keanekaragaman mikroba pada ruminansia.rtf

Download KEANEKARAGAMAN MIKROBA PADA RUMINANSIA.rtf

If you can't read please download the document

Upload: chusnul-nuno-chuii

Post on 17-Dec-2015

46 views

Category:

Documents


15 download

TRANSCRIPT

KEANEKARAGAMAN MIKROBA PADA RUMINANSIA DAN USUS RAYAPHewan Ruminansia Di samping metabolisme dalam tubuh, pada ruminansia terjadi proses metabolisme dalam rumen oleh mikroorganisme melalui proses fermentasi pakan. Fermentasi sendiri berasal dari bahasa Latin fermentatio = dekomposisi enzimatik. Pelaku utama pada proses fermentasi dalam rumen ialah mikroorganisme. Produk akhir dari fermentasi adalah asam lemak terbang antara lain asam asetat, asam propionat, asam butirat, asam formiat, asam valerat, asam suksinat, asam laktat, ammonia, karbondioksida, dan air, yang bagi mikroorganismenya itu sendiri merupakan limbah, namun bagi induk semang merupakan sumber energi. Pencernaan pada Hewan Ruminansia Rumen merupakan satu ekosistem ialah sistem ekologi yang di dalamnya terdapat komponen biotik dan abiotik yang saling berinteraksi. Unsur biotik dalam rumen antara lain bakteri, protozoa, jamur, kapang dan lain-lain dari berbagai spesies dan unsur abiotik dalam rumen antara lain air, protein, serat kasar, mineral, vitamin, gas, bahan sumber zat makanan dan beberapa isi rumen lainnya yang semuanya direndam dalam cairan rumen. Di dalam ekosistem ini terjadi variasi interaksi antara lain antar unsur biotik, antara unsur biotik dengan unsur abiotik, serta interaksi antar unsur abiotik itu sendiri. Antara induk semang dengan mikroorganisme terjadi simbiose mutualisme. Dalam hubungan ini, induk semang menyediakan bahan untuk proses fermentasi oleh mikroorganisme untuk membangun tubuhnya, namun sementara itu terbentuk produk yang berguna bagi induk semang. Dalam strategi memberi makanan pada ruminansia, perlu juga diperhatikan kebutuhan mikroorganisme untuk hidupnya, agar dapat membantu induk semang lebih efisien. Di samping itu, karena umur unsur biotik dalam rumen jauh lebih pendek dari pada umur induk semangnya, maka unsur biotik yang mati akan merupakan sumber zat makanan yang mempunyai kualitas tinggi. Unsur biotik ini mengandung asam amino yang lengkap bila dibandingkan dengan yang dikandung dalam hijauan.Umumnya pangan/pakan atau campuran berbagai pangan/pakan yang disebut ransum yang dikonsumsi tidak dapat langsung diserap oleh usus. Makanan tersebut harus diolah dahulu dalam alat pencernaan atau disebut proses pencernaan. Proses pencernaan makanan ialah proses mekanis/fisik dan biokimiawi yang bertujuan mengolah bahan makanan menjadi zat makanan atau dikenal zat gizi yang mudah diserap oleh tubuh, bila zat makanan tersebut diperlukan. Proses fisik dan biokimiawi bahan makanan tersebut hanya akan berjalan normal dan efisien bila alat-alat pencernaan dan alat asesorinya dalam keadaan normal dan mampu mengeluarkan enzim-enzim yang mempengaruhi proses pencernaan tersebut. Hewan ruminansia adalah mammalia berkuku genap seperti sapi, kerbau, domba, kambing, rusa, dan kijang yang merupakan subordo dari ordo Artiodactyla. Nama ruminansia berasal dari bahasa Latin ruminare yang artinya mengunyah kembali atau memamah biak, sehingga dalam bahasa Indonesia dikenal dengan hewan memamah biak. Pada hewan berlambung tunggal, kegiatan pencernaan ini sangat bergantung kepada aktivitas enzim yang dihasilkan oleh kelenjar eksokrin yang terdapat dalam tubuh hewan tersebut. Pada beberapa hewan berlambung tunggal tertentu yang termasuk herbivora seperti kuda dan kelinci, dalam batas tertentu dapat memanfaatkan selulosa karena dibantu oleh mikroorganisme yang terdapat dalam sekum. Pada ruminansia atau hewan berlambung