tesis doctoral - hera.ugr.es · tejido adyacente o del líquido articular. cada placa o lámina de...

FACULTAD DE MEDICINA


UNIVERSIDAD DE GRANADA


TESISDOCTORAL

IDENTIFICACIÓN DE PATRONES DE VIABILIDAD Y EXPRESIÓN GÉNICA EN CONDROCITOS ARTICULARES HUMANOS PARA SU UTILIZACIÓN EN INGENIERÍA TISULAR

Álvaro Morales Villaescusa GRANADA 2010

TESIS DOCTORAL

Álvaro Morales Villaescusa

Editor: Editorial de la Universidad de GranadaAutor: Álvaro Morales VillaescusaD.L.: GR 3800-2010ISBN: 978-84-693-6028-6

1



IDENTIFICACIÓN DE PATRONES

DE VIABILIDAD Y EXPRESIÓN GÉNICA

EN CONDROCITOS ARTICULARES

HUMANOS PARA SU UTILIZACIÓN

EN INGENIERÍA TISULAR

TESIS DOCTORAL

ÁLVARO MORALES VILLAESCUSA

2010

2



Departamento de Histología

Grupo de Investigación de Ingeniería Tisular CTS - 115

“IDENTIFICACIÓN DE PATRONES DE VIABILIDAD Y EXPRESIÓN GÉNICA

EN CONDROCITOS ARTICULARES HUMANOS PARA SU UTILIZACIÓN EN

INGENIERÍA TISULAR”

Esta Tesis Doctoral ha sido realizada en los laboratorios del Grupo de Ingeniería

Tisular del Departamento de Histología de la Universidad de Granada y financiada

por el Proyecto de Excelencia titulado “ELABORACIÓN DE ÓRGANOS Y TEJIDOS

ARTIFICIALES PARA SU APLICACIÓN TERAPEUTICA” – P06-CTS-2191 de la

Junta de Andalucía

Granada, a 1 de Junio de 2010.

3

IDENTIFICACIÓN DE PATRONES DE VIABILIDAD Y EXPRESIÓN GÉNICA

EN CONDROCITOS ARTICULARES HUMANOS PARA SU UTILIZACIÓN EN

INGENIERÍA TISULAR

Memoria que presenta el Licenciado en Medicina y Cirugía


para aspirar al título de Doctor

Fdo.: Álvaro Morales Villaescusa

VºBº El Director de Tesis VºBº El Director de Tesis

Fdo.: Prof. Antonio Campos Muñoz Fdo.: Prof. Miguel Alaminos Mingorance

Doctor en Medicina y Cirugía Doctor en Medicina y Cirugía

Universidad de Granada Doctor en Ciencias Biológicas

Universidad de Granada

VºBº El Director de la Tesis

Fdo.: Prof.ª María del Carmen Sánchez Quevedo

Doctora en Ciencias Químicas


Departamento de Histología


2010

4

A toda mi familia.

5

“La habilidad es lo que permite hacer ciertas cosas.

La motivación determina lo que se hace. La actitud cuán bien se hace.”

Lou Holtz

6

AGRADECIMIENTOS

Suponen para mí estas líneas, una excelente oportunidad de poner de manifiesto mi

gratitud hacia el Profesor Campos. Alma incansable de este trabajo, representa desde

hace más de una década, una de las personas más influyentes en mi vida académica y

profesional. Ejemplo de iniciativa, capacidad de trabajo, dedicación y optimismo, ha sido

el ideólogo de casi todos los proyectos que he iniciado en los últimos años, que se han

apartado del convencionalismo que muchas veces seguimos los profesionales de la

medicina. Gracias Antonio, por el constante estímulo, por la ilusión transmitida, por el

cariño expresado, por la ausencia de desfallecimiento… en definitiva, gracias por estar

ahí una, tras otra, tras otra vez.

Ha sido para mí un auténtico privilegio, contar con la ayuda del Profesor Alaminos. Es

alentador comprobar que aún existe gente como él, con esa vocación por la

investigación y por la docencia. Gracias Miguel, por tus enseñanzas, por tu tiempo, por

tu paciencia y por tu sentido del humor, auténticamente exquisito, sin tí este trabajo no

habría sido posible.

Quiero además expresar mi más sincera gratitud a la Profesora Sánchez Quevedo, por

el tiempo y el esfuerzo con tanto cariño dedicados a este trabajo, así como a Ingrid y a

Renato por su incansable entrega.

Lugar privilegiado ocupa mi familia:

No puedo expresar con palabras la gratitud y admiración que siento por mis padres, a

quienes les debo mis bienes más preciados: mi educación y mi formación. Gracias, por

transmitirme los valores que hoy me sostienen: el sentido del amor, del trabajo, de la

lucha y de la honestidad. Lograsteis la difícil tarea de alcanzar el equilibrio entre la

libertad y la obligación. Lo habeis hecho muy bien.

A mi mujer, Magdalena, por constituir para mí un aliento de ánimo inesperado en la

consecución de este trabajo y por haber conseguido que cada día mire dentro de mí

para exigirme ser mejor persona. Gracias por sostener el proyecto más importante de mi

vida, a tu lado todo es muy fácil.

No quiero concluir sin mencionar a todas aquellas personas que de una forma u otra

han colaborado conmigo para que este trabajo salga adelante, tanto del Hospital de

Jerez de la Frontera, en especial del Servicio de Traumatología y del Centro Regional

de Transfusiones Sanguíneas, como del Hospital Universitario Virgen de las Nieves y

del Departamento de Histología de la Universidad de Granada.

INTRODUCCIÓN ………………………………………………………. 9

1.-Estructura histológica del tejido cartilaginoso ………………………………. 14

1.1.-Características histológicas cartílago articular ……………………..……… 17

1.2.-Histogénesis del cartílago …………………………………….……………… 24

1.3.-Metabolismo del cartílago articular …………………..…………...………… 25

1.4.-Evolución del cartílago con la edad …………………………….…………… 26

2.- Patología del cartílago articular ……………………………………………….. 27

3.- Tratamiento de la patología del cartílago articular ……………………….… 29

3.1.- Tratamiento sintomático ……………………………………………………... 29

3.2.- Tratamiento quirúrgico clásico ………….......……………………………… 29

3.3.- Inducción celular de la condrogénesis …………………………………….. 31

3.4.- Transplante osteocondral ……....………………………….…………………. 32

4.- Terapia celular con condrocitos ……………………………………………… 35

5.- Viabilidad celular ………………………………………………………………….. 42

5.1. Detección de alteraciones de la permeabilidad celular …………………… 44

5.2. Microanálisis por energía dispersiva de rayos X ………………..……...…... 45

5.3. Ensayos morfológicos …………………………………………….…………… 45

5.4. Determinación del perfil de expresión génica mediante microarrays …….. 46

OBJETIVOS ………………………………....…………………………… 48

ÍNDICE

MATERIALES Y MÉTODOS …………………………………………… 50

1.- Aislamiento de condrocitos ……………...……………………………………… 51

2.- Obtención de subcultivos celulares …………..........…………………………… 54

3.- Determinación de la viabilidad celular mediante ensayos

de exclusión del colorante vital azul tripán ………………………....…………… 55

4.- Análisis de la expresión génica mediante microarrays …………....……… 58

5.- Análisis estadístico ……….........……………………………………………… 59

RESULTADOS …………………………………………………………… 60

1.- Establecimiento de cultivos primarios

de condrocitos de cartílago articular humano ………………...……………….. 61

2.- Viabilidad celular determinada mediante

ensayos de exclusión de colorantes vitales ……………………………………. 63

3.- Patrón de expresión génica global de los condrocitos

articulares humanos determinado mediante microarray ……………………… 65

4.- Identificación de los genes cuya expresión

se relaciona con la evolución cronológica de los cultivos ……………………. 74

5.- Identificación del patrón de expresión de los genes relacionados

con la diferenciación condral en los ocho primeros subcultivos celulares ….... 75

6.- Identificación del patrón de expresión de genes vinculados con la

mortalidad celular (caspasas) en los ocho subcultivos celulares ……...…... 77

DISCUSIÓN ………………………….………………………………… 83

CONCLUSIONES ……………………..………………………………. 95

TABLAS SUPLEMENTARIAS ………………………………………… 98

REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS ………………………………. 171

INTRODUCCIÓN

OBJETIVOS

MATERIALES Y MÉTODOS

RESULTADOS

DISCUSIÓN

CONCLUSIONES

TABLAS SUPLEMENTARIAS

REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS

Introducción

10

El aparato locomotor permite al ser humano interactuar con el medio que le

rodea mediante el movimiento. Está constituido por huesos, músculos y articulaciones.

Se denomina articulación (Figura 1) a la unidad estructural y funcional existente entre

dos o más huesos, que posibilita su desplazamiento espacial, manteniendo

simultáneamente una estabilidad adecuada (Llusá et al., 2007). La articulación,

previene movimientos excesivos gracias a la congruencia entre las superficies

articulares (revestidas de cartílago), la cápsula, los ligamentos y las estructuras

músculo-tendinosas vecinas.

El cartílago articular es uno de los tres tipos de cartílago que podemos encontrar en el

organismo. Es la estructura que recubre los huesos en su porción epifisaria, facilitando

el deslizamiento de los mismos y amortiguando las presiones mecánicas. Tiene un

aspecto blanco-amarillento, brillante que resulta homogéneo al corte. Su grosor se

relaciona con la presión que se ejerce sobre su superficie, de forma que oscila entre

los 2-4 mm en cadera y rodilla y los 6-7 mm en la rótula.

Las lesiones del cartílago articular son de gran importancia dentro del campo de la

cirugía ortopédica y de la traumatología, ya que, cuando se producen, dan lugar a

cuadros degenerativos progresivos que culminan en la degradación del cartílago y

destrucción de la superficie articular donde se encuentra la lesión. Esto se debe, a que

el cartílago hialino, pese a ser un tejido metabólicamente activo posee una limitada

capacidad de reparación, por lo que estos cuadros suelen requerir de un

Introducción

11

reemplazamiento total o parcial de la articulación para eliminar el dolor y restaurar la

movilidad (artroplastia).

La incidencia y prevalencia real de las lesiones del cartílago hialino es desconocida.

Ello puede deberse, entre otros motivos, a que dichas lesiones pueden presentarse

directa o indirectamente a partir de otros daños producidos en la rodilla meses o años

después de ocurrir la lesión primaria.

Las lesiones condrales han sido históricamente un problema de muy difícil solución.

William Hunter afirmaba en 1743 que ―desde Hipócrates hasta nuestros días, se

acepta universalmente que el cartílago ulcerado es un asunto problemático y que una

vez destruido no se repara...‖. Un siglo después, en 1851, Sir James Paget decía que,

hasta donde él conocía, ―no existen ocasiones en las que un fragmento perdido del

cartílago haya sido repuesto o reparado con cartílago permanente nuevo y bien

desarrollado en el ser humano‖.

Desde entonces, numerosos estudios han confirmado que el cartílago tiene una

capacidad limitada de reparación directa (tiene capacidad para formar un tejido fibroso

o fibrocartilaginoso) y que su función mecánica no se recupera espontáneamente tras

una lesión importante (Martín, 2003).

Inicialmente, el tratamiento de las lesiones del cartílago articular, es sintomático:

reposo, cambios en el estilo de vida, rehabilitación o tratamientos médicos

farmacológicos. En los últimos años, se han desarrollado diversos tratamientos

quirúrgicos para la resolución de las lesiones del cartílago articular. El objetivo de

estos tratamientos es prevenir la expansión de las lesiones e intentar regenerar el

cartílago para evitar en un futuro la evolución a osteoartrosis obligando a un posible

recambio articular. Estas técnicas se pueden dividir en varias categorías: tratamiento

sintomático (lavado y/o desbridamiento artroscópico), tratamiento quirúrgico clásico

(perforaciones, micro fracturas, abrasiones superficiales…), inducción celular de la

condrogénesis (trasplante de periostio, trasplante de pericondrio y trasplante autólogo

de condrocitos), trasplante osteocondral (aloinjertos y autoinjertos osteocondrales,

etc.).

Las nuevas investigaciones buscan entender la biología, composición, metabolismo,

organización ultraestructural y molecular, y las propiedades biomecánicas del cartílago

articular con la esperanza de desarrollar un procedimiento de reparación biológico,

como una alternativa a las artroplastias en el tratamiento de las enfermedades

degenerativas de las articulaciones.

Introducción

12

El objetivo es intentar hallar un sustituto biológico viable, con las propiedades

bioquímicas y biomecánicas del cartílago articular normal. El cartílago articular al no

tener una capacidad de curación adecuada, generalmente y en las mejores

condiciones realiza esta curación con fibrocartílago, sin embargo, algunos estudios

experimentales han demostrado regeneración del cartílago hialino.

En la presente Tesis Doctoral vamos a considerar la viabilidad de los condrocitos

articulares humanos mantenidos en cultivo para su utilización en la terapia celular,

para ello describiremos y analizaremos en la presente introducción, como fundamento

de la investigación a realizar, los siguientes apartados:

Estructura histológica del cartílago.

Patología del cartílago articular.

Tratamiento de la patología del cartílago articular

Terapia celular con condrocitos.

Viabilidad celular.

A continuación enunciaremos los objetivos del presente trabajo de investigación y

describiremos el material y los métodos utilizados y los resultados obtenidos.

Finalmente enumeraremos las conclusiones alcanzadas en nuestro estudio.

Introducción

13

Figura 1.- Representación esquemática de la estructura básica de una articulación.

Introducción

14

1.- ESTRUCTURA HISTOLÓGICA DEL TEJIDO CARTILAGINOSO

El tejido cartilaginoso es un tipo de tejido conjuntivo especializado, constituido por

células y matriz intercelular.

Las células, denominadas condrocitos, se organizan en espacios llamados lagunas o

condroceles, rodeados por abundante matriz extracelular. Los condrocitos sintetizan y

secretan los componentes orgánicos de la matriz extracelular que son básicamente

colágeno, ácido hialurónico, proteoglucanos y glicoproteínas. Según las características

de la matriz se distingue cartílago hialino, elástico y fibroso. Los vasos sanguíneos no

penetran en la matriz cartilaginosa (el cartílago es avascular y aneuronal) y los

condrocitos se nutren con material que difunde desde de los capilares sanguíneos del

tejido adyacente o del líquido articular.

Cada placa o lámina de tejido cartilaginoso está rodeada por el pericondrio que

corresponde a tejido conjuntivo denso, en el cuál se distingue una capa externa fibrosa

y una capa interna celular, en la cual se ubican las células que pueden dar origen a los

condroblastos, que corresponden a precursores de los condrocitos y que difieren de

ellos sólo en su edad y en su mayor actividad de síntesis de componentes de la matriz

intercelular cartilaginosa. La superficie articular no está revestida por pericondrio.

Existen tres tipos de tejido cartilaginoso (Finn, 2002): el hialino, que es el más

abundante en el cuerpo humano (Figura 2), el elástico y el fibroso (Figuras 3 y 4). El

cartílago hialino se encuentra en los adultos en las superficies articulares, en los

anillos traqueales, en la laringe y en los extremos anteriores de las costillas. El

cartílago elástico se localiza en diversas estructuras del aparato auditivo y en la

epiglotis. En general es más amarillento y elástico que el cartílago hialino. El cartílago

fibroso se encuentra en los discos intervertebrales, en la sínfisis pubiana, en el

ligamento redondo del fémur y en los lugares de inserción de algunos tendones.

Las propiedades especiales de los distintos tipos de cartílago, permiten que estos se

adapten a sus funciones específicas. Así, el cartílago articular permite el movimiento

de los extremos articulares de los huesos sin que apenas existan fricciones entre ellos,

a la vez que, por ser un gel rígido, absorbe la energía de los golpes a modo de

amortiguador. Se cree que esta última función se debe al elevado contenido de agua

en los dominios de los proteoglicanos. Ante la presión se eliminan las moléculas de

agua de los dominios, para volver cuando termina el efecto de la carga.

Introducción

15

En lo que respecta a la regeneración, crecimiento y proliferación activa del cartílago,

este se limita a los primeros años de vida.

Figura 2.- Imagen de microscopía óptica de cartílago hialino. (Rosales R, 2008).

Figura 3.- Imágenes de microscopía óptica de cartílago elástico. http://escuela.med.puc.cl/paginas/cursos/segundo/histologia/HistologiaWeb/paginas/co25306.html

Introducción

16

Figura 4.- Imágenes de microscopía óptica de cartílago fibroso.

http://escuela.med.puc.cl/paginas/cursos/segundo/histologia/HistologiaWeb/paginas/co25505.html

Introducción

17

1.1.- Característica histológicas del cartílago articular

El término hialino, del griego hyalos, vidrio, hace referencia al aspecto blanco perlado y

translúcido, semejante a vidrio que presenta este tejido (Lesson et al., 1989). Es el

más abundante del organismo, por lo que suele tomarse como ejemplo general de

cartílago (Mow et al., 1984; Kuettner et al., 1987). En el individuo adulto, como ya se

ha comentado anteriormente, se encuentra en las superficies articulares, en los anillos

traqueales y bronquios, en la laringe, en la nariz y en los extremos anteriores de las

costillas. Como todos los tipos de cartílago, está constituido por agua, células

(condrocitos), y matriz extracelular (Figura 5).

a.-) Condrocitos.

Los condrocitos se localizan en las lagunas que existen en la matriz extracelular

(Figura 6). Constituyen el 2% de la masa del cartílago. Son grandes, con un diámetro

que puede alcanzar las 40 μm y van modificando su disposición en el espesor del

tejido, de la superficie a la profundidad, de forma que se diferencian cuatro zonas, que

van de la uno que es la más superficial, a la cuatro que es la más profunda. Así los

condrocitos más inmaduros, llamados condroblastos, y cercanos al pericondrio, se

ubican en lagunas ovales, aplanadas paralelas a la superficie, mientras que los

condrocitos más maduros, ubicados en la profundidad del cartílago se disponen en

lagunas más redondeadas. En el cartílago fetal las células son a menudo aplanadas y

rara vez se observan nidos celulares. Los condrocitos sufren un considerable grado de

retracción durante la preparación, por lo que rara vez se adaptan a la forma de las

lagunas.

Su núcleo es redondeado y se observan uno o varios nucleolos. Las organelas

citoplasmáticas de los condrocitos son semejantes a las que se encuentran en los

fibroblastos, que también sintetizan matriz extracelular. Hay un abundante retículo

endoplásmico rugoso y un notable complejo de Golgi. El tamaño del aparato de Golgi y

las características del retículo endoplásmico varían si el cartílago está o no en

crecimiento activo. Durante el crecimiento el aparato de Golgi se dilata y el retículo

endoplásmico presenta cisternas dilatadas. Cuando el cartílago no está en crecimiento

activo el retículo endoplásmico y el aparato de Golgi no están tan desarrollados. El

citoplasma de las células cartilaginosas es basófilo y puede ser vacuolado, también

encontramos gotitas lipídicas, glucógeno, mitocondrias y pigmentos. Las vesículas

secretoras se relacionan con la región del aparato de Golgi y secretan material a la

matriz circundante. Las células cartilaginosas maduras se encuentran en general en el

Introducción

18

centro del espesor del cartílago y presentan un retículo endoplásmico rugoso menos

abundante, un aparato de Golgi menos desarrollado y grandes acúmulos de glucógeno

citoplasmático (Lesson, 1989).

Durante el proceso de diferenciación a condrocito maduro, la basofilia se torna

gradualmente en acidofilia y se retrae el retículo endoplásmico rugoso.

Los condrocitos sintetizan, entre otras moléculas, la condronectina. Se trata de una

glucoproteína del mismo tipo que la fibronectina que fija los condrocitos a la matriz

extracelular gracias a la existencia de unos sitios de unión específicos para ello (Finn,

2002).

Cerca de la superficie articular los condrocitos presentan morfología alargada en

sección longitudinal y discoide en sección transversal; a este nivel, son menos activos

que los que se localizan en capas profundas. A mayor profundidad, los condrocitos

son menos numerosos, de mayor tamaño, más redondeados y con mayor actividad

metabólica.

Los condrocitos vivos aislados in Vitro exhiben un movimiento ameboide, y cambian

constantemente de forma mediante la emisión de pseudópodos.

b.-) Matriz extracelular.

La matriz cartilaginosa es la responsable de las características mecánicas del

cartílago. Es un material denso, que se sitúa entre las lagunas de condrocitos

constituido principalmente por agua, colágeno y sustancia fundamental

(proteoglucanos). Microscópicamente, la matriz extracelular parece carecer de

estructura, puesto que el colágeno aparece bajo la forma de finas fibrillas que tienen el

índice de refracción muy similar al de la sustancia fundamental, se dice que las fibrillas

están enmascaradas. Se pueden observar mediante microscopía electrónica.

En los preparados teñidos con hematoxilina-eosina se observa cómo la matriz es

acidófila en la zona superficial (condrocitos inmaduros) y cómo se va haciendo más

basófila en las regiones más profundas (condrocitos más maduros). Alrededor de cada

grupo isogénico, se observa una basofilia muy marcada, denominada matriz territorial.

La matriz interterritorial es la que se localiza entre las distintas zonas de matriz

territorial (Figura 7).

La sustancia fundamental adopta una coloración metacromática intensa. En su mayor

parte se compone de proteoglucanos, cuyos glucosaminoglucanos principales son el

condroitinsulfato y el queratansulfato. La basofilia se debe a los grupos sulfatos, que

Introducción

19

son muy ácidos, mientras que la basofilia de la matriz territorial se debe al mayor

contenido de proteoglucanos sulfatados en esta zona. Los proteoglucanos también

conforman agregados por unión con hialurónico (Finn, 2002). Los componentes más

importantes de la matriz extracelular son los siguientes:

Agua. Constituye el componente más abundante del cartílago (60-80%).

Permite la deformación del cartílago en respuesta al estrés, fluyendo

dentro y fuera del mismo. Su cantidad es mayor en superficie (80%) que

en profundidad (60%). Es muy importante para la nutrición del cartílago

y para la lubricación articular.

Proteoglucanos. Los proteoglucanos son complejos proteino-sacáridos

formados por cadenas de glucosaminoglucanos unidas a un filamento

proteico central mediante enlaces covalentes. Constituyen el segundo

componente más abundante del cartílago articular (5-10% del peso

total) (Maroudas, 1979; Muir, 1983; Poole, 1986). Son los responsables

de la resistencia a la compresión del cartílago. Los

glucosaminoglucanos representan el 95% de los proteoglucanos y son

básicamente el condroitínsulfato y el queratánsulfato. El

glucosaminoglucano más frecuente es el condroitínsulfato (del que hay

2 subtipos, el condroitín-4-sulfato y el condroitín-6-sulfato) (Fig. 8),

después el queratánsulfato y el dermatánsulfato. El condroitín-4-sulfato

es el más abundante y disminuye en cantidad con los años, el

condroitín-6-sulfato se mantiene constante y el queratansulfato aumenta

con la edad.

Se cree que los proteoglucanos se combinan con cationes y por tanto

desempeñan un papel importante en el transporte de agua y electrolitos

dentro de la matriz (Lesson, 1989). Los proteoglucanos son sintetizados

y excretados al exterior por los condrocitos, previamente a su excreción,

a los proteoglucanos se les acopla gran cantidad de polisacáridos por

glucosilación ligada al aparato de Golgi (Figura 9).

Colágeno. Las fibras de colágeno representan más del 40% del peso

seco de la matriz cartilaginosa. Mayoritariamente del tipo II (90-95%), lo

que confiere al cartílago una gran resistencia a la tensión. Las fibrillas

de colágeno tipo II son muy delgadas y forman un reticulado

especialmente denso alrededor de las lagunas de condrocitos. También

Introducción

20

se observan pequeñas cantidades de colágeno tipo I, V, VI, IX, X y XI.

El colágeno tipo VI se encuentra en fases precoces de osteoartritis. El

colágeno X se produce únicamente durante fases de osificación

endocondral (se asocia por lo tanto a calcificación del cartílago).

En el cartílago articular se pueden diferenciar las siguientes capas (Figura 10)

(Buckwalter JA, 2007):

a. Capa superficial o de deslizamiento (40 μm). Escasa actividad metabólica.

Presenta pocos proteoglucanos y una elevada concentración de fibras de colágeno

distribuidas perpendicularmente entre sí y paralelas a la superficie. Soporta las fuerzas

de cizallamiento. Los condrocitos presentes están aplanados y paralelos a la

superficie.

b. Capa intermedia o de transición (500 μm). Elevada actividad metabólica. Mayor

presencia de proteoglucanos y menos colágeno, dispuesto oblicuamente y al azar.

Soporta fuerzas de compresión y los condrocitos presentes son más redondeados.

c. Capa profunda o radial (1000 μm). Rica en proteoglucanos y fibras de colágeno.

Éste se distribuye radialmente formando arcos. Células redondeadas formando

columnas. Soporta fuerzas de compresión.

d. Capa calcificada (300 μm). No presenta proteoglucanos. Colágeno dispuesto

radialmente. Presenta cristales de hidroxiapatita y está adyacente al hueso

subcondral. Es la capa de anclaje del cartílago al hueso. La celularidad es escasa.

Está separada de la anterior por la ―línea de flujo‖ (tidemark), de 5 μm de grosor, que

es una barrera ondulada con disposición tangencial de sus fibras y que permite

soportar fuerzas de cizallamiento.

Introducción

21

Figura 5.- Corte esquemático de una porción de cartílago hialino (Buckwalter JA, 1995).

Figura 6.- Esquema que representa células cartilaginosas rodeadas de matriz extracelular.

http://www.bartleby.com/107/illus292.html

Introducción

22

Figura 7.- Representación gráfica de la matriz territorial e interterritorial.

http://escuela.med.puc.cl/paginas/cursos/segundo/histologia/HistologiaWeb/paginas/co24947.html

Figura 8.- Representación esquemática de un proteoglucano.

Introducción

23

Figura 9.- Los condrocitos sintetizan el colágeno y los proteoglicanos. Ambos interactúan

conformando la matriz extracelular del cartílago, capaz de retener grandes cantidades de agua

(Buckwalter JA, 1995).

Figura 10.- Capas del cartílago articular (Buckwalter JA, 1995).

Introducción

24

1.2.- Histogénesis del cartílago

El tejido cartilaginoso se origina en el mesénquima, a partir de células mesenquimales

que se redondean y agrupan en conglomerados con escaso material intercelular entre

ellas. Este conjunto de células precartilaginosas se denomina blastema. Las células

del blastema son inducidas a sintetizar matriz cartilaginosa y a partir de ese momento

se les llama condroblastos, ellas se separan progresivamente a medida que aumenta

la cantidad de matriz sintetizada y pasan a llamarse condrocitos. El tejido

mesenquimal que rodea a la masa condrogénica pasará a constituir el pericondrio.

En cuanto se forman las primeras células cartilaginosas a partir del mesénquima, se

produce el consiguiente crecimiento del cartílago de dos maneras:

- Crecimiento intersticial: En el centro de condrificación se produce el

crecimiento por divisiones mitóticas de las células cartilaginosas a partir de

condroblastos, e inmediatamente después de la mitosis, las células hijas

producen una delgada pared de matriz extracelular. Tras una nueva división de

las células hijas, se forma un pequeño grupo de cuatro células, que a su vez

se pueden dividir. Cada uno de los pequeños grupos formados, contiene

células derivadas de un único condroblasto, por lo que se denominan grupos

isogénicos.

- Crecimiento aposicional: Ocurre desde el pericondrio, en cuya capa celular se

localizan células indiferenciadas capaces de dividirse dando origen a células

que se diferenciaran a condroblastos y que producirán tejido cartilaginoso

sobre la superficie del cartílago preexistente, quedando los condroblastos

atrapados en la matriz que producen y pasando a ser condrocitos. Durante

toda la vida fetal, y a velocidad más reducida, durante la infancia y la pubertad,

se produce un crecimiento aposicional continuo desde el pericondrio. Las

lagunas ubicadas inmediatamente por debajo del pericondrio contienen células

cartilaginosas recién formadas. El crecimiento intersticial sólo tiene lugar en el

cartílago joven (Finn, 2002).

Introducción

25

1.3.- Metabolismo del cartílago articular

Como tejido avascular, el cartílago se nutre fundamentalmente a partir del líquido

sinovial, proceso en el que está muy implicado el mecanismo de lubricación articular,

aunque la capa más profunda (1/3 aproximadamente en cuanto a grosor) se puede

nutrir a partir de la vascularización epifisaria.

El cartílago articular es una estructura en constante actividad (Sopena JJ, 2004).

Destacan:

La síntesis del colágeno y de su catabolismo.

La síntesis y degradación de los proteoglicanos.

La acción de diversos factores de crecimiento que regulan la síntesis de

cartílago articular:

o Factor de Crecimiento Derivado de Plaquetas (PDGF); implicado

en la curación de laceraciones en el cartílago.

o Factor de Crecimiento Transformante beta (TGF-β); que

estimula la síntesis de PGs, si bien frena la del colágeno II. Así

mismo, estimula la formación de inhibidores de plasmina y

estromelisina.

o Factor de Crecimiento Fibroblástico (básico) (b-FGF); que

estimula la síntesis de ADN en condrocitos adultos.

o Factor de Crecimiento Análogo a la Insulina (IGF-I); que

estimula la síntesis de ADN y MEC en el cartílago adulto y en la

placa de crecimiento.

Introducción

26

1.4.- Evolución del cartílago con la edad

Con el paso del tiempo, y como consecuencia del desgaste, aparecen las lesiones

artrósicas, que son de tipo degenerativo. Son el resultado de fenómenos mecánicos

(sobrecarga) y biológicos (resistencia del cartílago) que desestabilizan el equilibrio

entre la síntesis y la degradación. Según la influencia preponderante de uno u otro

factor, se trata más bien de artrosis mecánica o de artrosis estructural. Unas

anomalías genéticas del colágeno tipo II pueden estar en el origen de artrosis

familiares excepcionales. Las lesiones artrósicas son lesiones de movimiento en

espejo sobre las dos vertientes articulares; son evolutivas y se extienden al conjunto

de las estructuras de la articulación. El envejecimiento cartilaginoso es un factor

predisponente.

Con el envejecimiento, se producen una serie de cambios en el cartílago que en líneas

generales son los siguientes:

Los condrocitos se agrandan, pierden capacidad de reproducción, es

decir, el cartílago se vuelve hipocelular.

Disminuyen los PTGs en cantidad y tamaño y cambian su proporción

(disminuye el condroitín-4-sulfato y aumenta el queratán-sulfato).

Aumenta el contenido en proteínas y disminuye el agua. Todo esto se

traduce en una disminución de la elasticidad y aumento de la rigidez del

cartílago articular.

Introducción

27

2.- PATOLOGÍA DEL CARTÍLAGO ARTICULAR

Hay que diferenciar entre las lesiones que afectan exclusivamente al cartílago

(lesiones parciales) que no suelen repararse espontáneamente, y las que alcanzan el

hueso subcondral hasta la cavidad medular del hueso (lesiones que afectan a todo el

espesor) que sí lo hacen, aunque esta reparación no restablece ni la morfología ni la

función normal del cartílago. Además de la importancia de la profundidad de las

lesiones, el diámetro de las mismas parece ser también un factor determinante en la

reparación.

El cartílago que se repara espontáneamente lo hace de manera anómala, con la

formación de un tipo de colágeno inapropiado (tipo I), un bajo contenido en

proteoglucanos y una disposición anormal de las células. Estas razones, entre otras,

pueden ser la causa de que el nuevo cartílago formado tenga unas propiedades

mecánicas inferiores al original (Messner, 2004).

Existen diversos mecanismos capaces de provocar una alteración en las propiedades

histoquímicas y por lo tanto mecánicas del cartílago, como son: la inmovilización, la

compresión, las sobrecargas de la articulación, los traumatismos directos e indirectos,

únicos o repetidos, la desorganización en los componentes articulares o las

inestabilidades provocadas por alteraciones en alguna de las estructuras

estabilizadoras de la rodilla. Entre las causas responsables de originar lesiones en el

cartílago articular, se reconoce en primer lugar el daño traumático seguido de la

osteocondritis disecante (Finn, 2002).

Hay varias clasificaciones para valorar la gravedad de las lesiones del cartílago

articular. Se basan principalmente en la visualización del defecto, por lo que puede

existir gran variabilidad interobservador. De las clasificaciones existentes en la

literatura, la establecida por Outerbridge en 1961 es la más empleada. En ella se

establecen cuatro grados (Figura 11):

Grado I: Reblandecimiento e inflamación (o edema) del cartílago.

Grado II: Fragmentación y fisuración en zonas ≤ 1,25 cm de diámetro.

Grado III: Fragmentación y fisuración en zonas > de 1,25 cm de diámetro.

Grado IV: Erosión del cartílago que llega hasta hueso subcondral.

Recientemente, la International Cartilage Repair Society (ICRS), ha propuesto

una nueva escala de valoración y descripción del daño de la superficie del cartílago

Introducción

28

articular, en la que se incluye la osteocondritis disecante, con el fin de crear un

lenguaje más universal para la comunicación y difusión de los avances en patología

del cartílago.

El cartílago articular es el único tejido sin aporte vascular, nervioso ni linfático,

propiedades que pueden condicionar su baja capacidad intrínseca de curación. No

existe respuesta inflamatoria al daño tisular y por lo tanto no se producirá la invasión

macrofágica para fagocitar y eliminar el tejido desvitalizado ni la migración de células

con capacidad reparadora dentro del área lesionada. Las lesiones condrales no se

solventan por sí mismas y con el tiempo pueden progresar a osteoartrosis.

La resolución más adecuada de una lesión condral debería implicar la regeneración

con un tejido idéntico al cartílago hialino. La simple reparación supone el relleno con

un tejido no idéntico que debería ser capaz de sellar el área defectuosa con una buena

adhesión al hueso subcondral y una completa integración con el cartílago circundante

así como de resistir el desgaste mecánico con el paso del tiempo e incluirse

gradualmente en el recambio natural del tejido normal.

Se observan también lesiones cartilaginosas secundarias en las necrosis epifisarias,

en los pacientes de más edad. La localización a nivel del cóndilo femoral, y más

raramente del platillo tibial, son las más clásicas. La osteocondritis con evolución

disecante, tipo König, se observa en el paciente joven, con dos localizaciones

preferenciales, el cóndilo femoral y el astrágalo. Su patogenia es, frecuentemente,

microtraumática y las lesiones cartilaginosas secundarias.

El tercer grupo de lesiones cartilaginosas es consecuencia de patología sinovial

(séptica, inflamatoria, metabólica). Las precipitaciones cálcicas intraarticulares

(hidroxiapatita, pirofosfato: condrocalcinosis) pueden también generar o agravar las

lesiones cartilaginosas. El ataque cartilaginoso es la regla en las formas tardías de la

osteocondromatosis sinovial. Las lesiones cartilaginosas secundarias a un ataque

sinovial tienen un tratamiento específico. Las sinovectomías químicas, físicas o

quirúrgicas pueden ser propuestas para proteger el cartílago.

Actualmente, existen diversas técnicas quirúrgicas desarrolladas en los últimos años,

para la resolución de las lesiones del cartílago articular. El objetivo de estas

intervenciones es prevenir la expansión de las lesiones e intentar regenerar el

cartílago para evitar en un futuro la evolución a osteoartrosis o un posible recambio

articular.

Introducción

29

3.- TRATAMIENTO DE LA PATOLOGÍA DEL CARTILAGO ARTICULAR

3.1.- Tratamiento sintomático:

El objetivo es disminuir los síntomas clínicos: se utiliza el lavado y el desbridamiento

artroscópico.

- El lavado artroscópico es una de las técnicas más básicas y más empleadas. Permite

el ―lavado‖ del líquido sinovial de restos articulares libres, enzimas y mediadores de la

inflamación. El efecto es sólo temporal y la patología subyacente no se resuelve.

- El desbridamiento artroscópico es un tratamiento dirigido a eliminar las estructuras

responsables de los síntomas mecánicos (plicas, cuerpos libres, ostofitos,...) que

interfieren con la función articular. Produce un alivio de los síntomas a corto plazo

pero no resuelve la causa que origina la lesión. El resultado favorable de esta técnica

es atribuible a la disminución o eliminación de las partículas libres y tejidos dañados,

que estimularían la inflamación del tejido sinovial y el incremento de los niveles de

enzimas proteolíticas y de actividad colagenolítica, con el consecuente aumento de

friabilidad del cartílago articular (Álvarez y Casanova, 2004). El desbridamiento de una

lesión condral es el tratamiento de primera elección en las lesiones parciales y totales

del cartílago articular (Peterson, 2004) y cuando existe destrucción masiva de la

articulación, endoprótesis o esté contraindicado otro tratamiento (Handogy y Sokosd,

1999). También puede ser utilizado como primer tiempo de otros procesos de

reparación. Los resultados más satisfactorios a corto plazo se observan en pacientes

jóvenes, delgados, con buena alineación de la articulación, con antecedente específico

de traumatismo y con sintomatología de menos de un año de evolución (Sgaglione y

Miniaci, 2002).

3.2.- Tratamiento quirúrgico clásico:

Se distingue la perforación múltiple, la microfractura múltiple, la abrasión superficial o

afeitado y la abrasión profunda o espongialización (Cebamanos, 1998).

- Perforación múltiple (Figura 12): esta técnica afecta a los huesos subcondral y

trabecular y suele ser complementaria al desbridamiento (Handogy y Sokosd, 1999).

Consiste en la realización de perforaciones con instrumental motorizado y se utiliza

para tratar áreas focales en las que hay desaparición del cartílago articular y

exposición del hueso subcondral con el fin de promover la formación de un

fibrocartílago de reparación (Canosa, 2002). Hay que tener en cuenta que los canales

Introducción

30

formados pueden taparse e impedir la formación de una superficie de cartílago

adecuada (Handogy y Sokosd, 1999).

- Microfractura: es una técnica similar a la perforación, pero con penetración sólo de la

placa de hueso subcondral. Consiste en la realización de pequeños orificios con un

instrumental mecánico (juego de punzones de diferentes angulaciones) para realizar,

de forma manual, múltiples agujeros en el hueso subcondral. No deben de

profundizarse más de 4 mm y no deben de practicarse más de 3 - 4 orificios por cm2.

