les indicateurs microbiologiques de - auréa · etat des lieux après 4 ans de travaux acquis...

Les indicateurs microbiologiques deLes indicateurs microbiologiques de la qualité des sols et leur valorisation

rtie

lle in

terd

ite

Nord Laos (Avril 2010)

dans le conseil agronomique

duct

ion

mêm

e pa

r Nord Laos (Avril 2010)

Matthieu Valé

/200

9. T

oute

repr

od

Qualité biologique des sols

AS

Labo

rato

ire 1

0/ Quels indicateurs pour quelles attentes ?

Etat des lieux après 4 ans de travaux

acquis méthodologiques

GR

O-S

ystè

mes

/ SA ‐ acquis méthodologiques

‐ pertinence des indicateurs choisis

Nouvelles pistes pour appréhender la qualité biologique des sols

© C

opyr

ight

AG

Agronomie, fertilisation et environnement : quoi de neuf en 2011 ? ‐ SAS Laboratoire / AGRO‐Systèmes – Baziège – 8‐12‐2011

p p pp q g q

Qualité biologique des solsQualité biologique des sols

rtie

lle in

terd

ite Quels indicateurs pour quelles attentes ?

duct

ion

mêm

e pa

r


‐ acquis méthodologiques

/200

9. T

oute

repr

od acquis méthodologiques

ti d i di t h i i

AS

Labo

rato

ire 1

0/ ‐ pertinence des indicateurs choisis

GR

O-S

ystè

mes

/ SA


© C

opyr

ight

AG


Agronomie, fertilisation et environnement : quoi de neuf en 2011 ? ‐ SAS Laboratoire / AGRO‐Systèmes – Chateaubourg – 20‐10‐2011

Qualité biologique des sols : de quoi parle-t-on ?de quoi parle t on ?

la productivitébl d té i ti

la résiliencecapacité du sol à revenir àson état initial après une

ensemble des caractéristiquesqui permettent la croissancedes végétaux (disponibilité deséléments nutritifs structure du

rtie

lle in

terd

ite

son état initial après uneperturbation

éléments nutritifs, structure dusol, rétention de l’eau)

duct

ion

mêm

e pa

r

La qualité biologique

/200

9. T

oute

repr

od se décline en quatre composantes

AS

Labo

rato

ire 1

0/

l’état sanitairerésistance du solles externalités environnementales

GR

O-S

ystè

mes

/ SA résistance du sol

à une maladie.les externalités environnementalesimpact sur l’environnement (eaux desurface et souterraines, atmosphère : sol= interface de ces deux milieux)

© C

opyr

ight

AG

Agronomie, fertilisation et environnement : quoi de neuf en 2011 ? ‐ SAS Laboratoire / AGRO‐Systèmes – Baziège – 8‐12‐20113Chaussod, 1996

= interface de ces deux milieux)

Comment évaluer la qualité biologique des sols ?biologique des sols ?

1) Connaissance des caractéristiques du milieu : sol (pH, texture),climat (température, humidité), itinéraire cultural (rotation,gestion des résidus, CIPAN, produits organiques, …)

rtie

lle in

terd

ite

2) Caractérisation du compartiment biologique

duct

ion

mêm

e pa

r

Microbiologie Macrobiologie

Bi i bi

/200

9. T

oute

repr

od

Abondance / caractérisation MO

Biomasse microbienne

Fractionnement MO

Métabolites microbiens

AS

Labo

rato

ire 1

0/ Comptages et classifications de terrainActivité

Potentiels de minéralisation

Activités enzymatiques

GR

O-S

ystè

mes

/ SA

DiversitéAptitudes métaboliques

ADN microbien

© C

opyr

ight

AG


Comment évaluer la qualité biologique des sols ?

Micro-faune et micro-flore Meso-faune Macro-faune

biologique des sols ?

