silabi mikro

SILABUS Fakultas : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Program Studi : Biologi Mata kuliah & Kode : Mikrobiologi BIO 236 Jumlah sks : Teori : 2 SKS; Praktikum : 1 SKS Semester : 5 Mata kuliah Prasyarat : Biokimia, Biologi Sel & Molekuler Dosen : Anna Rakhmawati, Bernadetta Octavia, Siti Umniyatie, H.Yulipriyanto. I. DESKRIPSI MATA KULIAH : Mata kuliah ini mengkaji tentang sejarah perkembangan mikrobiologi, kelompok mikroorganisme dan karakteristik utamanya, peranan mikroorganisme dalam kehidupan manusia, struktur dan fungsi sel mikrobia, nutrisi dan metabolisme serta pertumbuhan dan pengendalian pertumbuhan mikrobia, genetika bakteri dan klasifikasi mikroba. II. STANDAR KOMPETENSI MATA KULIAH : Mahasiswa memiliki wawasan pengetahuan tentang konsep mikrobiologi dan mikroorganisme serta segala aspek dan aktivitas yang terkait mikroorganisme. III. RENCANA KEGIATAN PERKULIAHAN : Tatap muka

Kompetensi dasar Materi pokok Strategi perkuliahan Sumber bahan/ referensi

1 Mendeskripsikan

keanekaragaman mikroorganisme dan mengkaitkan peranannya dalam kehidupan manusia

Pengantar Mikrobiologi : 1. Sejarah penemuan mikroorganisme 2. Keanekaragaman mikroorganisme 3. Mikroorganisme dalam kehidupan manusia : a. Mikroorganisme sebagai agen penyakit b. Mikroorganisme dan pertanian c. Mikroorganisme dan industri makanan/ obat-obatan d. Mikroorganisme , energi dan lingkungan e.Mikroorganisme & Bioteknologi

Perkuliahan tatap muka; diskusi; tugas kelompok

A:1, 2, 3 B :1, 2

2 Mengidentifikasi struktur

eksternal dan internal dinding sel serta fungsinya

Struktur dan Fungsi Sel Prokariotik (1) : 1. Ukuran,bentuk dan susunan sel bakteri 2. Stuktur Eksternal dinding sel : glycocalyx, flagella, axial filaments, fimbriae dan pili 3. Struktur Internal dinding sel : membran plasma, sitoplasma, nukleoid, ribosom, inclusions 4. Endospora 5. Membran plasma pada bakteri dan arkhaea : komposisi dan fungsi

Perkuliahan tatap muka; diskusi dan tugas kelompok

A:1, 2, 3 B :1, 2

3 Mendeskripsikan

keistimewaan dinding sel bakteri gram positif, membran luar bakteri gram negatif, dan dinding sel arkheae

Struktur dan Fungsi Sel Prokariotik (2) : 6. Dinding sel Prokariot : a. peptidoglikan b. dinding sel Bakteri gram positif c. sel prokariot yang tidak memiliki dinding sel d..membran luar Bakteri gram negatif e.dinding sel Arkheae f. perbandingan sel Prokariotik dan sel Eukariotik

Perkuliahan tatap muka; diskusi dan presentasi

A:1, 2, 3 B :1, 2

4 Menjelaskan prinsip kerja

berbagai mikroskop cahaya dan mikroskop elektron, serta cara penyiapan spesimen mikrobia untuk diamati dengan mikroskop

Mikroskopi dan Pengecatan: 1. Pengantar mikroskopi 2. Sifat-sifat cahaya : a. Panjang gelombang dan resolusi b. Cahaya dan obyek 3. Mikroskop Cahaya : a. Bright-Field Microscope b. Dark-Field Microscope c. Phase-Contrast Microscope d. Fluorescence Microscope e. Confocal Microscope f. Digital Microscope 4. Mikroskop Elektron a. Transmission Electron Microscope b. Scanning Electron Microscope c. Scanning Tunneling Microscope 5. Prinsip-prinsip pengecatan : a. Pengecatan Gram b. Pengecatan Ziehl-Neelsen Acid Fast c. Pengecatan khusus : c1. Pengecatan negatif c2. Pengecatan Flagella c3. Pengecatan Endospora

