mercredi 22 octobre 2003 développement doutils informatiques danalyse structurale de familles...
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Mercredi 22 Octobre 2003
Développement d’outils Développement d’outils
informatiques d’analyse structurale informatiques d’analyse structurale
de familles protéiquesde familles protéiques
Yoann Beausse
Journée Bioinformatique des Génopoles
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
Programme Bioinformatique Inter OrganismesGénopoleEU FP4 et FP5
Daniel KahnEmmanuel CourcelleSébastien CarrèreYoann Beausse
Equipe ProDom
Soutiens Financiers
Gilbert DELEAGEChristophe GEOURJON
IBCP, Lyon
Olivier POCHJulie THOMPSON
IGBMC, Strasbourg
Rolf APWEILEREBI, Hinxton
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La base de données ProDomLa base de données ProDom
• ProDom : base de familles de domaines protéiques
• Génération automatique de la base à partir des banques de
données SwissProt et TrEMBL• Initiation de la construction par des domaines expertisés• Extraction de chaque domaine par recherche de similitudes et
regroupement en familles des domaines
• Mise à disposition via un serveur web graphique
www.toulouse.inra.fr/prodom.html
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
PlanPlan
1. Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines
expertisés
2. Intégration d’outils de visualisation des domaines
3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D
4. Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
1940 familles - Identité Séquence > 30%
- Structure/Fonction identique
Structure (Fonction?)similaires
Structure 2ndaire: Topologie et arrangement
Structure 2ndaire (all , all , ) SCOP SCOP 1.611.61
44327 domaines <=> 17406 entrées PDB
1100 superfamilles
701 repliements
7 classes
SCOP : Structural Classification of Proteins
1.1. Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisésUtilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés
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Filtres :
- < 500 résidus- familles non uniques- homogénéité de longueur- homogénéité de séquence
1.1. Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisésUtilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés
1940 familles - Identité Séquence > 30%
- Structure/Fonction identique
Structure (Fonction?)similaires
Structure 2ndaire: Topologie et arrangement
Structure 2ndaire (all , all , ) SCOP SCOP 1.611.61
44327 domaines <=> 17406 entrées PDB
1100 superfamilles
701 repliements
7 classes
SCOP : Structural Classification of Proteins
1155 familles SCOP SCOP 1.611.61
ProDom ProDom 2003.12003.1
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PlanPlan
1. Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines
expertisés
2. Intégration d’outils de visualisation des domaines
3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D
4. Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG
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2.2. Intégration d’outils de visualisation des Intégration d’outils de visualisation des domainesdomaines
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2.2. Intégration d’outils de visualisation des Intégration d’outils de visualisation des domainesdomaines
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
Rasmol/RasWin
2.2. Intégration d’outils de visualisation des Intégration d’outils de visualisation des domainesdomaines
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Chime
VRML
2.2. Intégration d’outils de visualisation des Intégration d’outils de visualisation des domainesdomaines
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PNG / PS
2.2. Intégration d’outils de visualisation des Intégration d’outils de visualisation des domainesdomaines
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
PNG / PS
2.2. Intégration d’outils de visualisation des Intégration d’outils de visualisation des domainesdomaines
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
PlanPlan
1. Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines
expertisés
2. Intégration d’outils de visualisation des domaines
3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D
4. Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG
![Page 15: Mercredi 22 Octobre 2003 Développement doutils informatiques danalyse structurale de familles protéiques Yoann Beausse Journée Bioinformatique des Génopoles](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022070309/551d9da2497959293b8d1cf5/html5/thumbnails/15.jpg)
Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
3.3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D3D
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
3.3. Couplage de l’analyse en domaines avec la Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3Dmodélisation 3D
Modélisation par Geno3D
Modélisation par Swiss-Model
Génopole Lyon
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
3.3. Couplage de l’analyse en domaines avec la Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3Dmodélisation 3D
Modélisation par Geno3D
Modélisation par Swiss-Model
Génopole Lyon
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
3.3. Couplage de l’analyse en domaines avec la Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3Dmodélisation 3D
Modélisation par Geno3D
Modélisation par Swiss-Model
Génopole Lyon
![Page 19: Mercredi 22 Octobre 2003 Développement doutils informatiques danalyse structurale de familles protéiques Yoann Beausse Journée Bioinformatique des Génopoles](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022070309/551d9da2497959293b8d1cf5/html5/thumbnails/19.jpg)
Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
PlanPlan
1. Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines
expertisés
2. Intégration d’outils de visualisation des domaines
3. Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D
4. Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG
![Page 20: Mercredi 22 Octobre 2003 Développement doutils informatiques danalyse structurale de familles protéiques Yoann Beausse Journée Bioinformatique des Génopoles](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022070309/551d9da2497959293b8d1cf5/html5/thumbnails/20.jpg)
Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
4.4. Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SGServeur pour la génomique structurale : ProDom-SG
Objectif :
Proposer les meilleures protéines candidates pour une détermination de structure
- Protéines mono-domaine- Aucune information structurale
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
Sélection de protéines mono-domaineSélection de protéines mono-domaine
• Sélection des familles ProDom sur la qualité des alignements multiples
- Utilisation de la fonction objective norMD
• Prise en compte des relations d’homologie entre ces familles
• Identification des familles possédant des structures 3D connues
• Rechercher les protéines mono-domaines dans les familles n’ayant pas
de lien avec la PDB
4.4. Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SGServeur pour la génomique structurale : ProDom-SG
Génopole de Strasbourg
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
FiltresCritères de sélection
4.4. Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SGServeur pour la génomique structurale : ProDom-SG
Recherche des familles ProDom sans liens PDB
Espèces
Mots clés
filtresAffichage des protéines
mono-domaine
Affinage
Suggestion de protéines pour une détermination structurale
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Yoann Beausse – Mercredi 22 Octobre 2003Génopole Toulouse Midi-Pyrénées
ConclusionConclusion
ProDom-SG : serveur pour la génomique structurale
Chime
VRML
Intégration d’outils de visualisation
Couplage analyse en domaine / modélisation 3D
1940 familles
44327 domaines <=> 17406 entrées PDB
1100 superfamilles
701 repliements
7 classes
SCOP pour domaines expertisés
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