國網中心生物知識庫與 生物計算服務系統bioinfo.nchc.org.tw/personal/pdf/bkm.pdf ·...

7
78 NARL QUARTERLY 摘要 國家高速網路與計算中心生物知識庫與生 物計算服務系統(http://bioinfo.nchc.org.tw/為本中心生物計算服務的入口,同時也是一個 豐富多元的生物知識網站。該網站包含生物科 普資訊,及進階生物計算軟體分析,它提供了 生技領域新知、生物計算軟體教學介紹和生物 計算軟體文獻收集等不同類型的文章與資訊, 本文將窊對此網站做一個整體性的介紹。 前言 由於生物科技及分子生物研究近年來的蓬 勃發展,產生了大量的數值資料,為了協助處 理和解讀數量龐大的遺傳密碼,利用電腦來處 理分析資料的生物資訊學便因此誕生。除了處 理分析遺傳密碼的相關資訊之外,各種生物與 醫學相關的影像處理技術需求也是與日俱增。 國家高速網路與計算中心(以下簡稱國網中心) 的生物知識庫與生物計算服務系統,藉由網際 網路的技術建立一個整合性的知識庫環境,不 但為了對於生物相關知識有濃厚興趣的廣泛大 眾提供最新的生技新知,並將一直以來所收集 的生技文章整理以方便搜尋矢同時為從事生命 科學研究的科學家們提供各種不同的生物資訊 軟體服務。與一般生技新知網站所不同的是, 國網中心希望能提供生命科學領域的研究生與 學者們更多的加值服務,例如在生技新知的文 章後方提供原始論文的鏈結,以及蒐集彙整最 新的應用這些生物計算軟體所發表論文等,以 利生命科學家們在使用本網站時更加迅速且有 效地找到所需的資訊。 服務架構 國網中心生物知識庫與生物計算服務系統 可分為生物知識庫以及生物計算服務系統兩大 部分。在生物知識庫方面,分別是生技新知、 期刊導讀、生物計算軟體文獻收集、生物計算 軟體與資料庫介紹等四個區塊,內容從科普新 知到進階生物計算研究分析,可提供不同層次 的使用者閱讀矢在生物計算服務系統方面,主 要提供各種不同生物計算資料庫及相關軟體, 協助生命科學家進行相關研究工作。網站架構 即如圖1所示,首頁登入畫面即如圖2生物知識庫 由於服務對象為科普大眾與任何想要踏入 生物計算領域的使用者,所以在生物知識庫的 內容建置規劃上包含了不同層次以及難易度的 科普新知與專題報導,粗略的將生物知識庫分 為四大區塊,分別是生技新知、期刊導讀、生 物計算軟體文獻收集、生物計算軟體與資料庫 介紹等。 國網中心生物知識庫與 生物計算服務系統 國家高速網路與計算中心 科學計算組 生物小組 葉昌偉 [email protected] 劉曉佩 [email protected] 莊朝鈞 [email protected] 陳家和 [email protected] 謝昌煥 [email protected]

Upload: others

Post on 24-Sep-2019

11 views

Category:

Documents


0 download

TRANSCRIPT

Page 1: 國網中心生物知識庫與 生物計算服務系統bioinfo.nchc.org.tw/personal/pdf/bkm.pdf · 國家高速網路與計算中心科學計算組生物小組 葉昌偉c00cwy00@nchc.org.tw

78NARL QUARTERLY

摘要

國家高速網路與計算中心生物知識庫與生

物計算服務系統(http://bioinfo.nchc.org.tw/)

為本中心生物計算服務的入口,同時也是一個

豐富多元的生物知識網站。該網站包含生物科

普資訊,及進階生物計算軟體分析,它提供了

生技領域新知、生物計算軟體教學介紹和生物

計算軟體文獻收集等不同類型的文章與資訊,

本文將窊對此網站做一個整體性的介紹。

前言

由於生物科技及分子生物研究近年來的蓬

勃發展,產生了大量的數值資料,為了協助處

理和解讀數量龐大的遺傳密碼,利用電腦來處

理分析資料的生物資訊學便因此誕生。除了處

理分析遺傳密碼的相關資訊之外,各種生物與

醫學相關的影像處理技術需求也是與日俱增。

國家高速網路與計算中心(以下簡稱國網中心)

