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Sequência da Proteína

Busca em bancos de dados

Definição de domínios

Alinhamento múltiplo de sequências

Homólogono PDB?

Predição de Estrutura

secundária

Padrão de enovelamento

Modelagembaseada em homologia

Modelo da estrutura

SIM

NÃO

Exercício Modelagem

Structure Prediction Flowchart

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Formato FASTA

1. uma linha de descrição, seguida de linhas com os dados da sequência. A linha de descrição é diferenciada da linha de sequência por um símbolo ">“ na primeira coluna.

2. É recomendado que todas as linhas do texto tenham 80 caracteres ou menos.

>gi|532319|pir|TVFV2E|TVFV2E envelope proteinELRLRYCAPAGFALLKCNDADYDGFKTNCSNVSVVHCTNLMNTTVTTGLLLNGSYSENRTQIWQKHRTSNDSALILLNKHYNLTVTCKRPGNKTVLPVTIMAGLVFSQKYNLRLRQAWCHFPSNWKGAWKEVKEE--------IVNLPKERYRGTNDPK RIFFQRQWGDPETANLWFNCHGEFFYCKMDWFLNYLNNLTVDADHNECKNTSGTKSGNKRAPGPCVQRTYVACHIRSVIIWLETISKKTYAPPREGHLECTSTVTGMTVELNYIPKNRTNVTLSPQIESIWAAELDRYKLVEITPIGFAPTEVRRYTGGHERQKRVPFVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVQSQHLLAGILQQQKNLLAAVEAQQQMLKLTIWGVK

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Formato PIR

>P1;CRAB_ANAPL ALPHA CRYSTALLIN B CHAIN (ALPHA(B)-CRYSTALLIN). MDITIHNPLI RRPLFSWLAP SRIFDQIFGE HLQESELLPA SPSLSPFLMR SPIFRMPSWL ETGLSEMRLE KDKFSVNLDV KHFSPEELKV KVLGDMVEIH GKHEERQDEH GFIAREFNRK YRIPADVDPL TITSSLSLDG VLTVSAPRKQ SDVPERSIPI TREEKPAIAG AQRK*

1. Uma linha começando com: um sinal ">" (maior que) seguido por Um código de duas letras descrevendo o tipo de sequência (P1,

F1, DL, DC, RL, RC, or XX), seguido dePonto e vírgulo, seguido de Código de identififcação da sequência.

2. Uma linha contendo uma descrição textual da sequência.

3. Uma ou mais linhas contendo a sequência. O fim da sequência é marcado por um asterisco (*)

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Busca por Homologia em Bancos de Dados

Exercício

Abrir o arquivo texto com a sequência inicial em formato fasta.

Abrir em Softwares o programa PsiBlast, e fazer uma busca por homologia da sequência inicial contra o banco de estruturas de proteínas. Clique com o mouse no campo “Enter sequence below”. Use o mouse para destacar a sequência no arquivo texto. Colocar a sequência no Blast fazendo copy & paste .

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Abrir o programa ClustalX.

Obter as sequências dos 5 melhores hits do alinhamento e colocar num arquivo.

Em ClustalX – Load Sequences, selecionar o arquivo onde estão as sequências.

O resultado do alinhamento das sequências deve ser avaliado manualmente.

Alinhamento - Clustal