Perkuliahan tatap muka; diskusi

A: 2 B: 2

5 Mendeskripsikan berbagai tipe nutrisi mikroorganisme dan mekanisme pengambilan nutrient oleh mikroorganisme

Nutrisi Mikroba : 1. Nutrient yang dibutuhkan mikroba 2. Tipe nutrisi mikroorganisme 3. Mekanisme pengambilan nutrient oleh sel mikroba : facilitated diffusion, active transport, group translocation, endocytosis 4. Sekilas tentang media pertumbuhan bakteri di Laboratorium (note: lebih detail pada Pertumbuhan Mikroba)


A:1, 2, 3 B :1, 2

6 Mengkaitkan jalur

metabolisme penghasil energi dan jalur metabolisme pengguna energy

Metabolisme Mikroba (1): 1. Sekilas tentang metabolisme 2. Reaksi oksidasi- reduksi 3. The generation of ATP : fosforilasi 3. Jalur metabolisme penghasil energi : a.Katabolisme karbohidrat : glikolisis; PP; ED b. Respirasi selular: *) respirasi aerobik : TCA, ETC *) respirasi anaerobik c. Fermentasi


A:1, 2, 3 B :1, 2

7 Mengkaitkan jalur

metabolisme penghasil energi dan jalur metabolisme pengguna energy

Metabolisme Mikroba (2): d. Katabolisme lipid e. Katabolisme protein f. Fotosintesis pada bakteri 4. Jalur metabolisme pengguna energi : Biosintesis polisakarida, biosintesis lipid, biosintesis asam amino dan protein, biosintesis purin-pirimidin.

Perkuliahan tatap muka; diskusi; presentasi

A:1, 2, 3 B :1, 2

8 Mendeskripsikan faktor-

faktor fisikawi & kimiawi yang dibutuhkan untuk pertumbuhan mikroba

Pertumbuhan Mikroba (1): 1. Faktor-faktor yang dibutuhkan untuk pertumbuhan mikroba : fisikawi & kimiawi 2. Culture media : a. Chemically defined media b. Complex media c. Selective and differential media d. Enrichment culture e. Anaerobic growth media & methods


A:1, 2, 3 B :1, 2

9 Menjelaskan prinsip dasar pertumbuhan populasi bakteri dan metode pengukuran pertumbuhan serta pengendalian pertumbuhan mikroba

Pertumbuhan Mikroba (2): 3. Pertumbuhan populasi bakteri : a. terminologi pertumbuhan b. reproduksi bakteri dan waktu generasi c. kurva petumbuhan bakteri d. pengukuran pertumbuhan mikroba : langsung dan tidak langsung e. Matematika pertumbuhan eksponential bakteri 4. Continuous culture : chemostat


A:1, 2, 3 B :1, 2

10 UJIAN TENGAH SEMESTER 11 Pengendalian Pertumbuhan mikrobia :

1. Pengendalian secara fisikawi 2. Pengendalian secara kimiawi 3. Antibiotika 4. Antiviral drugs 5. Antifungal drugs 6.Resistensi bakteri terhadap antimikroba

12 Menjelaskan regulasi ekspresi gen pada bakteri dengan model operon

Genetika Mikroba (1): 1. Struktur dan fungsi material genetik 2. Kromosom bakteri dan plasmid 3. Aliran informasi genetik 4. Regulasi ekspresi gen pada bakteri a. kontrol negatif pada transkripsi : repressi dan induksi b. kontrol positif pada transkripsi


A:1, 2, 3 B :1, 2

13 Menjelaskan transfer material

genetik pada prokariot Genetika Mikroba (2): c. model operon pada ekspresi gen 5. Mutasi, mutan dan mutagen 6. Transfer material genetik pada prokariot 7. Mobile DNA


A:1, 2, 3 B :1, 2

14 Mendeskripsikan ciri-ciri

virus dan mengkomunikasikan peranannya dalam kehidupan mahluk hidup

VIRUS


A:1, 2, 3 B :1, 2

15 Menjelaskan kedudukan

mikroorganisme secara filogenetik dalam sistem tiga domain serta mendeskripsikan karakteristik untuk klasifikasi dan identifikasi mikroorganisme.