的生物知識庫與生物計算服務系統,藉由網際

網路的技術建立一個整合性的知識庫環境,不

但為了對於生物相關知識有濃厚興趣的廣泛大

眾提供最新的生技新知,並將一直以來所收集

的生技文章整理以方便搜尋矢同時為從事生命

科學研究的科學家們提供各種不同的生物資訊

軟體服務。與一般生技新知網站所不同的是,

國網中心希望能提供生命科學領域的研究生與

學者們更多的加值服務,例如在生技新知的文

章後方提供原始論文的鏈結,以及蒐集彙整最

新的應用這些生物計算軟體所發表論文等,以

利生命科學家們在使用本網站時更加迅速且有

效地找到所需的資訊。

服務架構

國網中心生物知識庫與生物計算服務系統

可分為生物知識庫以及生物計算服務系統兩大

部分。在生物知識庫方面,分別是生技新知、

期刊導讀、生物計算軟體文獻收集、生物計算

軟體與資料庫介紹等四個區塊,內容從科普新

知到進階生物計算研究分析,可提供不同層次

的使用者閱讀矢在生物計算服務系統方面,主

要提供各種不同生物計算資料庫及相關軟體,

協助生命科學家進行相關研究工作。網站架構

即如圖1所示,首頁登入畫面即如圖2。

生物知識庫

由於服務對象為科普大眾與任何想要踏入

生物計算領域的使用者,所以在生物知識庫的

內容建置規劃上包含了不同層次以及難易度的

科普新知與專題報導,粗略的將生物知識庫分

為四大區塊,分別是生技新知、期刊導讀、生

物計算軟體文獻收集、生物計算軟體與資料庫

介紹等。

國網中心生物知識庫與生物計算服務系統

國家高速網路與計算中心 科學計算組 生物小組

葉昌偉 [email protected]

劉曉佩 [email protected]

莊朝鈞 [email protected]

陳家和 [email protected]

謝昌煥 [email protected]

��������������������������������������������������������������������������������������������������������������

����������������������������� ����������

������������������������������������ �������� �������� �����

�������� ��

�����������������

�������� ��������������������������

����

����

�������������������������������������

����������������������������������������

�����

��������������������������������

�������

�����

��������������������������������

�������

�������

��������� �������������������!"������������

����#��$�����������

����

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

�������������� �����������������������!"�$�����������

�������

�����

������������

�������������������������������

��������

�������

�����

���������� ��� ���������

��������

#��$�����������

�������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

'�������'��������������������������������������������������

�������

���������������

�������� ����� �������� �������� ����� �!������ �����()�

���������

���������������������

����������������������������������������������������������������������

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

Page 2: 國網中心生物知識庫與 生物計算服務系統bioinfo.nchc.org.tw/personal/pdf/bkm.pdf · 國家高速網路與計算中心科學計算組生物小組 葉昌偉c00cwy00@nchc.org.tw

院長的話

專利上架

專題企劃

尖端科技

科技交流

人物專訪

科技小百科

活動報導

各實驗室動態

79NARL QUARTERLY

圖1 國網中心生物知識庫與生物計算服務系統可分為兩大部分

圖2 國網中心生物知識庫與生物計算服務系統首頁

��������������������������������������������������������������������������������������������������������������

����������������������������� ����������

������������������������������������ �������� �������� �����

�������� ��

�����������������

�������� ��������������������������

����

����

�������������������������������������

����������������������������������������

�����

��������������������������������

�������

�����

��������������������������������

�������

�������

��������� �������������������!"������������

����#��$�����������

����

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

�������������� �����������������������!"�$�����������

�������

�����

������������

�������������������������������

��������

�������

�����

���������� ��� ���������

��������

#��$�����������

�������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

'�������'��������������������������������������������������

�������

���������������

�������� ����� �������� �������� ����� �!������ �����()�

���������

���������������������

����������������������������������������������������������������������

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

��������� �%&����������!"������������������������

�������������

Page 3: 國網中心生物知識庫與 生物計算服務系統bioinfo.nchc.org.tw/personal/pdf/bkm.pdf · 國家高速網路與計算中心科學計算組生物小組 葉昌偉c00cwy00@nchc.org.tw

