1

Newsletter       Issue no. 7; Oct 2011              

HKSMG c/o 3/F Cheung Sha Wan Jockey Club Clinic, 2 Kwong Lee Rd., Shamshuipo, Kowloon., HKSARhttp://www.fmshk.com.hk/hksmg/index.htm Email: hksmg.com@gmail.com 

  

Message from the Editor 

    This 7th  issue of the HKSMG Newsletter  is the  first  issue  in 2011. After a  long pause 

due to the tremendous work required for the preparation of the 9th Asia Pacific Conference on 

Human Genetics, publication of the newsletter must resume so as to maintain its continuity and 

also  serves  to promote  the activities of  the  Society. The 9th APCHG was a huge  success, and 

certainly the  largest genetics conference ever organized  in Hong Kong. We should be proud of 

ourselves. We have brief report and some snapshots of the Conference in this issue. There is a 

scientific article from Chan et al. on “Cytogenetic analysis of 3,860 prenatal cases in the Chinese 

University of Hong Kong”.  CHAN Wing Kwong 

Editor 

 

  

Scientific Article 

Cytogenetic analysis of 3,860 prenatal cases in The Chinese University of Hong Kong CHAN WK, Suen KW, Chan A, Fung H, Ip A, Choy KW, Wang CC, Lau TK 

Department of Obstetrics and Gynaecology, The Chinese University of Hong Kong 

 Introduction Since October 2006, the prenatal cytogenetic laboratory of  the Chinese University of Hong Kong has handled more  than 3,860  samples. Clinical  referrals  included advanced maternal age, abnormal  clinical examinations and  first trimester biochemical screenings. There were 1,611  (41.74%)  amniotic  fluid  samples, 1914 (49.59%) chorionic villous samples, 112 (2.9%) placental tissues and products of conception, 

and  163  (4.22%)  parental  and  fetal  blood samples  and others.  The median  turnaround time was  17  days  and  failure  rate  of  0.31%.   The  failure  rate  of  placental  tissues  cultures were only 3 out of 112 (2.68%) while that for prenatal samples were 9/3525 (0.26%). These figures  did  not  deviate  too  much  from  our previous  reports  or  other  local  reported figures. 

 

2

     

 Materials and Methods Samples  were  received  from  local  and overseas  referral  units.  QF‐PCR  and karyotyping  were  performed  in  prenatal samples  unless  otherwise  indicated.   Prenatal  samples  were  cultured  in  culture tubes and on coverslips in open system of 5% CO2  at  37

oC.  Foetal  origin  of  miscarriage 

samples and chorionic villi were selected and digested  by  trypsin  and  collagenase  before culture.  Blood  were  cultured  in  suspension cultures  in  closed  system  and  harvested  by standard cytogenetic method. At least 15 cells were  screened  where  5  metaphases  were fully analyzed by G‐banding. 

 Results Up  to  June  2010,  we  have  reported  3,169 cytogenetic  cases  and  identified  192  (6.1%) abnormalities  which  were  higher  than  the 

chromosomal  abnormal  findings  of  1.7% (333/19517) in the general population.   

 

Abnormalities in prenatal samples    +21  +18  +13  Sex  Mos  Polyploidy del  inv  dic  t  rob 

No. of abnormal cases  42  11  7  3  18  2  4  15  0  2  2 

                       Abnormalities in non‐prenatal blood samples 

+21  +18  +13  Sex  Mos  Polyploidy del  inv  dic  t  rob 

No. of abnormal cases  1  0  1  1  3  0  0  4  2  2  2 

 

  

   

3

It  is  interesting  to  find  particular  high chromosomal  abnormality  in  non‐viable pregnancies  such as products of  conceptions and  aborted  placental  tissues  (69/112  or 61.6%).  Most  of  the  abnormalities  were chromosomal aneuploidy  that contributed  to 

54/69  (78.26%),  mostly  including  trisomies with  decreasing  order  of  trisomy  21  (7/69), trisomy  22  (6/69),  trisomy  14  (6/69),  trisomy 13  (5/69),  trisomy 9  (4/69),  trisomy 16  (4/69), polypoidy (5/69) etc. 

 

Miscarriage cytogenetic analyses 

 

Miscarriage foetal tissues (placental tissues and product of conception)  112  Abnormal karyotype 

Total abnormal karyotypes  69  61.61% 

Aneuploidy with decreasing order of  frequency +21, +22, +14, +13, +16, 

+18, monosomy X, polyploidies, +9, +15, +2, +4, +7, +8, +3, +17 etc. 

