Genética de la conservación

• Herramienta para contribuir a la conservación de la diversidad genética

• ¿En donde estamos en el diagnóstico?– Tenemos mucha biodiversidad, pero..

– Hay mas grupos trabajando y

– La obtención de datos es mucho mas fácil y barata

¿En donde estamos?

• Pronto va a surgir una árbol de la vida usando evidencia fósil, molecular y morfológica

• Las redes de áreas protegidas son una alternativa viable a la conservación de los linajes genéticos aunque usando tamaños demográficos mucho mas pequeños que los históricos

• Cada vez mas, los estudios y planes de conservación de áreas contienen una dosis importante de genética de la conservación

Para tener un marco de referencia sólido, requerimos datos comparables de muchas

especies• Homogeneizar el tipo de marcadores

• Incrementar el número de genes y replicones usados en cada especie

El caso de México

• Contiene alrededor entre el 5 y el 10% de la biodiversidad de especies (≈ 75, 000- 150, 000 especies)

• De plantas, por ejemplo ≈ 25,000 especies

• Segundo Estudio de País, Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad (CONABIO), México, 2009?

Los grupos estudiadosGrupo # de especies

Microorganismos (11, --) Bacterias fijadoras de nitrógeno 1Rizobios 8Bacterias patógenas 1Protozoarios 1

Hongos (2, 6 000) Hongos 2

Coníferas 26Encinos 9Epífitas

Vainilla41

Burseras 2Cactáceas 15Agaves 20

Plantas (97, 23 522) Cícadas 7Chía 1Frijoles 2MaízChiles

13

Calabacitas 3Spondias 1AguacateAlgodón

11

Taenia 1Insectos (27, 73 307) 27

Tortugas marinas 9Camarones 3

Animales Peces marinos 16Mamíferos (36, 5 300) Pinípedos 9

Manatíes 1Cetáceos 4Roedores 13Murciélagos 9

Aves (5, 1 107) 5

Origen de la cepa n H Gst (±S.E.)

Primates22

0.658

Chiroptera14

0.665

Perisodactyla10

0.608

Aves 10 0.63 .075 (0.017)

Omnívoro66

0.646

Granívoro28

0.645

Carnívoro12

0.671

Hervíboro50

0.645

Insectívoro 23 0.672 .025 (0.007)

Total México 110 0.698 .044 (0.012)

Total Australia 41 0.566 0.01 (0.01)

Variación haplotípica, E. coli

Souza et al

Escherichia coliDiversidad de secuencias de ADN en genes cromosomales (genes que pueden tener o no tener un papel en la patogénesis y genes asociados a la isla de patogénesis LEE. La diversidad se estima como: número de sitios que son diferentes entre secuencias (sitio polimórfico), diversidad nucleotídica entre dos secuencias al azar (Pi) y número total de sitios diferentes entre todas las muestras analizadas (K) entre el factorial del número de muestras (a) is igual a theta.

Sitios polimórficos Pi theta

n tamaño. (pb) Haplotipos sitios conserv.

putp 47 696 26 629 67 0.023 (0.0002) 0.021 (0.0009)

gapA 67 663 20 508 155 0.013 (0.0006) 0.048 (0.0016)

mutS 29 453 19 341 111 0.009 (0.0003) 0.029 (0.0018)

mdh 98 825 50 576 249 0.020 (0.0005) 0.058 (0.0014)

fimA 52 555 34 422 133 0.068 (0.0004) 0.050 (0.0020)

tir 16 1704 14 910 794 0.203 (0.0054) 0.143 (0.0128)

eae 32 2811 18 1073 1138 0.186 (0.0017) 0.109 (0.0074)

espB 20 798 10 439 359 0.185 (0.0034) 0.126 (0.0096)

Souza et al.

Diversidad genética de Gram positivas termoresistentes de Churince Cuatro Ciénegas, Coahuila. Se muestran los valores de Pi y tetha para dos marcadores moleculares :16s rDNA y RecA para Bacillus, B. aquimaris. 16S para Exiguobacterium.

Phyla Loci n pb Haplotipos Sitios segregantes Pi Theta

Bacillus sp 16S rDNA 57 1403 48 270 0.054 0.044

B.aquamaris CCC 16S rDNA 19 1403 18 164 0.027 0.034

B.aquamaris CCC RecA 22 533 10 231 0.153 0.177

ExiguobacteriumCCC

16S rDNA 16 1403 14 175 0.026 0.042

Souza et al.