Con esta técnica, a diferencia de la anterior, no se genera calor. Ambas técnicas se

basan en el acceso al hueso y a la cavidad medular, lo que daría como resultado la

liberación de sangre y células madre mesenquimales. Esto provocaría la formación de

un ―macro coágulo‖ de reparación que, en unas determinadas condiciones de carga,

movimiento, etc... prolifera y forma un fibrocartílago de reparación (Sgaglione y

Miniaci, 2002). El fibrocartílago formado carece de algunos componentes del cartílago

hialino normal, lo que lo hace más susceptible a la rotura, de ahí que los resultados de

esta técnica no se mantengan a lo largo del tiempo (Álvarez y Casanova, 2004). Para

el éxito de estos procedimientos van a ser factores determinantes, entre otros: la

precisión en la realización de la técnica, el contenido de oxígeno, la movilización de la

articulación o la ausencia de complicaciones locales (sobre la zona de reparación)

(Robert, 2002).

- Abrasión superficial o afeitado: mediante este procedimiento se lleva a cabo la

exéresis del hueso subcondral necrótico de forma manual con un escoplo y

generalmente mediante artrotomía (Cebamanos, 1998). Se alcanza la vascularización

intracortical, donde los fibroblastos y las células pluripotenciales pueden repoblar el

defecto desbridado. Estaría contraindicada en pacientes con procesos inflamatorios o

en rodillas con gran rigidez, deformidad o inestabilidad (Canosa, 2002).

- Abrasión profunda o espongialización: esta técnica implica la extirpación completa de

la placa de hueso subcondral, con una fresa mecánica eliminando de 1 a 2 milímetros

de la superficie ósea, dejando las superficies de hueso trabecular. Este procedimiento

se realiza generalmente en el transcurso de una artroscopia. No se emplea para

lesiones aisladas sino para daños más extendidos, especialmente de rótula y de la

tróclea (Peterson, 2004).

Introducción

31

3.3.- Inducción celular de la condrogénesis:

Trasplante de periostio, de pericondrio y trasplante autólogo de condrocitos.

Estos procedimientos se basan en la limitada capacidad intrínseca de reparación

espontánea del cartílago, lo que obliga a buscar y utilizar otros tejidos cuyo potencial

diferenciativo permite, teóricamente, su transformación en condrocitos y por tanto la

neoformación de cartílago (Cebamanos, 1998).

- Injerto perióstico: el estrato más profundo del periostio (el cambium) se enfrenta a la

articulación en combinación con un proceso de rehabilitación (movilización pasiva).

Algunos autores recomiendan practicar túneles en la base ósea de la zona del defecto

con el fin de tener un punto de fijación para el lado libre del periostio. Los resultados

de esta técnica son una superficie que se asemeja al cartílago hialino por su estructura

bioquímica, pero con importantes diferencias estructurales (Handogy y Sokosd, 1999).

Con el paso del tiempo se produce un deterioro del tejido neoformado, encontrándose

en la artroscopia un tejido deflecado y una estructura histológica alterada

(Cebamanos, 1998).

- Injerto de pericondrio: en esta técnica, el cartílago dañado se sustituye por

pericondrio. Una de las mayores limitaciones de este procedimiento, cuando se trata

de defectos grandes o múltiples, es el tamaño de la zona donante (que suelen ser las

costillas). Otras limitaciones de la eficacia de la técnica a largo plazo son la osificación

y la delaminación del cartílago de la placa subcondral (Minas y Nehrer, 1997).

El éxito de estas dos técnicas viene dado por la disponibilidad de obtener material a

injertar en suficientes cantidades para reparar los defectos grandes, por la pobre

integración del injerto o por la posibilidad de osificación endocondral del tejido

injertado.

- Trasplante autólogo de condrocitos: Se considerará en el apartado de terapia celular

con condrocitos.

Introducción

32

3.4.- Trasplante osteocondral:

Se utilizan los aloinjertos y los autoinjertos osteocondrales.

- Aloinjerto osteocondral: consiste en sustituir una parte de la articulación afectada por

una destrucción osteocondral severa, por un aloinjerto de tejido fresco o conservado

(Handogy y Sokosd, 1999). Su uso, debido al posible riesgo de reacciones

inmunológicas y/o de transmisión de enfermedades víricas, se limita a pacientes

jóvenes con lesiones focales condrales u osteocondrales. Las principales desventajas

son, la viabilidad celular, que se sitúa habitualmente entre el 10 y el 30% y la elevada

exigencia técnica del procedimiento.

- Autoinjerto osteocondral: entre las ventajas que presenta esta técnica destacan la

supervivencia del injerto al proceso de trasplante permitiendo la formación de una

superficie de cartílago hialino en el sitio del defecto, la posibilidad de realizar el

trasplante en bloque de cartílago hialino y de hueso subcondral, preservando así la

superficie de unión cartílago-hueso y que no hay riesgo de transmisión viral. Un

aspecto relevante es la congruencia del injerto, ya que los no congruentes tienen

tendencia a degenerar, lo que hace que la elección de los lugares de extracción sea

muy importante. Hay que tener en cuenta que es difícil obtener sitios donantes de más

de 4 cm2 sin tocar superficies importantes. Para eliminar los problemas ligados al sitio

de extracción y a la congruencia, se ideó una técnica de injerto en mosaico

(mosaicoplastia) (Handogy y Sokosd, 1999). Esta técnica consiste en la extracción de

pequeñas piezas cilíndricas de las zonas de mínimo apoyo y periferia de los cóndilos

femorales y trasplantarlos a las zonas de carga de peso. La combinación de distintos

tamaños permite rellenar el defecto en el 90 ó 100%. Como ventajas cabe señalar, por

una parte, que el uso de múltiples piezas permite una mayor cantidad de tejido a

trasplantar, al tiempo que se preserva la integridad del sitio donante y por otra parte,

su colocación permite dar contorno a la superficie articular. Como limitaciones

importantes destacar que el lugar de extracción del cartílago donante debe

corresponder a superficies articulares que no soporten carga, por lo que resulta muy

limitado y que el uso de grandes injertos puede causar incongruencia articular y alterar

así la biomecánica de la articulación (Alvares y Casanova, 2004).

Introducción

33

Figura 11.- Imágenes de artroscopia de lesiones del cartílago articular que ilustran la

clasificación de Outerbridge.

http://www.sofarthro.com/ANNALES/ANNALES_1999/CARTILAGE/classification.htm)

Introducción

34

Figura 12.- Imagen artroscópica de perforaciones realizadas en el cartílago articular.

http://www.sofarthro.com/fr/ANNALES/ANNALES_1999/CARTILAGE/debridement.htm

Figura 13.- Imagen artroscópica de una mosaicoplastia.

(http://www.sofarthro.com/ANNALES/ANNALES_1999/CARTILAGE/Mosaic.htm)

Introducción

35

4.- TERAPIA CELULAR CON CONDROCITOS

La degeneración del tejido cartilaginoso, con un origen bien congénito, bien

traumático, tiene una gran importancia clínica, dado el limitado potencial curativo

intrínseco que tiene este tejido. Como consecuencia del deficitario aporte sanguíneo y

en el contexto del intento reparativo, las lesiones condrales tienen como resultado una

incompleta reparación de la estructura cartilaginosa. Las lesiones de todo el espesor

del cartílago articular, dan lugar a una respuesta inflamatoria normal, pero con una

insuficiente formación de fibrocartílago. Para solucionar la degeneración articular

progresiva que ocurre en enfermedades como la artrosis, la intervención quirúrgica es

en ocasiones la única opción. Pese al éxito de la artroplastia, la mayoría de los

tratamientos orientados a reparar el cartílago articular son normalmente

insatisfactorios y raramente restauran completamente la función articular o devuelven

el tejido a su estado nativo.

La ingeniería tisular, constituye un emergente campo científico, que ofrece grandes

expectativas en la generación de sustitutos tisulares, intentando la ―fabricación‖ in vitro

de constructos para la posterior implantación in vivo.

El principio básico consiste en utilizar un ―andamiaje‖ compatible biológica, estructural

y mecánicamente, que será sembrado de células y cargado con moléculas bioactivas

para promover la maduración y/o diferenciación celular.

Aunque los últimos progresos en ingeniería de cartílago se han realizado en el campo

de la cosmética, son importantes los intentos para crear un tejido arquitecturalmente

complejo, multicapa, similar al cartílago articular, capaz de soportar carga. Ya se han

conseguido exitosas aproximaciones a la construcción artificial de un tejido

cartilaginoso por ingeniería tisular, incluyendo el uso de andamiajes con biomateriales

naturales y sintéticos, fuentes alogénicas y autogénicas de condrocitos maduros y de

células progenitoras condroides, factores condroinductores de crecimiento, como el

factor de crecimiento β-s transformado (TGF-βs), y combinaciones de ellos (Tuli y Li,

2003).

Durante las últimas décadas, son numerosas las técnicas y los métodos que se han

desarrollado para el cultivo de distintos tipos de células humanas y animales en

laboratorio. A continuación, presentaremos una breve reseña histórica de las

principales técnicas que se han propuesto para el cultivo y el implante de condrocitos

con vistas a su posible utilización terapéutica.

Introducción

36

El aislamiento y crecimiento de condrocitos en un medio de cultivo lo consiguió por

primera vez Smith (Peterson, 2004), en el año 1965, demostrando la supervivencia in

Vitro de los mismos a bajas temperaturas. En ese momento se inyectaron estas

células experimentalmente en la rodilla de conejo pero no se logró una reparación

significativa. Chesterman y Smith (Chesterman y Smith, 1968) lograron aislar en 1968

condrocitos del cartílago articular en conejos, retirando la matriz extracelular mediante

un proceso enzimático (papaina, colagenasa, pronasa). Posteriormente, estos autores

injertaron los condrocitos en un corte realizado en la superficie articular del húmero,

obteniendo como reparación un tejido fibroso.

Unos años más tarde, (1971 y 1974), Bentley y Greer (Bentley y Greer, 1971)

presentaron sus experiencias en el aislamiento de condrocitos procedentes de

cartílago articular, observando una escasa supervivencia de los condrocitos cuando

estos eran transplantados en defectos articulares en los platillos tibiales de conejos de

laboratorio.

Al mismo tiempo, Elves (Elves,1974) demostró en 1974 el papel protector de la matriz

cartilaginosa, identificando la presencia de antígenos del cartílago con un alto grado de

histocompatibilidad con los linfocitos, así como la disminución de estos antígenos

cuando el cartílago era tratado con papaína para el aislamiento de los condrocitos.

En 1977, Green (Green, 1977) realizó experimentos en los que sembró condrocitos

sobre matriz ósea estéril para luego ser implantados en ratones atímicos, siendo el

resultado la formación de tejido cartilaginoso.

En el año 1982, se diseñó e inició en el Instituto Ortopédico de Nueva York un modelo

experimental, con un grupo control, en conejos, utilizando condrocitos articulares

aislados y desarrollados en medios de cultivo. La idea consistía en utilizar condrocitos

autólogos como células encargadas de formar cartílago hialino. Los primeros

resultados de esta técnica se presentaron en 1984 y se demostró la aparición de un

cartílago similar al hialino con un relleno del 80% en el grupo tratado con células. En el

grupo control, en el que sólo se trató el defecto con recubrimiento perióstico pero no

con células, no se observó relleno de la lesión.

Desde ese año se han sucedido numerosos y extensos estudios en animales en la

Universidad de Goteborg, en Suecia. Peterson y cols. en 1984 y Grande y cols. en

1985 presentaron sus resultados con esta técnica en defectos condrales, en conejos,

que no afectaban hueso subcondral.

Introducción

37

En 1985, se planteó la posibilidad de realizar esta técnica en seres humanos y así, en

1987 se llevó a cabo en Suecia el primer trasplante autólogo de condrocitos en una

rodilla humana.

El procedimiento de cultivos celulares aplicado a los condrocitos ha permitido

aumentar el número de células y mantener su fenotipo. Así, durante los años ochenta

se incorporaron los geles de colágeno a los cultivos de condrocitos (Wakitani et al.,

1989), proporcionando una mejor fijación y un mejor medio para la síntesis celular de

macromoléculas de la matriz cartilaginosa.

Bujía y cols., (Bujía et al., 1993), demostraron que la rediferenciación de los

condrocitos en medios de cultivo tridimensionales (suspensión y gel de agarosa) fue

completa, adquiriendo de nuevo una morfología y funcionalidad equiparables a la de

los tejidos normales.

En octubre de 1994 Brittberg y cols. (Brittberg et al., 1994) publicaron en el New

England Journal of Medicine los resultados de un estudio piloto realizado con 23

pacientes. Era el primer estudio que publicaba los resultados de este procedimiento

aplicado a seres humanos.

Posteriormente, en 1995, Park (Park al., 1995) presentó una técnica para realizar

injertos articulares en conejos de laboratorio utilizando cultivos tridimensionales. En

este estudio, se demostró que el implante subcutáneo de este tipo de tejidos era bien

tolerado y presentaba adecuados niveles de diferenciación y biointegración.

El trasplante autólogo de condrocitos es una técnica que habitualmente se realiza en

dos tiempos (Kaigler et al., 2001; Jato, 2008). En un primer tiempo, mediante

artroscopia, se realiza una extracción de láminas de cartílago articular de una zona

que soporte baja carga, que se procesa en laboratorio, para aislar el mayor número de

condrocitos viables, a partir de los cuales se generarán cultivos primarios de este tipo

de células (Kaigler y Mooney, 2001), que se mantendrán durante 3-4 semanas. En una

segunda intervención, se realiza una artrotomía y se extirpa la lesión condral llegando

hasta hueso subcondral. El defecto se cubre con un injerto de periostio tomado de la

cara antero medial de la tibia, al que se deja una pequeña apertura para inyectar los

condrocitos cultivados. Una vez realizado este proceso, se cierra la abertura del

periostio con un par de suturas y se sella con un pegamento biológico de fibrina. Se

cierra la artrotomía y se aplica un vendaje elástico. De este modo, se pretende que

estas células puedan suplir la deficiencia estructural o funcional que se hubiera podido

producir en el tejido (Dove, 2002) (Figuras 14 y 15).

Introducción

38

El programa de rehabilitación posterior juega un papel clave en la recuperación de la

lesión, pues estimula la regeneración de los condrocitos y reduce la posibilidad de

adherencias intraarticulares. Aunque varía según la localización de la lesión, con

carácter general, consiste en una primera fase de la rehabilitación que comprendería

seis semanas y que abarcaría las siguientes fases:

1. Se inicia mediante movilización pasiva continua entre las seis y las cuarenta y ocho

horas posteriores a la intervención.

2. Al día siguiente de la intervención, además de la movilización pasiva continua,

iniciará cinesiterapia activa y asistida de recuperación del arco articular, de media hora

una o dos veces al día.

3. A partir del tercer día empezará a realizar ejercicios activos libres y autoasistidos de

flexoextensión completa de rodilla e isométricos de cuádriceps. En casos de poca

colaboración o escaso progreso puede considerarse asociar estimulación eléctrica del

cuádriceps. Así mismo empezará a ensayar equilibrio monopodal hasta conseguir la

independencia en la marcha en descarga. El paciente debe conseguir en el primer

mes 95º de flexión y extensión completa o faltando a ésta 10º.

Posteriormente se continuaría con:

1. Marcha bipodal, descargada con dos bastones de codo, salvo casos particulares e

indicación del cirujano, que se iniciará a las ocho semanas y será plena a las diez

semanas, prescindiendo de los bastones a las doce semanas.

2. Actividades como la bicicleta, natación, paseos largos etc., no están permitidas

hasta seis, nueve meses después de la intervención, durante una hora por día. La

carrera se iniciará gradualmente hacia los nueve, doce meses.

En el caso de la osteocondritis disecante el período de rehabilitación debe ser, como

mínimo, de dieciocho a veinticuatro meses.

Más tarde, se comprobó que la tasa real de reparación del cartílago dañado una vez

implantadas las células mediante transferencia celular, era menor de lo que se

esperaba (Wada y Wanatabe, 2003). En realidad, se cree que la tasa de reparación del

tejido dañado, inmediatamente después de la transferencia celular es muy baja, pero

que se va incrementando conforme pasan los días, llegando a una reparación casi

completa tras un periodo de nueve, doce meses.

Introducción

39

Avalia (Jato y Ruano, 2005) en su trabajo de 2003 sobre la evolución clínica del

trasplante autólogo de condrocitos, describe la extracción de láminas de cartílago

articular de zona de no carga. La muestra se cultivó durante tres, cuatro semanas

hasta obtener un número suficiente de condrocitos, para proceder posteriormente a su

injerto. El número medio de condrocitos implantados fue de 19 millones y el mínimo de

12 millones. En este trabajo, sólo aparecieron complicaciones intraoperatorias en un

caso, que estuvieron relacionadas con un número bajo de células en el cultivo

primario. Los resultados globales después de dos años de evolución fueron

satisfactorios.

Al mismo tiempo, se llevó a cabo un estudio en el que se cultivaron los condrocitos,

inmersos en una matriz tridimensional de nanofibras de poli-E-caprolactona (Tuli y Li,

2003). De este modo, se pretendía generar un sustituto tridimensional del cartílago

mediante la elaboración de un constructo por Ingeniería Tisular. Los resultados de este

procedimiento demostraron una adecuada maduración de los condrocitos, los cuales

mantenían un estado funcional en este tipo de matriz, la cual favorecía la proliferación

celular y el mantenimiento del fenotipo condral.

En esta misma línea, Pineda y cols. (Pineda y Merentes, 2004) evaluaron en 2004 las

características morfológicas y bioquímicas de los condrocitos, humanos y de animales

de laboratorio, mantenidos en cultivo. Estos autores realizaron dos tipos de cultivos: un

cultivo celular monocapa y otro cultivo tridimensional. En el primer caso las células

adoptaron una morfología poliédrica, con espacios prominentes entre ellas. Estas

células sintetizaron glucosaminoglucanos en cultivo, pero la producción de

proteoglucanos fue escasa, difundiendo estos hacia el medio de cultivo en su mayor

parte, debido a una falta de matriz que los retuviera. En el segundo caso, cuando los

condrocitos se cultivaron tridimensionalmente en presencia de una matriz de colágeno

tipo I, mantuvieron su morfología esférica, sintetizando componentes característicos de

la matriz extracelular como los glucosaminoglucanos sulfatados y el colágeno tipo II.

Por otro lado, Darling y cols. (Darling et al., 2004), utilizaron TGF-B como factor de

crecimiento para la estimulación de la proliferación de condrocitos, concluyendo que el

TGF-B1 tiene mejor efecto sobre la proliferación celular después de ocho días de

cultivo y que el IGF-1 es capaz de incrementar la expresión del gen del colágeno tipo

II. Por tanto, recomendaron agregar factores de crecimiento para la rápida

construcción de cartílago en el reemplazo del tejido dañado para su uso clínico en

humanos.

Introducción

40

Glowacki (Glowacki et al., 2005) demostró que el uso de matrices extracelulares de

colágeno poroso favorece el cultivo de condrocitos procedentes de cartílago articular

bovino, mejorándose y promoviéndose la condroinducción y la condrogénesis al utilizar

factores de crecimiento en el cultivo.

Más recientemente, el desarrollo de las técnicas de cultivo tridimensional basadas en

nuevos biomateriales y de la ingeniería tisular en su conjunto, ha derivado en la

generación de diferentes modelos de cartílago artificial generados en laboratorio. Uno

de estos modelos es el que propusieron Oliveira y colaboradores (Oliveira et al., 2006),

utilizando matrices de hidroxiapatita y quitosán. Según estos autores, estos

biomateriales permiten el desarrollo de cartílago y hueso en el laboratorio a partir de

células de médula ósea.

De igual modo, Jiang y cols. (Jiang y Chiang, 2007) utilizaron biomateriales

compuestos de ácido DL-poli-lactólico-co-glicolico para la reparación de defectos del

cartílago articular con buenos resultados.

Finalmente, Saris y Vanlauwe (Saris y Vanlauwe, 2008), demostraron que el implante

de condrocitos autólogos era una técnica sencilla con buenos resultados. En concreto,

estos autores llevaron a cabo un ensayo clínico en el que demostraron que la

regeneración del cartílago es superior en los pacientes en los que se implantan los

condrocitos cultivados en comparación con los casos en los que se utiliza una técnica

quirúrgica convencional.

La conclusión es que la terapia celular con condrocitos autólogos es una técnica que

parece útil para la reparación de defectos sintomáticos del cartílago articular.

Introducción

41

Figura 14.- Proceso de ingeniería tisular del tejido cartilaginoso. (Según Freedet Van Jak

Novakovic, Principle of Tissue Engeneering, 1997).

Biopsia del cartílago sano

Digestión enzimática

Lesión

Se cultivan las células durante 11-21 días.

Tripsinización Suspensión celular tras centrifugación

Inyección del cultivo de condrocitos bajo en colgajo

Colgajo de periostio trasplantado a la

lesión

Colgajo del periostio de la

tibia medial

Figura 15.- Trasplante autólogo de condrocitos en el cóndilo femoral. Se muestra el fémur

distal y la tibia proximal (Brittberg et al., 1994).

Introducción

42

5.- VIABILIDAD CELULAR

El objetivo de la Ingeniería Tisular es regenerar y restablecer la función normal de un

tejido u órgano dañado, utilizando células que son cultivadas en el laboratorio o en

matrices artificiales, para posteriormente ser trasplantadas a un órgano receptor. De

esta forma, uno de los requisitos más importantes a destacar, antes de que los

condrocitos puedan ser implantados, es la determinación de la viabilidad de las células

mantenidas en cultivo.

Se han descrito diversos métodos y técnicas de laboratorio, útiles para la evaluación

de la viabilidad y de la funcionalidad celular (Tabla 1). Destacan entre ellas la

evaluación de la integridad de la membrana celular, los ensayos funcionales, los

ensayos con pruebas de fluorescencia, los estudios de morfología celular, el

microanálisis por energía dispersiva de rayos X y las técnicas de determinación de la

expresión génica mediante microarrays.

Introducción

43

Tabla 1: Tabla Resumen de los ensayos de evaluación de viabilidad más importantes.

Tabla Resumen de los ensayos de evaluación de viabilidad más importantes

Ensayos de evaluación de

la viabilidad

Métodos de evaluación de

la viabilidad celular Fundamento

Evaluación de la integridad de la

membrana

1. Métodos basados en la

exclusión o inclusión de

colorantes o sustancias

fluorescentes.


utilización de tinciones

catiónicas.


determinación de

liberación de moléculas.

Si una célula está dañada, la

función de la membrana celular

estará alterada. A su través pasarán

moléculas o no, que en condiciones

normales no lo harían.

Ensayos funcionales

1. Medición del ATP.

2. Tasa de ADN

3. Síntesis de proteínas

Evalúan los componentes

metabólicos que son necesarios

para el crecimiento celular

Ensayos con pruebas de

fluorescencia

Utilización de Biosensores de

fluorescencia

Miden la dinámica molecular de

macromoléculas, metabolitos e

iones en células vivas

Ensayos morfológicos Métodos basados en la observación

con el microscopio

Determinación del cambio

morfológico.

Microscopía electrónica analítica Microanálisis por energía dispersiva

de rayos X

Determinan la composición

elemental de una muestra en el

microscopio electrónico

Determinación de la expresión

génica global

Microarrays de ADNc

Microarrays de oligonucleótidos Evaluación de la expresión de

genes de un genoma completo

Introducción

44

5.1. Detección de alteraciones de la permeabilidad celular

Probablemente los más numerosos y utilizados, son los métodos basados en la

detección de alteraciones de la permeabilidad de la membrana, pudiendo distinguir

dentro de éstos dos variantes:

Métodos basados en la exclusión de colorantes vitales.

Métodos basados en la determinación de la liberación de moléculas,

fundamentalmente enzimas o ácidos nucleicos, en el medio extracelular.

Aquellos que se caracterizan por el empleo de colorantes, habitualmente consisten en

la utilización de un colorante que, en función de sus características, es capaz de

penetrar y colorear el interior, bien de las células vivas o bien de las células muertas.

La proporción relativa de las células coloreadas o no, refleja el número exacto de las

células vivas o muertas y, en consecuencia, la viabilidad del conjunto de la población

celular. El contaje de las diferentes poblaciones celulares puede ser efectuado por

métodos microscópicos, citometría de flujo, espectrofotometría o espectrofluometría

automatizada. Con frecuencia, se han utilizado colorantes orgánicos como el azul

tripán (Hoskins et al., 1956) (Phillips, 1973) (Patterson, 1979), la eosina (Hoskins et al.,

1956), el rojo Congo (Geschickter, 1930), la eritrosina B (Phillips et al., 1957) (Bhuyan

et al., 1976), el ioduro de propidio o el bromuro de etidio (Edidin, 1970) (Krishan,

1975) (Hamilton et al., 1980), los cuales son capaces de teñir y colorear únicamente

las células muertas, siendo expulsados activamente del citoplasma celular cuando las

células están vivas. Por ese motivo, este tipo de ensayos se denominan con

frecuencia ensayos de exclusión de colorantes orgánicos.

De otra forma, los que consisten en la detección y medición de determinadas

moléculas intracelulares liberadas al medio de cultivo, están fundamentados en las

alteraciones de la permeabilidad de la membrana celular bajo la acción de

determinados tóxicos o bien por envejecimiento celular espontáneo. Dichos métodos

comprenden dos tipos de ensayos, uno enzimático y otro radiactivo, siendo más

utilizados los primeros. Uno de los ensayos enzimáticos más comunes es la

determinación del enzima citosólico lactato deshidrogenasa (LDH) en el medio de

cultivo, enzima que es liberada al medio extracelular únicamente cuando la membrana

plasmática ha sido gravemente alterada. Otras moléculas de interés a la hora de

evaluar la viabilidad celular son las enzimas mitocondriales o incluso el ADN nuclear.

Introducción

45

Niveles elevados de cualquiera de estas moléculas en el medio de cultivo son claros

indicativos de que un porcentaje significativo de células ha sido destruido y, por tanto,

de que la viabilidad celular es baja (Coco-Martin et al., 1992; da Costa et al., 1999;

Posadas et al., 2007; kegami et al., 2007; Park et al., 2008).

De entre los métodos más utilizados, cabe destacar aquel que determina la viabilidad

celular mediante la prueba del bromuro de 3-(4,5-dimetiltiazol-2-yl)-2,5-difeniltetrazolio

(MTT). Este compuesto, de color amarillento, es capaz de reducirse y adquirir color

morado por acción de las enzimas intramitocondriales de las células vivas. Por este

motivo, la adición de MTT al medio de cultivo y la posterior cuantificación colorimétrica

del producto nos puede dar una idea bastante fiable del número de células vivas y

muertas que existen en el cultivo celular (Brink et al., 2008; Meriç et al., 2008).

Para terminar, aquellos que se basan en la radioactividad tienen su fundamento

científico en la medición de la liberación del Cr51, isótopo radiactivo que se une de

manera no covalente a los aminoácidos básicos de las proteínas intracelulares. Las

células inertes liberan el Cr51 en el medio extracelular, el cual puede ser cuantificado

por un contador gamma (Rinaldi et al., 1998).

5.2. Ensayos morfológicos

Tienen su fundamento en la observación con el microscopio. Los cambios

morfológicos que se producen en la superficie celular o en el citoesqueleto pueden

estar relacionados con la viabilidad celular (Emilson et al., 1978; Wiesel et al., 1983;

Beattie et al., 1994; Amato y Lozzi, 1995; Debbage, 1998). De esta forma, los cambios

de volumen irreversibles pueden ser utilizados para indicar la muerte celular. Si existe

una gran disminución en el volumen celular, este puede ser secundario a la pérdida de

proteínas o iones intracelulares, o debido a una alteración de la permeabilidad para el

sodio o el potasio (Allen, 1988).

5.3. Microanálisis por energía dispersiva de rayos X

Una de las técnicas más sensibles para determinar la viabilidad de las células en

cultivo es la cuantificación del contenido iónico, especialmente del potasio y del sodio

(Rodríguez-Morata et al., 2008). La concentración intracelular de estos iones se

correlaciona bastante bien con el estado vital celular y es un excelente marcador de la

fisiología y de la viabilidad celular (Fernández-Segura et al., 1999; Roomans, 2002;

Introducción

46

Zierold, 1997). El microanálisis por energía dispersiva de rayos X asociado a la

microscopía electrónica supone una potente herramienta para cuantificar los

elementos de una muestra, al mismo tiempo que se consigue determinar la

concentración de los mismos y la ultraestructura de las células (Buja et al., 1985; Hall,

1988; Vanthanouvong et al., 2003; Warley, 1997).

Es una técnica que, utilizando un haz de electrones, permite estudiar la composición

química de la muestra de forma simultánea a su observación microscópica (Carini et

al., 1995; Carini et al., 1997; Carini et al., 2000).

El microanálisis por energía dispersiva de rayos X permite el análisis simultáneo de

todos los cationes y aniones (Z 11) (Warley et al., 1994; Rodríguez-Morata et al.,

2008), presentes en el espécimen irradiado por el haz de electrones y requiere un

pequeño número de células.

El estudio de muestras biológicas con Microscopía Electrónica Analítica permite

asimismo la cuantificación de los elementos objeto de estudio, lo cual exige el

desarrollo de protocolos específicos (Campos et al., 1992; Campos et al., 1994;

Crespo et al., 1993; Fernández-Segura et al., 1999a y 1999b; López-Escámez et al.,

1992 y 1993; López-Escámez y Campos, 1994; Warley et al., 1994; Warley, 1997).

Pero estos cambios son más difíciles de medir, y como consecuencia, tienen menos

utilidad que la evaluación de integridad de la membrana o los ensayos funcionales.

5.4. Determinación del perfil de expresión génica mediante microarrays

El microarray es una técnica que permite la evaluación simultánea de un gran número

de genes o incluso de un genoma completo, en un único experimento (Friemert et al.,

1989; Gress et al., 1992). Recientemente, esta técnica se ha convertido en una nueva

herramienta para estudiar algunas propiedades específicas de las células susceptibles

de utilización en Terapia Celular y en Ingeniería Tisular (Schena et al., 1995; Gill,

2003; Jaluria et al., 2007 y 2008). Por ejemplo, una de las propiedades celulares que

se puede evaluar con el microarray podría ser la viabilidad celular mediante la

identificación de genes relacionados con la mortalidad celular (por ejemplo, genes de

apoptosis y anti-apoptosis) (Wong et al., 2006) y, de esta manera, se podría realizar

una selección de las células, escogiendo las que tienen un mayor grado de viabilidad.

Atendiendo a su función, podemos distinguir tres tipos fundamentales de microarrays:

Introducción

47

1.- Microarrays de expresión génica (Bowtell, 1999). Esta técnica se basa en

la detección de ARN mensajeros específicos que están presentes en una

muestra biológica en un momento dado. Para ello, se extrae el ARN total de

dicha muestra, el cual se marca con un pigmento y se hibrida frente a un chip o

matriz en la que existen copias de ADN complementario (ADNc) a los genes

que se pretenden cuantificar. Por lo general, este tipo de microarrays son los

más utilizados y los mejor conocidos.

2.- Microarrays de ADN (Bier et al., 2008; Wiltgen y Tilz, 2008). En este tipo

de microarray, el ADN total procedente de una muestra se marca y se hibrida

frente a un chip en el que existen copias de los genes a identificar. De este

modo, se puede evaluar el número de copias de cada gen existente en cada

célula, así como la presencia de delecciones, mutaciones o ganancias génicas.

Por ello, este tipo de microarrays permite realizar un análisis completo del

genoma de la célula (genotipificación).

Un tipo especial de microarrays de ADN es aquél en el que se evalúa la

presencia de modificaciones epigenéticas tipo metilación a nivel del promotor

de ciertos genes (Zilberman y Henikoff, 2007).

3.- Microarrays de proteínas (Tao et al., 2007). Consisten en un chip en el

que se coloca cierto número de anticuerpos específicos de origen conocido,

frente al cual se hibrida un extracto proteico previamente marcado.

En la presenta tesis doctoral, para los estudios de viabilidad de los condrocitos, se

utiliza el método de exclusión del colorante azul tripán, que detecta las alteraciones de

la permeabilidad celular y la determinación del perfil de expresión génica mediante

microarray, para identificar el patrón de expresión de los genes implicados en la

diferenciación y en la mortalidad celular y por tanto en la viabilidad de los condrocitos.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Search&Term=%22Bier%20FF%22%5BAuthor%5D&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DiscoveryPanel.Pubmed_RVAbstractPlus

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17654053?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed_RVDocSum

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Search&Term=%22Zilberman%20D%22%5BAuthor%5D&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DiscoveryPanel.Pubmed_RVAbstractPlus

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Search&Term=%22Henikoff%20S%22%5BAuthor%5D&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DiscoveryPanel.Pubmed_RVAbstractPlus

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=Search&Term=%22Tao%20SC%22%5BAuthor%5D&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DiscoveryPanel.Pubmed_RVAbstractPlus

INTRODUCCIÓN

OBJETIVOS


RESULTADOS

DISCUSIÓN

CONCLUSIONES



Objetivos

49

1.- Aislar y generar cultivos primarios de condrocitos del cartílago hialino articular

humano.

2.- Identificar el patrón de viabilidad celular de los condrocitos articulares humanos

mediante el método de exclusión de colorantes vitales en los ocho primeros

subcultivos celulares.

3.- Identificar el patrón de expresión génica global de los condrocitos articulares

humanos en cada uno de los ocho primeros subcultivos celulares mediante microarray

e identificar los genes cuya expresión se relaciona con la evolución cronológica de los

mismos.

4.- Identificar el patrón de expresión de los genes relacionados con la diferenciación

condral en los ocho primeros subcultivos celulares.

5.- Identificar el patrón de expresión de genes vinculados con la mortalidad celular en

los ocho subcultivos celulares.

6.- Correlacionar la viabilidad y la expresión génica de mortalidad y diferenciación para

seleccionar la población de condrocitos susceptible de ser utilizada en terapia celular

cartilaginosa.

INTRODUCCIÓN

OBJETIVOS


RESULTADOS

DISCUSIÓN

CONCLUSIONES



Materiales y Métodos

51

1.- AISLAMIENTO DE CONDROCITOS

Para la realización de este trabajo, hemos utilizado condrocitos articulares humanos

obtenidos a partir de cuatro diferentes biopsias de cartílago articular de rodilla humana.

Dichas biopsias se llevaron a cabo en el transcurso de intervenciones quirúrgicas

consistentes en el reemplazo articular completo de la rodilla (artroplastia total de

rodilla).

Los pacientes fueron escogidos al azar entre aquellos que figuraban en la lista de

espera quirúrgica para someterse a una artroplastia total de rodilla, en el Servicio de

Cirugía Ortopédica y Traumatología del Hospital del SAS de Jerez de la Frontera

(Cádiz), tras la obtención del consentimiento informado.

Durante el procedimiento quirúrgico se obtuvieron fragmentos de cóndilo femoral,

procedentes de las osteotomías realizadas necesarias para la colocación de la

prótesis. De estos fragmentos se aislaron las biopsias de cartílago articular que fueron

conservadas en medio de transporte tisular a 4ºC, donde se mantuvieron hasta el

momento de su procesamiento. Este medio de transporte consistió en un medio básico

DMEM (medio de Eagle modificado por Dulbecco, Sigma-Aldrich ref. D5796, St. Louis,

Missouri, EEUU; ver composición en Tabla 2) suplementados con antibióticos y

antimitóticos (500 U/ml de anfotericina B, Sigma-Aldrich ref.A5955) pero sin suero

bovino fetal.

Con el objetivo de conseguir disgregar la matriz extracelular del cartílago y conseguir

la separación de los condrocitos de dicha matriz, las muestras se incubaron en una


52

disolución de colagenasa I y II de Clostridium hystoliticum (Gibco BRL Life

Technologies Ref. 17100-017, Karlsruhe, Alemania) al 2% a 37ºC durante 12 horas.

Esta solución es capaz de digerir el colágeno y la matriz y liberar los condrocitos

existentes en el cartílago.

Las muestras digeridas en colagenasa se centrifugaron a 1000 revoluciones por

minuto durante 10 minutos, con el fin de obtener las células disgregadas de la matriz

extracelular, recogiéndose el precipitado pellet celular correspondiente.

Posteriormente, este precipitado celular se cultivó en frascos de cultivo de 25 cm2 de

superficie tipo Falcon® con medio de cultivo QN. El medio QN fue inicialmente descrito

por De Diego (De Diego et al., 2004) y Llames (Llames et al., 2004) para el cultivo de

queratinocitos de la piel, habiendo demostrado su utilidad en el cultivo de diversos

tipos de células humanas y animales (Alaminos et al., 2006 y 2007; Sánchez Quevedo

et al., 2007). La composición de este medio de cultivo es la siguiente:

- Medio de Eagle modificado por Dulbecco (DMEM): 300 ml (Sigma-Aldrich ref. D5796)

(Ver tabla 2).

- Medio HAM-F12: 150 ml (Sigma-Aldrich Ref. N6658) (Ver tabla 2).

- Toxina colérica: 8 ng/ml (Sigma-Aldrich Ref. C3012).

- Adenina: 24 µg/ml (Sigma-Aldrich Ref. A9795).

- Hidrocortisona: 0, 4 mg/ml (Sigma-Aldrich Ref. H0888).

- Insulina: 5 mg/ml (Sigma-Aldrich Ref. I2767).

- Triyodotironina: 1, 3 ng/ml (Sigma-Aldrich Ref. T5516).

- Suero bovino fetal (SBF): 50 ml (Sigma-Aldrich ref. F9665).

- Antibióticos y antimicóticos: 100 U/ml de penicilina G, 100 g/ml de estreptomicina y

0,25 g/ml de anfotericina B (Sigma-Aldrich Ref. A5955).

Todos los cultivos celulares se incubaron a 37ºC con un 5% de dióxido de carbono, en

condiciones estándar de cultivo. Los medios de cultivo se renovaron cada tres días.


53

Tabla 2: Composición de los medios DMEM y HAM-F12. Todos los valores están expresados

en gramos por litro de medio de cultivo.

