INTEGRACIÓN DEL CARIOTIPO MOLECULAREN MEDICINA FETAL.INDICACIONES E INTERPRETACIÓN.

Complejo HospitalarioUniversitario de Badajoz

¿QUE ES? Cariotipo Molecular El micro-array cromosómico de CGH es una técnica utilizada en diagnóstico genético, que nos permite analizar el genoma “completo” de un individuo en busca de alteraciones de ganancia o pérdida de material genético.

Las alteraciones encontradas se denominan CNV (variaciones del número de copia).

La existencia de una CNV indica la ganancia o pérdida de material genético en una región concreta del genoma del paciente.

LA RESOLUCIÓN del array depende del número de sondas utilizadas. EL TIPO de array depende de la posición de dichas sondas en el genoma.

RESOLUCIÓN

NUMERO DE SONDAS

60K 15K 124K 400K 1000K

A mayor resolución podremos identificar anomalías mas pequeñas.

*ARRAY GENÉRICO: es un array en la que las sondas se reparten de forma uniforme por todo el genoma.La probabilidad de encontrar CNV de difícil interpretación es mayor.

*ARRAY DIRIGIDO: es el que utilizamos habitualmente (60K). Esta diseñado para tener mayor densidad de sondas en regiones clínicas de interés (síndromes descritos o genes implicados en patologías). En el resto del genoma (back-bone) la cobertura es menor. En el caso del prenatal, hay un software specifico para procesarlos que evita las sondas en determinadas regiones (37K) de predisposición (cáncer, riesgo cardiovascular), para evitar la sobreinformación o la información de difícil interpretación.

TIPOS DE ARRAY SEGÚN SU DISEÑO

Back-bone Back-boneRegión de interés

Back-boneRegión de interés

VENTAJAS INCONVENIENTES

MAYOR RESOLUCION (X10-50VECES)

MAS RAPIDO (UNA SEMANA)

NO REQUIERE CULTIVO CELULAR

MAYOR TASA DE DETECCIÓN:*3.6% más de anomalías sin

tener en cuanta la indicación del estudio

*5.2-8% más en caso de anomalías ecográficas

PERMITE CARACTERIZAR ANOMALÍAS CITOGENÉTICAS DUDOSAS

FRENTE A CARIOTIPO

MAS CARO?

“EXIGENTE” RESPECTO A LA CANTIDAD Y CALIDAD DE ADN REQUERIDO

NO DETECTA ANOMALÍAS EQUILIBRADAS

NO DETECTA TRIPLOIDÍAS

RESULTADOS DE DIFÍCIL INTERPRETACIÓN

PROBLEMA DE LOS MOSAICOS

INDICACIONES

CARIOTIPO PATOLÓGICO: PRE Y POSTNATAL

ANOMALÍAS CITOGENÉTICAMENTE EQUILIBRADOS

SI SON DE NOVO (POST SI ACOMPAÑADAS DE CLÍNICA)SI HEREDADAS ACOMPAÑADAS DE CLÍNICA SUGERENTE

APARICIÓN DE CROMOSOMA MARCADOR EXTRA

ANOMALÍAS CITOGENÉTICAMENTE DESEQUILIBRADAS (si son de pequeño tamaño) PARA DEFINIR PUNTOS DE ROTURA, GENES CONTIGUOS…

INDICACIONES

POSTNATAL (YA ES PRIMERA PRUEBA INDICADA)

Retraso mental o del desarrollo de origen desconocido.-Anomalías congénitas y/o rasgos dismórficos.-Retraso psicomotor y/o del desarrollo-Trastornos del espectro autista.

PRENATAL

-En todas las gestaciones en la que se encuentren “ANOMALÍAS ECOGRÁFICAS”(Especialmente en gestaciones avanzadas).

-Se empieza a sugerir que se haga en todas las gestaciones sometidas a amniocentesis ya sean de alto o bajo riesgo.

ES NECESARIO CAMBIAR EL “CHIP”

NO SOLO SE BUSCARAN ANEUPLOIDIAS EN LOS CASOS DE FETOS CON MARCADORES ECOGRÁFICOS

SE DESCRIBEN NUEVOS SÍNDROMES “TODOS LOS MESES” ASOCIADOS A CNV CONCRETAS

QUE INFORMACIÓN VAIS A RECIBIR

CNV: VARIACIÓN DEL NÚMERO DE COPIA

DESEQUILIBRIO

CONTROLPACIENTE

CNV benigna: Está documentada / consensuada en múltiples estudios o en bases de datos como una variante benigna y/o la CNV representa un polimorfismo común.

POLIMORFISMO: VARIANTE PRESENTE EN LA POBLACION EN UNA FRECUENCIA >1%

-Algunos casos no van a encajar plenamente en la definición “benigno”.

-NO SE INFORMAN

CNV BENIGNA O POBLACIONAL

CNV patogénica: Asociación científica documentada de CNV con fenotipo, CNV de gran tamaño que incluye intervalos más pequeños con un significado clínico claramente establecido.

- Al trabajar en diagnóstico prenatal debemos tener en cuenta que los hallazgos fenotípicos suelen ser indirectos e incompletos, y que es más difícil establecer una relación genotipo/fenotipo que en las muestras postnatales.

-Puede haber casos especiales que no cuadren perfectamente con la definición “patogénica” y son un problema en el diagnóstico prenatal.

