mikrobiologi dan handling sampel
DESCRIPTION
Mikrobiologi Dan Handling SampelTRANSCRIPT
PENGELOLAAN SPESIMEN UNTUK PEMERIKSAAN MIKROBIOLOGI
Sudirman Katu
Tujuan Pemeriksaan Mikrobiologi
From: Miller M, A Guide to Specimen Management in Clinical Microbiology, 2nd ed. Washington DC, ASM Press, 1999.
Mendeteksi dan mengidentifikasi mikroorganisme penyebab
infeksi.
Memberikan ekspertisi terapi antimikroba yang rasional.
Mengeradikasi mikroorganisme penyebab infeksi.
Alur Prosedur Lab MK
Pra-Analitik Intra-Analitik Pasca-Analitik
Mikrobiologi Klinik
Klinisi Terkait Klinisi Terkait
Soebandrio A, Konsensus Mikrobiologi Klinik. Jakarta 2005
PEMERIKSAAN MIKROBIOLOGI
Mikroskopis
Kultur dan resistensi
Serologi pemeriksaan antigen dan antibodi Widal, RPR, TPHA,
Molekuler asam nukleat PCR
bakteri, virus, jamur
Pengelolaan spesimen baik kualitas
baik
Pemilihan
Pengambilan
Pengiriman
Penyimpanan/pengawetan
Kualitas spesimen baik hasil akurat
… pendahuluan
Pengelolaan tidak tepat : Mikroorganisme tidak ditemukan
Hasil yang ditemukan: mikroorganisme bukan penyebab
Perhatikan : Spesimen mikrobiologi organisme hidup dapat
bermultiplikasi dan cepat mati
Spesimen tidak lagi representatif bila mikroorganisme bermultiplikasi selama pengumpulan, pengiriman atau penyimpanan
Patogenesitas penyakit, sifat-sifat mikroorganisme tersangka
… pendahuluan
Menggunakan alat-alat proteksi standar (jas lab, sarung tangan, dll)
Wadah spesimen ditutup rapat dan tidak bocor
Lepaskan jarum
2. …….
1. Utamakan keselamatan dan keamanan petugas
rumah sakit / laboratorium:
PRINSIP PENGELOLAAN SPESIMEN
2. Pertimbangkan kenyamanan dan keamanan pasien:
Informed consent sebelum mengambil spesimen
Tepat dalam waktu pengambilan dan pemilihan spesimen mencegah resampling
3. …..
… prinsip pengelolaan spesimen
3. Jumlah mikroorganisme hidup saat kultur cukup Jenis spesimen tepat Waktu pengumpulan spesimen tepat Volume cukup Penyimpanan dan transportasi yang baik Pemeriksaan yang benar dan tepat Media transport Sebelum pemberian antibiotika / bebas antibiotika ± 3 hari Bakteri anaerob: kontak dengan oksigen (-)
4. …..
