pdbefold tutorial[1]

8/10/2019 PDBefold Tutorial[1]

1/14

!"#$%&' )*$* +*', &' -."#/% 0$$/122/34%5#"6 !)+%789) :.$#"&*;

!)+%7#;3 1 =%?#'3*"@ =$".?$."% >*$?0&'6A

0$$/122/34%5#"62B#;32

"#$% &'() *+*,-$./ $0*-,1+2)% *#) &'()3,/1 %)-4$2)5 .0 $0*)-.2*$4) %)-4$2) 6,-

2,78.-$09 8-,*)$0 %*-+2*+-)% $0 :'; "#$% %)-4$2) 8-,4$1)% .01 hG%*-.01% -)%8)2*$4)/?;


7/14

!"#$%&' )*$* +*', &' -."#/% 0$$/122/34%5#"6 !)+%789) :.$#"&*;

"#) -)%$1+)GF?G-)%$1+) 7.88$09 8-,4$1)% . 4)-? +%)6+/ *,,/ *, .0./?%) *#)

%*-+2*+-) 6+02*$,0 -)/.*$,0%#$8 F)*=))0 *#) *=, )0*-$)%;

T)*% 0,= 2,02)0*-.*) ,0 *#) 8-,*)$0% *#)7%)/4)% *, 9)* 7,-) $06,-7.*$,0 .F,+*

*#)7; a,+ 2.0 9, *, *#) %+77.-? 8.9)% 6,- *#)%) )0*-$)% .* *#) &'() $0 0)=F-,=%)- =$01,=% ,- *.F%; R, *, #**8


8/14

!"#$%&' )*$* +*', &' -."#/% 0$$/122/34%5#"6 !)+%789) :.$#"&*;

H$0*)-.2*$,0%J /$0@ 6,- ).2# ,6 *#) *=, /$9.01% .% %#,=0 .F,4); "#$% *.@)% ?,+ *,

*#) 1)*.$/% ,6 *#) -)%$1+) $0*)-.2*$,0% $0 F,*# )0*-$)% +%$09 .0,*#)- &'() %)-4$2)

A&'()O,*$6< #**8P!

G-IQ

_,= 9,$09 F.2@ *, *#) -)%$1+)GF?G-)%$1+) :'G7.88$09 -)%+/*% 8-,4$1)1 F?

&'()6,/15 =) 2.0 7.@) %,7) 4)-? $0*)-)%*$09 ,F%)-4.*$,0%; 3,- )>.78/) ^C_ cX

.01 TaC [Y $0*)-.2*% =$*# *#) /$9.01 ^_& $0 [O\&5 ./$90% =$*# ^C_ k .01 TaC c[

6-,7 &'( )0*-? [Pef; (,*# ^C_ k .01 TaC c[ .-) ./%, $04,/4)1 $0 $0*)-.2*$,0%

=$*# K"" $0 . %$7$/.- 7.00)-;

K0 *#$% =.? $6 =) 2,78.-) *#) -)%* ,6 *#) -)%$1+)% 8-)%)0* $0 *#) F$01$09

)04$-,07)0* 6,- ^_& .01 K""5 $* =$// F) 4)-? 2/).- *#.* F,*# *#) 8-,*)$0% *-? *,

.1,8* %$7$/.- F$01$09 )04$-,07)0* $0 ,-1)- *, $0*)-.2* =$*# . 0+2/),*$1) /$9.01;

"#$% ,F%)-4.*$,0 ./%, $01$2.*)% *#.* *#) #?8,*#)*$2./ 8-,*)$0 -)8-)%)0*)1 F? *#)

&'( )0*-? [O\& $% 8,*)0*$./ 8?-,8#,%8#.*.%) %$7$/.- *, *#) 8-,*)$0 +01)- &'(


9/14

!"#$%&' )*$* +*', &' -."#/% 0$$/122/34%5#"6 !)+%789) :.$#"&*;

)0*-? [Pef; :0%"%B#"% &' $0&D ?*D%R $0% B.'?$' #B $0% /"#$%&' E#;%?.;%

3&?$*$%D &$D #S%"*;; D$".?$."*; B#;3 "*$0%" $0*' &$D D%N.%'?% &3%'$&$@5

R, F.2@ *, .// *#) -)%+/*% ,6 *#) %*-+2*+-./ 2,78.-$%,0 ,6 [O\& =$*# *#) &'(;