CNV de predisposición a autismo

CNV PATOGÉNICA

CNV PATOGENICA

ARRAY A LOS PADRES

DE NOVO

CONFIRMAR

CONSEJOGENÉTICO

HEREDADA

CONSEJOGENÉTICOESTUDIO FAMILIARESTUDIO EN GESTACIONES SIGUIENTES

PENETRANCIA INCOMPLETA EXPRESIVIDAD VARIABLE

Una variante de significado incierto (VOUS) se describe cuandono existe,en el momento del informe, evidencia científica suficiente para la determinación inequívoca de su significado clínico. Si es posible, se subclasificará en:*probablemente patogénica, si implica a genes cuya alteración podrían explicar un evento patológico *probablemente benigna, si es heredada de un progenitor sano y no existe referencia patológica o afecta parcialmente a una región típicamente polimórfica.

El consejo genético es crucial en estos casosNecesario averiguar el patrón de herencia Y ESTUDIAR A LOS PADRES

VARIANTE DE DIGNIFICADO INCIERTO

CNV DE SIGNIFICADO INCIERTO

ARRAY A LOS PADRES

DE NOVO HEREDADA

ESTUDIAR LA REGIONPUBLICACIONESGENES RELACIONADOS CON LA CLÍNICA

NO

VOUS

SI

VOUS PP/PATOGÉNICA

DE PADRE SANO

VOUSPB

DE PADRE AFECTO

ESTUDIAR LA REGIÓNPUBLICACIONESGENES RELACIONADOS CON LA CLÍNICA

NO

VOUS

SI

VOU PP

PENETRANCIA INCOMPLETA EXPRESIVIDAD VARIABLE

Cariotipo Molecular

Hay que tener en cuenta que estamos trabajando a nivel cromosómico, por lo tanto, tiene su “traducción” a nivel de cariotipo. Por ello hay que darle un enfoque CITOGENETICO a la interpretación de los resultados.

Pe: Una duplicación y una deleción en regiones terminales puede proceder de la herencia de un cromosoma derivado de una traslocación equilibrada. Habría que hacer estudios de cariotipo y fish a los padres además del de array-cgh.

Pe: Una duplicación de cierto tamaño puede ser resultado de la existencia de una inversión paterna.

Pe: Una duplicación de regiones próximas al centrómero de algunos cromosomas (15,22), puede indicar la existencia de un cromosoma marcador en el paciente.

FUNDAMENTAL A LA HORA DEL CONSEJO GENÉTICO

INFORMACIÓN CLÍNICA

INFORME ECOGRÁFICO

HISTORIA FAMILIAR

POSTNATAL: VAMOS A BUSCAR ALGO.

PRENATAL: VAMOS A VER QUE ENCONTRAMOS. POCA INFORMACIÓN Y EN OCASIONES POR SIGNOS INDIRECTOS.

Historia familiar: *muy importante. Puede darnos las claves para interpretar lo que encontramos.

*los hallazgos podrían afectar, no solo al feto en estudio, sino a más miembros de la familia.

INFORMACIÓN CLÍNICA E HISTORIA

PROCESO: SIEMPRE DIRIGIDO POR UN GENETISTA1º CONSULTA PREVIA AL ESTUDIO

SE INFORMARA A LA PACIENTE SOBRE:EN QUE CONSISTE LA TÉCNICAQUE TIPO DE INFORMACIÓN PUEDE ESPERARCUALES SON LAS LIMITACIONES DEL ANÁLISIS..

DEBERÁ FIRMAR UN CONSENTIMIENTODEBERÁ FIRMAR UN DOCUMENTO EN EL QUE SE RECOJA QUE TIPO DE INFORMACIÓN QUIERE Y NO QUIERE RECIBIR

AMNIOCENTESIS Y EXTRACCIÓN DE SANGRE DE PROGENITORES

2º CONSULTA PARA COMUNICAR RESULTADOS

SE EXPLICAN LOS RESULTADOSSE ELABORA EL CONSEJO GENÉTICO

A. Breman et al 2012

Un 6% de casos con anomalías ecográficas y cariotipo normal tenía alteración submicroscópica patogénica usando array-CGH

Un 1.7% de casos con edad materna incrementada o screening positivo y cariotipo normal tenía alteración submicroscópica patogénica usando array-CGH

El array-CGH corroboró todas las alteraciones relacionadas con número de copia (aneuploidías, estructurales) detectadas o intuidas previamente en cariotipo (se recomienda realizar cariotipo para detectar triploidías)

Se recomienda el uso del array-CGH en TODOS los casos con anomalías ecográficas

Se recomienda un array de tipo prenatal.

Array-CGH 1ª línea en anomalías ecográficas (reemplaza cariotipo)

Ecografía normal puede elegirse cariotipo o array-CGH

No restringir su uso a menores de 35 años

CONSEJO GENÉTICO PRE Y POST TEST

INDICACIONES DE ARRAY-CGH EN ESTUDIOS PRENATALES

ANOMALÍAS ECOGRÁFICAS MAYORES ÚNICAS O MÚLTIPLES

VARIOS “SOFT-MARKER” (QUISTES EN PLEXOS COROIDEOS, ARTERIA UMBILICAL ÚNICA...)

TN > 3,5mm

SCREENING COMBINADO POSITIVO?

ESTUDIO PRENATALCON ANOMALÍAS ECOGRÁFICAS

QF-PCR (ANEUPLOIDIAS)POS

CARIOTIPO

NEG

ARRAY-CGH CARIOTIPO

SERVICIO DE INMUNOLOGÍA Y GENÉTICAHospital Infanta Cristina de Badajoz