Redan under medeltiden var Malmö näst Köpenhamn Danmarks största stad. Under

sillfiske- och höstmarknadstiden var Malmö den av tyska och andra utländska köpmän

mest besökta staden efter Skanör och Falsterbo. Tyskarnas namn på Malmö var

Elbogen. Staden var fram till vitaliebrödernas härjning 1393 en obefäst stad. Redan 1336 omtalas diken som stadsbegränsningar in

mot land men arkeologiska undersökningar har visat att dessa inte haft försvarskaraktär utan snarare markerat en juridisk stadsgräns. Runt år 1400 började strandmuren uppföras,

troligtvis som ett resultat av piratkrigen under 1390-talet.

Malmöhus fästning

Staden fick 1437 av kung Erik ett heraldiskt vapen, två krönta röda griphuvud, hämtade ur kungens eget vapen. Gåvan av Malmö stadsvapen var troligen ett försök att få borgarna välvilligt inställda till kungens polska släkting som han ville ha till tronföljare i Danmark.

Åren 1517 - 1519 uppfördes den sista delen av strandmuren. Borgmästare Hans Mikkelsen lät på 1510-talet gräva de första vallgravarna in mot land och då kastades också de första försvarsvallarna upp. I politiskt och religiöst hänseende kom Malmö att under denna tid spela en betydelsefull roll, eftersom staden gynnades av Kristian II. Kristians inflytelserikaste rådgivare var Malmös borgmästare Hans Mikkelsen.

Malmöhus fästning

Slottet Malmöhus är Nordens äldsta bevarade renässansslott. Av Erik av Pommerns kastell från 1434 finns fortfarande rester bevarade i det slott som stod klart vid 1500-talets mitt.

Här bodde de danska kungarna under sina besök i Malmö och här hölls också den äventyrslystne Earl of Bothwell, Maria Stuarts tredje make, fängslad i fem år.

Det första kastelletÅr 1429 infördes en Öresundstull. För att säkra den lät kung Erik av Pommern befästa städerna längs sundets kuster. I Malmö byggdes ett mindre kastell med salsbyggnad, murar, torn och befäst port i det nordvästra hörnet av staden. Delar av murarna, som idag syns som kritstensband i slottets fasad, är spår av denna anläggning.

År 1534 inleddes den så kallade grevefejden. Då revs delar av slottet. De upproriska förlorade kampen 1536, och då beordrade den danske kungen Christian III Malmöborna att bygga ett nytt slott åt honom.

Det nya slottet skulle fungera som fästning, permanent bostad för länsherren och som tillfällig kunglig bostad. Hela ombyggnaden tog sju år. Det fanns gott om byggnadsmaterial i traktens kyrkor och kloster. De hadjust tillfallit staten i samband med reformationen och kunde nu rivas. Slottet är byggt i en blandning av sengotik och renässansstil och domineras av den stora Kungsvåningen.

Fredrik II tillbringade en stor de av sin kronprinstid (1554–69) på Malmöhus. Den här tiden var slottets verkliga glansdagar, med stora fester och många besökare som spred kunglig glans över byggnaderna. Mellan 1526 och 1658 var slottet samtidigt bostad för sammanlag 19 danska länsherrar i Malmöhus län.

År 1658 tillföll Skåne Sverige och Malmöhus upphörde att vara ett kungligt residens. Slottet ändrades till riksfästning, en veritabel krigsmaskin, mot fiendens huvudstad Köpenhamn. Under 1700-talet blev fästningen omodern, och under åren 1828–1909 användes det som fängelse. Borggården användes också för avrättning av dödsdömda fångar. Den sista avrättningen ägde rum år 1901.

År 1909 tömdes fängelset och 1914 kunde man flytta in i det nyuppfördafängelset på Kirseberg. Efter restaurering och ombyggnad kunde Malmö Museum invigas 1937. Vid krigsslutet 1945 förvandlades museet under ett antal månader till flyktingförläggning för de människor som räddats ur nazismens koncentrationsläger genom Röda Korsets räddningsaktion De vita bussarna.

Under senare svensk domvärjo användes slottet för mera traditionellt fängsligt förvar, men behovet av platser var inte så stort, eftersom fängelse som påföljd inte var särskilt vanligt. Fortfarande i 1734 års lag förekom frihetsstraff blott i ringa omfattning. Döds- och kroppsstraff var ännu vanligast även för ringare brott. Även förvisning ur staden utdömdes ofta som straff (och man bestraffades med döden om man trotsade förvisningen...).