Diversidad genética en el Género Pseudomonas del sistema Churince en Cuatro Ciénegas, Coahuila. % GC es diferente en varios genes y grupos de Pseudomona, la D de Tajima se refiere a la tasa entre pi/theta y nos da un indicio de la selección natural: números significativamente mayores a 1 indican selección positiva , números cercanos a 1, selección neutral y significativamente menores a 1 selección purificadora.

Loci n %GC pb Sitios segregantes pi Theta D

rpoD 48 65 618 536 0.26 0.20 1.1

gyrB 30 61 700 242 0.1 0.09 0.71

Cerritos et al.

Psedomonas aeruginosa

) p

R. etli bv. phaseoli no simbióticos

Morelos Suelo rizosférico de Phaseolus vulgaris

0.504 (9) /85

R. etli bv. phaseoli Morelos Phaseolus spp. (6-9)

B. japonicum Morelos L. montanus, L. campestris y L. exaltatus

0.57 9/ 26= 0.35

Total 0.65 17/ 38= 0.45 0.03 (2)

R. etli bv. phaseoli Durango P. vulgaris 0.105 (7) 5/45 = 0.11

Total 0.53 126/482 = 0.26 0.072* (6)d

R. gallicum bv. gallicum

División I 0.40 48/95 = 0.51

R. etli bv. phaseoli División III 0.35 78/387 = 0.20

R. gallicum bv. gallicum

Parcela B 3 años 0.39 12/18 = 0.67 0.045 (3)d

R. etli bv. phaseoli 0.35 31/108 = 0.29 0.073 (3)d

Total 0.501 43/126 = 0.34 0.285* (2)d

Sinorhizobium meliloti Guanajuato 12 poblaciones

Medicago sativa 0.397 (9) 30/147 = 0.20 0.150 (12)d

Texcoco 0.111 2/13 = 0.15

Guanajuato, Texcoco y Cuernavaca

0.397 30/171 = 0.18 0.000 (3)d

S. medicae Guanajuato, Texcoco y Cuernavaca

M. sativa, M. lupulina

0.000 1/5 = 0.20

Gluconacetobacter diazotrphicus

Veracruz, Sinaloay Puebla

Saccharum officinarum y chinche harinosa

0.000 (12) 1/25 = 0.04Varios autores

Datos de Taenia solium:Fragoso et al.

Trypanosoma cruzi

Los aislados mexicanos tipo I están estrechamente relacionados entre ellos y son poco variables con homologías de bandas en RAPDs entre 86 al 99%. El promedio de las distancias genéticas (distancias de Jaccard) calculadas entre pares de aislados (0.08± 0.04) fue mucho menor que el encontrado para otras poblaciones de genotipo I en otras regiones del Continente, indicando un polimorfismo reducido

Espinoza et al.

Dendroctonus mexicanus Hopkins es una especie generalista endémica a México que parásita a 21 de las 47 especies de pinos descritas para México, tiene de seis a ocho generaciones al año y se localiza en todos los sistemas montañosos del país. Marcadores usados: isoenzimas y un fragmento de la citocromo oxidasa I (COI) del DNA mitocondrial. Los resultados en el EVT muestran, a partir del análisis de 12 loci génicos en 1700 insectos de 17 poblaciones geográficas de la EVT, que D. mexicanus posee una heterocigosidad esperada (0.304 ≤ He ≤ 0.334) alta con respecto a otros escolítidos.

El patrón geográfico de la variación genética de las poblaciones de esta especie en la EVT mostró una correlación positiva entre la He y la longitud geográfica de las poblaciones en sentido oeste-este. Los estadísticos-F (FST = 0.100, FIS = 0.236 sugieren un cierto grado de flujo génico (Nm = 1.99)

También se ha estudiado la relación genealógica de 22 poblaciones de D. mexicanus representativas de su distribución geográfica. Los resultados mostraron, a partir del análisis de 157 fragmentos de 246 pb de longitud de la COI del DNA mitocondrial, que la divergencia nucleotídica (0.018 ± 0.009) y haplotípica (0.818) son altas. El análisis de varianza molecular (AMOVA) mostró que el 84.7% de la variación genética total fue exclusiva de las poblaciones y el 15.2% de la variación compartida entre ellas. Los estadísticos-φ, la regresión entre el φST y las distancias geográficas y el Nm promedio de 3.27 entre las poblaciones indican, que la estructura filogeográfica de D. mexicanus en México obedece a eventos de dispersión recientes y continuos desacoplados de la historia geológica de los sistemas montañosos. No obstante, tres eventos de diferenciación son evidentes entre los linajes haplotípicos: 1) los linajes de la Sierra Madre Occidental, Sierra Madre Oriental y el Eje Volcánico Transversal comparten una historia común por colonizaciones a larga distancia, b) una ligera diferenciación entre los linajes del este (Cofre de Perote, Ver.) y oeste de la EVT muestran un ligera diferenciación que se remonta hace ~ 0.77 ma, y 3) una marcada diferenciación entre los linajes de la Sierra Madre del Sur y la Sierra de Juárez Oaxaca muestran una diferenciación marcada con los haplotipos del resto del país, como resultado de un evento de fragmentación alopátrica de las poblaciones ocurrido en el Pleistoceno hace ~ 0.88 ma). Anducho-Reyes et al. (2006) y Zuñiga et al. (2006)