COMPONENTE Medio de Eagle Modificado

por Dulbecco (DMEM) Medio de cultivo HAM-F12

SALES INORGÁNICAS CaCl2•2H2O 0.265 0.0441 CuSO4•5H2O — 0.0000025

Fe(NO3)3•9H2O 0.0001 — FeSO4•7H2O — 0.000834

KCl 0.4 0.224 MgCl•6H2O — 0.123

MgSO4 0.09767 — Na2HPO4 — 0.14204

NaCl 6.4 7.599 NaH2PO4 0.109 — NaHCO3 3.7 1.176

ZnSO4•7H2O — 0.000863 AMINOÁCIDOS

Glicina 0.03 0.00751 L-Alanina — 0.009

L-Arginina•HCl 0.084 0.211 L-Asparagina•H2O — 0.01501 L- Ácido Aspártico — 0.0133 L-Cisteína•2HCl 0.0626 0.035

L- Ácido Glutámico — 0.0147 L-Glutamina 0.584 0.146

L-Histidina•HCl•H2O 0.042 0.02096 L-Isoleucina 0.105 0.00394 L-Leucina 0.105 0.0131

L-Lisina•HCl 0.146 0.0365 L-Metionina 0.03 0.00448

L-Fenilalanina 0.066 0.00496 L-Prolina — 0.0345 L-Serina 0.042 0.0105

L-Treonina 0.095 0.0119 L-Triptófano

0.016 0.00204 L-Tirosina•2Na•2H2O 0.10379 0.00778

L-Valina 0.094 0.0117 VITAMINAS

Colina 0.004 — D- Ácido Pantoténico •½Ca 0.004 0.00048

Ácido Fólico 0.004 0.00132 Hipoxantina — 0.00408

Ácido Linoleico — 0.0000084 Mio-Inositol 0.0072 0.018

Ácido nicotínico 0.004 0.000037 Piridoxina•HCl 0.004 0.000062

Riboflavina 0.0004 0.000038 Tiamina•HCl 0.004 0.00034

Ácido Tióctico — 0.00021 Timidina — 0.00073

Vitamina B-12 — 0.00136 OTROS

D-Glucosa 4.5 1.802 Fenol rojo•Na 0.0159 0.0013 Ácido pirúvico — 0.11 Putrescina•HCl — 0.000161


54

2.- OBTENCIÓN DE SUBCULTIVOS CELULARES

Toda vez que los condrocitos articulares humanos, en su disposición de monocapa

alcanzaron la semiconfluencia, las células se lavaron con 5 ml de PBS (tampón

fosfato, Sigma-Aldrich ref. P4417) para eliminar cualquier resto del medio de cultivo y

las células muertas. A continuación, se cubrió toda la superficie de cultivo con

aproximadamente 2 ml de solución de disociación celular (Sigma-Aldrich ref. C5789)

para disgregar los mecanismos de adhesión celular y obtener células individualizadas

y no adheridas a la superficie del frasco de cultivo, incubándose durante cinco, diez

minutos a 37 ºC.

Pasado este tiempo, y una vez quedó comprobada la separación de las células del

frasco, se añadieron 5 ml de medio QN para inactivar el efecto de la solución de

disociación, recogiéndose ambos en un tubo cónico que se centrifugó a 1000 rpm

durante 10 minutos. El precipitado o pellet celular que se obtuvo se resuspendió en

medio de cultivo QN y se sembró en nuevos frascos de cultivo con medio QN.

Este procedimiento se llevó a cabo un total de ocho veces, obteniéndose así un total

de ocho subcultivos celulares.


55

3.- DETERMINACIÓN DE LA VIABILIDAD CELULAR MEDIANTE ENSAYOS DE

EXCLUSIÓN DEL COLORANTE VITAL AZUL TRIPÁN

El método elegido para la determinación de la viabilidad celular mediante ensayos de

exclusión de colorantes vitales, fue el de tinción con azul tripán y contaje celular en

cámara de Neubauer.

Dicha cámara, consiste en un sistema de contaje adaptado al microscopio óptico. Se

trata de un portaobjetos con una depresión en el centro, en el fondo de la cual se ha

marcado, con la ayuda de un diamante, una cuadrícula de 3 x 3 mm2, con una

separación entre dos líneas consecutivas de 0,25 mm. La depresión central del

cubreobjetos está hundida 0,1 mm respecto a la superficie, de forma que cuando la

cámara se cubre con un cubreobjetos, éste dista de la superficie marcada 0,1

milímetros, siendo el volumen comprendido entre la superficie y el cubreobjetos de 0,1

milímetro cúbico, es decir 0,1 microlitro. Esto permite hacer un cálculo del número de

células existente en un volumen fijo. Dentro de cada cuadrícula existen áreas de

contaje de 1 mm2.

La tinción con azul tripán utiliza un colorante soluble en agua, altamente tóxico, que

posee grupos amino y sulfato cargados electricamente. La utilidad de este colorante

en biología es muy importante, habiéndose utilizado este método para determinar la

viabilidad de distintos tipos de células (Alaminos et al., 2007; Hu et al., 2007). En

general, el azul tripán es capaz de teñir de color azul solamente las células muertas o

aquéllas en las que la membrana celular ha sido fragmentada. Sin embargo, las

células vivas son capaces de excluir activamente este colorante y, por tanto,

mantienen su color original translúcido o blanco.

El protocolo de trabajo que se realizó, consistió, en primer lugar, en tripsinizar los

cultivos celulares para separar las células del frasco de cultivo, centrifugándose la

mezcla para obtener un precipitado o pellet celular, el cual se diluyó en una pequeña

cantidad de medio de cultivo. A continuación, se tomaron 50 l de la suspensión

celular obtenida, la cual se incubó en un tubo tipo Eppendorf de 1,5 ml con un volumen

equivalente (50 l) de solución de azul tripán al 0,4% (Sigma-Aldrich ref. T8154)

durante 5 minutos a temperatura ambiente. Posteriormente, se tomó una muestra de

10-15 l de la mezcla que se colocó en una cámara de Neubauer (Figuras 16 y 17),

procediéndose al recuento de las células vivas (blancas, birrefringentes) y muertas

(azules) utilizando un microscopio óptico Leica Laborlux 12 (Leica, Barcelona,

España). Para el cálculo del porcentaje de células vivas se utilizó la siguiente fórmula:


56

Todo este proceso se llevó a cabo un total de ocho veces, de forma que en cada

subcultivo se realizó un control de la viabilidad celular con este método.

Cámara de Neubauer

Cámara de Neubauer

Canales longitudinales

Canal transversal

Figura 16.- Cámara de Neubauer. En el puente central (fondo de la cámara) están grabadas

las redes de conteo. Cuando se coloca un cubreobjetos sobre los puentes exteriores, entre la

cara inferior del cubreobjetos y el puente central de la cámara se forma una ranura capilar.

Viabilidad = [Nº células vivas/(Nº células vivas + Nº células muertas)] x 100


57

1. Colocar cubreobjetos en la cámara de Neubauer.

2. Adicionar 10–15 µl de la solución (suspensión celular en azul tripán).

3. Recuento de las células vivas (blancas) y de las células muertas (azules).

Figura 17.- Representación esquemática de la cámara de Neubauer utilizada para el conteo de

células viables mediante la técnica del azul tripán.


58

4.-ANALISIS DE LA EXPRESIÓN GÉNICA MEDIANTE MICROARRAYS

Para el análisis de expresión génica se extrajo el ARN total de los ocho primeros

subcultivos celulares de los condrocitos mantenidos en cultivo utilizando el sistema

comercial Qiagen RNeasy System (Qiagen, Mississauga, Ontario, Canadá). Una vez

extraído el ARN, se comprobó su integridad y su calidad mediante visualización directa

del ARN ribosómico de 28 y 18S en ARN total separado mediante electroforesis en

geles de agarosa al 1,2% y tinción con bromuro de etidio, así como mediante el

sistema de análisis Agilent (Agilent Technologies, Inc., Santa Clara, California, EEUU)

A continuación, todos los ARNm fueron transformados en ADNc mediante una

transcriptasa inversa (Superscript II, Life Technologies, Inc., Carlsbad, California,

EEUU) con un oligonucleótido rico en colas de timina (T7-polyT primer), el cual

permitió la amplificación de cualquier ARN mensajero presente en la célula.

Posteriormente, se sintetizaron los ARNc correspondientes a todos los ADNc mediante

transcripción in vitro, utilizando para ello UTP y CTP marcados con biotina (Enzo

diagnostics, Farmingdale, New York, EEUU). Una vez sintetizados, y para favorecer la

hibridación, estos ARNc se fragmentaron quimicamente añadiendo una concentración

elevada de sales y aplicando altas temperaturas.

Finalmente, los ARNc marcados y fragmentados se hibridaron frente a los chips que

constituyen el sistema de microarray Affymetrix Human Genome U133 plus 2.0 de la

casa comercial Affymetrix, durante 16 horas a 45ºC. Este sistema incluye 54675 genes

y secuencias génicas expresadas (EST), lo cual permite realizar un estudio global de

todos los genes y funciones génicas existentes en una célula en un momento dado.

Tras un proceso totalmente estandarizado y automatizado, los chips se lavaron y se

escanearon para obtener valores absolutos de expresión génica expresados como

unidades fluorescentes, en una escala arbitraria.


59

5.- ANÁLISIS ESTADÍSTICO

En la presente Tesis Doctoral se llevaron a cabo los siguientes análisis estadísticos:

1.- Análisis de la viabilidad celular determinada mediante ensayos de exclusión

de colorantes vitales. Para la comparación de los niveles de viabilidad celular

obtenidos mediante ensayos de exclusión de azul tripán, se utilizó el test no

paramétrico de Mann-Whitney, comparándose en cada caso los valores

correspondientes a dos subcultivos consecutivos (p. ej., el tercer subcultivo frente al

cuarto subcultivo)

2.- Identificación de patrones de expresión génica determinados mediante

microarray. Para determinar el perfil genético global existente en cada uno de los

subcultivos analizados, se utilizaron los programas informáticos BiNGO® y

Cytoscape® (Boyer et al., 2006). Estos programas permiten identificar aquellas

funciones génicas que son especialmente abundantes en el conjunto de genes/EST

seleccionados, calculando un valor estadístico p de acuerdo con una distribución

hipergeométrica. De este modo, el valor p calculado indica la posibilidad de que tal

enriquecimiento génico funcional ocurra por simple azar. Para ello, en primer lugar se

seleccionaron todos los genes cuya expresión superaba las 5000 unidades

fluorescentes (UF), analizándose las funciones génicas que se encontraban

sobrerrepresentadas en estos genes mediante los mencionados programas

informáticos BiNGO® y Cytoscape®.

3.- Identificación de genes cuya expresión se relaciona con la evolución

cronológica de los cultivos celulares. Para la identificación de genes cuyos niveles

de expresión se correlacionaban de forma directa o inversa con el subcultivo celular

considerado, se utilizó el test de correlación de Pearson. De este modo, se calculó el

nivel de correlación de cada uno de los genes analizados mediante microarray

respecto a los sucesivos subcultivos celulares (1 a 8), seleccionándose todos los

genes cuyos niveles de correlación R superaban un valor de 0,800 (correlación directa

con el subcultivo celular) o eran inferiores a -0,800 (correlación inversa con el

subcultivo celular).

INTRODUCCIÓN

OBJETIVOS


RESULTADOS

DISCUSIÓN

CONCLUSIONES



Resultados

61

1.- Establecimiento de cultivos primarios de condrocitos de cartílago articular

humano

Utilizando los métodos descritos en el apartado anterior, las células cartilaginosas

crecieron de forma adecuada en los ocho subcultivos analizados en el trabajo,

alcanzando en cada uno de ellos el nivel de confluencia (Figs. 18, 19 y 20) en un

periodo de 5.5 días de media ± 2.29 (desviación típica).

En cultivo, las células cartilaginosas humanas, presentaron morfología estrellada,

poligonal o fusiforme.

Figura 18.- Imagen de microscopio óptico de contraste de fases en la que se aprecian cultivos

no confluentes de células del tejido cartilaginoso. Magnificación × 200.

Resultados

62

Figura 19.- Imagen de microscopía correspondiente a células subconfluentes del tejido

cartilaginoso.

Figura 20.- Imagen de microscopía correspondiente a células subconfluentes del tejido

cartilaginoso.

Resultados

63

2.- Viabilidad celular determinada mediante ensayos de exclusión de colorantes

vitales

Los resultados obtenidos con la técnica del azul tripán en los ocho sucesivos

subcultivos de cartílago articular humano se indican en la Tabla 3 y en la figura 21. En

dicha Tabla se muestran los valores medios en forma de porcentaje de células viables

respecto de aquellas que han incorporado el colorante.

Como se puede observar en la figura 21 existe variabilidad en cuanto a la viabilidad

celular de los diversos subcultivos celulares. Así, inicialmente podemos observar cómo

existe una tendencia a la disminución de la viabilidad celular desde el primer subcultivo

hasta el tercer subcultivo. A continuación observamos cómo a partir del subcultivo, la

tendencia se invierte hacia el aumento de la viabilidad, de forma marcada entre el

cuarto y el quinto subcultivo y de forma más moderada a partir de este hasta el octavo.

En cualquier caso, las diferencias de viabilidad no son estadísticamente significativas

(p> 0.05).

Tabla 3.- Valores medios en forma de porcentaje de células viables respecto de aquellas que

han incorporado el colorante.

PRIMER

Subcult.

SEGUNDO

Subcult.

TERCER

Subcult.

CUARTO

Subcult.

QUINTO

Subcult.

SEXTO

Subcult.

SÉPTIMO

Subcult.

OCTAVO

Subcult.

%

Super-

vivencia

95

93,16

93,18

91,39

98,09

96,70

97,22

94,78

95,23

94,65

93,75

92,60

96,07

97,97

100

100

94,44

93,73

90,69

91,47

96,57

94,58

97,22

99,23

96,51

94,51

85,78

93,97

95,80

96,77

97,50

98,80

Superv.

media

Total

95,29

94,01

89,35

92,36

96,63

96,50

97,98

98,20

Resultados

64

Fig. 21.- Porcentaje de viabilidad celular de cada uno de los subcultivos, con la técnica de azul

tripán.

Resultados

65

3.- Patrón de expresión génica global de los condrocitos articulares humanos

determinado mediante microarray

El análisis de expresión génica global ha demostrado que el número de genes cuya

expresión era superior a 5000 U.F. se relaciona con el subcultivo celular considerado,

existiendo 242, 239, 227, 312, 319, 300, 289 y 252 genes/EST (secuencias génicas

expresadas) sobreexprasados en los subcultivos celulares uno a ocho

respectivamente (figura 22). Los valores de expresión correspondientes a cada

subcultivo, para todos los genes cuya expresión era superior a 5000 UF, se muestran

en la tabla 4 (Tablas Suplementarias).

Cuando se analizaron las funciones génicas correspondientes a los genes/EST

sobreexpresados en cada subcultivo celular se comprobó la existencia de 242

funciones génicas representadas en el primer subcultivo (fig. 23 y Tabla 5), 239 en el

segundo (fig. 24 y Tabla 6), 227 en el tercero (fig. 25 y Tabla 7), 312 en el cuarto (fig.

26 y Tabla 8), 319 en el quinto (fig. 27 y Tabla 9), 300 en el sexto (fig. 28 y Tabla 10),

289 en el séptimo (fig. 29 y Tabla 11) y 252 en el octavo (fig. 30 y Tabla 12).

Fig. 22.- Número de genes/EST sobreexpresados en los ocho subcultivos celulares.

Resultados

66

Figura 23.- Representación gráfica de las 242 funciones génicas correspondientes al primer

subcultivo, que se encontraron sobreexpresadas utilizando el programa Cytoscape-BiNGO®.

Las funciones génicas que se encontraron sobrerrepresentadas con mayor nivel de

significación estadística se muestran en color anaranjado, mientras que las que no resultaron

significativas aparecen en color blanco. El amarillo indica niveles de significación intermedia.

Resultados

67

Figura 24.- Representación gráfica de las 239 funciones génicas correspondientes al segundo





Resultados

68

Figura 25.- Representación gráfica de las 227 funciones génicas correspondientes al tercer





Resultados

69

Figura 26.- Representación gráfica de las 312 funciones génicas correspondientes al cuarto





Resultados

70

Figura 27.- Representación gráfica de las 319 funciones génicas correspondientes al quinto

subcultivo que se encontraron sobreexpresadas utilizando el programa Cytoscape-BiNGO®.




Resultados

71

Figura 28.- Representación gráfica de las 300 funciones génicas correspondientes al sexto





Resultados

72

Figura 29.- Representación gráfica de las 289 funciones génicas correspondientes al séptimo





Resultados

73

Figura 30.- Representación gráfica de las 252 funciones génicas correspondientes al octavo





Resultados

74

4.- Identificación de los genes cuya expresión se relaciona con la evolución

cronológica de los cultivos

Como se muestra en la Tabla 13 (Tablas Suplementarias), el análisis estadístico

mediante correlación lineal reveló la existencia de 489 genes/secuencias expresadas

(EST) que se correlacionaban de forma directa con el subcultivo celular (R> 0.8),

existiendo 192 genes/EST cuya correlación con el subcultivo celular era inversa

(R < -0.8).

Resultados

75

5.- Identificación del patrón de expresión de los genes relacionados con la

diferenciación condral en los ocho primeros subcultivos celulares

Como se muestra en la Tabla 14 nuestro análisis permitió identificar los niveles de

expresión de 21 genes vinculados a la diferenciación o la actividad funcional de los

elementos celulares del cartílago articular. Dichos genes se relacionan

fundamentalmente con la síntesis de matriz extracelular cartilaginosa.

1er

Subc.

2º

Subc.

3er

Subc.

4º

Subc.

5º

Subc.

6º

Subc.

7º

Subc.

8º

Subc.

Símbolo

Gen Nombre Gen

331,5 26,5 262,5 147,6 126,3 212,1 174,2 127,7 AGC1

Agrecán 1 (condroitín sulfato

proteoglicano 1, proteoglicano de

agregación grande, antígeno

identificado por anticuerpo

monoclonal A0122)

4269,2 4495,4 6399,8 7074,5 11561,0 8356,5 5767,9 2850,4 CHI3L1 Kitinasa 3-like 1 (glicoproteína de

cartílago 39)

10,9 1,6 20,9 10,3 16,4 6,6 4,4 12,1 CHST11 Carbohidrato (condroitín 4)

sulfotransferasa 11


sulfotransferasa 12


sulfotransferasa 13


sulfotransferasa 3

1009,6 732,4 276,8 350,7 489,9 296,9 802,3 722,4 CHSY1 Carbohidrato (condroitín)

sintetasa 1

77,8 50,9 216,6 148,3 145,9 159,5 46,6 57,4 CILP

Proteina de cartílago de capa

intermedia, nucleótido

pirofosfohidrolasa

47,9 6,0 43,4 60,9 64,3 80,1 32,2 25,4 CILP2 Proteina de cartílago de capa

intermedia 2

542,3 18,7 85,0 5,5 13,1 46,3 7,1 9,0 COL2A1

Colágeno tipo II, alfa 1

(osteoartritis primaria, displasia

espondiloepifisaria congénita)

3596,2 915,9 1762,3 1378,2 814,6 443,3 3649,7 690,2 COMP Proteína oligomérica de matriz

cartilaginosa

57,3 13,5 105,6 22,3 35,2 32,9 7,1 8,7 CRTAC1 Proteína acídica cartilaginosa 1

793,8 880,9 823,1 838,1 1026,1 1091,3 882,3 778,6 CRTAP Proteína asociada a cartílago

260,8 223,4 223,6 307,8 256,5 271,3 241,4 247,2 CSGlcA-T Condroitín sulfato

glucuroniltransferasa

Resultados

76

2625,3 2539,1 1536,5 2627,5 4283,6 1982,6 2871,0 1239,5 CSPG2 Condroitín sulfato proteoglicano

2 (Versicán)


3 (Neurocán)


4


6 (Bamacán)

227,4 199,0 112,5 102,9 204,9 114,9 247,7 164,1 CSS3 Condroitín sulfato sintetasa 3

477,8 410,0 204,2 243,0 281,6 172,8 405,3 331,2 GALNACT-

2 Condroitín sulfato GalNAcT-2

7,1 9,2 32,2 37,1 16,6 37,6 19,0 17,7 MATN1 Matrilín 1, proteína de matriz

cartilaginosa

Tabla 14.- Niveles de expresión de 21 genes vinculados a la diferenciación o a la actividad

funcional de los elementos celulares del cartílago articular.

Resultados

77

6.- Identificación del patrón de expresión de genes vinculados con la mortalidad

celular (caspasas) en los ocho subcultivos celulares

El análisis de expresión génica mediante la técnica de microarray permitió identificar

los niveles de expresión de los genes/EST relacionados con la mortalidad celular. A tal

efecto, se consideraron los genes/EST de las caspasas (familia de proteasas Cisteil

Aspartato proteasas, que median fenómenos de apoptosis) como indicadores de

mortalidad celular (Perales S, 2007), para cualquier valor de expresión, identificándose

de esta forma 34 EST relacionadas con la mortalidad celular (Tabla 15).

Agrupando las EST por el gen del que se habían obtenido, se elaboró una Tabla que

refleja las medias de expresión relacionadas con la mortalidad celular (Tabla 16).

Considerando las medias de los niveles de expresión de los genes relacionados con la

mortalidad en cada subcultivo celular, podemos diferenciar tres grupos diferentes: un

primer grupo que engloba a los genes Casp1, Casp3, Casp6, Casp8AP2 y Casp8 en el

que los niveles de expresión siguen un modelo en ―V‖ ; un segundo grupo con los

genes Casp9, Casp10, Casp12 y Casp14 en el que los niveles de expresión siguen un

modelo en ―V invertida‖; y un tercer grupo inespecífico con los genes Casp2, Casp4,

Casp5, Casp7 y Casp11. A modo de ejemplo en las figuras 31, 32 y 33 se representa

la distribución de los genes 3, 9 y 5, representativos de cada uno de los grupos.

Resultados

78

Tabla 15.- Niveles de expresión de los 34 EST vinculados a la mortalidad de los condrocitos

en los diferentes subcultivos celulares.

MEDIA SUBC1

MEDIA SUBC 2

MEDIA SUBC 3

MEDIA SUBC 4

MEDIA SUBC 5

MEDIA SUBC 6

MEDIA SUBC 7

MEDIA SUBC 8

Probe Set ID

Símbolo Gen

Nombre Gen

66,5 49,4 47,7 43,3 28,2 56,4 48,7 72,4 211367_s_at

CASP1

caspase 1, apoptosis-related cysteine

peptidase (interleukin 1, beta, convertase)

214,3 119,0 243,1 124,5 124,8 148,6 124,4 177,7 211366_x_at

CASP1



132,8 112,3 54,5 41,2 70,3 52,5 81,9 165,4 211368_s_at

CASP1



209,5 191,6 85,7 92,2 131,8 155,9 146,7 277,4 209970_x_at

CASP1



28,8 44,1 33,3 27,9 50,5 47,4 48,5 49,1 206011

_at CASP1



15,6 7,5 413,5 161,3 47,9 22,7 5,3 13,4 210708_x_at

CASP10 caspase 10,

apoptosis-related cysteine peptidase

7,5 9,7 65,0 38,1 17,1 13,4 10,6 14,6 205467

_at CASP10

caspase 10, apoptosis-related

cysteine peptidase

6,5 6,2 157,5 138,2 50,7 125,1 5,2 4,2 211888_x_at

CASP10 caspase 10,


8,7 8,1 65,6 58,5 52,7 41,4 12,8 17,1 210955

_at CASP10


cysteine peptidase

3,7 0,3 15,0 20,1 12,9 12,6 3,4 6,4 1564736_a_at

CASP12 caspase 12

(gene/pseudogene)

1,8 1,1 37,6 18,7 5,6 13,1 7,4 3,8 231722

_at CASP14


cysteine peptidase

21,9 12,3 16,8 18,3 10,5 33,3 19,1 23,6 208050_s_at

CASP2 caspase 2, apoptosis-

related cysteine peptidase

259,8 257,0 178,9 192,7 206,1 227,6 240,3 268,7 226032

_at CASP2


peptidase

10,0 9,0 17,6 23,2 9,7 9,3 9,7 9,6 34449_

at CASP2


peptidase

1,8 1,0 39,2 10,7 11,9 15,5 2,9 2,5 211140_s_at



72,1 22,3 153,3 119,2 101,9 131,8 39,5 38,9 226036_x_at



9,1 13,7 39,8 21,6 28,6 36,2 21,5 24,4 209811

_at CASP2


peptidase

1,8 1,1 13,4 11,6 11,4 23,3 2,1 1,6 209812_x_at



262,4 258,8 130,0 160,2 192,3 212,7 192,6 186,3 202763

_at CASP3


peptidase

5,3 5,3 15,4 36,2 11,9 15,8 9,4 1,6 236729

_at CASP3

Cysteine protease Yama

12,9 23,5 23,5 6,7 26,7 29,3 30,3 31,0 213596

_at CASP4


Resultados

79

peptidase

149,4 218,1 196,4 238,9 231,0 253,1 143,1 176,0 209310_s_at



4,8 5,0 20,5 11,2 15,2 15,9 10,6 16,8 207500

_at CASP5


peptidase

152,7 125,8 66,8 99,4 79,0 107,7 108,0 137,2 209790_s_at



112,8 136,9 92,4 83,9 120,7 106,0 126,7 163,9 211464_x_at



173,2 150,7 193,0 237,3 171,3 234,6 194,6 201,0 207181_s_at



218,4 167,1 129,1 112,9 149,7 142,7 165,4 222,2 213373_s_at



62,1 10,1 47,7 47,3 44,4 61,5 10,8 28,5 207686_s_at



4,5 1,9 14,2 6,1 4,7 7,4 2,2 5,6 155330

6_at CASP8


peptidase

169,8 102,9 58,1 56,3 95,2 56,6 106,3 112,4 222201_s_at

CASP8AP2

caspase 8 associated protein 2

5,1 3,4 40,5 27,5 11,5 12,5 6,5 6,2 157000

1_at CASP8A

P2 caspase 8 associated

protein 2

16,0 12,7 29,1 22,8 14,1 3,4 5,3 5,3 240437

_at CASP9


peptidase

90,0 98,9 222,9 106,8 125,5 95,2 89,6 102,0 203984_s_at



70,0 56,6 107,5 133,8 110,7 132,3 65,8 69,6 210775_x_at



Resultados

80

Tabla 16.- Medias de los niveles de expresión por genes de los EST vinculados a la mortalidad

de los condrocitos en los diferentes subcultivos celulares.

MEDIA SUBC1

MEDIA SUBC 2

MEDIA SUBC 3

MEDIA SUBC 4

MEDIA SUBC 5

MEDIA SUBC 6

MEDIA SUBC 7

MEDIA SUBC 8

Probe Set ID

Símbolo Gen

Nombre Gen

130,4 103,3 92,8 65,8 81,1 92,1 90,0 148,4 MEDIA CASP1

Caspasa 1, Cistein peptidasa

relacionada con la apoptosis

53,8 45,2 65,5 56,7 54,3 68,1 47,8 52,7 MEDIA CASP2



133,9 132,1 72,7 98,2 102,1 114,3 101,0 93,9 MEDIA CASP3



81,1 120,8 109,9 122,8 128,9 141,2 86,7 103,5 MEDIA CASP4



4,8 5,0 20,5 11,2 15,2 15,9 10,6 16,8 207500

_at CASP5


cysteine peptidase

132,7 131,4 79,6 91,6 99,9 106,8 117,3 150,6 MEDIA CASP6



173,2 150,7 193,0 237,3 171,3 234,6 194,6 201,0 207181_s_at

CASP7 caspase 7,


95,0 59,7 63,6 55,4 66,3 70,5 59,5 85,4 MEDIA CASP8



87,5 53,2 49,3 41,9 53,3 34,5 56,4 59,3 MEDIA CASP8A

P2 Proteina asociada a

Caspasa 8

80,0 77,8 165,2 120,3 118,1 113,7 77,7 85,8 MEDIA CASP9



9,6 7,9 175,4 99,0 42,1 50,6 8,5 12,3 MEDIA CASP10



3,7 0,3 15,0 20,1 12,9 12,6 3,4 6,4 1564736_a_at

CASP12 caspase 12

(gene/pseudogene)

1,8 1,1 37,6 18,7 5,6 13,1 7,4 3,8 231722

_at CASP14


cysteine peptidase

Resultados

81

Fig. 31.- Gen CASP3 cuyos niveles de expresión por subcultivo celular sigue una distribución

en ―V‖.

Fig. 32.- Gen CASP9 cuyos niveles de expresión por subcultivo celular sigue una distribución

en ―V invertida‖.

Resultados

82

Fig. 33.- Gen CASP5 cuyos niveles de expresión por subcultivo celular no sigue un modelo de

distribución concreto.

INTRODUCCIÓN

OBJETIVOS


RESULTADOS

DISCUSIÓN

CONCLUSIONES



Discusión

84

El cartílago articular aporta a las articulaciones sinoviales la capacidad de

movilidad sin dolor y con baja fricción. El grosor, densidad celular, composición de la

matriz y propiedades mecánicas difieren en una misma articulación y entre

articulaciones diferentes. Aún así, en todas las articulaciones sinoviales, el cartílago

tiene los mismos componentes, la misma estructura general y realiza las mismas

funciones. Con un grosor de pocos milímetros, tiene una sorprendente resistencia a la

compresión y una excepcional capacidad para distribuir las cargas, reduciendo las

presiones máximas sobre el hueso subcondral. Quizás la característica más llamativa

del cartílago articular, sea su gran durabilidad, que permite en muchas personas una

función articular normal durante 80 o más años. (Norman Scott W, 2007).

El cartílago articular carece de suministro sanguíneo o linfático. No tiene elementos

nerviosos y está aislado del sistema inmunológico. Así las cosas, la capacidad de

curación de este tejido está limitada por su escasa capacidad regenerativa (Hannallah

et al., 2003; O’Driscoll, 1998; Sellars et al., 1997).

Las opciones terapéuticas de las alteraciones del cartílago articular pueden resumirse

en: restablecer, reemplazar, liberar y resecar. En el pasado, el tratamiento consistía en

la resección. Avances recientes en trasplante de cartílago articular (O’Driscoll, 1998),

así como nuevas modalidades esperanzadoras como la terapia génica (Hannallah et

al., 2003; O’Driscoll, 1998; Sellars et al., 1997), nos llevan a pensar que es posible

superar este problema de ausencia de respuesta reparadora (Buckwalter, 2003).

Discusión

85

Para solucionar los problemas de la reparación del cartílago articular es necesario

incorporar la ciencia básica a la práctica clínica (Buckwalter, 2003). El conocimiento de

la ciencia básica del cartílago articular, que abarca la anatomía, histología, la función

biomecánica y la respuesta reparadora, es el sustrato para desarrollar un tratamiento

efectivo de las lesiones y trastornos de este tejido.

La Ingeniería Tisular, constituye una nueva disciplina dentro del campo de la medicina,

estrechamente ligada al conocimiento y desarrollo de la histología, que está centrada

en la creación de tejidos artificiales para su utilización como herramientas terapéuticas

(Campos A, 2004; Alaminos et al., 2007b). Para conseguir este objetivo se precisa una

fuente de células que sean funcionales y viables (Alaminos et al., 2007a), así como

biomateriales y señales moleculares de diversa naturaleza. De esta forma, para crear

tejidos artificiales, necesitamos aislar células con capacidad proliferativa, que se

obtienen habitualmente de biopsias de tejido adulto.

La Ingeniería Tisular aplicada al tejido cartilaginoso, considerando la alta prevalencia

de la patología del cartílago articular, constituye en estos momentos una de las

herramientas terapéuticas más prometedoras de cara al futuro. En este contexto, se

han venido desarrollando en los últimos años diferentes modelos para la formación de

nuevo tejido cartilaginoso, que van desde la terapia celular con condrocitos aislados

hasta la elaboración de constructos cartilaginosos tridimensionales que incorporan

células cartilaginosas a distintos biomateriales, añadiéndose en algunos protocolos

distintos factores de crecimiento (factor de transformación beta o TGF- βs) (Tuli et al.,

2003; Steinert et al., 2007). La terapia celular y los distintos constructos de cartílago

han generado resultados muy diversos, habiéndose descrito, entre los problemas más

significativos, la insuficiente diferenciación celular, la pérdida del número de células

implantadas, la degeneración de las matrices utilizadas como biomateriales y la falta

de integración del nuevo tejido en el sujeto que lo recibe (Steinert et al., 2007). En este

contexto, Goldstein afirma que el éxito de cualquier protocolo de Ingeniería Tisular

exige una adecuada combinación de cuatro factores: las células, los factores de

crecimiento, los biomateriales y las condiciones ambientales.

Como se expuso en la introducción de esta Tesis Doctoral, durante las últimas

décadas se han desarrollado numerosas técnicas para el cultivo de distintos tipos de

células humanas y animales en laboratorio.

Destacan en este sentido, como hemos indicado en la introducción de la presente

Tesis, los trabajos pioneros de Chesterman y Smith en los años sesenta del pasado

Discusión

86

siglo (Chesterman y Smith, 1968), los de Bentley y Green en los años setenta

(Bentley, 1971; Green, 1977), los de Peterson en los ochenta (Peterson y cols., 1984)

y el trabajo pionero de Brittberg en los noventa (Brittberg et al., 1995) al realizar un

estudio piloto con veintitrés pacientes a los que inyecta condrocitos autólogos aislados,

trabajo que se publica en el New England Journal of Medecine y que inaugura la

aplicación generalizada de la terapia celular con condrocitos.

Numerosos han sido los autores, que en los últimos años han seguido trabajando en el

campo de la Ingeniería Tisular relacionada con el cartílago articular, mostrando

importantes avances: Pineda (Pineda y Merentes, 2004), Darling (Darling et al., 2004),

Richmond (Richmon et al., 2005), Glowacki (Glowacki et al., 2005), Oliveira (Oliveira et

al., en 2006), Jiang (Jiang y Chiang, 2007), Saris (Saris y Vanlauwe, 2008).

Aunque la terapia celular con condrocitos parece útil, los resultados de los estudios

son heterogéneos. Uno de los estudios más recientes sobre la terapia celular en las

lesiones del cartílago articular de la rodilla de Norimasa Nakamura (Norimasa

Nakamura et al., 2009) afirma que no existe suficiente evidencia en los estudios

actuales para determinar cúando la terapia celular es superior a otros tratamientos en

la patología del cartílago articular de la rodilla. Algunas de las limitaciones de la terapia

celular con condrocitos son la alta diferenciación y la baja capacidad proliferativa de

los cultivos.

Estudios recientes, utilizando técnicas clásicas de evaluación de la viabilidad celular,

como el ensayo de exclusión del colorante vital azul tripán y técnicas de microscopía

analítica, parecen demostrar la heterogeneicidad, en lo que a viabilidad se refiere, de

las células procedentes de los distintos subcultivos utilizados en los protocolos de

ingeniería tisular. En efecto, Rodríguez-Morata en su trabajo con células endoteliales

procedentes de vena umbilical humana (Rodríguez Morata et al., 2008), demuestra

que la máxima viabilidad celular corresponde al tercer subcultivo. Alaminos, en su

trabajo con células endoteliales de cornea animal (Alaminos et al., 2007) demostró que

las células del cuarto subcultivo eran las que presentaban mejores indicadores de

viabilidad. Montalvo, en su Tesis Doctoral sobre la utilización de células madre

procedentes de la gelatina de Wharton en Ingeniería Tisular (Montalvo, 2008a),

concluye que los subcultivos celulares más viables son el cuarto y el quinto.

En relación con el cartílago existen pocos estudios relativos a la evaluación de la

viabilidad. Montalvo, en un trabajo sobre la viabilidad de condrocitos procedentes de

Discusión

87

cartílago fibroso animal (Montalvo et al., 2008), concluye que el subcultivo más viable

es el tercero.

De acuerdo con los objetivos establecidos en la presente Tesis Doctoral, planteamos

la discusión analizando en primer lugar el aislamiento de condrocitos y la obtención de

subcultivos celulares a partir de biopsias de cartílago articular humano. En segundo

lugar, analizamos el estudio clásico de evaluación de viabilidad celular, el azul tripán,

que se realizó en cada uno de los ocho subcultivos celulares del estudio. Finalmente

procedemos al análisis de los diferentes patrones genéticos identificados, en relación

con cada uno de los subcultivos celulares, examinando sucesivamente los conjuntos

de genes implicados tanto en la diferenciación condrogénica como en la mortalidad

celular.

Como ya se expuso en el apartado de Materiales y Métodos de la presente Tesis

Doctoral, los condrocitos articulares se obtuvieron de biopsias de rodilla humana

durante el acto quirúrgico consistente en la sustitución protésica de dicha articulación.

Tras la incubación de las biopsias en una disolución de colagenasa, se consiguieron

aislar los condrocitos articulares humanos. Estos condrocitos fueron cultivados en

frascos con medio QN (De Diego et al., 2004; Llames et al., 2004) hasta que

alcanzaron la semiconfluencia, momento en el que los condrocitos se separaron del

frasco y se volvieron a sembrar en medio QN. Esta sistemática se repitió un total de

ocho veces, obteniéndose ocho subcultivos celulares.

Con el objetivo de determinar la viabilidad de los condrocitos mantenidos en cultivo, se

estudió el fenotipo morfológico, mediante técnicas de microscopía óptica y el fenotipo

genético, a través de la identificación de patrones de expresión génica.

En primer lugar, se utilizó la técnica clásica de exclusión de colorantes vitales, es

decir, el azul tripán, con el objeto de sistematizar el patrón de viabilidad que se utiliza

básicamente en cualquier laboratorio. El proceso de muerte celular programada se

caracteriza, a nivel morfológico, por la sucesión de una serie de signos concretos,

como son: las alteraciones de la membrana plasmática, las cuales conllevan la pérdida

de contacto con las células vecinas y la adquisición de una forma redondeada; la

condensación y fragmentación de la cromatina nuclear sin que se pierda la envoltura

nuclear; la disgregación del núcleo en masas pequeñas de cromatina, con una

disminución paralela del volumen citoplasmático secundario a una pérdida de agua y a

la condensación de las proteínas, permaneciendo intacta la mayoría de los orgánulos

celulares y, finalmente, la rotura de la célula en vesículas rodeadas de membrana

Discusión

88

llamadas cuerpos apoptóticos que serán fagocitados por los macrófagos o por células

vecinas (Choy et al., 2001).

Tal y como defienden la mayor parte de autores, la técnica del azul tripán sólo es

capaz de identificar aquellas células que se encuentran en una fase avanzada de

apoptosis, puesto que durante las distintas fases se mantiene la integridad de la

membrana celular (Alaminos et al., 2007).

Una vez realizada la técnica del azul tripán en los diferentes subcultivos celulares

analizados en la presente Tesis Doctoral, se pudo constatar la variabilidad existente en

relación con la viabilidad celular en dichos subcultivos celulares. De esta forma se

observa una tendencia a la disminución de la viabilidad entre el primer subcultivo

celular (correspondiente al cultivo primario) y el tercero, tendencia esta, que se invierte

a partir del cuarto subcultivo celular, con un aumento de la viabilidad moderado entre

el tercer y el cuarto subcultivo y más significativa a partir de este último.