… prinsip pengelolaan spesimen
4. Hindari kontaminasi flora normal atau dari lingkungan
Cara pengumpulan spesimen
Tindakan asepsis
Wadah steril dan tertutup rapat / tidak bocor 5. Komunikasi yang baik antara dokter dan
laboratorium mikrobiologi
… prinsip pengelolaan spesimen
SUMBER KONTAMINASI OLEH FLORA NORMAL
Tempat Infeksi Sumber Kontaminasi
Vesika Urinaria Uretra dan perineum
Darah Kulit tempat pungsi
Fistula Saluran cerna
Infeksi subkutan dan
luka superfisial
Kulit dan membran
mukosa
Miller J. A Guide to Specimen Management in Clinical Microbiology. 1996
PEMILIHAN SPESIMEN
DARAH
URINE
SPUTUM
GASTROINTESTINAL
LUKA, ABSES, EKSUDAT (PUS), LUKA BAKAR
SALURAN NAPAS ATAS • USAP TENGGOROK
–Tekan lidah dengan spatula lidah, usap lidi kapas pada kedua tonsil dan faring belakang, jangan menyentuh lidah & uvula
–Pemeriksaan Difteri pseudomembran
USAP HIDUNG
• Cara:
–Masukkan swab sekurangnya 1 cm ke dalam lobang hidung atau bila ada lesi ambil di pinggir lesi
–Putar swab dan diamkan 10 -15”
–Tusukkan ke medium transpor
–Skrining MRSA
… saluran napas atas
SALURAN NAPAS BAWAH
• SPUTUM – Bukan saliva !!! – Mukolitik dan inhalasi sebelumnya – Bangun tidur – berkumur – batuk dalam – Wadah steril
Saliva vs sputum
Sputum + Pewarnaan Gram
Pemeriksaan Mikroskopik untuk menilai Kualitas Sputum
Sputum – Q scores Evaluasi sel Epithelial dan Leukosit => sputum atau
saliva >10 SEC/LPF – Kualitas spesimen jelek Bila SEQ > WBC - Kualitas spesimen jelek
Saliva tidak dikultur. Minta untuk mengambil sampel kembali Laporkan : Spesimen tidak dapat diterima karena sel
epitel > 10 /LPF”
Lain :
Bronchial washing
Bronchial brushing Dilakukan oleh dokter dengan
bronkoskopi
Bronchial brushing lebih baik daripada bronchial washing
Bronchoalveolar lavage
Transtracheal aspiration
Tracheal aspiration
… saluran napas bawah
• Beberapa mikroorganisme yang memerlukan teknik isolasi atau media tertentu seperti bakteri Corynebacterium diphteriae, Bordetella pertussis, N. gonorrhoeae, Legionella spp., Chlamydia, atau Mycoplasma , dokter pengirim hendaknya menghubungi laboratorium mikrobiologi terlebih dahulu sebelum mengambil spesimen.
… saluran napas bawah
DARAH
Possible types of bacteremia
Specimen collection methods
Blood volumes
Number of specimens
Timing of blood cultures
Interpretation of results
Bacteremia
0
30
60 Time (min)
Temp
Chills Blood Cultures
Bacteremia
Level
When ?
Draw blood cultures as close as possible to the episode of chills or fever. Do NOT delay, as recovery of microorganisms diminishes with time after the fever spike.
DARAH
Waktu Pengambilan
Darah diambil pada saat suhu badan
meningkat
Bakteremia intermiten darah diambil 2-3
kali, dari 2 tempat berbeda,interval 5 menit
aerob dan anaerob (juga menilai kontaminasi)
Untuk typhoid diambil pada demam minggu
pertama.
Sebaiknya sebelum pemberian antibiotik atau
setelah 3 hari antibiotik dihentikan.
Volume darah
Bayi : 1-3 ml.
Anak-anak: 3-5 ml
Dewasa:10-20 ml
Lokasi pengambilan :
Pada vena perifer, bukan pada ujung kateter
Cara pengambilan :
Proses aseptik dan antiseptik
… darah
SALURAN KEMIH: URIN
Pemeriksaan semikuantitatif
Sampel:
Mid stream urine ( Clean catch urine, urin porsi tengah)
Supra pubic puncture – terutama kultur anaerob
Urin kateter
Transport :
minimal 2 jam setelah pengumpulan spesimen
> 2 jam : lemari es (bukan freezer)
Cara pengumpulan spesimen urin
1. Mid stream urine ( Clean catch
urine )
Explain to patients !
urine pertama di pagi hari
spesimen dikumpulkan di
pertengahan urine dikeluarkan
Penis / vulva dibersihkan
dengan air sabun atau tissue
basah steril
Hindari kemih mengenai kulit
2. Urin Kateter
bukan dari catheter bag
kumpulkan dari selang indwelling catheter melalui sampling port setelah dibersihkan dengan swab alkohol terlebih dahulu
Cara pengumpulan spesimen urin
Cara pengumpulan spesimen urin
3. Urine Aspirasi Suprapubik
Spesimen urine paling
baik
Invasif
Tindakan secara aseptik
Dikerjakan bila urin porsi
tengah sulit didapatkan
Cara pengumpulan spesimen urine
FESES
Feses segar sebanyak + 10 gram/ 1 sendok
teh, taruh dalam wadah bersih, jangan
tercampur dengan urine atau air kloset.