MétodoTema Ejemplo

Isoenzimas Variación genética En la especie Triatoma dimidiata se identificaron8 loci polimorfitos de 14 (mayoritariamentealélos homocigotos) en 39 individuos de trespaíses (E.U., México y Guatemala).

Especies polimórficas: T. dimidiata, T.longipennis, T. lecticularia y T. rubida conpolimorfismos en los rangos de 53 al 43% ydel análisis de: 28 loci, 21 fueronmonomórficos con una clara modificación delequilibrio H-W favoreciendo la presencia deHomocigotos.

Estimados F de Wright Para la especie T. longipennis en cuatropoblaciones geográficas de México (Jalisco,Nayarit y Zacatecas)

Fit = 0.807 Fis= 0.782 Fst= 0.118

RAPD Variación genética Loci altamente polimórficos

Hemiptera: Rediviidae

Martínez y Espinoza

0

5

10

15

20

25

30

ARTICULOS

Desarrolomicrosatelites

Genética depoblaciones

Sistemáticafilogenética

Filogeografía Delimitaciónespecies

TIPOS DE ESTUDIO

Número de publicaciones existentes para los tipos de estudio realizados con insectos mexicanos. Publicaciones a partir de 1991. Fuentes: PubMed, ISI Web of Science.

Castañeda y Zaldívar

Por otra parte, en las dos especies de coleópteros incluidas en esta revisión (Acanthoscelides), las cuales son plagas de Phaseolus vulgaris L. y Phaseoulus coccineus L., la heterocigosidad promedio esperada fue significativamente mayor en A. obtectus (He = 0.259) con respecto a A. obvelatus (He = 0.084).En contraste a los dos estudios anteriores, los niveles de heterocigosidad

encontrados en el áfido Brevicoryne brassicae, que está asociado a Brassica campestris L. y B. oleraceae var. capitata L., fueron considerablemente altos (Ho = 0.352 y He = 0.444). Además, la diferenciación genética total en B. brassicae fue significativamente alta (FST= 0.22) y su diferenciación entre localidades (FST = 0.13) fue significativamente mayor que entre los hospederos (FST = 0.03). Tanto en las especies de Acanthoscelides como en B. brassicae, las diferencias en los niveles de heterocigosidad encontrados y esperados parecen estar influenciados por sus distintas características de historia de vida y distribución geográfica.

Datos de aloenzimas: Otros insectos

Castañeda y Zaldívar

En Drosophila nigrospiracula, D. pachea y D. mettleri, no se encontró evidencia de estructura genética entre sus poblaciones, siendo sus niveles de heterocigosidad promedio similares a los esperados en otras especies de dípteros. Para las especies de lepidópteros Enantia albania, E. jethys y E. mazai (incluyendo a las subespecies E. mazai mazai y E. mazai diazi) arrojó niveles de heterocigosidad similares a las de otros insectos. Las poblaciones examinadas de E. albania, y E. jethys presentaron además niveles relativamente altos de flujo génico (FST = 0.096 y FST = 0.044respectivamente), mientras que las poblaciones de E. mazai presentan una mayor estructura genética (FST = 0.232), estando su flujo génico entre pares de poblaciones (promedio Nm = 8.34) inversamente relacionado con la distancia geográfica entre sus poblaciones de acuerdo con el modelo de aislamiento por distancia.