De estos resultados se puede inferir que los condrocitos articulares humanos

presentan al inicio, un periodo de adaptación al cultivo en el que un importante número

de ellos no sobrevive a las condiciones del medio. A partir del cuarto subcultivo

celular, los condrocitos se recuperan, observándose un incremento del nivel de

viabilidad hasta el octavo subcultivo celular.

No obstante, la tasa de viabilidad celular en cultivo primario de los condrocitos

articulares humanos es alta, aún habiendo sufrido un enérgico procesamiento

mecánico y enzimático durante el aislamiento. A este respecto podemos destacar la

diferencia con las células condrales animales, tal y como demostró Rosales en su

Tesis Doctoral (Rosales, 2008). De esta forma, Rosales evidenció, que los cultivos

primarios de condrocitos articulares animales, presentan un nivel de viabilidad celular

medio más bajo que el de los condrocitos articulares humanos, cuando se utiliza la

técnica del azul tripán.

Continuando con el estudio de la viabilidad celular de los condrocitos articulares

humanos, el segundo método utilizado en la presente Tesis Doctoral para este

propósito fue el análisis de la expresión génica mediante microarrays de

oligonucleótidos en las condrocitos de todos los subcultivos celulares.

Actualmente, la utilización del microarrays de oligonucleótidos, se presenta como una

magnífica herramienta para identificar los genes que se expresan en las diferentes

etapas funcionales de la célula como manifestación de la actividad celular.

Discusión

89

En la presente Tesis Doctoral, se ha insistido en la identificación de los patrones de

expresión génica de los diferentes subcultivos celulares, prestando especial atención a

los patrones relacionados con la diferenciación condral y la mortalidad y estableciendo

una correlación entre el número de subcultivo y su patrón de expresión génica.

Debido al elevado número de genes/secuencias expresadas (EST) en el estudio ha

sido necesaria la utilización de programas informáticos capaces de integrar en

conjunto toda la información. Gracias a ello hemos podido clasificar los resultados

atendiendo a las dos premisas anteriormente citadas, capacidad de diferenciación y

mortalidad.

Inicialmente se analizó el patrón de expresión génica global, observándose cómo el

número de genes/EST sobreexpresados, varía en función del número de subcultivo

celular. Así podemos comprobar cómo inicialmente, el número de genes/EST

sobreexpresados, desciende levemente hasta el tercer subcultivo celular, momento en

el que aumenta, alcanzando su máximo valor en el quinto subcultivo celular, para

luego volver a disminuir progresivamente.

Por otra parte, se observó la existencia de 489 genes/secuencias expresadas (EST)

que se correlacionaban de forma directa con el número de subcultivo celular y de 192

genes/EST cuya correlación con el número de subcultivo celular era inversa, lo que

demuestra la heterogeneidad de los subcultivos y la importancia de evaluar, a efectos

de la terapia celular, el subcultivo que reúne mayor viabilidad y mayor potencial

condrogénico.

Entre los genes cuya expresión se relaciona de forma directa con el subcultivo celular,

vamos a considerar cuatro tipos: los relacionados con el metabolismo celular, con las

moléculas de adhesión, con la proliferación y división celular y con la apoptosis.

En relación con los genes vinculados al metabolismo celular, cabe destacar tres

secuencias relacionadas con el gen ADAMTS 5, también conocido como agrecanasa

2. Este enzima pertenece a la familia ADAMTS (desintegrinas y metaloproteasas con

dominios tromboespondina) y se encarga de la degradación del Agrecan, que como

sabemos es el proteoglucano más abundante en el cartílago articular (Stanton H,

2005). Los niveles de expresión de ADAMTS 5 ya han sido relacionados en el pasado

con la capacidad condrogénica, de forma que los condrocitos con baja capacidad

condrogénica, expresan altos niveles de agrecanasa 2 (Grogan SP et al., 2007). De

esta forma, analizando los niveles de expresión de ADAMTS 5 en nuestro trabajo,

podemos afirmar que, aunque la tendencia es al aumento de la expresión con el

Discusión

90

subcultivo celular, en el segundo y tercer subcultivo los niveles de expresión son

mínimos, lo que posiblemente indica que son estos los subcultivos con mayor

capacidad condrogénica. En cualquier caso, el gen ADAMTS 5, resulta un marcador

de capacidad condrogénica, cuya utilidad debe ser tenida en cuenta en la terapia

celular con cartílago.

Otra de las secuencias/genes que aumentan su expresión con el subcultivo celular es

CADM3, que codifica la molécula de adhesión celular 3. En nuestro trabajo

observamos cómo su expresión disminuye en el segundo subcultivo para aumentar

luego progresivamente y disminuir de nuevo en el último subcultivo.

En relación con la proliferación y la división celular, destacamos el gen CDC42EP3

(CDC42 proteína efectora 3). En nuestro estudio, este gen sigue un comportamiento

idéntico a CADM3, disminuye su expresión en el segundo subcultivo y luego aumenta

progresivamente hasta el séptimo, disminuyendo en el octavo.

El perfil de expresión de estos dos genes pone de relieve que en los sucesivos

subcultivos a partir del segundo, existe un proceso de proliferación y división celular

activo, así como una tendencia a la adhesión intercelular que habría que relacionar

con la formación de grupos isogénicos en el desarrollo tisular del tejido cartilaginoso.

Por último, en relación con los genes cuya expresión se incrementa con el subcultivo

celular, encontramos genes de apoptosis, como por ejemplo el BAG4, cuya expresión,

sigue un aumento constante, salvo una leve disminución en el subcultivo 6. En

relación con los genes de apoptosis discutiremos más tarde su incidencia en la

viabilidad celular.

De entre los 192 genes/EST cuyos niveles de expresión disminuyen en relación con el

subcultivo celular (relación inversa) consideraremos a continuación algunos genes

relacionados así mismo con la adhesión y con la proliferación celular.

La molécula de adhesión CADM1, va disminuyendo sus niveles de expresión

progresivamente, con un leve repunte en el séptimo subcultivo. Este dato hay que

relacionarlo con el equilibrio entre las distintas moléculas de adhesión que participan

en el proceso de configuración y conformación de una estructura tisular.

Entre los genes relacionados con la proliferación celular, destacamos G0S2, FGF13 y

MAPK10. La expresión de G0S2, posibilita que la célula avance en el ciclo celular,

entrando en fase G1. Su máxima expresión en nuestro trabajo es en el primer y tercer

subcultivo, aunque en conjunto va disminuyendo con el número de subcultivos. El gen

Discusión

91

FGF13, codifica el factor de crecimiento fibroblástico 13 y al igual que el anterior tiene

dos picos de expresión, correspondientes en este caso al primer y cuarto subcultivo.

Por último MAPK10 codifica una proteína quinasa activadora de la mitogénesis. Sus

niveles de expresión, aunque siguen un descenso progresivo, se mantienen más

constantes que en los casos de los genes anteriores.

En relación con el potencial diferenciativo de los distintos subcultivos celulares, se

identificaron los niveles de expresión de 21 genes/EST vinculados a la diferenciación o

a la actividad funcional de los condrocitos articulares. Dichos genes se relacionan

fundamentalmente con la síntesis de matriz extracelular cartilaginosa, correspondiendo

más de la mitad de ellos a la síntesis de condroitín sulfato.

El gen para el Agrecán 1, el más común de los proteoglucanos del cartílago articular,

tiene su máximo nivel de expresión en el primer subcultivo, disminuyendo

posteriormente, aunque existe un importante pico de expresión en el subcultivo 3.

El grupo de genes relacionado con la síntesis de condroitín sulfato,

glucosaminoglucano más frecuente en el cartílago articular, agrupa doce genes que

siguen una distribución con niveles de expresión similares, excepto para el condroitín

sulfato 2 y el condroitín sintetasa, cuyos niveles son muy superiores al resto. El

modelo de expresión de todos ellos se caracteriza por un descenso inicial en la

expresión génica en los primeros subcultivos, y una cierta tendencia al aumento en los

últimos. Destaca sin embargo, el incremento de expresión de condroitín sulfato 4

sulfotransferasa 11.

En cuanto al gen del colágeno tipo II, hemos constatado cómo sufre una drástica

disminución en su expresión desde el primer subcultivo. De forma que los valores de

expresión en los subcultivos 2 al 8 son sensiblemente inferiores a los del cultivo inicial,

si bien existe un pico de elevación en el subcultivo número tres.

Por último, el gen encargado de la síntesis de la proteína de matriz cartilaginosa 1,

Matrilín 1, presenta unos niveles de expresión que van aumentando progresivamente

con el subcultivo celular, y aumentando significativamente a partir del subcultivo

número tres y disminuyendo posteriormente desde el subcultivo número seis.

En relación con los genes vinculados al potencial diferenciativo, nuestro estudio pone

de relieve que en torno al subcultivo número tres, se incrementa la expresión de

algunos genes vinculados a la síntesis de matriz cartilaginosa (agrecán, condroitín

Sulfato-4 sulfotransferasa11, colágeno II y matrilín), circunstancia esta, que coincide a

Discusión

92

la vez con la disminución en la expresión de los niveles de agrecanasa 2, en el

subcultivo número tres, como describimos con anterioridad. Es evidente la relación

que existe entre baja expresión de agrecanasa 2 y mayor potencial de diferenciación

condral en torno al subcultivo número tres.

Por último, se observó en todos los subcultivos celulares la expresión de genes

responsables de la síntesis del colágeno tipo I y tipo VI. Resulta llamativa la expresión

de estos dos tipos de colágeno, que en condiciones normales no son abundantes en el

cartílago articular en estado de salud (Couceiro et al., 2003), si bien su incremento

está descrito en determinadas circunstancias (edad, sobrecarga…) (So et al., 2001). Si

el incremento de la expresión de los genes que sintetizan el colágeno tipo I y VI está o

no relacionado con la presencia de alguna de esas circunstancias (edad, etc.) es algo

que habrá que determinar en el futuro cuando estudios semejantes a los desarrollados

en la presente Tesis se realicen en otras series de edades y situaciones diferentes.

En cuanto a la expresión de genes relacionados con la mortalidad celular, se

consideraron los genes/EST de las caspasas (familia de proteasas Cisteil Aspartato

proteasas, que median fenómenos de apoptosis) como indicadores de este proceso

celular (Perales S, 2007). De esta forma, mediante la técnica de microarray, se

identificaron 34 EST relacionadas con la mortalidad celular.

Se conocen 14 tipos de caspasas (Thornberry N, 1998), divididas en dos grupos:

iniciadoras y efectoras que actúan en cascada (Shi, 2002). De entre las iniciadoras (1,

2, 4, 5, 8, 9, 10, 12, 13) la más importante es la caspasa 9 (Li P, 1997) y de entre las

efectoras (3, 6, 7, 14) la 3 (Stennicke HR, 1998).

Las caspasas se sintetizan como zimógenos y necesitan de una activación proteolítica

(Rotonda J, 1996; Wilsonm KP, 1994). Tridimensionalmente, las caspasas constan de

un predominio, una subunidad larga y otra pequeña. La activación consiste en la

separación de la subunidad larga de la pequeña y la eliminación del predominio. Es el

tipo de predominio lo que determina que la caspasa sea efectora (no tiene predominio

o es muy corto) o iniciadora (predominio largo). (Chang Hi, 2000; Nicholson D et al.,

1995; Thornberry NA, 1992).

Una vez llega la señal apoptótica, se activan muchas caspasas mediante una cascada

de activación secuencial, lo cual sirve para amplificar la señal apoptótica y además

permite la regulación a varios niveles. Los mecanismos de activación pueden ser:

transactivaciones o autoactivaciones. (Chang Hi, 2000; Ashkenazi A, 1998; Hueber

AO, 1997; Li P, 1997).

Discusión

93

La transactivación se produce de forma secuencial y son las caspasas iniciadoras las

que activan a las efectoras, estas amplifican la señal y ejecutan la muerte celular

actuando sobre proteínas estructurales y reguladoras, lo que lleva al colapso celular. A

modo de ejemplo, caspasa 8, 9 y 10 activan a caspasa 3 y 7. Caspasa 3 puede

activar a caspasa 9, con lo que se produce un bucle de amplificación (Slee EA, 1999;

Srinivasula SM, 1998). La autoactivación se produce principalmente por agregación

(Colossi PA, 1998).

Entre las acciones de las caspasas hay que destacar la inactivación de proteínas del

citoesqueleto, la acción sobre proteínas asociadas al DNA, la liberación de moléculas

apoptóticas mitocondriales, la producción de moléculas proapoptóticas y el bloqueo de

la transcripción de genes de supervivencia, etc.

La inhibición de las caspasas puede darse de dos formas: mediante inactivación por

interacción de proteínas (Roy N, 1997; Deveraux QL, 1997; Deveraux QL, 1998; Irmle

M, 1997; Koseki T 1998) o por inactivación por modificación proteica (Hermann C,

2000; Manick JB, 1999).

En el estudio realizado en nuestra Tesis, agrupando las EST por genes y obteniendo

las medias de expresión para cada subcultivo celular, identificamos tres grupos

diferentes, según el modelo de expresión que siguen. Un primer grupo que engloba a

los genes Casp1, Casp3, Casp6, Casp8AP2 y Casp8, en el que la expresión

disminuye y luego aumenta conforme va avanzando el subcultivo celular (modelo en

―V‖); un segundo grupo con los genes Casp9, Casp10, Casp12 y Casp14 en el que los

niveles de expresión aumentan y luego disminuyen, siguiendo un modelo en ―V

invertida‖; y un tercer grupo inespecífico con los genes Casp2, Casp4, Casp5, Casp7 y

Casp11.

Siguiendo con el análisis de los niveles de expresión de las caspasas, podemos

observar como caspasa 9, ejemplo fundamental de caspasa iniciadora, alcanza su

máximo nivel de expresión en el subcultivo 3. Considerando, como ya hemos dicho

anteriormente, que caspasa 9 es iniciadora, podemos afirmar que es en el subcultivo

3, cuando el estímulo para desencadenar el proceso de mortalidad celular, alcanza su

máximo nivel.

Por otra parte, podemos observar cómo los niveles de expresión de caspasa 3,

ejemplo de efectora, son mínimos en el subcultivo 3, y van aumentando

progresivamente conforme se aumenta de subcultivo.

Discusión

94

Analizando la expresión de las caspasas globalmente, existe un comportamiento

inverso entre el grupo de las caspasas iniciadoras y el de las efectoras, que queda de

manifiesto en la representación gráfica de ambos grupos, en la que se observa como

uno es el equivalente especular del otro. De esta forma, es en el tercer subcultivo

celular cuando el estímulo para el inicio del proceso de mortalidad celular alcanza su

pico máximo desencadenando así una cascada que lleva al aumento de las moléculas

efectoras y posteriormente al proceso de muerte celular.

En suma, en esta Tesis Doctoral se ha determinado la viabilidad celular utilizando dos

métodos diferentes: azul tripán y microarray, con los cuales podemos establecer

modelos de viabilidad divergentes en relación con los subcultivos celulares. Aunque

con el método del azul tripán la determinación de la viabilidad parece aceptable, la

determinación de la expresión génica, nos demuestra importantes cambios en los

subcultivos celulares en relación tanto con el potencial proliferativo, como con la

capacidad de diferenciación y el desarrollo de la muerte por apoptosis. De estudios

conjuntos como los desarrollados en la presente Tesis Doctoral y de las conclusiones

de la misma, debe inferirse la selección de la población celular condrocítica más apta

para su utilización como terapia celular en la patología del cartílago.

INTRODUCCIÓN

OBJETIVOS


RESULTADOS

DISCUSIÓN

CONCLUSIONES



Conclusiones

96

1.- Los métodos y técnicas desarrollados y optimizados en la presente Tesis Doctoral,

permiten el aislamiento de los condrocitos del cartílago hialino articular y su

mantenimiento hasta el octavo subcultivo sin que dicho aislamiento y mantenimiento

hayan generado alteraciones artefactuales significativas.

2.- La evaluación de la viabilidad de los condrocitos articulares humanos utilizando la

técnica de exclusión del colorante azul tripán pone de relieve la existencia de un nivel

elevado de viabilidad en todos los subcultivos celulares analizados, si bien existe una

disminución moderada de la misma a partir del primer subcultivo, que se recupera a

partir del cuarto y que posiblemente puede relacionarse con la adaptación de los

condrocitos al cultivo.

3.- El análisis de la expresión génica mediante microarrays de los condrocitos

articulares humanos, pone de relieve que el número de genes/EST sobreexpresados,

varía en función del subcultivo celular, observándose que el número de genes que

muestra una correlación directa con el subcultivo celular duplica el número de genes

cuya correlación con el subcultivo celular es inversa. La correlación directa e inversa

está relacionada con funciones génicas vinculadas al metabolismo celular, la

proliferación, la adhesión celular y la apoptosis.


articulares humanos, pone de relieve que la expresión de los genes relacionados con

la diferenciación condral, varía en función del subcultivo celular observándose que en

el subcultivo tres existe un pico de expresión significativo de los genes vinculados a la

síntesis de la matriz extracelular cartilaginosa, concretamente a la síntesis de las

Conclusiones

97

moléculas agrecán, condroitín sulfato, colágeno tipo II y proteína de matriz

cartilaginosa tipo I. El pico de expresión del gen que codifica el agrecán coincide en el

tercer subcultivo con niveles mínimos de expresión del gen que codifica la agrecanasa

2, que es la enzima responsable de la degradación de dicha molécula.


articulares humanos, pone de relieve que la expresión de los genes relacionados con

la mortalidad celular, varía en función del subcultivo celular, observándose que el

máximo nivel de expresión de la caspasa 9, caspasa iniciadora del proceso de

apoptosis, tiene lugar en el tercer subcultivo, mientras que los niveles de expresión de

caspasa 3, caspasa efectora del proceso de apoptosis, son mínimos en dicho

subcultivo y aumentan progresivamente a partir del mismo.

6.- El estudio comparado de la viabilidad celular determinada conjuntamente mediante

azul tripán y microarray, nos permite establecer la disociación existente entre ambos

métodos y postular, sustentados en el análisis de expresión génica, la mayor

idoneidad del tercer subcultivo, en el que convergen una mayor capacidad de

diferenciación condral y una menor disposición para el inicio del proceso de apoptosis.

Todo ello nos permite postular la utilización de dicho subcultivo en los protocolos de

terapia celular con condrocitos.

INTRODUCCIÓN

OBJETIVOS


RESULTADOS

DISCUSIÓN

CONCLUSIONES



Tablas Suplementarias

99

Tabla 4.- Se muestran los valores de expresión correspondientes a cada subcultivo para todos

los genes cuya expresión era superior a 5000 UF.

Probe Set ID

1er

Sub-

cultivo

2º Sub-

cultivo

3er

Sub-

cultivo

4º Sub-

cultivo

5º Sub-

cultivo

6º Sub-

cultivo

7º Sub-

cultivo

8º Sub-

cultivo

Símbologen

Nombre gen

221798_x_at 6760,4 7031,0 17491,6 25030,0 19971,4 21245,1 9399,9 8733,3 --- ---

226237_at 1762,4 5974,7 4364,4 4988,1 2585,6 3715,0 4378,2 4349,7 --- ---

1555623_at 2,1 5,5 21,2 5651,1 10,8 6,6 1,8 3,1 --- ---

200801_x_at 7181,9 7832,5 13428,6 18978,0 13137,7 16714,3 9265,1 9561,2 ACTB actin, beta



201550_x_at 5655,0 5524,1 8784,2 12546,3 10084,9 12602,2 7634,3 7532,6 ACTG1 actin, gamma 1









204151_x_at 5341,0 5596,1 7129,2 9055,4 7534,3 7257,7 5487,6 4377,5 AKR1C1

aldo-keto reductase family 1, member C1

(dihydrodiol dehydrogenase 1;

20-alpha (3-alpha)-hydroxysteroid

dehydrogenase)

216594_x_at 4704,5 4634,8 6064,0 7664,0 6234,2 5950,7 4622,4 3942,3 AKR1C1


(dihydrodiol dehydrogenase 1;

20-alpha (3-alpha)-hydroxysteroid

dehydrogenase)

209699_x_at 5443,0 6029,2 5664,5 7615,7 6389,2 5372,8 4491,4 3828,9 AKR1C2


(dihydrodiol dehydrogenase 2; bile acid binding protein; 3-alpha hydroxysteroid

dehydrogenase, type III)

211653_x_at 5205,5 5105,3 6366,7 8447,8 6724,3 5656,9 4536,6 3885,4 AKR1C2


(dihydrodiol dehydrogenase 2; bile acid binding protein; 3-alpha hydroxysteroid

dehydrogenase, type III)

214687_x_at 4543,7 5045,5 4815,5 6410,0 5344,0 5415,7 5598,0 4817,7 ALDOA aldolase A, fructose-

bisphosphate

200966_x_at 4526,1 4432,5 3639,1 6085,3 4686,4 5046,6 5411,9 4576,7 ALDOA aldolase A, fructose-

bisphosphate

201590_x_at 5553,4 5378,8 11211,3 13900,3 9700,0 11447,9 6719,9 6408,9 ANXA2 annexin A2


100



208816_x_at 3867,7 4925,1 6906,8 10159,6 4068,5 8242,9 5051,6 5860,1 ANXA2P

2 annexin A2

pseudogene 2

213738_s_at 4506,2 5207,6 4513,2 5993,4 5527,1 5617,1 4666,5 4928,6 ATP5A1

ATP synthase, H+ transporting,

mitochondrial F1 complex, alpha

subunit 1, cardiac muscle

201891_s_at 6321,7 6495,9 7506,7 10287,4 10564,8 10718,3 7340,1 6056,0 B2M beta-2-microglobulin

216231_s_at 5838,3 4865,3 6210,6 7930,3 9347,1 8474,4 6030,7 5443,1 B2M beta-2-microglobulin

226227_x_at 2614,7 2275,9 2531,2 4226,4 5604,9 5107,4 3777,3 3303,9 C20orf1

99

chromosome 20 open reading frame

199

224915_x_at 2611,0 2458,9 2100,6 3230,6 5230,0 4117,8 3972,7 3371,7 C20orf1

99


199

219054_at 2593,2 3849,2 3076,5 4444,3 5834,4 4759,9 5804,1 4441,0 C5orf23 chromosome 5 open

reading frame 23

212077_at 3319,6 5133,2 3297,6 4456,9 4280,9 4275,9 6101,2 5155,8 CALD1 caldesmon 1

207243_s_at 5198,5 4707,0 4113,2 4945,1 4306,3 4172,3 4708,2 5088,3 CALM1 calmodulin 1

(phosphorylase kinase, delta)

212097_at 4443,6 6981,2 5635,9 7757,9 4735,0 4961,3 5645,5 7191,3 CAV1 caveolin 1, caveolae

protein, 22kDa

221791_s_at 4122,6 4561,0 3738,5 5051,2 4231,6 4355,3 3573,5 3919,7 CCDC72 coiled-coil domain

containing 72

200663_at 5588,2 5639,0 11476,7 12707,8 10146,5 10446,4 6258,7 5694,5 CD63 CD63 molecule

200675_at 3548,1 4760,8 4836,4 8171,3 7158,0 7849,8 5241,6 4308,0 CD81 CD81 molecule

201029_s_at 4401,1 4816,0 6164,6 6330,6 7068,2 5731,6 5318,3 3958,6 CD99 CD99 molecule

207173_x_at 3073,6 2610,6 1263,7 1669,8 3723,3 3627,1 5144,7 3711,6 CDH11 cadherin 11, type 2,

OB-cadherin (osteoblast)

215388_s_at 3655,3 1930,5 2665,7 3914,4 5487,9 2054,7 3121,7 1110,3 CFH complement factor H

200021_at 4799,0 5803,0 8174,1 9885,7 6624,5 8151,1 6046,7 5805,6 CFL1 cofilin 1 (non-

muscle)

209395_at 6685,6 7031,2 8929,5 10038,9 16820,5 12231,3 8753,9 4750,0 CHI3L1 chitinase 3-like 1

(cartilage glycoprotein-39)

209396_s_at 6078,7 6398,0 10211,6 11145,6 17817,4 12801,9 8496,4 3781,0 CHI3L1 chitinase 3-like 1

(cartilage glycoprotein-39)

225664_at 3317,1 4528,6 4005,3 5508,9 6792,8 7119,9 6821,0 5414,4 COL12A

1 collagen, type XII,

alpha 1

1556499_s_at 7760,4 6765,4 14046,5 19603,4 13865,3 16985,0 9008,3 7644,0 COL1A1 collagen, type I,

alpha 1


alpha 1


alpha 2


alpha 2

201852_x_at 7026,9 6296,9 12155,8 14010,9 14452,7 14309,8 9349,9 7605,9 COL3A1 collagen, type III,

alpha 1

211161_s_at 7202,7 6757,2 9073,7 10523,4 10753,2 10173,4 8886,0 6912,0 COL3A1 collagen, type III,

alpha 1

215076_s_at 9118,4 9263,0 16504,0 19491,7 19997,3 19698,1 12074,3 10507,3 COL3A1 collagen, type III,

alpha 1

221729_at 3218,8 2807,4 2513,5 2768,3 3193,3 2685,3 5510,0 4187,5 COL5A2 collagen, type V,

alpha 2


101

213428_s_at 7083,5 7517,7 13391,6 16020,2 14063,8 15281,7 8950,2 7629,7 COL6A1 collagen, type VI,

alpha 1


alpha 1


alpha 2

201438_at 6292,1 6379,9 9990,0 13032,7 12551,1 13888,4 7931,6 7203,7 COL6A3 collagen, type VI,

alpha 3

1553538_s_at 7808,4 8238,0 11163,4 14451,1 13531,9 13987,5 10916,0 9603,9 COX1 cytochrome c

oxidase I

1553569_at 7633,9 8481,1 16058,5 18101,3 16172,2 13674,6 10434,4 9669,4 COX2 cytochrome c

oxidase II

1553570_x_at 7669,1 8410,7 18403,4 20393,9 18262,8 18097,7 10259,2 9477,4 COX2 cytochrome c

oxidase II

202698_x_at 3678,0 4265,2 4814,0 4870,1 5242,6 4457,4 3889,0 3486,8 COX4I1 cytochrome c

oxidase subunit IV isoform 1

206336_at 1239,6 3586,3 3744,5 6435,2 3586,9 3562,9 3329,0 3550,0 CXCL6

chemokine (C-X-C motif) ligand 6 (granulocyte

chemotactic protein 2)

201885_s_at 3200,9 3988,9 4422,2 5802,7 4955,8 4174,2 4826,4 4076,0 CYB5R3 cytochrome b5

reductase 3

202436_s_at 6314,1 7463,9 6819,5 10069,8 10671,5 8529,1 7367,5 6367,9 CYP1B1 cytochrome P450, family 1, subfamily

B, polypeptide 1


B, polypeptide 1


B, polypeptide 1

201893_x_at 6274,4 4924,5 6774,8 9245,7 10287,7 9885,7 7713,2 6694,2 DCN Decorin

211813_x_at 6144,1 2857,7 5489,0 6683,0 8392,5 8072,8 6335,9 5457,2 DCN Decorin

211896_s_at 6839,5 4060,2 5789,7 7033,0 8454,6 8356,6 7012,9 5924,8 DCN Decorin

201022_s_at 5185,6 7103,7 8345,1 10440,4 7157,3 8863,8 7711,7 7456,4 DSTN destrin (actin

depolymerizing factor)

201021_s_at 3981,0 4384,6 6127,2 7148,7 4733,0 6603,2 5442,6 5519,5 DSTN destrin (actin

depolymerizing factor)

201041_s_at 5066,8 3035,0 2200,8 2771,9 2719,3 1894,4 2868,9 2487,7 DUSP1 dual specificity phosphatase 1

204892_x_at 6806,4 6654,5 19802,3 26448,2 18924,9 21182,2 8789,8 8116,6 EEF1A1

eukaryotic translation

elongation factor 1 alpha 1

206559_x_at 6388,8 6720,5 20114,0 24945,3 20474,7 19537,5 9085,1 8436,5 EEF1A1



213477_x_at 7367,5 7494,5 17128,0 24862,0 17593,6 21679,4 9249,5 7929,5 EEF1A1



213614_x_at 7962,0 7464,1 17772,7 24952,7 20013,3 22150,5 9891,8 9322,6 EEF1A1




102

213583_x_at 6943,7 6642,1 16257,0 22839,7 16566,5 20185,3 8543,2 7501,5 EEF1A1



200705_s_at 5661,1 4421,9 4087,9 6381,1 6657,6 6286,5 5035,7 5722,8 EEF1B2


elongation factor 1 beta 2

214394_x_at 3772,0 4964,9 3242,5 4599,1 5394,9 5064,4 5186,1 4837,8 EEF1D


elongation factor 1 delta (guanine

nucleotide exchange protein)

211927_x_at 5552,9 5424,0 7642,3 11184,2 10341,0 12204,3 6647,9 6254,3 EEF1G


elongation factor 1 gamma

211345_x_at 5065,2 4658,2 4774,6 8177,1 8200,6 9485,7 5733,0 5473,8 EEF1G



200689_x_at 4982,4 4710,1 4514,4 8263,2 8244,2 9120,1 5812,1 5368,8 EEF1G



204102_s_at 4858,9 5539,3 7118,0 12269,3 8823,7 11829,6 6598,6 5966,1 EEF2 eukaryotic translation

elongation factor 2

200094_s_at 3785,2 4028,4 5196,9 5902,5 7361,6 9025,7 5387,5 5528,3 EEF2 eukaryotic translation

elongation factor 2

201842_s_at 7776,3 8666,5 10905,5 15308,7 15983,6 15923,1 11064,9 8984,7 EFEMP1

EGF-containing fibulin-like

extracellular matrix protein 1

211956_s_at 5898,9 5983,5 6201,0 9134,7 8676,5 9436,3 7191,9 6355,9 EIF1 eukaryotic

translation initiation factor 1

201231_s_at 7072,5 6178,1 8747,4 10796,1 8907,9 8905,5 8254,1 7343,3 ENO1 enolase 1, (alpha)

209392_at 4174,9 4615,3 3290,9 4546,5 5584,8 4499,9 4420,9 4295,1 ENPP2 ectonucleotide

pyrophosphatase/phosphodiesterase 2

396_f_at 207,9 126,7 10208,3 5031,8 3780,0 3578,1 158,8 144,4 EPOR erythropoietin

receptor

203980_at 5411,0 3398,7 6715,7 3056,7 4782,0 873,9 525,3 144,5 FABP4 fatty acid binding

protein 4, adipocyte

202766_s_at 3773,6 5119,9 4274,5 5832,1 5546,4 4576,8 5512,1 4176,8 FBN1 fibrillin 1

210495_x_at 5709,3 5985,1 13199,1 19708,3 14268,3 16507,7 6888,5 6634,9 FN1 fibronectin 1


212464_s_at 7433,7 7029,4 14158,3 20426,6 14893,5 19502,6 7846,9 7617,1 FN1 fibronectin 1


205021_s_at 167,8 33,1 1364,6 5703,4 1219,4 2397,5 66,4 44,0 FOXN3 forkhead box N3

208782_at 6346,7 6375,5 8714,2 10098,6 10374,6 9356,3 7807,4 6132,2 FSTL1 follistatin-like 1

200748_s_at 7590,7 8839,2 17257,3 23732,9 20123,1 21373,6 10347,1 9409,5 FTH1 ferritin, heavy polypeptide 1

211628_x_at 6751,8 6710,8 14901,3 21145,3 16668,9 17754,0 8919,2 7896,6 FTHP1 ferritin, heavy polypeptide

pseudogene 1

212788_x_at 7152,9 7052,8 17561,5 24053,8 20327,2 22047,1 9470,5 8477,1 FTL ferritin, light polypeptide


103

213187_x_at 6083,8 6532,1 11051,5 14392,7 15482,7 15765,9 7765,6 6842,2 FTL ferritin, light polypeptide

212581_x_at 5258,7 5282,4 12919,1 17779,1 14446,7 13913,5 7293,9 6914,4 GAPDH glyceraldehyde-3-

phosphate dehydrogenase





204457_s_at 4391,0 3685,9 2289,2 3197,7 6077,9 3747,9 7330,4 4485,2 GAS1 growth arrest-

specific 1

1598_g_at 2017,3 4444,2 6628,8 6878,0 5997,7 6078,1 4327,0 3222,8 GAS6 growth arrest-

specific 6

231951_at 48,7 49,5 3558,8 5572,9 1092,0 629,7 30,7 18,6 GNAO1

guanine nucleotide binding protein (G

protein), alpha activating activity

polypeptide O

214548_x_at 4505,8 4032,7 5362,4 6698,1 6081,8 7324,6 5267,6 4681,8 GNAS GNAS complex locus




200651_at 5055,7 5056,7 5436,9 9085,0 8723,5 10098,4 6111,2 6158,0 GNB2L1

guanine nucleotide binding protein (G

protein), beta polypeptide 2-like 1

201348_at 4763,0 1724,6 3592,4 5687,4 6454,0 5943,8 3114,0 971,4 GPX3 glutathione

peroxidase 3 (plasma)

208825_x_at 7770,3 7523,6 9408,2 16768,2 15735,0 16246,5 9350,4 9235,6 hCG_16

001 similar to ribosomal

protein L23A

208834_x_at 7917,4 7635,2 9561,4 16625,4 15666,3 16585,8 9259,3 9211,7 hCG_16


protein L23A

213084_x_at 7899,7 7741,1 10627,1 16503,3 15740,0 15793,5 9208,8 9223,0 hCG_16


protein L23A

203034_s_at 7354,3 7536,4 11082,8 15802,9 16218,7 16496,2 9358,1 8662,2 hCG_21

078 hCG21078

200989_at 5375,6 5139,3 4154,4 5689,2 6659,0 6144,6 7067,2 6030,5 HIF1A

hypoxia-inducible factor 1, alpha

subunit (basic helix-loop-helix

transcription factor)

213932_x_at 3980,5 4510,5 4672,2 5153,9 6891,2 6212,1 5408,4 3869,3 HLA-A major

histocompatibility complex, class I, A

215313_x_at 3750,7 3864,5 4638,2 5381,4 7291,9 6816,1 4591,4 3366,0 HLA-A major

histocompatibility complex, class I, A

216526_x_at 2923,3 2748,5 3595,4 4423,4 5218,6 5453,5 4221,7 3277,0 HLA-B major

histocompatibility complex, class I, B

200016_x_at 5929,1 5658,1 3843,3 5607,6 5849,3 6388,6 6294,3 6895,9 HNRNP

A1

heterogeneous nuclear

ribonucleoprotein A1

213356_x_at 5051,6 4804,2 3337,5 5370,2 5220,1 6169,1 5330,8 6013,6 HNRNP

A1




104

1555653_at 3344,6 3081,2 5282,7 2719,6 6461,2 4967,5 3928,6 4229,6 HNRNP

A3



224373_s_at 7975,4 8469,4 16459,5 23426,2 19111,2 18731,9 10476,7 9127,3 HNRNP

M


ribonucleoprotein M

214328_s_at 5243,6 5825,2 4075,0 5574,6 4731,9 4468,9 5152,0 5424,7 HSP90A

A1

heat shock protein 90kDa alpha

(cytosolic), class A member 1

200599_s_at 5279,6 5184,1 2916,5 3474,9 4464,8 3233,1 4630,5 4525,5 HSP90B

1

heat shock protein 90kDa beta (Grp94),

member 1

211936_at 5371,2 4996,0 4817,9 6418,5 5109,5 4770,9 5043,2 4584,2 HSPA5

heat shock 70kDa protein 5 (glucose-regulated protein,

78kDa)

224187_x_at 5050,5 5682,6 5899,8 7150,2 5758,9 5260,7 3920,4 4252,9 HSPA8 heat shock 70kDa

protein 8


protein 8


protein 8

201185_at 4099,0 4467,0 7100,8 7235,5 8168,1 8687,5 5912,5 4422,2 HTRA1 HtrA serine peptidase 1

207783_x_at 6629,5 6209,6 16425,8 20307,2 19361,7 18066,3 9410,7 8371,5 HUWE1 HECT, UBA and WWE domain containing 1

224625_x_at 4425,4 4191,2 3426,6 5773,4 5057,7 5450,7 4015,2 3713,4 HYPK Huntingtin

interacting protein K

201315_x_at 5546,8 6032,0 10207,6 12696,9 13189,9 13313,7 7318,3 5727,9 IFITM2 interferon induced

transmembrane protein 2 (1-8D)

212203_x_at 4669,1 4878,8 7297,6 9875,0 10943,3 11268,8 6788,9 5203,7 IFITM3 interferon induced

transmembrane protein 3 (1-8U)

202409_at 2958,6 2502,8 4468,3 4675,9 6792,8 8488,3 6292,1 3460,0 IGF2 insulin-like growth

factor 2 (somatomedin A)

202718_at 3847,8 5692,3 9006,3 7322,1 9100,8 8987,1 5251,9 1957,8 IGFBP2 insulin-like growth

factor binding protein 2, 36kDa

210095_s_at 5882,8 8919,5 20221,0 24015,8 12571,0 12131,8 7567,5 6802,9 IGFBP3 insulin-like growth

factor binding protein 3

212143_s_at 2631,9 3449,6 10281,6 10304,9 5804,5 5670,3 2449,6 2390,9 IGFBP3 insulin-like growth






224372_at 6713,2 7845,4 15926,1 23350,9 17561,7 18740,2 9509,3 8883,0 IQWD1 IQ motif and WD

repeats 1

211945_s_at 5016,5 5255,6 7407,7 8884,3 8169,1 7767,8 6483,3 5773,4 ITGB1

integrin, beta 1 (fibronectin

receptor, beta polypeptide, antigen CD29 includes MDF2,

MSK12)

217731_s_at 5618,1 5771,6 3091,9 3199,9 5114,3 2716,9 5958,8 4551,7 ITM2B integral membrane

protein 2B


105

217732_s_at 4765,2 4423,5 5104,7 5687,0 7008,3 5310,8 5190,4 3771,3 ITM2B integral membrane

protein 2B

201553_s_at 5308,1 5909,0 4751,4 5824,5 6013,4 6132,7 6428,5 4837,4 LAMP1 lysosomal-associated membrane protein 1

200673_at 4523,4 4872,9 5026,3 6017,3 6185,7 5787,3 5301,5 4667,9 LAPTM4

A

lysosomal protein transmembrane 4

alpha

200650_s_at 6317,6 6018,7 7658,0 9494,9 7947,3 5798,5 7606,1 6826,6 LDHA lactate

dehydrogenase A

213564_x_at 4879,5 5472,6 4597,9 6141,2 5938,4 6576,3 5032,1 5334,8 LDHB lactate

dehydrogenase B

201105_at 5269,2 5444,7 7553,8 10010,3 6827,3 8065,9 6228,9 6578,5 LGALS1 lectin, galactoside-binding, soluble, 1

