de devam
etmektedir.
![Page 127: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/127.jpg)
4. BULGULAR ve TARTIŞMA İlknur SOLMAZ
114
![Page 128: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/128.jpg)
5. SONUÇLAR ve ÖNERİLER İlknur SOLMAZ
115
5. SONUÇLAR ve ÖNERİLER
Karpuz, Cucurbitaceae familyasının ekonomik öneme sahip türlerinden
birisidir (Jeffrey, 1990). Özellikle sıcak yaz aylarında serinletici etkisiyle son derece
popüler bir sebze olan karpuz, Türkiye’de hemen hemen her bölgede yetiştirilmekle
birlikte, en fazla ticari üretim, erkencilik potansiyeline sahip Akdeniz Bölgesi’nde
(Adana) yapılmaktadır. Üretimde yabancı kökenli hibrit çeşitlerin hakimiyeti söz
konusudur.
Türkiye coğrafi konumu gereği bitkisel gen kaynakları bakımından son
derece zengin ve önemli bir ülkedir (Küçük ve ark., 2002). Karpuzun gen merkezi
olmamasına rağmen birçok bölgede, bazıları günümüzde yok olmuş değerli
genotipler ve lokal çeşitler bulunmaktadır. Ancak bu değerli kaynaklar gerek
ekonomik, gerekse çevre ve diğer baskıların da etkisiyle azalma, hatta yok olma
tehlikesiyle karşı karşıyadırlar.
Genetik kaynaklar ileride ıslah çalışmalarında kullanılabilecek yararlı genleri
içermeleri bakımından oldukça önemli bir potansiyele sahiptirler. Bu nedenle
korunmaları, toplanmaları, kaydedilmeleri, tanımlanmaları, morfolojik ve genetik
olarak karakterize edilmeleri gerekli olup, ayrıca biyotik ve abiyotik stres
koşullarına, hastalık ve zararlılara dayanımları da araştırılmalıdır.
Karpuz, Türkiye için önemli bir sebze ve genetik kaynaklar da sürdürülebilir
tarımın doğal rezervleri olmasına rağmen ülkemizde “karpuz genetik kaynakları”
konusunda yapılmış çalışma sayısı son derece sınırlıdır.
Bu araştırma kapsamında ise Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe
Bitkileri Bölümü karpuz genetik kaynak koleksiyonunda yer alan, farklı bölgeleri
temsil eden, özellikle meyve karakterleri (meyve şekli, meyve büyüklüğü, meyve
kabuk rengi, meyve kabuk deseni, meyve et rengi, tohum büyüklüğü, tohum rengi ve
deseni) bakımından çeşitlilik gösteren genotiplerden 93 adedi çekirdek koleksiyon
seçilmiş ve bunlar arasındaki genetik çeşitlilik SSR ve SRAP moleküler markörleri
ile araştırılmıştır. Ayrıca genotiplerin Fusarium solgunluğu (Fusarium oxysporum
f.sp. niveum)’na karşı dayanımları da klasik ve moleküler yöntemlerle belirlenmeye
çalışılmıştır.
![Page 129: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/129.jpg)
5. SONUÇLAR ve ÖNERİLER İlknur SOLMAZ
116
Araştırmada elde edilen sonuçlar aşağıda maddeler halinde özetlenmiştir.
1. Genotipler arasındaki genetik çeşitliliğin belirlenmesinde 14 adet SSR
primeri ve 31 adet SRAP primer kombinasyonu kullanılmış ve bu primerlerin
polimorfizm seviyelerinin oldukça yüksek olduğu belirlenmiştir.
2. Elde edilen polimorfizm oranı bakımından her iki markör tekniği benzer
değerler vermiştir. En yüksek polimorfizm oranı % 100 ile SSR tekniğinden elde
edilirken, SRAP tekniğinden elde edilen polimorfizm oranı ise % 97.3 olmuştur. SSR
tekniğinde elde edilen toplam 66 allelin tamamının, SRAP tekniğinde ise elde edilen
472 bantın 461’inin polimorfik olduğu saptanmıştır.
3. SSR analizlerinde lokus başına düşen toplam allel sayısı 2 ile 7 (ortalama
4.7) arasında, polimorfik bant sayısı da yine 2 ile 7 (ortalama 4.7) arasında
değişmiştir. SRAP analizlerinde ise primer başına elde edilen toplam bant sayısı 10-
25 (ortalama 15.2) arasında, primer başına elde edilen toplam polimorfik bant sayısı
ise 8-25 (ortalama 14.9) arasında bulunmuştur.
4. SSR analizleri sonucunda genotipler arasındaki benzerlik indeksi değerleri
0.00 ile 1.00 arasında değişmiştir. Benzerlik indeksi açısından birbirine en yakın
genotipler 1.00 değeri ile Kar 78 ile Kar 200, Kar 86 ile Kar 162, Kar 154 ile Kar
162, Kar 162 ile Kar 171 iken; Praecitrullus fistulosus genotipleri olan PI 174812
(Kar 331) ve PI 217522 (Kar 333), çalışmada yer alan Citrullus cinsine ait
genotiplerin yaklaşık tamamına en uzak genotipler olarak belirlenmiştir.
5. SRAP analizlerinde ise genotipler arasındaki benzerlik indeks değeri 0.18
ile 0.97 arasında değişmiştir. Genetik benzerlik açısından birbirine en yakın
genotiplerin 0.97 benzerlik indeksi değeri ile Kar 142 ile Kar 146 ve Kar 146 ile Kar
152 olduğu görülmüştür. Genetik olarak en uzak genotipler ise 0.18 benzerlik indeksi
değeri ile Praecitrullus fistulosus genotipi PI 174812 ile Citrullus colocynthis
genotipleri olan PI 220778 (Kar 318) ve PI 432337 (Kar 319)’dir.
6. SSR analizleri sonucu oluşturulan dendrogramda genotipler arasındaki
genetik benzerlik oranının 0.02 ile 1.00 arasında değiştiği tespit edilmiştir. Kar 78 ile
Kar 100 ve Kar 86 ile Kar 162 hariç, diğer tüm genotiplerin ve çeşitlerin birbirinden
ayrıldığı saptanmıştır. SRAP analizleri sonucu oluşturulan dendrogramda da
genotiplerin genetik benzerlik oranlarının 0.22 ile 0.97 arasında değiştiği ve tüm
![Page 130: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/130.jpg)
5. SONUÇLAR ve ÖNERİLER İlknur SOLMAZ
117
genotiplerin başarıyla birbirinden ayrıldığı tespit edilmiştir. SSR ve SRAP
markörlerinden elde edilen verilerle ayrı ayrı yapılan kümeleme analizlerinin her
ikisinde de Türkiye’den toplanan genotiplerin birlikte gruplandığı ve kendi içlerinde
de alt gruplar oluşturduğu görülmüştür. Bu grupların oluşmasında morfolojik
özelliklerin ve coğrafi orijininin herhangi bir etki yaratmadığı saptanmıştır.
7. SSR’da Temel Koordinat Analizi sonucu elde edilen iki boyutlu grafiğin
birinci boyutu (D1) toplam moleküler varyansın % 13.70’ini, 2. boyutu (D2) ise %
10.01’ini açıklarken, SRAP’ta birinci boyut (D1) % 20’sini 2. boyut (D2) da % 7’sini
açıklamıştır.
8. Karpuz genotiplerinin Fusarium solgunluğu’na (Fusarium oxysporum f.sp.
niveum) dayanımlarının klasik inokulasyon yöntemiyle (pipet yöntemi) belirlendiği
çalışmada, ortalama hastalık oluşum düzeyleri ırk 0’da % 25.9, ırk 1’de % 39.4 ve
ırk 2’de % 67.0 olarak tespit edilmiştir.
