Línea: Bioinformática

Red Bioinformática para la predicción de la función molecular

• Integrantes

IFC IBT

Dr. Jorge Ramírez Salcedo Dr. Alejandro Garciarubio GranadosBiol. Gerardo Coello Coutiño Dr. Enrique Merino PérezDra. Lina Riego Ruiz Dr. Lorenzo Segovia ForcellaDr. Gabriel del Rió Guerra Dr. Fco. Xavier Soberón MaineroDra. Alicia González Manjarrez Dr. Ernesto Pérez Rueda

Dra. Rosa Gutiérrez Ríos

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Titulo:Análisis global de la expresión genética en la levadura Saccharomyces cerevisiae:Identificación de la red de genes cuya expresión se determina por la acción deLos dos reguladores globales codificados por GLN3 y GCN4

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INTRODUCCIONa) Los activadores globales codificados por GLN3 y GCN4 determinan de manera independiente, la expresión de un número importante de genes.

B recientemente se ha encontrado que los productos de GLN3 y GCN4 pudieranActuar de manera conjunta, para determinar la expresión de un grupo particularDe genes

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Valenzuela, L. et al., (2001)

Gcn4p y Gln3p: reguladores positivos

YPD + RAPAMICINA

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1 102 126-140 148

ADGln3p trunca

1 102 126-140 150 306- 336- 351- 388- 600 667 730 330 345 361 394

AD

URE BD GATA NES K/R NLS TOR BD

Gln3p

Gln3p trunca

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Valenzuela, L. et al., (2001)

ASN

WT AT ure2 AT gln3a AT gln3b AT

HIS3

ACT1

1 4 1.5 6 1 2 1.3 4

gln3a : nullgln3b : trunca

Gln3p en la respuesta a 3-AT

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WT

gln3tgcn4

gln3

Condiciones: asparagina, amonio y gaba

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Objetivos

a) Instalar un sistema centralizado y seguro para almacenar datos obtenidosde microarreglos.b) Desarrollar una plataforma universal que permita acceder a los datos obtenidos con experimentos de microarreglos para su análisis.c) Desarrollar e implementar algoritmos optimizados, originales y útilies para elAnálisis de datos de microarreglos de DNA que respondan a las necesidadesde los usuarios de la Unidada de Microarreglos de la UNAM.

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Material y Métodos.a) Obtención de RNA total de la cepa silvestre y las mutantes pertinentes de la

levadura Saccharomyces cerevisiae.b) Obtención de cDNA marcado y realizar hibridación contra una biblioteca que

contiene el repertorio completo de genes de Saccharomyces cerevisiae.c) Lectura de laminillasd) Interpretación de datos. Desarrollo de software y aplicación del que ya se ha

desarrollado.

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Resultados Obtenidosa) Se llevó a cabo un curso sobre interpretación de datos obtenidos con

microarreglos.b) Se organizó el Symposium Bioinformática y Medicina que se llevó a cabo en la Ciudad de Guadalajara del 22 al 24 de Febrero y del 12 al 13 de Mayo en la

Ciudad de Monterrey.c) Organización del curso Internacional: Evolutionary Genomics in Modern

Integrative Biology, que se llevará a cabo del 8 al 14 de Octubre en Pátzcuaro Michoacan.

d) Desarrollo del Software GeneArise para análisis de datos de Microarreglos (en proceso).

e) Desarrollo del Software NEXXUS para estudiar redes de genes (en proceso).f) Preparación de RNA de las cepa silvestre y de la mutante ure2, hibridación y

obtencion de datos crudos.

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Resultados Esperados (primer año)

1.- Construcción de la red de genes cuya expresión simultaneamente dependa de los activadores codificados por GLN3 y GCN4 (2 publicaciones). En este proyecto participan los estudiantes de Doctorado Guillermo Romero y Hugo Hernández.

2.- Desarrollo y adecuación de GeneArise