216342_x_at 4009,0 4727,6 4749,1 7156,3 6504,8 7425,3 5535,8 4782,4 LOC100128140

similar to ribosomal protein S4, X-linked

229563_s_at 7151,3 6963,5 10845,1 16821,2 14676,5 15910,6 8627,2 7842,8 LOC100128936

similar to ribosomal protein L10a

201049_s_at 6067,6 5966,8 9115,7 15952,2 14838,6 15736,4 8147,1 7265,1 LOC100130553

hypothetical protein

200823_x_at 4641,6 4322,8 2195,7 4004,9 5031,0 5146,3 4107,1 4312,6 LOC100131713

similar to ribosomal protein

1569522_at 47,7 52,5 6784,5 7039,6 3869,9 3318,9 117,4 72,5 LOC100132767

hypothetical protein LOC100132767

1553567_s_at 6042,9 5759,0 14953,1 19057,3 16057,0 15482,8 9022,1 7839,4 LOC100133315

similar to hCG1640299

201463_s_at 2942,2 5048,9 2644,2 2947,1 2531,3 2441,2 2596,8 3074,7 LOC100133665

similar to transaldolase

1558641_at 218,2 112,6 29342,6 30087,2 8335,4 11080,6 224,3 202,6 LOC202

051 hypothetical protein

LOC202051

234873_x_at 6040,3 5612,6 5337,3 6430,1 8043,4 6975,9 6980,7 7053,4 LOC388


protein L7a

213801_x_at 6812,6 6662,1 9046,9 13608,3 12314,3 14527,9 8295,0 7674,2 LOC388

524 ribosomal protein SA

pseudogene

200869_at 7074,7 6167,4 3673,3 6893,6 8666,3 8189,8 7282,3 6829,1 LOC390

354 ribosomal protein L18a pseudogene

200099_s_at 7919,6 6830,1 9412,5 14883,2 14157,4 16050,6 8414,9 7951,8 LOC439

992

similar to v-fos transformation effector protein

1558688_at 916,7 369,7 9384,0 3227,6 4169,7 4208,6 1472,7 1099,1 LOC441

461

hypothetical gene supported by

BC030123

222229_x_at 3415,7 3299,0 5077,4 5028,7 5486,2 4993,7 3467,5 3931,9 LOC441

533

60S ribosomal protein L26 pseudogene

215963_x_at 5924,7 5215,9 6607,5 10200,9 11370,4 9862,0 7187,3 6989,1 LOC642


protein L3

217753_s_at 5125,0 4425,7 3388,4 4449,0 5278,7 4764,0 5024,7 5079,2 LOC644

191 similar to hCG15685

200082_s_at 4764,7 4449,2 2424,0 4501,8 5061,3 4108,6 4910,5 5424,2 LOC644


protein S7

200012_x_at 4881,8 4749,2 4980,3 7648,3 8569,4 8534,8 5891,7 5397,1 LOC653

737 hypothetical LOC653737

234512_x_at 4704,8 4249,6 2355,0 5459,6 5794,5 6135,2 4171,4 4051,6 LOC728

179

similar to LOC100037086

protein

201744_s_at 5897,9 3335,4 3129,7 3787,4 4808,0 3829,5 4477,3 3445,3 LUM Lumican

1558678_s_at 861,2 1119,0 141,4 276,2 3164,4 498,3 5016,1 3877,0 MALAT1

metastasis associated lung

adenocarcinoma transcript 1 (non-protein coding)

208646_at 4728,6 4248,5 2780,2 4955,7 5224,1 4831,8 4667,8 4267,6 MGC878


protein S14


106

205828_at 6939,0 686,9 1458,3 1254,8 614,6 374,9 909,6 1504,6 MMP3

matrix metallopeptidase 3

(stromelysin 1, progelatinase)

217982_s_at 4723,0 4232,1 2914,3 4016,8 4274,2 3849,7 5079,5 4458,5 MORF4L

1 mortality factor 4

like 1

201994_at 5059,2 4282,4 2073,4 3010,1 2800,4 2445,8 3712,4 3869,3 MORF4L

2 mortality factor 4

like 2

201318_s_at 3145,8 3585,2 3484,3 5114,1 3532,1 3608,9 3419,0 4231,5 MRCL3 myosin regulatory light chain MRCL3

226091_s_at 4495,9 5050,9 3828,5 4385,2 4819,8 4181,7 4968,6 5054,9 MRFAP1 Mof4 family

associated protein 1

212185_x_at 6074,4 5465,6 5575,9 9540,9 4635,1 6484,9 3518,4 5603,1 MT2A metallothionein 2A

212509_s_at 5598,5 5559,2 6030,7 6927,3 7278,2 5862,6 6833,7 5527,5 MXRA7 matrix-remodelling

associated 7

212082_s_at 5286,2 5707,2 5707,8 7892,2 5449,1 6276,0 6004,2 5685,8 MYL6

myosin, light chain 6, alkali, smooth

muscle and non-muscle

200735_x_at 5086,5 4987,9 3666,6 5691,1 7045,8 6770,2 5755,4 5779,5 NACA nascent polypeptide-associated complex

alpha subunit

208635_x_at 5082,3 4986,9 3742,0 5619,7 7011,4 6805,5 5718,0 5809,9 NACA nascent polypeptide-associated complex

alpha subunit

1553551_s_at 5362,9 5724,9 8343,6 8404,0 9868,4 10003,3 6926,9 6576,0 ND2 NADH

dehydrogenase, subunit 2 (complex I)

1553588_at 7669,1 7773,8 12116,6 14312,1 14945,7 13266,1 9052,0 7697,3 ND3 NADH

dehydrogenase, subunit 3 (complex I)

217963_s_at 5034,8 5760,5 6119,5 7303,5 6509,8 7528,4 5768,9 5919,3 NGFRAP

1

nerve growth factor receptor (TNFRSF16) associated protein 1

202237_at 6229,0 6560,9 5423,8 7254,0 9748,8 8079,5 7952,7 5879,9 NNMT nicotinamide N-

methyltransferase

202238_s_at 4530,8 3813,8 3651,9 4091,5 6053,3 4847,0 4869,0 3196,6 NNMT nicotinamide N-

methyltransferase

200063_s_at 5361,8 5355,4 5804,1 8586,8 7327,3 8182,6 6321,4 6047,7 NPM1

nucleophosmin (nucleolar

phosphoprotein B23, numatrin)

201468_s_at 1869,7 6274,5 3201,2 5017,0 3070,6 4417,0 3287,9 4669,0 NQO1 NAD(P)H

dehydrogenase, quinone 1

210519_s_at 1788,2 5202,8 3591,3 4997,0 3369,7 4730,6 2802,2 4359,8 NQO1 NAD(P)H

dehydrogenase, quinone 1

200077_s_at 5166,1 4904,7 6066,3 8166,0 6733,7 7642,0 5515,8 5552,3 OAZ1 ornithine

decarboxylase antizyme 1

215952_s_at 5388,5 4295,4 4269,2 4840,9 4542,2 5091,5 4652,4 4919,0 OAZ1 ornithine

decarboxylase antizyme 1

200654_at 5516,5 5275,4 7210,9 8826,2 7643,4 8777,9 6113,6 5354,9 P4HB

procollagen-proline, 2-oxoglutarate 4-

dioxygenase (proline 4-hydroxylase), beta

polypeptide

215157_x_at 4075,0 4037,6 4141,3 4961,9 5056,1 6171,1 5099,4 5184,1 PABPC1 poly(A) binding

protein, cytoplasmic 1

208113_x_at 3060,9 3479,1 2422,6 3843,1 4053,0 5187,1 4449,7 4528,3 PABPC3 poly(A) binding



107

224940_s_at 1729,4 6069,3 1633,6 2258,6 2389,1 1709,4 5143,1 2707,9 PAPPA

pregnancy-associated plasma

protein A, pappalysin 1

200006_at 4728,0 5336,4 2654,2 3731,4 3573,2 3076,4 4624,2 5215,7 PARK7

Parkinson disease (autosomal

recessive, early onset) 7

202465_at 3528,0 3212,3 2350,0 2768,8 5419,6 5860,4 4289,8 3297,6 PCOLCE procollagen C-endopeptidase

enhancer

203131_at 5170,9 4723,5 3078,7 4188,8 7745,2 5281,0 6680,0 5263,0 PDGFRA

platelet-derived growth factor

receptor, alpha polypeptide

200886_s_at 4926,0 4325,2 4728,6 5640,0 5031,6 3717,4 4698,9 4211,6 PGAM1 phosphoglycerate mutase 1 (brain)

200738_s_at 5678,2 3910,1 4853,4 6506,0 6657,9 3983,2 5567,7 4444,4 PGK1 phosphoglycerate

kinase 1

201251_at 3906,8 3656,4 4560,6 5436,7 3933,9 4320,4 3511,7 3789,1 PKM2 pyruvate kinase,

muscle

211730_s_at 3197,8 5805,5 4214,3 4829,7 3863,6 4084,6 3709,9 4458,3 POLR2L

polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide L,

7.6kDa

209147_s_at 3640,9 3597,2 3591,7 7334,7 8177,2 7442,7 6189,0 4619,8 PPAP2A phosphatidic acid

phosphatase type 2A

210946_at 3984,2 4296,5 4063,2 6128,4 7685,1 7619,6 7078,2 4724,4 PPAP2A phosphatidic acid

phosphatase type 2A

212226_s_at 4065,4 5454,1 3557,7 6085,6 6741,0 5955,6 7163,9 5654,1 PPAP2B phosphatidic acid

phosphatase type 2B

212230_at 2405,1 5386,5 4139,0 5604,6 5636,7 5776,5 5848,4 4612,6 PPAP2B phosphatidic acid

phosphatase type 2B

209355_s_at 3188,3 4266,5 1971,4 4034,5 5044,9 4292,9 6170,6 4734,9 PPAP2B phosphatidic acid

phosphatase type 2B

201293_x_at 6700,2 6243,6 9078,0 11209,8 8837,7 9367,2 6128,5 6537,5 PPIA peptidylprolyl isomerase A

(cyclophilin A)


(cyclophilin A)


(cyclophilin A)


(cyclophilin A)


(cyclophilin A)

200967_at 4827,9 5328,5 3193,3 4792,1 4785,3 4446,5 5207,6 4671,7 PPIB peptidylprolyl isomerase B

(cyclophilin B)

200773_x_at 3159,5 2293,5 2626,6 4503,0 4966,7 5198,7 3482,6 3049,8 PTMA prothymosin, alpha

206157_at 2179,8 3738,0 5326,2 9836,2 7274,8 7657,0 6137,1 5927,9 PTX3 pentraxin-related

gene, rapidly induced by IL-1 beta

219140_s_at 4452,6 5466,5 6555,5 6548,5 7229,1 5996,2 4671,9 3794,0 RBP4 retinol binding

protein 4, plasma

200059_s_at 4604,8 3918,0 4515,1 5430,2 4231,3 5049,4 4444,0 4874,5 RHOA ras homolog gene family, member A

200725_x_at 4500,8 4246,2 4739,7 6567,9 7796,1 8229,7 5360,7 5041,0 RPL10 ribosomal protein

L10

200036_s_at 4756,9 4376,3 2960,2 4502,9 5870,2 5327,1 4943,3 4891,4 RPL10A ribosomal protein

L10a


108

200010_at 5482,9 5249,0 4686,5 5750,2 7305,9 8079,0 6048,1 6005,0 RPL11 ribosomal protein

L11


L12


L12


L12


L13


L13


L13


L13


L13

200715_x_at 5222,1 5407,8 5189,7 8068,8 8169,7 10386,7 6008,1 5828,2 RPL13A ribosomal protein

L13a


L13a


L13a


L13a


L13a


L14

221475_s_at 6104,8 5647,1 3344,0 5821,8 6522,9 7226,5 5738,8 6047,3 RPL15 ribosomal protein

L15


L15


L17


L17


L17


L18


L19


L22


L22


L22


L23


L23a


L24


L24


L27


L28


L29

201217_x_at 6908,4 6562,0 7655,5 13307,7 13436,4 14871,5 8960,8 8566,4 RPL3 ribosomal protein L3



109




L30


L31


L32


L34


L35


L36

201406_at 6551,1 6092,2 6172,2 9080,0 10205,4 10470,4 7107,0 6720,3 RPL36A ribosomal protein

L36a


L37

201429_s_at 7948,5 7933,4 11588,5 18614,3 18264,7 19750,0 9985,2 9038,0 RPL37A ribosomal protein

L37a


L38


L39

200089_s_at 6279,8 6175,9 4360,5 8486,7 8488,9 9345,2 7225,2 6325,5 RPL4 ribosomal protein L4




L41







L7a


L7a

200936_at 5875,1 5065,9 6694,8 8076,7 8120,7 8583,1 5815,9 6051,7 RPL8 ribosomal protein L8


201033_x_at 6207,5 6046,7 9871,8 14253,2 13900,3 14493,7 7863,7 7197,6 RPLP0 ribosomal protein,

large, P0


large, P0


large, P0


large, P0

214167_s_at 5675,1 5035,2 7005,3 11508,6 11078,0 12094,5 6496,4 6146,0 RPLP0 ribosomal protein,

large, P0


large, P1


large, P2

200095_x_at 7311,5 7036,0 8170,3 11937,8 11599,1 12240,6 8755,8 8265,5 RPS10 ribosomal protein

S10


S10


110


S10

200031_s_at 7538,5 7095,7 8972,1 13495,9 13913,5 14725,2 8938,5 7967,4 RPS11 ribosomal protein

S11


S12

200018_at 7349,1 7606,1 7590,7 10176,4 11274,6 11447,2 8255,1 8244,0 RPS13 ribosomal protein

S13


S14


S15

200781_s_at 5472,2 5255,3 4853,3 9048,2 10755,0 9126,4 6528,7 6332,1 RPS15A ribosomal protein

S15a


S16


S16


S16


S17


S17


S17


S19


S19

203107_x_at 6529,5 6093,2 14304,8 20537,5 16650,9 18823,0 8381,7 7870,1 RPS2 ribosomal protein S2




S20


S20


S21


S23


S24


S25


S27

211296_x_at 5915,0 5863,3 14209,3 18299,8 13207,6 14432,6 8004,3 6973,9 RPS27A ribosomal protein

S27a

208980_s_at 6132,5 3664,7 5557,1 6020,8 7089,4 7253,6 6146,7 5735,2 RPS27A ribosomal protein

S27a

200633_at 5937,9 6275,2 7536,9 10367,3 7548,1 8327,2 6861,3 6694,0 RPS27A ribosomal protein

S27a

200017_at 7251,6 7230,8 4579,5 7318,4 9140,6 9191,1 8135,0 7631,6 RPS27A ribosomal protein

S27a

218007_s_at 3448,7 5269,1 3368,5 4048,6 3768,0 3280,2 3536,2 3953,4 RPS27L ribosomal protein

S27-like


S28


S29

208692_at 6629,4 5446,8 6383,8 9558,0 10405,0 11245,0 6687,0 6724,9 RPS3 ribosomal protein S3


S3A


111


S3A

200933_x_at 6959,5 6877,0 12294,2 18427,1 15783,9 16897,1 9160,5 8273,6 RPS4X ribosomal protein

S4, X-linked

213347_x_at 6248,9 6337,9 10691,9 16743,1 13127,7 14566,5 8277,6 7894,3 RPS4X ribosomal protein

S4, X-linked

200024_at 5001,2 4802,6 3649,4 4071,1 7035,8 4459,2 5386,8 4901,8 RPS5 ribosomal protein S5


209134_s_at 6399,3 5809,1 7913,5 10491,6 10540,4 12326,4 6533,3 6454,2 RPS6 ribosomal protein S6





214629_x_at 5025,1 5526,2 6637,7 9710,5 6881,7 7898,2 6182,3 5761,0 RTN4 reticulon 4

210968_s_at 4098,6 5698,2 5529,5 7505,8 5628,6 5999,6 5645,3 5393,4 RTN4 reticulon 4

211509_s_at 4261,0 5303,9 5946,5 7084,9 5251,9 5475,9 5650,9 5236,2 RTN4 reticulon 4

200872_at 5031,0 5648,8 4597,2 5184,6 3480,8 3449,0 4108,6 5399,0 S100A1

0 S100 calcium binding

protein A10

203186_s_at 2631,4 7907,7 4460,0 6283,3 3738,0 4688,1 6009,4 6719,7 S100A4 S100 calcium binding

protein A4

217728_at 6127,3 6781,9 8016,4 13404,3 10310,0 13074,8 8535,0 8438,5 S100A6 S100 calcium binding

protein A6

210592_s_at 3785,9 5017,1 3633,3 4006,0 4761,7 3129,2 4877,4 2881,8 SAT1 spermidine/spermin

e N1-acetyltransferase 1

203455_s_at 4662,1 4801,6 3410,0 3616,8 4172,5 2744,7 5166,3 3335,0 SAT1 spermidine/spermin

e N1-acetyltransferase 1

205475_at 5072,3 1812,8 2414,3 1978,6 2676,1 1224,1 3612,4 1072,2 SCRG1 scrapie responsive

protein 1

212190_at 7249,1 8356,3 18255,5 19940,6 9974,7 8553,8 6600,6 6074,6 SERPINE

2

serpin peptidase inhibitor, clade E

(nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), member 2

200718_s_at 5373,5 6508,4 5247,5 6982,9 6180,1 5376,1 6086,3 6125,7 SKP1 S-phase kinase-


200030_s_at 3749,0 4478,9 4187,7 5558,0 4924,9 5658,6 4570,3 4605,5 SLC25A3

solute carrier family 25 (mitochondrial carrier; phosphate carrier), member 3

212085_at 3524,4 3235,6 2646,2 4360,4 5166,1 5574,5 4323,6 3879,2 SLC25A6

solute carrier family 25 (mitochondrial carrier; adenine

nucleotide translocator),

member 6

212826_s_at 3359,8 4610,5 2448,3 3977,2 4764,4 4812,2 5133,4 4411,1 SLC25A6

solute carrier family 25 (mitochondrial carrier; adenine

nucleotide translocator),

member 6

222982_x_at 4720,8 5618,6 5222,0 6886,5 5722,3 7232,1 5957,2 6304,8 SLC38A2 solute carrier family

38, member 2

218041_x_at 4036,4 4100,4 3748,3 4982,5 4269,9 5312,2 4548,5 5190,4 SLC38A2 solute carrier family

38, member 2

220924_s_at 3876,0 3772,0 3633,2 4894,8 4253,2 5378,4 4375,0 4951,6 SLC38A2 solute carrier family

38, member 2

225155_at 3413,0 5485,2 5042,2 7400,6 9109,2 8885,9 6767,2 6617,0 SNHG5 small nucleolar RNA

host gene 5 (non-protein coding)


112

200665_s_at 5279,2 4740,0 10026,8 12911,3 10637,0 11525,0 6390,4 5539,8 SPARC secreted protein,

acidic, cysteine-rich (osteonectin)

212667_at 3912,4 3775,7 3572,4 4761,8 5275,2 4440,3 5105,1 4221,5 SPARC secreted protein,

acidic, cysteine-rich (osteonectin)

201859_at 4799,8 4954,5 3628,0 5732,6 5391,1 4428,9 4225,3 4085,0 SRGN Serglycin

225987_at 2012,6 5707,9 4646,6 4857,3 5150,2 3855,5 5051,6 3715,3 STEAP4 STEAP family

member 4

201061_s_at 1935,9 3100,8 2479,9 4074,9 5128,5 3919,1 4711,2 3478,3 STOM Stomatin

227480_at 1517,1 3586,3 2476,4 3425,1 2729,7 5220,0 1723,3 2284,8 SUSD2 sushi domain containing 2

201506_at 6829,3 6669,9 11400,8 15293,7 15466,2 13771,5 9312,5 8077,4 TGFBI transforming growth factor, beta-induced,

68kDa

201110_s_at 2322,9 3884,1 2123,6 3349,4 3713,0 2821,9 6364,3 4268,7 THBS1 thrombospondin 1

201666_at 7594,2 7463,6 12276,7 14447,6 14762,0 12916,9 8704,9 6801,5 TIMP1 TIMP

metallopeptidase inhibitor 1

231579_s_at 3210,6 3807,4 4618,8 4265,3 5818,8 4922,5 5069,3 3418,1 TIMP2 TIMP

metallopeptidase inhibitor 2

217733_s_at 6720,2 8046,8 10702,5 13183,8 10669,1 10955,2 9285,2 8838,6 TMSB10 thymosin beta 10

216438_s_at 4128,9 4842,3 6042,9 8660,0 5620,3 8647,0 5687,6 6514,6 TMSB4X thymosin beta 4, X-

linked

201645_at 6946,8 4393,8 7049,9 5808,4 5862,2 4533,1 5413,9 3569,6 TNC tenascin C

224565_at 3226,3 5422,6 1317,9 1721,4 5982,3 2582,3 5698,8 4409,7 TncRNA trophoblast-derived

noncoding RNA

200822_x_at 4288,8 4047,7 4226,4 6007,4 5063,3 3916,4 4458,6 3768,4 TPI1 triosephosphate

isomerase 1

213011_s_at 4869,5 4831,1 3779,6 4615,8 5199,3 3377,7 5013,3 4645,4 TPI1 triosephosphate

isomerase 1

204083_s_at 2165,0 4365,4 3620,5 5875,4 3707,7 5711,0 4633,9 4936,0 TPM2 tropomyosin 2 (beta)

211943_x_at 6577,8 6560,2 15284,2 19143,0 16929,6 17734,4 8134,6 7081,5 TPT1 tumor protein, translationally-

controlled 1


controlled 1


controlled 1


controlled 1

216520_s_at 6944,6 7217,7 14720,3 19519,7 18680,9 17790,2 9218,9 8365,8 TPT1 tumor protein, translationally-

controlled 1

212639_x_at 6575,4 4998,6 5460,1 6578,2 3084,0 4264,4 3871,5 5577,3 TUBA1B tubulin, alpha 1b





209251_x_at 4601,3 3508,0 3753,4 5207,3 2759,9 2812,7 2943,2 3818,5 TUBA1C tubulin, alpha 1c

211714_x_at 5251,5 2095,0 3236,2 3388,6 2292,6 2780,8 2184,0 2890,1 TUBB tubulin, beta

201010_s_at 1754,7 1805,8 1694,1 2530,5 5011,7 6132,1 3102,3 1899,7 TXNIP thioredoxin

interacting protein


113

225413_at 3854,1 5295,6 2602,1 2846,5 3173,7 2128,1 3734,2 4005,9 USMG5

up-regulated during skeletal muscle

growth 5 homolog (mouse)

204620_s_at 3539,8 3170,7 2326,2 3741,0 5767,0 2802,2 3640,1 1602,4 VCAN Versican

221731_x_at 3390,4 3321,2 1797,5 3179,1 5560,0 2388,5 3858,4 1699,8 VCAN Versican

201426_s_at 6023,1 5940,8 13715,6 18176,0 15271,3 16389,8 8249,8 7489,1 VIM Vimentin

235751_s_at 1124,2 3726,2 4790,5 4691,8 7551,1 3817,9 3110,4 1653,8 VMO1 vitelline membrane

outer layer 1 homolog (chicken)

208628_s_at 4258,9 4723,8 4031,0 5088,2 3788,0 4428,9 4225,4 5145,1 YBX1 Y box binding

protein 1


114

Tabla 5.- Tabla con las 242 funciones génicas correspondientes al primer subcultivo que se

encontraron sobreexpresadas utilizando el programa Cytoscape-BINGO®.

Refernecia Gene Ontology

Valor estadístico p

Valor estadístico p corregido

Funciones Génicas

3740 5,79E-72 4,61E-69 structural constituent of

ribosome

5830 1,85E-71 7,38E-69 cytosolic ribosome (sensu

Eukaryota)

5840 2,55E-70 6,76E-68 Ribosome

5198 1,40E-61 2,79E-59 structural molecule activity

44445 3,60E-59 5,73E-57 cytosolic part

30529 5,55E-57 7,37E-55 ribonucleoprotein complex

6416 1,97E-53 2,24E-51 protein biosynthesis

9059 1,44E-50 1,43E-48 macromolecule biosynthesis

16283 9,66E-44 7,69E-42 eukaryotic 48S initiation complex

5843 9,66E-44 7,69E-42 cytosolic small ribosomal subunit

(sensu Eukaryota)

44249 2,26E-39 1,64E-37 cellular biosynthesis

5829 2,14E-38 1,42E-36 Cytosol

16282 1,19E-36 7,26E-35 eukaryotic 43S preinitiation

complex

9058 4,19E-36 2,38E-34 Biosynthesis

43232 2,25E-35 1,12E-33 intracellular non-membrane-

bound organelle

43228 2,25E-35 1,12E-33 non-membrane-bound organelle

43234 5,26E-35 2,46E-33 protein complex

5737 7,91E-35 3,50E-33 Cytoplasm

15935 3,43E-34 1,44E-32 small ribosomal subunit

44444 6,06E-32 2,41E-30 cytoplasmic part

44260 1,05E-23 3,97E-22 cellular macromolecule

metabolism

44267 1,82E-23 6,57E-22 cellular protein metabolism

5842 8,45E-23 2,93E-21 cytosolic large ribosomal subunit

(sensu Eukaryota)

19538 4,76E-22 1,58E-20 protein metabolism

15934 7,57E-20 2,41E-18 large ribosomal subunit

3723 7,27E-18 2,22E-16 RNA binding

43170 1,88E-16 5,55E-15 macromolecule metabolism

44422 1,86E-15 5,10E-14 organelle part

44446 1,86E-15 5,10E-14 intracellular organelle part

44424 4,73E-10 1,26E-08 intracellular part


115

19843 6,55E-08 1,68E-06 rRNA binding

5622 6,82E-08 1,70E-06 Intracelular

43229 6,31E-06 1,49E-04 intracellular organelle

43226 6,37E-06 1,49E-04 Organelle

8151 1,62E-05 3,68E-04 cellular physiological process

5578 1,12E-04 2,41E-03 extracellular matrix (sensu

Metazoa)

6455 1,12E-04 2,41E-03 translational elongation

44237 1,16E-04 2,43E-03 cellular metabolism

5202 2,96E-04 6,05E-03 Collagen

44238 1,64E-03 3,26E-02 primary metabolism

8152 3,50E-03 6,80E-02 Metabolism

31012 6,68E-03 1,27E-01 extracellular matrix

7582 1,31E-02 2,43E-01 physiological process

5583 1,91E-02 3,46E-01 fibrillar collagen

43037 2,25E-02 3,97E-01 Translation

5201 2,69E-02 4,66E-01 extracellular matrix structural

constituent

44421 4,67E-01 7,91E+00 extracellular region part

3676 9,41E-01 1,49E+01 nucleic acid binding

9987 9,69E-01 1,49E+01 cellular process

8043 9,89E-01 1,49E+01 ferritin complex

30049 9,89E-01 1,49E+01 muscle filament sliding

6123 9,89E-01 1,49E+01 mitochondrial electron transport,

cytochrome c to oxygen

5589 9,89E-01 1,49E+01 collagen type VI

5575 1,01E+00 1,49E+01 cellular_component

5576 2,19E+00 3,17E+01 extracellular región

42775 2,76E+00 3,92E+01 ATP synthesis coupled electron

transport (sensu Eukaryota)

47115 2,95E+00 4,05E+01 trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-

diol dehydrogenase activity

5584 2,95E+00 4,05E+01 collagen type I

5746 3,12E+00 4,19E+01 mitochondrial electron transport

chain

6817 3,16E+00 4,19E+01 phosphate transport

48513 3,36E+00 4,38E+01 organ development


transport

44420 4,03E+00 5,10E+01 extracellular matrix part

8147 5,86E+00 7,28E+01 structural constituent of bone

5518 5,98E+00 7,32E+01 collagen binding


116

42254 7,08E+00 8,53E+01 ribosome biogenesis and

assembly

42592 7,65E+00 9,08E+01 Homeostasis

7519 7,95E+00 9,30E+01 striated muscle development

46790 9,70E+00 1,12E+02 virion binding

16461 1,45E+01 1,60E+02 unconventional myosin

5747 1,45E+01 1,60E+02 respiratory chain complex I

(sensu Eukaryota)


8182 1,49E+01 1,63E+02 translation elongation factor

activity

7028 1,52E+01 1,64E+02 cytoplasm organization and

biogénesis

51082 1,65E+01 1,73E+02 unfolded protein binding

8150 1,66E+01 1,73E+02 biological_process

31406 2,01E+01 2,03E+02 carboxylic acid binding

51238 2,01E+01 2,03E+02 sequestering of metal ion

42255 2,01E+01 2,03E+02 ribosome assembly

5730 2,27E+01 2,26E+02 Nucleolus

6096 2,34E+01 2,30E+02 Glycolysis

46916 2,66E+01 2,49E+02 transition metal ion homeostasis

5793 2,66E+01 2,49E+02 ER-Golgi intermediate

compartment

30162 2,66E+01 2,49E+02 regulation of proteolysis

5853 2,66E+01 2,49E+02 eukaryotic translation elongation

factor 1 complex

5507 3,40E+01 3,11E+02 copper ion binding

30934 3,40E+01 3,11E+02 anchoring collagen

7517 3,55E+01 3,21E+02 muscle development

16477 3,71E+01 3,24E+02 cell migration

44275 3,71E+01 3,24E+02 cellular carbohydrate catabolism

16052 3,71E+01 3,24E+02 carbohydrate catabolism

30005 3,86E+01 3,34E+02 di-, tri-valent inorganic cation

homeostasis

8201 4,03E+01 3,45E+02 heparin binding

15698 4,21E+01 3,49E+02 inorganic anion transport

5770 4,22E+01 3,49E+02 late endosome

44455 4,25E+01 3,49E+02 mitochondrial membrane part

6007 4,25E+01 3,49E+02 glucose catabolism

6875 5,09E+01 4,14E+02 metal ion homeostasis

5768 5,25E+01 4,22E+02 Endosome

45182 5,70E+01 4,53E+02 translation regulator activity


117

Tabla 6.- Tabla con las 232 funciones génicas correspondientes al segundo subcultivo que se





Funciones Génicas

3740 1,88E-72 1,59E-69 structural constituent of ribosome

5840 8,31E-71 3,52E-68 Ribosome


Eukaryota)







5737 1,49E-37 1,26E-35 Cytoplasm

9058 1,35E-36 1,04E-34 Biosynthesis



(sensu Eukaryota)


bound organelle


5829 1,25E-34 6,62E-33 cytosol




complex



(sensu Eukaryota)


metabolism





3723 3,17E-15 9,94E-14 RNA binding




5622 3,52E-10 9,60E-09 intracellular



118

19843 5,99E-08 1,54E-06 rRNA binding


43226 8,95E-08 2,16E-06 organelle



8152 8,32E-05 1,85E-03 metabolism



5575 5,75E-03 1,19E-01 cellular_component

5202 7,39E-03 1,49E-01 collagen


constituent

9987 3,39E-02 6,51E-01 cellular process

43037 1,36E-01 2,56E+00 translation

5578 1,40E-01 2,58E+00 extracellular matrix (sensu

Metazoa)

6007 4,64E-01 8,35E+00 glucose catabolism

44464 6,89E-01 1,17E+01 cell part

5623 6,93E-01 1,17E+01 cell

44275 7,08E-01 1,17E+01 cellular carbohydrate catabolism

16052 7,08E-01 1,17E+01 carbohydrate catabolism

19320 9,55E-01 1,46E+01 hexose catabolism



6123 9,64E-01 1,46E+01 mitochondrial electron transport,

cytochrome c to oxygen


46365 1,03E+00 1,53E+01 monosaccharide catabolism

5583 1,07E+00 1,56E+01 fibrillar collagen

46164 1,11E+00 1,59E+01 alcohol catabolism

42592 1,36E+00 1,92E+01 homeostasis


6096 2,22E+00 3,03E+01 glycolysis

31012 2,44E+00 3,28E+01 extracellular matrix



47115 2,87E+00 3,59E+01 trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol

dehydrogenase activity


6091 2,89E+00 3,59E+01 generation of precursor metabolites and energy

51082 2,94E+00 3,59E+01 unfolded protein binding



119


chain


transport

44421 3,81E+00 4,47E+01 extracellular region part

6006 4,15E+00 4,81E+01 glucose metabolism


40011 5,09E+00 5,59E+01 locomotion

51674 5,09E+00 5,59E+01 localization of cell

6928 5,09E+00 5,59E+01 cell motility



42254 6,62E+00 7,00E+01 ribosome biogenesis and assembly

6092 7,30E+00 7,63E+01 main pathways of carbohydrate

metabolism



46790 9,46E+00 9,53E+01 virion binding

5576 1,10E+01 1,09E+02 extracellular region

6119 1,16E+01 1,14E+02 oxidative phosphorylation

5520 1,26E+01 1,22E+02 insulin-like growth factor binding


5747 1,41E+01 1,31E+02 respiratory chain complex I (sensu

Eukaryota)

19642 1,41E+01 1,31E+02 anaerobic glycolysis



biogenesis


activity



51238 1,96E+01 1,71E+02 sequestering of metal ion


19318 2,28E+01 1,97E+02 hexose metabolism



42632 2,60E+01 2,18E+02 cholesterol homeostasis

5996 2,73E+01 2,27E+02 monosaccharide metabolism

16491 3,25E+01 2,67E+02 oxidoreductase activity


4459 3,32E+01 2,67E+02 L-lactate dehydrogenase activity



120

30005 3,66E+01 2,89E+02 di-, tri-valent inorganic cation

homeostasis



4457 4,12E+01 3,14E+02 lactate dehydrogenase activity

5770 4,12E+01 3,14E+02 late endosome

15980 4,49E+01 3,39E+02 energy derivation by oxidation of

organic compounds

6875 4,83E+01 3,62E+02 metal ion homeostasis

3674 5,00E+01 3,69E+02 molecular_function

5768 5,02E+01 3,69E+02 endosome

3676 5,29E+01 3,86E+02 nucleic acid binding


30003 6,03E+01 4,32E+02 cation homeostasis

5743 6,47E+01 4,60E+02 mitochondrial inner membrane

30218 7,01E+01 4,94E+02 erythrocyte differentiation


121

Tabla 7.- Tabla con las 227 funciones génicas correspondientes al tercer subcultivo que se





Funciones Génicas


ribosome

5840 3,54E-58 1,37E-55 ribosome



Eukaryota)







(sensu Eukaryota)


5737 2,28E-31 1,47E-29 cytoplasm


bound organelle


9058 5,33E-29 2,76E-27 biosynthesis


complex


5829 3,54E-26 1,53E-24 cytosol




metabolism




(sensu Eukaryota)


3723 3,47E-11 1,04E-09 RNA binding







122

19843 4,00E-06 9,70E-05 rRNA binding




43226 4,59E-04 9,89E-03 organelle


Metazoa)


5202 4,11E-03 8,17E-02 collagen


5576 1,18E-02 2,24E-01 extracellular region


43037 5,64E-02 1,02E+00 translation



8150 1,14E-01 1,92E+00 biological_process

5201 1,34E-01 2,22E+00 extracellular matrix structural

constituent

44237 3,88E-01 6,20E+00 cellular metabolism

5520 3,91E-01 6,20E+00 insulin-like growth factor binding



6123 7,90E-01 1,14E+01 mitochondrial electron

transport, cytochrome c to oxygen


5583 7,96E-01 1,14E+01 fibrillar collagen

48513 9,66E-01 1,36E+01 organ development





chain





transport

44238 3,15E+00 3,95E+01 primary metabolism

8152 3,70E+00 4,56E+01 metabolism


assembly




123

40008 8,18E+00 9,47E+01 regulation of growth


biogenesis



activity



(sensu Eukaryota)


19838 1,45E+01 1,52E+02 growth factor binding



42592 1,83E+01 1,85E+02 Homeostasis





7148 2,21E+01 2,09E+02 cellular morphogenesis






1558 3,04E+01 2,68E+02 regulation of cell growth

44464 3,24E+01 2,81E+02 cell part

5623 3,26E+01 2,81E+02 Cell


40011 4,92E+01 4,06E+02 Locomotion


6928 4,92E+01 4,06E+02 cell motility

40007 5,53E+01 4,52E+02 Growth


30218 5,77E+01 4,62E+02 erythrocyte differentiation

6820 5,84E+01 4,62E+02 anion transport


124

Tabla 8.- Tabla con las 312 funciones génicas correspondientes al cuarto subcultivo que se





Funciones Génicas


Eukaryota)


ribosome

5840 2,11E-74 7,38E-72 ribosome










(sensu Eukaryota)

5829 4,45E-41 3,59E-39 cytosol

5737 3,95E-38 2,95E-36 cytoplasm


bound organelle





complex



(sensu Eukaryota)



metabolism



3723 3,95E-15 1,59E-13 RNA binding





19843 3,06E-07 1,04E-05 rRNA binding


125




43226 1,38E-04 4,12E-03 organelle


6096 2,66E-04 7,54E-03 glycolysis


6007 1,17E-03 3,14E-02 glucose catabolism

5202 1,32E-03 3,47E-02 collagen



Metazoa)

19320 3,60E-03 8,78E-02 hexose catabolism

46365 4,04E-03 9,63E-02 monosaccharide catabolism

46164 4,53E-03 1,06E-01 alcohol catabolism

44275 5,98E-03 1,33E-01 cellular carbohydrate catabolism

16052 5,98E-03 1,33E-01 carbohydrate catabolism


constituent


8152 2,99E-02 6,26E-01 metabolism

6006 3,53E-02 7,26E-01 glucose metabolism



6092 8,51E-02 1,65E+00 main pathways of carbohydrate

metabolism

31012 1,16E-01 2,20E+00 extracellular matrix


43037 1,81E-01 3,32E+00 translation

16477 4,24E-01 7,66E+00 cell migration

19318 5,01E-01 8,90E+00 hexose metabolism

6091 5,89E-01 1,03E+01 generation of precursor metabolites and energy

5996 6,64E-01 1,14E+01 monosaccharide metabolism

5575 8,99E-01 1,52E+01 cellular_component

9987 1,08E+00 1,80E+01 cellular process


organic compounds




8043 1,53E+00 2,26E+01 ferritin complex


126

30049 1,53E+00 2,26E+01 muscle filament sliding

6123 1,53E+00 2,26E+01 mitochondrial electron


5589 1,53E+00 2,26E+01 collagen type VI


activity






8195 4,56E+00 6,05E+01 phosphatidate phosphatase

activity

8354 4,56E+00 6,05E+01 germ cell migration




5539 6,16E+00 7,87E+01 glycosaminoglycan binding



40011 6,74E+00 8,22E+01 locomotion


6928 6,74E+00 8,22E+01 cell motility


chain

30247 7,42E+00 8,84E+01 polysaccharide binding



transport


4128 9,04E+00 1,03E+02 cytochrome-b5 reductase

activity


1871 1,38E+01 1,54E+02 pattern binding

6066 1,42E+01 1,56E+02 alcohol metabolism



44265 2,12E+01 2,26E+02 cellular macromolecule

catabolism


127


assembly



(sensu Eukaryota)