Feses berdarah atau berlendir, ambil bagian
berdarah/ berlendir
SPESIMEN SALURAN CERNA
Bayi, konstipasi
memasukkan lidi kapas
steril sepanjang 1 inchi/ 2,5
cm ke dalam sfingter anus.
Secara hati-hati, putar lidi
kapas pada kripte anus
searah jarum jam dan putar
balik lidi kapas.
Bila tidak langsung
ditanam, masukkan ke
dalam media transport
Carey-Blair.
… spesimen saluran cerna
USAP DUBUR (rectal swab)
Pemeriksaan spesimen feses
dilakukan dengan tujuan untuk
mengisolasi Shigellae, Salmonella,
E. Coli patogen, dan dengan
permintaan khusus yaitu
Clostridium difficile, Vibrio, dan
Yersinia.
… spesimen saluran cerna
LUKA / ABSES
Cara : biopsi (terbaik), aspirasi, dan swab Anaerob : biopsi dan aspirasi Aspirasi untuk : Abses tertutup Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang
tertutup debris superfisial Swab : Pus diluar dibersihkan terlebih dahulu dengan swab
yang telah dicelupkan dengan NaCl steril dengan swab baru buat usapan dari dasar ulkus
Tidak dianjurkan untuk mengambil pus yang berasal dari drain
BIOPSI DAN ASPIRASI
Aspirasi untuk :
•Abses tertutup
•Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang tertutup
debris superfisial
… luka / abses
SWAB
… luka / abses
A. Urogenitalia wanita Usap vagina, usap serviks
• Jangan gunakan pelumas (lubricant), analgetik, atau
antiseptik.
• Bersihkan vulva dangan kapas/kassa yang dibasahi
dengan aquades atau NaCl steril
• Masukkan spekulum dengan hati-hati
• Ambil sampel dari forniks posterior vagina atau
endoserviks dengan kapas lidi steril. Ambil 2 swab.
• Bila penderita belum menikah, jangan gunakan
spekulum, ambil sampel dengan kapas lidi steril
dengan hati-hati.
UROGENITALIA
B. Urogenitalia Pria Sekret uretra
• Ambil sampel paling sedikit 2 jam setelah penderita
berkemih
• Bersihkan glans penis dengan kapas/kassa yang
dibasahi dengan air/Na Cl steril
• Lakukan urutan ringan dari pangkal ke ujung penis, dan
ambil sekret yang keluar dengan lidi kapas steril.
• Bila tidak terlihat sekret, masukkan swab urogenital
kira-kira 2 cm ke endouretra, putar perlahan 5-10
detik
PEMERIKSAAN MYCOBACTERIUM
Sputum –Waktu pengambilan : –Sputum pertama pagi sesudah bangun
tidur, 3 kali berturut-turut bila diperlukan –Sputum sewaktu di bawah pengawasan
dokter – pagi - sewaktu
•Alat : Wadah + Penutup ( bersih ) •Cara pengambilan ( sama dengan diatas)
•Jumlah : 3-5 ml
Bahan lain
• Waktu pengambilan : sewaktu. –Cairan Pleura (> 50 cc)
–Bronchial wash ( minimal 40 – 50 cc )
–Aspirat Trakhea
–Liquor ceresbrospinal & cairan sendi
–Jaringan biopsi ( dianjurkan jaringan yang nekrotik ).
–Bilasan lambung ( minimal 50 cc ).
–Urin ( urin porsi tengah bangun tidur, minimal 10 cc, 3 hari berturut-turut).