Bactéries

rtie

lle in

terd

ite

Champignons

Nématodes

Protozoaires

duct

ion

mêm

e pa

r

Collemboles

AcariensDG ENV CE, 2010

/200

9. T

oute

repr

od

Vers de terre

Fourmis

AS

Labo

rato

ire 1

0/

1 µm 100 µm 2 mm 20 mm 20 cm

ScarabéesTaupes

GR

O-S

ystè

mes

/ SA 1 µm 100 µm 2 mm 20 mm 20 cm

Humificationminéralisation

pré - HumificationStructuration du sol

© C

opyr

ight

AG


Comment évaluer la qualité biologique des sols ?

par g de sol masse / ha

biologique des sols ?

bactéries 108 à 109 1 à 2 tFraction

rtie

lle in

terd

ite

champignons 50 à 100 m d'hyphes 0.5 à 1

protozoaires 1000 200 kg

étudiable en laboratoire

duct

ion

mêm

e pa

r protozoaires 1000 200 kg

nématodes 10 à 20 100 à 200 kg

/200

9. T

oute

repr

od

par kg de sol masse / ha

acariens 100 à 2000 3 kg

AS

Labo

rato

ire 1

0/

g

collemboles 50 à 500 2 kgCela représente 1 à 3 % de la matière organique totale

GR

O-S

ystè

mes

/ SA

par m² masse / ha

vers de terre 50 à 300 200 kg à 1 t

g q

© C

opyr

ight

AG


DG ENV CE, 2010 - Davet, 1996

Comment interpréter les indicateurs de qualité biologique des sols ?de qualité biologique des sols ?

Éléments nutritifs ou pH directement reliés au rendement

9010090

100Rdt relatif (%) maïs orge

rtie

lle in

terd

ite

607080

607080

P Olsen (mg P kg-1)Morel, 2000Castillon et Bouthier, 2011

INAPG

Thure

Tartas

Limon argileux

Argilo‐calcaire

Sable

duct

ion

mêm

e pa

r 50

0 10 20 30 40 50

50

0 10 20 30 40 50

/200

9. T

oute

repr

od

Biomasse microbienne : Pas de courbe de réponse du rendement

Relation avec d’autres facteurs impactant directement la production

AS

Labo

rato

ire 1

0/ Relation avec d autres facteurs impactant directement la production (stabilité structurale, fourniture en azote minéral, …)

Construction de référentiel d’interprétation :

GR

O-S

ystè

mes

/ SA

p

• Acquisition de données pour des couples type de sol x climat x système de culture

© C

opyr

ight

AG


• Établissement d’une valeur moyenne et d’une plage de variation


rtie

lle in

terd


duct

ion

mêm

e pa

r



/200

9. T

oute

repr


ti d i di t h i i

AS

Labo

rato

ire 1


GR

O-S

ystè

mes

/ SA


© C

opyr

ight

AG


Les utilisateurs des indicateurs de la qualité biologique des solsla qualité biologique des sols

La recherche / l’expérimentation

‐ paramétrage de modèles

rtie

lle in

terd

itedu

ctio

n m

ême

par

/200

9. T

oute

repr

odA

S La

bora

toire

10/

Houot et al, 2009

GR

O-S

ystè

mes

/ SA

‐ Outils d’interprétation des essais (au champ ou en laboratoire)

© C

opyr

ight

AG


p ( p )

Les utilisateurs des indicateurs de la qualité biologique des solsla qualité biologique des sols

Les agriculteurs

Sondage réalisé auprès d’une centaine d’agriculteurs ayant réalisés des analyses biologiques

9%3%

faire un point sur la biologie du sol

rtie

lle in

terd

ite 30%

faire un point sur la biologie du sol

pas d'attentes particulières (analyse offerte)

recherche cause d'un problème de production

duct

ion

mêm

e pa

r

20%p p

recherche de l'explication de l'évolution de la matièreorganiquevérifier l'effet d'un produit sur la biologie du sol

/200

9. T

oute

repr

od

6%9%

vérifier l'effet d'une pratique culturale en particuliersur la biologie des solsvérifier l'effet des pratiques culturales en général surla biologie des sols

AS

Labo

rato

ire 1

0/

23%

9% la biologie des sols

GR

O-S

ystè

mes

/ SA

La distribution / les fournisseurs

‐ répondre aux attentes des agriculteurs

© C

opyr

ight

AG


‐ Outils pour le positionnement de leurs produits

Quels indicateurs pour quelles attentes ?quelles attentes ?