1501 2,90E+01 2,87E+02 skeletal development


42592 3,04E+01 2,94E+02 homeostasis




6826 3,54E+01 3,31E+02 iron ion transport


7409 3,91E+01 3,60E+02 axonogenesis



factor 1 complex


48812 4,48E+01 3,93E+02 neurite morphogenesis

48667 4,48E+01 3,93E+02 neuron morphogenesis during

differentiation


biogenesis



compartment

9057 4,98E+01 4,24E+02 macromolecule catabolism

19866 5,06E+01 4,27E+02 organelle inner membrane

904 5,11E+01 4,28E+02 cellular morphogenesis during

differentiation


31175 5,44E+01 4,49E+02 neurite development

5730 5,75E+01 4,71E+02 nucleolus

8040 5,97E+01 4,85E+02 axon guidance



128

Tabla 9.- Tabla con las 319 funciones génicas correspondientes al quinto subcultivo que se





Funciones Génicas


Eukaryota)


ribosome

5840 1,70E-78 5,89E-76 ribosome








(sensu Eukaryota)



5829 5,26E-42 4,22E-40 cytosol



complex

5737 4,43E-37 2,88E-35 cytoplasm



bound organelle




(sensu Eukaryota)



metabolism



3723 1,67E-17 6,69E-16 RNA binding





19843 3,40E-07 1,14E-05 rRNA binding


129






Metazoa)



43226 9,61E-04 2,57E-02 organelle

5202 1,47E-03 3,82E-02 collagen

6096 4,66E-03 1,19E-01 glycolysis

43037 5,61E-03 1,39E-01 translation



8152 1,17E-02 2,72E-01 metabolism


44421 1,46E-02 3,24E-01 extracellular region part


constituent

6007 1,69E-02 3,60E-01 glucose catabolism


19320 4,52E-02 9,23E-01 hexose catabolism

46365 4,99E-02 1,00E+00 monosaccharide catabolism

46164 5,51E-02 1,08E+00 alcohol catabolism




8182 8,44E-02 1,54E+00 translation elongation factor

activity

6006 3,29E-01 5,91E+00 glucose metabolism

19883 5,37E-01 9,49E+00 antigen presentation, endogenous antigen

19885 6,24E-01 1,08E+01 antigen processing, endogenous

antigen via MHC class I

6092 7,06E-01 1,21E+01 main pathways of carbohydrate

metabolism


45182 9,69E-01 1,60E+01 translation regulator activity


factor 1 complex




130









8135 2,87E+00 4,04E+01 translation factor activity, nucleic

acid binding








activity



30106 4,85E+00 6,09E+01 MHC class I receptor activity

42612 5,18E+00 6,35E+01 MHC class I protein complex

42611 5,18E+00 6,35E+01 MHC protein complex






30333 6,84E+00 7,88E+01 antigen processing



chain

40011 7,57E+00 8,30E+01 locomotion


6928 7,57E+00 8,30E+01 cell motility



organic compounds



131


transport




1772 2,05E+01 2,08E+02 immunological synapse

19882 2,26E+01 2,21E+02 antigen presentation



(sensu Eukaryota)




assembly











biogenesis


compartment

44464 5,31E+01 4,51E+02 cell part

5623 5,34E+01 4,51E+02 cell


8191 5,36E+01 4,51E+02 metalloendopeptidase inhibitor

activity



132

Tabla 10.- Tabla con las 300 funciones génicas correspondientes al sexto subcultivo que se





Funciones Génicas


Eukaryota)


ribosome

5840 2,87E-77 9,51E-75 ribosome









(sensu Eukaryota)



5737 1,51E-38 1,07E-36 cytoplasm


bound organelle


5829 6,31E-38 3,69E-36 cytosol


complex




(sensu Eukaryota)



metabolism



3723 2,03E-17 7,76E-16 RNA binding







133

19843 2,47E-07 7,66E-06 rRNA binding





43226 6,30E-05 1,69E-03 organelle


5202 1,07E-03 2,74E-02 collagen

5520 1,79E-03 4,43E-02 insulin-like growth factor binding

43037 3,33E-03 8,06E-02 translation


8152 1,18E-02 2,72E-01 metabolism


5578 4,62E-02 1,02E+00 extracellular matrix (sensu

Metazoa)


activity


constituent

5576 1,90E-01 3,92E+00 extracellular region

19883 4,32E-01 8,76E+00 antigen presentation, endogenous antigen

19838 4,99E-01 9,78E+00 growth factor binding

19885 5,02E-01 9,78E+00 antigen processing, endogenous

antigen via MHC class I


5853 9,19E-01 1,72E+01 eukaryotic translation elongation

factor 1 complex



31012 1,24E+00 2,19E+01 extracellular matrix












acid binding


134



30106 3,94E+00 5,66E+01 MHC class I receptor activity




activity



42612 4,36E+00 5,77E+01 MHC class I protein complex

42611 4,36E+00 5,77E+01 MHC protein complex

30333 5,57E+00 7,15E+01 antigen processing

6096 5,57E+00 7,15E+01 glycolysis





chain




transport







8143 1,41E+01 1,55E+02 poly(A) binding

44275 1,53E+01 1,65E+02 cellular carbohydrate catabolism

16052 1,53E+01 1,65E+02 carbohydrate catabolism


1772 1,74E+01 1,84E+02 immunological synapse

19882 1,86E+01 1,92E+02 antigen presentation


assembly

40011 2,08E+01 2,00E+02 locomotion


6928 2,08E+01 2,00E+02 cell motility

19320 2,09E+01 2,00E+02 hexose catabolism



(sensu Eukaryota)


135




31966 2,19E+01 2,05E+02 mitochondrial membrane

46365 2,22E+01 2,06E+02 monosaccharide catabolism

46164 2,35E+01 2,16E+02 alcohol catabolism







44464 3,52E+01 3,03E+02 cell part

5623 3,54E+01 3,03E+02 cell

3729 3,64E+01 3,09E+02 mRNA binding



biogenesis



5740 4,40E+01 3,58E+02 mitochondrial envelope

8283 4,49E+01 3,61E+02 cell proliferation


31967 4,75E+01 3,78E+02 organelle envelope


5730 5,06E+01 3,96E+02 nucleolus

31975 5,11E+01 3,97E+02 envelope


5770 6,08E+01 4,65E+02 late endosome

40007 6,17E+01 4,68E+02 growth




1871 6,60E+01 4,85E+02 pattern binding


136

Tabla 11.- Tabla con las 289 funciones génicas correspondientes al séptimo subcultivo que se





Funciones Génicas


Eukaryota)


ribosome

5840 9,75E-75 3,14E-72 ribosome








(sensu Eukaryota)




complex

5829 2,64E-38 1,82E-36 cytosol

5737 7,04E-38 4,54E-36 cytoplasm




bound organelle




(sensu Eukaryota)


metabolism





3723 6,76E-16 2,42E-14 RNA binding




19843 2,21E-07 6,88E-06 rRNA binding


137






Metazoa)

5202 3,61E-05 9,42E-04 collagen


43226 2,28E-04 5,66E-03 organelle



constituent

43037 2,78E-03 6,39E-02 translation




8152 1,50E-02 3,15E-01 metabolism


5583 3,79E-02 7,63E-01 fibrillar collagen

6096 4,16E-02 8,21E-01 glycolysis

5520 4,95E-02 9,56E-01 insulin-like growth factor binding



activity

6007 1,27E-01 2,31E+00 glucose catabolism

6817 1,33E-01 2,38E+00 phosphate transport


48513 2,33E-01 4,01E+00 organ development

19320 2,95E-01 4,99E+00 hexose catabolism



46365 3,22E-01 5,18E+00 monosaccharide catabolism

46164 3,50E-01 5,55E+00 alcohol catabolism

44420 4,99E-01 7,78E+00 extracellular matrix part


1501 8,32E-01 1,26E+01 skeletal development

5853 8,77E-01 1,30E+01 eukaryotic translation elongation

factor 1 complex

40011 1,07E+00 1,52E+01 locomotion


6928 1,07E+00 1,52E+01 cell motility




138








acid binding


6092 3,16E+00 3,91E+01 main pathways of carbohydrate

metabolism


activity








chain


transport


44464 9,83E+00 1,07E+02 cell part

5623 9,89E+00 1,07E+02 cell









assembly



(sensu Eukaryota)



7275 2,10E+01 1,99E+02 development


139


organic compounds





biogenesis





compartment

5730 4,74E+01 4,03E+02 nucleolus


8191 4,76E+01 4,03E+02 metalloendopeptidase inhibitor

activity



5770 5,90E+01 4,87E+02 late endosome


140

Tabla 12.- Tabla con las 252 funciones génicas correspondientes al octavo subcultivo que se





Funciones Génicas


ribosome

5840 2,72E-79 1,05E-76 ribosome


Eukaryota)










(sensu Eukaryota)


bound organelle


5737 7,56E-41 3,88E-39 cytoplasm


5829 1,79E-36 8,13E-35 cytosol


complex




(sensu Eukaryota)



metabolism



3723 2,08E-18 6,17E-17 RNA binding







141

19843 7,80E-08 1,88E-06 rRNA binding


43226 1,03E-07 2,34E-06 organelle




5202 3,51E-04 7,12E-03 collagen



43037 3,94E-03 7,39E-02 translation

8152 4,39E-03 8,06E-02 metabolism


Metazoa)

5575 2,14E-01 3,74E+00 cellular_component


constituent

6817 4,35E-01 7,27E+00 phosphate transport

3676 4,69E-01 7,69E+00 nucleic acid binding



activity

30934 8,43E-01 1,30E+01 anchoring collagen

31012 8,81E-01 1,33E+01 extracellular matrix













chain


transport


44464 5,14E+00 6,12E+01 cell part

5623 5,17E+00 6,12E+01 cell


acid binding


142



40011 6,66E+00 7,22E+01 locomotion


6928 6,66E+00 7,22E+01 cell motility


assembly






(sensu Eukaryota)




biogenesis


5730 2,53E+01 2,37E+02 nucleolus

6096 2,56E+01 2,38E+02 glycolysis




factor 1 complex





5576 3,95E+01 3,27E+02 extracellular region

42592 3,95E+01 3,27E+02 homeostasis









143

Tabla 13.- Correlación genes/secuencias expresadas (EST) con el número de subcultivo. Se

objetiva la existencia de 489 genes/secuencias expresadas (EST) que se correlacionan de

forma directa con el subcultivo celular (R> 0.8), y de 192 genes/secuencia expresadas (EST)

que se correlacionan de forma inversa con el subcultivo celular(R < -0.8).

Referen-cia

Affymetrix

1er

Subcultivo

2º Subcul

tivo

3 er

Subcultivo

4º Subcultivo

5º Subcultivo

6º Subcultivo

7º Subcultivo

8º Subcultivo

Pearson r

Símbolo Gen

Nombre del gen

241140_at 5,1 10,4 13,3 21,9 20,1 25,3 29,9 32,7 0,9833 LMO7 LIM domain 7

203637_s_at 200,5 182,2 218,2 249,8 289,1 338,5 356,0 356,3 0,9675 MID1

midline 1 (Opitz/BBB syndrome)

215501_s_at 110,0 111,1 134,6 125,7 161,8 174,2 193,0 222,7 0,9668 DUSP10

dual specificity phosphatase 10

241403_at 8,5 16,4 18,9 19,2 27,7 34,3 41,9 38,0 0,9665 CLK4 CDC-like kinase 4

209793_at 19,6 21,8 42,8 49,7 60,4 86,6 78,4 85,6 0,9642 GRIA1 glutamate receptor, ionotropic, AMPA 1

217371_s_at

12,2 33,0 31,5 42,1 56,5 58,9 94,0 88,4 0,9623 IL15 interleukin 15

213746_s_at 779,3 1061,3

1049,1

1224,3

1135,1

1422,9

1644,8

1784,5

0,9587 FLNA filamin A, alpha (actin binding protein 280)

229227_at 5,4 8,3 9,0 12,4 15,6 16,8 21,0 17,8 0,9550 FLJ4524

4

hypothetical locus FLJ45244

227074_at 79,8 188,3 229,4 251,8 303,0 299,2 402,8 372,1 0,9539 LOC100131564


201206_s_at 294,7 316,0 362,9 458,9 446,7 559,7 527,9 550,0 0,9523 RRBP1

ribosome binding protein 1 homolog

180kDa (dog)

236321_at 53,8 82,2 120,8 115,0 138,8 133,4 150,6 180,3 0,9520 --- ---

232297_at 123,8 177,2 137,4 175,1 223,9 241,4 261,6 295,5 0,9513 --- ---

240721_at 18,4 24,0 26,2 45,5 48,4 50,2 50,2 59,3 0,9511 --- ---

219468_s_at 40,6 41,5 46,9 92,1 95,2 104,3 146,3 128,3 0,9471

CUEDC1

CUE domain containing 1

203139_at 81,0 442,0 346,8 418,2 548,0 651,3 964,5 958,0 0,9455 DAPK1 death-associated protein kinase 1

227243_s_at

31,8 41,0 46,9 44,9 92,0 86,9 94,6 108,4 0,9447 EBF3 early B-cell factor 3

226847_at 116,8 195,6 227,0 203,7 269,4 279,5 310,7 311,5 0,9446 FST follistatin

231828_at 36,3 53,8 113,6 115,6 181,2 177,4 195,1 189,4 0,9445 --- ---

207233_s_at 131,0 130,4 133,4 132,9 169,8 174,1 191,6 208,7 0,9427 MITF

microphthalmia-associated

transcription factor

51192_at 59,3 82,0 77,0 91,2 96,1 95,4 104,1 108,8 0,9426 SSH3 slingshot homolog 3

(Drosophila)

223347_at 124,7 140,8 159,1 149,2 175,6 181,3 212,3 195,3 0,9421 MUM1 melanoma

associated antigen (mutated) 1 214604_at 8,5 5,7 22,2 27,8 44,2 41,3 52,0 46,8 0,9418 HOXD11 homeobox D11

233323_at 15,1 17,3 16,9 17,6 27,7 29,4 28,9 33,4 0,9413 --- ---

209890_at 99,2 127,9 113,6 162,1 194,6 169,4 208,4 258,4 0,9404 TSPAN5 tetraspanin 5

236494_x_at

42,0 39,4 36,7 60,0 84,2 90,7 109,0 100,4 0,9387 --- ---

230269_at 1,7 1,8 4,8 4,2 7,3 6,4 6,8 9,7 0,9384 --- ---

240690_at 23,0 9,0 29,0 37,9 36,3 54,5 55,6 65,1 0,9370 --- ---

229400_at 37,7 68,5 61,1 77,8 232,3 200,5 313,4 304,4 0,9366 HOXD10 homeobox D10

219523_s_at 33,6 11,6 55,5 57,4 60,5 82,6 117,3 143,6 0,9355 ODZ3

odz, odd Oz/ten-m homolog 3

(Drosophila)

1553129_at 26,0 28,5 46,3 31,5 49,3 55,1 70,2 82,0 0,9339 SVEP1

sushi, von Willebrand factor type A, EGF and

pentraxin domain containing 1


144

229190_at 26,4 27,7 36,4 33,2 41,5 50,5 72,7 68,2 0,9337 --- ---

210757_x_at 523,6 505,3 578,1 569,1 590,6 605,6 710,0 720,3 0,9325 DAB2

disabled homolog 2, mitogen-responsive

phosphoprotein (Drosophila)

237773_at 8,9 1,6 36,8 45,8 53,1 68,7 65,3 68,8 0,9319 --- ---

200906_s_at 79,7 40,4 122,4 168,8 203,0 201,3 200,9 262,2 0,9315 PALLD

palladin, cytoskeletal associated protein

208790_s_at 226,3 261,9 305,8 423,1 370,0 370,2 528,1 548,8 0,9306 PTRF

polymerase I and transcript release

factor

214098_at 17,4 16,7 18,5 20,5 22,1 22,9 24,7 31,5 0,9304 KIAA11

07 KIAA1107

227565_at 83,4 146,3 92,0 142,2 191,1 186,8 239,3 277,5 0,9302 --- ---

202719_s_at 78,7 78,7 106,8 127,3 142,1 156,9 183,5 152,5 0,9290 TES

testis derived transcript (3 LIM

domains)

224704_at 156,4 176,9 161,0 187,6 248,4 231,5 289,3 273,6 0,9289 TNRC6A trinucleotide repeat

containing 6A

237317_at 14,0 8,4 15,0 18,8 23,8 22,1 27,4 28,2 0,9269 --- ---

212390_at 199,1 331,6 331,2 338,2 393,5 369,8 441,0 505,1 0,9264 PDE4DI

P

phosphodiesterase 4D interacting

protein (myomegalin) ///

similar to phosphodiesterase

4D interacting protein

(myomegalin)

210305_at 62,1 88,2 103,4 108,8 124,9 127,0 180,4 243,0 0,9257 PDE4DI

P


protein (myomegalin)

1553260_s_at 2,9 0,5 5,1 6,9 4,7 10,2 11,8 13,2 0,9254

ALS2CR11

amyotrophic lateral sclerosis 2 (juvenile) chromosome region,

candidate 11

204004_at 141,6 254,0 248,6 284,0 333,6 331,1 492,8 420,0 0,9246 PAWR PRKC, apoptosis,

WT1, regulator

229238_at 55,1 73,6 76,9 84,5 81,6 107,4 101,6 102,3 0,9242 LOC400

566


AK128660

230137_at 71,3 420,5 367,7 396,7 666,1 611,1 847,6 763,1 0,9220 TMEM15

5 transmembrane

protein 155

236344_at 27,3 20,0 51,8 75,7 86,0 119,1 101,9 104,8 0,9219 PDE1C

phosphodiesterase

1C, calmodulin-dependent 70kDa

204497_at 132,1 183,6 180,9 210,4 199,8 215,5 267,1 247,4 0,9216 ADCY9 adenylate cyclase 9

1566825_at

15,2 8,3 20,2 18,0 22,7 25,3 36,5 39,5 0,9208 --- ---

243688_at 6,6 16,3 33,0 36,5 46,9 31,4 70,5 77,4 0,9204 LOC285


LOC285431

227846_at 179,3 198,7 224,6 416,1 330,5 402,9 533,5 478,7 0,9192 GPR176 G protein-coupled

receptor 176

224926_at 236,3 281,9 294,6 274,4 297,9 308,5 329,7 338,5 0,9188 EXOC4 exocyst complex

component 4

222457_s_at 375,6 247,0 344,6 431,5 752,4 677,1

1057,0

983,5 0,9188 LIMA1 LIM domain and actin binding 1


145

210959_s_at 85,8 78,1 102,5 87,2 102,2 130,2 143,8 145,4 0,9169 SRD5A1

steroid-5-alpha-reductase, alpha

polypeptide 1 (3-oxo-5 alpha-steroid delta

4-dehydrogenase alpha 1)

218468_s_at 179,0 1094,3 884,0

1064,9

1117,9

2041,9

2346,4

3638,0

0,9167 GREM1

gremlin 1, cysteine knot superfamily,

homolog (Xenopus laevis)

204005_s_at 58,0 112,2 94,5 115,2 138,2 121,3 194,4 214,4 0,9155 PAWR

PRKC, apoptosis, WT1, regulator

236987_at 11,3 24,5 25,8 40,3 29,6 53,9 44,4 59,3 0,9152 --- ---

202305_s_at 302,8 557,1 600,7 802,2 657,9 782,5

1028,8

946,7 0,9152 FEZ2 fasciculation and elongation protein

zeta 2 (zygin II)

229518_at 82,6 167,3 124,9 147,1 181,3 365,7 386,5 539,6 0,9143 FAM46B family with sequence

similarity 46, member B 216859_x_

at 18,1 21,5 23,1 17,8 35,8 45,2 46,1 46,7 0,9121 --- ---

239409_at 19,6 14,5 18,2 35,4 30,0 39,1 49,2 43,7 0,9114 --- ---

240351_at 2,2 3,9 7,4 10,2 10,5 17,1 22,4 15,3 0,9104 --- ---

241726_at 26,2 18,2 43,3 44,2 62,1 52,5 65,9 65,0 0,9091 --- ---

233866_at 9,0 9,5 3,2 16,5 17,4 24,4 26,6 28,3 0,9089 KLHL5 kelch-like 5 (Drosophila)

204493_at 42,2 53,7 62,1 69,6 65,4 76,6 68,2 87,9 0,9088 BID BH3 interacting domain death

agonist

1558017_s_at

6,0 13,1 20,2 22,3 31,3 23,0 39,6 33,5 0,9080 --- ---

242789_at 50,3 16,5 66,2 71,3 90,6 134,2 143,0 126,4 0,9077 PDE1A phosphodiesterase

1A, calmodulin-dependent

203695_s_at 121,9 141,2 138,3 131,4 190,7 237,9 311,8 410,3 0,9072 DFNA5

deafness, autosomal dominant 5

225372_at 9,4 43,4 45,8 36,6 63,5 62,8 73,2 73,9 0,9062 C10orf5

4


54

226971_at 9,9 7,8 13,8 20,0 19,8 19,3 22,0 22,4 0,9061 CCDC13

6 coiled-coil domain

containing 136

235019_at 137,7 270,9 395,1 535,6 539,9 489,7 1180,

8 1081,

2 0,9061 CPM carboxypeptidase M

228847_at 15,7 20,2 23,3 18,4 27,9 25,6 29,6 32,0 0,9057 EXOC3 exocyst complex

component 3

219552_at 55,7 59,9 52,0 62,5 87,1 92,4 149,7 151,7 0,9050 SVEP1



238192_at 8,7 13,9 11,6 11,4 19,8 16,8 22,1 27,3 0,9047 --- ---

228707_at 65,6 88,6 65,4 119,8 144,7 169,1 162,0 155,8 0,9038 CLDN23 claudin 23

1570048_at 3,2 4,4 10,1 14,4 11,2 13,8 16,3 15,6 0,9036 DPH4

DPH4, JJJ3 homolog (S. cerevisiae)

212686_at 36,7 61,6 56,5 61,9 64,3 72,4 104,2 93,2 0,9034 PPM1H protein phosphatase

1H (PP2C domain containing)

215576_at 13,8 10,0 14,1 17,1 20,0 23,2 21,0 22,8 0,9025 --- ---

226614_s_at 40,2 69,5 107,2 131,7 87,6 146,5 163,2 162,9 0,9024 C8orf13

chromosome 8 open reading frame 13

244055_at 8,5 9,7 5,2 15,3 17,0 31,8 30,7 29,6 0,9022 --- ---

203819_s_at 5,8 22,9 16,6 32,3 34,1 37,8 84,5 108,9 0,9020

IGF2BP3

insulin-like growth factor 2 mRNA

binding protein 3

1557685_at 9,3 20,4 10,6 23,0 36,2 32,9 37,9 38,0 0,9014 C4orf38



146

207980_s_at 546,3 673,4 840,9

1049,3

955,0 989,4 991,3 1197,

1 0,9007 CITED2

Cbp/p300-interacting transactivator, with

Glu/Asp-rich carboxy-terminal

domain, 2

236848_s_at 1,3 0,8 3,9 2,5 4,3 5,0 6,0 5,3 0,9007 TEX13A testis expressed 13A

215163_at 3,8 1,0 5,4 2,2 6,8 12,0 13,9 19,1 0,9001 --- ---

228462_at 10,7 16,7 16,8 17,0 40,3 32,5 72,5 64,9 0,8997 IRX2 iroquois homeobox 2

203157_s_at

91,2 107,4 175,0 135,0 159,6 212,4 219,1 207,3 0,8994 GLS glutaminase

233313_at 11,4 13,2 12,5 13,8 17,0 25,5 34,1 28,7 0,8993 HDAC7 Histone deacetylase

7

1564424_at

22,8 22,3 27,3 28,0 50,8 35,6 60,7 62,6 0,8992 --- ---

1556216_s_at 15,0 21,3 23,5 21,2 22,5 23,7 30,8 32,2 0,8992 --- ---

222433_at 1345,0 1190,8 1170,

3 1309,

9 1941,

5 1847,

0 2764,

8 2911,

7 0,8991 ENAH

enabled homolog (Drosophila)

219014_at 14,7 12,5 16,1 20,9 28,3 43,4 38,4 72,1 0,8991 PLAC8 placenta-specific 8

239842_x_at

36,3 24,5 44,2 64,0 78,8 56,6 97,8 95,0 0,8987 --- ---

203988_s_at 126,9 155,6 106,3 153,1 182,4 220,0 267,1 249,9 0,8984 FUT8

fucosyltransferase 8 (alpha (1,6)

fucosyltransferase)

1558345_a_at 18,6 28,5 18,9 22,1 33,1 40,4 41,8 45,4 0,8977

LOC439911

hypothetical gene supported by NM_194304

238769_at 20,1 18,1 25,7 32,4 57,2 50,9 48,9 55,0 0,8974 --- ---

213748_at 28,2 40,4 40,0 47,3 55,6 74,9 78,2 62,9 0,8974 TRIM66 tripartite motif-containing 66

233547_x_at 132,0 206,9 259,5 466,6 500,2 483,9 566,1 488,0 0,8971 PDE1A

phosphodiesterase 1A, calmodulin-

dependent

219718_at 88,4 85,6 97,5 117,9 139,9 126,8 134,0 135,0 0,8968 FGGY FGGY carbohydrate

kinase domain containing

1561956_at

8,4 7,6 8,9 13,6 12,4 13,0 20,6 17,6 0,8967 --- ---

233261_at 11,2 11,9 17,9 20,5 20,7 32,6 45,4 33,0 0,8967 EBF1 Early B-cell factor 1

239218_at 15,1 9,9 12,2 8,1 48,5 48,8 52,5 69,0 0,8953 PDE1C phosphodiesterase

1C, calmodulin-dependent 70kDa

223384_s_at 223,0 242,9 192,4 258,0 325,1 315,4 351,0 351,7 0,8948 TRIM4

tripartite motif-containing 4

1567272_at 1,1 1,2 6,0 6,3 9,1 7,5 8,2 9,4 0,8934 OR2K2

olfactory receptor, family 2, subfamily

K, member 2

1563497_at 22,1 21,5 21,3 25,8 42,4 41,4 44,6 41,4 0,8928 USP25

ubiquitin specific peptidase 25

217820_s_at 1154,9 850,0

1489,9

1125,8

1710,5

1621,1

2206,0

2263,8

0,8924 ENAH enabled homolog

(Drosophila)

224936_at 573,0 673,9 577,4 827,7 902,6 876,0 932,4 918,2 0,8921 EIF2S3

eukaryotic translation initiation factor 2, subunit 3

gamma, 52kDa

226435_at 37,7 49,3 46,4 52,7 72,5 113,0 80,9 130,4 0,8918 PAPLN papilin,

proteoglycan-like sulfated glycoprotein

205510_s_at 35,7 44,9 48,7 50,7 47,3 52,3 72,6 67,1 0,8914

FLJ10038

hypothetical protein FLJ10038

203820_s_at 8,0 63,7 56,1 85,2 78,2 68,0 117,3 153,0 0,8910

IGF2BP3


binding protein 3

214594_x_at 71,1 89,5 76,0 80,1 132,5 106,6 141,0 164,8 0,8891 ATP8B1

ATPase, class I, type 8B, member 1


147

37590_g_at

47,1 56,2 62,2 81,1 86,7 76,3 131,0 107,5 0,8890 --- ---

229773_at 15,9 14,7 18,9 16,8 34,6 25,2 48,4 56,1 0,8889 SNAP23 Synaptosomal-

associated protein, 23kDa

213313_at 244,2 504,4 371,1 451,6 586,2 669,7 981,1 781,6 0,8889 RABGA

P1 RAB GTPase

activating protein 1

238608_at 8,4 11,9 4,3 19,5 16,7 20,3 23,8 30,5 0,8888 --- ---

201462_at 354,1 424,5 346,9 452,4 432,7 456,3 547,3 592,6 0,8888 SCRN1 secernin 1

1558680_s_at 157,8 35,0 225,6 320,3 401,2 443,5 466,5 420,9 0,8886 PDE1A

phosphodiesterase 1A, calmodulin-

dependent

222463_s_at 151,6 173,2 226,2 219,2 294,6 284,2 286,6 274,3 0,8883 BACE1

beta-site APP-cleaving enzyme 1

1557906_at 3,2 5,5 3,7 11,2 9,5 14,0 13,4 12,6 0,8876 MUC12

mucin 12, cell surface associated

226684_at 145,8 127,2 145,6 151,6 188,1 182,2 257,1 228,5 0,8872 ATG2B ATG2 autophagy

related 2 homolog B (S. cerevisiae)

212117_at 424,9 385,0 393,7 547,5 559,9 604,5 626,1 592,3 0,8869 RHOQ ras homolog gene family, member Q

222434_at 97,1 72,9 114,5 99,5 191,3 138,6 251,1 291,3 0,8862 ENAH enabled homolog

(Drosophila)

238604_at 114,2 111,8 104,1 131,8 136,8 139,3 201,8 197,3 0,8861 --- ---

241936_x_at

22,7 11,0 8,4 24,7 45,7 42,1 90,7 88,9 0,8857 --- ---

218469_at 215,0 1135,1 764,9 952,6 958,0 1558,

2 2386,

1 3397,

6 0,8854 GREM1

gremlin 1, cysteine knot superfamily,

homolog (Xenopus laevis)

221900_at 50,5 32,1 58,5 66,0 70,8 142,0 164,7 132,6 0,8849 COL8A2 collagen, type VIII,

alpha 2

233003_at 15,7 29,1 17,9 40,4 58,2 47,3 49,9 61,3 0,8839 --- ---

233063_s_at

19,6 22,6 24,0 23,8 32,2 31,7 29,4 31,4 0,8833 --- ---

235406_x_at

19,2 28,5 26,9 31,2 32,3 42,9 41,0 37,1 0,8831 --- ---

201669_s_at 1359,6 1856,9

1607,8

2195,7

2331,3

2490,0

2593,6

2349,7

0,8829 MARCK

S

myristoylated alanine-rich protein kinase C substrate

222184_at 32,2 18,1 62,6 65,5 86,9 107,5 132,4 92,7 0,8828 --- ---

244859_at 14,8 19,3 21,3 51,9 38,8 39,0 54,8 56,1 0,8822 --- ---

1560209_at

1,6 1,7 3,5 3,0 1,8 8,9 10,6 11,3 0,8819 --- ---

242875_at 8,9 8,5 8,7 5,5 26,1 31,5 31,3 32,8 0,8817 --- ---

202197_at 87,3 86,2 124,6 117,8 120,1 128,0 141,2 134,0 0,8817 MTMR3 myotubularin related

protein 3

224806_at 332,6 301,2 303,3 447,3 406,6 438,2 492,6 479,7 0,8815 TRIM25 tripartite motif-containing 25

208396_s_at 247,4 406,8 427,4 522,7 944,2 809,9

1128,7

833,5 0,8813 PDE1A phosphodiesterase


211370_s_at 87,0 126,7 104,6 130,4 174,0 183,0 172,2 171,9 0,8812 MAP2K5

mitogen-activated protein kinase

kinase 5

225964_at 53,5 46,1 53,9 64,3 61,7 77,9 94,8 79,2 0,8809 ZXDC ZXD family zinc

finger C

223638_at 73,3 103,4 110,4 94,2 138,7 114,5 142,6 155,6 0,8801 NBPF3 neuroblastoma

breakpoint family, member 3

238017_at 4,1 6,8 4,8 6,2 5,6 10,4 10,6 13,5 0,8799 RDHE2 epidermal retinal dehydrogenase 2

208690_s_at 384,0 675,5 438,5 676,5 789,5 934,6 787,3

1115,7

0,8798 PDLIM1 PDZ and LIM domain

1 (elfin)

1563414_at

3,5 1,0 5,8 3,1 15,3 12,0 36,1 34,8 0,8796 --- ---

200907_s_at 466,7 663,7 644,4 802,0 711,8 805,4

1446,7

1625,2

0,8791 PALLD palladin, cytoskeletal

associated protein


148

210778_s_at 141,3 126,2 98,2 161,7 181,6 181,6 210,3 243,0 0,8788 MXD4

MAX dimerization protein 4

230472_at 5,6 6,4 8,6 6,0 25,5 40,8 44,0 33,7 0,8787 IRX1 iroquois homeobox 1

231963_at 9,6 32,3 35,6 58,4 48,0 69,0 49,7 97,3 0,8781 --- ---

238711_s_at 62,7 49,5 64,1 67,5 69,0 70,2 79,0 82,7 0,8780 ZNF148

zinc finger protein 148

201108_s_at 1425,1 944,4

1803,8

1850,3

2639,4

2609,3

3417,6

2642,9

0,8777 THBS1 thrombospondin 1

226056_at 53,8 67,6 67,6 85,0 76,4 83,4 80,3 90,5 0,8772 CDGAP Cdc42 GTPase-

activating protein

1553764_a_at 109,5 94,9 92,4 133,8 127,6 151,3 252,2 254,3 0,8770 JUB

jub, ajuba homolog (Xenopus laevis)

236335_at 3,5 8,6 1,8 11,6 13,9 13,8 15,6 17,3 0,8760 --- ---

215575_at 6,2 5,1 9,9 6,4 14,6 10,0 18,7 21,0 0,8755 PDE4DI

P


protein (myomegalin) 228932_at 33,5 34,6 36,4 45,6 55,2 48,2 71,4 57,3 0,8751 --- ---

212136_at 456,7 399,0 483,4 444,2 545,5 556,2 726,4 897,8 0,8750 ATP2B4 ATPase, Ca++

transporting, plasma membrane 4

206965_at 4,4 3,9 9,7 7,2 10,8 13,5 21,0 14,5 0,8748 KLF12 Kruppel-like factor

12

239809_at 15,5 20,6 19,6 15,7 30,8 26,8 49,0 47,9 0,8745 --- ---

229819_at 19,3 32,6 26,6 44,5 45,9 72,3 56,3 58,8 0,8744 A1BG alpha-1-B

glycoprotein

236883_at 21,6 35,7 28,1 26,7 45,5 39,4 62,2 59,5 0,8743 --- ---

213948_x_at 11,3 2,4 37,2 40,9 62,9 97,1 107,4 68,9 0,8742 CADM3

cell adhesion molecule 3

1563719_a_at

7,5 4,7 8,0 5,9 8,1 12,2 16,0 17,3 0,8741 --- ---

222786_at 91,3 99,5 103,0 114,9 133,5 129,4 142,9 124,2 0,8739 CHST12 carbohydrate

(chondroitin 4) sulfotransferase 12

236042_at 30,1 31,1 33,6 25,5 37,6 50,7 58,2 56,8 0,8736 LOC100130219

similar to hCG2041987

233288_at 1,5 0,7 1,3 2,2 3,1 8,1 7,1 6,5 0,8736 ATR ataxia telangiectasia

and Rad3 related

1565951_s_at 23,5 21,0 23,1 19,9 29,7 35,8 53,0 64,8 0,8727 CHML

choroideremia-like (Rab escort protein

2)

242080_at 16,6 12,2 32,0 29,3 54,0 30,9 51,8 68,3 0,8726 --- ---

209460_at 71,0 83,7 85,6 80,5 86,0 86,6 110,4 117,3 0,8724 ABAT 4-aminobutyrate

aminotransferase

204693_at 166,8 252,5 245,7 308,3 264,0 465,5 376,9 419,4 0,8723 CDC42E

P1

CDC42 effector protein (Rho GTPase

binding) 1

212614_at 838,9 1243,0 901,2 1522,

0 1542,

2 1507,

3 1952,

5 1713,

1 0,8712 ARID5B

AT rich interactive domain 5B (MRF1-

like)

1559419_at 5,8 13,7 19,3 18,9 45,3 40,9 99,6 66,2 0,8704

CACNB2

calcium channel, voltage-dependent,

beta 2 subunit

221541_at 796,1 917,9 650,8 1086,

4 1149,

2 1441,

4 1351,

2 1366,

4 0,8703

CRISPLD2

cysteine-rich secretory protein

LCCL domain containing 2

217744_s_at 227,1 246,2 497,8 550,2 538,0 478,0 738,2 639,2 0,8702 PERP

PERP, TP53 apoptosis effector

1566696_at

7,3 7,5 8,9 8,3 7,9 12,1 16,2 20,4 0,8697 --- ---


149

226311_at 585,4 1135,1 758,0 1047,

2 864,3

1465,4

1875,6

1882,1

0,8695 --- ---

209869_at 89,1 273,4 602,2 545,4 1383,

4 1222,

1 1406,

6 1082,

3 0,8693

ADRA2A

adrenergic, alpha-2A-, receptor

1558636_s_at 86,6 35,2 62,9 90,3 106,2 154,1 157,0 152,4 0,8689

ADAMTS5

ADAM metallopeptidase

with thrombospondin

type 1 motif, 5 (aggrecanase-2) 202790_at 25,1 27,0 42,7 40,9 36,2 77,7 61,6 110,8 0,8687 CLDN7 claudin 7

212057_at 220,0 150,3 144,1 219,5 249,5 290,8 308,7 365,2 0,8678 KIAA01

82 KIAA0182

201285_at 376,8 424,2 337,1 443,6 463,0 473,9 554,0 532,2 0,8676 MKRN1 makorin, ring finger

protein, 1

203071_at 17,2 48,7 21,4 65,4 74,6 59,0 90,3 87,1 0,8672 SEMA3

B

sema domain, immunoglobulin

domain (Ig), short basic domain,

secreted, (semaphorin) 3B

209286_at 116,4 211,9 149,0 188,6 236,6 198,4 298,3 328,7 0,8671 CDC42E

P3


binding) 3

217762_s_at 864,3 1181,3 733,6

1272,7

1371,2

1546,9

1781,8

1613,3

0,8666 RAB31 RAB31, member RAS

oncogene family

237218_at 16,5 14,3 10,4 26,9 39,1 34,8 44,1 37,4 0,8665 --- ---

241765_at 31,3 111,9 56,3 101,1 130,1 113,3 229,2 200,8 0,8655 CPM carboxypeptidase M

