Recep TURAN

HAPMAP PROJESİ NEDİR? İnsan genomunun haplotip haritasını(Hapmap)

oluşturmak amacıyla kurulmuş, çok uluslu, resmi olarak kar gözetmeyen bir organizasyondur.

İnsanlardaki genetik varyantların bir katoloğudur. Varyantların DNA üzerinde hangi bölgede olduğunu, populasyon içinde ve populasyonlar arasında hangi sıklıkta bulunduğunu açıklar.

Farklı insanların genetik dizileri birbirlerine oldukça benzerdir. Ortalama 1200 bazda 1 olacak şekilde farklılık gözlenebilir.

Herhangi iki insanın genetik şifreleri yaklaşık birbirlerine %99.5 oranında benzerdir. %0.1 lik fark çok önemlidir çünkü bu farklar hastalığa yatkınlık ve ilaçlara karşı direnci belirler.

İki insanın genomunda değişik alleller oluşabilir örneğin bu bölgelerde G yada A ya rastlanabilir.

Cinsiyet kromozomu hariç her kromozom 2 çift halinde bulunur. Bu SNP örneği için bireyde AG, AA yada GG genotipi görülebilir.

Bir kişi bu segmentlerde A yerine G içerirken, diğer bir kişi eklenmiş baz yada eksik baz içerebilir. Kromozomalbölgenin her ayrı yazımı ‘’allel’’ olarak isimlendirilir.

Kişinin kromozomlarındaki allel kolleksiyonu bilinirse genotipi de öğrenilmiş olur.

Tekli baz değişiklikleri en iyi bilinen varyant çeşitleridir ve SNP olarak bilinirler.

İnsan türünde 10 milyondan fazla olduğu bilinen SNP leringenetik farklılıkları ortaya koymak için kullanılması hapmap projesinin temel hedefidir.

Örneğin hipertansiyon için yapılan bir araştırmada sağlam bireyler ile hipertansif bireylerin SNP leri karşılaştırılarak hangi SNP nin hipertansiyona neden olduğu bulunabilir. Fakat bireylerde 10 milyondan fazla bulunan SNP lerinanalizi maliyetli olacaktır.

Birbirlerine yakın olarak bulunan varyantların birlikte kalıtılması olasılığı daha yüksektir. Birlikte devralınan komşu SNP ler derlenerek haplotipler oluşturulur. Araştırmacılar haplotiplerden yararlanarak taq larıoluşturur.

Dünyanın farklı bölgelerinden bireylerin taq SNP leri tespit edilerek araştırmacılar bir bireyin haplotipini tayin edebilirler. Taq SNP lerin sayısı 10 milyondan(SNP sayısı) çok az olduğu için(300.000-600.000) araştırma için karşılaştırma yaparken kolaylık sağlayacaktır. Ayrıca araştırmacı hastalık için hangi gen bölgesine bakacağını da öğrenebilir hatta tüm genoma bakarak hastalık için ortak bir haplotip var mı sorgulanabilir.

ÖRNEK SEÇİMİ:faz 1 Nijerya’ dan 2 si ebeveyn ve biri çocuk olmak üzere 3’er

kişilik 90 birey,

Japonya’dan birbiriyle ilişkisiz 45 birey

Çin’den birbiriyle ilişkisiz 45 birey

Avrupa kökenli A.BD. Vatandaşlarından 50 birey ile çalışılmıştır.

Kan örnekleri corriel enstitüsü tarafından, DNA elde etmek için hücre hatlarına dönüştürülmüştür.

Proje Nijerya, A.B.D., İngiltere, Japonya,Kanada ve Nijerya tarafından finanse edilmiştir. Faz 1 sonucunda SNP sayısı 1 milyon olarak tespit edilmiştir.

ÖRNEK SEÇİMİ:faz 2 ve 3 269 örnek ile çalışılmış ve SNP sayısı 2.1 milyon olarak

belirlenmiştir. 2007 yılında tamamlanmıştır. Linkajdağılımı gözlemlenmemiştir.

7 ülkeden 1301 örnek ile çalışılmış ve 1.6 milyonun üzerinde SNP belirlenmiştir. 2009 yılında tamamlanmıştır.

ETİK SORUNLAR: Genetikçiler ve etikçilerden oluşan bir etik kurul(ELSI)

tarafından proje sürekli olarak denetlenmiştir.

Ayrıca hiçbir genetik şifre hiçbir birey ile ilişkilendirilmemiştir.

Toplumlarda hastalık görülme sıklığının kesinlikle ırk üstünlüğü ile ilişkilendirilmemesi gerektiği bildirilmiştir.

Projenin bir sonucu olarak yeni ilaçların geliştirilmesi-nin yanı sıra teşhis için de yeni belirteçlerin bulunması örnek alınan topluma ve insanlığa fayda sağlayacaktır.

1. “HapMap phase 3”seçilir.

2. Aranılan kelime„‟BRCA2‟‟ Girilir

3. Hangi kromozom üzerinde?

4. Bölgenin detaylı görüntüsü

5. İncelenen toplumlarda istenilen SNP‟ nin görülme

sıklığını anlamak için seçilen bazı temsil eden harfin üzerine gelip beklemek

gerekir.

6. Bu ekson bölgesinde görülen SNP ile ilgili bilgiyi almak için tıkladığmızda…

Nucleotide veri tabanında bu SNP ile ilgili bilgilere ulaşabiliriz

A. „‟Go‟‟ tuşuna basarak „‟FASTA‟‟ formatında dosya indirilebilir.

http://ccr.coriell.org/Sections/Collections/NHGRI/hapmap.aspx?PgId=266&coll=HG: correl enstitüsü

http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/ : hapmap anasayfa

http://www.youtube.com/watch?v=QqGKg23AiPo : 1000 genomes browserının kullanımı

http://www.youtube.com/watch?v=J3EX0nMUUvE: hapmap kullanımı

Hapmap faz1 Nature yayını: http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7063/full/nature04226.html

FAZ 1 SONUÇLARI :

Hapmap faz 2 Nature yayını : http://www.nature.com/nature/journal/v449/n7164/full/nature06258.html

Hapmap faz 3 Nature yayını:http://www.nature.com/nature/journal/v467/n7311/full/nature09298.html

FAZ 3 SONUÇLARI :

1.6 milyon SNP

1. “HapMapphase 3”seçilir.

2. Aranılan kelime„blood pressure ‟‟

Girilir

Arama ile ilgili 15 farklı kromozomda 49 sonuç bulundu

2. Hastalıkla ilişkili olan bölge ile hastalık arasındaki ilişkisellikten bahsedilmiş. Buraya sağ

tıklayıp „‟ yeni sekmede aç‟‟ komutu ile tıklandığında (a) sayfasına gidilir.

Bu ilişkisellikle bağlantılı olan snp lere

tıklandığında (b)

(a)NM_000029 sekansı için bilgilere ulaşırız.

(b)NM_000029 sekansı ile ilişkilendirilmiş SNP ile ilgili

bilgilere ulaşırız

(b)Bu SNP ile ilgil taq (G yada A)„‟Taq „‟lara tıklandığında ….

İncelenen toplumlarda genotipve allel frekansları hakkındaki

bilgilere ulaşırız.