Castañeda y Zaldívar

n S h Hd π θ w k N e*act

TMVB 19 17 12 0.906 0.01444 4.864 2.772 1.92x106

SMO 30 15 12 0.646 0.00745 3.786 1.43 1.49x106

JB 16 9 8 0.875 0.00929 2.712 1.783 1.07x106

Total 65 39 30 0.869 0.00769 8.221 0.012 3.24x106

chs1TMVB 22 3 4 0.25974 0.00092 0.823 0.273 2.92x105

SMO 21 10 9 0.62857 0.00377 2.78 1.124 9.88x105

JB 17 5 4 0.69853 0.00508 1.479 1.515 5.25x105

Total 60 18 15 0.69605 0.00769 3.86 2.292 1.37x106

Tabla 1. Variación genética por marcador. n, tamaño de la muestra; S, sitios segregantes; h, número de haplotipos; Hd, diversidad haplotípica; π, divesidad nucleotídica, θw, tasa de mutación poblacional; k, promedio de diferencias pareadas; Ne, tamaño efectivo de la población.

Salas et al.

Tabla I. Variación genética en Phocoena sinus. N, tamaño de muestra; NA, alelos o haplotipos; S, sitios segregantes; %N, porcentaje de divergencia de nucleótidos (mínimo y máximo de diferencias); %A, porcentaje de divergencia de aminoácidos (diferencias); dN, sustituciones no-sinónimas por sitio; dS, sustituciones sinónimas por sitio; H, heterocigosidad o diversidad haplotípica; P, fenotipos.

N NA S %N %A dN** dS** H P

Región control 43 1 0 0 - - - 0 -

DQB* 25 1 0 0 0 0 0 0 1

DRB* 28 2 1 0.5 (1) 1.5 (1) 0.006 0 0.35 2

Mhc-I-A* 1 1 0 0 0 0 0 0 1

Mhc-I-B* 2 4 7 2.5 (2-4) 2.1 (1) 0.023 0.034 1 4

Mhc-I-C* 4 4 3 1.1 (1-2) 2.1 (1) 0.004 0.030 1 2

Mhc-I-D* 2 218

12.2-18 26.5 (13) 0.149? 0.055 0 2

Vidal et al. 1999

Localidad Fuente N Número dehaplotipos

Diversidadhaplotípica

Diversidadnucleotídica

Atlántico Norte, Golfo de México y Caribe

WNAP (Islas, 2005) 25 11 0.8767(± 0.0494)

0.02131(± 0.011661)

WNAC (Islas, 2005) 29 6 0.8767(± 0.0494)

0.00735(± 0.004663)

NGM (Islas, 2005) 14 7 0.8571(± 0.0652)

0.01235(± 0.007465)

SGM (Islas, 2005) 16 9 0.8583(± 0.0772)

0.01309(± 0.007765)

Q Roo (Islas, 2005) 8 4 0.8214(± 0.1007)

0.02417(± 0.014451)

Bah-Cuba (Islas, 2005) 21 6 0.4952(± 0.1298)

0.011056(± 0.006613)

Golfo de California

GC Norte (Segura, 2004) 23 8 0.83(± 0.054)

0.0104(± 0.0058)

GC Islas (Segura, 2004) 8 6 0.93(± 0.084)

0.0177(± 0.0010)

GC Centro (Segura, 2004) 16 11 0.94(± 0.040)

0.0119(± 0.0067)

GC Sur (Segura, 2004) 44 16 0.92(± 0.019)

0.0118(± 0.0065)

Sinaloa (Segura, 2004) 11 6 0.80(± 0.113)

0.0036(± 0.0026)

CosterosGC

(Segura, 2004) 34 17 0.89 (±0.0331)

0.0113 (±0.0062)

OceánicosGC

(Segura, 2004) 52 20 0.94 (±0.0135)

0.0135 (±0.0072)

Tursiops

Con base a la secuenciación y análisis de varianza molecular de 305 pbde la región control del ADNmt, se estimó la diversidad nucleotídica (2 %) y haplotípica (98%) en 66 ballenas muestreadas en Laguna San Ignacio, encontrándose que estas fueron similares a las estimadas para 14 ballenas muestreadas en Laguna Ojo de Liebre (93% y 2% respectivamente). Por otro lado, el análisis de varianza de la región control del ADNmt indicó diferencias genéticas significativas entre las hembras con cría muestreadas en Laguna San Ignacio y hembras muestreadas fuera de esta (n= 25, Fst= 0.064) y entre las hembras con cría (n= 42) y hembras solas (n= 11) muestreadas en Laguna San Ignacio (Fst= 0.027).

Ballena Gris (Eschrictiusrobustus). Medrano et al.