jamak yang umumnya pemakan tumbuh-tumbuhan, di samping enzim yang dihasilkan oleh kelenjar eksokrin dan sel-sel khusus, juga terdapat sejumlah enzim yang dihasilkan oleh mikroorganisme yang terdapat dalam rumen, sehingga kelompok hewan ini mampu memanfaatkan selulosa dengan baik. Sebagian besar makanannya terdiri atas serat kasar dan saluran pencernaannya panjang dan lebih kompleks. Pada hewan ini, serat kasar dirombak secara intensif melalui proses fermentasi di dalam rumen oleh mikroorganisme rumen.Hewan Ruminansia mempunyai kemampuan yang unik yakni mampu mengkonversi pakan dengan nilai gizi rendah menjadi pangan berkualitas tinggi. Proses konversi ini disebabkan oleh adanya proses Microbial fermentation atau fermentasi microbial yang terjadi dalam rumen. Proses ini mengekstraksi zat makanan dari pakan menjadi pangan tersebut melalui berbagai proses metabolisme yang dilakukan oleh mikroorganisme. Populasi mikroba yang terdiri atas bacteria, protozoa, fungi dan kapang melakukan fermentasi yang dikenal dengan enzymatic transformation of organic substances, karena mikroba tersebut menghasilkan berbagai enzim.Peranan mikroorganisme dalam saluran pencernaan ruminansia sangat penting, karena untuk merombak selulosa diperlukan enzim selulase yang hanya dibentuk dalam tubuh mikroorganisme. Melalui proses simbiose mutualisme, mikroorganisme memanfaatkan sebagian bahan yang diambil ruminansia sebagai induk semang dan digunakan untuk perkembangbiakan mikroorganisme, selanjutnya mikroorganisme membantu memfermentasi bahan tersebut yang menghasilkan bahan lain yang mampu dimanfaatkan oleh induk semang. Mikroorganisme ini yang terdiri atas bakteri, protozoa, dan jamur, dapat merupakan sumber protein berkualitas tinggi bagi induk semang. Kelompok hewan berlambung tunggal yang makanannya mengandung sedikit serat kasar, maka saluran pencernaannya lebih sederhana dan lebih pendek. Manusia, unggas dan babi yang termasuk omnivora, ukuran saluran pencernaannya relatif lebih pendek dibandingkan dengan ukuran alat pencernaan herbivora.Sistem alat pencernaan disebut juga sistem portal, yakni tempat masuknya zat-zat siap serap ke dalam tubuh secara selektif. Zat-zat siap serap masuk menembus dinding usus ke dalam darah atau pembuluh limfe. Setelah masuk ke dalarn darah dan diedarkan ke seluruh tubuh baru masuk ke dalam sel. Di dalam sel zat tersebut dipersatukan kembali sesuai dengan kebutuhan. Proses ini disebut anabolisme. Untuk memperoleh energi, zat yang sudah disusun tersebut dibongkar kembali. Sebagian dicadangkan terutama dalam bentuk high energy phosphate dan lemak. Proses ini disebut katabolisme. Proses anabolisme dan katabolisme disebut proses metabolisme. Untuk proses kimiawi diperlukan berbagai macam enzim yang dihasilkan oleh kelenjar-kelenjar eksokrin seperti pankreas, kelenjar parotis, kelenjar Brunner dan lain-lain serta beberapa sel yang terdapat dalam rongga mulut, dinding lambung dan dinding usus. Selain itu terlibat beberapa hormon pencernaan yang mengatur gerakan-gerakan lambung dan usus agar makanan dapat berjalan teratur disaluran pencernaan. Selain itu ada juga hormon yang merangsang kelenjar eksokrin agar enzim dikeluarkan. Koordinasi perjalanan bahan makanan dan penyerapan zat makanan dilakukan oleh hormon dan syaraf yang merupakan syaraf intrinsik saluran pencernan (Suwandi. 