80NARL QUARTERLY

生技新知與期刊導讀:顧名思義為提供最

新的生技相關新知報導,包含有生化調控、生

物影像、生物技術、生技產業、細胞生物、臨

床醫藥、計算生物、發育生物、生態保育、基

因體科學、健康保健、微生物及免疫學、神經

生物及傳統生物等生物相關的新興知識報導。

生技新知與期刊導讀來源主要來自科景[ 1 ]以及

華文生技網[ 2 ]等網站。此外,為了讓使用者在

使用上更為便利,本網站特別在文章後面增加

原始論文的鏈結,只要輕輕一點,免除繁複的

搜尋過程即可直接看到原文摘要。使用者不只

可以在這瀏覽到最新的生物新知,更可以利用

我們的站內搜尋系統找尋特定類別的文章,只

要點擊首頁上方生技新知右邊的”more”鍵,

所有的文章分類即可一目了然,並且可以依照

個別的需求找到該類文章。

除了各種科普新聞類文章之外,本單元也

提供期刊導讀類的深入文獻報導,不只窊對學

術論文的詳盡探討和介紹,更標明了文章的原

始出處,讓想閱讀原文的讀者們可以更加迅速

的找到該篇文獻。

為了方便使用者取得特定主題的生技新

知,達到使用者導向的目標,我們建立了RSS

(Really Simple Syndication)的服務平台。

RSS是一種XML格式,可以用來分發和匯集網

頁內容,只要利用RSS閱讀器訂閱個別主題,

便會主動通知讀者生物知識庫提供了更新的新

聞內容,並且讀者可以依照個人喜好訂閱不同

主題的生技新知。

生物計算軟體文獻收集:這是國網中心計

算生物小組的最新服務,主要的內容是各個生

物計算應用軟體的相關文獻收集,只要是近期

的研究文獻中有提到或使用到該軟體的部分,

便會依照各軟體分門別類的整理出來。目前收

集的文獻主要是國網中心生物資訊服務系統有

提供服務的軟體矢如序列分析軟體G C G和

EMBOSS、生物晶片分析軟體BASE、影像軟

體Amira等等。除了會不斷更新並擴充此收集庫

的內容之外,未來也計畫將其他尚未提供服務

的軟體相關文獻一一收錄。雖然目前有不少搜

尋引擎亦可以達到搜尋相關文獻的功能,但是

使用一般搜尋引擎所查到的結果多半較為雜

亂,因此我們將這些龐大的搜尋結果加以整理,

提供使用者更為有系統的文獻收集(圖3)。

生物計算軟體與資料庫:這個部分包含了

許多的計算生物學相關知識,有生物資訊學的

簡介以及各種軟體的介紹和教學,是生物資訊

學的入門,目前主要可分為三大類,生物資訊

軟體、結構生物以及生醫影像等,內容包含生

物計算軟體介紹、實用的軟體操作範例以及深

圖3 生物計算軟體文獻收集流程

��������������������������������������������������������������������������������������������������������������

����������������������������� ����������

������������������������������������ �������� �������� �����

�������� ��

�����������������

�������� ��������������������������

����

����

�������������������������������������

����������������������������������������

�����

��������������������������������

�������

�����

��������������������������������

�������

�������

��������� �������������������!"������������

����#��$�����������

����

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

�������������� �����������������������!"�$�����������

�������

�����

������������

�������������������������������

��������

�������

�����

���������� ��� ���������

��������

#��$�����������

�������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

'�������'��������������������������������������������������

�������

���������������

�������� ����� �������� �������� ����� �!������ �����()�

���������

���������������������

����������������������������������������������������������������������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