9. Karpuzlar dayanıklılık düzeyleri bakımından değerlendirildiğinde ırk 0 için
3 adedi düşük düzeyde dayanıklı (LR), 19 adeti orta düzeyde dayanıklı (MR) ve 69
adeti yüksek düzeyde dayanıklı (HR) bulunurken, duyarlı (S) genotipe
rastlanılmamıştır. Irk 1 içinse, 14 genotip düşük düzeyde dayanıklı (LR), 43 adet
genotip orta düzeyde dayanıklı (MR) ve 34 adet genotip de yüksek düzeyde
dayanıklı (HR) olarak bulunmuş olup, genotipler arasında ırk 0’da olduğu gibi
duyarlı (S) genotip tespit edilmemiştir. Irk 2 için genotipler arasından 38 adedi
duyarlı (S), 49 adedi düşük düzeyde dayanıklı (LR), 1 adedi orta düzeyde dayanıklı
(MR) ve 3 adedi de (% 3.29) yüksek düzeyde dayanıklı (HR) olarak tespit edilmiştir.
Genel bir değerlendirme yapacak olursak denemede yer alan tüm genotiplerin
ırk 0’a karşı ırk 1 ve ırk 2’den daha dayanıklı oldukları, en agresif ırkın ise ırk 2
olduğu belirlenmiştir.
10. Tez çalışması kapsamında toplam 93 adet genotipin Fusarium
solgunluğunun 1 no’lu ırkına karşı dayanıklı olanlarını seçmek amacıyla RAPD
OPP01/700 primeriyle moleküler olarak tarama yapılmıştır. Genotipler arasında Kar
26 ve PI 482293 dışında bu banta (700 bp) sahip bir genotip tespit edilememiştir.
DNA seviyesinde polimorfizmin belirlenmesini sağlayan moleküler markör
teknikleri son yıllarda hızla gelişmiştir ve genetik kaynak koleksiyonlarının
![Page 131: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/131.jpg)
5. SONUÇLAR ve ÖNERİLER İlknur SOLMAZ
118
değerlendirilmesinde yoğun bir şekilde kullanılmaktadırlar. Karpuzlarda DNA
markörleri ile genetik çeşitliliğin araştırıldığı pek çok çalışma yapılmış ancak
morfolojik olarak birbirinden çok farklı olan kültür karpuzlarının genetik olarak
polimorfik bir yapı sergilemediği bildirilmiştir. Karpuzlarda morfolojik çeşitliliğe
etki eden gen bölgelerinin kullanılan bu markör sistemleri ile amplifiye olamama
olasılığı da düşük polimorfizmin nedenlerinden olabilir.
Bu çalışma ile Türkiye’nin farklı bölgelerinden toplanan karpuzlarda genetik
çeşitlilik ilk kez moleküler olarak SSR ve SRAP markör teknikleri ile araştırılmıştır.
Sonuç olarak her ne kadar morfolojik özellikler açısından çok farklı olsalar da
kültürü yapılan Citrullus lanatus var. lanatus alt türünde yer alan bu genotiplerin
genetik olarak yüksek düzeyde polimorfizme sahip olmadıkları saptanmıştır. Bu
durumun Türkiye’nin karpuzun gen merkezinden uzak olmasından ve yabani
formların ülkemizde yetişmemesinden kaynaklandığı düşünülmektedir.
Elde edilen veriler, karpuzlarda genetik çeşitlilik konusunda yapılacak
çalışmalara önemli bir kaynak olup, yol gösterecektir. Bundan sonra yapılacak
çalışmalarda karpuzlarda meyve kalitesini ve hastalıklarını kontrol eden genlerin
haritalanması ve bu genlerle bağlantılı markörlerin geliştirilerek ıslahta kullanımı
üzerinde durulmalıdır.
Genetik kaynak koleksiyonunda yer alan karpuz genotiplerinin morfolojik ve
genetik çeşitliliğinin araştırılmasının yanı sıra fungal, bakteriyel ve virüs kökenli
hastalıklar ile abiyotik stres koşullarına dayanımları da incelenmelidir. Böylece
koleksiyon tüm özellikleri bakımından değerlendirilir ve gelecekte planlanan ıslah
programlarında daha etkin kullanıma olanak sağlanır.
![Page 132: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/132.jpg)
119
KAYNAKLAR
AKA-KAÇAR, Y., 2001. Türkiyede Yetiştirilen Önemli Kiraz (Prunus avium L.) ve
Vişne (Prunus cerasus L.) Çeşit ve Tiplerinin DNA Parmak İzi Yöntemi ile
Sınıflandırılması. Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Bahçe
Bitkileri Anabilim Dalı, Doktora Tezi, Adana, 192 s.
ANONYMOUS, 2008a. FAOSTAT. Statistic Database. http://faostat.fao.org/
ANONYMOUS, 2008b. www.tuik.gov.tr
AY, T., 2008. Çukurova’da Karpuz Fusarium Solgunluğu Etmeni Fusarium
oxysporum f.sp. niveum Irklarının ve Bu Irklara Karşı Karpuz Çeşitlerinin
Reaksiyonlarının Belirlenmesi. Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri
Enstitüsü Yüksek Lisans Tezi, Adana, 32 s.
BARNES G.L., 1972. Differential Pathogenicity of Fusarium oxysporum f.sp.
niveum to Certain Wilt Resistant Watermelon Cultivars. Plant Dis. Rep., 56:
1022-1026.
BATES, D.M., ROBINSON, R.W., 1995. Cucumbers, Melons and Water-Melons:
(Cucumis and Citrullus (Cucurbitaceae) In: Smartt J, Simmonds NW (ed.)
Evolution of Crop Plants, 2nd Edn. Longman Scientific, Harlow, Essex, UK,
89-96.
BILES, C.L., MARTYN, R.D., 1989. Local and Systemic Resistance Induced in
Watermelons by Formae Speciales of Fusarium oxysporium. Phytopatology :
856-860.
______., MARTYN, R.D., WILSON, H.D., 1989. Isozymes and General Proteins
from Various Watermelon Cultivars and Tissue Types. HortScience, 24: 810-
812.
BLANCARD, D., LECOQ, H., PITRAT, M., 1991. Maladies des Cucurbitaceaes
INRA, 292 p.
BOYHAN, G.E., LANGSTON, D.B., GRANBERRY, D.M., LEWIS, P.M.,
LINTON, D.O., 2003. Resistance to Fusarium Wilt and Root-Knot Nematode
in Watermelon Germplasm. Cucurbit Genetics Cooperative Report, 26: 18-
25.
![Page 133: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/133.jpg)
120
BUDAK, H., SHERMAN, R.C., PARMAKSIZ, L., GAUSSOIN, R.E., RIORDAN,
T.P.,DWEIKAT, I., 2004a. Molecular Characterization of Buffalograss
Germplasm Using Sequence-Related Amplified Polymorphism Markers.
Theor. Appl. Genet., 108: 328-334.
BUDAK, H., SHERMAN, R.C., PARMAKSIZ, I., DWEIKAT., 2004b. Comparative
Analysis of Seeded and Vegetative Biotype Buffalograsses Based on
Phylogenetic Relationship Using ISSRs, SSRs, RAPDs and SRAPs. Theor.
Appl. Genet., 109: 280-288.