1997).Peranan Mikroorganisme dalam Rumen Proses pencernaan pada ternak ruminansia yaitu makanan yang masuk ke mulut ruminansia akan mengalami proses pengunyahan secara mekanis. Dalam proses ini makanan akan bercampur dengan saliva, lalu masuk ke dalam rumen melalui esophagus untuk selanjutnya mengalami proses pencernaan fermentatif. Di dalam rumen pakan tersebut akan dicerna oleh enzim yang dihasilkan oleh mikroorganisme. Selama di dalam rumen makanan yang kasar akan dikembalikan ke mulut dalam bentuk bolus dan dipecah lagi di mulut melalui proses memamahbiak (ruminasi). Produk ruminasi selanjutnya ditelan kembali dan masuk ke dalam retikulum, omasum dan abomasum. Pakan yang masuk ke dalam abomasum akan dicerna oleh enzim pepsin dan dilanjutkan dengan pencernaan secara hidrolitik di usus halus. Produk fermentasi di rumen akan diserap melalui dinding rumen, sedangkan produk pencernaan hidrolitik diserap melalui dinding usus halus. Selain bakteri, di dalam rumen juga terdapat protozoa. Bakteri dan protozoa akan merombak zat makanan secara fermentatif sehingga menjadi senyawa lain yang berbeda dari molekul zat makanan asalnya. Proses fermentasi karbohidrat di dalam rumen ditampilkan dalam Gambar 4. Selain itu, di dalam rumen spesies-spesies bakteri dan protozoa yang berbeda saling berinteraksi melalui hubungan simbiosa dan menghasilkan produk-produk yang khas seperti selulosa, hemiselulosa dan pati melalui pencernaan polimer tumbuhan. Selulosa, hemiselulosa dan pektin yang merupakan golongan karbohidrat struktural berupa serat dan kabohidrat sederhana yang fermentabel (gula dan pati) dapat dicerna dengan baik, sedangkan lignin tidak dapat dicerna sama sekali (Puspitasari, Dieta. 2009). Bakteri yang hidup dalam rumen secara sederhana diklasifikasi menjadi chemo-autotroph dan chemo-heterotroph. Chemo autotroph ialah bakteri yang memanfaatkan karbondioksida sebagai sumber karbon untuk pertumbuhannya, seperti bakteri methanogenic dan homoacetogenic. Karbondioksida yang digunakannya merupakan limbah metabolisme bakteri heterotroph. Bakteri heterotroph adalah bakteri yang lebih bervariasi dan jumlahnya cukup banyak. Diperkirakan terdapat 200 species yang terdapat dalam rumen. Bakteri ini menggunakan zat organik untuk pertumbuhannya. Substrat yang digunakan antara lain monosaccharida yang dihasilkan dari hidrolisis karbohidrat pakan yang dikonsumsi oleh induk semang. Dalam beberapa kasus spesies mikroba secara individual menggunakan asam organik seperti suksinat dan laktat yang merupakan limbah metabolisme beberapa mikroba Mekanisme sintesis ATP berbeda antara mikroba autotroph dan heterotroph. Bakteri autotroph akan mengambil hidrogen dari lingkungannya dan menggunakannya untuk mereduksi karbon dioksida, melalui proses transpor elektron. Sintesis ATP ini dikenal sebagai anaerobic respiration. Bakteri heterotroph menghasilkan ATP dengan memfermentasi substrat organic melalui fosforilasi pada metabolisme intermediate melalui proses oksidasi reduksi. Sintesis ATP ini dikenal dengan aerobic respiration. Walaupun demikian, pembagian bakteri ini terlalu disederhanakan, karena bakteri heterotroph dapat juga menghasilkan ATP dari respirasi anaerob seperti pada kelompok autotroph. Di dalam rumen terkandung berjuta-juta bakteri dan protozoa yang menggunakan campuran makanan dan air sebagai media hidupnya. Bakteri tersebut memproduksi enzim pencerna serat kasar dan protein serta mensintesis vitamin B yang digunakan untuk berkembang biak dan membentuk sel-sel baru. Sel-sel inilah yang akhirnya dicerna oleh induk semang sebagai protein hewani yang dikenal dengan sebutan protein mikrobia. Proses fermentasi dalam rumen dipengaruhi oleh kondisi dalam rumen yang an-aerob, tekanan osmose pada rumen yang mirip tekanan darah, temperatur rumen konstan, pH dipertahankan 6,8 oleh adanya absorpsi asam lemak, amonia serta saliva yang berfungsi sebagai buffer. Mikroorganisme utama yang terdapat dalam rumen adalah bakteri, protozoa, jamur (yeast) dan kapang (mould). Proses fermentasi oleh mikroorganisme ini pada