Indicateurs d’expérimentation / rechercheSensibilité au facteur étudié pour compréhension des phénomènes Construction du référentiel

rtie

lle in

terd

ite Indicateurs d’évaluation / de suiviBesoin de critères objectifs pour évaluer la pertinence d’un changement desystème de culture (agriculture de conservation semis direct TCSL )

duct

ion

mêm

e pa

r système de culture (agriculture de conservation, semis direct, TCSL, ….) A posteriori et en comparatif

Indicateurs de communicationé

/200

9. T

oute

repr

od Indicateurs de communicationFacilité de compréhension auprès des agriculteurs et du grand public, nedébouche pas forcément sur un conseil mais doit être démonstratif i i i d ifnn

alité

AS

Labo

rato

ire 1

0/

Indicateurs de diagnostic

Besoin au minimum de comparatif

ération

GR

O-S

ystè

mes

/ SA

État des lieux d’une situation, détection problème (ou pas) et propositionde solution pour y remédier A priori et besoin de référentiel d’interprétation

opé

© C

opyr

ight

AG


p p

Quels indicateurs pour quelles attentes ?

w Produits organiquesRésidus végétaux

quelles attentes ?

Décomposition, réorganisation,

t bili tichampignons

rtie

lle in

terd

ite

stabilisation

(humification)microfaune

bactéries

duct

ion

mêm

e pa

r

Matière organique(humus)

C – H – O – N - SBiomasse

microbienne

Fractionnement MO

/200

9. T

oute

repr

od

Minéralisation

microbienne

AS

Labo

rato

ire 1

0/

bactéries

NH +

Minéralisation azote

Minéralisation carbone

GR

O-S

ystè

mes

/ SA

CO2nitrification

NH4+

SO42-

H3O+

azote

© C

opyr

ight

AG


NO3-


rtie

lle in

terd


duct

ion

mêm

e pa

r



/200

9. T

oute

repr


ti d i di t h i i

AS

Labo

rato

ire 1


GR

O-S

ystè

mes

/ SA


© C

opyr

ight

AG


Bonnes pratiques des indicateurs biologiquesbiologiques

Paramètres biologiques sensibles aux conditions de milieu

600

700

30

35VEAU DE L ORMEBOURYhumidité

Déchaumage blé

rtie

lle in

terd

ite

400

500

ne (m

g/kg

MS)

20

25

MS

)

duct

ion

mêm

e pa

r

300

400

se m

icro

bien

n

15

20

hum

idité

(%

/200

9. T

oute

repr

od

100

200

biom

ass

5

10

Sols de craie de l’Aube (CETA Romilly)

Destruction CIPAN

AS

Labo

rato

ire 1

0/

02-mai 21-juin 10-août 29-sept. 18-nov. 7-janv.

0

pas de prélèvement en période de stress hydrique (sécheresse ou

( y)

GR

O-S

ystè

mes

/ SA pas de prélèvement en période de stress hydrique (sécheresse ou

saturation en eau) et thermique (gel)

pas de prélèvement après apport de MO (résidus, PRO) (délai

© C

opyr

ight

AG


p p p pp ( , ) (minimum : 2 mois)

Stabilité des indicateurs dans le tempsdans le temps

Essai ARVALIS La Jaillière (44) : 10 ans d’apports différenciés de Produits Résiduaires organiques (PRO) croisé avec 2 rotations (maïs‐blé et RGA)(PRO) croisé avec 2 rotations (maïs blé et RGA)

Arrêt en 2006 (cultures non fertilisées par la suite)

Mesure fractionnement MO sur rotation maïs‐blé

rtie

lle in

terd

ite

3 0

3.5traitement compost bovintraitement ammonitrate

18.0

20.0traitement compost bovintraitement ammonitrate

duct

ion

mêm

e pa

r

2 0

2.5

3.0

S) 12.0

14.0

16.0

µm (%

MS)

