Manejo de

archivos con

python Semiramis Castro

Laboratorio de Genómica Evolutiva

Licenciatura en Ciencias Genómicas - CCG UNAM

Febrero 2015

Pasos

1. ¿Para qué necesitamos el archivo?

2. Elegir directorio de trabajo

3. Elegir modo en que se abrirá

4. Elegir tipo de lectura

5. Escribir

6. Cerrar

Elegir directorio de trabajo

import os

os.chdir(r”/MyPath/”)

Modo de apertura

r Abre un archivo de sólo lectura. El

puntero del archivo se coloca en el

principio del archivo. Este es el modo

predeterminado.

w Abre un archivo para escribir

solamente. Sobrescribe el archivo si el

archivo existe. Si el archivo no existe, se

crea un nuevo archivo para escritura.

Modo de apertura

r+ Abre un archivo para lectura y

escritura. El puntero del archivo estará en

el principio del archivo.

w+ Abre un fichero para escritura y

lectura. Sobrescribe el archivo existente si

existe el archivo. Si el archivo no existe, se

crea un nuevo archivo para la lectura y la

escritura.

Modo de apertura

rb Abre un archivo de sólo lectura en

formato binario.

rb+ Abre un archivo para la lectura y la

escritura en formato binario. El puntero

del archivo estará en el principio del

archivo.

Modo de apertura

wb Abre un archivo para escribir sólo en

formato binario. Sobrescribe el archivo si

el archivo existe. Si el archivo no existe, se

crea un nuevo archivo para escritura.

wb+ Abre un archivo, tanto para la

escritura y la lectura en formato binario.

Abrir el archivo

Instanciamos un objeto de tipo archivo

open(“myFile.txt”,”r”) as f

ó

f=open(“myFile.txt”,”r”)

Tipos de lectura

read.line()

read.lines()

read.xlines()

csv.reader()

otros

read.line()

Lee la línea que se le especifique

read.lines()

Lee caracter por caracter a varias líneas

read.xlines()

Lee línea por línea. Es más rápido que

read.lines()

csv.reader()

csv.reader() necesita guardar en listas

temporales cada columna. El delimitador

puede ser un tabulador, coma, punto y

coma, etc.

Es necesario importar a csv

csv.reader() import.csv n1, n2= [], []

nodo1, nodo2= [], [] redLista= [] with open(archivo, "r") as f: next(f) # skip headings reader=csv.reader(f,delimiter='\t')

for n1, n2 in reader: nodo1.append(n1) nodo2.append(n2) redLista.append((n1,n2)) f.close()

Otros

Dependen del propósito específico; por

ejemplo, Seq::IO de BioPython tiene sus

métodos internos y no es necesario

especificar el tipo de lector

Escribir

open(“myOutputFile.txt”,”w”) as output

output.writelines(“MyHeader\n”)

output.writelines(“MyText\n”)

Cerrar

f.close()

output.close()