rurninansia memegang peranan sangat penting, karena produk akhir fermentasi yang bagi mikroorganisme itu sendiri merupakan limbah, yakni asam lemak terbang dan beberapa vitamin, bagi induk semang justru merupakan sumber energi dan zat yang membantu proses pencernaan selanjutnya. Simbiose ini sangat menguntungkan kedua belah pihak, karena di satu pihak mikroorganisme memerlukan bahan organik, sehingga hidupnya sangat menggantungkan dirinya kepada bahan pakan yang dikonsumsi induk semang, di pihak lain, induk semang yang tidak mampu mencerna serat kasar, dengan adanya mikroorganisme ini dapat memanfaatkannya. Bahkan beberapa vitamin yang biasanya sedikit terdapat dalam hijauan, dapat disediakan oleh mikroorganisme. Kesemua mikroorganisme di atas mampu merombak selulosa, karena mempunyai enzim selulase yang hanya dibentuk dalam tubuh mikroorganisme (Wijaya, Agus. 2008).Mikroba dalam rumen hewan runimansiaMenurut Hendrawansoetanto, secara garis besar terdapat 4 kelompok utama mikroba rumen, yaitu: bakteri, protozoa, jamur dan bakteriophage atau virus. Secara kuantitatif golongan terakhir belum diketahui. Disamping itu terdapat sejumlah amoeba yang juga belum diketahui secara pasti populasinya. Untuk itu secara garis besar di dalam rumen hanya 3 kelompok utama mikrobaang dibahas yakni: bakteri, protozoa, dan jamur. Mikroorganisme di dalam retikulo-rumen mempunyai peranan penting dalam proses fermentasi pakan. Mikroorganisme utama yang terdapat dalam rumen adalah bakteri, protozoa, dan jamur (yeast/fungi). Kehadiran fungi di dalam rumen diakui sangat bermanfaat bagi pencernaan pakan serat, karena dia membentuk koloni pada jaringan selulosa pakan. Rizoid fungi tumbuh jauh menembus dinding sel tanaman sehingga pakan lebih terbuka untuk dicerna oleh enzim bakteri rumen. BAKTERI DALAM RUMEN Bakteri rumen dapat diklasifikasikan berdasarkan substrat utama yang digunakan, karena sulit mengklasifikasikan berdasarkan morfologinya. Kebalikannya protozoa diklasifikasikan berdasarkan morfologinya sebab mudah dilihat berdasarkan penyebaran silianya. Beberapa jenis bakteri yang dilaporkan 13 oleh Hungate (1966) bakteri pencerna selulosa (Bakteroides succinogenes, Ruminococcus flavafaciens, Ruminococcus albus, Butyrifibrio fibrisolvens),bakteri pencerna hemiselulosa (Butyrivibrio fibrisolvens, Bakteroides ruminocola, Ruminococcus sp),bakteri pencerna pati (Bakteroides ammylophilus, Streptococcus bovis, Succinnimonas amylolytica, bakteri pencerna gula (Triponema bryantii, Lactobasilus ruminus), bakteri pencerna protein (Clostridium sporogenus, Bacillus licheniformis). Protozoa rumen diklasifikasikan menurut morfologinya yaitu: Holotrichs yang mempunyai silia hampir diseluruh tubuhnya dan mencerna karbohidrat yang fermentabel, sedangkan Oligotrichs yang mempunyai silia sekitar mulut umumnya merombak karbohidrat yang lebih sulit dicerna. Di dalam rumen terdapat populasi mikroba yang cukup banyak jumlahnya. Sebagian besar bakteri rumen berbentuk cocci kecil, morfologinya tidak dapat dipakai sebagai dasar klasifikasi untuk membedakan spesies. Disebabkan karena sebagian besar bakteri rumen berbentuk cocci kecil, morfologinya tidak dapat dipakai sebagai dasar klasifikasi untuk membedakan spesies. Sebagai gantinya bakteri rumen diklasifikasikanatas dasar macam substrat yang digunakan sebagai sumber energi utama, yakni:Bakteri SelulolitikBakteri selulotik menghasilkan enzim yang dapat menghidrolisis ikatan glukosida 1,4, selulosa, dan dimer selobiosa. Sepanjang yang diketahui tak satupun hewan yang mampu memproduksi enzim selulase sehingga pencernaan selulosa sangat tergantung pada bakteri yang terdapat di sepanjang saluran pencernaan pakan. Bakteri selulolitik akan