next generation monitoring met environmental dna - ravon
TRANSCRIPT
![Page 1: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/1.jpg)
Next generation monitoring met environmental DNA
Jelger Herder & Tim TermaatNijmegen, 20 januari 2017
![Page 2: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/2.jpg)
2/19
Sommige soorten zijn lastig te monitoren
Grote modderkruiper (Misgurnus fossilis)
• Vrijwilligers schepnet
• Professionals electrovissen
• Maar pit-tag onderzoek liet zien lage trefkans zien
• Habitat
• Environmental DNA
![Page 3: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/3.jpg)
3/19
eDNA verzamelen en aantonen in het lab
Snel en efficiënt monsteren
In het lab is er met PCR en soortspecifieke primers aan te tonen of er DNA van de doelsoort aanwezig was.
![Page 4: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/4.jpg)
4/19
Eerste studie in Nederland
In 2011 hebben RAVON en SPYGEN een pilotstudie naar de toepassingsmogelijkheid van eDNA methode voor grote modderkruiper (Misgurnus fossilis)
• Trefkans met eDNA 87,5% (7 van de 8 locaties)
• Negatieve veldcontroles allen negatief (4 locaties)
Herder et al., 2012 – H2O
![Page 5: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/5.jpg)
5/19
Hogere trefkans met eDNA
Kranenbarg et al., 2014 – H2O
Vergelijking in het veld: 48 wateren electrovissen vs eDNA
Trefkans eDNA ~ 3x hoger
Trefkans electrovissen max 37,5%
Electro vangst eDNA positief (100%)
![Page 6: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/6.jpg)
6/19
Pilotstudie Libellen
Groene glazenmaker
(Aeshna viridis)
7/9 locaties (trefkans 78%)
Gevlekte witsnuitlibel
(Leucorrhinia pectoralis)
6/8 locaties (trefkans 75%)
Locaties “gemist” ook niet met traditioneel onderzoek
![Page 7: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/7.jpg)
7/19
Pilotstudie noordse woelmuis
Noordse woelmuis keutels zijn niet te onderscheiden van aardmuis en veldmuis.
Keutelhoopjes zijn te vinden in het veld:
Middels eDNA wel op naam brengen?
![Page 8: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/8.jpg)
8/19
Pilotstudie noordse woelmuis
Hogere trefkans met eDNA + kostenefficiënter
Herder et al., 2015 – Levende Natuur
![Page 9: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/9.jpg)
9/19
Soort specifiek onderzoek succesvol
Bemonsterde locaties2011-2013
![Page 10: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/10.jpg)
10/19
eDNA metabarcoding - vissen
Hoe werkt het? Universele primers vermeerderen kort DNA fragment
Al het eDNA van vissen wordt vermeerderd
Vermeerderde sequenties uitlezen met NGS
Sequenties matchen aan soorten
Uitkomsten: Lijst aanwezige soorten
Relatieve verhoudingen tussen soorten
Valentini et al., 2016
![Page 11: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/11.jpg)
11/19
Groot onderzoek 2015 (eDNA vs KRW)
55 onderzoekslocaties (KRW traject)
1 tot 3 monsters per locatie
Watertypen
12 R-type (beek tot kleine rivier)
47 M-type (sloot, kanaal, plas tot groot meer en ook brak water)
3 niet KRW wateren
![Page 12: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/12.jpg)
12/19
Onderzoekslocaties en monstermethodeBerkel en Rodenrijs - vaart
![Page 13: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/13.jpg)
13/19
Onderzoekslocaties en monstermethodeBerkel Zutphen – Kleine rivier
![Page 14: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/14.jpg)
14/19
Onderzoekslocaties en monstermethode
Noorder IJplas – groot brak water
![Page 15: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/15.jpg)
15/19
1.6 x meer soorten met eDNA
aaa
a
ab b
b
![Page 16: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/16.jpg)
16/19
Reproduceerbaarheid analyse
020
000
4000
060
000
8000
0
1000
00
1200
000
50000
100000
150000
200000
R² = 0.979263998700242
![Page 17: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/17.jpg)
17/19
Reproduceerbaarheid monstername
Noorder IJplas 1 Noorder IJplas 2 Noorder IJplas 3
R2 tussen 0,90 en 0,96
![Page 18: Next generation monitoring met environmental DNA - RAVON](https://reader033.vdocuments.mx/reader033/viewer/2022042706/58a8bfc11a28ab53138b4691/html5/thumbnails/18.jpg)
18/19
Verder lezen
www.environmental-dna.nlUitgebreid review
Do’s and Don’ts eDNA onderzoek