Klasifikasi Mikroorganisme : 1. Studi hubungan kekerabatan secara filogenetik : sistem tiga domain 2. Karakteristik utama untuk klasifikasi dan identifikasi mikroorganisme : karakteristik morfologi, pengecatan differensial, uji biokimiawi, serologi, DNA Base composition, DNA fingerprinting, dll.


A:1, 2, 3 B :1, 2

IV. REFERENSI / SUMBER BAHAN : A. Wajib : 1. Madigan,M.T., Martinko,J.M.Dunlap,P.V.,Clark,D.P.2009. Brock, Biology of Microorganisms, 12th ed. Pearson Benjamin Cummings, San Francisco, USA. 2. Prescott,L.M.,Harley,J.P. and Klein,D.A.2002. Microbiology, 5th ed. McGraw Hill Companies,Inc. 3. Tortora,G.Y.,Funke,B.R. and Case,C.L.2007. Microbiology an Introduction.9th ed.Pearson Benjamin Cummings, San Francisco,USA. B. Anjuran : 1. Atlas, R.M. 1997. Principle of Microbiology, 2 nd, Wm C Brown Publishers, USA 2. Black, J.G. 2008. Microbiology, Principles and Explorations, 7th ed. John Wiley & Sons, Inc. Asia. 3. Cano, R.J. and J.S.Colome. 1986. Microbiology.West Publishing Company, St.Paul,USA V. EVALUASI : No. Komponen Evaluasi Bobot (%) 1 Partisipasi Kuliah (syarat: minimum kehadiran 75%) 15% 2 Tugas-tugas 20% 3 Ujian Tengah semester 25% 4 Ujian Akhir semester 40% Jumlah total 100%

RPP/BIO 236/09 5 September 2008

RENCANA PELAKSANAAN PEMBELAJARAN

(Tatap muka ke 9) Pokok Bahasan : Pertumbuhan Mikroba (2)

1. Fakultas/ Jurusan : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam/ Pend. Biologi 2. Mata Kuliah & Kode : Mikrobiologi BIO 236 3. SKS : Teori : 2 SKS 4. Semester : 5 5. Waktu : 100 menit 6. Kompetensi dasar : a. Menjelaskan prinsip dasar pertumbuhan populasi bakteri b. Menjelaskan kurva pertumbuhan bakteri dan ciri-ciri tiap fase c. Menjelaskan kinetika pertumbuhan bakteri d. Menjelaskan mekanisme kerja chemostat 7. Indikator Ketercapaian : a. Apabila mahasiswa sudah dapat menjelaskan prinsip dasar pertumbuhan populasi bakteri dan memahami kurva petumbuhan bakteri b. Apabila mahasiswa sudah dapat menghitung kinetika pertumbuhan bakteri c. Apabila mahasiswa sudah dapat menjelaskan mekanisme kerja chemostat 8. Materi Pokok/ Penggalan Materi :

Pertumbuhan populasi bakteri : a. terminologi pertumbuhan

b. reproduksi bakteri dan waktu generasi c. kurva pertumbuhan bakteri d. pengukuran pertumbuhan mikroba e. kinetika pertumbuhan eksponensial bakteri

Continuous Culture : chemostat Pengendalian pertumbuhan mikroba

9. Kegiatan Perkuliahan : (100 menit) Komponen Langkah

Uraian Kegiatan Estimasi Waktu

Metode Media Sumber bahan/Referensi

Pendahuluan Terminologi pertumbuhan bakteri dan organisme pada umumnya

10 mnt. Diskusi dan presentasi kelompok

Slide powerpoint

Buku wajib & anjuran pada silabus perkuliahan serta diperkaya dari berbagai sumber yang lain.

Penyajian (inti)

Pengukuran : pertumbuhan mikroba pada umumnya dan kinetika pertumbuhan eksponensial bakteri

Chemostat

75 mnt.