dominan apabila makanan utama ternak berupa serat kasar. Contoh bakteri selulolitik antara lain adalah :Bacteriodes succinogenesRuminicoccus flavefaciensRuminicoccus albusCillobacterium cellulosolvensBakteri HemiselulolitikBakteri Hemiselulosa merupakan jenis bakteri yang berbeda dengan bakteri selulosa terutama dalam kandungan pentosa, gula heksosa serta biasanya asam uronat. Hemiselulosa merupakan struktur polisakarida yang penting dalam dinding sel tanaman. Mikroorganisme yang dapat menghidrolisa selulosa biasanya juga dapat menghidrolisa hemiselulosa. Meskipun demikian ada beberapa spesies yang dapat menghidrolisa hemiselulosa tetapi tidak dapat menghidrolisa selulosa. Contoh bakteri hemiselulolitik antara lain:Butyrivibrio fibriosolvenBacteriodes ruminicolaAcid Utilizer Bacteria (bakteri pemakai asam)Didalam rumen hewan ruminanasia terbadapat beberapa jenis bakteri yang dapat menggunakan asam laktat meskipun jenis bakteri ini umumnya tidak terdapat dalam jumlah yang berarti. Jenis lainnya dapat menggunakan asam suksinat, malat dan fumarat yang merupakan hasil akhir fermentasi oleh bakteri jenis lainnya. Asam format dan asetat juga digunakan oleh beberapa spesies, meskipun mungkin bukan sebagai sumber enersi yang utama. Asam oksalat yang bersifat racun pada mamalia akan dirombak oleh bakteri rumen, sehingga menyebabkan ternak ruminansia mampu mengkonsumsi tanaman yang beracun bagi ternak lainnya sebagai bahan makanan. Beberapa spesies bakteri pemakai asam laktat yang dapat dijumpai dalam jumlah yang banyak setelah ternak mendapatkan tambahan jumlah makanan butiran maupun pati dengan tiba-tiba adalah :Peptostreptococcus bacteriumPropioni bacteriumSelemonas lactilyticaBakteri AmilolitikBeberapa bakteri selulolitik juga dapat memfermentasi pati, meskipun demikian beberapa jenis bakteri amilolitik tidak dapat menggunakan/memfermentasi selulosa. Bakteri amilolitik akan menjadi dominan dalam jumlahnya apabila makanan mengandung pati yang tinggi, seperti butir-butiran. Bakteri amilolitik yang terdapat di dalam rumen antara lain:Bacteriodes amylophilusButyrivibrio fibrisolvensBacteroides ruminicolaStreptococcus bovisSugar Untilizer Bacteria (bakteri pemakai gula)Sebagain besar bakteri pemakai polisakarida dapat memfermentasikan disakarida dan monosakarida. Tanaman muda mengandung karbohidrat siap terfermentasi dalam konsentrasi yang tinggi yang segera akan mengalami fermentasi begitu sampai di retikulo-rumen. Kesemua ini merupakan salah satu kelemahan/kerugian dari sistem pencernaan ruminansia. Sebenarnya gula akan lebih efisien apabila dapat dicerna dan diserap langsung di usus halus.Bakteri ProteolitikBakteri proteolitik merupakan jenis bakteri yang paling banyak terdapat pada saluran pencernaan makanan mamalia termasuk karnivora (carnivora). Didalam rumen, beberapa spesies diketahui menggunakan asam amino sebagai sumber utama enersi. Beberapa contoh bakteri proteolitik antara lain:Bacteroides amylophilusClostridium sporogenesBacillus licheniformisBakteri MethanogenikTerdapat sekitar 25 persen dari gas yang diproduksi didalam rumen adalah gas methan. Bakteri pembentuk gas methan lambat pertumbuhannya. Contoh bakteri ini antara lain:Methanobacterium ruminantiumMethanobacterium formiciumBakteri LipolitikAda beberapa spesies bakteri menggunakan glycerol dan sedit gula. sementara itu beberapa spesies lainnya dapat menghidrolisa asam lemak tak jenuh dan sebagian lagi dapat menetralisir asam lemak rantai panjang menjadi keton. Enzim lipase bakteria dan protozoa sangat efektif dalam menghidrolisa lemak dalam chloroplast. Contoh bakteri lipolitik antara lain:Anaerovibrio lipolyticaSelemonas ruminantium var. lactilyticaBakteri UreolitikSejumlah