異分野融合型の科学データ公開サイトlink data.org

異分野融合型の科学データ公開サイト LinkData.org

http://linkdata.org/ （独）理化学研究所下山紗代子, 豊田哲郎

2012/5/24 第3回LinkedData勉強会

2012/5/24 2

RDF公開プラットフォームの必要性

RDF (Resource Description Framework) はWeb上でデータを共有するための標準形式

幅広い分野で活躍する研究者や多くの人々がRDFでデータを公開していける場が必要

そのためにLinkDataでは、誰でも簡単に使えるRDF変換ツールを提供サーバを持たない人にRDF公開の場を提供 Web上でRDF教育の場を提供

RDFとは何かを分かりやすく学べる自分のデータに最適なRDFモデルをデザインできる

第3回LinkedData勉強会

2012/5/24 3

データをRDF作品として公開できる

簡単に公開！データ


テーブルデータ作成

RDF形式へ変換

テーブルデータのひな形ファイルを作成

ひな形ファイルにあなたのデータを入力

ステップ1で作成したテーブルデータの

ファイルをアップロード

公開されたRDF作品をダウンロード

世界中の人が利用し、あなたの貢献を高く

評価

ステップステップステップ

3ステップでRDFを公開できる

2012/5/24 4 第3回LinkedData勉強会

入力形式は扱いやすいテーブルで

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データモデル RDFモデルテーブルモデル

メリット

• データ間の関係をリンクで明確に表現できる

• webとの相性が良い

• 人が直感的に理解しやすい

• 行単位でテキスト処理できて簡単に扱える

デメリット

• 人がデータ構造の全体像を把握しにくい

• 扱うには専門知識が必要

• データ間の関係を表すための意味論が不明確になりやすい

• 機械的に解釈させにくい

モデルの図示 Property

Subject Object Subject Object

Property


テーブルデータとRDFの対応例

電話番号蔵書数

中央図書館 045-111-1111 154,265

電話番号蔵書数

中央図書館 045-111-1111 154,265

西区図書館 045-222-2222 65,489

南区図書館 045-333-3333 98,548

電話番号

中央図書館 045-111-1111

中央図書館 045-111-

1111

電話番号

中央図書館

045-111- 1111

電話番号

154,265 蔵書数

中央図書館

045-111- 1111

電話番号

154,265 蔵書数

西区図書館

045-222- 2222

電話番号

65,489 蔵書数

南区図書館

045-333- 3333

電話番号

98,548 蔵書数 2012/5/24

列を追加

行を追加

元のテーブルデータ

6

7

異分野融合型プラットフォーム

地域、行政、学術、経済等、様々な分野のデータ → サイエンス分野以外にも広がる利用と教育

分野融合的な研究者の交流を促進

新しい融合研究領域の創造

科学データを扱う技術を科学以外の分野へと波及

Linked dataに関する教育効果

分野を制限せず、好きなデータでRDF技術を学べる

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分野融合的であることの重要性


1. スキーマ定義の支援機能

2. 標準プロパティのサジェスト機能

3. URIの自動生成機能

4. テーブルとRDFの対比機能

5. RDFへの変換・公開機能

6. データのつながりの可視化機能

7. アプリケーション開発者支援機能

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LinkData の機能一覧


1. スキーマ定義の支援機能

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スキーマ定義（入力データのひな形）を簡単に作成できる

すでに公開されているRDF作品からスキーマ定義を再利用できる

入力データのひな形（Excelファイル）

スキーマ定義のGUI


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2. 標準プロパティのサジェスト機能

使用するプロパティをリスト（全385件）から選択できる

Dublin Core等の汎用的に用いられるプロパティに加えて、 OBO (Open Biomedical Ontologies) 等のライフサイエンス分野で用いられるプロパティも登録されている


3. URIの自動生成機能

サブジェクト・プロパティをURLではなく、文字列で入力することが可能

アップロード後に自動でLink DataオリジナルのURIに変換

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URIの形式 URIの生成例

subject http://linkdata.org

/resource/ [作品ID]#[文字列]

s1

http://linkdata.org/resource/ rdf1s1i#s1

property http://linkdata.org

/property/ [作品ID]#[文字列]

p1

http://linkdata.org/property/ rdf1s1i#p1


アップロード形式： Excel, Text

ダウンロード形式： Excel, Text, Turtle

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4. RDFへの変換・公開機能

@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> . @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> . @prefix cc: <http://creativecommons.org/ns#> . @prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> . <> cc:attributionName "Sayoko_Shimoyama"@ja ; cc:attributionURL <http://linkdata.org/user/Sayoko_Shimoyama> ; cc:license <http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/> . <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> rdf:type rdf:Property ; rdfs:label "phone_number"@ja . <http://linkdata.org/resource/rdf1s1i#central_library> <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> "central_library"@ja, "中央図書館"@ja ; <http://xmlns.com/foaf/0.1/homepage> <http://library.jp/central> ; <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> "045-111-1111"@ja . <http://linkdata.org/resource/rdf1s1i#west_library> <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> "west_library"@ja, "西区図書館"@ja ; <http://xmlns.com/foaf/0.1/homepage> <http://lib.com/west> ; <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> "045-222-2222"@ja . <http://linkdata.org/resource/rdf1s1i#south_library> <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> "south_library"@ja, "南区図書館"@ja ; <http://xmlns.com/foaf/0.1/homepage> <http://libraries/city/south> ; <http://linkdata.org/property/rdf1s1i#phone_number> "045-333-3333"@ja .


W3C RDF Validation Serviceに投げてグラフモデルで可視化

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5. テーブルとRDFの対比機能

自分のテーブルデータと対比させることで、

RDFについて理解を深められるようサポート


グリーン： RDF作品

ブルー：外部ドメイン

RDF作品の各ファイル中のsubject, property, objectに使われているURIのドメインとつなげている

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6. データのつながりの可視化機能

LODクラウドとして可視化

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7. アプリケーション開発者支援機能

データ取得用APIを提供（LinkData側）

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外部アプリ（http://fukuno.jig.jp/2012/jp02）


http://fukuno.jig.jp/2012/jp02

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2012年3月：アプリ部門最優秀賞

Linked Open Data チャレンジ Japan 2011


2012/5/24 18

2012年4月：WWW2012に出展

LinkDataブースは大盛況！ 5日間で200人を超える訪問者が！


2012/5/24 19

TBL卿が LinkData を評価

LinkDataのシンプル性に対して ”Excellent!!”

とのお言葉が！

Tim-Barners-Lee 卿

※ Tim-Barners-Lee 卿はWebの発明者として世界的な権威

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国際的なネットワーク作りに成功

17カ国からローカルオーガナイザーへのオファー日本を核に国際連携がスタート！！

ローカルオーガナイザー： LinkDataサイトを翻訳して、その言語のコンテンツを管

理してくれる協力者


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LinkDataでアプリ開発

LinkDataのデータセットと連携してアプリを作れるサイトを構築中

データ連携

Sequence_test

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公開と利用のサイクルが回る

データからアプリを作る

アプリからデータを作る第3回LinkedData勉強会

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LinkDataでゲノム設計

LinkDataのアプリ開発機能を使って、プログラムでゲノムを設計するコンテスト「GenoCon」第２回大会を

本年開催予定


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異分野のコミュニティを融合

Linked Data links Communities!

GenoCon community LOD community


ご清聴ありがとうございました！

@Link_Data

https://www.facebook.com/LinkData

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皆様のご参加をお待ちしております

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