Diversidad genética de las ballenas jorobadas de diferentes regiones y etapas invernales en el Pacífico mexicano muestreadas entre 1990 y 1996. Se indica el tamaño de muestra mitocondrial (nmt, el tamaño de muestra de los otros marcadores es similar), el número de haplotipos mitocondriales (kmt), la diversidad nucleotídica mitocondrial (pmt), la diversidad génica mitocondrial (hmt), la diversidad génica en un sitio de restricción del intrón 1 de la actina (hac), el número total de alelos en cuatro loci de microsatélites (kms) y la suma correspondiente del número efectivo de alelos (Ams).

nmt kmt pmt hmt hac kms Ams

Los Cabos 1 19 4 0.0037 0.667 0.345 23 14.6

Los Cabos 2 58 5 0.0090 0.766 0.459 45 21.6

Los Cabos 3 71 5 0.0089 0.738 0.470 58 25.5

Bahía Banderas1 44 5 0.0117 0.707 0.463 38 18.6

Bahía Banderas2 42 5 0.0079 0.663 0.409 39 20.8

Isla Socorro 2 49 4 0.0084 0.713 0.401 42 20.7

Isla Socorro 3 37 4 0.0079 0.637 0.451 43 23.0

Medrano González et al.

Matriz de diferenciación genética mitocondrial de las ballenas jorobadas de diferentes regiones y etapas invernales del Pacífico mexicano. Los valores de Phist linealizados como t/N=Phist/(1-Phist) se representan en la mitad inferior y los valores de Fst linealizados en la mitad superior.

LC 1 LC 2 LC 3 BB 1 BB 2 IS 2 IS 3

LC 1 0 0.042 0.001 0.258 0.118 0.078 0.1324

LC 2 0.080 0 0.004 0.052 0.007 0.000 0.015

LC 3 0.042 0.000 0 0.109 0.063 0.026 0.070

BB 1 0.357 0.081 0.118 0 0.089 0.057 0.095

BB 2 0.113 0.000 0.020 0.115 0 0.000 0.000

IS 2 0.063 0.000 0.000 0.109 0.000 0 0.000

IS 3 0.104 0.000 0.016 0.117 0.000 0.000 0

Tomado de Robles Saavedra (en preparación).

Matriz de diferenciación genética por microsatélites de las ballenas jorobadas de diferentes regiones y etapas invernales del Pacífico mexicano. Los valores de Rst linealizados como t/2N=Rst/(1-Rst) se representan en la mitad inferior y los valores de Fst linealizados en la mitad superior.

LC 1 LC 2 LC 3 BB 1 BB 2 IS 2 IS 3

LC 1 0 0.042 0.046 0.040 0.049 0.047 0.044LC 2 0.141 0 0.002 0.000 0.006 0.012 0.003LC 3 0.179 0.000 0 0.000 0.005 0.006 0.004BB 1 0.137 0.000 0.000 0 0.000 0.007 0.000BB 2 0.053 0.019 0.047 0.019 0 0.016 0.000IS 2 0.181 0.077 0.092 0.078 0.135 0 0.006IS 3 0.034 0.020 0.047 0.020 0.000 0.134 0

Tomado de Vázquez Cuevas (en preparación).

Diversidad genética de los manatíes de México y otras regiones. Se indica el tamaño de muestra (n), el número de haplotipos (k), la diversidad génica (h), el número de sitios polimórficos (s) y la diversidad nucleotídica (p) de las secuencias de mtDNA examinadas.

n k h s π

Florida 28 1 0.000 0 0.0000Golfo de México (Ver, Tab, Chis) 13 1 0.000 0 0.0000Caribe Occidental (Q. Roo) 18 3 0.850 25 0.0441Antillas 68 3 0.542 2 0.0014Venezuela 4 3 0.833 3 0.0037Colombia 33 8 0.780 31 0.0312Guyana y Guyana francesa 7 6 0.857 5 0.0054Brasil 30 2 0.067 1 0.0002

García-Rodríguez et al. (1998), Medrano González et al. (2001) y Vianna et al. (2006).

Matriz de diferenciación genética mitocondrial de los manatíes de diferentes regiones. Phist se representa en la mitad inferior y Fst en la mitad superior.

Flo GMx COc Ant Ven Col Guy Bra

Flo 0 0.743 0.489 0.570 0.793 0.559 0.709 0.935

GMx 0.977 0 0.117 0.465 0.000 0.260 0.302 0.634

COc 0.440 0.493 0 0.277 0.021 0.149 0.147 0.445

Ant 0.635 0.960 0.373 0 0.398 0.326 0.361 0.649

Ven 0.994 0.000 0.386 0.977 0 0.149 0.153 0.666

Col 0.777 0.188 0.239 0.731 0.081 0 0.158 0.442

Guy 0.811 0.689 0.339 0.747 0.553 0.474 0 0.472

Bra 1.000 0.933 0.541 0.982 0.973 0.635 0.309 0

Medrano González et al. (2001).

