mÉdecine personnalisÉe dans le cbnpc
TRANSCRIPT
MÉDECINE PERSONNALISÉE DANS LE CBNPC
Dr Olivia BEAUDOUX
Institut Jean GODINOT
19/10/2016
oncocha
ACTUALITÉS : 28 PLATES-FORMES DE GÉNÉTIQUE MOLÉCULAIRE DES CANCERS
- Labellisation par l’INCA
(2006 et 2007)
- 60 tests moléculaires
innovants -> 20 avec
thérapie ciblée
- En 2015, 76 200
patients dont : 26 600
examens pour la
recherche de mutations
d'EGFR
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Actualités
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Enjeux et perspectives
Evolution des plateformes
- Juin 2016
- Réseau de 12 plateformes
- Centre national de calcul intensif
- Dossier électronique médical du patient, avec intégration des données génomiques
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TUMEURS SOLIDES
STRUCTURATION DE LA PLATE-FORME
HEMOPATHIES MALIGNES
ANATOMIE PREPARATOIREResponsable :
Pr Marie-Danièle DIEBOLD
BIOLOGIE MOLECULAIREResponsables :
Pr Christine CLAVEL & Dr Olivia BEAUDOUX
BIOLOGIE MOLECULAIREResponsable :
Dr Pascale CORNILLET-LEVEBVRE
PGMCCACoordonnateur : Pr Christine CLAVEL
Technicienne d’anatomie préparatoire commune : Sylviane VIGNOLLES
Mise en copeaux du bloc :
10 x 5 µm en tube (pour extr. ADN)
Extraction ADN (QIAamp Mini)
Analyse EGFRSéquençage , fragment, TaqMan
Analyse BRAFTaqman
Analyse HER2Séquençage
Analyse KRASIdylla
3 x 5 µm sur lame (pour FISH ALK)
Analyse ALKFISH
1 x 5 µm sur lame (pour HES début)
Recherche de biomarqueurs moléculaires dans les cancers broncho-pulmonaires
(Programme INCa)
Schéma d’organisation générale PGMCCAVersion de travail (2016)
1 X 5 µm sur lame (pour HES fin)
Qualification anatomo-
pathologique
Biologie oncologique IJG
Biologie cellulaire CHU
PRBI CHU
Anatomie Préparatoire
Dosage ADN
Environ 350 à 400 cas / an
Transmission de l’ADN restant
à la TCA
3 x 5 µm sur lame (pour FISH ROS1)
Anatomopathologie IJG
Analyse ROS1FISH
si génotypage EGFR-ALK sauvage
% MUTATIONCHIFFRES INCA 2012
7Les tests de génétique moléculaire pour l’accès aux thérapies ciblées en 2012.Collection Bilans d’activité et d’évaluation, ouvrage collectif édité par l’INCa, Boulogne-Billancourt, décembre 2012
% mutation
Chiffres biomarqueurs France 2012
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CANCER DU POUMON BILAN 2013
Arrêt de PI3KCA (fin 2013)
CANCER DU POUMON 1ER SEMESTRE 2014
4ème trimestre 2014: translocation ROS1 pour les tumeurs « triples négatives » : EGFR, ALK et KRAS WT
AcSé moléculaireEssai de Phase II
Accès sécurisé au crizotinib ou au vemurafenib pour les patients souffrant d’une tumeur porteuse d’une altération
génomique sur une des cibles biologiques de la molécule.
ACSÉ
2014 -2016 6 demandes CBNPC � 1 transloc ROS1 en 2014
BIOPSIES LIQUIDES
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EVOLUTION DES PRÉLÈVEMENTSLE PATRIMOINE TUMORAL CIRCULANT: UNE BIOPSIE LIQUIDE À PORTÉE DE TUBE
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ADN circulant (fragments)
Biopsie tissulaire
Biopsie liquide
Vallée et Denis, Corresp Onco-Ther. 2013
Cellules Tumorales Circulantes
Chiffres Biopsie liquide EGFR
POINT SUR LA MISE EN PLACE MUTATIONS DEL19, T790M ET L858R (EGFR) AU NIVEAU DE L’ADN TUMORAL CIRCULANT
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CONDITIONS DE PRÉLÈVEMENT ET D’EXTRACTION (NANTES ET IJG)� Patients en rechute / Patients dont le prélèvement est
impossible
� 2 tubes EDTA de 5 mL
� transport < 2h +++
� Double centrifugation (1 : 10 min 1900g ; 2 : 10 min 16 000g) à 4°C, décantation
� Conservation des tubes à -20°C ou -80°C� Extraction kit Qiagen QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit
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KIT THERASCREEN RGQ EGFR – QIAGEN TECHNIQUE SCORPION (NANTES)� Nantes = plateforme de référence (Pr Marc Denis)
� Prélèvement transmis par carboglace après une centrifugation
� Test CE-IVD
� 15 analyses pour patients IJG
� Utilisation de la technique
dite « Scorpion »
Sensibilité 100 copies /ml plasma
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TAQMAN MUTATION DETECTION ASSAYS (IJG)
� PCR Allèle spécifique : Bloqueur de l’allèle non muté + sonde marquée pour la mutation
� Sensibilité 1%
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RÉSULTATS IJG
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� Mutation pas toujours indentifiable : : répéter les prélèvements et les types de prélèvements
PERSPECTIVES MEDECINE PERSONNALISÉE
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Portrait moléculaire élargi (16 gènes minimum)
Perspectives (1)
- Collaboration CHU – IJG
-Panel 26 gènes Multiplicom
-Pipeline bio-informatique Sophia Genetics
- Mars – août 2016 : 6 runs de validation des performances : limites : qualité / quantité ADN
- Août 2016 : arrivée bio-informaticienne PGMCCA
- Octobre – décembre 2016 : validation d'un 2ème pipeline bio-informatique « maison »
- T1 2017: routine NGS effective (technique + rendu de résultat sur les panels)
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POINT SUR LA MISE EN PLACE DU PANEL TUMEURS SOLIDES INCA « NEXT GENERATION SEQUENCING » NGS SUR LA PLATEFORME DE GÉNÉTIQUE PGMCCA