54  78.26% 

Chromosomal structural abnormalities (del, t, inv, mar etc.)  12  17.39% 

 

 Our cytogenetic analysis is backed up by rapid QF‐PCR using STR markers on chromosome 13, 18,  21,  X  and  Y  and  also  by  comprehensive array  CGH. QF‐PCR  results  are  usually  ready within  one  to  two  days  and  most  targeted chromosomal  abnormalities,  particularly aneuploidies  of  chromosome  13,  18,  21,  X 

and Y, were well  correlated except  inversions, translocations and mild mosaicisms. Array CGH analysis  is  routinely  completed  within  7 working  days  and  can  identify  precise chromosomal  breakpoints  in  most chromosomal  rearrangements  and  even  low level mosaicisms above 25%.

4

 Conclusion and Discussion QF‐PCR  and  karyotyping  are  good complementary  methods  for  fast,  accurate and  informative  tests  for  prenatal  diagnosis.   Chromosomal abnormalities may be a major cause of non viable fetuses. Aneuploidy is the most  frequent  chromosomal  defect  in 

prenatal chromosomal abnormalities. Trisomies 21,  18,  13  and  aneuploid  X/Y  are  found  in abortus  as well  as  in  surviving  foetuses while other  autosomal  trisomies  are  less  likely  to support  foetal  development  and  may subsequently cause foetal loss. 

 

 

 

 Report on 9th Asian Pacific Conference on Human Genetics 2010 

    After over a year’s hard work by  the  local organizing committee,  the 9th Asian Pacific 

Conference  on  Human  Genetics  was  finally  and  successfully  held  from  30  November  to  3 

December 2010 at the Hong Kong Academy of Medicine Jockey Club Building. The Conference 

was organized by the Asia Pacific Society of Human Genetics and hosted by our Society. It was 

also  supported  by  a  number  of  local  and  overseas  institutions  and  organizations.  The  China 

Travel Service was the official conference secretariat.   

 

Participants 

    We  had  the  honor  to  have  invited  Dr.  York  Chow,  Secretary  of  Food  and  Health,  to 

officiate the Conference at our opening ceremony. There were 415 participants,  including 164 

speakers and chairpersons  from  twenty different countries and regions.  In addition,  thanks  to 

the effort of the Chairman of the Conference and the local organizing committee members, we 

had solicited the generous support from 14 industrial exhibitors and 6 noncommercial sponsors. 

 

Speakers and Posters 

    Altogether, 95  invited speakers gave talks  in the conference,  including 65  international 

speakers and 30 from Hong Kong. In addition, there were 25 free paper platform presentations 

and 230 poster presentations.   

 

Scientific Programme 

    The  Conference  featured  6  plenary  sessions,  1  presidential  address,  18  symposia,  5 

workshops, 3  industrial  lunch symposia and 5  free paper sessions. A conference banquet was 

also organized on Dec 2 evening; every guest enjoyed the food and cultural performances. On 4 

Dec morning, the day after the Conference, we also organized visits to the BGI facility in Tai Po 

and to The Science Park. 

 

 

A beautiful Program & Abstract book was prepared for each participant and guest. 

 Photographs of the 9th Asian Pacific Conference on Human Genetics 2010 

    A photo album of the 9th APCHG was posted in the Google Website where members and 

friends  can  view  or  download  the  110  photographs  at  their  wish  at 

5

https://picasaweb.google.com/hk.genes/9thAPCHG#.    Here  are  some photographs  for  you  to 

remember and view: 

 

   

   

   

6

   

   

   

 

7

Other Scientific Activities 

An evening scientific seminar was successfully organized on 18 April 2011 at Queen Elizabeth 

Hospital. We were  honored  to  have  invited Mark  Pertile  (Senior Medical  Scientist,  Victorian 

Clinical  Genetics  Services, Murdoch  Children’s’  Research  Institute,  Royal  Children’s  Hospital, 

Melbourne,  Australia),  a  very  experienced  cytogeneticist  and  scientist,  to  give  a  talk  on 

“CHROMOSOMAL MICROARRAY  AS  A  FRONT  LINE  TEST  FOR  THE  GENETIC  EVALUATION  OF 

SPONTANEOUS MISCARRIAGE AND STILLBIRTH”. Mark was an excellent speaker and had a great 

deal to share with the audience. Those who could not attend the seminar can have a glimpse of 

his talk by reading his abstract below. 

