the fantom web resource, update 2018 -...
TRANSCRIPT
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RIKEN Center for Life Science Technologies
Shuhei Noguchi1), Marina Lizio1), Imad Abugessaisa1), Jessica Severin1), Takeya Kasukawa1), Hideya Kawaji1)
1) RIKEN IMS
AcknowledgeFANTOM5 was made possible by a Research Grant for RIKEN Omics Science Center from MEXT and a Grant of the Innovative Cell Biology by Innovative Technology (Cell Innovation Program) from the MEXT.
This study is also supported by Research Grants from MEXT through RIKEN Preventive Medicine and Diagnosis Innovation Program, RIKEN Centre for Life Science, Division of Genomic Technologies, and
RIKEN Center for Integrative Medical Sciences. We would also like to thank all members of the FANTOM5 consortium for contributing to generation of samples and analysis of the data-set and thank GeNAS for
data production
Resources in FANTOM5
SSTAR - semantic representation
of the FANTOM5 resources
ZENBU - dynamic visualization
of the FANTOM5 resources
TET - easy-to-use interface to
download subsets of
the FANTOM5 expression data
Biomart interface for retrieving data
sets in resources of FANTOM5
FANTOM5 web resources for data browsing
FANTOM5 web resources for data downloading
biolayout - 3-D dynamic visualization
of expression states
http://fantom.gsc.riken.jp/5/biolayout/
http://biomart.gsc.riken.jp/
Organization of FANTOM5 web resources
Interactivenavigation
Reference toanalyzed data
Data retrieval
TSS activitiesTSS
coordinationSample
informationCo-expressed
clustersDNA motif
ZENBU
UCSC datahub
SSTAR
BioLayoutExpress3D
TET BioMart
File explorer
FANTOM CAT Browser
FANTOM5 miRNA atlas
http://fantom.gsc.riken.jp/cat/v1http://fantom.gsc.riken.jp/5/suppl/De_Rie_et_
al_2017/vis_viewer/
FANTOM CAT browser FANTOM5 miRNA atlas
• 約3,000サンプルから得たトランスクリプトーム– ~180種以上のヒト細胞を含む。
– 単一手法・プロジェクトでの解析としては世界最大規模
http://www.nature.com/collections/fantom5
ヒト(hg19,hg38)プロモーター (20万個) Nature 507:462–470 (2014), Science 347:1010-1014 (2015)
エンハンサー (6.5万個)Nature 507:455–461 (2014), Science 347:1010-1014 (2015)
非コードRNA (2.9万個)Nature 543:199–204 (2017)
miRNA (6千個)Nature Biotech 35:872-878 (2017)
マウス(mm9,mm10)プロモーター (15万個)
Genome Biol. 16:22 (2015); Nucleic Acids Res. 45: D737-D743 (2017)
ゲノムDNA
遺伝子
エンハンサー
プロモーター非コードRNA
FANTOM5 collections
哺乳類ゲノムの機能アノテーションを目的とした国際共同研究FANTOM (Functional ANnoTation Of Mammalian Genome) プロジェクトの第五回目であるFANTOM5では、ヒトやマウスなどの様々な初代培養細胞や臓器、細胞株、時系列サンプルより構成される約3000サンプルを対象に、転写開始の頻度を一塩基単位でゲノムワイドに測定した。本測定データを元にヒトゲノムの機能領域として重要な役割を果たすプロモーター、エンハンサー、そして非コードRNAのアトラス(地図)を作成し、得られたデータや解析結果についてはデータアーカイブ、そして複数のデータベースに格納され、多様な側面からの利用に供されている。今回のアップデートではdog、 rat、 chicken、 macaqueのCAGE（Cap Analysis of Gene Expression）データ、および、それを用いた解析により同定したプロモーター領域のデータを追加した。これらのデータはFANTOM5のヒトやマウスのデータと同様に利用可能である。また、UCSCゲノムブラウザのTrack hubにFANTOM5とChIP-Atlasのデータを並べて表示することを可能にした。
Licensed under a Creative Commons表示4.0国際ライセンス
(c)2018野口修平（理研IMS）
Track hub interface for overlaying
FANTOM5 resources with ChIP-Atlas
in UCSC genome browser
マカク(rheMac8)プロモーター (25869個)
ラット(rn6)プロモーター (28497個)
イヌ(canFam3)プロモーター (23147個)
ニワトリ(galGal5)プロモーター (31863個)
• 一塩基解像度での転写開始活性 (CAGE)
• ヒトゲノム機能領域の「アトラス」
FANTOM web portal (http://fantom.gsc.riken.jp/)
http://fantom.gsc.riken.jp/5prim/external/ChIP-Atlas/current/hub.txt
FANTOM5 resources with ChIP-Atlas
The FANTOM web resource, update 2018
RIKEN Center for Integrative Medical Sciences
FANTOM5
ChIP-Atlas
http://fantom.gsc.riken.jp/5/sstar/
http://fantom.gsc.riken.jp/5/tet/
http://fantom.gsc.riken.jp/zenbu/
Track hub interface for overlayingFANTOM5 resourcesin UCSC genome browser
https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgHubConnect