glucose. lipoproteins, plasma proteins, amino acids, keton bodies, urea, bile, retinol, glucoronides...
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Förderprogramm „Systembiologie“ des Bundesministeriums für Bildung und Forschung
Plattform „Modellierung / Bioinformatik“
Projekt: Kinetische Modellierung komplexer zellulärer Netzwerke mit spezieller Ausrichtung auf Hepatozyten
Antragsteller: Prof. Hermann-Georg Holzhütter Humboldt-Universität Berlin, Medizinische Fakultät, (Koordinator) Institut für Biochemie, AG „Mathematische Modellierung“ Kontakt: Humboldt-Universität Berlin Medizinische Fakultät (Charité) Institut für Biochemie Monbijoustr. 2 D-10117 Berlin Tel.: (030) 450 528 166 Fax: (030) 450 528 942 e-mail: [email protected] Prof. Reinhart Heinrich Humboldt-Universität Berlin, Institut für Biologie, Abt.
„Theoretische Biophysik“ Prof. Thomas Höfer Humboldt-Universität Berlin, Institut für Biologie, Abt.
„Theoretische Biophysik“ Prof. Andreas Herrmann Humboldt-Universität Berlin, Institut für Biologie, Abt.
„Molekulare Biophysik“ Prof. Hanspeter Herzel Humboldt-Universität Berlin, Innovationskolleg „Theoretische
Biologie“ Prof. Jens Reich Max-Delbrück-Zentrum für Molekulare Medizin Berlin-Buch,
Abt. Bioinformatik
glucose. lipoproteins, plasma proteins, amino acids, keton bodies, urea, bile, retinol, glucoronides
exported metabolies and signalling molecules
DNA
lactate, amino acids, monosaccharides, lipoproteins, fatty acids, vitamins, Fe, bilirubin, steroids, alcohol, drugs
substrates
signal transduction pathways
metabolism
RNA
cholesterol, cholesterol esters, nucleotides, amino acids, glycogen, triglyderides
internal metabolites
transcription
protein
translation
proteolysis
signalling molecules
membrane components
phospholipids, receptor proteins, adhesion proteins
Simplified scheme depicting important cellular subsystems to be included in an integrative cell model of hepatocytes
Integration metabolischer und regulatorischer Teilsysteme des Hepatozyten
regulatory networks
metabolic networks
Kinetisches Stoffwechselmodell: Energie- und Redoxmetabolismus von Erythrozyten
Kinetisches Modell eines Signalweges: Wnt-βCatenin-Weg
„Berliner“ Teilprojekte
Wnt-ßcatenine Signalweg / MAP- kinase Signalweg
Ca-vermittelte Zell-Zell-Interaktionen
Genregulation an der Grenzfläche von Leber-metastasen
Ubiquitin-Proteasom-abhängige Regulation der intrazellulärenProtein-konzentration
intrazellulärer Lipidtransport
Lipoproteine: Stoffwechsel und Assemblierung
Allgemeine Kontrolltheorie zellulärer Netzwerke
Kinetische Modellierung des räumlichen Transports (Vesikel, Mikrotubuli...)
Identifizierung und Bewertung von Schnittstellen zwischen Subnetzwerken
Implementierung kinetischer Modelle für interaktive on-line Simulationsstudien
Klassifikation, Dokumentation, Visualisierung und kinetische Beschreibung von Elementarprozessen in zellulären Reaktionsnetzwerken
Einbeziehung von Hochdurchsatz-Daten desTranskriptoms, Proteoms und Metabolons in die Entwicklung kinetischer Modelle
Kinetische Modellierung ausgewählter metabolischer und regulatorischer
Teilsysteme des Hepatozyten
Entwicklung von Standards, Methoden und Software für die Modellierung und
Datenanalyse
Heinrich
Höfer
Herzel
Holzhütter
Herrmann
Reich
Heinrich
Höfer
Herrmann
Holzhütter
Holzhütter
Heinrich
Holzhütter
Heinrich
Höfer
Herzel
Heinrich
Holzhütter