221555_x_at 70,8 77,8 64,6 88,2 91,3 105,5 163,6 137,5 0,8654

CDC14B ///

CDC14C

CDC14 cell division cycle 14 homolog B

(S. cerevisiae) /// CDC14 cell division cycle 14 homolog C

(S. cerevisiae)

1556461_at

0,4 0,8 2,0 3,4 1,1 3,2 6,3 5,8 0,8653 --- ---

206100_at 361,7 839,4 621,8 724,5 984,7 797,5 1741,5

1828,5

0,8648 CPM carboxypeptidase M

203485_at 19,0 36,2 45,3 37,3 36,8 60,4 55,7 58,6 0,8645 RTN1 reticulon 1

209602_s_at 1,5 0,4 2,8 1,8 4,8 11,3 6,9 10,4 0,8642 GATA3

GATA binding protein 3

233496_s_at

180,7 161,8 192,2 216,9 227,8 273,5 255,9 414,9 0,8641 CFL2 cofilin 2 (muscle)

219403_s_at

43,7 89,1 109,8 149,4 153,7 209,7 337,7 205,8 0,8641 HPSE heparanase

229590_at 62,2 110,8 103,6 138,4 132,4 157,8 134,5 157,0 0,8639 RPL13 ribosomal protein

L13

243455_at 15,5 23,3 28,4 12,3 33,8 34,8 46,5 53,4 0,8639 --- ---

220856_x_at

730,1 829,9 722,5 851,6 1066,0

915,0 1347,9

1215,4

0,8635 --- ---

242074_at 16,5 12,6 10,0 24,1 35,1 31,2 46,1 35,8 0,8628 --- ---

205691_at 2,0 5,7 18,1 33,3 24,0 23,0 44,3 34,7 0,8626 SYNGR

3 synaptogyrin 3

210847_x_at 1,6 6,1 8,4 7,9 9,3 12,9 35,2 27,6 0,8613

TNFRSF25

tumor necrosis factor receptor

superfamily, member 25

231766_s_at 719,6 567,7 682,4 983,6

1475,9

1736,8

1439,3

1459,9

0,8608 COL12A

1 collagen, type XII,

alpha 1

231822_at 74,7 55,7 47,3 66,8 80,9 105,8 124,9 126,7 0,8607 CTTNBP

2NL CTTNBP2 N-terminal

like

228310_at 144,8 157,9 262,0 180,3 336,5 324,8 756,2 608,3 0,8607 ENAH enabled homolog

(Drosophila)

233105_at 17,6 16,8 11,8 20,0 25,0 22,5 27,5 34,7 0,8606 --- ---


150

200859_x_at 1444,4 1990,4

2108,1

3073,9

1999,3

3055,7

3218,9

3374,4


233824_at 14,8 13,3 17,4 15,2 34,8 29,3 28,8 35,4 0,8601 --- ---

233748_x_at 116,9 84,3 242,9 213,4 199,5 221,4 263,4 355,2 0,8600

PRKAG2

protein kinase, AMP-activated, gamma 2

non-catalytic subunit

211358_s_at 93,1 110,5 75,7 116,8 116,5 130,8 142,2 178,4 0,8599 CIZ1

CDKN1A interacting zinc finger protein 1

209740_s_at 52,8 61,4 63,1 83,4 87,4 86,3 103,5 83,4 0,8599 PNPLA4

patatin-like phospholipase

domain containing 4

1570078_a_at 1,8 2,5 5,8 2,3 2,9 9,1 11,5 11,8 0,8597 DOCK5

dedicator of cytokinesis 5

212748_at 81,5 70,7 57,1 81,6 95,5 114,4 117,1 120,5 0,8596 MKL1 megakaryoblastic

leukemia (translocation) 1

226066_at 93,5 135,0 114,9 194,6 211,9 218,0 185,2 223,6 0,8595 MITF microphthalmia-

associated transcription factor

241796_x_at

0,2 0,1 1,4 1,2 1,3 0,9 2,2 3,0 0,8594 --- ---

229843_at 12,6 3,3 23,5 31,7 24,3 53,5 35,7 50,6 0,8592 FAM82B Family with

sequence similarity 82, member B

200606_at 35,2 35,4 67,1 99,8 68,1 69,7 149,8 138,4 0,8592 DSP desmoplakin

212567_s_at 130,1 232,1 234,9 265,3 267,1 249,9 288,8 312,2 0,8590 MAP4

microtubule-associated protein 4

240655_at 13,8 20,1 12,7 32,1 43,0 28,3 53,9 46,0 0,8583 --- ---

241607_at 58,1 54,2 59,9 60,0 73,0 101,1 78,3 101,5 0,8577 LOC730


LOC730102

223000_s_at

18,3 17,4 18,7 10,5 27,7 34,8 42,4 42,3 0,8573 F11R F11 receptor

242894_at 9,9 14,3 12,3 5,8 25,0 27,8 27,0 35,8 0,8573 --- ---

215179_x_at 249,2 331,7 273,5 274,0 346,2 394,7 407,6 396,5 0,8572 PGF

Placental growth factor

229357_at 482,6 729,0 452,4 801,8 838,5 968,6 1830,

1 1478,

6 0,8568

ADAMTS5


with thrombospondin

type 1 motif, 5 (aggrecanase-2)

1562474_at

74,5 95,0 75,9 90,6 88,9 124,4 142,6 127,2 0,8565 --- ---

205805_s_at 44,7 80,3 98,6 100,8 128,3 125,9 111,1 127,0 0,8549 ROR1

receptor tyrosine kinase-like orphan

receptor 1

236671_at 50,1 60,2 61,1 62,2 74,4 82,5 75,9 72,6 0,8549 --- ---

204718_at 38,0 165,6 130,0 138,6 178,8 340,4 285,7 268,6 0,8542 EPHB6 EPH receptor B6

213142_x_at 19,6 35,1 26,8 35,5 44,4 35,9 56,0 48,4 0,8541

tcag7.1314


243367_at 26,5 35,9 39,4 34,5 45,0 41,9 48,4 73,3 0,8539 --- ---

215823_x_at 2886,1 3416,2

2608,6

3280,6

3766,1

4404,9

4293,2

4250,9

0,8536 PABPC3 poly(A) binding


225235_at 103,3 150,7 129,9 196,2 152,3 211,5 186,0 227,9 0,8533 TSPAN17

tetraspanin 17

236999_at 4,6 3,1 2,6 2,5 6,1 7,8 9,5 10,6 0,8531 --- ---

235373_at 8,5 7,7 6,4 17,7 19,9 19,4 25,7 19,4 0,8530 --- ---

231016_s_at

66,5 66,6 77,0 84,4 85,3 74,5 99,0 94,6 0,8529 --- ---

221039_s_at 243,7 211,0 219,0 285,7 252,1 283,0 351,4 435,9 0,8529 DDEF1

development and differentiation

enhancing factor 1


151

211004_s_at 88,8 98,2 162,7 162,9 172,3 220,1 164,5 210,3 0,8528

ALDH3B1

aldehyde dehydrogenase 3

family, member B1

215813_s_at 285,0 282,8 566,5 398,4 623,6 449,7 745,0 786,6 0,8526 PTGS1

prostaglandin-endoperoxide

synthase 1 (prostaglandin G/H

synthase and cyclooxygenase)

235409_at 35,4 19,0 26,7 28,0 39,5 45,6 57,8 57,7 0,8523 MGA MAX gene associated

1561190_at 15,6 11,6 11,0 23,4 26,3 19,6 33,4 32,3 0,8522 CDKL3

cyclin-dependent kinase-like 3

225897_at 606,8 874,7 548,3 726,2 1051,

6 915,2

1419,6

1385,3

0,8520 MARCK

S

myristoylated alanine-rich protein kinase C substrate

36554_at 158,1 201,2 153,9 186,1 204,3 222,9 218,7 247,0 0,8517 ASMTL acetylserotonin O-methyltransferase-

like

225685_at 136,1 366,6 232,7 419,1 404,0 348,7 508,1 568,5 0,8509 --- ---

208727_s_at 130,8 182,2 162,8 207,1 326,4 221,2 574,1 795,5 0,8505 CDC42

cell division cycle 42 (GTP binding

protein, 25kDa)

239913_at 0,4 0,4 1,3 0,5 1,1 3,9 3,2 3,2 0,8500 SLC10A

4

solute carrier family 10 (sodium/bile acid

cotransporter family), member 4

227242_s_at 21,1 11,0 20,7 14,2 24,5 39,1 40,5 65,5 0,8500 EBF3 early B-cell factor 3

221893_s_at 43,6 74,7 56,0 74,6 71,7 84,1 84,1 90,0 0,8498 ADCK2

aarF domain containing kinase 2

238934_at 4,7 9,0 5,6 16,3 19,0 12,3 18,3 21,2 0,8496 --- ---

219489_s_at 397,2 510,9 539,2 557,4 515,0 574,1

1008,8

1125,3

0,8494 NXN nucleoredoxin

230258_at 153,5 101,7 169,9 173,2 282,1 223,2 381,7 297,2 0,8493 GLIS3 GLIS family zinc

finger 3

215717_s_at 8,6 7,0 2,1 24,5 12,8 21,1 55,1 72,1 0,8492 FBN2

fibrillin 2 (congenital contractural

arachnodactyly)

225807_at 23,1 32,6 44,0 39,8 40,4 35,5 59,6 70,3 0,8491 JUB jub, ajuba homolog

(Xenopus laevis)

203110_at 26,9 46,5 53,4 54,3 91,6 124,0 93,0 92,1 0,8486 PTK2B PTK2B protein

tyrosine kinase 2 beta

201109_s_at 1889,5 1611,8

1698,3

2222,5

3233,5

2677,1

4734,0

3644,0

0,8484 THBS1 thrombospondin 1

1560026_at

7,5 5,6 9,8 9,6 12,0 9,3 21,7 20,7 0,8483 --- ---

237452_at 25,9 21,8 29,6 53,6 63,4 41,6 73,3 64,6 0,8481 --- ---

241860_at 5,3 16,7 5,7 6,4 33,0 27,0 51,5 40,6 0,8479 --- ---

202986_at 11,5 14,0 14,1 11,0 20,4 37,5 54,1 38,4 0,8469 ARNT2 aryl-hydrocarbon receptor nuclear

translocator 2

236234_at 76,0 160,9 142,0 141,2 196,2 176,3 340,7 265,3 0,8468 PDE1A phosphodiesterase


237868_x_at

34,1 27,5 29,2 26,4 51,2 42,0 57,1 66,8 0,8468 --- ---

219790_s_at 299,3 310,6 296,9 426,4 415,9 372,3 614,4 527,6 0,8467 NPR3

natriuretic peptide receptor C/guanylate

cyclase C (atrionatriuretic

peptide receptor C)

228752_at 33,9 33,8 47,2 31,4 69,6 55,9 77,9 70,8 0,8464 CXorf10 chromosome X open

reading frame 10


152

202847_at 315,2 282,5 345,9 481,8 425,3 467,1 556,1 466,3 0,8464 PCK2 phosphoenolpyruvat

e carboxykinase 2 (mitochondrial)

226140_s_at 120,7 131,4 119,9 134,4 162,8 148,7 185,5 161,8 0,8460 OTUD1

OTU domain containing 1

232898_at 27,6 18,5 30,0 23,4 62,2 65,2 65,0 59,5 0,8454 DAB2

disabled homolog 2, mitogen-responsive

phosphoprotein (Drosophila)

237157_at 32,3 40,4 17,2 44,3 63,4 45,3 94,7 105,4 0,8449 --- ---

212249_at 83,1 46,7 55,9 119,1 233,0 186,3 238,5 199,2 0,8447 PIK3R1 phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit 1 (alpha)

212209_at 151,1 121,1 164,3 151,8 260,1 276,9 233,2 263,4 0,8447 MED13L mediator complex

subunit 13-like

1567860_at

0,8 0,3 1,4 2,1 1,3 1,5 2,8 2,8 0,8446 --- ---

227485_at 30,5 30,1 35,6 51,1 42,6 51,4 51,1 48,5 0,8441 DDX26B DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 26B

222133_s_at 42,0 38,7 48,0 76,6 73,1 61,2 107,7 85,9 0,8439

PHF20L1

PHD finger protein 20-like 1

226482_s_at 10,1 26,5 81,9 62,5 85,5 81,0 89,6 89,8 0,8437

RP11-544M22.

4 /// hCG_20

857

KAT protein /// hypothetical protein

LOC100134860

237724_at 0,8 1,3 2,9 3,0 2,6 4,8 4,5 11,1 0,8433 --- ---

242446_at 3,5 1,3 9,0 5,7 9,8 11,2 8,8 13,0 0,8430 C6orf16

3 chromosome 6 open

reading frame 163

1555989_at

43,6 43,9 74,6 62,0 56,7 82,0 86,1 82,6 0,8429 --- ---

213247_at 480,1 681,2 599,5 691,7 1066,

9 1055,

3 1555,

5 1056,

8 0,8425 SVEP1



242593_at 13,9 15,3 11,8 14,2 18,0 19,3 18,1 21,3 0,8422 --- ---

238000_at 11,5 21,4 21,2 11,1 23,1 28,2 44,3 40,3 0,8419 --- ---

1556341_s_at 50,7 82,3 64,4 80,0 105,2 93,0 89,0 124,4 0,8417 MAPK12

mitogen-activated protein kinase 12

1556886_a_at

3,6 14,6 22,2 22,4 36,2 30,4 31,9 29,7 0,8413 LAYN Layilin

214415_at 9,4 21,7 13,7 11,0 38,4 37,7 59,5 42,5 0,8413 PLGLB2

/// PLGLB1

plasminogen-like B2 /// plasminogen-like

B1

211177_s_at 62,4 93,1 79,0 96,3 84,6 138,7 110,9 139,5 0,8412 TXNRD2

thioredoxin reductase 2

206377_at 68,1 43,5 164,8 220,3 184,8 183,5 205,3 244,7 0,8409 FOXF2 forkhead box F2

244286_at 3,8 9,8 3,4 11,3 11,6 10,4 18,7 16,4 0,8409 --- ---

238970_at 9,8 6,0 3,3 3,8 24,4 21,3 58,2 49,0 0,8407 --- ---

234981_x_at 463,7 594,1 621,3 625,4 717,9 633,8 721,3 703,2 0,8405 CMBL

carboxymethylenebutenolidase homolog

(Pseudomonas)

211006_s_at 34,7 115,3 118,2 128,5 99,9 125,7 196,1 300,8 0,8399 KCNB1

potassium voltage-gated channel, Shab-

related subfamily, member 1


153

215634_at 4,6 14,9 15,0 16,8 17,5 23,3 21,6 48,5 0,8399 --- ---

203886_s_at

86,6 129,2 279,3 316,2 417,1 509,0 415,6 369,5 0,8396 FBLN2 fibulin 2

242973_at 25,2 39,4 39,5 48,1 80,2 83,1 87,7 64,5 0,8388 CACNA

1C

calcium channel, voltage-dependent, L

type, alpha 1C subunit

202402_s_at 277,5 237,7 301,5 338,1 317,7 329,1 423,9 367,1 0,8388 CARS

cysteinyl-tRNA synthetase

225566_at 92,4 73,6 123,5 149,5 100,9 171,8 198,9 172,1 0,8381 NRP2 neuropilin 2

204568_at 119,4 164,7 115,4 150,1 203,1 178,3 215,2 209,6 0,8380 KIAA08

31 KIAA0831

223746_at 6,9 8,6 13,7 12,2 9,7 15,2 19,0 16,1 0,8377 STK4 serine/threonine

kinase 4

227762_at 368,6 238,4 279,4 318,2 592,2 493,9 636,5 612,7 0,8376 --- ---

235901_at 31,9 79,9 38,3 65,0 85,5 82,4 122,1 107,1 0,8375 --- ---

1557452_at

13,0 10,6 19,6 5,5 23,4 38,3 39,2 37,3 0,8375 --- ---

216215_s_at 679,0 685,0 964,5 908,5 814,2 985,0 947,4

1161,8

0,8373 RBM9 RNA binding motif

protein 9

208685_x_at 344,6 311,9 301,8 344,3 404,1 425,3 487,5 423,2 0,8372 BRD2

bromodomain containing 2

202016_at 289,9 614,4 959,4 939,7 1271,

1 1114,

4 3627,

1 2615,

6 0,8366 MEST

mesoderm specific transcript homolog

(mouse)

220241_at 46,3 35,2 51,6 55,4 61,4 62,5 59,5 63,3 0,8366 TMCO3 transmembrane and coiled-coil domains

3

224904_at 168,7 222,8 185,0 197,4 299,7 253,6 308,1 287,5 0,8365 PDPR

pyruvate dehydrogenase

phosphatase regulatory subunit

229741_at 73,4 153,4 89,0 110,3 141,4 162,3 194,5 196,0 0,8363 MGC326

0 Hypothetical LOC78993

225790_at 112,4 95,0 112,9 127,6 142,8 155,5 131,9 152,4 0,8363 MSRB3 methionine sulfoxide

reductase B3

239129_at 5,6 4,9 1,3 7,5 17,0 13,4 20,2 16,0 0,8356 --- ---

227929_at 20,2 101,8 65,9 102,9 136,6 100,2 123,9 168,7 0,8352 --- ---

242859_at 21,9 16,8 19,5 11,8 28,9 40,7 68,9 57,8 0,8349 --- ---

216080_s_at 171,9 252,1 304,2 441,8 278,5 376,8 413,1 480,0 0,8347 FADS3

fatty acid desaturase 3

217892_s_at 1096,6 1597,3

1377,1

1619,2

1783,6

1507,1

2519,4

2255,7

0,8346 LIMA1 LIM domain and actin binding 1

238281_at 9,1 12,9 17,8 17,1 25,8 13,0 37,3 47,4 0,8346 --- ---

232974_at 12,1 23,4 22,2 24,8 32,0 25,1 32,1 30,8 0,8343 --- ---

209409_at 241,3 378,4 285,1 387,5 408,4 469,9 479,7 430,3 0,8342 GRB10 growth factor

receptor-bound protein 10

204066_s_at 136,3 140,5 143,7 161,9 167,5 173,4 186,4 161,4 0,8341 CENTG2 centaurin, gamma 2

239153_at 11,1 39,2 16,4 20,2 33,3 37,6 72,7 77,0 0,8341 FLJ4174

7


AK123741

235959_at 15,9 15,1 18,5 19,0 19,1 33,6 28,1 27,8 0,8341 --- ---

233480_at 51,6 75,2 49,2 70,1 87,4 70,9 99,6 109,4 0,8340 TMEM43 Transmembrane protein 43

239336_at 109,1 240,7 178,7 210,3 229,1 217,5 503,3 509,7 0,8339 THBS1 Thrombospondin 1

225228_at 105,4 124,7 123,3 161,2 197,9 232,6 175,4 198,6 0,8338 TMEM77 transmembrane protein 77


154

221869_at 41,0 47,6 40,0 43,6 48,3 56,3 75,8 64,8 0,8336 ZNF512

B zinc finger protein

512B

220132_s_at 7,5 5,6 9,1 12,7 12,5 21,9 21,4 15,5 0,8330 CLEC2D

C-type lectin domain family 2, member D

224659_at 123,3 297,8 202,6 246,6 280,0 294,9 322,1 386,5 0,8328 SEPN1 selenoprotein N, 1

236617_at 5,4 8,0 6,8 3,7 19,3 12,9 35,9 29,6 0,8325 --- ---

227361_at 53,2 52,8 22,3 51,9 90,9 89,3 90,6 143,8 0,8325 HS3ST3

B1

heparan sulfate (glucosamine) 3-O-

sulfotransferase 3B1

203896_s_at 3,0 14,1 6,8 14,2 6,7 17,8 23,3 32,4 0,8324 PLCB4

phospholipase C, beta 4

233241_at 8,8 3,4 12,9 10,2 23,1 25,1 32,4 20,9 0,8323 C20orf1

9


19

200779_at 2536,8 2447,1 2556,

8 3135,

8 3307,

1 3276,

3 3892,

9 3196,

1 0,8323 ATF4

activating transcription factor 4

(tax-responsive enhancer element

B67)

205934_at 13,3 23,2 31,0 41,8 40,0 55,1 51,0 40,0 0,8318 PLCL1 phospholipase C-like

1

240869_at 26,9 64,7 114,5 77,2 92,3 95,2 123,2 213,7 0,8318 --- ---

224833_at 378,8 305,6 204,4 363,4 607,9 581,0 659,7 641,3 0,8311 ETS1

v-ets erythroblastosis

virus E26 oncogene homolog 1 (avian)

240485_at 5,1 6,3 15,7 20,6 15,6 21,8 19,7 20,2 0,8310 --- ---

202998_s_at 1612,8 1490,3

2208,9

2826,5

2951,1

2693,9

3502,4

2745,1

0,8305 LOXL2

/// ENTPD4

lysyl oxidase-like 2 /// ectonucleoside

triphosphate diphosphohydrolase

4

224882_at 20,3 42,4 61,6 52,8 72,0 88,0 98,5 67,5 0,8304 ACSS1 acyl-CoA synthetase

short-chain family member 1

228111_s_at 9,6 7,6 12,1 19,3 22,8 26,3 20,8 21,2 0,8303 DNAH1

dynein, axonemal, heavy chain 1

1558922_at

18,9 10,5 17,7 12,5 21,2 26,7 35,6 32,5 0,8303 --- ---

243636_s_at

10,0 10,7 13,7 24,9 31,7 22,0 33,9 26,8 0,8302 --- ---

239234_at 11,9 13,5 7,3 24,8 19,1 24,9 33,6 26,8 0,8300 --- ---

240908_at 17,3 22,7 15,7 16,1 30,5 30,5 48,1 38,2 0,8299 --- ---

213375_s_at 27,3 31,6 33,7 41,2 50,4 47,2 68,2 47,0 0,8294

N4BP2L1

NEDD4 binding protein 2-like 1

1556212_x_at

11,1 12,2 11,7 15,2 16,9 12,0 20,0 21,8 0,8293 --- ---

212741_at 897,1 1357,8 969,1 1623,

4 1582,

8 2080,

5 1684,

2 1873,

7 0,8292 MAOA

monoamine oxidase A

230808_at 16,7 13,4 20,8 15,8 25,2 20,1 26,7 28,1 0,8288 FNTA farnesyltransferase,

CAAX box, alpha

207373_at 5,8 5,3 21,5 33,5 29,8 39,4 31,1 32,7 0,8286 HOXD10 homeobox D10

222336_at 11,9 19,0 15,3 21,9 34,4 27,5 26,6 31,2 0,8283 C4orf34 chromosome 4 open

reading frame 34

1563721_at

0,2 0,4 3,0 1,4 2,2 2,9 2,5 4,1 0,8276 --- ---

224318_s_at 230,5 314,4 275,6 401,4 462,1 401,9 439,7 417,4 0,8274

KIAA1310

KIAA1310

1565863_at 11,8 13,9 27,1 14,5 20,1 23,7 31,3 45,4 0,8274 --- ---


155

210300_at 21,9 19,2 26,2 39,4 30,1 69,8 63,1 51,3 0,8272 REM1 RAS (RAD and GEM)-like GTP-

binding 1

213590_at 45,8 54,8 62,0 88,3 87,7 103,0 99,6 82,1 0,8271

SLC16A5 ///

LOC100133772

solute carrier family 16, member 5

(monocarboxylic acid transporter 6) ///

similar to MCT

207953_at 22,8 24,5 31,0 31,3 41,0 29,3 38,7 40,7 0,8270 RP5-

886K2.1 neuronal thread

protein AD7c-NTP

232420_x_at 61,6 103,0 64,7 74,3 112,7 106,6 177,7 153,5 0,8270

LOC286260


244490_at 13,4 4,6 4,1 10,4 24,7 34,9 52,4 33,4 0,8261 --- ---

205609_at 811,0 1054,9 663,0 1023,

1 1536,

5 1552,

8 1887,

6 1476,

8 0,8257 ANGPT1 angiopoietin 1

237750_at 3,1 2,1 3,7 9,5 12,0 7,8 12,8 10,3 0,8257 XPNPEP

3

X-prolyl aminopeptidase

(aminopeptidase P) 3, putative

1558702_at

12,8 15,1 13,9 19,0 21,5 15,3 42,4 44,5 0,8255 TEX10 Testis expressed 10

242245_at 14,4 17,5 22,1 24,5 31,2 18,6 40,2 37,1 0,8254 --- ---

222909_s_at 26,0 28,4 38,5 40,5 44,2 30,8 51,4 65,1 0,8253 BAG4

BCL2-associated athanogene 4

220786_s_at 21,8 13,5 11,0 21,9 19,0 62,3 49,6 98,8 0,8249

SLC38A4


222334_at 2,9 3,4 6,5 4,9 8,3 6,1 11,6 22,2 0,8248 --- ---

235508_at 40,8 48,9 41,6 38,6 67,0 51,3 75,3 79,7 0,8246 PML promyelocytic

leukemia

212580_at 27,1 17,5 24,1 18,8 33,7 40,1 37,7 43,7 0,8245 ERAP1 Endoplasmic

reticulum aminopeptidase 1

1558028_x_at

62,9 37,9 39,8 61,1 78,3 72,2 88,0 132,4 0,8245 --- ---

203184_at 496,0 622,9 617,8 839,3 476,4 1036,

0 2543,

2 2723,

8 0,8240 FBN2

fibrillin 2 (congenital contractural

arachnodactyly)

239561_at 20,0 20,6 13,0 31,5 53,8 37,5 56,2 47,1 0,8238 --- ---

230915_at 3,0 2,1 4,1 4,5 4,7 6,8 8,4 5,5 0,8237 DHRS7

C

dehydrogenase/reductase (SDR family)

member 7C

215095_at 24,9 29,3 24,8 33,5 36,4 40,7 45,9 35,7 0,8234 ESD Esterase

D/formylglutathione hydrolase

225806_at 125,4 202,1 101,8 158,0 204,3 199,8 403,4 395,7 0,8233 JUB jub, ajuba homolog

(Xenopus laevis)

202720_at 432,7 938,3 744,7 753,5 872,9 858,5 1326,

9 1225,

3 0,8230 TES

testis derived transcript (3 LIM

domains)

217253_at 49,6 41,4 30,2 32,0 64,9 64,7 88,8 95,3 0,8226 SH3BP2 SH3-domain binding

protein 2

201398_s_at 2752,6 3346,4

2699,5

3528,8

3797,3

3814,3

4453,9

3811,3

0,8226

TRAM1 ///

LOC100130862

translocation associated

membrane protein 1 /// PRO1292

208335_s_at 3,3 3,2 5,4 4,6 31,4 22,1 57,8 33,2 0,8226 DARC

Duffy blood group, chemokine receptor

203766_s_at 16,8 48,1 8,8 50,7 84,9 94,0 78,6 85,0 0,8225 LMOD1

leiomodin 1 (smooth muscle)


156

212573_at 149,4 255,2 317,7 351,8 257,9 356,7 351,1 403,2 0,8225 ENDOD

1 endonuclease

domain containing 1

AFFX-HUMRGE/M10098_5

_at

47,1 126,3 48,3 211,6 265,0 188,3 422,6 277,0 0,8225 --- ---

208614_s_at 159,0 302,3 301,6 333,6 328,6 280,5 427,0 419,0 0,8225 FLNB

filamin B, beta (actin binding protein 278)

236692_at 34,4 19,4 23,6 23,3 42,3 50,6 51,0 54,4 0,8223 LOC729


205883_at 360,0 419,6 298,5 361,9 697,8 640,4 902,7 687,9 0,8218 ZBTB16 zinc finger and BTB domain containing

16

214757_at 24,3 14,6 28,8 43,4 33,4 43,7 42,3 43,7 0,8216 PMS2L2 postmeiotic segregation

increased 2-like 2

208022_s_at 52,8 52,2 54,0 42,8 79,4 70,0 148,1 131,1 0,8215

CDC14B ///

CDC14C

CDC14 cell division cycle 14 homolog B

(S. cerevisiae)

236450_at 3,1 2,3 3,9 6,6 6,2 4,7 11,7 8,7 0,8210 --- ---

AFFX-HUMISGF3A/M97935_MB_at

220,9 208,3 284,8 291,8 263,4 307,8 278,7 336,5 0,8210 STAT1

signal transducer and activator of transcription 1,

91kDa

228465_at 27,1 33,4 47,2 64,4 75,4 45,0 76,5 76,7 0,8206 --- ---

1558390_at 5,3 1,1 3,2 5,4 4,3 10,0 8,9 11,0 0,8205 ZNF599


225220_at 745,6 1003,9 642,6 982,7 1305,

7 1436,

2 1352,

6 1305,

7 0,8204 SNHG8

small nucleolar RNA host gene (non-

protein coding) 8

209439_s_at 57,1 63,7 44,0 75,4 87,7 112,9 84,6 106,5 0,8200 PHKA2

phosphorylase kinase, alpha 2 (liver)

234994_at 159,7 90,9 83,2 127,6 179,0 168,9 287,5 347,0 0,8196 TMEM20

0A transmembrane

protein 200A

233914_s_at 27,4 33,6 34,4 31,5 35,1 49,5 95,9 75,6 0,8196 SBF2 SET binding factor 2

235482_at 31,0 63,5 40,6 54,8 72,3 85,8 107,4 76,9 0,8195 LOC400

960


BC040598

201064_s_at 963,0 1311,1

1019,8

1378,8

1171,5

1628,1

1502,0

1637,9

0,8194 PABPC4 poly(A) binding

protein, cytoplasmic 4 (inducible form)

226978_at 45,7 72,4 74,1 110,6 89,5 113,4 106,7 102,4 0,8191 PPARA peroxisome

proliferator-activated receptor alpha

223253_at 863,6 974,0 914,5 999,6 1289,

7 1101,

9 2043,

7 1642,

4 0,8191 EPDR1

ependymin related protein 1 (zebrafish)

205608_s_at 544,4 342,4 334,0 651,2

1200,1

1199,3

1196,6

1034,5

0,8188 ANGPT1 angiopoietin 1

231235_at 4,8 7,0 9,4 0,9 25,9 28,1 33,8 24,5 0,8185 NKTR natural killer-tumor

recognition sequence

224818_at 140,5 164,5 241,6 181,8 214,2 243,4 310,7 250,5 0,8184 SORT1 sortilin 1


157

65472_at 33,1 30,6 18,5 32,1 42,1 41,4 56,8 54,4 0,8183 LOC388


231860_at 9,9 10,5 13,1 14,3 15,9 14,5 13,3 16,6 0,8181 BRWD1 bromodomain and WD repeat domain

containing 1

239432_at 39,0 17,6 31,9 24,6 52,6 49,5 61,8 65,9 0,8180 FLJ3130


FLJ31306

201926_s_at 148,1 186,5 129,9 128,4 240,8 206,6 279,8 293,5 0,8177 CD55

CD55 molecule, decay accelerating

factor for complement (Cromer

blood group)

1559739_at 9,0 11,5 10,0 9,0 17,7 16,7 15,5 17,5 0,8176 CHPT1

Choline phosphotransferase

1

AFFX-HUMRGE/M10098_M

_at

52,4 135,6 84,1 163,6 238,7 151,9 413,4 284,3 0,8176 --- ---

205992_s_at 39,8 182,3 117,0 143,2 186,2 137,5 253,2 283,0 0,8175 IL15 interleukin 15

207876_s_at 38,6 80,7 103,9 126,2 103,2 79,7 149,8 177,2 0,8172 FLNC

filamin C, gamma (actin binding protein 280)

241336_at 14,5 16,0 21,4 29,1 41,0 49,0 37,8 35,1 0,8172 --- ---

207776_s_at 15,8 18,3 46,7 49,0 121,4 104,5 107,9 82,4 0,8171

CACNB2

calcium channel, voltage-dependent,

beta 2 subunit

221071_at 11,7 13,6 17,4 17,0 24,2 32,9 30,9 22,8 0,8167 --- ---

210224_at 113,2 124,0 133,7 139,4 124,0 133,7 159,2 149,4 0,8167 MR1

major histocompatibility complex, class I-

related

233614_at 15,5 12,7 21,0 10,5 31,4 20,4 45,0 44,3 0,8167 --- ---

212208_at 120,9 119,7 153,5 136,1 227,4 183,7 237,1 196,3 0,8164 MED13L mediator complex

subunit 13-like

216173_at 6,9 9,4 11,3 2,2 16,2 14,6 21,9 24,8 0,8163 --- ---

225551_at 61,0 67,3 65,1 77,4 74,6 66,9 87,0 108,2 0,8159 C1orf71 chromosome 1 open

reading frame 71

1556606_at

11,7 64,3 47,0 20,6 99,8 91,4 86,9 119,8 0,8159 NAV2 neuron navigator 2

241949_at 1,0 0,8 3,9 4,4 4,8 6,3 3,6 6,4 0,8156 ACOT6 acyl-CoA

thioesterase 6

226876_at 204,7 149,3 175,7 208,7 221,4 228,0 319,9 272,6 0,8152 FAM101

B

family with sequence similarity 101,

member B

1553117_a_at 103,9 64,7 92,5 102,7 104,9 116,3 125,3 167,0 0,8152 STK38

serine/threonine kinase 38

222834_s_at 163,9 219,8 192,0 179,7 222,9 260,1 226,2 294,0 0,8150 GNG12

guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 12

238553_at 9,2 7,5 5,9 8,3 11,3 11,9 12,8 12,9 0,8150

CTGLF1 ///

BMS1P5 ///

CTGLF6 ///

CTGLF7

centaurin, gamma-like family, member 1 /// BMS1 pseudogene

5 /// centaurin, gamma-like family,

member 6 /// centaurin, gamma-

like family, member 7


158

216115_at 29,4 18,2 28,4 33,4 32,8 35,3 43,5 38,5 0,8144 NF1

Neurofibromin 1 (neurofibromatosis, von Recklinghausen

disease, Watson disease)

219252_s_at 50,3 69,7 36,0 82,3 86,4 107,3 113,7 95,3 0,8143 GEMIN8

gem (nuclear organelle)


1566446_at 12,1 7,3 11,8 13,6 20,7 17,2 16,3 30,6 0,8143 --- ---

205128_x_at 270,9 309,0 480,2 388,4 543,6 325,1 768,6 867,8 0,8141 PTGS1

prostaglandin-endoperoxide

synthase 1 (prostaglandin G/H

synthase and cyclooxygenase)

228456_s_at 122,1 157,0 131,7 196,6 203,6 214,1 200,5 196,6 0,8136

LOC149832


206140_at 7,8 2,2 4,4 6,9 24,6 34,2 23,8 25,5 0,8136 LHX2 LIM homeobox 2

242797_x_at

11,2 8,5 10,1 22,5 26,2 20,5 19,2 30,6 0,8136 --- ---

1554447_at 30,0 33,7 20,0 35,5 32,3 42,5 52,6 51,2 0,8133

LOC554203

hypothetical LOC554203

212012_at 867,1 1523,5 1482,

6 2048,

0 1447,

5 2019,

1 2493,

8 2047,

1 0,8129 PXDN

peroxidasin homolog (Drosophila)

243031_at 14,4 10,0 9,2 22,1 14,9 19,8 40,9 34,7 0,8127 --- ---

213353_at 73,3 64,3 62,8 99,1 89,5 104,8 109,3 97,8 0,8126 ABCA5 ATP-binding

cassette, sub-family A (ABC1), member 5

209006_s_at 178,7 125,5 80,5 79,3 258,3 232,2 394,9 431,1 0,8125 C1orf63


202085_at 222,0 239,9 161,7 186,2 301,0 295,3 493,9 728,9 0,8120 TJP2 tight junction protein 2 (zona occludens 2)

225688_s_at 159,5 271,1 122,5 173,4 461,0 334,2 574,0 483,7 0,8120 PHLDB2

pleckstrin homology-like domain, family

B, member 2 221010_s_at 4,6 4,7 20,6 15,6 17,1 27,0 20,7 22,6 0,8118 SIRT5

sirtuin (silent mating type information

regulation 2 homolog) 5 (S.

cerevisiae) 228326_at 32,9 46,6 34,2 47,0 46,4 53,2 57,4 51,6 0,8118 WDR27

WD repeat domain 27

239034_at 25,2 28,2 16,0 30,1 36,9 31,8 43,5 43,8 0,8113 CXorf24 chromosome X open

reading frame 24

204036_at 1275,1 1943,0 1376,

9 2169,

7 2248,

4 2096,

9 2402,

0 2329,

4 0,8112 LPAR1

lysophosphatidic acid receptor 1

235077_at 36,1 53,7 36,3 32,5 83,2 49,9 146,0 184,2 0,8108 MEG3 maternally

expressed 3

204460_s_at 169,4 162,4 186,9 230,0 195,4 238,1 202,5 260,7 0,8107 RAD1

RAD1 homolog (S. pombe)

230782_at 16,2 19,6 24,9 26,4 29,8 34,3 32,8 26,8 0,8106 SORD sorbitol

dehydrogenase

214752_x_at 675,7 985,0

1297,0

1287,7

1076,1

1496,5

1365,2

1435,6


37170_at 13,4 14,9 14,7 16,2 18,9 14,3 20,8 21,2 0,8104 BMP2K BMP2 inducible

kinase

238563_at 27,9 26,0 32,9 39,1 32,1 31,1 51,0 65,4 0,8104 --- ---


159

243659_at 59,9 11,3 51,2 21,5 133,0 97,5 160,3 145,1 0,8102 --- ---

226736_at 397,8 235,9 393,4 409,4 718,1 582,6 662,2 637,5 0,8099 CHURC

1 churchill domain

containing 1

235706_at 145,5 755,9 896,9 811,8 722,8 873,1 1156,

3 1115,

2 0,8093 CPM carboxypeptidase M

231262_at 23,9 35,6 59,6 63,3 44,9 80,9 82,3 66,8 0,8090 --- ---

205705_at 16,9 16,3 15,1 22,4 28,6 23,5 22,7 29,5 0,8087 ANKRD

26 ankyrin repeat

domain 26

232722_at 8,5 6,4 12,3 20,0 20,8 18,0 18,7 19,5 0,8086

RNASET2 ///

LOC100131869

ribonuclease T2 /// hypothetical protein

LOC100131869

209288_s_at 148,9 292,4 183,3 275,4 312,0 259,1 347,0 527,1 0,8085

CDC42EP3


binding) 3

233518_at 35,4 23,2 10,6 24,2 58,8 48,9 59,0 83,9 0,8082 --- ---

1557814_a_at

41,7 50,1 61,4 92,2 113,2 130,2 119,0 91,2 0,8081 --- ---

239847_at 10,6 16,1 13,7 10,6 18,9 24,2 34,8 24,5 0,8080 --- ---

204818_at 6,1 9,2 37,6 17,3 15,8 25,6 57,4 60,4 0,8079 HSD17B

2

hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase

2

215435_at 12,3 15,3 12,6 16,4 14,2 19,4 47,2 42,4 0,8078 --- ---

219935_at 777,5 960,8 565,1 833,1 1076,

3 1019,

9 2308,

5 2164,

4 0,8071

ADAMTS5


with thrombospondin

type 1 motif, 5 (aggrecanase-2)