spesies bakteri rumen menunjukkan aktivitas ureolitik dengan jalan menghidrolisis urea menjadi CO2 dan amonia. Beberapa jenis bakteri ureolitik menempel pada epithelium dan menghidrolisa urea yang masuk kedalam rumen melalui difusi dari pembuluh darah yang terdapat pada dinding rumen. Oleh karena itu konsentrasi urea dalam cairan rumen selalu rendah. Salah satu contoh bakteri ureolitik ini misalnya adalah Streptococcus sp. Di dalam rumen yang normal biasanya jumlah bakteri ini mencapai antara 15 80 x 109 isi rumen. Meskipun demikian jumlah ini mngkin dapat menurun sampai hanya 4 x109 permililiter pada ternak yang diberi pakan wheat straw. PROTOZOA RUMENSebagian besar protozoa yang terdapat didalam rumen adalah cilliata dan flagellata. Cilliata adalah mikroorganisme non patogen dan anaerobik. Pada kondisi rumen yang normal dapat dijumpai ciliata sebanyak 105 - 106 ml dalam rumen. Hal ini pertama kali ditemukan oleh David Gruby dan Delafond (1843), dan telah banyak dilakukan penelitian tentang taksonomi, fisiologi dan nutrisi cilliata. Seperti halnya bakteri, cilliata juga mampu memfermentasi hampir seluruh komponen tanaman yang terdapat didalam rumen seperti: selulosa, hemiselulosa, fruktosan, pektin, pati, gula terlarut dan lemak. Jika dibandingkan ciliata mempunyai peranan yang lebih baik daripada bakteri yaitu sebagai sumber protein dengan keseimbangan kandungan asam amino sebagai makanan ternak ruminansia. Menurut morfologinya protozoa diklasifikasikan mennjadi 2 yaitu :Oligotricha Jenis protozoa ini hanya sedikit sekali menggunakan gula terlarut sebagai makananannya, akan tetapi butir-butir pati akan menjadi sasaran utama untuk dimangsanya. Beberapa spesies juga memangsa amilopektin. Namun hasil penelitian terakhir diragukan tentang kemampuan protozoa rumen untuk dapat mencerna selulosa. Pencernaan selulosa dapat dilakukan karena protozoa memangsa bakteri dan bakteri inilah yang akan menghasilkan enzim selulosa didalam tubuh protozoa sehingga selulosa yang dimangsa dapat dicerna. Bakteri selulolitik juga diketahui hidup secara simbiosis dengan Oligotricha didalam selnya. Contoh spesiesnya yakni: Diplodinium dentatumEudiplodinium bursaPolypastron multivesiculatumEntodinium caudatumHolotrichaJenis protozoa ini memiliki pergerakan yang sangat cepat dan memiliki bentuk sel oval. Ciliata memiliki peran penting dalam metabolisme karbohidrat dengan menelan gula ketika masuk ke rumen dan menyimpannya sebagai amilopektin. Amilopektin akan dirilis ke rumen ketika Holotricha dalam fase pertumbuhan atau dalam kondisi lisis. Mekanisme ini memiliki efek positif bagi ternak ruminansia. Misalnya, ketika ternak beristirahat, tidak ada lebih banyak karbohidrat dalam rumen, sehingga amilopektin akan difermentasi. Sebagian besar protozoa dengan cepat akan memangsa dan menghidrolisis bermacam-macam protein dengan menghasilkan amoniak berasal dari kelompok amida dan akan melepaskan asam-asam amino serta peptida. Protozoa di ruminansia melakukan simbiosis mutualisme. Protozoa dapat melakukan proses metabolisme dalam tubuh ternak ruminansia dan ruminansia bisa mendapatkan gizi dengan mencerna makanan dengan lebih mudah. Contoh spesiesnya yakni: Isotricha intestinalIsotricha prostomaDasytricha rumiantiumJAMUR DALAM RUMEN Didalam perut hewan ruminansia juga terdapat jamur, selain protozoa dan bakteri. Kehadiran fungi di dalam rumen berperan dalam pencernaan serat tahap awal, karena rizoid fungi tersebut dapat tumbuh menembus dinding sel tanaman, sehingga pakan lebih terbuka untuk dicerna oleh enzim bakteri rumen dan juga rizobium atau hifa jamur rumen mampu masuk ke dalam jaringan xylem, sclerenchym dan kutikula tanaman dan secara parsial. Jadi jika ada