BURGER, Y., KATZIR, N., TZURI, G., PORTNOY, V., SAAR, U., SHRIBER, S.,
PERI-TREVES, R., COHEN, R., 2003. Variation in the Response of Melon
Genotypes to Fusarium oxysporum f. sp. melonis Race 1 Determined by
Inoculation Tests and Molecular Markers. Plant. Pathol., 52: 204-211.
BURKILL, H.M., 1985. The Useful Plants of West Tropical Africa. Vol. 1. 2nd ed.
Royal Botanic Gardens, Kew.
BÜYÜKÜNAL BAL, E.B., 2001. Arpa Mikrosatellitlerinin Ekmeklik Buğdaydaki
Genetik Çalışmalar için Kullanım Olanaklarının Araştırılması. KSÜ Fen ve
Mühendislik Dergisi., 6(2): 34-40
CAPELLI, C., STRAVATO, V.M., ROTINO, G.L., BOUNAURIO, R., 1995.
Source of Resistance Among Solanum spp. to an Italian Isolate of Fusarium
oxysporum f. sp. melongenae. IXth Eucarpia Meeting on Genetics and
Breeding of Capsicum and Eggplant, Budapest, Hungary, 221–224.
CHE, K., LIANG, C., WANG, Y., JIN, D., WANG, B., 2003. Genetic Assesment of
Watermelon Germplasm Using the AFLP Technique. Hortscience, 38 (1): 81-
84.
CHEN, K.S., LIOU, T.D., CHANG, P.F.L., HUANG, J.W., 2003. Selection for
Resistance of Watermelon Varieties (lines) to Fusarium wilt and Their
Genetic Analysis of Inheritance. Plant Pathology Bulletin, 12(3): 173-180.
CHIBA, N., SUWABE, K., NUNOME, T., HIRAI, M., 2003. Development of
Microsatellite Markers in Melon (Cucumis melo L.) and Their Application to
Major Cucurbit Crops. Breeding Science, 53: 21-27.
CRAVERO, V., MARTIN, E., COINTRY, E., 2007. Genetic Diversity in Cynara
![Page 134: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/134.jpg)
121
cardunculus Determined by Sequence-Related Amplified Polymorphism
Markers. JASHS, 132(2): 208-212.
DANE, F., HAWKINS, L.K., NORTON, J.D., 1998. New Resistance to Race 2 of
Fusarium oxysporum f. sp. niveum in Watermelon. Cucurbit Genet. Coop.
Report, 21: 37-39.
______., LANG, P., BAKHTIYAROVA, R., 2004. Comparative Analysis of
Chloroplast DNA Variability in Wild and Cultivated Citrullus Species.
Theor. Appl. Genet., 108: 958-966.
______., LIU, J., 2007. Diversity and Origin of Cultivated and Citron Type
Watermelon (Citrullus lanatus). Genet. Resour. Crop. Evol., 54(6): 1255-
1265.
______., LIU, J., ZHANG, C., 2007. Phylogeography of the Bitter Apple, Citrullus
colocynthis. Genet. Resour. Crop. Evol., 54: 327-336.
DANIN-POLEG, Y., REIS, N., TZURI, G., KATZIR, N., 2001. Development and
Characterization of Microsatellite Markers in Cucumis. Theor. Appl. Genet.,
102: 61-72.
DE WINTER, B., 1990. A New Species of Citrullus (Benincaseae) from The Namib
Desert, Namibia. Bothalia 20: 209-211.
DECKER-WALTERS, D.S., CHUNG, S.M., STAUB, J.E., QUEMADA, H.D.,
LÓPEZ-SESÉ, A.I., 2002. The Origin and Genetic Affinities of Wild
Populations of Melon (Cucumis melo, Cucurbitaceae) in North America.
Plant. Syst. Evol., 233: 183-197.
DHILLON, N.P.S., RANJANA, R., SINGH, K., EDUARDO, I., MONFORTE, A.J.,
PITRAT, M., DHILLON, N.K., SINGH, P.P., 2007. Diversity Among
Landraces of Indian Snapmelon (Cucumis melo var. momordica). Genet.
Resour. Crop. Evol., 54: 1267-1283.
DIENER, A.C., AUSUBEL, F.M., 2005. Resistance to Fusarium oxysporum 1, a
Dominant Arabidopsis Disease-Resistance Gene, is not Race Specific.
Genetics, 171: 305-321.
DODDS, J.H., WATANABE, K., 1990. Biotechnological Tools for Plant Genetic
Resources Management Diversity, 6: 317-328.
![Page 135: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/135.jpg)
122
EDWARDS, K., JHONSTONE, C., THOMPSON, C., 1991. A Simple and Rapid
Method for The Preparation of Plant Genomic DNA for PCR Analysis. Nuc.
Acid. Res., 19(6): 1349.
ESCRIBANO, S., LÁZARO, A., STAUB, J.E., 2008. Genetic Diversity of
Spanish Melons (Cucumis melo) of The Madrid Provenance. Proceedings of
The IXth EUCARPIA Meeting on Genetics and Breeding of Cucurbitaceae,
INRA, Avignon (France), 301-306.
ESPÓSITO, M. A., MARTIN, E.A., CRAVERO, V.P., COINTRY, E., 2007.
Characterization of Pea Accessions by SRAP's Markers. Sci. Hort., 113(4):
329-335.
EGEL, D.S., HARIKRISHNAN, R., MARTYN, R., 2005. First Report of Fusarium
oxysporum f.sp. niveum Race 2 as Casual Agent of Fusarium Wilt of
Watermelon in India. Plant Disease, 89(1): 108.
FERREIRA, M.E., 2005. Molecular Analysis of Genebanks for Sustainable
Conservation and Increased Use of Crop Genetic Resources. In Proceedings
of the International Workshop on the Role of Biotechnology for the
Characterisation and Conservation of Crop, Forestry, Animal and Fishery
Genetic Resources. (available at www.fao.org/biotech/docs/ferreira.pdf).
FERREIRA, M.E., 2006. The Role of Biotechnology in Exploiring and Protecting
Agricultural Genetic Resources. (Editor: J. Ruane and A. Sannino)
Food and Agricultural Organization of The United Nations.. 121-128.
FERRIOL, M., PICO, B., NUEZ, F., 2003. Genetic Diversity of A Germplasm
Collection of Cucurbita pepo Using SRAP and AFLP Markers. Theor. Appl.
Genet., 107: 271-282.
_______., PICO, B., CORDOVA, P.F., NUEZ, F., 2004a. Molecular Diversity of
A Germplasm Collection of Squash (Cucurbita moschata) Determined by
SRAP and AFLP Markers. Crop Sci., 44: 653-664.
_______., PICO, B., NUEZ, F., 2004b. Morphological and Molecular
Characterization of Cucurbita maxima Landraces. J. Amer. Soc. Hort. Sci.,
129(1): 60-69.
FİLİZ, N., TURHAN, G., 1991. Karpuzlarda Fusarium Solgunluğu Etmeninin
![Page 136: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/136.jpg)
123
Reaksiyonları Üzerinde Araştırmalar. VI. Türkiye Fitopatoloji Kongresi
Bildirileri, 115-119.
FORSYTH, L.M., SMİTH, L.J.,AITKEN, E.A.B., 2006. Identification and
Characterization of Non-Pathogenic Fusarium oxysporum Capable of
Increasing and Decreasing Fusarium Wilt Severity. Mycol. Res., 110: 929-
935.
FREEMAN, S., RODRIGUEZ, R.J., 1993. A Rapid Inoculation Technique for
Assessing Pathogenicity of Fusarium oxysporum f.sp. niveum and Fusarium
oxysporium f.sp. melonis on Cucurbits. Plant Disease, 77(12): 1198-1201.