Penutup Setiap kelompok mahasiswa dalam

kuliah ini diwajibkan membuat 5 buah pertanyaan yang berkaitan dengan materi yang telah disajikan.

15 mnt.

Tindak lanjut Pertanyaan-pertanyaan yang dibuat

per kelompok mahasiswa akan dipakai secara acak untuk ujian tengah semester maupun ujian akhir semester

10. Evaluasi : Setiap kelompok melakukan presentasi 15 menit dan kelompok-kelompok lain mengajukan pertanyaan tentang topik pertumbuhan yang telah dipresentasikan. Dosen melakukan penilaian atas kegiatan ini.

Yogyakarta, September 2008.

Dosen Pengampu

RPP/BIO 236/09 5 September 2008

RENCANA PELAKSANAAN PEMBELAJARAN (Tatap muka ke 12)

Pokok Bahasan : Genetika Mikroba (1) 1. Fakultas/ Jurusan : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam/ Pend. Biologi 2. Mata Kuliah & Kode : Mikrobiologi BIO 236 3. SKS : Teori : 2 SKS 4. Semester : 5 5. Waktu : 100 menit 6. Kompetensi dasar : a. Mendeskripsikan struktur, fungsi dan macam material genetik pada berbagai organisme termasuk pada bakteri (prokariot) b. Membedakan regulasi ekspresi gen pada bakteri dibandingkan dengan organisme eukariot 7. Indikator Ketercapaian : a. Mahasiswa dapat menjelaskan perbedaan struktur dan fungsi kromosom eukariot dengan bakteri dan plasmid b. Mahasiswa dapat menjelaskan perbedaan regulasi ekspresi gen pada bakteri dan organisme eukariot 8. Materi Pokok/ Penggalan Materi :

Struktur dan fungsi material genetik Kromosom pada organisme eukariot dan bakteri serta plasmid Aliran informasi genetik dan regulasi ekspresi gen pada bakteri :

a. kontrol negatif pada transkripsi: repressi dan induksi b. kontrol positif pada transkripsi c. model operon pada ekspresi gen

9. Kegiatan Perkuliahan : ( 100 menit) Komponen Langkah



Pendahuluan Struktur dan fungsi material genetik pada berbagai organisme

10 mnt. Diskusi

Penyajian (inti)

Struktur dan fungsi kromosom bakteri dan plasmid

Aliran informasi genetik pada berbagai organisme

Regulasi ekspresi gen pada eukariot dan bakteri secara khusus dengan model operon

75 mnt.

Diskusi dan presentasi kelompok

Slide powerpoint




15 mnt.



10. Evaluasi : a. Apa beda kromosom bakteri dan plasmid dalam kaitan struktur dan fungsi b. Bagaimana konsep aliran informasi genetik pada organisme c. Mengapa perlu dilakukan regulasi ekspresi gen pada organisme? Berikan contohnya!


Dosen Pengampu

RPP/BIO 236/09

5 September 2008 RENCANA PELAKSANAAN PEMBELAJARAN

(Tatap muka ke 13) Pokok Bahasan : Genetika Mikroba (2)

1. Fakultas/ Jurusan : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam/ Pend. Biologi 2. Mata Kuliah & Kode : Mikrobiologi BIO 236 3. SKS : Teori : 2 SKS 4. Semester : 5 5. Waktu : 100 menit 6. Kompetensi dasar : a. Membandingkan transfer material genetik pada prokariot dan eukariot b. Menjelaskan tentang mutasi, mutan dan mutagen serta mobile DNA 7. Indikator Ketercapaian : a. Mahasiswa dapat menjelaskan perbedaan transfer material genetik pada prokariot dan eukariot b. Mahasiswa dapat menjelaskan tentang mutasi, mutan, mutagen serta mobile DNA 8. Materi Pokok/ Penggalan Materi :

Transfer material genetik pada prokariot dan eukariot Pengertian mutasi, mutan dan mutagen serta mekanisme mutasi dan akibatnya bagi

organisme Mobile DNA

9. Kegiatan Perkuliahan : (100 menit) Komponen Langkah



Pendahuluan Model operon pada berbagai organisme


Slide powerpoint


Penyajian (inti)

Transfer material genetik pada prokariot dan eukariot

Pengertian mutasi, mutan dan mutagen serta efeknya bagi organisme dan lingkungan

Mobile DNA

75 mnt.



