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Bois d’Amont 11‐14 Décem

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2006

ECOLE MODMOL

Le comité d’organisation: Fanny Guyomarch Anne Tromelin Cécile Tournu‐Sammartino Olivier Vitrac

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Compte‐rendu MODMOL2006

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SEQUENCES « ASPECTS THEORIQUES » Les présentations correspondantes sont résumées dans le tableau ci‐dessous avec le

chemin local correspondant. Les présentations sont disponibles à partir de l’adresse :

http://listes.inra.fr/wws/d_read/modelisation‐moleculaire/MODMOL_DAMONT_11_14_DEC_2006/

BASES EXTENSIONS

MODELISATION

MOLECULAIRE ET

SUPRAMOLECULAIRE

DYNAMIQUE MOLECULAIRE & PREDICTION

DE PROPRIETES(TRANSPORT, MECANIQUES)

Wed13/Brown

MODÈLES « GROS GRAINS » & MÉSOSCOPIQUES

Mon11/Meyer

MODELISATION DES

PROTEINES

APPROCHES PAR HOMOLOGIE

Mon11/Dauchez

MODELISATION SOUS CONTRAINTE A PARTIR DES DONNEES RMN

Tue12/Gilquin

Bernard Rousseau du Laboratoire de Chimie Physique d’Orsay (UMR CNRS 8000) qui

devait présenter les modèles dissipatifs des polymères est excusé. Sa présentation

lors de l’Ecole MODMOL 2005 est disponible sur le même serveur.


/4

SEQUENCES « TEMOIGNAGES DE RECHERCHE » Les présentations correspondantes sont résumées dans le tableau ci‐dessous avec le



MODELISATION ILLUSTRATIONS

DOCKING

SIMULATION DE SYSTEMES LIGAND RECEPTEUR DE LA CHIMIE QUANTIQUE A LA MODELISATION MOLECULAIRE

Tue12/Golebiowski

CELLULOSE

PREDICTION DE LA STRUCTURE & PROPRIETES

Mon11/Mazeau

EX. PROTEINE PEU

STRUCTUREE

HOMOLOGIE & DYNAMIQUE MOLECULAIRE

Tue12/Dauchez


/5

EX. M

ICELLES DE

CASEINE

MODELISATION MESOSCOPIQUE

Tue12/Euston

RELATIONS

STRUCTURES PROPRIETES

LOGICIEL PROCHEMIST

Thu14/Urbaniak


/6

SEQUENCES « TEMOIGNAGES CHERCHEURS INRA » Les présentations correspondantes sont résumées dans le tableau ci‐dessous avec le



PARCOURS INRA OBJECTIFS DE RECHERCHE

« JE SOUHAITE INTEGRER LA

DEMARCHE MODELISATION

MESOSCOPIQUE »

PREDICTION DE L ’ORGANISATION DES MICELLES DE CASEINE

Wed13/Guyomarch

« COMMENT J’AI INTEGRE LA

DEMARCHE MODELISATION

MOLECULAIRE »

PREDICTION DE LA STRUCTURE DES PROTEINES DE TRANSFERT DE LIPIDES (EN LIEN AVEC LA FONCTION)

Wed13/De_Lamotte


/7

ATELIERS : THEMES COLLECTIFS DE RECHERCHE Trois ateliers ont été organisés. Pour des raisons de confidentialité (le compte‐rendu

est placé en ligne), le détail des projets n’est pas indiqué. Les personnes intéressées

pour chacun de ces projets sont priées de prendre contact avec les porteurs :

‐ Joëlle Leonil (protéines peu structurées) ‐ [email protected]

‐ Véronique Cheynier (interactions tanins‐polyphénols) ‐ [email protected]

‐ Claire Fargues (modélisation des propriétés de transport des membranes

d’osmose inverse) –[email protected]

EVALUATION Le format Ecole sur 4 jours a été apprécié, il a laissé une place significative aux

discussions informelles. Comme pour les deux écoles précédentes, le programme

était chargé. La‐demi‐journée libérée le dernier jour n’a malheureusement pas été

mise à profit pour profiter du cadre agréable et de la neige (sorties raquette ou ski

de fond).

La répétition des « Ecoles » a permis au public non spécialiste de préciser les

concepts, l’état de l’art, d’affiner les attentes et d’ébaucher les éléments de

démarche pour intégrer la modélisation moléculaire comme outil de recherche et de

compréhension. La communauté est aujourd’hui bien identifiée et peu être utilisée

pour monter des projets ANR ou européens.

Cette année, ont été mis sur l’estrade à la fois les « barbus modélisateurs » et les

« biologistes » (je reprends les termes de Frédéric). Cette mise en scène permet au

« biologiste » d’effectuer une formalisation des attentes, donc une première étape

de modélisation. De même, elle permet « aux modélisateurs » une première

indentification des objectifs, qui peuvent être atteints par la modélisation. La

combinaison des deux contribue à faire émerger de nouveaux points de vue pour les

deux groupes, par exemple en termes de démarche expérimentale (données de

validation) et de stratégies de simulation (échelle de représentation). L’objectif


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ultime serait de transformer pour partie un expérimentateur en modélisateur et

réciproquement.

SUGGESTIONS POUR LA SUITE Comme cela a déjà été souligné lors de l’Ecole 2005, le format Ecole permet une

introduction aux techniques mais ne permet pas une prise en main des méthodes.

Sur la base des logiciels « publics » identifiés lors de l’Ecole 2005 (Gromacs, DL‐

Poly), nous souhaitons privilégier en 2007 des ateliers pratiques : dynamique

moléculaire, modélisation par homologie.

La prochaine Ecole MODMOL sera organisée en 2008 soit au format Ecole, soit au

format colloque. Une co‐participation a d’autres évènements nationaux (ex.

colloques INSERM ou CNRS) a été suggérée.

Le comité d’organisation.

Fanny Guyomarch Anne Tromelin Cécile Tournu‐Sammartino Olivier Vitrac

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