FU, X.P., NING, G.G., GAO, L.P., BAO, M.Z., 2008. Genetic Diversity of Dianthus
Accessions as Assessed Using Two Molecular Marker Systems (SRAPs and
ISSRs) and Morphological Traits. Scientia Horticulturae, 117: 263-270.
FUKINO, N., SAKATA, Y., KUNIHISA, M., MATSUMOTO, S., 2007.
Characterisation of Novel Simple Sequence Repeat (SSR) Markers for Melon
(Cucumis melo L.) and Their Use Efor Genotype Identification. Jour. of Hort.
Sci. & Biotech., 82(2): 330-334.
______., YOSHIOKA, Y., KUBO, N., HIRAI, M., SUGIYAMA, M., SAKATA,Y.,
MATSUMOTO, S., 2008. Development of 101 Novel SSR Markers and
Construction of an SSR-Based Genetic Linkage Map in Cucumber (Cucumis
sativus L.). Breeding Science, 58: 475-483.
FURSA, T.B., 1972. K Sistematike Roda Citrullus Schrad. [On the taxonomy of
genus Citrullus Schrad.]. Botanicheski Zhurnal, 57: 31-41.
GARCIA-MAS, J., MONFORTE, A. J., ARÚS, P., 2004. Phylogenetic
Relationships Among Cucumis Species Based on the Ribosomal Internal
Transcribed Spacer Sequence and Microsatellite Markers. Plant. Syst. Evol.,
248: 191-203.
GONG, L., STIFT, G., KOFLER, R., PACHNER, M., LELLEY, T., 2008.
Microsatellites for the Genus Cucurbita and an SSR-Based Genetic Linkage
Map of Cucurbita pepo L. Theor. Appl. Genet., 117: 37-48.
GONZALO, M.J., OLIVER, M., GARCIA-MAS, J., MONFORT, A., DOLCET-
SANJUAN, R., KATZIR, N., ARÚS, P., MONFORTE, A.J., 2005.
![Page 137: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/137.jpg)
124
Simple-Sequence Repeat Markers Used in Merging Linkage Maps of
Melon (Cucumis melo L.). Theor. Appl. Genet., 110: 802-811.
GUERRA-SANZ, J.M., 2002. Citrullus Simple Sequence Repeats Markers from
Sequence Databases. Moleculer Eccology Notes, 2: 223-225.
GULSEN, O., SHERMAN, R.C., VOGEL, K.P., LEE, D.J., BAENZIGER, P. S.,
HENG-MOSS, T.M., BUDAK, H., 2005. Nuclear Genome Diversity and
Relationships Among Naturally Occurring Buffalograss Genotypes
Determined by Sequence-Related Amplified Polymorphism. HortScience, 40:
537-541.
______., KARAGUL, S., ABAK, K., 2007. Diversity and Relationships Among
Turkish Okra Germplasm by SRAP and Phenotypic Marker
Polymorphism. Biologia Bratislava, 62(1): 41-45.
______., SEVER-MUTLU, S., MUTLU, N., TUNA, M., KARAGUZEL, O.,
SHEARMAN, R.C., RIORDAN, T.P., HENG-MOSS, T.M., 2009.
Polyploidy Creates Higher Diversity Among Cynodon Accessions as
Assessed by Molecular Markers. Theor. Appl. Genet. 118: 1309-1319.
GUNER, N., WEHNER., T.C., 2004. The Genes of Watermelon. HortScience, 39
(6): 1175-1182.
GUO, D.L., LUO, Z.R., 2006. Genetic Relationships of Some PCNA Persimmons
(Diospyros kaki Thunb.) from China and Japan Revealed by SRAP Analysis.
Genetic. Resour. Crop. Evol., 53: 1603-1797.
GUPTA, P.K., VARSHNEY, R.K., 2000. The Development and Use of
Microsatellite Markers for Genetic Analysis and Plant Breeding with
Emphasis on Bread Wheat. Euphytica, 163-185.
HARRIS, K.R., WECHTER, W.P., LANINI, B., VIVODA, E., LEVI, A., 2008. In
Search of Markers Linked to Fusarium Wilt Race 1 Resistance in
Watermelon. HortScience, 43(4): 1238.
HASHIZUME, T., SKIMAMOTO, I., HARUSHIMA, Y., YUI, M., SATO, T.,
IMAI, T., HIRAI., M., 1996. Construction of A Linkage Map for
Watermelon [Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum & Nakai] Using Random
Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Euphytica, 90: 265-273.
![Page 138: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/138.jpg)
125
______., SKIMAMOTO, I., HIRAI, M., 2003. Construction of a Linkage Map and
QTL Analysis of Horticultural Traits for Watermelon [Citrullus lanatus
(Thunb.) Matsum & Nakai] Using RAPD, RFLP and ISSR Markers. Theor.
Appl. Genet.. 106(5): 779-785.
HAWKINS, L.K., DANE, F., KUBISIAK, T.L., RHODE, B.B., JARRET, R.L.,
2001. Linkage Mapping in A Watermelon Population Segregating for
Fusarium Wilt Resistance. J. Amer. Soc. Hort. Sci., 126: 344-350.
HOPKINS, D.L., ELMSTROM, G.W., 1976. Evaluation of Soil pH and Nitrogen
Source on Fusarium Wilt of Watermelon Land Previously Crooped in
Watermelons. Proc. Fla. State Hort. Soc., 89: 141-143.
_______., ELMSTROM, G.W., 1984. Fusarium Wilt in Watermelon Cultivars
Grown in A 4 Year Monoculture. Plant Dis., 68: 129-131.
INAN, N., 2008. Çekirdek Kabaklarında Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyon.
Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı
Yüksek Lisans Tezi, Adana, 70 s.
IOANNOU, N., POULLIS, C., 1991. Fusarium Wilt Resistant Watermelon Cultivars
Associated with A Highly Virulent Local Strain of Fusarium oxysporum f.sp.
niveum. Agricultural Research Inst. Minist. of Agric. and Natural Resources.
Technical Bulletin 129 Nicosia, Cyprus.
JACCARD, P., 1908. Nouvelles Reserches sur la Distribution Florale. Bull. Soc.
Vaud. Sci. Nat., 44: 223-270.
JARRET, R.L., MERRICK, L.C., HOLMS, T., EVANS, J., ARADHYA, M.K.,
1997. Simple Sequence Repeats in Watermelon (Citrullus lanatus (Thunb.)
Matsum. & Nakai). Genome, 40(4): 433-441.
______., NEWMAN, M., 2000. Phylogenetic Relationships Among Species of
Citrullus and the Placement of C. rehmii De Winter as Determined by
Internal Transcribed Spacer (ITS) Sequence Heterogeneity. Genet. Resour.
and Crop Evol., 47(2): 215-222.
JEFFREY, C., 1975. Further Notes on Cucurbitaceae: III. Some African taxa. Kew
Bu. 30:475-493.
![Page 139: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/139.jpg)
126
_______., 1990. Appendix, An Outline Classification of The Cucurbitaceae, in
Biology and Utilization of the Cucurbitaceae, Bates, D.M., Robinson, R.W.
and Jeffrey, C., eds., Cornell University, Ithaca, N.Y., p 449.
KATZIR, N., DANIN-POLEG, Y., TZURI, G., KARCHI, Z., LAVI, U., CREGAN,
P.B., 1996. Length Polymorphism and Homologies of Microsatellites in
Several Cucurbitaceae Species. Theor. Appl. Genet., 93: 1282-1290.