 CHROMOSOMAL MICROARRAY  AS  A  FRONT  LINE  TEST  FOR  THE  GENETIC  EVALUATION  OF 

SPONTANEOUS MISCARRIAGE AND STILLBIRTH 

MD Pertile, L Hills, DL Bruno, F Norris and HR Slater 

Victorian Clinical Genetics Services and Murdoch Children’s Research Institute, Royal Children’s 

Hospital, Parkville, Victoria 3052, Australia 

 Chromosome  abnormalities  are  a  significant cause of early pregnancy  loss and are  found at  increased  frequency  in  association  with fetal  malformations  and  late  gestation stillbirths. However, chromosome analysis  in this setting  is hampered by the need for  live cell culture and is performed at relatively low resolution  (>5  Mb).  Furthermore,  culture success  rates  in  the  case  of  prolonged  fetal demise  are particularly poor. We  have  used high  resolution  chromosomal  microarray (NimbleGen  135K  CGH  arrays)  as  a replacement  for conventional karyotyping  in the genetic evaluation of >1100 miscarriage and  stillbirth  samples.  This  methodology significantly  improves  success  rates  (>98% cases  yielding  informative  results)  and  is shown  to  be  efficient  at  identifying  well documented  chromosomal  abnormalities (autosomal  trisomy,  autosomal  monosomy, monosomy X; n=298) and  large, unbalanced structural chromosomal abnormalities (n=17) that  are  typically  associated with pregnancy failure,  fetal  abnormality  and  fetal  demise. 

An adjunct FISH test was used to confirm, or screen  for,  suspected  cases  of  polyploidy (n=48) and mosaicism  (n=21). Many  smaller novel  or  known  pathogenic  copy  number changes  (0.5  ‐  4.0  Mb;  n=39)  were  also identified,  some  of which  are  implicated  in the pregnancy loss by virtue of their de novo origin  and/or  gene‐rich  state.  Of  particular interest  is  the  apparent  enrichment  of  a subset  of  genomic  disorders  mediated  by non  allelic  homologous  recombination (NAHR).  Genomic  disorders  involving  del 1q21.1  (n=2),  del/dup  7q11.23  (n=3)  and del/dup  16p11.2  (n=6),  which  may  be associated  with  developmental  and neuro‐behavioural  phenotypes with/without congenital  anomalies,  were  found  to  be enriched  within  this  pregnancy  loss  cohort (n=11;  1.0%).  This  enrichment  parallels  that observed  in  the  developmental  delay population  and  suggests  these  genomic disorders may undergo negative selection  in utero.

 

     

8

 

 Upcoming Society Activities 

 

Seminar  

  

Date: 19 November 2011 (Saturday) 

Time: 2:00 pm – 6:30 pm 

Venue: to be confirmed 

Organizers:  Clinical  Genetic  Service,  Department  of  Health;  Department  of  Obstetrics  & 

Gynaecology, Tsan Yuk Hospital; Hong Kong Society of Medical Genetics 

Speakers: Stephen T. S. Lam, Mary H. Y. Tang and others 

 

  

Workshop    

RRReeeccceeennnttt   AAAdddvvvaaannnccceeesss   iiinnn   CCCllliiinnniiicccaaalll   GGGeeennneeetttiiicccsss   uuusssiiinnnggg   

HHHiiiggghhh   TTThhhrrrooouuuggghhhpppuuuttt   GGGeeennnooommmiiiccc   TTTeeeccchhhnnnooolllooogggiiieeesss    

Date : 5 December 2011 (Monday) 

Time : 2:00 pm – 5:30 pm 

Venue: Lecture Theatre LT2, 7th Floor, Mong Man Wai Building, CUHK Main Campus 

Organizers: CUHK‐BGI Innovation Institute of Trans‐omics, School of Biomedical Sciences, 

Department of Obstetrics & Gynaecology, Chinese University of Hong Kong. 

Co‐organizer: Hong Kong Society of Medical Genetics 

9

 

 Upcoming International Conferences 

1. 28 ‐ 30 Sep 2011 ‐ 9th Malaysia Genetics Congress at Kuching, Sarawak, Malaysia, organized 

by Universiti Malaysia Sarawak and Genetics Society of Malaysia. Contact name: Dr Yuzine 

Esa, Website: http://www.frst.unimas.my/9thmgc‐first.html.     