15 mnt.



10. Evaluasi : a. Gambarkan model laktosa operon pada bakteri Escherichia coli b. Sebutkan berbagai transfer material genetik pada prokariot c. Apakah transfer material genetik pada prokariot juga dapat terjadi pada eukariot d. Sebutkan tipe-tipe mutasi dan akibatnya pada organisme e. Apa definisi mobile DNA


Dosen Pengampu

RPP/BIO 236/09


(Tatap muka ke 14) Pokok Bahasan : VIRUS

1. Fakultas/ Jurusan : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam/ Pend. Biologi 2. Mata Kuliah & Kode : Mikrobiologi BIO 236 3. SKS : Teori : 2 SKS 4. Semester : 5 5. Waktu : 100 menit 6. Kompetensi dasar : a. Mendeskripsikan struktur- fungsi virus b. Membedakan virus dan organisme prokariot yang lain c. Mendeskripsikan replikasi/ multiplikasi virus pada berbagai hospes/ inang d. Menjelaskan interaksi virus, viroid dan prion dengan organisme lain serta penyakit/ kelainan yang diakibatkannya 7. Indikator Ketercapaian : a. Mahasiswa dapat menjelaskan struktur - fungsi virus b. Mahasiswa dapat menjelaskan perbedaan virus dan organisme prokariot yang lain c. Mahasiswa dapat mendeskripsikan replikasi/ multiplikasi virus pada berbagai hospes/inang d. Mahasiswa dapat menjelaskan interaksi virus, viroid dan prion dengan organisme lain serta penyakit/ kelainan yang diakibatkannya 8. Materi Pokok/ Penggalan Materi :

Struktur - fungsi virus Replikasi/ multiplikasi virus bakteri (bakteriofage) Replikasi virus hewan Replikasi virus tumbuhan Replikasi virus serangga Replikasi virus Fungi dan Alga Interaksi virus dengan organisme lain



Metode Media Sumber bahan/ Referensi

Pendahuluan Struktur-fungsi virus dan informasi tentang berbagai virus baru yang muncul silih berganti


Slide powerpoint

Buku wajib & anjuran pada silabus perkuliahan serta diperkaya dari berbagai

Penyajian (inti)

Replikasi/ multiplikasi virus pada berbagai sel

75 mnt.

inang yaitu : bakteri, hewan, tumbuhan, serangga, fungi dan alga

Interaksi virus, viroid dan prion serta penyakit yang diakibatkannya.

sumber yang lain.



15 mnt.



10. Evaluasi : a. Jelaskan tentang multiplikasi virus bakteri (bakteriofage) b. Apakah setiap virus mempunyai kekhususan mekanisme “entry” ke dalam sel inang? Berikan contohnya ! c. Apa definisi viroid dan prion serta contoh penyakit yang diakibatkannya.


Dosen Pengampu.

RPP/BIO 236/09

5 September 2008

RENCANA PELAKSANAAN PEMBELAJARAN (Tatap muka ke 8)

Pokok Bahasan : Pertumbuhan Mikroba (1) 1. Fakultas/ Jurusan : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam/ Pend. Biologi 2. Mata Kuliah & Kode : Mikrobiologi BIO 236 3. SKS : Teori : 2 SKS 4. Semester : 5 5. Waktu : 100 menit 6. Kompetensi dasar : a. Mendeskripsikan faktor-faktor fisikawi & kimiawi yang dibutuhkan untuk pertumbuhan mikroba b. Menjelaskan tentang media pertumbuhan mikrobia dan sifat- sifatnya 7. Indikator Ketercapaian : a. Apabila mahasiswa sudah dapat menjelaskan tentang faktor-faktor fisikawi & kimiawi yang dibutuhkan untuk pertumbuhan mikroba b. Apabila mahasiswa sudah dapat menjelaskan tentang media pertumbuhan mikrobia dan sifat-sifatnya 8. Materi Pokok/ Penggalan Materi :

