ASAM AMINO & PROTEIN

Asam -amino:

asam organik yang mengandung: • gugus amino • gugus karboksil. • atom hidrogen dan • gugus R (rantai samping) pembeda

Keempat substituen tsb terikat pada atom karbon (atom C yang letaknya berdekatan dengan gugus karboksil)

Unit dasar struktur protein

Contoh:

Struktur 3D asam -

amino

Penulisan asam -amino

Asam amino dengan satu C asimetrik dapat menghasilkan 2 senyawa enansiomer. Alanin memiliki enansiomer L dan D. Dua isomer optis aktif ini memiliki arah yang berlawanan dalam memutar bidang cahaya terpolarisasi.

JENIS ASAM AMINO

1. ASAM AMINO ESENSIAL (INDISPENSABLE AMINO ACID)

ASAM AMINO YANG TIDAK DAPAT DISINTESIS

OLEH TUBUH, HARUS DIPEROLEH DARI LUAR (MAKANAN)

2. ASAM AMINO NON ESENSIAL (DISPENSABLE AMINO ACID)

ASAM AMINO YANG DAPAT DISINTESIS DI DALAM TUBUH, DARI SUPLAI NITROGEN

3. ASAM AMINO SEMI ESENSIAL (CONDITIONALLY ESSENSIAL)

ASAM AMINO YANG PADA KONDISI TERTENTU TIDAK DAPAT DIBENTUK OLEH TUBUH

JENIS ASAM AMINO

ESENSIAL NON ESENSIAL SEMI ESENSIALHistidin Alanin

Lisin Arginin Arginin

Leusin Asparagin

Isoleusin Asam aspartat

Methionin Asam Glutamat

Valin Glutamin Glutamin

Threonin Glisin

Venilalanin Serin

Triptofan Prolin

Sistein Sistein

Tyrosin Tyrosin

Asam amino standar:

• asam amino penyusun protein dalam makhluk hidup

• berbentuk L-asam - amino

• jumlahnya 20 buah

Karakter 20 asam amino standar

2 molekul sistein dapat bereaksi membentuk ikatan/jembatan disulfida

ikatan silang (cross link)

PDI

Asam amino merupakan molekul amfoter

• Memiliki pK1, pK2 dan pKR

• Pada pI: semua molekul berbentuk zwitter ion• Pada pH netral atau > pI: dominan bentuk anion • Pada pH < pI: dominan bentuk kation

Kenaikan pH

Pembentukan ikatan peptida

Gugus peptida

Ikatan peptida

• Unit asam amino dalam rantai polipeptida= residu

• Konsensus : – ujung amino = residu asam amino awal– ujung karboksil = residu asam amino akhir

Ikatan peptida berkarakter parsial ganda akibat adanya delokalisasi elektron dari oksigen gugus COO- ke ikatan C-N

Gugus amidanya planar, dan berada dalam konfigurasi Trans.

Rotasi hanya dapat terjadi pada dua ikatan yang dekat C di setiap residu asam amino.

Empat tingkat organisasi struktur dalam

protein

Struktur primer: menunjukkan jumlah, jenis dan urutan asam amino dalam protein

Struktur sekunder: • terjadi akibat pembentukan ikatan H antara gugus karboksil dan gugus amino pada residu asam amino tertentu, dan pembatasan rotasi bidang peptida di sekitar atom C• menunjukkan pembentukan konformasi khas dalam rantai polipeptida molekul protein, meliputi:

- heliks, -turn -sheet, random coil

Empat tingkat organisasi dalam protein

-Heliks -Sheet

Sheet antiparalel

Sheet paralel

Struktur tersier: Menunjukkan pembentukan lipatan (folding polypeptide), yang disebabkan oleh adanya interaksi antar gugus pada R. Jenis interaksi tersebut meliputi: ikatan H, ikatan elektrostatik, interaksi hidrofobik antar rantai samping non polar, interaksi dipol-dipol, dan pembentukan ikatan disulfida (ikatan kovalen).

Struktur kuartener: Menunjukkan penggabungan 1 rantai polipeptida / subunit penyusun protein. Contoh protein yang memiliki beberapa rantai polipeptida adalah Hemoglobin.