Variación genética de las especies de pinnípedos de México. Las columnas muestran el número o tipo de loci (LOCI), el número de organismos utilizados en el estudio (N) y entre paréntesis el número de pares de bases (pb) secuenciadas, secuencias utilizadas (seq) o sistemas enzimáticos (se) probados, el número de haplotipos o genotipos en la muestra (H-G), la diversidad haplotípica (h) y nucleotídica (π) para datos mitocondriales, heterocigosidad o similitud (H o S) para genes nucleares. Cuando el estudio incluye datos de poblaciones fuera de México, se presenta un renglón con los valores totales (1), seguido de otro renglón (2) con valores exclusivos para México. Zalophus californianus,Arctocephalus townsendi y Mirounga angustorostris

ESPECIE MARCADOR LOCI N H-G h π H o S REFERENCIA

(1) Z. californianus mtDNA Región control

40 (360 pb)Total 11 * 0.004 –

0.017 ------ Maldonado et al.1995

(2) Z. californianus mtDNA Región control

11 (360 pb)BA y PB 7 * * ------ Maldonado et al.

1995

Z. californianus mtDNA Región control 170 (383 pb) 33 0.750 –

0.9520.006 –0.015 ------ Schramm 2002

(1) Z. californianus MHC Clase II(Zaca-DRB)

227 (8 seq)Total 40 ------ ------ * Bowen et al. 2006

(2) Z. californianus MHC Clase II(Zaca-DRB)

98 (8 seq)6 loberas RGI 29 ------ ------ * Bowen et al. 2006

A. townsendi nDNAMultilocus

fingerprinting

29 56 ------ ------ S = 0.38 –0.87 Bernardi et al. 1998

A. townsendi mtDNA Región control 25 (320 pb) 7 * * ------ Bernardi et al. 1998

A. townsendi mtDNA Región control 26 (181 pb) 25 0.997 ±

0.0120.055 ±

0.004 ------ Weber et al. 2004a

M. angustirostris mtDNA Región control 148 (407 pb) 2 0.378 ±

0.0360.004 ±

0.002 ------ Abadía 2006

Tomado de Schramm

Valores de diversidad genética del mtDNA de tortugas marinas

Especie LocalidadesNo de muestras (Haplotipos)

Marcador Diversidad Haplotípica

Diversidad nucleotídica Referencia

D. coriacea Mexiquillo, Michoacán 18 (18) Región control

secuencias 0.71 ± 0.07 0.0017 Dutton et al.1999

L. kempiiRancho Nuevo, Tamaulipas

9(4) Región control secuencias 0.69 0.0033 Bowen et al

1998

C. mydas Michoacán, México 7 (1)

RFLP’s Genoma mitocondrial

0.0 0.0 Bowen et al1992

C. mydas Michoacán México 123 (5) Región control

secuencias 0.48 ± 0.04 0.0036 Chassin et al. 2004

C mydas Quintana Roo 20 (7) Región control secuencias 0.82 ± 0.06 0.0057 Encalada et

al. 1996

Eretmochelys imbricata Yucatán 15 (2) Región control

secuencias 0.23 0.0003 Bass et al.1996

Valores de diversidad genética de microsatélites nucleares de tortugas marinas

Especie Localidades No de muestras

Loci Microsatélites

No alelos/loci H Referencia

L. kempiiRancho Nuevo , Tamaulipas

26 3 loci 7-18 0.74 Kichler et al. 1999

L. olivacea

Sinaloa, Nayarit, Jalisco, Guerrero, Oaxaca

91 3 loci 2-11 0.467Lopez-Chavez en prep.

C. mydas Michoacán, México 123 3 loci 33-53 0.895 Chassin et

al. 2004

Especie Nombre común Océano Marcador N

Heterocigosis media (H)/

diversidad nucleotídica (π)

CamaronesLitopenaeus setiferusFarfantepenaeus californiensisLitopenaeus stylirostrisPeces TeleósteosCentropomus viridisCentropomus medius

Centropomus robalitoEngraulis mordaxKatsuwonus pelamisLutjanus campechanusMakaira nigricans