Page 4: 國網中心生物知識庫與 生物計算服務系統bioinfo.nchc.org.tw/personal/pdf/bkm.pdf · 國家高速網路與計算中心科學計算組生物小組 葉昌偉c00cwy00@nchc.org.tw

院長的話

專利上架

專題企劃

尖端科技

科技交流

人物專訪

科技小百科

活動報導

各實驗室動態

81NARL QUARTERLY

入的軟體相關文獻導讀等等,使用者不但可以

吸收生物計算相關軟體的各項詳細資料,更可

以藉此了解我們所提供的軟體服務內容以及研

究成果。

生物計算服務系統

生物計算服務系統的服務對象主要為具備

生物及生物資訊學基礎的使用者,提供生物序

列分析軟體及資料庫、生物晶片分析軟體、結

構生物軟體以及生醫影像軟體服務。

生物序列分析軟體及資料庫

我們提供了各種不同功能與用途的序列分

析工具與軟體套組,從最基礎的NCBI Web-

B L A S T 、到生命科學研究人員最常用的

G C G / S e q W e b生物序列分析軟體套組、

EMBOSS序列分析軟體套組、整合性序列分析

入口SeWeR,以及BioTeam iNquiry生物資訊

分析軟體,上述軟體使用者只需要透過本生物

計算服務系統網站,申請使用者帳號和密碼,

即可使用上述的生物資訊軟體。

NCBI-BLAST[ 3 ]

:BLAST是生命科學研

究人員最常使用的序列比對工具之一,國網中

心提供的B L A S T程式包含有雙序列比對的

b l2seq,序列資料庫搜尋比對的b las tn、

megab las t、b las tp、b las tx、 tb las tn與

tblastx,以及進行蛋白質模組(domain)序列

比對的PSI-blast與PHI-blast,其中blastn為核

酸序列比對、blastp為蛋白質序列比對、blastx

為核酸序列與蛋白質資料庫比對、tblastn為蛋

白質序列與轉譯核酸序列比對、tblastx為核酸

序列與轉譯核酸資料庫比對。NCBI-BLAST可

免申請帳號直接點選使用。

GCG/SeqWeb[ 4 ]

:GCG(Genetics

Computer Group)是生物資訊界最廣為人知的

分子序列分析軟體套組。GCG包括了超過130

個分析程式,可以分成序列比對、資料庫搜

尋、演化分析、限制 裂解圖譜、特殊序列片

段辨識、PCR引子設計、蛋白質分析、核酸二

級結構、轉譯等類別矢除了分析程式外,GCG

同時也提供多種生物資料庫,例如:核 酸相

關的GenBank[ 5 ],蛋白質相關的GenPept

[ 5 ]、

PIR[ 6 ]、UniProt

[ 7 ]、PROSITE

[ 8 ]、Pfam

[ 9 ],以

及REBASE[10]等資料庫。使用者可以輸入自己

實驗的分子序列,或是從這些資料庫取得分子

序列,再利用GCG分析軟體分析這些序列。

國網中心所提供之GCG服務以SeqWeb網

頁介面為主,使用者僅需透過生物計算服務系

統 網 頁 申 請 帳 號 核 准 後 , 即 可 使 用

GCG/SeqWeb服務。

EMBOSS/JEMBOSS[ 1 1 ]

:EMBOSS的

全名是European Molecular Biology Open

Software Suite,由歐洲多個學術單位所開發出

來的生物序列分析套組。EMBOSS套組目前包

含超過一百個以上的程式,除了可以進行序列

搜尋比對,也有尋找蛋白質motif、domain,以

及二級結構分析等功能。

國網中心所提供的EMBOSS服務為網頁

介面(Luke’s EMBOSS-GUI)與Java使用者

介面(Java EMBOSS,JEMBOSS)。使用者

只需要透過網頁瀏覽器即可使用L u k e’s

E M B O S S - G U I ,而 J a v a 使用者介面的

JEMBOSS,使用者需先下載安裝Java web

start,再行點選JEMBOSS網頁即可使用。

S e We R[ 1 2 ]