KHOSHOO, T., VIJ, P., 1963. Biosystematics of Citrullus vulgaris var. fistulosus.
Caryologia, 16: 541-552.
KONG, Q., XIANG, C., YU, Z., ZHANG, C., LIU, F., PENG, C., PENG, X.,
2007. Mining and Charactering Microsatellites in Cucumis melo Expressed
Sequence Tags From Sequence Database. Molecular Ecology Notes, 7: 281-
283.
KRESOVICH, S., MCFERSON, J.R., 1992. Assesment and Management of Plant
Genetic Diversity Considerations of Intraspecific and Interspecific Variation.
Field Crop Research, 29: 185-204.
KUCUK, A., ABAK, K., SARI, N., 2002. Cucurbit Genetic Resources in Turkey.
Cucurbit Genetic Resources in Europe, Ad Hoc Meeting, 19 January 2002
Adana-Turkey, 46-51.
KUMAR, L.S., 1999. DNA Markers in Plant Improvement: An Overwiew.
Biotechnology Advances, 17: 143-182.
KUNIYASU, K., 1981. Seed Transmission of Fusarium Wilt of Bottle Gourd,
Lagenaria siceraria, Used as a Rootstock of Watermelon. Jpn. Agr. Res.
Quart., 14: 157-162.
KURT, S., DERVIS, S., SOYLU, E.M., TOK, M.F., YETİŞİR, H., SOYLU, S.,
2008. Pathogenic Races and Inoculum Density of Fusarium oxysporum f.sp.
niveum in Commercial Watermelon Fields in Southern Turkey.
Phytoparasitica 36 (2): 107-116.
KWON, Y.S., PARK, E.K., LEE, W.S., YI, S.I., BAE, K.M., AN, J.S., KIM,
H.Y., 2007. Resistance to Races 0, 1 and 2 of Fusarium Wilt of Watermelon
in Citrullus sp. PI-296341-FR. Korean Journal of Genetics, 29(2):
137-146.
![Page 140: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/140.jpg)
127
LAGHETTI, G., HAMMER, K., 2007. The Corsican Citron Melon (Citrullus
lanatus (Thunb.) Matsum. et Nakai subsp. lanatus var. citroides (Bailey)
Mansf. Ex Greb.) a Traditional and Neglected Crop. Genet. Resour. Crop
Evol., 54: 913-916.
LEE, M., 1995. DNA Markers and Plant Breeding Programs. Adv. Argon. 55: 265-
344.
LEE, S.J., SHIN, J.S., PARK, K.W., HONG, Y.P., 1996. Detection of Genetic
Diversity Using RAPD-PCR and Sugar Analysis in Watermelon (Citrullus
lanatus (Thunb.) Mansf.) Germplasm. Theor. Appl. Genet., 92: 719-725.
LEVI, A., THOMAS, C.E., KEINATH, A.P., WEHNER, T.C., 2000. Estimation of
Genetic Diversity Among Citrullus accessions Using RAPD Markers. Acta
Hort.i 510: 385-390.
_______., THOMAS, C.E., KEINATH, A.P., WEHNER, T.C., 2001a. Genetic
Diversity Among Watermelon (Citrullus lanatus and Citrullus colocynthis)
Accessions. Genet. Resour. Crop. Evol., 48: 559-566.
_______., THOMAS, C.E., WEHNER, T.C., ZHANG, X., 2001b. Low Genetic
Diversity Indicates the Need to Broaden the Genetic Base of Cultivated
Watermelon. HortScience, 36: 1096-1101.
_______., THOMAS, C.E., ZHANG, X.P., JOOBEUR, T., DEAN, R.A., WEHNER,
T.C., CARLE, B.R., 2001c. A Genetic Linkage Map for Watermelon Based
on RAPD Markers. J. Amer. Soc. Hort. Sci., 126: 730-737.
_______., THOMAS, C.E., NEWMAN, M., REDDY, O.U.K., ZHANG, X., XU, Y.,
2004. ISSR and AFLP Markers Sufficiently Differentiated Among American
Watermelon Cultivars with Limited Genetic Diversity. J. Amer. Soc. Hort.
Sci., 129: 553-558.
______., THOMAS, C.E., 2005. Polymorphisms Among Chloroplast and
Mitocondrial Genomes of Citrullus Species and Subspecies. Genet. Resour.
Crop Evol., 52: 609-617.
______., THOMAS, C.E., SIMMONS, A.M., THIES, J.A., 2005. Analysis Based on
RAPD and ISSR Markers Reveals Closer Similarities Among Citrullus and
Cucumis species than with Praecitrullus fistulosus (Stocks) Pangalo. Genet.
![Page 141: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/141.jpg)
128
Resour. and Crop Evol., 52: 465-472.
______., THOMAS, C.E., TREBITSH, T., SALMAN, A., KING, J., KARALIUS, J.,
NEWMAN, M., REDDY, O.U.K., XU, Y., ZHANG, X., 2006. An Extended
Linkage Map for Watermelon Based on SRAP, AFLP, SSR, ISSR, and
RAPD Markers J. Amer. Soc. Hort. Sci., 131(3): 393-402.
______., WECHTER, W.P., DAVIS, A., KATZIR, N., TADMOR, Y.K., LING,
K.S., REDDY, U.O.U., 2007. Interspecific Transferability of Watermelon
EST-SSR Markers in Cucurbit Species. Hortscience, 42 (4): 1012.
______., THOMAS, C.E., 2007. DNA Markers from Different Linkage Regions of
Watermelon Genome Useful in Differentiating Among Closely Related
Watermelon Cultivars. Hort. Sci. 42(2): 210-214.
______., WECHTER, P., DAVIS, A., 2008. EST-PCR Markers Representing
Watermelon Fruit Genes are Polymorphic Among Watermelon Heirloom
Cultivars Sharing a Narrow Genetic Base. Plant Genetic Recources:
Characterization and Utilization, 7 (1): 16-32.
LI, G., QUIROS, C.F., 2001. Sequence-Related Amplified Polymorphism (SRAP),
A New Marker System Based on a Simple PCR: Its Application to Mapping
and Gene Tagging in Brassica. Theor. Appl. Genet,. 103: 455–461.
LI, H.Z., YIN, Y.P., ZHNAG, C.Q., ZHANG, M., LI, J.M., 2008. Comparison of
Characteristics of SRAP and SSR Markers in Genetic Diversity Analysis of
Cultivars in Allium fistulosum L. Seed Science and Technology, 36(2): 423-
434.
LIN, H.Y., CHEN, S.K., LIOU, D.T., HUANG, W.J., CHANG, L.F.P., 2009a.
Development of a Molecular Method for Rapid Differentiation of
Watermelon Lines Resistant to Fusarium oxysporum f.sp. niveum. Botanical
Studies ,50: 273-280.
LIN, H.Y.., CHANG, J.Y., LIU, E.T., CHAO, C.P., HUANG, W.J., CHANG,
L.F.P., 2009b. Development of a Molecular Marker for Specific Detection of
Fusarium oxysporum f.sp. cubense Race 4. Eur. J. Plant Pathol., 123: 353-
365.
LÓPEZ-SESÉ, A.I., STAUB, J., KATZIR, N., GÓMEZ-GUILLAMÓN, L.S., 2002.
![Page 142: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/142.jpg)
129
Estimation of Between and Within Accession Varation in Selected Spanish
Melon Germplasm Using RAPD and SSR Markers to Assess Strategies for
Large Collection Evalution. Euphytica ,127: 41-51.