–Feces
… pemeriksaan Mycobacterium
•Kriteria spesimen yang baik untuk pemeriksaan kuman anaerob : –Spesimen yang baik diambil secara tepat (aspirasi
atau biopsi jaringan swab)
–Tidak tercemar oleh mikroba yang tidak diinginkan
–Terhindar dari kontak dengan udara.
–Menggunakan media transport anaerob (bila perlu)
PEMERIKSAAN ANAEROB
PENYIMPANAN & PENGIRIMAN ANAEROB
Spesimen :
Medium transport
anaerob thioglikolat
kantong anaerob
Sampel penderita
dalam spuit tidak
dianjurkan
Jangan dimasukkan
dalam lemari es
… pemeriksaan anaerob
Spesimen yang bukan untuk kultur anaerob
Spesimen
Eksudat atau material lain yang diambil dari luka di
permukaan, abses, luka bakar, kista, ulkus
Swab vagina, serviks dan uretra
Spesimen saluran nafas yang diambil dengan swab,
suction nasotrakeal atau orotrakeal, sputum, bronkoskopi
Feses, usap dubur
(kecuali sampel feses dengan permintaan spesifik :
C.difficile, C. botulinum)
Urin porsi tengah atau urin dari kateter
… pemeriksaan anaerob
DIAGNOSIS LABORATORIUM INFEKSI VIRUS
Pengumpulan, pengolahan dan pengiriman
Persyaratan Umum spesimen:
1. Jumlah bahan cukup
2. Bahan mewakili suatu proses infeksi ---- SESUAI
PATOGENESIS
3. Hindari kontaminasi
4. Dikirim dan diperiksa sesegera mungkin
5. Untuk pembiakan, spesimen dikirim pada 4-8oC,
jangan dibekukan.
Cara Pengambilan Spesimen
Proses selanjutnya:
- masukkan swab ke dalam cryotube yang berisi media transport virus
- Putuskan tangkai plastik didaerah mulut botol/tabung.
- Bungkus tabung dgn tisu bersih, masukkan ke tabung kemas
- Masukkan kertas koran yang telah diremas
- Masukkan tabung ke dalam kotak pengiriman primer
Cara Pengambilan Spesimen
Bilasan bronchoalveolar:
- Spesimen yang diambil dpt berupa bilasan bronkoalveolar, aspirasi trakeal, atau cairan pleural.
- Separuh cairan disentrifugasi (lab BSL 2+)
- Endapan selnya difiksasi dgn formalin
- Sisa cairan ditampung
Pengambilan spesimen swab
Spesimen nasopharynx Spesimen oropharynx
Label untuk usap oro dan nasopharynx
Nama : …………………
Umur : …………………
Jenis Kelamin : …………………
Tanggal pengambilan : …………………
Tempat : …………………
Dibungkus dengan Parafilm (agar kedap air)
a. Masukkan dalam plastik kedap air
b. Sisipkan kertas penyerap cairan
1. Masukkan kedalam wadah spesimen
2. Tutup wadah disegel
Pemberian Identitas
wadah spesimen
1. Beri pendingin (ice pack) min. 4 – 5 buah.
2. Masukkan kedalam box stirofoam.
3. Beri ganjal agar spesimen tidak terbalik.
Pemberian label untuk pengiriman
FRAGILE/Mudah Pecah
Kepada:
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI KLINIK FKUI
Jl. Pegangsaan Timur No.16
Jakarta 10320 - INDONESIA
Telp : 0213120491/92
FAX : 021-3100810
Pengirim:
Dr. ………..………..
RS/Pkm ……………
(Kota……………….)
Telp:……….………..