/200

9. T

oute

repr

od

1 0

1.5

2.0

MO

(% M

S

6 0

8.0

10.0

labi

le 5

0-20

0 µ

AS

Labo

rato

ire 1

0/

0 0

0.5

1.0

2.0

4.0

6.0

MO

l

GR

O-S

ystè

mes

/ SA 0.0

mars 2006 juillet 2008 février 2009 avril 20100.0

mars 2006 juillet 2008 février 2009 avril 2010

Effet significatif du traitement PRO sur Effet sur la fraction labile de la

© C

opyr

ight

AG


gla MO qui s’estompe avec le temps MO semble plus persistant


rtie

lle in

terd


duct

ion

mêm

e pa

r



/200

9. T

oute

repr


ti d i di t h i i

AS

Labo

rato

ire 1


GR

O-S

ystè

mes

/ SA


© C

opyr

ight

AG


Pertinence de la biomasse microbiennemicrobienne

Mesure normalisée (NF ISO 14240‐2 0.5 à 4 %

C microbienMesure normalisée (NF ISO 14240‐2, méthode par fumigation – extraction)

du C total du sol

C microbien

rtie

lle in

terd

ite

Quantification de carbone microbien, donc d’une fraction vivante de la MO (MOV)

C total

duct

ion

mêm

e pa

r

Indicateur d’abondance, pas d’activité

/200

9. T

oute

repr

od

Biomasse microbienne très sensible au pH

7 5

8

8.5

AS

Labo

rato

ire 1

0/

p

6 5

7

7.5

pH e

au

la Motte Agribio (91)Essais ARVALIS en agriculture biologique

GR

O-S

ystè

mes

/ SA

6

6.5

1 2 3 4 5 6 7

g ( )Dunière Agribio (26) agriculture biologique

(différentes rotations et systèmes de fertilisation)

© C

opyr

ight

AG


biomasse microbienne (% C org)

Pertinence de la biomasse microbiennemicrobienne

Biomasse microbienne bienBiomasse microbienne biencorrélée à la stabilitéstructurale

rtie

lle in

terd

ite

Chenu et al, 2006

polysaccharides microbiensaugmentent la cohésion entreles constituants du sol

duct

ion

mêm

e pa

r/2

009.

Tou

te re

prod

Indicateur d’expérimentation /

recherche

Indicateur d’évaluation / de

suivi

Indicateur de communication

Indicateur de diagnostic

AS

Labo

rato

ire 1

0/

OKindicateur précoce de la réponse des micro Référentiel type de

GR

O-S

ystè

mes

/ SA

OK

réponse des micro‐organismes du sol à un

changement de pratique culturale

OK en comparatif

Référentiel type de sol x climat x

système de culture à bâtir

© C

opyr

ight

AG


(travail du sol, fertilisation, …)

Pertinence du fractionnement de la matière organiquede la matière organique

Mesure normalisée (NF X31‐516, Fractionnement granulo densimétrique des matières organiques particulaires du‐ densimétrique des matières organiques particulaires du

sol dans l’eau)

Fraction grossière (200 - 2000 µm) : débris végétaux

rtie

lle in

terd

ite

50-200 µmSol tamisé 2 mm

Fraction intermédiaire (50 - 200

µm) : débris végétaux

MO résidus50 -2000 µm :

MO

duct

ion

mêm

e pa

r µm) : MO peu évoluée

MO labile

Fraction fine (0 - 50 µm) :

labile

/200

9. T

oute

repr

od Fraction fine (0 50 µm) : MO évoluée, très dégradée

MO humifiée

AS

Labo

rato

ire 1

0/ Caractérisation fine de la MO

•Proportion de fraction labile / h ifié

GR

O-S

ystè

mes

/ SA

MO jeune (labile) MO évoluée (humifiée)

humifiée

•C/N de la fraction labile : indicateur de son état d’évolution

© C

opyr

ight

AG


M ( m f ) indicateur de son état d évolution

Pertinence du fractionnement de la matière organiquede la matière organique

Vergers du Sud Est : 2 parcelles aux caractéristiques physico‐chimiques semblables

Verger Poisy34.8%

MO sol : 2.66

C/N 8 1

C/N : 23.3

Montarlet Golden44.5%

MO sol : 2.72C/N : 10.3

rtie

lle in

terd

ite

f ti 0 50 MO t bl

C/N : 8.1

C/N : 6.0N org labile : 12,1 % du N total

C/N : 9.2

C/N : 8.4N org labile : 39,5 % du N total

duct

ion

mêm

e pa

r

65.2%

fraction 0-50 µm - MO stable

fraction 50 -2000 µm - MO labile

55.5%

fraction 0-50 µm - MO stable

fraction 50 -2000 µm - MO labile

Fertilisation minérale F tili ti i d i 3

/200

9. T

oute

repr

od

Indicateur d’ é i i /

Indicateur d’é l i /

Indicateur de Indicateur de

Fertilisation minérale Fertilisation organique depuis 3 ans

AS

Labo

rato

ire 1

0/ d’expérimentation / recherche

d’évaluation / de suivi



GR

O-S

ystè

mes

/ SA OK

(fraction labile de la MO du modèle AMG ?)