:S e We R是S E q u e n c e

analysis using WEb Resources的縮寫,它整

合了網路上常用序列分析工具的入口,包含一

般常用的核酸與蛋白質序列比對分析的功能、

資料庫的搜尋、PCR引子設計以及其他相關的

序列比對與整理工具。

每酉

��������������������������������������������������������������������������������������������������������������

����������������������������� ����������

������������������������������������ �������� �������� �����

�������� ��

�����������������

�������� ��������������������������

����

����

�������������������������������������

����������������������������������������

�����

��������������������������������

�������

�����

��������������������������������

�������

�������

��������� �������������������!"������������

����#��$�����������

����

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

�������������� �����������������������!"�$�����������

�������

�����

������������

�������������������������������

��������

�������

�����

���������� ��� ���������

��������

#��$�����������

�������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

'�������'��������������������������������������������������

�������

���������������

�������� ����� �������� �������� ����� �!������ �����()�

���������

���������������������

����������������������������������������������������������������������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

��������������������������������

�������

Page 5: 國網中心生物知識庫與 生物計算服務系統bioinfo.nchc.org.tw/personal/pdf/bkm.pdf · 國家高速網路與計算中心科學計算組生物小組 葉昌偉c00cwy00@nchc.org.tw

82NARL QUARTERLY

BioTeam iNquiry[ 1 3 ]

: BioTeam

iNquiry為一套網頁介面之生物資訊工具整合性

軟體,內含的工具程式除了目前本中心有提供

的EMBOSS軟體套組之外,更包含了Hmmer、

Wise2、NCBI-BLAST、Glimmer、ClustalW、

PHYLIP等常用的生物資訊分析軟體,總計超過

170種以上。使用者可以透過QueueStatus工作

管理程式,監控看到自己的工作是否已經進入

排程執行。使用者僅需透過生物計算服務系統

網頁申請帳號核准後,即可使用B i o Te a m

iNquiry服務。

SRS[ 1 4 ]

:由於生物序列資料庫相當的多

元 , 有 核 酸 序 列 資 料 庫 ( G e n B a n k 、

RefSeq[ 1 5 ]

、EMBL[ 1 6 ]

)、蛋白質序列資料庫

(SwissProt[ 1 7 ]

、PIR、TREMBL[ 1 8 ]

)以及蛋白

質結構資料庫(PDB[ 1 9 ]

)等等,而各種資料庫

分別由不同的研究機構所維護,所以在過去資

料查詢必須連線至各資料庫網站進行搜尋,因

此為了讓資料庫搜尋能有一個統一的入口,

SRS(Sequence Retrieval System)便因此

而生。

SRS是由歐洲分子生物學實驗室(EBI)開

發而成,最初是為核酸序列資料庫EMBL和蛋白

質序列資料庫SwissProt的查詢開發的,SRS目

前已經成為歐洲各國主要生物資訊中心必備的

資料庫查詢系統。國網中心所提供的SRS服務

包含EMBL、TREMBL、SwissProt、PIR、

PDB等數個序列及結構資料庫,使用者僅需輸

入一個關鍵字,即可同時窊對所有資料庫進行

搜尋,並且所有的資料庫內容都可以相互參

照,讓使用者更容易找到需要的資訊。

生物晶片分析軟體

由於生命科學研究人員對基因晶片分析的

需求,業界以及學術界都推出許多基因晶片相

關的分析應用軟體,從單純進行影像處理、正

規化、差異性表現分析、叢集分析或是資料庫

軟體,到彙整多項功能的整合性軟體都有。

圖4 果蠅大腦影像模組化後所觀察到的腦神經叢

與神經網路3D立體影像

��������������������������������������������������������������������������������������������������������������

����������������������������� ����������

������������������������������������ �������� �������� �����

�������� ��

�����������������

�������� ��������������������������

����

����

�������������������������������������

����������������������������������������

�����

��������������������������������

�������

�����

��������������������������������

�������

�������

��������� �������������������!"������������

����#��$�����������

����

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

�������������� �����������������������!"�$�����������

�������

�����

������������

�������������������������������

��������

�������

�����

���������� ��� ���������

��������

#��$�����������

�������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

'�������'��������������������������������������������������

�������

���������������

�������� ����� �������� �������� ����� �!������ �����()�

���������

���������������������

����������������������������������������������������������������������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