MANTEL, N., 1967. The Detection of Disease Clustering and a Generalized
Regression Approach. Cancer Res., 27:175-178.
MARTYN., R.D., MCLAUGHLIN, R.J., 1983. Effects of Inoculum Concentration
on the Apparent Resistance of Watermelons to Fusarium oxysporum f.sp.
niveum. Phytoparasitica, 4: 131-136.
______., HARTZ, T.K., 1986. Use of Soil Solarization to Control Fusarium Wilt of
Watermelon. Plant Dis., 70: 762-766.
______., 1987. Fusarium oxysporum f.sp. niveum Race 2; A Highly Aggressive
Race New to the United State, Plant Dis., 71: 233-236.
______., NETZER, D., 1991. Resistance to Race 0, 1 and 2 of Fusarium Wilt of
Watermelon in Citrullus sp. PI-296341-FR. HortScience, 26: 429-432.
______., 1996. Fusarium Wilt of Watermelon. Pages 13-14 in Compendium of
Cucurbit Diseases. T.A.Zitter, D. L. Hopkins, and C.E. Thomas eds. The
American Phytopatological Society. St. Paul, MN.
MAYNARD, D.N., 2001. An Introduction to the Watermelon. ASHS Press,
Alexandria, VA, USA.
MEEUSE, A.D., 1962. The Cucurbitaceae of Southern Africa. Bothalia, 8: 1–111.
MICHAIL, S.H., REHIM, M.A.A., TARABEIH, A.M., ALY, M.A., 2002. Effect of
Fusarium Seed Borne Infection Levels on Watermelon Wilt Incidence. Acta
Phytopathologica et Entomologica Hungarica, 37(4): 347-351
MOHR, H.C., 1988. Watermelon Breeding. In: Breeding Vegetable Crops
(M.I.Basset,ed.) Avi Publishing Company, Westport, CN, USA, 363 p.
MOHAMMADI, S. A., PRASANNA, B. M., 2003. Analysis of Genetic Diversity
in Crop Plants-Salient Statistical Tools and Considerations. Crop Sci., 43:
1235-1248.
MONFORTE, A. J., GARCIA-MAS, J., ARÚS, P., 2003. Genetic Variability in
Melon Based on Microsatellite Variation. Plant Breeding, 122: 153-157.
MUTLU, N., BOYACI, H. F., GOCMEN, M., ABAK, K., 2008. Development of
![Page 143: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/143.jpg)
130
SRAP, SRAP-RGA, RAPD and SCAR Markers Linked With a Fusarium
Wilt Resistance Gene in Eggplant. Theor. Appl. Genet., 117: 1303-1312.
NAKATA, E., STAUB, J. E., LÓPEZ-SESÉ, A. I., KATZIR, N., 2005. Genetic
Diversity of Japanese Melon Cultivars (Cucumis melo L.) as Assessed
by Random Amplified Polymorphic DNA and Simple Sequence Repeat
Markers. Genet. Resour. and Crop Evol., 52: 405-419.
NAVOT, N., ZAMIR, D., 1987. Isozyme and Seed Protein Phylogeny of Genus
Citrullus (Cucurbitaceae). Plant Syst. Evol., 156:61-67.
NETZER, D., 1976. Physological Races and Soil Population Level of Fusarium Wilt
of Watermelon. Phtoparasitica, 4: 131-136.
______., MARTYN, R.D., 1989. PI 296341, A Source of Resistance in Watermelon
to Race 2 of Fusarium oxysporum f. sp. niveum. Plant Dis., 73: 518.
NIMMAKAYALA, P., TOMASON, R.Y., JEONG, J., PONNIAH, K.S.,
KARUNATHILAKE, A., LEVI, A., PERUMAL, R., REDDY, K.U.,
2009. Genetic Reticulation and Interrelationships Among Citrullus Species as
Revealed by Joint Analysis of Shared AFLPs and Species-Specific SSR
Alleles. Plant Genetic Resources Characterization and Utilization, 1-10.
NOTZ, R., MAURHOFER, M., DUBACH, H., HAAS, D., DÉFAGO, G.,
2002. Fusaric Acid-Producing Strains of Fusarium oxysporum Alter 2, 4-
Diacetylphloroglucinol Biosynthetic Gene Expression in Pseudomonas
fluorescens CHA0 in vitro and in the Rhizosphere of Wheat. Appl. Environ.
Microbiol., 68: 2229-2235.
OUMOULOUD, A., ARNEDO-ANDRES, M.S., GONZALES-TORRES, R.,
ALVAREZ, J.M., 2008. Development of Molecular Markers Linked to Fom-
1 Locus for Resistance to Fusarium Race 2 in Melon. Euphytica, 164: 347-
356.
ÖZGEN, M., ADAK, S., KARAGÖZ, A. ULUKAN, H., 1995. Bitkisel Gen
Kaynaklarının Korunma ve Kullanımı. Türkiye Ziraat Mühendisliği 4.
Teknik Kongresi, 9-13 Ocak 1995, Ankara, Ziraat Bankası Kültür Yayınları,
26: 309-343.
______., ADAK, M.S., SÖYLEMEZOĞLU, G., ULUKAN, H., 2000. Bitkisel Gen
![Page 144: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/144.jpg)
131
Kaynaklarının Korunma ve Kullanımında Yeni Yaklaşımlar. V. Türkiye
Ziraat Mühendisliği Teknik Kongresi, 17-20 Ocak 2000, Ankara.
PARIS, H.S., YONASH, N., PORTNOY, V., MOZES-DAUBE, N., TZURI, G.,
KATZIR, N., 2003. Assessment of Genetic Relationships in Cucurbita pepo
(Cucurbitaceae) Using DNA Markers. Theor. Appl. Genet. 106: 971-978.
PROVVIDENTI, R., 1994. Inheritance of a Partial Chlorophyll Deficiency in
Watermelon Activated by Low Temperature at the Seedling Stage.
HortScience, 29: 1062-1063.
RAFALSKI, J.A., VOGEL, J. M., MORGANTE, M., POWELL, W., ANDRE, C.,
TINGEY, S., 1996. In: Birren B, Lai E (eds) Non-Mammalian Genome
Analysis: A Practical Guide. Academic Press, New York, 75-134.
REDDY, M.P., SARLA, N., SIDDIQ, E.A., 2002. Inter-Simple Sequence
Repeat (ISSR) Polymorphism and Its Application in Plant Breeding.
Euphytica, 128: 9-17.
ROBINSON, R.W., DECKER-WALTERS, D.S., 1997. Cucurbits. CAB
International, New York, NY, USA
ROHLF., 1998. NTSYS-PC Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis
System. Version 2.00. Exeter Software, Setauket, New York.
RUIZ, J.J., GARCIA-MARTINEZ, S., 2005. Genetic Variability and Relationship of
Closely Related Spanish Traditional Cultivars of Tomato as Detected by
SRAP and SSR Markers. J. Amer. Soc. Hort. Sci., 130: 88-94.
SAMBROOK, J., FRITSCH, E.F., MANIATIS, T., 1989. Molecular Cloning. A
Laboratory Manual, 2nd Edition. Cold Spring Harbor, NY: Cold Harbor
Laboratory Press.
SARI, N., SOLMAZ, I., UNLU, H., YETISIR, H., 2007a. Watermelon Genetic
Resources in Turkey and Their Characteristics. Acta Hortic., 731: 433-438.
SARI, N., AKA-KAÇAR, Y., YALÇIN-MENDİ, Y., SOLMAZ, İ., AKTAŞ, H.,
2007b. Karpuz Genetik Kaynaklarının Morfolojik ve Genetik
Karakterizasyonu. TÜBİTAK, Proje No: 104O073 Sonuç Raporu.