I december 1748 fanns det 73 fångar på Malmö slottsfängelse, 57 män och 16 kvinnor. 1778 var fångtalet nere i 28 st.

Kung Fredrik I dog 1533. År 1534 utbröt det danska inbördeskriget Grevefejden. Jörgen Kock drog med borgarna till Malmöhus, som intogs. Han knöt förbindelse med borgmästaren i Köpenhamn, Ambrosius Bogbinder, och Wullenwever i Lübeck. Genom att försöka återuppsätta Kristian II på tronen försökte de förhindra att den döde kungens son Kristian III kom till makten. Samtidigt ville man få Köpenhamn och Malmö upphöjda till fria riksstäder och intagna i Hanseförbundet. Greve Kristofer av Oldenburg vanns för planen. Det var troligtvis bl.a. tillgivenheten till Kristian II och fruktan för katolicismens återinförande samt för adelsväldet som förmådde borgerskapet att följa sin borgmästare i upproret. Men planen misslyckades. Snart stod Köpenhamn och Malmö ensamma mot den nyvalde Kristian III. Till slut ingick Malmös borgerskap i Kocks frånvaro den 6 april 1536 förlikning med Kristian III i Helsingör. Villkoret var att borgarna fick behålla protestantismen och fortsätta att själv få välja sina präster, samt slippa att komma under adelns inflytande.

Jörgen Kock hade flytt till Köpenhamn och uthärdade här en svår belägring men fick till slut be om nåd. Snart upphöjdes han emellertid åter till borgmästare, 1540. Han skaffade bl.a. staden dess nuvarande rådhus och stortorg samt skänkte en stor donation till stadens fattiga.

Jörgen kom troligtvis från Westfahlen i Tyskland eftersom samtida krönikörer kallar honom för "vestphalus". Första gången han omtalas i Danmark är i Malmö 1517. Året därpå blir han kung Kristian II:s myntmästare på Malmöhus då han efterträdde den förre myntmästaren Dines Blicher. Han var gift med Citze Kortsdatter som tidigare varit gift med den rike köpmannen Walter Kniphof i Köpenhamn. Han blev därigenom styvfar till Claus Kniphof.

Bevarade räkenskaper visar att Jörgen under perioden påsken 1518 till april 1523 levererat slagna mynt till ett värde av över en halv miljon mark

Malmö blockerades från 18 juni till 27 september 1644 av svenskarna under Gustav Horn och sen även från början av augusti 1645 tills freden slöts samma månad.

Sedan Malmö 1658 blivit svenskt försämrades stadens ställning genom att alla handelsförhållanden rubbades, samt genom höga tullar och skatter. Men försvarsverken sattes i stånd. Slottet Malmöhus byggdes om till en fyrhörnig bastionsbefästning 1662 - 1671. Man började bygga om stadsbefästningen, men hade inte hunnit långt, då kriget bröt ut 1675. 6 juni - 5 juli 1677 belägrades staden av en dansk styrka på 14 000 man.

Staden försvarades på ett utmärkt sätt av generalfältmarskalken Fabian von Fersen med en garnison av högst 2 000 man, varav endast 1 500 var friska. De stormningar, som danskarna natten till 22 juni och natten till 26 juni företog mot staden, slogs tillbaka och belägringen avbröts. Under de följande åren förstärktes och utvidgades befästningarna. Efter 1684 följdes en av Erik Dahlbergh uppgjord plan. Då arbetena 1697 i huvudsak var avslutade, ansågs Malmö som Sveriges starkaste fästning.

Staden drabbades av ett antal motgångar i början av 1700-talet. Karl XII:s krig utarmade landet, stadens inspärrning av danskarna december 1709 - februari 1710 samt böldpestens härjningar juni -december 1712 bidrog till detta. Före pesten uppgick stadens invånare till mellan 2500 och 3000 personer. Under farosoten dog runt 250 personer av sjukdomen. Vid 1717-års folkräkning uppgick stadens innevånare till 2795 personer.

Först vid slutet av 1700-talet, efter tillkomsten av hamnen, inträffade en märkbar förbättring av stadens sjöfart, handel och näringar. Vid 1741 års riksdag beslöts, att när Landskronas fästningsverk blivit klara, skulle befästningen kring Malmö raseras.

Citadellet skulle dock bibehållas. Besluten förnyades flera gånger, men inget hände. Först efter 1805 påbörjades rivningen och den var fullbordad 1812. 1822 upphörde citadellet som fästning, och 1827 godkände kungen att inre borgen fick användas som "större fånghus". Ett par av citadellets bastioner demolerades 1833.