5/26/2018 Manual Ugene

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Manual do programa Ugene

ministrado no 1Mini-Curso de

Bioinformtica.

O Programa Ugene uma ferramenta poderosa de edio de sequncias,

reunindo funcionalidades de diversos programas em um s. Contudo sua

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utilizao complexa, para isso foi montado um pequeno manual de instruo de

como fazer o alinhamento e edio de sequncias com vrios primers diferentes.

Para o programa e as sequncias utilizadas podem ser obtidas no site

http://www.bioinformatics013.blogspot.com.br, basta procurar os links do

programa e do material que foi utilizado durante o curso:

Site.

Postagem para o Ugene Postagem para o Material usado.

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Para fazer o download de ambos basta clicar na foto e uma nova janela ou

aba ser aberta.

Quando clicar para baixar o Ugene a janela aberta mostrar diversas opes

do Download, no caso do Windows, baixe a primeira opo FULL.

Clicando na foto do material abrir uma janela ou aba onde devemos clicar

em File ou Arquivo (depende da verso do seu navegador) e selecionar a opo

DOWNLOAD.

Aps baixar e instalar o Ugene, descompacte o arquivo Material.rar em uma

pasta no computador.

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Abra o Ugene e temos a tela inicial do programa.

Clique em File>OPEN (ctrl+o) ou no smbolo de abrir

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Abra a pasta Material, depois a pasta ab1 e depois a pasta 118464. Dentro

da mesma selecione todas as sequencias e clique em Abrir ou Open.

A tela inicial ir mostrar as sequncias abertas bem como outras

informaes.

Diminua a exibio de todas as sequncias clicando no sinal de menos da

sequncia.

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Ficando assim:

Nesta tela temos a visualizao das sequncias:

E o Cromatograma:

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Clique na lupa para visualizar melhor o sinal do sequenciamento.

Selecione todas as sequncias com os diferentes primers que sero unidas

atravs do mtodo de assembly com o programa CAP3.

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Primeiro exportar as sequncias. Depois de selecionadas, clique com o

boto direito do mouse v na opo export/import > export sequences.

Vai abrir a seguinte janela:

Em Export to file, o ultimo nome ser o nome do arquivo que vamos

exportar no formato FASTA>/118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new.fa.

Deixe as opes como esto marcadas e clique em export.

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Feito isso, passamos para o Assemble das sequncias com o programa

CAP3.

Selecione o arquivo 118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new(caso j no

esteja selecionado), v em TOOLS>DNA ASSAMBLE>CONTIG

ASSEMBLE WITH CAP3.

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Na janela que ir abrir clique em ADD.

Selecione o arquivo .fa gerado no nosso exemplo o

118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new.fa. Clique em Abrir ou Open.

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Clique em RUN.

Foi gerado o arquivo 118464_H4b_016_LVR_2013-04-29.new.cap.ace.

Que so todas as sequncias comparadas, alinhadas, revertidas (ver-compl) e

unidas em uma sequncia consenso (contig).

Clique com o boto direito sobre o contig > Export/Import > Exportalignment to sequence format.

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Coloque o nome da amostra que est sendo utilizada na caixa Export to

file. O formato fica FASTA. Export.

Agora temos a lista com todas as sequncias mais o contig.

Para retirar s o contig basta clicar com o boto direito sobre o Contig >

Export/Import > Export sequences.

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Obtemos assim somente a sequncia que queremos alinhada com os

primers.

Renomeie a amostra clicando com o boto direito do mouse sobre o contig

> Edit > Rename.

Use o nome da amostra.