SARI, N., TAN, A.,YANMAZ, R., YETİŞİR, H., BALKAYA, A., SOLMAZ İ.,
AYKAS, L., 2008. General Satatus of Cucurbit Genetic Resources in
![Page 145: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/145.jpg)
132
Turkey, Proceedings of the IXth EUCARPIA Meeting on Genetics and
Breeding of Cucurbitaceae, INRA, Avignon (France), 21-32.
SAS Institute Inc, 2006. SAS Users Guide; SAS/STAT, Version 6. SAS Ins.
Inc.Cary.
SENSOY, S., DEMIR, S., BUYUKALACA, S., ABAK, K., 2007. Response of
Turkish Melon Genotypes to Fusarium oxysporum f. sp. melonis Race 1
Determined by Inoculation Tests and RAPD Markers. Europ. J. Hort. Sci.,
72(5): 220-227.
SHI, J., MUELLER, W., BECKMAN, C.H., 1991. Ultrastructural Responses of
Vessel Contact Cells in Cotton Plants Resistant or Susceptible to Infection
by Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum. Physiol. Mol. Plant Pathol., 38:
211-222.
SINGH, A.K., 1990. Cytogenetic and Evolution in the Cucurbitaceae. In: Bates
D.M., Robinson R.W. and Jeffrey C. (eds), Biology and Utilization of the
Cucurbitaceae, Comstock Publishing Association, Ithaca, New York, U.S.A,
10-28.
SILVA, M.L., QUEIROZ, M.A., FERREIRA, M.A.J., BUSO, G.S.C., 2006.
Morphological and Molecular Characterization of Watermelon. Horticultura
Brasileira, 24 (4): 405-409.
SMITH, E.F., 1894. The Watermelon Disease of the South. Proc. Amer. Assn. Adv.
Sci., 43: 289-290.
SOLMAZ, İ., 2003. Bazı Karpuz Çeşit ve Tiplerinde Karakterizasyon. Çukurova
Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı, Yüksek
Lisans Tezi, Adana, 89 s.
______., SARI, N., KASAPOĞLU, S., 2007. Orta Anadolu ve Akdeniz
Bölgelerinden Toplanan Karpuz Genetik Kaynaklarının Morfolojik
Karakterizasyonu. Türkiye V. Ulusal Bahçe Bitkileri Kongresi, 04-07 Eylül
2007, Erzurum, 236-241.
______., SARI, N., 2009. Characterization of Watermelon (Citrullus lanatus)
Accessions Collected from Turkey for Morphological Traits. Genet. Resour.
Crop Evol., 56(2): 173-188.
![Page 146: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/146.jpg)
133
______., SARI, N., AKA-KACAR, Y., YALCIN-MENDI, Y., 2010. The Genetic
Characaterization of Turkish Watermelon (Citrullus lanatus) Accessions
Using RAPD Markers. Genet. Resour. and Crop Evol, DOI: 10.1007/s10722-
009-9515-2, Published Online: 29 Jan. 2010.
STAUB, J.E, SERQUEN, F.C., GUPTA, M., 1996. Genetic Markers, Map
Construction and Their Application in Plant Breeding. HortScience, 31: 729-
741.
______., DANIN-POLEG, Y., FAZIO, G., HOREJSI, T., REIS, N., KATZIR, N.,
2000. Comparative Analysis of Cultivated Melon Groups (Cucumis melo L.)
Using Random Amplified Polymorphic DNA and Simple Sequence Repeat
Markers. Euphytica, 115: 225-241.
______., LÓPEZ-SESÉ, A.I., FANOURAKIS, N., 2004. Diversity Among
Melon Landraces (Cucumis melo L.) from Greece and Their Genetic
Relationships with Other Melon Germplasm of Diverse Origins. Euphytica,
136: 151-166.
SZABÓ, Z., GYULAI, G., HUMPHREYS, M., HORVÁTH, L.,
BITTANSÁNSZKY, A., LÁGLER, R., HESZKY, L., 2005. Genetic
Variation of Melon (C. melo) Compared to an Extinct Landrace from the
Middle Ages (Hungary).I. rDNA, SSR and SNP Analysis of 47 Cultivars.
Euphytica, 146: 87-94.
TAMAM, A., 2008. Bazı Avokado (Persea americana Mill.) Çeşitlerinin
Morfolojik ve Moleküler Karakterizasyonu. Çukurova Üniversitesi Fen
Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi,
Adana, 116 s.
TAN, A., 1998. Current Status of Plant Genetic Resources Conservation in Turkey.
Proceeding of International Symposium on in situ Conservation of Plant
Genetic Diversity, 4-8 November 1996, Antalya, Turkey, 5-16.
______., 2003. http://www.aari.gov.tr.
TZITZIKAS, E.M., MONFORTE, A.J., FATIHI, A., KYPRIOTAKIS, A.,
IACOVIDES, T.A., IOANNIDES, I.M., KALAITZIS, P., 2009. Genetic
Diversity and Population Structure of Traditional Greek and Cypriot Melon
![Page 147: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/147.jpg)
134
Cultigens (Cucumis melo L.) Based on Simple Sequence Repeat Variability.
HortScience, 44(7): 1820-1824.
UZUN, A., 2009. Turunçgillerde Genetik Çeşitliliğin SRAP Markırları ile
Karakterizasyonu. Çukurova Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, Bahçe
Bitkileri Anabilim Dalı, Doktora Tezi, Adana, 369 s.
VANDEMARK, G.J., ARISS, J.J., BAUCHAN, G.A., 2006. Estimating Genetic
Relationships Among Historical Sources of Alfaalfa Germplasm and Selected
Cultivars with Sequnce Related Amplified Polymorhisms. Euphytica, 152: 9-
16.
VERMA, M., ARYA, L., 2008. Development of EST-SSRs in Watermelon
(Citrullus lanatus var. lanatus) and Their Transferability to Cucumis spp.
Journal of Horticultural Science & Biotechnology, 83 (6): 732-736.
VOS, P., HOGERS, R., BLEEKER, M., REIJANS, M., VAN DE LEE, T.,
HORNES, M., FRIJTERS, A., POT, J., PELEMAN, J., KUIPER, M.,
ZABEAU, M., 1995. AFLP: A New Technique for DNA Fingerprinting.
Nucleic Acids Res., 23: 4407-4414.
WANG, M., ZHANG, X., 1988. Studies on Watermelon Germplasm Sources
Resistant to Fusarium Wilt Disease at the Seedling Stage. Cucurbit Genetics
Cooperative, USA (No:11): 68.
WANG, L.L., PING, Z.L., QIN, G.Y., XIA, W.M., MING, C.L., LAN, Y.J., YAN,
W., MIN, Y.F., ZHI, W.L., 2008. DNA Fingerprinting and Genetic Diversity
Analysis of Late-Bolting Radish Cultivars with RAPD, ISSR and SRAP
Markers. Scientia Horticulturae, 116: 240-247.
WATCHARAWONGPAIBOON, N., CHUNWONGSE, J., 2008. Development and
Characterization of Microsatellite Markers from An Enriched Genomic
Library of Cucumber (Cucumis sativus). Plant Breeding, 127: 74-81.
WECTHER, W.P., WHITEHEAD, M.P., THOMAS, C.E., DEAN, R.A., 1995.
Identification of a Randomly Amplified Polymorphic DNA Marker Linked to
The Fom 2 Fusarium Wilt Resistance Gene in Muskmelon MR-1.