Sardinops sagax

Scomberomorus cavalla

Scomberomorus maculatus

Xiphias gladiusTiburonesCarchahrinus plumbeus

Carchahrinus limbatus

Carcharinus falciformes

Sphyrna lewinii

Camaron blancoCamaróncaféCamarón azul

RobaloRobalo

RobaloAnchovetaBarriletePargoMarlin azul

Sardina del Pacífico

Sierra, carito

Sierra del Golfo

Pez espada

Tiburón trozo

Puntas negras

Tiburón sedoso

Tiburón martillo

GMPMGC

PMPMPM

PMPMGMPM

PM

GM

GM

PM

GM

GM

PM

PM

DAA

AAAAE-CitBE-RCDACDFAE-RCE-CitBACDCFC

ACDE-RCBG-CitBBG-CitB

45615032

6545823019632192991597684223015107390476

7430534400

954183121301458892

H = 0.68H = 0.092H = 0.084

H = 0.183H = 0.191H = 0.216H = 0.063h = 0.855 ; π = 0.005h = 0.998 ; π = 0.033H = 0.534H = 0.028h = 0.759 ; π = 0.016H = 0.935H = 0.268H = 0.036h = 1.00 ; π = 0.03h = 0.826 ; π = 0.003H = π = 0.0048H = 0.684h = 0.812 ; π = 0.026H = 0.242h = 0.92

H = 0.005h = 0.22 ; π = 0..0005H = 0.5h = 0.805 ; π = 0.0021H = 0.424h = 0.331 ; π = 0.017H = 0.386h = 0.38 ; π = 0.022

Especies marinasde importanciacomercial

PM = Pacífico mexicano, GM = Golfo de México,

h = diversidad haplotípica, CitB = citocromo B

ADNmt, RC = región control ADNmt.

A=aloenzimas, B = RAPDS, C = RFLPs -

ADNmt, D = Microsatelites,

E = Secuencias, F = RFLPs-ADNnuclear,

G = SSCPs.

Díaz y Uribe

Taxon D P IT MM A NH HE RST/FST

Género Pinus

P. nelsonii R 9 23 SSRcp - 27 0.264 0.047

P. pinceana R 6 154 SSRcp - 14 0.521 0.930

P. rzedowskii R 4 66 SSRcp 2.3 7 0.166 0.054

P. maximartinezii R 1 81 SSRcp 1.0 2 0 -

P. engelmanni A 23

- Iso 1.4 - 0.100 0.13

Pinus ayacahuite A 14

- Iso - - 0.154 0.22

P. muricata R 3 - Iso 2.1 - 0.346 0.161

P. rzedowskii R 9 - Iso 1.8 - 0.220 0.175

P. pinceana R 5 - Iso 2.3 - 0.374 0.247

P. pinceana R 7 - Iso 1.8 - 0.174 0.152

P. maximartinezii R 1 - Iso 1.7 - 0.137 -

P. culminicolas R 4 - Iso - - 0.389 0.075

P. greggii R 8 - Iso - - 0.469 0.156

Género Abies

A. religiosa A 11

333 Iso 1.5 - 0.108 0.25

A. nickeli R 6 180 Iso 1.5 - 0.1 0.073

A. flinckii R 6 174 Iso 1.6 - 0.113 0.271

Variación genética en especies de Pinus y Abiesmexicanos. Distribución geográfica (D) restringida (R) y amplia (A), Número de poblaciones (P), Número de individuos (IT), Marcador molecular (MM), Número de loci (L), Promedio de alelos (A), Número de haplotipos (NH), Promedio de diversidad genética (HE ), Estructura genética (RST/FST )

Delgado et al.

Desierto Especie Marcador Poblaciones %P A Ho He Fis Fst

Sonorense Carnegiea gigantea Isoenzimas 16 53.7 2.20 0.110 0.116 0.057 0.075

Sonorense Lophocereus schottii Isoenzimas 21 90.0 2.78 0.142 0.226 0.014 0.431

Sonorense Pachycereus pringlei Isoenzimas 19 62.1 2.50 *** 0.200 *** 0.076

Sonorense Stenocereus gummosus Isoenzimas 12 81.8 2.20 0.103 0.290 0.608 0.102

Sonorense Stenocereus eruca Isoenzimas 8 46.2 1.48 0.040 0.154 0.739 0.069

Sonorense Bursera microphylla Isoenzimas 14 51.8 1.82 0.112 0.183 0.387 0.178

Sonorense Bursera hindsiana Isoenzimas 9 90.9 2.35 0.262 0.297 0.109 0.162

Sonorense Olneya tesota Isoenzimas 14 71.4 ----- 0.105 0.250 0.570 0.480

Sonorense Kallstroemia grandiflora Isoenzimas 15 71.4 1.92 0.201 0.267 0.242 0.420