Page 6: 國網中心生物知識庫與 生物計算服務系統bioinfo.nchc.org.tw/personal/pdf/bkm.pdf · 國家高速網路與計算中心科學計算組生物小組 葉昌偉c00cwy00@nchc.org.tw

院長的話

專利上架

專題企劃

尖端科技

科技交流

人物專訪

科技小百科

活動報導

各實驗室動態

83NARL QUARTERLY

生醫影像軟體

在生物醫學的研究當中,常常會產生出許

多的生物醫學影像,諸如電腦斷層掃描、核磁

共振影像、顯微鏡影像等,以往對影像的分析

與判讀,都是透過醫生或生醫研究人員的肉眼

進行,而由於電腦技術的進步,利用電腦來輔

助生物影像分析及3D影像重建,已經成為現今

進行生醫研究的趨勢。

Amira[ 2 3 ]

:目前我們與清華大學腦科學研

究中心合作建立果蠅大腦3D影像資料庫,使用

者可以透過網頁,依研究需要重組影像模組,

進而觀察腦神經叢與神經網路在立體空間的關

係(圖4)。Amira軟體除了應用在果蠅大腦3D

立體影像重組之外,只要是任何一系列的2D橫

切面影像,如斷層掃描或核磁共振影像,經由

Amira的影像處理功能,都可以重組為3D立體

影像,提供研究人員從各個方向進行不同角度

的影像分析及解讀。

ImageJ[ 2 4 ]

:這是一個免費的共享軟體,

用來處理各種生物醫學臨床或研究的影像

圖片,是由美國國家衛生研究院(NIH)利用

J a v a語言所發展的科學影像處理軟體。程

式可以跨平台使用:例如Linux、Mac OS、

Windows。此程式可以展示、編輯、分析處

理、儲存及列印多種格式(T I F F、G I F、

JPEG、BMP、DICOM、FITS與RAW)影像。

除了一般標準的圖形處理功能,還可以計算影

像中特定區域的面積、圖點顏色與灰階的統計

資料、測量圖中某兩點間的距離、兩線間的角

度、及沿某線的濃淡變化。由於是開放式架

構,使用者可下載其他現有的擴充組件(plug-

in),如VolumeJ,FlowJ,SurfaceJ, Register ROI

等,或用內附的編輯器依照個人需求撰寫程

式,是個延伸性很高的影像處理應用程式。

國網中心提供的生物晶片分析軟體為BASE

(BioArray Software Environment) ,BASE是一

個基因晶片分析與資料儲存軟體,經由網頁介

面能夠處理大量的基因晶片數據,包含基因晶

片雜交實驗過程的資訊,與經掃描所產生的原

始影像及數據,也提供了資料正規化、瀏覽與

分析的工具。BASE是由瑞典Lund大學的研究人

員開發而成,目前陸續都有更新版的發行,尤

其是這個基因晶片分析環境平台是完全免費使

用,安裝程式、原始檔、操作手冊等都可以經

由網路取得,對於學術單位進行基因晶片分析

研究有相當大的幫助。使用者僅需透過生物計

算服務系統網頁申請帳號核准後,即可使用

BASE服務。

結構生物軟體

結構生物學為生命科學中重要的一個分

支,主要目的為探討生物巨分子之複雜結構特

性、形成此結構之動力過程、以及分子結構與

其生化功能之間的關係。近年由於計算機之快

速發展,以及生化資料庫中實驗數據的累積,

使高速計算在結構生物學研究中扮演的角色越

趨重要。因此,國網中心亦提供結構生物相關

軟體供研究人員使用。

Insight II[ 2 1 ]

是一套進行蛋白質結構分析研

究人員常用的一套軟體,它具有建立與模擬計

算分析結構的功能,利用套件提供的圖形使用

介面,可在短時間內建構好所需研究的巨分子

系統,並且具有能量最佳化、分子動態模擬、

靜電作用力計算、分子間作用力計算、鍵結區

域搜尋、同源蛋白建構和比對等計算與模擬的

功能,可依使用者的需求選擇適合自己的分析

工具。此套軟體配合X視窗軟體與網路瀏覽器整

合技術[ 2 2 ]