 

2. 28 Sep ‐ 1 Oct 2011 ‐ 2nd Course in Eye Genetics at Bologna, Italy, Italy and Organized by the European  Genetics  Foundation.  Contact  name:  Serena  Paterlini  at  Website: 

http://www.eurogene.org/?p=corsi&qc=912&cc=next&m=3&s=2 

 

3. 14‐16 Oct  2011  ‐  7th Asia  Pacific  Congress  in Maternal  Fetal Medicine  at  Kuala  Lumpur 

Malaysia  and  organized  by:  Department  of  Obstetrics  and  Gynaecology,  The  Chinese 

University  of  Hong  Kong.    Contact  name:  Miss  Clara  Lau  at  Website: 

http://www.apcmfm.hk 

 

4. 11‐15  Oct  2011  ‐  12th  International  Congress  of  Human  Genetics  at  the  Montreal 

Convention  Center, Montreal,  Quebec,  Canada,  organized  by  the  American  Society  of 

Human  Genetics  and  International  Federation  of  Human  Genetics.  Contact  Details: 

www.ichg2011.org Email: ashgmeetings@ashg.org. 

 

5. 1‐3 Dec  2011  ‐  EMBO Molecular Medicine  conference Molecular  Insights  for  Innovative 

Therapies at Heidelberg, Germany and organized by EMBO Molecular Medicine. Contact 

name: Adela Valceanu at Website: http://events.embo.org/emm2011/ 

 

6. 12‐13  Mar  2012  ‐  2nd  Annual  International  Conference  on  BioInformatics  and 

Computational  Biology  (BICB  2012)  Special  Track:  Stem  Cell  Research  (SCR  2012)  in 

Singapore. Contact name: Shini at Website: http://www.bioinfoconf.org 

 

7. 7‐9 June 2012 – Association of Genetic Technologists 37th Annual Meeting at Loews Atlanta 

Hotel, Atlanta, GA. For details, please visit: 36th Annual Meeting Registration Brochure or 

click 

http://www.agt‐info.org/images/AGT%20AM%202011_Preliminary%20Program_Web%20F

inal2.pdf. 

10

 

 Members’ Publications 

 

1. Tyrosinase gene (TYR) mutations in Chinese patients with oculocutaneous albinism type 1. 

Liu  J,  Choy  KW,  Chan  LW,  Leung  TY,  Tam  PO,  Chiang  SW,  Lam DS,  Pang  CP,  Lai  TY.  Clin 

Experiment Ophthalmol. 2010 Jan;38(1):37‐42.PMID: 20447099   

 

2. Second‐trimester  detection  of  Mowat‐Wilson  syndrome  using  comparative  genomic 

hybridization microarray  testing.  Choy  KW,  To  KF,  Chan  AW,  Lau  TK,  Leung  TY.  Obstet 

Gynecol. 2010 Feb;115(2 Pt 2):462‐5.PMID: 20093881   

 

3. A novel  15bp micro‐duplication  in  SF‐1  gene  showing diverse phenotypic  spectrum  in  a 

Chinese family. Li H, Choy KW, Lei YP, Wang W, Wang HY, Chen Y. J Matern Fetal Neonatal 

Med. 2010 Mar 30. [Epub ahead of print]PMID: 20350242   

 

4. Chinese validation of Urogenital Distress Inventory and Incontinence Impact Questionnaire 

short form. Chan SS, Choy KW, Lee BP, Pang SM, Yip SK, Lee LL, Cheung RY, Yiu AK, Chung 

TK. Int Urogynecol J Pelvic Floor Dysfunct. 2010 Jul;21(7):807‐12. Epub 2010 Feb 19.PMID: 

20169332   

 

5. The  impact of human  copy number variation on a new era of genetic  testing. Choy KW, 

Setlur SR, Lee C, Lau TK. BJOG. 2010 Mar;117(4):391‐8. Epub 2010  Jan 26. Review.PMID: 

20105165   

 

6. MiR‐222  overexpression  confers  cell migratory  advantages  in  hepatocellular  carcinoma 

through enhancing AKT signaling. Wong QW, Ching AK, Chan AW, Choy KW, To KF, Lai PB, 

Wong N. Clin Cancer Res. 2010 Feb 1;16(3):867‐75. Epub 2010 Jan 26.PMID: 20103675   

 

7. Green tea catechins and their oxidative protection in the rat eye. Chu KO, Chan KP, Wang CC, 

Chu  CY,  Li  WY,  Choy  KW,  Rogers  MS,  Pang  CP.  J  Agric  Food  Chem.  2010  Feb 