Sonorense Agave cerulata RAPD 5 89.8 +++ +++ 0.237 +++ 0.098

Sonorense Agave subsimplex RAPD 3 75.6 +++ +++ 0.144 +++ 0.084

Sonorense Stenocereus eruca RAPD 4 70.6 +++ +++ 0.277 +++ 0.337

Chihuahuense Agave victoriae-reginae Isoenzimas 10 83.0 2.20 ------ 0.335 0.055 0.236

Chihuahuense Agave lechuguilla Isoenzimas 11 96.0 2.28 0.351 0.394 0.105 0.083

Chihuahuense Larrea tridentata Isoenzimas 17 95.0 3.89 0.322 0.362 0.124 0.116

Tehuacán Polaskia chichipe Microsatelites 3 ----- 5.93 0.631 0.683 0.071 0.009

Plantas de zonas áridas

Molina-Freaner

Variación genética de cinco especies de Dioon en México. Las letras indican la significancia estadística entre especies (p < 0.05) usando HSD para tamaño desigual de muestra. En paréntesis se indica el número de poblaciones evaluadas. Se usaron en todos los caso aloenzimas

EspecieA P HE GST

Dioon edule (8) 1.44b ± 0.24 54.8a ± 10.9 0.240ab ± 0.04 0.075Dioon angustifolium (3) 1.67ab ± 0.23 52.4a ± 22.9 0.218a ± 0.093 0.167Dioon sonorense (4) 2.00a ± 0.04 81.6ab ±

10.10.314ab± 0.036 0.153

Dioon tomasellii (5) 1.96a ± 0.069 83.15b ±12.0

0.295ab ±0.073

0.142

Dioon caputoi (4) 1.91a ± 0.12 78.95ab ±4.3

0.350b ± 0.012 0.099González-Astorga et al.

Variación genética y diferenciación en el género Agave en México. Se distinguen con una letra los subgénero y se incluye un estudio con Manfreda, debido a su cercanía filogenética con Agave. Hs: es el promedio de variación genética por población, estimada como la heterocigísis esperada en Hardy-Weinberg. % P es el polimorfismo encontrado promedio por población. Fst/Gst es la diferenciación genética. Los marcadores utilizados son ISSRs, RAPDs e Isoenzimas.

N. poblacio

nes

N. de loci

Hs % P FST/GST Técnica

A. lechuguilla L 11 13 0.39 96 0.083 Isoenzimas

A. victoriae-regina L 10 10 0.33 83 0.24 Isoenzimas

Manfreda brachystachya 5 8 0.48 100 0.03 Isoenzimas

Promedio IsoenzimasAgave sensu lato.

8.666 10.3 0.4 93 0.118

Promedios Hamrick et al. 655 especies 12.3 17.

3 0.113 34.6 0.228

A. tequilana A 4 124 0.0004 0.08 0 RAPDSs

A. subsimplex A 3 41 0.144 75.6 0.084 RAPDs

A. cerulata A 5 41 0.237 89.8 0.098 RAPDs

A. deserti A 6 41 0.187 78.1 0.135 RAPDs

Promedio Silvestres Sugénero Agave RAPDs

4.66 41 0.189 81.2 0.106

Promedio plantas RAPDs Nybom (2004), 158 estudios

7.9 72.3

0.22+-

SD0.21

--- 0.34+-SD0.12Eguiarte et al.

Otros esfuerzos en la misma dirección y mas avanzados

Las amenazas a la diversidad genética

Como en México, hay un aumento de los estudios genéticos y hay sesgos

http://www.zoologi.su.se/research/popgen/monitoring

Conclusiones

• Los últimos años han mostrado un extraordinario crecimiento de nuestro conocimiento de la genética de poblaciones, la genética de la conservación y la filogeografía de especies mexicanas

• Es fundamental utilizar enfoques y marcadores que sean comparables entre especies y grupos taxonómicos

• Solo si tenemos un diagnóstico rápido podremos ayudar a generar políticas de conservación de la variación genética y mas que eso de los linajes genéticos y gepgráficos adecuadas

Conclusiones…2

• Debemos de incorporar en nuestros estudios enfoques asociados a las áreas de:– Coalescencia

– Filogeografía

– Geografía genética

– Genética del paisaje

– Especiación

– Paleoclimatología

– Paleobiología

Por ejemplo, debemos explorar enfoques geográficos para producir generalizaciones útiles en la teoría

biológica y en la conservación

o algo mas clásico… Epperson, B. 2005. Geographical Genetics

Autocorrelación espacial

Debemos estandarizar nuestros estudios para fortalecer la genética de la conservación (por ejemplo taxonómicamente

Avise, 2008)

La selección y la deriva génica en la ciencia