OK(effet PRO, effet

CIPAN, …)

Pas forcément le plus démonstratif

OK (Positionnement des produits organiques)

Référentiel à consolider

© C

opyr

ight

AG


Pertinence des potentiels de minéralisation carbone et azoteminéralisation carbone et azote

Incubation de sol en conditions contrôlées (méthode dérivée de la XP U44‐163)

température 28°C et humidité du sol (HCC) constantestempérature 28 C et humidité du sol (HCC) constantes

Minéralisation C organique

d dé t d CO

Minéralisation N organique

mesure de la variation de stock d’azote minéral

rtie

lle in

terd

ite

mesure du dégagement de CO2 mesure de la variation de stock d’azote minéral

28 jours en incubation à 28°C

duct

ion

mêm

e pa

r 28 jours en incubation à 28 C sont équivalents à 5 à 8 mois

au champ

(à 10 13°C de moyenne)

/200

9. T

oute

repr

od (à 10 ‐ 13°C de moyenne)

AS

Labo

rato

ire 1

0/

Indicateur d’activité microbienne

Permet d’estimer les fournitures annuelles en azote minéral (en fonction

GR

O-S

ystè

mes

/ SA Permet d estimer les fournitures annuelles en azote minéral (en fonction

du climat moyen)

Quantification du poste minéralisation humus dans la méthode du bilan

© C

opyr

ight

AG


azoté

Pertinence des potentiels de minéralisation carbone et azoteminéralisation carbone et azote

Essai Boigneville environnement, sous culture intermédiaire

2.5

3.0

1.6%

1.8%

2.0%

% C

org

)

carbone organiqueminéraliséazote organique

rtie

lle in

terd

ite

1.5

2.0

O (%

MS)

0 8%

1.0%

1.2%

1.4%

lisé

28 jo

urs

(% azote organiqueminéralisé

duct

ion

mêm

e pa

r

0 0

0.5

1.0M

0 0%

0.2%

0.4%

0.6%

0.8%

C e

t N m

inér

al

/200

9. T

oute

repr

od

Effet du travail du sol et de la profondeur différent sur carbone et azote

0.0labour 0 - 25

cmsemis direct 0

- 12.5 cmsemis direct 12.5 - 25 cm

0.0%labour 0 - 25 cm semis direct 0 - 12.5

cmsemis direct 12.5 - 25

cm

C

AS

Labo

rato

ire 1

0/


Indicateur d’évaluation /


p

GR

O-S

ystè

mes

/ SA d expérimentation /

recherched évaluation /

de suivicommunication diagnostic

OKOK

Pas forcément leOK (bilan humique, f i )

© C

opyr

ight

AG


OK (effet PRO, CIPAN, travail du sol)

Pas forcément le plus démonstratif

fourniture azote)

Référentiel à consolider


rtie

lle in

terd


duct

ion

mêm

e pa

r



/200

9. T

oute

repr


ti d i di t h i i

AS

Labo

rato

ire 1


GR

O-S

ystè

mes

/ SA


© C

opyr

ight

AG


Nouvelles analyses en développementdéveloppement

Microbiologie Macrobiologieg g

Abondance / caractérisation MO

Biomasse microbienne

Fractionnement MO

rtie

lle in

terd

ite

caractérisation MOMétabolites microbiens

Comptages et classifications deA ti ité

Potentiels de minéralisation

duct

ion

mêm

e pa

r classifications de terrain

ActivitéActivités enzymatiques

/200

9. T

oute

repr

od

DiversitéAptitudes métaboliques

ADN microbien

AS

Labo

rato

ire 1

0/

Méthodes non normalisées stabilisation et optimisation des l

GR

O-S

ystè

mes

/ SA protocoles en cours

Acquisition de références sur les essais longue durée d’ARVALIS

© C

opyr

ight

AG



Métabolites microbiens biomasse microbienne ét b lit

extraction d’une fraction decarbone labile basée sur la

microbienne (MOV)

métabolites microbiens

(MOL)