10;58(3):1523‐34.PMID: 20085274   

 

8. Urinary  incontinence  should  be  added  to  the  manifestation  in  women  with  Marfan 

syndrome. Chan SS, Chan DK, Pang SM, Lam ST, Lao TT, Choy KW.  Int Urogynecol J Pelvic 

Floor Dysfunct. 2010 May;21(5):583‐7. Epub 2010 Jan 12.PMID: 20066398   

 

9. Novel and homozygous BEST1 mutations in Chinese patients with Best vitelliform macular 

dystrophy. Wong RL, Hou P, Choy KW, Chiang SW, Tam PO, Li H, Chan WM, Lam DS, Pang CP, 

Lai TY. Retina. 2010 May;30(5):820‐7.PMID: 20057343   

 

10. Reduced CRYL1 expression  in hepatocellular  carcinoma  confers  cell  growth advantages 

11

and  correlates with adverse patient prognosis. Cheng  IK, Ching AK, Chan TC, Chan AW, 

Wong CK, Choy KW, Kwan M, Lai PB, Wong N. J Pathol. 2010 Feb;220(3):348‐60. 

 

11. Gene  dosage  imbalance  of  human  chromosome  21  in  mouse  embryonic  stem  cells 

differentiating to neurons. Wang CC, Kazuki Y, Oshimura M, Ikeo K, Gojobori T. 2011 Gene 

481: 93‐101. PMID: 21549184 

 

12. Classification of pathogenic or benign  status of  CNVs detected by microarray  analysis. 

Leung TY, Pooh RK, Wang CC, Lau TK, Choy KW. 2010 Expert Rev Mol Diagn 10(6): 717‐721. 

PMID: 20843196 

 

13. Redox control in mammalian embryo development. Ufer C, Wang CC, Borchert A, Heydeck 

D, Kuhn H. 2010 Antioxid Redox Sign 13(6):833‐875. PMID: 20367257 

    

 

 

CUHK BGI I ti I tit t f T iCUHK-BGI Innovation Institute of Trans-omics,School of Biomedical Sciences,

Department of Obstetrics & Gynaecology,The Chinese University of Hong Kong

Recent Advances in Clinical Genetics using High Throughput G i T h l iGenomic Technologies

Date : 5th, December 2011 (Monday) Time : 2:00 pm – 5:30 pmVenue : Lecture Theatre LT2, 7th Floor, Mong Man Wai Building, CUHK Main Campus.Organizer : CUHK-BGI Innovation Institute of Trans-omics, School of Biomedical Sciences, Department of Obstetrics & Gynaecology, Chinese University of Hong Kong.Department of Obstetrics & Gynaecology, Chinese University of Hong Kong.Co-organizer: Hong Kong Society of Medical Genetics

Time Workshop Programme Speaker

2:00 pm – 2:10 pm Opening Prof. Chan, Wai-YeeSBS, CUHK

2:10 pm 2:50 pm Developmental Genome Anatomy Project: Dr Morton Cynthia Casson2:10 pm – 2:50 pm Developmental Genome Anatomy Project: Cytogenetic Approach to Gene Discovery in the Next-Gen Sequencing Era

Dr. Morton, Cynthia CassonHarvard Medical School

2:50 pm – 3:15 pm Genomic basis of X-linked Hypertrichosissyndrome

Dr. Zhang, XueChinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical CollegeMedical College

3:15 pm – 3:40 pm An Overview of Genetic and Genomic Services in Hong Kong

Dr. Lam, StephenDepartment of Health

3:40 pm – 4:00 pm Tea break

4:00 pm – 4:40 pm Capturing Copy Number Variants (CNVs) from Whole-Genome Next Generation DNA

Dr. Lee, CharlesHarvard Medical School

Sequencing: Perspectives from the 1000 Genomes Project

4:40 pm – 5:05 pm Whole Exome Capture and Next-Generation Sequencing Identifies the Mutated Genes in Chinese DFNA Families

Dr. Yuan, HuijunChinese PLA General Hospital

5:05 pm – 5:30 pm Identifying Hearing Loss Gene Mutations by Dr. Choy, Richard Sequence Capture Analysis Dept of O & G, CUHK

For registration, please send your name, email address and affiliation to Janis Ching of the SBS General Office by email at janisching@cuhk.edu.hk

ALL ARE WELCOME