journées arena, strasbourg,18-20 avril 2005
DESCRIPTION
UPRES JE 2311, Inserm Espri Biochimie pharmaceutique. Problèmes liés à l’identification de gènes bactériens exprimant des ARN non traduits en protéines. Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005. STOP. T. RNAs. Proteins. Adaptation to sudden changes. Bacterial physiology. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
![Page 1: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/1.jpg)
Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005
Problèmes liés à l’identification de gènes Problèmes liés à l’identification de gènes bactériens exprimant des ARN non traduitsbactériens exprimant des ARN non traduits
en protéines en protéines
UPRES JE 2311, Inserm Espri Biochimie
pharmaceutique
![Page 2: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/2.jpg)
bacteria
Que sont les petits ARN bactériens régulateurs?
Adaptation to sudden changes
Bacterial physiology
TDNADNA
ProteinProteinss
RNARNAss
Virulence
Regulatory RNAsRegulatory RNAs
STOP
![Page 3: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/3.jpg)
Comment ces ARN bactériens régulent-ils ?
![Page 4: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/4.jpg)
Stratégie
Analyse globale de l’expression d’ARN bactériens
Sélection
Fonction
Structure
Ligands
![Page 5: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/5.jpg)
Modèles
Gram negative: Escherichia coliGram negative: Escherichia coliLaboratory and pathogenic strainsLaboratory and pathogenic strains
Gram positive: Staphylococcus aureusGram positive: Staphylococcus aureusPathogenic strainsPathogenic strains
![Page 6: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/6.jpg)
La conservation de séquences entre RIG issues de séquences de génomes bactériens
apparentés suppose l’existence d’un gène.
La majorité des gènes exprimant des ARNrég bactériens sont situés dans les RIG.
Hypothèses
![Page 7: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/7.jpg)
Extraction des régions inter-géniques
ATGATG StopStop ATGATG StopStop
ORF 1 ORF 2Pr Tr Pr Tr
R.I.G.R.I.G.
R.I.G. vraiR.I.G. vraiGène 1 Gène 2
Extraction des RIG
Elimination des RIG < 120 ntsElimination de 40 nts en 5’ & 3’ des RIG
( Banque de RIG )
K12 : 3517 RIG
K12 : 1558 RIG
![Page 8: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/8.jpg)
Recherche de conservationsRecherche de conservations
Banque de génomes completsBanque de R.I.G.
FastaFasta
Sans Homologies R.E.P. Homologies limitées à E.
coliRIG conservées
Crible
K12 : 100 RIG K12 : 130 RIG K12 : 766 RIG K12 : 562 RIG
Alignements multiples
![Page 9: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/9.jpg)
Sélection des Sélection des candidatscandidats
Terminateursrho-indépendents
G+C%
Recherche de structures d’ARN
RIG conservéesAnnotations du génome
(PBS, IS, RR)
Candidats
TTTTTTTTT
TTGACA -35
TATAAT -1014 à 20 nt
Promoteurs
![Page 10: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/10.jpg)
Bioinformatics, 2003, 19:1707-1709
Exemple d’identification d’un ARN bactérien chez E. coli
ISI accessible à: http://www.biochpharma.univ-rennes1.fr/
![Page 11: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/11.jpg)
Application au génome d’ E. coli
Génome Génome E. coliE. coli K12 K12
Séquence RIG (3517 RIG)
RIG > 120 nts (1558 RIG)
Extraction des RIG
Suppression des RIG <120 nts
Recherche de conservations parmi 60 génomes bactériens séquencés
RIG conservées (692 RIG)
200 RIG200 RIG
Séquence ORF
RIG <120 nts (1959 RIG)
RIG non conservées (866 RIG)
RIG avec REP (130 RIG)
Recherche de signatures de gèneRecherche d’îlots riches en G+C
Élimination des RIG avec REP
2. Selection 2. Selection 1. Analyse globale
3. Function3. Function4. Structure4. Structure5. Ligands5. Ligands
Microarrays
![Page 12: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/12.jpg)
Pb pour détecter les unités de transcription.
![Page 13: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/13.jpg)
Une conservation de séquence est-elle due à l’existence d’un cadre ouvert de
lecture ou d’un gène exprimant un ARNnc?
![Page 14: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/14.jpg)
Il semble exister des microARN bactériens (NAR 2005, 33:1040-50). Plus une unité de
transcription est courte, plus la prédiction est délicate.
![Page 15: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/15.jpg)
Intégration, dans les outils de prédiction,
des appariements non W-C.
![Page 16: Journées AReNA, Strasbourg,18-20 Avril 2005](https://reader036.vdocuments.mx/reader036/viewer/2022062301/56813dcf550346895da79693/html5/thumbnails/16.jpg)
Répertorier les mécanismes antisens régulant l’expression d’ARNm afin d’établir les redondances, servant
d’outils prédictifs