15 à 30 %

rtie

lle in

terd

ite

désorption‐solubilisation desmatières organiques labiles parl’eau chaude sous pressioné ilib t ( t l )

15 à 30 % du C org

duct

ion

mêm

e pa

r équilibrante (autoclavage)

matière

/200

9. T

oute

repr

od matière organique

humifié (MOS)

Biomasse microbienne (MOV) + métabolites microbiens (MOL) = « fractionnement biochimique de la MO »

AS

Labo

rato

ire 1

0/




GR

O-S

ystè

mes

/ SA d’expérimentation /

recherched’évaluation /


OKméthode à / Référentiel à

© C

opyr

ight

AG


OKroutiniser / construire


Activité enzymatique FDA hydrolaseActivité enzymatique FDA hydrolase

mesure avec un spectrophotomètre de la dégradation dudiacétate de fluorescéine par les enzymes des micro‐

rtie

lle in

terd

ite

p yorganismes du sol

Sol seul+ compost olive/maïs frais

duct

ion

mêm

e pa

r + compost olive/maïs frais+ compost alimentaire mature

+ boues fraiches+ compost olive/maïs mature

b té

/200

9. T

oute

repr

od + boues compostées+ compost alimentaire frais

Sanchez-mondenero et al 2008heures

AS

Labo

rato

ire 1

0/




GR

O-S

ystè

mes




Ométhode à / Référentiel à

© C

opyr

ight

AG


OKméthode à routiniser / Référentiel à

construire


Aptitudes métaboliques fertilisation organiquep q

mesure de la dégradation de diverssubstrats par les micro‐organismes du sol.

60

80

100sub 1

sub 2sub 3

sub 4sub 22

sub 23sub 24

fertilisation organiquefertilisation minérale

rtie

lle in

terd

ite

C’est une caractérisation phénotypiquedes communautés microbiennes du sol

0

20

40

60sub 5

sub 6

sub 7sub 19

sub 20

sub 21

duct

ion

mêm

e pa

r 0 sub 7

sub 8

sub 9sub 17

sub 18

sub 19

/200

9. T

oute

repr

od

sub 10

sub 11sub 12

sub 13sub 14

sub 15

sub 16

AS

Labo

rato

ire 1

0/




GR

O-S

ystè

mes

/ SA d’expérimentation /

recherched’évaluation /


OK (méthode à /

OK Référentiel à

© C

opyr

ight

AG


(affiner)

/(mon sol est‐il vivant ?) construire

Autres bio-descripteurs

Dénombrement de vers de terre (NF ISO 23611‐1) + profil de sol

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par

Cluzeau, 2002

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* http://ecobiosoil.univ‐rennes1.fr/page.php?21

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OOK (méthode OK Référentiel à

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OKOK (méthode normalisée) OK Référentiel à

construire (*)

Autres bio-descripteurs

ADN microbien (et indicateurs génomiques)

Carte issue du réseau de mesure de la qualité des sols (ECOMIC‐RMQS, INRA Dijon)

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r Interprétation des données ?

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Diversité génétique = diversité fonctionnelle ?

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Indicateur Indicateur

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d’expérimentation / recherche


de suivi



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Travaux en cours / ? /

Conclusion

L lité d l d it ’ é i d bl La qualité des sols doit s’apprécier dans son ensemble : nepas oublier l’analyse « classique » et l’observation terrain

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ite Il n’existe pas d’indicateur « miracle » qui permet de toutexpliquer MAIS nous disposons d’indicateurs pertinents pour

éh d l t bi l i d l

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r appréhender la composante biologique des sols

Le choix de l’indicateur adapté à son questionnement est

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0/ Afin de rendre ces indicateurs « utiles, utilisables, utilisés »,la construction de référentiels d’interprétation estindispensable

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Votre participation sera la bienvenue !

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les indicateurs microbiologiques de - auréa · etat des lieux après 4 ans de travaux acquis...

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