,使得使用者透過瀏覽器與X視窗模擬

軟體就可以輕易的開啟及使用國網中心提供的

Insight II軟體。

��������������������������������������������������������������������������������������������������������������

����������������������������� ����������

������������������������������������ �������� �������� �����

�������� ��

�����������������

�������� ��������������������������

����

����

�������������������������������������

����������������������������������������

�����

��������������������������������

�������

�����

��������������������������������

�������

�������

��������� �������������������!"������������

����#��$�����������

����

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

�������������� �����������������������!"�$�����������

�������

�����

������������

�������������������������������

��������

�������

�����

���������� ��� ���������

��������

#��$�����������

�������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

'�������'��������������������������������������������������

�������

���������������

�������� ����� �������� �������� ����� �!������ �����()�

���������

���������������������

����������������������������������������������������������������������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

��������������

���)�����'�����%&���������

#������������

�������

Page 7: 國網中心生物知識庫與 生物計算服務系統bioinfo.nchc.org.tw/personal/pdf/bkm.pdf · 國家高速網路與計算中心科學計算組生物小組 葉昌偉c00cwy00@nchc.org.tw

84NARL QUARTERLY

結語

為了推廣生物相關知識以及各種生物計算

軟體服務,國網中心經營這個生物知識庫與生

物計算服務系統的網站,期望提供社會大眾最

新且豐富的生技新知及知識庫,與生命科學領

域之研究人員進行生物相關的計算研究環境,

國網中心的生物知識庫與生物計算服務系統可

以是您獲得生物計算相關知識的最佳網站之

一。

致謝

感謝清華大學生物科技研究所所長暨腦科

學研究中心主任江安世教授提供果蠅大腦神經

網路影像。

參考文獻

1. http://www.sciscape.org/

2. http://www.bioweb.com.tw/

3. http://ncbi.nih.gov/BLAST/

4. http://www.accelrys.com/products/gcg/

5. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

6. http://pir.georgetown.edu/

7. http://www.pir.uniprot.org/

8. http://www.expasy.org/prosite/

9. http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/

10. http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

11. http://emboss.sourceforge.net/

12. http://iubio.bio.indiana.edu/webapps/SeWeR/

13. http://www.bioteam.net/

14. http://srs.ebi.ac.uk/

15. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/RefSeq/

16. http://www.ebi.ac.uk/embl/

17. http://ca.expasy.org/sprot/

18. http://www.ebi.ac.uk/trembl/

19. http://www.rcsb.org/pdb/

20. http://base.thep.lu.se/

21. http://www.accelrys.com/products/insight/

22. 謝昌煥、何智雄、莊朝鈞、葉昌偉(2005)“X-

視窗介面與網路瀏覽器整合與應用-以網頁自

動設定生物化學應用軟體環境為例” 國研科技

第五期,pp54~58。

23. http://www.amiravis.com/

24. http://rsb.info.nih.gov/ij/

��������������������������������������������������������������������������������������������������������������

����������������������������� ����������

������������������������������������ �������� �������� �����

�������� ��

�����������������

�������� ��������������������������

����

����

�������������������������������������

����������������������������������������

�����

��������������������������������

�������

�����

��������������������������������

�������

�������

��������� �������������������!"������������

����#��$�����������

����

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

������������������������

�������������� ��� �

�������

�����

�����������%&�����������������

�������������� ���������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

���������#��������&�����������������!��������'������������

�������

�����

�������������� �����������������������!"�$�����������

�������

�����

������������

�������������������������������

��������

�������

�����

���������� ��� ���������

��������

#��$�����������

�������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

'�������'��������������������������������������������������

�������

���������������

�������� ����� �������� �������� ����� �!������ �����()�

���������

���������������������

����������������������������������������������������������������������

�����

��������� �%&��������������������������������!"�$�����������

�������

�����

������������

�������������������������������

��������

�������