206986_at 8,7 11,5 8,4 14,2 11,5 16,0 15,8 14,7 0,8067 FGF18 fibroblast growth

factor 18

1560288_ at 1,7 1,5 4,1 1,9 13,3 10,6 11,6 9,7 0,8065 --- ---

213422_s_at 1694,9 2251,3

2441,8

2422,0

2712,1

3307,6

3199,0

2647,4

0,8065 MXRA8 matrix-remodelling

associated 8

242722_at 124,6 130,3 145,2 289,3 217,3 291,8 333,2 803,7 0,8062 LMO7 LIM domain 7

239476_at 31,2 42,2 22,1 24,0 51,3 46,1 85,7 82,9 0,8061 --- ---

221590_s_at 38,4 50,7 77,6 62,5 91,1 87,1 87,5 80,1 0,8057 --- ---

202323_s_at 155,6 137,3 114,8 183,2 198,9 159,6 224,3 253,4 0,8055 ACBD3

acyl-Coenzyme A binding domain

containing 3

204028_s_at

306,3 511,7 330,3 475,4 587,8 658,1 1221,7

813,8 0,8054 RABGAP1

RAB GTPase activating protein 1

242608_x_at 135,9 165,5 189,9 142,2 203,3 202,0 198,8 218,8 0,8053

C14orf44

Chromosome 14 open reading frame

44

232796_at 11,7 12,2 10,6 17,6 22,8 45,9 36,4 29,6 0,8047 --- ---

242829_x_at 20,2 26,4 33,0 10,1 32,4 50,4 70,1 58,4 0,8047 FBXL3

F-box and leucine-rich repeat protein 3

236484_at 20,2 17,9 16,2 26,1 23,6 41,4 30,3 35,9 0,8047 --- ---

224922_at 202,6 225,8 168,3 181,8 215,7 285,5 289,9 323,9 0,8046 CSNK2

A2

casein kinase 2, alpha prime polypeptide

217795_s_at 712,7 813,3 617,1 743,5 805,8 862,8 916,8 990,7 0,8043 TMEM43

transmembrane protein 43

222312_s_at 18,2 31,0 44,1 24,9 37,9 42,5 48,2 49,1 0,8036 --- ---

1557905_s_at 379,3 300,5 442,6 533,8 499,3 582,4 497,7 559,6 0,8035 CD44

CD44 molecule (Indian blood group)


160

235045_at 48,6 56,1 47,6 52,9 49,2 65,1 65,4 68,3 0,8034 RBM7 RNA binding motif

protein 7

215780_s_at 216,5 259,9 166,4 308,6 238,5 280,6 405,1 435,0 0,8033

SET /// hCG_1644608

SET nuclear oncogene /// SET

translocation (myeloid leukemia-

associated) pseudogene

225913_at 307,7 674,4 559,4 544,7 716,7 625,9 983,5 827,3 0,8033 SGK269 NKF3 kinase family

member

225241_at 635,2 658,3 735,7 1220,

0 1386,

9 1582,

2 2180,

2 1250,

5 0,8033 CCDC80

coiled-coil domain containing 80

216493_s_at 2,1 4,4 4,9 12,9 4,8 17,1 15,6 13,3 0,8033

IGF2BP3 ///

LOC645468


binding protein 3

228647_at 44,8 61,9 74,0 86,8 79,3 86,5 105,3 80,5 0,8027 LOC100049716


222576_s_at 49,7 36,7 50,1 54,5 53,3 64,2 71,5 60,3 0,8027 EIF2C1

eukaryotic translation initiation

factor 2C, 1

222380_s_at 38,3 62,9 55,1 70,5 115,0 56,3 139,0 126,2 0,8023 PDCD6

Aryl-hydrocarbon receptor repressor

204063_s_at 48,3 50,7 54,3 49,6 61,0 73,0 66,4 62,5 0,8023 ULK2

unc-51-like kinase 2 (C. elegans)

243158_at 22,2 35,1 36,8 35,8 39,7 33,5 48,8 44,4 0,8022 --- ---

229622_at 202,1 238,4 281,6 242,3 445,5 278,1 779,5 613,7 0,8021 FAM132

B


member B

1566798_at 1,9 1,1 3,0 3,1 2,5 10,3 6,5 8,0 0,8021

SLC35E1

solute carrier family 35, member E1

219654_at 148,2 133,0 114,2 144,1 174,0 168,3 303,3 448,4 0,8018 PTPLA

protein tyrosine phosphatase-like (proline instead of catalytic arginine),

member A

226995_at 118,5 151,1 129,1 128,9 230,3 213,1 186,0 226,2 0,8018 C21orf8

6


86

205871_at 7,3 13,4 5,2 12,3 14,3 16,1 35,8 25,6 0,8016

PLGLB2 ///

PLGLB1 ///

PLGLA ///

LOC100134363

/// LOC100134366

plasminogen-like B2 /// plasminogen-like B1 /// plasminogen-

like A /// hypothetical protein

LOC100134363 /// hypothetical protein

LOC100134366

202975_s_at 732,6 380,1 357,5 649,3

1066,4

889,9 1301,

6 1162,

0 0,8016

RHOBTB3

Rho-related BTB domain containing 3

211986_at 1518,2 1536,4 1919,

4 1770,

9 1701,

4 1662,

0 2488,

1 2664,

3 0,8015 AHNAK

AHNAK nucleoprotein


161

212200_at 143,7 155,6 164,7 178,4 168,3 169,9 178,9 173,1 0,8015 ANKLE2 ankyrin repeat and

LEM domain containing 2

239227_at 26,6 25,8 24,8 29,8 28,4 31,6 56,6 48,2 0,8013 --- ---

1552735_at 19,4 9,3 18,5 16,0 63,2 37,6 99,5 65,1 0,8012

PCDHGA4

protocadherin gamma subfamily A,

4

235660_at 30,8 31,1 18,9 39,7 34,7 44,7 51,1 47,8 0,8009 --- ---

235490_at 4,0 2,6 2,7 5,6 5,2 10,5 13,6 8,2 0,8007 TMEM10

7 transmembrane

protein 107

1552514_at 4,8 5,1 7,2 4,9 7,1 8,0 9,8 7,7 0,8007

WBP2NL

WBP2 N-terminal like

201349_at 266,9 405,1 359,1 434,5 503,0 420,8 448,0 506,0 0,8003 SLC9A3

R1

solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), member

3 regulator 1

1552774_a_at 9,4 20,0 8,6 12,0 33,1 20,8 39,6 35,2 0,8003

SLC25A27


242671_at 38,6 40,6 11,2 7,5 65,1 62,7 134,2 136,4 0,8001 --- ---

210117_at 64,3 74,4 57,2 38,2 26,6 39,8 37,6 34,3 -0,8005 SPAG1 sperm associated

antigen 1

221620_s_at

269,9 227,3 182,8 196,0 173,8 161,6 149,4 185,8 -0,8007 APOO apolipoprotein O

235471_at 106,7 99,1 128,9 85,2 64,2 82,7 66,3 58,1 -0,8008 C10orf7

2


72

228740_at 35,6 30,6 30,3 22,3 25,3 30,5 23,1 13,9 -0,8010 --- ---

202886_s_at 179,7 109,4 145,3 119,6 101,0 86,8 74,8 99,5 -0,8010

PPP2R1B

protein phosphatase 2 (formerly 2A),

regulatory subunit A, beta isoform

235197_s_at 85,3 103,1 68,9 83,1 59,5 38,7 64,1 45,4 -0,8013 OSTM1

osteopetrosis associated

transmembrane protein 1

203980_at 5411,0 3398,7 6715,

7 3056,

7 4782,

0 873,9 525,3 144,5 -0,8013 FABP4

fatty acid binding protein 4, adipocyte

219295_s_at 2017,4 1263,1 950,4 930,7 942,9 493,2 828,7 717,3 -0,8015

PCOLCE2

procollagen C-endopeptidase

enhancer 2

209276_s_at 2414,8 1918,4

1594,4

2190,4

1954,6

1694,0

1348,5

1184,7

-0,8017 GLRX glutaredoxin

(thioltransferase)

204784_s_at 95,1 74,5 84,9 65,3 73,3 55,9 62,3 64,4 -0,8023 MLF1

myeloid leukemia factor 1

225599_s_at 341,5 278,1 251,6 295,2 271,7 258,4 237,9 230,9 -0,8024

LOC286144

hypothetical LOC286144

214085_x_at 1334,0 1632,7 831,1

1075,9

519,8 525,9 482,6 698,0 -0,8027 GLIPR1 GLI pathogenesis-related 1 (glioma)

212813_at 572,0 599,6 681,5 622,4 418,2 356,6 437,9 344,9 -0,8033 JAM3 /// LOC100133502

junctional adhesion molecule 3 ///



162

219155_at 442,8 356,9 187,6 232,7 133,3 171,4 199,6 144,9 -0,8037 PITPNC

1

phosphatidylinositol transfer protein, cytoplasmic 1

209242_at 49,4 22,4 13,8 17,9 15,0 13,6 4,1 8,7 -0,8041 PEG3 paternally expressed

3

203880_at 543,1 348,4 232,7 254,3 230,7 188,4 177,4 210,8 -0,8041 COX17

COX17 cytochrome c oxidase assembly

homolog (S. cerevisiae)

219686_at 61,6 42,3 45,3 55,9 30,3 12,7 34,3 16,1 -0,8041 STK32B serine/threonine

kinase 32B

209849_s_at 183,1 154,1 124,8 154,7 119,4 121,8 120,2 119,0 -0,8054 RAD51C

RAD51 homolog C (S. cerevisiae)

205913_at 359,0 153,0 323,0 285,8 267,5 86,0 26,8 9,4 -0,8060 PLIN perilipin

226712_at 274,9 254,3 250,1 206,7 206,8 243,1 191,5 202,4 -0,8064 SSR1 signal sequence receptor, alpha

218508_at 143,0 127,0 161,3 123,3 134,2 108,4 106,3 86,6 -0,8071 DCP1A DCP1 decapping

enzyme homolog A (S. cerevisiae)

230925_at 228,9 248,9 181,5 141,1 244,4 132,1 111,5 70,6 -0,8071 APBB1I

P

amyloid beta (A4) precursor protein-

binding,

235333_at 118,2 87,6 83,2 34,6 39,6 46,2 45,5 44,2 -0,8077 B4GALT

6

UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,4-

galactosyltransferase, polypeptide 6

225784_s_at 73,8 73,8 43,8 71,5 54,5 30,0 24,0 37,6 -0,8077

KIAA1166

KIAA1166

206697_s_at 639,9 169,9 306,1 73,3 153,6 56,4 30,5 5,4 -0,8077 HP haptoglobin

220266_s_at 50,8 38,0 38,7 42,0 35,3 39,2 30,7 31,6 -0,8081 KLF4

Kruppel-like factor 4 (gut)

225502_at 52,9 31,2 24,6 16,1 13,8 21,6 9,6 15,2 -0,8081 DOCK8 dedicator of

cytokinesis 8

204222_s_at 793,0 547,4 699,0 749,5 364,1 405,5 265,1 380,5 -0,8091 GLIPR1

GLI pathogenesis-related 1 (glioma)

203572_s_at 278,2 315,6 325,7 290,2 254,7 244,1 220,8 234,2 -0,8093 TAF6

TAF6 RNA polymerase II, TATA box binding protein

(TBP)-associated factor, 80kDa

202283_at 1114,1 785,2 311,5 393,4 528,3 463,6 279,5 167,1 -0,8094 SERPIN

F1

serpin peptidase inhibitor, clade F

(alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium

derived factor), member 1

200699_at 2355,0 2497,5 2183,

0 2425,

0 1964,

4 2175,

9 1928,

5 1916,

5 -0,8106 KDELR2

KDEL (Lys-Asp-Glu-Leu) endoplasmic reticulum protein

retention receptor 2


163

207551_s_at 209,7 204,7 184,0 189,1 141,4 161,7 140,1 166,3 -0,8118 MSL3L1

male-specific lethal 3-like 1 (Drosophila)

33307_at 151,0 115,9 94,3 105,6 84,8 63,1 73,3 88,5 -0,8120 CTA-

126B4.3 CGI-96 protein

214875_x_at 714,4 538,3 433,5 530,1 482,3 494,1 268,9 364,3 -0,8121 APLP2

amyloid beta (A4) precursor-like

protein 2

220495_s_at 930,1 1062,2 933,7 818,8 721,6 622,9 719,0 743,0 -0,8123

TXNDC15

thioredoxin domain containing 15

218922_s_at 11,0 7,5 5,9 3,4 5,4 4,3 2,4 4,3 -0,8127 LASS4

LAG1 homolog, ceramide synthase 4

244276_at 115,6 68,8 128,2 32,8 75,9 25,4 15,2 11,1 -0,8132 KLB klotho beta

235092_at 40,8 34,4 19,5 28,1 24,6 20,2 16,6 20,4 -0,8137 --- ---

206941_x_at 43,8 35,6 16,1 19,8 17,9 27,2 5,2 8,9 -0,8138

SEMA3E

sema domain

213285_at 181,2 119,0 94,8 91,4 92,5 81,4 94,1 63,0 -0,8138 TMEM30

B transmembrane

protein 30B

203679_at 259,3 300,5 244,7 254,4 224,0 195,4 209,1 214,7 -0,8140 TMED1

transmembrane emp24 protein

transport domain containing 1

222531_s_at 366,9 292,6 345,8 315,8 295,5 308,7 265,3 254,4 -0,8143

C14orf108


108

209302_at 673,8 494,8 374,6 371,6 386,8 362,6 363,1 306,4 -0,8144 POLR2H polymerase (RNA) II

(DNA directed) polypeptide H

202966_at 24,5 11,6 19,9 16,6 13,9 7,1 5,2 8,3 -0,8145 CAPN6 calpain 6

227474_at 242,9 281,3 177,9 224,0 156,4 139,6 161,4 148,9 -0,8149 LOC654

433 Hypothetical LOC654433

231775_at 51,8 48,2 36,7 51,0 34,3 30,3 28,5 32,5 -0,8165 TNFRSF

10A

tumor necrosis factor receptor

superfamily, member 10a

238821_at 32,3 28,3 23,5 24,0 25,5 24,2 16,6 21,8 -0,8171 CSTF2 Cleavage stimulation

factor, 3' pre-RNA, subunit 2, 64kDa

203662_s_at 16,9 16,3 15,6 13,7 11,0 13,2 13,5 4,8 -0,8171 TMOD1 tropomodulin 1

200795_at 42,2 24,3 31,9 5,3 16,8 14,7 4,9 7,9 -0,8182 SPARC

L1 SPARC-like 1 (mast9,

hevin)

220647_s_at 360,4 299,4 275,4 342,1 239,5 278,4 193,6 215,0 -0,8188

CHCHD8

coiled-coil-helix-coiled-coil-helix

domain containing 8

212953_x_at 2146,4 2179,0

2739,5

1833,8

1999,6

1806,6

1112,0

964,3 -0,8190 CALR calreticulin

203800_s_at 667,3 594,2 548,6 377,2 493,6 367,7 421,5 411,4 -0,8196 MRPS14

mitochondrial ribosomal protein

S14

211564_s_at 266,5 301,7 251,7 263,4 197,6 229,2 187,2 209,4 -0,8203 PDLIM4

PDZ and LIM domain 4


164

205282_at 137,5 175,7 87,8 88,2 73,4 56,7 45,4 70,5 -0,8207 LRP8

low density lipoprotein receptor-

related protein 8, apolipoprotein e

receptor

203382_s_at 481,9 331,6 195,0 137,1 256,2 235,2 110,7 68,3 -0,8217 APOE apolipoprotein E

209173_at 68,0 90,8 48,4 23,3 5,6 4,8 10,6 17,5 -0,8221 AGR2 anterior gradient

homolog 2 (Xenopus laevis)

204813_at 110,3 96,9 113,0 86,7 96,6 97,3 60,8 39,7 -0,8248 MAPK10 mitogen-activated protein kinase 10

217736_s_at 1018,9 757,2 613,9 605,3 529,7 525,1 523,7 536,2 -0,8253

EIF2AK1

eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase

1

207316_at 119,1 77,5 80,5 108,2 49,0 38,5 37,0 44,8 -0,8262 HAS1 hyaluronan synthase

1

223340_at 209,0 203,6 126,0 107,6 107,6 104,1 94,8 108,9 -0,8262 SPG3A spastic paraplegia

3A (autosomal dominant)

220264_s_at 23,6 31,8 31,4 22,8 22,8 7,6 7,4 11,0 -0,8270 GPR107

G protein-coupled receptor 107

227889_at 50,1 40,4 39,1 51,6 39,5 30,6 28,9 23,4 -0,8277 LPCAT2 lysophosphatidylcholine acyltransferase

2

215311_at 10,5 7,1 7,3 3,6 3,6 2,0 1,3 4,4 -0,8279 NTRK3 neurotrophic

tyrosine kinase, receptor, type 3

201282_at 226,2 176,6 200,1 152,2 164,1 185,4 137,5 115,8 -0,8281 OGDH

oxoglutarate (alpha-ketoglutarate)

dehydrogenase (lipoamide)

229352_at 56,7 89,9 65,7 57,5 37,0 33,1 24,1 30,6 -0,8291 NOX5 /// SPESP1

NADPH oxidase, EF-hand calcium

binding domain 5 /// sperm equatorial

segment protein 1

209625_at 115,1 99,7 98,4 83,5 85,5 64,1 73,8 82,7 -0,8297 PIGH

phosphatidylinositol glycan anchor

biosynthesis, class H

221901_at 329,2 359,0 480,9 332,7 259,6 168,4 148,9 121,3 -0,8300 LL22NC

03-75B3.6

KIAA1644 protein

1562957_at 13,5 12,4 11,6 5,1 4,3 2,4 7,3 3,1 -0,8319 --- ---

201175_at 965,2 1053,4 894,2 741,6 703,4 577,5 720,4 687,7 -0,8330 TXNDC1

4 thioredoxin domain

containing 14

228635_at 10,2 5,6 3,8 4,3 3,3 2,2 0,8 2,9 -0,8340 PCDH10 protocadherin 10

205110_s_at 55,3 30,3 29,7 45,9 24,8 17,5 11,7 14,1 -0,8341 FGF13

fibroblast growth factor 13


165

206932_at 98,7 40,9 51,8 63,2 35,0 24,7 11,9 21,2 -0,8343 CH25H cholesterol 25-

hydroxylase

202345_s_at 2720,9 1131,1

1611,0

1281,6

1283,4

526,4 257,2 670,9 -0,8350

FABP5 ///

FABP5L7 ///

FABP5L2

fatty acid binding protein 5 (psoriasis-

associated)

236398_s_at

8,5 7,8 4,9 5,0 3,6 5,1 4,6 3,3 -0,8362 --- ---

235573_at 27,5 30,5 23,1 28,6 24,0 21,2 21,9 17,3 -0,8363 --- ---

224824_at 350,9 244,4 242,1 232,6 147,8 170,0 151,3 183,5 -0,8364 FAM36A family with sequence

similarity 36, member A

1555740_a_at 10,0 9,5 3,1 3,7 2,8 1,4 1,2 2,5 -0,8365 MRAP

melanocortin 2 receptor accessory

protein

209030_s_at 89,1 72,1 85,6 63,9 42,4 33,4 53,9 42,1 -0,8370 CADM1

cell adhesion molecule 1

208892_s_at 597,9 614,5 262,2 279,2 371,4 169,3 197,6 186,7 -0,8370 DUSP6


202348_s_at 494,6 412,1 315,8 324,3 260,4 247,4 263,2 285,9 -0,8374 TOR1A

torsin family 1, member A (torsin A)

227804_at 93,5 80,7 66,7 88,4 64,2 71,7 44,2 48,3 -0,8386 TLCD1 TLC domain containing 1

210501_x_at 1412,3 1469,7

1394,2

1454,1

1437,8

1260,2

1180,1

1159,1

-0,8390 EIF3K eukaryotic

translation initiation factor 3, subunit K

222317_at 50,5 22,4 37,2 17,6 28,8 7,8 2,5 8,4 -0,8394 --- ---

209550_at 998,0 519,9 364,4 318,0 188,4 178,4 192,9 160,9 -0,8405 NDN necdin homolog

(mouse)

200617_at 1010,8 808,0 684,0 772,7 746,8 614,6 620,5 629,1 -0,8409 KIAA01

52 KIAA0152

205347_s_at 116,5 93,5 58,6 47,3 25,6 39,5 24,9 41,6 -0,8419

TMSL8 ///

MGC39900

thymosin-like 8 /// thymosin beta15b

210792_x_at 271,1 159,8 142,6 141,1 130,1 67,2 101,2 91,6 -0,8419 SIVA1

SIVA1, apoptosis-inducing factor

209552_at 25,9 22,8 20,0 10,0 12,3 12,9 13,0 10,6 -0,8422 PAX8 paired box 8

224783_at 154,8 130,2 163,8 131,6 91,5 101,4 92,4 93,7 -0,8424 FAM100

B


member B

213757_at 974,1 397,2 441,4 559,8 294,2 305,0 140,2 129,7 -0,8442 --- ---

214920_at 55,0 49,9 30,3 11,5 29,0 18,2 17,2 11,7 -0,8446 THSD7A thrombospondin,

type I, domain containing 7A

1564475_s_at 34,6 22,7 23,2 19,1 17,2 14,1 18,7 14,1 -0,8456

LOC728723


1554277_s_at 6,7 6,1 1,8 2,0 1,3 2,0 1,1 0,6 -0,8472 FANCM

Fanconi anemia, complementation

group M

237413_at 15,1 16,4 13,7 4,7 5,7 4,0 8,1 1,6 -0,8477 --- ---

225441_x_at 699,6 659,2 493,1 512,0 448,4 483,6 304,7 447,8 -0,8480 LSMD1

LSM domain containing 1


166

230179_at 35,2 33,0 27,1 19,6 17,1 16,0 17,6 19,9 -0,8482 LOC285


LOC285812

204473_s_at 64,7 59,6 55,5 54,9 61,1 44,8 46,0 46,6 -0,8489 ZNF592


229059_at 113,4 79,5 106,0 78,8 49,5 75,1 53,3 42,2 -0,8489 C9orf10

9 chromosome 9 open

reading frame 109

201077_s_at 1492,7 1364,2

1198,2

1119,9

1017,4

988,5 954,4 1103,

2 -0,8490 NHP2L1

NHP2 non-histone chromosome protein

2-like 1 (S. cerevisiae)

205677_s_at 250,6 216,5 206,2 138,2 117,2 105,9 100,5 143,0 -0,8495 DLEU1

deleted in lymphocytic leukemia, 1

213706_at 242,7 117,0 191,3 63,9 153,9 12,8 10,6 1,5 -0,8505 GPD1 glycerol-3-phosphate

dehydrogenase 1 (soluble)

206243_at 1499,0 1198,6 892,2 701,3 1027,

6 500,6 751,8 478,1 -0,8508 TIMP4

TIMP metallopeptidase

inhibitor 4

210416_s_at 155,8 146,2 146,8 132,4 102,0 134,8 112,0 100,6 -0,8508 CHEK2

CHK2 checkpoint homolog (S. pombe)

227434_at 11,6 16,4 10,4 8,4 5,8 3,7 5,2 4,9 -0,8508 WBSCR

17

Williams-Beuren syndrome

chromosome region 17

218866_s_at 181,0 153,6 180,6 149,8 142,3 146,0 83,1 107,5 -0,8508 POLR3K

polymerase (RNA) III (DNA directed)

polypeptide K, 12.3 kDa

213830_at 53,1 31,5 17,7 12,8 18,8 16,5 5,0 6,7 -0,8510 TRD@ T cell receptor delta

locus

200845_s_at 2504,6 2276,0

1970,3

2305,3

2060,5

1882,2

1696,7

1859,5

-0,8511 PRDX6 peroxiredoxin 6

201281_at 580,5 464,8 453,9 540,5 374,4 411,7 317,1 338,8 -0,8513 ADRM1 adhesion regulating

molecule 1

244741_s_at 324,8 320,4 145,2 143,1 132,2 148,0 112,0 89,8 -0,8524

MGC9913

hypothetical protein MGC9913

212680_x_at 465,8 472,4 483,4 500,8 360,5 328,6 276,5 322,9 -0,8539

PPP1R14B

protein phosphatase 1, regulatory

(inhibitor) subunit 14B

217979_at 161,7 92,3 143,5 78,5 43,5 23,7 27,1 44,6 -0,8545 TSPAN1

3 tetraspanin 13

222532_at 273,4 245,4 193,9 194,2 140,8 171,0 145,8 165,5 -0,8556 SRPRB signal recognition particle receptor, B

subunit

200825_s_at 726,7 557,3 724,9 582,5 600,0 513,1 463,5 369,6 -0,8562 HYOU1

hypoxia up-regulated 1

213115_at 136,9 108,4 111,8 82,3 85,5 85,9 87,1 77,4 -0,8567 ATG4A ATG4 autophagy

related 4 homolog A (S. cerevisiae)

236236_at 24,8 26,2 20,8 9,8 9,9 14,0 8,3 9,4 -0,8574 --- ---

225128_at 525,0 415,0 463,5 451,6 333,1 369,1 296,2 340,5 -0,8582 KDELC2 KDEL (Lys-Asp-Glu-

Leu) containing 2

224179_s_at 15,8 18,4 11,2 13,8 3,9 10,0 6,0 2,3 -0,8592 MIOX

myo-inositol oxigenase


167

210982_s_at 32,3 11,4 17,2 13,1 5,7 7,5 3,9 1,5 -0,8600

HLA-DRA

major histocompatibility

complex, class II, DR alpha

208547_at 9,3 12,1 9,6 12,6 6,0 4,2 1,7 1,2 -0,8600 HIST1H

2BB histone cluster 1,

H2bb

203903_s_at 99,0 127,8 57,9 66,2 42,0 41,2 42,1 26,4 -0,8602 HEPH Hephaestin

204865_at 24,0 10,9 12,7 18,1 8,7 7,8 4,5 0,9 -0,8602 CA3 carbonic anhydrase III, muscle specific

204249_s_at 92,4 117,6 57,7 68,9 36,1 36,6 27,4 34,9 -0,8603 LMO2

LIM domain only 2 (rhombotin-like 1)

223644_s_at 106,2 49,5 61,8 48,8 33,0 32,7 23,3 25,0 -0,8603 CRYGS crystallin, gamma S

201740_at 719,3 719,0 625,4 676,2 624,0 648,1 600,8 590,1 -0,8618 NDUFS3

NADH dehydrogenase

(ubiquinone) Fe-S protein 3, 30kDa

(NADH-coenzyme Q reductase)

223092_at 2842,4 2238,3 1780,

6 1486,

8 735,3 900,3

1034,1

1097,2

-0,8620 ANKH ankylosis,

progressive homolog (mouse)

217999_s_at 178,2 112,7 84,8 111,6 73,8 58,4 59,4 58,3 -0,8629 PHLDA1

pleckstrin homology-like domain, family

A, member 1

213524_s_at 1079,6 537,9

1076,3

723,9 561,3 404,6 179,8 83,7 -0,8632 G0S2 G0/G1switch 2

207154_at 44,9 24,0 37,2 19,9 14,3 12,0 10,1 11,8 -0,8639 DIO3 deiodinase,

iodothyronine, type III

225593_at 350,0 348,0 407,5 353,2 256,2 263,5 223,3 205,7 -0,8649 LSM10 LSM10, U7 small

nuclear RNA associated

228782_at 77,8 44,0 34,6 17,5 12,0 32,0 1,0 2,2 -0,8657 SCGB3

A2 secretoglobin, family

3A, member 2

237054_at 20,8 25,1 26,1 21,7 14,8 16,6 10,8 9,9 -0,8669 ENPP5

ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 5 (putative function)

207396_s_at 385,8 338,5 368,8 327,0 238,4 309,0 243,7 238,7 -0,8679 ALG3

asparagine-linked glycosylation 3

homolog (S. cerevisiae, alpha-1,3-mannosyltransferase

)

205794_s_at 124,1 130,3 82,8 104,5 105,6 88,1 49,4 45,8 -0,8699 NOVA1

neuro-oncological ventral antigen 1

225425_s_at 279,0 320,0 252,3 287,3 220,8 238,5 164,7 172,3 -0,8703 MRPL41

mitochondrial ribosomal protein

L41

204015_s_at 552,7 610,4 584,9 435,6 249,5 258,3 227,1 297,7 -0,8706 DUSP4


1559399_s_at 74,5 71,3 65,5 42,5 43,6 30,9 32,7 42,7 -0,8708

ZCCHC10

zinc finger, CCHC domain containing

10

228224_at 1073,4 868,7 1146,

9 776,3 622,5 449,4 665,9 247,1 -0,8718 PRELP

proline/arginine-rich end leucine-rich repeat protein


168

219508_at 46,0 45,7 36,3 37,5 26,0 12,4 17,3 24,3 -0,8722 GCNT3 glucosaminyl (N-

acetyl) transferase 3, mucin type

213894_at 46,8 40,9 30,5 12,7 17,2 10,3 12,5 13,9 -0,8723 THSD7A thrombospondin,

type I, domain containing 7A

226632_at 246,6 233,0 240,3 263,8 190,6 182,1 152,1 152,0 -0,8727 CYGB Cytoglobin

218008_at 539,3 447,4 367,4 325,5 350,0 342,6 296,7 297,6 -0,8751 C7orf42 chromosome 7 open

reading frame 42

205404_at 1326,9 765,5 432,2 449,7 391,4 171,9 248,1 131,3 -0,8759 HSD11B

1

hydroxysteroid (11-beta) dehydrogenase

1

227742_at 453,7 312,7 183,0 161,3 72,0 35,9 88,3 72,0 -0,8764 CLIC6 chloride intracellular

channel 6

204595_s_at 3601,6 2758,6

1326,1

1410,3

1017,4

414,3 1095,

0 411,8 -0,8785 STC1 stanniocalcin 1

226382_at 31,2 23,0 24,5 25,6 15,1 20,8 15,8 7,1 -0,8797 LOC283


LOC283070

1553602_at 77,0 89,7 83,6 54,7 73,4 12,9 23,9 8,7 -0,8799 MUCL1 mucin-like 1

200078_s_at 691,2 704,3 622,7 588,0 417,9 505,4 496,4 442,1 -0,8806

ATP6V0B

ATPase, H+ transporting,

lysosomal 21kDa, V0 subunit b

202771_at 695,4 649,0 568,3 606,5 569,8 519,2 467,6 536,2 -0,8826 FAM38A family with sequence

similarity 38, member A

217830_s_at 163,8 151,4 134,5 147,5 127,2 119,8 131,2 115,9 -0,8839 NSFL1C

NSFL1 (p97) cofactor (p47)

203029_s_at 38,7 43,8 38,0 43,2 13,4 12,8 2,5 7,6 -0,8845 PTPRN2

protein tyrosine phosphatase,

receptor type, N polypeptide 2

200096_s_at 3034,6 3049,2

2846,2

2900,9

2664,8

2273,7

2621,4

2311,9

-0,8867 ATP6V0

E1

ATPase, H+ transporting,

lysosomal 9kDa, V0 subunit e1

209859_at 64,5 37,0 49,5 34,3 34,7 13,1 21,3 15,8 -0,8875 TRIM9 tripartite motif-

containing 9

218516_s_at 379,9 299,1 349,1 333,8 266,4 231,4 231,4 231,2 -0,8880 IMPAD1

inositol monophosphatase

domain containing 1

203680_at 295,4 175,9 164,7 128,1 141,6 95,5 76,7 88,0 -0,8881 PRKAR

2B

protein kinase, cAMP-dependent, regulatory, type II,

beta

201147_s_at 292,3 201,1 255,8 250,2 164,8 164,5 80,4 103,6 -0,8889 TIMP3


inhibitor 3 (Sorsby fundus dystrophy,

pseudoinflammatory)

209301_at 323,4 196,5 157,8 115,8 68,7 36,0 44,2 65,6 -0,8893 CA2 carbonic anhydrase

II


169

52837_at 546,0 545,0 409,9 313,4 300,6 255,8 329,6 238,7 -0,8899 LL22NC

03-75B3.6

KIAA1644 protein

201525_at 2596,7 2439,4 964,7 799,6 1014,7

852,6 237,2 254,4 -0,8932 APOD apolipoprotein D

224184_s_at 421,6 456,5 383,6 287,9 233,4 197,9 290,2 76,0 -0,8936 BOC

Boc homolog (mouse)

221156_x_at 424,4 356,9 338,9 304,2 190,4 163,5 255,0 157,7 -0,8943 CCPG1

cell cycle progression 1

231688_at 73,9 42,3 34,0 54,4 36,9 17,2 6,1 3,0 -0,8975 --- ---

225402_at 187,9 160,9 174,9 116,2 111,0 128,7 114,7 74,3 -0,8977 TP53RK TP53 regulating

kinase

204401_at 25,2 27,0 18,9 11,8 7,7 13,7 3,4 6,2 -0,9018 KCNN4

potassium intermediate/small

conductance calcium-activated

channel, subfamily N, member 4

201150_s_at 673,1 622,0 517,5 567,6 531,8 508,2 369,6 431,2 -0,9037 TIMP3


inhibitor 3 (Sorsby fundus dystrophy,

pseudoinflammatory)

220980_s_at 625,5 574,2 546,7 548,7 496,1 528,2 517,5 455,3 -0,9041 ADPGK

ADP-dependent glucokinase

218736_s_at 110,1 63,4 81,8 68,6 62,7 50,1 43,5 14,3 -0,9054 PALMD palmdelphin

211991_s_at 57,9 43,5 33,4 21,6 11,6 9,4 12,2 12,3 -0,9064

HLA-DPA1

major histocompatibility

complex, class II, DP alpha 1

202920_at 101,6 133,2 79,7 94,3 48,2 40,8 33,7 25,1 -0,9073 ANK2 ankyrin 2, neuronal

223312_at 228,8 186,1 208,8 177,8 137,4 151,1 113,7 133,9 -0,9074 C2orf7 chromosome 2 open

reading frame 7

218290_at 126,9 137,2 120,0 121,7 100,3 94,0 97,9 94,1 -0,9083 PLEKHJ

1

pleckstrin homology domain containing, family J member 1

1552316_a_at 4,9 5,2 3,1 2,2 3,4 1,9 1,1 1,1 -0,9111 GIMAP1

GTPase, IMAP family member 1

230438_at 319,7 278,0 263,5 246,5 239,1 215,9 241,0 206,6 -0,9130 TBX15 T-box 15

218447_at 474,6 415,9 296,6 329,2 258,2 238,2 205,7 234,5 -0,9140 C16orf6

1


61

236313_at 94,6 115,5 88,5 80,6 53,0 45,5 49,8 40,4 -0,9165 CDKN2

B

cyclin-dependent kinase inhibitor 2B

(p15, inhibits CDK4)

204596_s_at 3289,3 1573,2

2010,6

1337,3

990,5 413,5 524,8 213,7 -0,9174 STC1 stanniocalcin 1

226932_at 167,5 172,8 137,9 136,6 99,3 125,6 102,7 59,6 -0,9186 --- ---

224376_s_at 1146,5 1158,3

1116,1

986,1 1036,

9 1008,

2 801,5 819,5 -0,9197

C20orf24


24


170

202655_at 1411,0 1281,3 911,0 985,6 818,0 737,2 758,3 685,1 -0,9198 ARMET arginine-rich,

mutated in early stage tumors

205932_s_at 95,9 102,2 106,2 66,7 74,5 61,7 47,5 41,7 -0,9204 MSX1 msh homeobox 1

225511_at 9,8 10,1 10,4 5,1 2,6 2,5 1,9 1,3 -0,9241 GPRC5

B

G protein-coupled receptor, family C, group 5, member B

206707_x_at 178,2 167,6 147,1 112,0 100,7 60,9 94,6 72,7 -0,9254 C6orf32


229963_at 102,2 121,5 84,4 72,5 28,5 28,6 17,6 20,8 -0,9306 BEX5 BEX family member

5

203136_at 1823,6 1665,5 1759,

8 1614,

4 1625,

1 1346,

2 1363,

9 1316,

6 -0,9318

RABAC1

Rab acceptor 1 (prenylated)

222657_s_at 174,5 175,8 156,6 133,4 133,8 98,6 121,7 98,4 -0,9337 UBE2W

ubiquitin-conjugating enzyme

E2W (putative)

219440_at 57,7 50,7 58,3 48,1 33,7 28,5 15,6 21,5 -0,9350 RAI2 retinoic acid induced

2

218454_at 115,2 95,8 76,4 82,4 59,0 67,2 59,6 35,2 -0,9395 FLJ2266


FLJ22662

202634_at 429,4 343,5 346,4 338,7 336,9 278,9 264,4 238,5 -0,9402 POLR2K

polymerase (RNA) II (DNA directed) polypeptide K,

7.0kDa

205348_s_at 112,0 105,5 98,8 100,3 69,1 50,3 51,1 48,3 -0,9500

DYNC1I1

dynein, cytoplasmic 1, intermediate chain

1

225914_s_at 124,0 112,2 113,8 106,6 89,3 97,0 70,6 62,7 -0,9513 CAB39L

calcium binding protein 39-like

205548_s_at 392,0 322,2 344,6 330,3 281,4 231,3 205,5 195,6 -0,9600 BTG3

BTG family, member 3

228614_at 323,9 273,4 276,1 231,9 240,4 205,6 202,7 182,3 -0,9624 LOC205

251 LOC205251

209003_at 381,7 342,5 305,4 292,9 269,0 252,5 238,4 227,6 -0,9769 SLC25A

11

solute carrier family 25 (mitochondrial

carrier; oxoglutarate carrier), member 11

INTRODUCCIÓN

OBJETIVOS


RESULTADOS

DISCUSIÓN

CONCLUSIONES



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IDENTIFICACIÓN DE PATRONES DE VIABILIDAD Y EXPRESIÓN GÉNICA EN CONDROCITOS ARTICULARES HUMANOS PARA SU UTILIZACIÓN EN INGENIERÍA TISULAR

Álvaro Morales Villaescusa GRANADA 2010

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