Phytopathology, 85: 1245-1249.
WEHNER, T.C., 2008. Watermelon In: Prohens J. and Nuez F. (eds.) Handbook of
![Page 148: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/148.jpg)
135
Plant Breeding; Vegetables I: Asteraceae, Brassicaceae, Chenopodiaceae, and
Cucurbitaceae. Springer Science+Business LLC, New York, NY, 381-418.
WHITAKER, T.W., DAVIS, G.N., 1962. Cucurbits: Botany, Cultivation and
Utilization. Leonard Hill, London.
______., BEMIS, W.B., 1976. Cucurbits. In: Simmonds N.W. (ed.), Evolution of
crop plants. Longman, London, 64-69.
WILLIAMS, J.G.K., KUBELIK, A.R., LIVAK, K.J., RAFAELSKI, J.A., TINGEY,
S.V., 1990. DNA Polymorphisms Amplified by Arbitrary Primers are Useful
as Genetic Markers. Nucleic Acid. Res., 18(22): 6531-6535.
XU, Y., OUYANG, X.X., ZHANG, H.Y., KANG, G.B., WANG Y.J., CHEN, H.,
1999. Identification of a RAPD Marker Linked to Fusarium Wilt Resistant
Gene in Wild Watermelon Germplasm (Citrullus lanatus var. citroides) Acta
Botanica Sinica, 41(9): 952-955.
______., ZHANG, H.Y., KANG, G.B., WANG, Y.J., CHEN, H., 2000. Studies of
Molecular Marker-Assisted-Selection for Resistance to Fusarium Wilt in
Watermelon (Citrullus lanatus) Breeding. Acta Genetica Sinica, 27 (2): 151-
157.
______., GUO, S., ZHANG, H., GONG, G., MAO, A., GENG, L., 2008.
Construction of Watermelon SSH cDNA Libraries Induced by Fusarium
oxysporum and Analysis of Expressed Sequence Tags. Proceedings of the
IXth EUCARPIA Meeting on Genetics and Breeding of Cucurbitaceae, INRA,
Avignon (France), 621-626.
YAN, L., ZHANG, C.Q., 2005. Studies on Genetic Diversity with the Molecular
Marker SRAP of Watermelon Hyrids. Acta Hort. Sinica, 32(4): 643-647.
YETISIR, H., SARI, N., YUCEL, S., 2003. Rootstock Resistance to Fusarium Wilt
and Effect on Watermelon Fruit Yield and Quality. Phytoparasitica, 31(2):
163-169.
YUCEL, S., PALA, H., SARI, N., ABAK, K., 1999. Determination of Fusarium
oxysporum f. sp. niveum Races in the Eastern Meditteranean Region of
Turkey and Response of Some Watermelon Genotypes Proc.1st Symp. on
Cucurbits. Acta Hort., 492: 349-353.
![Page 149: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/149.jpg)
136
ZAMIR, D., NAVOT, N., RUDICH, J., 1984. Enzyme Polymorphism in Citrullus
lanatus and C. colocynthis in Israel and Sinai. Plant Syst. Evol., 146: 163-
137.
ZENGİN, H., YILDIRIM, G., GÜLSOY, E., 1975. Marmara Bölgesindeki Kavunda
Fusarium oxysporum f.sp. melonis, Karpuzda Fusarium oxysporum f.sp.
niveum Solgunluk Etmenleri ve Kimyasal Savaş Olanakları Üzerinde
Araştırmalar. Erenköy Zirai Mücadele Araştırma. Enstitüsü. E-108, 829 no’lu
proje.
ZHANG, X.P., RHODES, B.B., SKORUPSKA, H., 1994. RAPD Molecular Markers
in Watermelon. Cucurbits Genetics Cooperative Report, 17: 116-119.
ZHANG, Z., ZHANG, J., WANG, Y., ZHENG, X., 2005. Molecular Detection of
Fusarium oxysporum f.sp. niveum and Mycosphaerella melonis in Infected
Plant Tissues and Soil. FEMS Microbiol. Lett., 249: 39-47.
ZHENG, X.Y., WOLFF, D.W., 2000. Randomly Amplified Polymorphic DNA
Markers Linked to Fusarium Wilt Resistance. HortScience, 35: 716-721.
ZHOU, X.G., EVERTS, K.L., 2003. Races and Inoculum Density of Fusarium
oxysporum f. sp. niveum in Comercial Fields in Maryland and Delaware.
Plant Disease, 87(6): 692-698.
______., EVERTS, K.L., 2004a. Quantification of Root and Stem Colonization of
Watermelon by Fusarium oxysporum f.sp. niveum and Its Use in Evaluating
Resistans. Phytopatology, 94: 832-841.
______., EVERTS, K.L., 2004b. Suppression of Fusarium Wilt of
Watermelon by Soil Amendment With Hairy Vetch. Plant Disease, 88: 1357-
1365.
______., EVERTS, K.L., BRUTON, B.D., 2010. Race 3, a New and Highly
Virulent Race of Fusarium oxysporum f. sp. niveum Causing Fusarium Wilt
in Watermelon. Plant Disease, 94(1): 92-98.
ZHUKOVSKY, P.M., 1933. La Turquie Agricole “Selkhozghiz”, Moscou.
ZHUANG, F.Y., CHEN, J.F., STAUB, J.E., QIAN, C.T., 2004. Assesment of
Genetic Relationships Among Cucumis spp. by SSR and RAPD Marker
Analysis. Plant Breeding, 123: 167-172.
![Page 150: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/150.jpg)
137
ZIETKIEWICZ, E., RAFALSKI, A., LABUDA, D., 1994. Genome Fingerprinting
by Simple Sequence Repeat (SSR)-Anchored Polymerase Chain Reaction
Amplification. Genomics, 20: 176-183.
![Page 151: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/151.jpg)
138
ÖZGEÇMİŞ
1977 yılında Adana’da doğdu. İlk öğrenimini İsmet İnönü İlkokulu’nda, orta
ve lise öğrenimini Kurttepe Anadolu Lisesi’nde tamamladı. 1996 yılında Çukurova
Üniversitesi Ziraat Fakültesi Bahçe Bitkileri Bölümü’nde lisans eğitimine başlayıp
2000 yılında Ziraat Mühendisi olarak mezun oldu. Aynı yıl içerisinde Çukurova
Üniversitesi Ziraat Fakültesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bahçe Bitkileri Anabilim
Dalı’nda yüksek lisans eğitimine başladı. 2000-2002 yılları arasında SAPEKSA
A.Ş.’de Üretim Mühendisi olarak çalıştı. Kasım-2002’de Çukurova Üniversitesi Fen
Bilimleri Enstitüsü Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı’na Araştırma Görevlisi olarak
atandı. 2003 yılında yüksek lisans öğrenimini tamamladı ve aynı yıl Çukurova
Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Bahçe Bitkileri Anabilim Dalı’nda doktora
öğrenimine başladı. Şubat 2010 da Çukurova Üniversitesi Ziraat Fakültesi’nde Ziraat
Mühendisi kadrosuna atandı ve Bahçe Bitkileri Bölümü’nde çalışmalarına devam
etmektedir.
![Page 152: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/152.jpg)
![Page 153: ÇUKUROVA ÜNİVERSİTESİ FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ DOKTORA ... · no’lu ırk için RAPD primeri OPP01 ile yapılan moleküler taramada 700 bp bandı, yalnızca Kar 26 ve PI](https://reader034.vdocuments.mx/reader034/viewer/2022052611/5f04af587e708231d40f321a/html5/thumbnails/153.jpg)