ALAMAT
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI KLINIK FKUI
Jl. Pegangsaan Timur No.16
Jakarta 10320 - INDONESIA
Telp : 0213120491/92
FAX : 021-3100810
DIAGNOSIS LABORATORIUM INFEKSI JAMUR
Pengumpulan, pengolahan dan pengiriman
Persyaratan Umum spesimen:
1.Jumlah bahan cukup
2. Bahan mewakili suatu proses infeksi
3. Hindari kontaminasi
4. Dikirim dan diperiksa sesegera mungkin
5. Bahan diambil sebelum pengobatan dimulai
Rambut
Pinset/gunting steril, rambut dicabut/digunting
sedekat mungkin dengan kulit kepala
Kulit
Kerokan diambil dari pinggir lesi/ bagian yang aktif.
Sebelum pengambilan bahan, daerah yang terinfeksi dibersihkan dulu dengan isopropanol/alkohol 70%
Pemeriksaan langsung dengan KOH, identifikasi dengan biakan
Mikosis Superfisialis
Kuku
Kerokan, guntingan kuku atau kulit utuh.
Kuku dibersihkan dengan isopropanol/alkohol 70%. Buang kerokan superfisial, dan kumpulkan kerokan dari bagian yang sakit yang lebih dalam dan di bagian bawah kuku
Pemeriksaan langsung dengan KOH, identifikasi dengan biakan
PENGAMBILAN SPESIMEN KEROKAN KULIT UNTUK PEMERIKSAAN MIKOSIS SUPERFISIALIS
Mikosis Subkutis
Abses dan eksudat : Biopsi atau aspirasi
Jaringan diiris/digerus sebelum dibiak
Jika banyak, ambil dari daerah purulen atau
daerah yang terdapat perubahan warna
Mikosis Profunda
Darah dan sumsum tulang
Untuk darah harus dilakukan dengan lysis
centrifugation , kemudian dibiak, sedangkan
sumsum tulang dapat langsung dibiak
Cairan serebrospinal
Disentrifugasi dulu sebelum dibiak pada medium
tanpa antibiotik. Pewarnaan dengan tinta India
SPESIMEN SESUAI PATOGENESISNYA
Sekret saluran nafas
Sputum, aspirat transtrakeal, cairan pleura
Sputum pagi hari, dapat dibantu dengan nebulizer
Wadah steril tertutup
Urin
Urin pancaran pertama pagi hari
Sekret genitalia
LEMBAR PERMINTAAN
PELABELAN
Label melekat pada kontainer: Nama pasien: No rekam medis: Dokter: Ruangan / Bagian / Poliklinik: Tanggal pengambilan: Waktu pengambilan:
Catatan tambahan: urgent/rutin/elektif atau berisi patogen berbahaya. Waktu penerimaan spesimen harus dicocokkan dengan lembaran permintaan.
PENYIMPANAN DAN PENGIRIMAN
•Wadah yang kuat (tidak pecah/ tidak bocor / tidak tumpah)
•Terbaik bila spesimen langsung dikirim ke laboratorium pada suhu ruang pemeriksaan/penanaman dilakukan dalam waktu kurang dari 1 jam.
•Darah bed site
•Swab jangan sampai kering
• Transportasi > 1- 2 jam –spesimen tanpa medium transport harus disimpan dalam 4C, KECUALI untuk pemeriksaan darah, anaerob, cairan tubuh, swab luka atau curiga infeksi oleh Haemophilus, Meningokokus, dan Gonokokus.
–Gunakan medium transport diperiksa kurang dari 24 jam.
• Medium transport : Stuart, Amies, Cary-Blair, Pepton alkali, thioglikolat
… penyimpanan & pengiriman
Spesimen ditolak atau diterima dengan catatan bila :
Penderita memakai antibiotik
Ada kemungkinan bahan terkontaminasi
Jumlah kurang
Penyimpanan dan pengiriman tidak memenuhi syarat
Bahan untuk pemeriksaan anaerob tidak dikirim dalam suasana anaerob.
GOOD QUALITY SPECIMENS
ARE NEEDED FOR RELIABLE MICROBIOLOGIC
DIAGNOSES
TERIMA KASIH