"#) 2#)2@F,> %#,=0 ,0 *#) -)%+/*% 8.9) 2.0 F) +%)1 *, %)/)2* )0*-$)% *, %+F7$*

6,- 7+/*$8/) ./$907)0* 6-,7 *#) 8.$-=$%) ./$907)0* 8.9)%; D#)2@ . 6)= ,6 *#)%)

-)%+/*% .01 2#,,%) HC+F7$* 6,- O+/*$8/) ^/$907)0*J 6-,7 *#) F,**,7 ,6 *#)

-)%+/*% 8.9); "#$% =$// 1, . 7+/*$8/) ./$907)0* F)*=))0 *#) 2#,%)0 )0*-$)% .01

*#) -)%+/*% =$// F) %#,=0 %$7$/.- *, *#.* %))0 6,- *#) 8.$-=$%) ./$907)0*; a,+

7.? 2#,,%) *#) Hd$)= C+8)-8,%)1J F+**,0 *, %)) .// ?,+- 2#,%)0 )0*-$)% ./$90)1;

^% 2.0 F) %))0 .// ,+- 2#,%)0 )0*-$)% .88).- *, %#.-) *#) %.7) ,4)-.// %*-+2*+-);

>.;$&/;% T;&6'E%'$D .D&'6 !)+%789)


10/14

!"#$%&' )*$* +*', &' -."#/% 0$$/122/34%5#"6 !)+%789) :.$#"&*;

3-,7 *#) &'()3ET' %+F7$%%$,0 6,-75 2#,,%) *#) -.1$, F+**,0 6,- HO+/*$8/)

^/$907)0*J *, F-$09 +8 *#) %+F7$%%$,0 6,-7 6,- 7+/*$8/) ./$907)0*%;

"#) 7+/*$8/) ./$907)0* ,8*$,0 8-,4$1)1 F? *#) &'()6,/1 %)-4$2) $% 4)-? +%)6+/

=#)0 ?,+ #.4) 7,-) *#.0 *=, 8-,*)$0% 6,- =#$2# ?,+ 0))1 *, 2,78.-)%*-+2*+-./ 6,/1%;

K0 I+)-? 8.9) 6,- H7+/*$8/) ./$907)0*J5 *?8) *#) &'( K' ,6 ?,+- 2#,$2) .01 2/$2@

,0 *#) F+**,0 %.?$09 H3$01 2#.$0%J; "#$% =$// +8/,.1 *#) K' 2,1) $0 *#) HT$%* ,6

)0*-$)%J 2,/+70 .% %#,=0 .F,4); E02) .0 )0*-? $% /,.1)15 2/$2@ ,0 *#) H0)=

)0*-?J F+**,0 *, +8/,.1 *#) 0)>* )0*-? $0 . %$7$/.- =.?; "#) 1)/)*) )0*-? F+**,0

)0.F/)% *#) +%)- *, -)7,4) *#) #$9#/$9#*)1 &'( K' 2,1) 6-,7 *#) /$%* ,6 )0*-$)%;

"#) T?$.*;&U% F+**,0 +81.*)% 1.*. 6,- *#) #$9#/$9#*)1 )0*-? 6-,7 *#) T$%* ,6

)0*-$)%5 6-,7 *#) 1)*.$/% )0*)-)1 $0 *#) -$9#* 8.-* ,6 *#) C+F7$%%$,0 3,-7; E02)

.// *#) &'( )0*-$)% .-) +8/,.1)15 2/$2@ ,0 *#) H%+F7$* ?,+- I+)-?J F+**,0;


11/14

!"#$%&' )*$* +*', &' -."#/% 0$$/122/34%5#"6 !)+%789) :.$#"&*;

"#) 7+/*$8/) ./$907)0* -)%+/*% 8.9) %#,=% %*-+2*+-./ ./$907)0* .7,09 *#) l

)0*-$)% *#.* =)-) +8/,.1)1 AcFXm5 [1405 [)e> .01 c4X-B; a,+ 2.0 ./%, 4$)= *#)