pakan yang belum dapat dicerna oleh jamur rumen akan dicerna oleh bakteri. Jamur pada rumen ruminansia pada umumnya bersifat anaerob atau mutlak tidak memerlukan oksigen untuk pertumbuhannya dan juga kondisi ini mendukung untuk proses terbentuknya senyawa hidrogen (H) dalam proses fermentasi selulosa. Jamur rumen dapat tumbuh dengan baik pada temperatur antara 33 41oC tanpa oksigen. Siklus hidupnya antara 24 - 30 jam dan hidupnya bergantung sepenuhnya pada proses fermentasi untuk mendapatkan energi. Pada umumnya jamur didalam rumen hewan ruminansia memiliki jenis yang berbeda dengan jenis jamur yang hidup pada tanah maupun pada tempat lain. Jamur yang hdup daam rumen dibagi menjadi dua kelompok yaitu spesies monosentris dan spesies polisentris. Selain dua jenis tersebut terdapat juga jamur yang mampu merombak bahan seperti lignin, selulosa, dan hemiselulosa didalam rumen hewan ruminansia. Spesies Monosentris Spesies jamur monosentris hanya memiliki satu spora dalam rizobiumnya, jamur monosentris pada rumen dikelompokkan menjadi tiga tipe morfologis yaitu : Neocallimastic sp. dengan spora poliflagella dan rizobium bercabang banyak, Piromonas sp. dengan spora monoflagella dan rizobium bercabang. Sphaeromonas sp. dengan zoospora monoflagella dan rizobium membengkak. Contoh spesies dari jamur monosentrik adalah Neocallimastix frontalis, Neocallimastix patriciarum, Piromonas commuunis, Sphaeromonas commuunis, dan Sphaeromonas equi. Spesies Jamur Polisentris Spesies jamur polisentris mengandung beberapa spora dengan inti di dalamnya. Contoh jamur polisentris adalah Neocallimastix joyonii.pada umumnya Jamur anaerob banyak ditemukan di dalam rumen hewan ruminansia, sekum kuda dan feses gajah. Namun hasil temuan lainnya menunjukkan bahwa jenis jamur polisentris pada kerbau, sapi dan domba berbeda antara satu dengan yang lainnya. Jamur Perombak lignin Jamur ini berperan dalam perombakan lignin dalam rumen hewan ruminansia. Jamur ini memiliki ciri ciri yang khas yaitu terletak pada kemampuannya dalam mengkoloni dinding sel tanaman pakan yang mengandung lignin dan merombaknya. Spesies jamur perombak lignin dikelompokkan atas dasar warna saat fermentasi substrat menjadi soft rot, brown rot dan white rot.Jamur Perombak selulosaJamur anaerob perombak selulosa terbukti ada di dalam rumen dan diketahui berperan aktif pada proses pencernaan serat kasar pakan. Semua jamur rumen perombak lignoselulosa adalah perombak selulosa. Hasil fermentasi jamur rumen bermanfaat bagi hewan inang maupun mikrobia lainnya di dalam rumen. Spesies jamur rumen perombak selulosa umumnya bergantian antara bentuk thallus dan flagella. Jamur rumen perombak selulosa diduga tidak esensial karena jumlahnya sangat sedikit, namun diyakini memiliki peran sangat penting dalam perombakan serat kasar pakan kualitas rendah, oleh karena itu diperlukan penelitian perannya di dalam rumen.Jamur Perombak hemiselulosaJamur hemiselulosa dalam rumen ini berperan penting dalam proses perombakan hemiselulosa. Semua jamur perombak selulosa umumnya adalah juga perombak hemiselulosa. Jamur rumen mampu menghasilkan enzim silanase lebih tinggi dibandingkan jamur anaerob lainnya. Namun produksi silanase tersebut dipengaruhi oleh adanya gula, jika terdapat gula maka produksi silanase terhambat. Beberapa jenis jamur seperti Trichoderma reesei dan Penicillium chrysoporium menghasilkan -xylosidase yang memiliki ukuran lebih besar ( antara 90 - 122 kDa), namun umumnya kurang populer dibandingkan endosilanase lainnya. Endosilanase dan endoglukanase dari jamur rumen Neocallimastix frontalis mempunyai aktivitas beberapa kali lebih tinggi dibandingkan endosilanase dan endoglukanase dari jamur anaerobik lainnya.