Faktor-faktor yang dibutuhkan untuk pertumbuhan mikroba : fisikawi dan kimiawi Culture media : a. Chemically defined media

b. Complex media c. Selective and differential media d. Enrichment culture e. Anaerobic growth media & methods




Pendahuluan Definisi pertumbuhan pada berbagai mahluk hidup dan faktor-faktor yang dibutuhkannya


Realia tumbuhan; gambar Slide powerpoint


Penyajian (inti)

Binary fission dan waktu generasi pada sel bakteri

Faktor-faktor lingkungan yang mempengaruhi pertumbuhan : media, pH,

75 mnt.

temp., oksigen, dsb.

Berbagai macam media pertumbuhan mikrobia dan sifat-sifatnya.



15 mnt.

Tindak lanjut Mahasiswa diminta membaca/

melakukan pengayaan materi pertumbuhan mikrobia dan membuat makalah per kelompok dengan topik yang telah ditentukan dosen.

10. Evaluasi : a. Sebutkan dan berikan penjelasan seperlunya tentang faktor-faktor fisikawi yang dibutuhkan oleh b. Sebutkan dan berikan penjelasan seperlunya tentang faktor-faktor kimiawi yang dibutuhkan oleh c. Apa beda media selektif dan media differensial d. Apa yang dimaksud dengan enrichment culture e. Jelaskan prinsip menumbuhkan bakteri secara anaerob.


Dosen Pengampu

RPP/BIO 236/09


(Tatap muka ke 11) Pokok Bahasan : Pengendalian Pertumbuhan Mikrobia

1. Fakultas/ Jurusan : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam/ Pend. Biologi 2. Mata Kuliah & Kode : Mikrobiologi BIO 236 3. SKS : Teori : 2 SKS 4. Semester : 5 5. Waktu : 100 menit 6. Kompetensi dasar : a. Mendeskripsikan faktor-faktor fisikawi & kimiawi yang menjadi inhibitor pertumbuhan mikrobia b. Menjelaskan tentang antibiotika dan mikrobia terkait c. Menjelaskan tentang mekanisme kerja antiviral dan antifungal d. Menjelaskan timbulnya resistensi bakteri terhadap antibiotika 7. Indikator Ketercapaian : a. Apabila mahasiswa sudah dapat menjelaskan tentang faktor-faktor fisikawi & kimiawi yang berfungsi sebagai inhibitor pertumbuhan mikrobia b. Apabila mahasiswa sudah dapat menjelaskan tentang antibiotika dan mikrobia penghasilnya c. Apabila mahasiswa sudah dapat menjelaskan mekanisme kerja antiviral dan antifungal drugs d. Apabila mahasiswa sudah dapat menjelaskan mekanisme resistensi bakteri terhadap antibiotika 8. Materi Pokok/ Penggalan Materi :

Faktor-faktor yang merupakan inhibitor pertumbuhan mikrobia : fisikawi dan kimiawi Mikrobia penghasil antibiotika, antiviral dan antifungal drugs Resistensi bakteri terhadap antibiotika




Pendahuluan Faktor-faktor yang merupakan pendukung pertumbuhan , pada kondisi yang berlawanan merupakan inhibitor pertumbuhan


Slide powerpoint

Buku wajib & anjuran pada silabus perkuliahan serta diperkaya dari berbagai sumber yang

Penyajian (inti)

Pengendalian pertumbuhan secara

fisikawi dan kimiawi Antibiotika yang

digunakan in vivo Mekanisme kerja antiviral

dan antifungal drugs Munculnya resistensi

bakteri terhadap antibiotika

75 mnt. lain.



15 mnt.

Tindak lanjut Mahasiswa diminta membaca/

melakukan pengayaan materi pengendalian pertumbuhan mikrobia dan membuat makalah per kelompok dengan topik yang telah ditentukan dosen.

10. Evaluasi : Penilaian makalah yang telah dibuat oleh masing-masing kelompok.


Dosen Pengampu

silabi mikro

Documents