%+8)-8,%)1 )0*-$)% $0 . 9-.8#$2% 4$)=)- F? 8-)%%$09 *#) HC#,= C+8)-8,%)1J

F+**,0;

"#) 2)0*-./ 1,7.$0 -)9$,0 $0 .// 8-,*)$0% .88).-% *, F) #$9#/? %$7$/.-; ^0./?%$% ,6

*#) -)%$1+)GF?G-)%$1+) 7.88$09 1.*. A%$7$/.- =.? $* =.% 1,0) $0 *#) 8.$-=$%)

./$907)0* F)6,-)B ./%, $01$2.*)% #$9# 1)9-)) ,6 %$7$/.-$*? ,F%)-4)1 $0 *#) .2*$4)

F$01$09 %$*) A0+2/),*$1) F$01$09B ,6 .// *#)%) 8-,*)$0%;

"#)%) -)%+/*% ,F*.$0)1 6-,7 &'()6,/1 %)-4$2) 8-,4$1) )02,+-.9$09 8-,%8)2*% ,6

+01)-%*.01$09 8,%%$F/) -,/)% ,6 . #?8,*#)*$2./ 8-,*)$0 ,- %*-+2*+-./ 9)0,7$2%

8-,*)$0% =#,%) 6+02*$,0 $% ?)* *, F) 1)*)-7$0)1;


12/14

!"#$%&' )*$* +*', &' -."#/% 0$$/122/34%5#"6 !)+%789) :.$#"&*;

8:F-V -QT>!9-=

C)2,01.-? %*-+2*+-) ./$907)0*% 2.0 ,6*)0 %#,= -)/.*$,0%#$8% *#.* .-) 0,*

$77)1$.*)/? ,F4$,+% 6-,7 %)I+)02) $1)0*$*? ./,0); `)-) .-) . 6)= )>.78/)

=#$2# ?,+ 7.? 6$01 $0*)-)%*$09;.B ^/8#.G/.2*./F+7$0 A&'( )0*-? c^ld #**8


13/14

!"#$%&' )*$* +*', &' -."#/% 0$$/122/34%5#"6 !)+%789) :.$#"&*;

FB P,%$0,8#$/ O.V,- (.%$2 &-,*)$0 A&'( )0*-? c`m] #**8


14/14

!"#$%&' )*$* +*', &' -."#/% 0$$/122/34%5#"6 !)+%789) :.$#"&*;

2B &'( )0*-? c"KO .01 [Eee; ', . 8.$-=$%) ./$907)0* F)*=))0 c"KO .01

[Eee +%$09 *#) 8.$-=$%) ./$907)0* 6,-7; "#) -)%+/*% =$// %#,= *#.* *#)

*=, 8-,*)$0% %#.-) lS %)I+)02) $1)0*$*? .01 XYS %*-+2*+-./ %$7$/.-$*?;

(,*# 8-,*)$0% #.4) 7$0$7./ %)I+)02) $1)0*$*? .01 ?)* F)/,09 *, *#) %.7)

6,/1 2/.%% A*#) "KO F.--)/B;

"#$% )01% ,+- *+*,-$./ ,0 &'()3ET'; Z) #,8) ?,+ 6,+01 *#$% +%)6+/ .01 =$// F)

.F/) *, +%) *#$% *,,/ $0 ?,+- 6+*+-) -)%).-2# .01 .0./?%$%; K* $% #,8)6+//? 2/).-

6-,7 *#) )>.78/)% 9$4)0 $0 *#$% *+*,-$./ *#.* 6,/1 %8.2) $% 7,-) -)%*-$2*)1 *#.0

%)I+)02) %8.2) .01 7,%* 8-,*)$0% *)01 *, 6.// F-,.1/? $0*, ,0) ,6 *#) 7.0? 6,/1

2/.%%)% ./-).1? 6,+01 $0 *#) &'(; K6 ?,+ 0))1 *, 9)* $0 *,+2# =$*# *#) &'()

-)9.-1$09 .0? .%8)2* ,6 *#) 8-,9-.77)5 8/).%) )7.$/ 81F)#)/8n)F$;.2;+@ .01

=) =$// *-? *, .%%$%* ?,+ $0 .0? =.? 8,%%$F/);

pdbefold tutorial[1]

Documents